Les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire

N’étant pas présent à la réunion annuelle de l’IAFP, je m’en remets aux comptes-rendus de Food Safety News, avec tous mes remerciements. -aa.

«Un panel à l'IAFP résout les défis du traçage des génotypes lors des épidémies de maladies d'origine alimentaire», source article de Chris Koger paru le 19 juillet 2021 dans Food Safety News.

Bien que le génotypage puisse fournir des informations microbiologiques clés et renforcer les preuves épidémiologiques dans les épidémies de maladies d'origine alimentaire, la technologie actuelle présente encore certaines limites et la nature même des agents pathogènes/parasites eux-mêmes peut rendre le travail de laboratoire difficile.

Les scientifiques dont le travail consiste à en savoir plus sur les agents pathogènes et les parasites qui provoquent de telles épidémies ont discuté des problèmes actuels lors de la réunion annuelle de l'International Association for Food Production, un événement hybride avec des sessions en ligne et une conférence à Phoenix.

La session, «Tracing Back to the Source: Challenges to Link Parasite and Viral Genotypes between Outbreak Clinical Samples and On-farm Environmental Sources of Contamination» a porté sur le virus de l’hépatite A, norovirus, Cyclospora et Cryptosporidium.

Lee-Ann Jaykus, du Département des sciences de l'alimentation, des bioprocédés et de la nutrition de l'Université d'État de Caroline du Nord à Raleigh, a dit que le virus de l’hépatite A transmis par les aliments dans le monde provient souvent de baies congelées. Bien que ces foyers soient généralement attribués assez rapidement à un importateur et au pays d'origine, il est difficile de trouver la source précise, en partie parce que les baies congelées sont généralement consommées après la saison au cours de laquelle elles ont été récoltées. Cela est aggravé par la probabilité que le transformateur ait mis en commun des baies d'un certain nombre de producteurs sur la chaîne de production.

Les chaînes d'approvisionnement complexes sont souvent un autre obstacle au suivi des origines des maladies d'origine alimentaire liées aux produits frais et transformés, a-t-elle dit.

Une fois qu'un fournisseur-producteur a été identifié, les enquêteurs ont une liste de suspects habituels à cibler.

«Lorsque vous examinez les bonnes pratiques agricoles associées à la production de produits frais, nous utilisons souvent les ‘quatre W’, water (l'eau), waste (les déchets), wildlife (la faune) et workers (les employés), comme source de contamination», a dit Jaykus.

Elle a guidé les participants à la session à travers le processus de détection des virus entériques avec la méthodologie de l’ISO couramment utilisée. Les chercheurs, cependant, «jouent» souvent avec différentes méthodes lors des enquêtes sur les épidémies pour augmenter les chances de trouver l'acide nucléique cible qu'ils recherchent dans l'échantillon.

Jaykus a discuté de l'interprétation des résultats de la RT-qPCR (reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction). Le processus est courant, mais Jaykus a dit qu'il existe une possibilité de faux positifs, si la contamination croisée et d'autres facteurs ne sont pas exclus. La détection d'un acide nucléique avec cette méthode ne prouvent pas qu'un virus infectieux est présent.

«Il y a un débat pour savoir si le recours à des méthodes basées sur la PCR peut entraîner une surestimation des risques pour la santé publique», a dit Jaykus. «Nous pourrions avoir un symposium entier sur cela.»

Les méthodes de nouvelle génération pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire comprennent le séquençage du génome entier et le méta-codage à barres de l’ADN, a-t-elle dit.

Alexandre da Silva, chercheur en microbiologie au Centre de sécurité des aliments et de nutrition appliquée de la FDA, a discuté des épidémies de cyclosporose, en mettant l'accent sur Cyclospora cayetanensis, classé pour la première fois comme agent pathogène humain en 1994.

Des progrès tels que ceux de la bactériologie n'ont pas été observés dans la méthodologie utilisée pour détecter et tracer Cyclospora, a dit da Silva, mais les méthodes disponibles ont été couronnées de succès, a-t-il dit.

La présentation de Da Silva comprenait des informations sur le cycle de vie de Cyclospora, et il a abordé des épidémies spécifiques, parmi près de 1 000 cas confirmés en laboratoire liés à des framboises importées en 1996, du basilic cultivé dans le Missouri en 1999, de la laitue romaine en 2013 et des salades en sachet en 2020.

Bien qu'il soit nécessaire de développer des méthodes pour détecter Cyclospora dans les produits, il a dit que la capacité du laboratoire est également essentielle.

«Nous devons également nous assurer qu'il existe des laboratoires capables d'utiliser toute cette méthodologie qu'ils développent», a-t-il dit. «Sinon, tous ces efforts ne produiront pas les résultats que nous voulons.»

Il a dit que la FDA avait créé un certain nombre de laboratoires pouvant se spécialiser sur Cyclospora et que l'agence était en train de former des chercheurs, mais la pandémie de COVID-19 a suspendu le programme.

Rachel Chalmers, experte en Cryptosporidium auprès de Public Health Wales, a dit qu'un classement mondial de 2014 des maladies d'origine alimentaire causées par des parasites par la FAO et l’OMS plaçait Cryptosporidium spp. liés aux produits frais, aux jus de fruits et au lait en n°5. Douze des 20 principales éclosions de maladies d'origine alimentaire causées par des parasites provenaient de la contamination environnementale des produits frais à la ferme.

Le génotypage des parasites aide à faire la lumière sur l'étendue d'une épidémie, la voie de transmission et les interventions précises nécessaires. Le génotypage peut aider à renforcer l'association avec l'aliment en cause, a-t-elle dit.

«Les données de génotypage peuvent aider à affiner l'analyse épidémiologique et à mieux utiliser les données de surveillance pour identifier d'autres cas et identifier les épidémies elles-mêmes», a dit Chalmers.

Les défis rencontrés dans une investigation typique d’une épidémie de maladies d’origine alimentaire comprennent:

• Obtention d'échantillons pertinents, qu'ils proviennent de la ferme ou d'autres emplacements de la chaîne d'approvisionnement, jusqu'aux isolats cliniques;
• Faire face à un nombre élevé d’analyes et au retour d'information rapide, en particulier pendant la phase d'escalade de l'épidémie ;
• Bonne communication entre les laboratoires, les enquêteurs épidémiologiques, les inspecteurs/préleveurs sur place et autres;
• Communication externe claire avec les propriétaires d'entreprise, les fournisseurs, les médias et le public; et,
• Disposer des bons outils pour préparer les échantillons et les soumettre au processus de génotypage.