Le test PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2

«La PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2», source ASM News.

Vingt-six sujets d'une cohorte de 80 ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 via un écouvillonnage nasopharyngé, et tous les 26 ont été testés positifs en utilisant un lavage par gargarisme (lavage de la bouche), selon une nouvelle étude publiée dans Microbiology Spectrum, le nouveau journal en libre accès de l'American Society for Microbiology. C'est une bonne nouvelle, car l'écouvillonnage nasopharyngé, actuellement la référence pour la collecte d'échantillons pour les tests COVID, a un faible taux d'acceptation en raison de l'inconfort d'avoir un passage nasal écouvillonné.

La méthode de détection pour tester les échantillons utilisée dans cette étude est la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) hautement sensible.

«Nos résultats montrent que dans tous les cas, où les personnes ont été testées positivement par le prélèvement nasal de référence, on pouvait également détecter le virus lors d'un lavage en gargarisme par la même méthode RT-PCR», a déclaré l'auteur correspondant Christof R. Hauck, professeur de biologie cellulaire, Faculté des sciences naturelles, Département de biologie, Université de Constance, Allemagne.

«Cette procédure d'échantillonnage peut être effectuée en toute sécurité dans le cabinet d'un médecin généraliste sans équipement de protection supplémentaire pour le personnel médical, car les patients eux-mêmes effectuent l'échantillonnage», a déclaré le Dr Hauck. «Nous envoyions généralement les patients avec la solution de gargarisme et le récipient d'échantillonnage à l'extérieur.» Là, ils se sont gargarisés devant une fenêtre, observés par un membre du personnel médical. Ainsi, «nous n'avons pas besoin d'exposer le personnel formé au danger de prélever des échantillons sur autant de personnes potentiellement infectées».

Les sujets de l'étude présentaient des symptômes respiratoires typiques ou un contact connu avec des personnes infectées. Chacun a reçu à la fois un écouvillon nasal administré par un professionnel de la santé, «ce qui était nécessaire pour la procédure de diagnostic régulière, et chacun a effectué lui-même un lavage par gargarisme», a déclaré le Dr Hauck. «Ces échantillons appariés ont ensuite été transférés au laboratoire de diagnostic central, où ils ont été analysés en parallèle, afin que les résultats puissent être directement comparés.»

«En plus d'effectuer des diagnostics sur des patients symptomatiques, nous participons à une surveillance régulière du SRAS-CoV-2 sur notre campus universitaire, où nous testons des personnes deux fois par semaine. Comme l'écouvillonnage nasal n'est pas très agréable, nous cherchions une alternative, et le lavage en gargarisme s'est avéré très bien accepté», a déclaré le Dr Hauck.

«En trouvant un accord complet des résultats obtenus avec des échantillons appariés d'une cohorte importante de patients, nos résultats soutiennent fortement l'idée que l'auto-collecte indolore du lavage par gargarisme fournit une source appropriée et simple pour une détection fiable du SRAS-CoV-2», a déclaré le Dr Hauck.

Avis aux lecteurs du blog

L’ancien site Internet du blog qui était hébergé par la revue PROCESS Alimentaire est de nouveau opérationnel avec ce lien https://amgar.blog.processalimentaire.com/

A propos des frottis et des écouvillons pour surveiller le nettoyage-désinfection en entreprise alimentaire

«Les frottis et l'écouvillonnage améliorent la sécurité des aliments des usines de transformation», source Cornell Chronicle.

En frottant les surfaces dans les usines de transformation alimentaire avec des écouvillons spécialement conçus pour tester rapidement l'adénosine triphospate (ATP) - qui produisent une lumière similaire à la lumière des lucioles en présence de micro-organismes – l’altération et les maladies d'origine alimentaire pourraient diminuer, selon une nouvelle étude de scientifiques alimentaires de Cornell.

Pendant la production alimentaire, le nettoyage-désinfection de routine des surfaces sont essentiels pour aider à prévenir la contamination microbienne dans les produits alimentaires finis. Sans un tel régime de nettoyage-désinfection, les aliments provenant des usines de transformation peuvent devenir plus vulnérables à l’altération, et les personnes qui consomment ces aliments peuvent courir un plus grand risque de maladie ou de décès par des agents pathogènes d'origine alimentaire.

«Les scientifiques de l'alimentaire savent que pour les usines de transformation, l'inspection visuelle n'est pas un indicateur fiable du succès du protocole de nettoyage», a dit Randy Worobo, professeur de science des aliments au College of Agriculture and Life Sciences (CALS) et professeur au Cornell Atkinson Center for Sustainability. «Tous les« écosystèmes des usines alimentaires sont enclins à des niches où les micro-organismes peuvent traîner ou où les résidus alimentaires peuvent persister. Nous devons les trouver.»

Worobo est l'auteur principal de l'étude intitulée «Implementation of ATP and Microbial Indicator Testing for Hygiene Monitoring in a Tofu Production Facility Improves Product Quality and Hygienic Conditions of Food Contact Surfaces: A Case Study» (Mise en œuvre de tests d'ATP et d'indicateurs microbiens pour la surveillance de l'hygiène dans une installation de production de tofu améliore la qualité des produits et les conditions d'hygiène des surfaces en contact avec les aliments: une étude de cas), publiée dans Applied and Environmental Microbiology. L’article est disponible en intégralité

Examinant de l'efficacité d'un programme de surveillance environnementale utilisant le système de surveillance et de gestion 3M Clean-Trace Hygiene, en combinaison avec des Petrifilm 3M, pour le dénombrement microbiologique, Worobo et l'auteur principal Jonathan H.Sogin, doctorant en science des aliments, en partenariat avec les microbiologistes de la sécurité des aliments de chez 3M, ont passé neuf mois à analyser des prélèvements prélevés dans l'environnement de transformation dans une usine de fabrication de tofu.

Worobo, Sogin et l'équipe de sécurité des aliments de chez 3M ont élaboré un plan sur mesure pour utiliser des tests ATP sur écouvillon pour vérifier des dizaines de points critiques dans l'usine après son nettoyage. Après utilisation, l'écouvillon ATP est placé dans un luminomètre, où la bioluminescence des contaminants est détectée.

La quantité de lumière est transformée dans le luminomètre en unités de lumière relatives, où cette valeur est affichée sur l'instrument. Si elle dépasse une valeur seuil définie, la surface sera considérée comme sale et peut indiquer que les opérations de nettoyage n'ont pas été effectuées correctement.

Les résultats montrent qu'un nettoyage ciblé - démontré par la surveillance de l'ATP et vérifié par d'autres tests microbiologiques - peut améliorer l'hygiène environnementale des installations de transformation des aliments.

«Si un superviseur de l’usine est responsable de l’équipe de nettoyage et que le superviseur dit:« Ce n’est pas assez propre », il peut y avoir un employé qui pense que le superviseur s'en prend à eux», a déclaré Worobo. «Au lieu de cela, si vous avez un luminomètre, comme le système 3M Clean-Trace, cet appareil supprime le biais afin que l'équipe de nettoyage elle-même puisse voir les chiffres. Ces méthodes deviennent un moyen quantitatif de s'assurer qu'elles font du bon travail.

La surveillance de l'ATP et le dénombrement microbiologique peuvent vérifier et améliorer l'efficacité des pratiques de nettoyage et d'assainissement, ce qui peut avoir un impact positif non seulement pour l'installation, mais aussi pour la qualité du produit, a déclaré Sogin.

«Ce test permet non seulement de vérifier que l’équipement de l’usine et les surfaces en contact avec les aliments sont nettoyés et désinfectés avant de commencer les préparations alimentaires, mais il peut également identifier les situations problématiques. Cela vous aide à devenir un détective», a dit Worobo. «Mais en tant que norme, l'industrie devrait utiliser cette méthode pour vérifier les programmes de nettoyage-désinfection. C'est la clé.»

Cette étude a été financée par un contrat de recherche parrainé par 3M, avec un financement supplémentaire du Département américain de l'agriculture et du College of Agriculture and Life Sciences.

Des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes pourraient améliorer la sensibilité du test PCR de détection du SARS-CoV-2

«Des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes pourraient améliorer la sensibilité du test PCR de détection du SARS-CoV-2», source ACS News.

Un diagnostic rapide et sensible du COVID-19 est essentiel pour un traitement précoce, la recherche des contacts et la réduction de la propagation virale. Cependant, certaines personnes infectées par le SARS-CoV-2 reçoivent des résultats de test faussement négatifs, ce qui peut mettre leur santé et celle des autres en danger. Désormais, des chercheurs rapportant dans Nano Letters de l'ACS ont développé des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes qui pourraient réduire le nombre de tests faux négatifs en améliorant la collecte des échantillons et la sensibilité des tests.

Actuellement, le test le plus sensible pour COVID-19 consiste à utiliser un long écouvillon pour prélever un échantillon au plus profond du nez d'un patient, puis à utiliser une méthode appelée RT-PCR pour détecter l'ARN du SARS-CoV-2. Mais si la charge virale est faible, ce qui peut survenir au début de l'infection, l'écouvillon peut ne pas capter suffisamment de virus pour être détectable. Jingwei Xie et ses collègues voulaient développer un écouvillon en nanofibres qui pourrait absorber puis libérer plus de virus et autres échantillons biologiques, améliorant la sensibilité des tests de diagnostic.

Les chercheurs ont utilisé une technique d'électrofilage pour fabriquer des cylindres de 1 cm de long composés de couches de nanofibres alignées, qu'ils ont enduites d'une fine couche de gélatine et collées à des bâtonnets en plastique. Lors de tests en laboratoire, les cylindres de nanofibres poreuses ont absorbé et libéré plus de protéines, de cellules, de bactéries, d'ADN et de virus à partir de liquides et de surfaces que les écouvillons en coton ou floqués couramment utilisés pour les tests COVID-19. L'équipe a effectué des dilutions du virus SARS-CoV-2, a prélevé des échantillons liquides et testé l'ARN viral avec RT-PCR. Par rapport aux deux autres types d'écouvillons, les nanofibres ont réduit le taux de faux négatifs et ont détecté le SARS-CoV-2 à une concentration 10 fois inférieure. En plus de permettre des tests COVID-19 plus précis et plus sensibles, les écouvillons en nanofibres ont un potentiel considérable pour diagnostiquer d'autres maladies, tester les maladies d'origine alimentaire et aider les équipes médico-légales à identifier les suspects de crime à partir de minuscules spécimens biologiques, disent les chercheurs.

Mise à jour du 2 février 2021. A lire sur le site de l'ISO, Tests effectués par les laboratoires médicaux:

La future spécification technique ISO/TS 5798, Quality practice for detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods (Pratique de qualité pour la détection du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par des méthodes d’amplification des acides nucléiques), énoncera en détail des considérations concernant la conception, la mise au point, la vérification, la validation et la mise en œuvre de tests analytiques permettant de détecter le SARS-CoV-2 par des méthodes d’amplification des acides nucléiques. Elle présentera les diverses étapes du processus de pré-examen et d’examen des échantillons des voies respiratoires ainsi que leurs paramètres pertinents.

Prélèvements de surface, et si vous passiez au ruban adhésif en lieu et place du frottis par écouvillon

« Une étude ruban adhésif versus écouvillons montrent qu'il vaut mieux adhérer que glisser », source article Kelsey M. Mackin paru le 31 mai 2019 dans Food Safety News.

Pour ce qui est de la sécurité des aliments, il est essentiel de pouvoir détecter les bactéries pathogènes dans les zones de production alimentaire. Bien que l'écouvillonnage des machines, des surfaces dures et d'autres éléments environnementaux ait constitué une méthode d'échantillonnage bien établie et à la pointe de la technologie pour cette détection, il présente plusieurs inconvénients, selon une étude récemment publiée dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.

Problèmes abordés « … standardisation, manipulation globale et surveillance à long terme » a conduit la société à développer et à évaluer une méthode aussi sensible que l'écouvillonnage environnemental, qui est de surcroît, plus facile à utiliser et à moindre coût. L'étude a révélé que l'utilisation de ruban adhésif pour collecter des échantillons sur des surfaces des ateliers de transformation alimentaires où l'antisepsie est requise est « plus facile et moins onéreuse que l'écouvillonnage, tout en étant sensible à la fois. »

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Les surfaces des usines de transformation alimentaires doivent être nettoyées régulièrement. Contrairement aux écouvillons, les adhésifs contaminés artificiellement ont été en mesure de fournir un enregistrement de la contamination qui a eu lieu pendant au moins deux semaines, malgré le lavage, le rinçage à l’eau ou le nettoyage avec un désinfectant à base d’alcool, Mikrozid, afin de. simuler des pratiques de nettoyage.

« La récupération [de l'ADN] des adhésifs était plutôt variable, autour de 30%, mais ne diminuait pas distinctement après 14 jours de stockage », indique l'étude. « Cela suggère la possibilité d'un échantillonnage sur deux semaines également. »

Les chercheurs ont placé des autocollants à différents endroits, comme des interrupteurs et des portes. L’expérience de validation a montré que les deux espèces bactériennes étaient détectées à plusieurs reprises.

En revanche, la méthode par écouvillonnage n’est pas pratique sur des surfaces complexes comme les poignées de porte, les interrupteurs et les objets façonnés, qui sont d’autres objets susceptibles d’être contaminés et de propager des micro-organismes infectieux. Selon l'étude les écouvillons absorbent mal les bactéries sur des surfaces sèches.

« Dans les installations de production alimentaire, le frottis conventionnel (à l'aide d'un écouvillon) en tant que méthode standardisée ne peut être qu'un instantané », ont écrit les chercheurs. « Par exemple, il n’est pas possible de reconstruire les informations sur l’état d’hier après nettoyage. En outre, lorsque des écouvillons humidifiés ou des méthodes d'échantillonnage à l'aide de boîtes contact sont utilisés, ils introduisent le milieu de croissance dans un environnement soi-disant propre, ce qui rend nécessaire une désinfection ultérieure. »

Les chercheurs ont montré que les rubans adhésifs en papier ordinaire pouvaient non seulement piéger les agents pathogènes bactériens et l'ADN associé, mais aussi les agents pathogènes morts, et les agents viables mais non cultivables, qui pouvaient également constituer une menace pour la santé publique.

Comme l'a expliqué un des auteurs de l'article, l'un des principaux avantages des des adhésifs est leur manipulation, car ils sont faciles à distribuer et à collecter. Les adhésifs peuvent être placés directement dans la première étape du protocole de la trousse d’extraction d’ADN. Les chercheurs ont noté qu’ils n’avaient rencontré aucune inhibition, ni perte d’informations lors de l’extraction de l’ADN, ou de la qPCR.

A suivre …