Des scientifiques révèlent le camouflage du coronavirus qui facilitera la recherche d’un vaccin

« Des scientifiques révèlent le camouflage du coronavirus qui facilitera la recherche d’un vaccin », communiqué de l'Université de Southampton du 8 avril 2020.

Des recherches menées par l'Université de Southampton ont révélé les caractéristiques fondamentales du coronavirus SARS-CoV-2 qui cause le COVID19. Les chercheurs ont produit le premier modèle d'une pique du virus qui montre comment il se déguise pour pénétrer dans les cellules humaines sans être détecté, et les protéines virales qui sont la cible des anticorps et la recherche d’un vaccin. Les résultats de cette étude pourraient fournir des informations cruciales pour aider les scientifiques qui recherchent actuellement un vaccin.

Le virus du SRAS-CoV-2 a un grand nombre de piques dépassant de sa surface qu'il utilise pour se fixer aux cellules du corps humain et y pénétrer. Ces piques sont enrobées de sucres, appelés glycanes, qui masquent leurs protéines virales et les aident à échapper au système immunitaire du corps humain.

L'équipe de recherche, dirigée par le professeur Max Crispin, a étudié la structure des glycanes recouvrant la surface d'un mimétique d'une pique virale à l'aide d'équipements précédemment achetés grâce à une subvention de la Fondation Bill et Melinda Gates via la Collaboration for AIDS Vaccine Discovery.

Ils ont ensuite pu cartographier la structure des glycanes qui fournit des informations importantes sur l'accessibilité de la surface des protéines virales aux anticorps, c'est une étape importante dans la conception d’un vaccin.

« En s’enduisant de sucre, les virus sont comme un loup dans des habits de moutons », a expliqué le professeur Crispin. « Mais l'une des principales conclusions de notre étude est que, malgré le nombre de sucres, ce coronavirus n'est pas aussi bien protégé que certains autres virus. »

« Les virus comme le VIH, qui s’accroche à un hôte, doivent constamment échapper au système immunitaire et ils ont une couche très dense de glycanes comme bouclier pour le système immunitaire; mais dans le cas du coronavirus, le blindage inférieur par les sucres qui y sont attachés peut refléter qu'il s'agit d'un virus ‘hit and run’ (théorie selon laquelle le virus disparaît dans une phase tardive -aa), se déplaçant d'une personne à une autre. »

« Cependant, la faible densité de glycanes signifie qu'il y a moins d'obstacles pour le système immunitaire pour neutraliser le virus avec des anticorps. C'est donc un message très encourageant pour le développement d’un vaccin. »

À Southampton, l'équipe du professeur Crispin comprend des doctorants Yasunori Watanabe et Joel Allen, et ils ont travaillé en étroite collaboration avec l'équipe de Jason McLellan de l'Université du Texas qui a été la première à déterminer la structure du SRAS-CoV-2. Ils ont publié leurs résultats avant l'examen par des pairs sur le serveur de préimpression BioRxiv.

L'équipe du professeur Crispin a une très forte histoire dans l'analyse des caractéristiques des virus et ils ont fait des découvertes clés déterminant les caractéristiques de la pique plié nativement du VIH.

Ils travaillent maintenant avec des partenaires qui ont développé des vaccins candidats, dont le professeur Rogier Sanders de l'Université d'Amsterdam, et analysent maintenant la teneur en glycanes à Southampton. L'évaluation des glycanes sur les immunogènes permettra de déterminer dans quelle mesure ils imitent un pique viral plié nativement et aidera à comprendre la réponse immunitaire aux candidats vaccins.

Prélèvements de surface, et si vous passiez au ruban adhésif en lieu et place du frottis par écouvillon

« Une étude ruban adhésif versus écouvillons montrent qu'il vaut mieux adhérer que glisser », source article Kelsey M. Mackin paru le 31 mai 2019 dans Food Safety News.

Pour ce qui est de la sécurité des aliments, il est essentiel de pouvoir détecter les bactéries pathogènes dans les zones de production alimentaire. Bien que l'écouvillonnage des machines, des surfaces dures et d'autres éléments environnementaux ait constitué une méthode d'échantillonnage bien établie et à la pointe de la technologie pour cette détection, il présente plusieurs inconvénients, selon une étude récemment publiée dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.

Problèmes abordés « … standardisation, manipulation globale et surveillance à long terme » a conduit la société à développer et à évaluer une méthode aussi sensible que l'écouvillonnage environnemental, qui est de surcroît, plus facile à utiliser et à moindre coût. L'étude a révélé que l'utilisation de ruban adhésif pour collecter des échantillons sur des surfaces des ateliers de transformation alimentaires où l'antisepsie est requise est « plus facile et moins onéreuse que l'écouvillonnage, tout en étant sensible à la fois. »

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Les surfaces des usines de transformation alimentaires doivent être nettoyées régulièrement. Contrairement aux écouvillons, les adhésifs contaminés artificiellement ont été en mesure de fournir un enregistrement de la contamination qui a eu lieu pendant au moins deux semaines, malgré le lavage, le rinçage à l’eau ou le nettoyage avec un désinfectant à base d’alcool, Mikrozid, afin de. simuler des pratiques de nettoyage.

« La récupération [de l'ADN] des adhésifs était plutôt variable, autour de 30%, mais ne diminuait pas distinctement après 14 jours de stockage », indique l'étude. « Cela suggère la possibilité d'un échantillonnage sur deux semaines également. »

Les chercheurs ont placé des autocollants à différents endroits, comme des interrupteurs et des portes. L’expérience de validation a montré que les deux espèces bactériennes étaient détectées à plusieurs reprises.

En revanche, la méthode par écouvillonnage n’est pas pratique sur des surfaces complexes comme les poignées de porte, les interrupteurs et les objets façonnés, qui sont d’autres objets susceptibles d’être contaminés et de propager des micro-organismes infectieux. Selon l'étude les écouvillons absorbent mal les bactéries sur des surfaces sèches.

« Dans les installations de production alimentaire, le frottis conventionnel (à l'aide d'un écouvillon) en tant que méthode standardisée ne peut être qu'un instantané », ont écrit les chercheurs. « Par exemple, il n’est pas possible de reconstruire les informations sur l’état d’hier après nettoyage. En outre, lorsque des écouvillons humidifiés ou des méthodes d'échantillonnage à l'aide de boîtes contact sont utilisés, ils introduisent le milieu de croissance dans un environnement soi-disant propre, ce qui rend nécessaire une désinfection ultérieure. »

Les chercheurs ont montré que les rubans adhésifs en papier ordinaire pouvaient non seulement piéger les agents pathogènes bactériens et l'ADN associé, mais aussi les agents pathogènes morts, et les agents viables mais non cultivables, qui pouvaient également constituer une menace pour la santé publique.

Comme l'a expliqué un des auteurs de l'article, l'un des principaux avantages des des adhésifs est leur manipulation, car ils sont faciles à distribuer et à collecter. Les adhésifs peuvent être placés directement dans la première étape du protocole de la trousse d’extraction d’ADN. Les chercheurs ont noté qu’ils n’avaient rencontré aucune inhibition, ni perte d’informations lors de l’extraction de l’ADN, ou de la qPCR.

A suivre …