Une étude révèle que les niveaux de résistance aux antibiotiques dans la viande hachée bovine issue d'animaux élevés sans antibiotique ne sont pas plus faibles

Un précédent article avait rapporté l’« Impact des pratiques de production de bovins « élevés antibiotique » sur l'occurrence de la résistance aux antibiotiques ». On pourra aussi lire Etats-Unis : Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez des poulets cachers, des poulets bio et des poulets élevés sans antibiotiques !, Des pathogènes résistants aux antibiotiques persistent chez le porc élevé sans antibiotiques et Le porc sans antibiotique, marketing ou sécurité des aliments ?

Voici une autre étude qui rapporte des niveaux similaires de résistance aux antibiotiques dans la viande hachée bovine, avec et sans l’allégation « élevé sans antibiotique » utilisée dans la restauration commerciale aux Etats-Unis.

« Une étude révèle que les niveaux de résistance dans la viande de burger sans antibiotique ne sont pas inférieurs », source article de Chris Dall paru le 28 novembre 2018 dans CIDRAP News.

Une nouvelle étude réalisée par des chercheurs du ministère de l'agriculture des États-Unis a révélé des niveaux similaires de résistance aux antibiotiques dans la viande hachée bovine d’animaux élevés avec et sans antibiotique. Les résultats ont été publiés dans le Journal of Food Protection.

Les auteurs de l'étude affirment que les données, ainsi que les recherches antérieures qu'ils ont effectuées sur les animaux élevés de manière conventionnelle et « élevés sans antibiotique », suggèrent que l'utilisation d'antibiotiques dans la production de bétail américaine n'a « qu'un impact minime, voire nul, sur la résistance aux antibiotiques chez les bactéries résidentes ».

Cette découverte intervient à un moment où de vives inquiétudes sont souvevées quant à l'utilisation des antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments, qui consomment entre 70% et 80% des antibiotiques importants sur le plan médical vendus dans le monde, et les effets de cette utilisation sur la santé humaine.

L’Organisation mondiale de la santé et d’autres groupes de santé publique ont appelé à des limites quant à leur utilisation chez les animaux d’élevage et la volaille, affirmant que l’utilisation généralisée de ces médicaments comme promoteur de croissance et la prévention des maladies chez des animaux en bonne santé contribuait à l’émergence d’agents pathogènes transmis à l'homme par la viande.

Cette inquiétude a entraîné une demande croissante des consommateurs pour de la viande sans avoir recours à des antibiotiques médicalement importants. L’impact le plus important a été observé dans l’industrie de la volaille, plusieurs grandes chaînes de restaurants et des producteurs de volailles se sont engagés à enlever les antibiotiques d’importance médicale de la chaîne de production. Les défenseurs de la viande sans antibiotique poussent maintenant l’industrie du bœuf et du porc à opérer des changements similaires.

Mais, les auteurs de l’étude affirment qu’il existe peu de recherches examinées par des pairs à l’appui des allégations selon lesquelles les produits de viande issus d’animaux « élevés sans antibiotique » contiennent moins de bactéries résistantes aux antibiotiques, et la plupart d’entre elles concernent la volaille. Ils disent que leurs conclusions suggèrent que ces allégations pourraient ne pas être justifiées pour la viande hachée bovine.

« Nous avons constaté que les viandes conventionnelles et les viandes issues d’animaux « élevés sans antibiotique » présentaient des niveaux similaires de résistance aux antibiotiques », a déclaré au CIDRAP News, l'auteur principal, John Schmidt, microbiologiste à l’Agricultural Research Service de l'USDA. « Donc, vous ne pouvez pas soutenir avec des données la notion qu'il y a plus de résistance aux antibiotiques dans le viande hachée bovine conventionnelle … du moins aux États-Unis. »

Résistance dans la viande des deux systèmes de production

Pour comparer les niveaux de résistance aux antibiotiques dans la viande hachée bovine issue d’animaux élevés de façon conventionnelle et élevés sans antibiotique, Schmidt et ses collègues ont recueilli des échantillons de viande hachée bovine sur une période de 13 mois auprès de trois sociétés de restauration commerciale ayant reçu de la viande conventionnelle et de la viande issus d’animaux élevés sans antibiotique provenant de plusieurs abattoirs. Sur les 370 échantillons recueillis, 191 provenaient de bovins élevés de façon conventionnelle et 179 portaient un étiquetage : viande issue d’animaux élevés sans antibiotique.

Pour déterminer les niveaux de résistance aux antibiotiques, les chercheurs ont cultivé plusieurs types de bactéries à partir des échantillons, en se concentrant principalement sur les principales bactéries d’origine alimentaire (Escherichia coli, Salmonella enterica et Enterococcus spp.) qui sont courantes dans la viande et dans lesquelles la résistance aux antibiotiques pourrait avoir un impact sur la santé humaine. Ils ont également cultivé Staphylococcus aureus, car il est à craindre que l'utilisation d'antibiotiques chez les bovins puisse contribuer à la propagation de S. aureus résistant à la méthicilline (SARM). En outre, l'équipe a isolé l'ADN de toutes ces bactéries qui correspond au métagénome de chaque échantillon et évalué l'abondance de gènes de résistance aux antibiotiques en utilisant une PCR quantitative.

Dans l'ensemble, les résultats ont montré que les niveaux de bactéries résistantes aux antibiotiques dans tous les échantillons de viande hachée bovine ne constituaient qu'une petite partie de la flore bactérienne globale. Les micro-organismes résistants aux antibiotiques les plus remarquables étaient E. coli résistant à la tetracycline, qui était plus fréquemment détecté parmi les échantillons conventionnels que dans les échantillons de viandes issues d’animaux élevés sans antibiotique (54,2% contre 35,2%, p < 0,01), et les entérocoques résistants à la tétracycline, qui ont été retrouvés dans 94,8% des échantillons conventionnels et 91,1% des échantillons de viandes issues d’animaux élevés sans antibiotique. Dans les deux cas, la détection des bactéries résistantes était très différente selon les fournisseurs.

Salmonella résistant à la tétracycline, E. coli résistants aux céphalosporines de troisième génération, des entérocoques résistants à l'érythromycine et des SARM ont été décelés en plus petites quantités parmi les échantillons de viande bovine hachée issue d’animaux élevés de façon conventionnelle et d’animaux élevés sans antibiotique, les chercheurs ont conclu que le fournisseur avait un impact plus important que le système de production.

Lorsque les chercheurs ont évalué l'abondance des gènes de la résistance aux antibiotiques, ils ont constaté que deux des gènes de résistance à la tétracycline les plus courants, tetA et tetB, étaient significativement plus abondants dans la viande bovine hachée issue d’animaux élevés sans antibiotique.

« J'appelle ça, globalement, un match nul », a déclaré Schmidt. « En fin de compte, nous avons trouvé des niveaux de résistance similaires dans la viande provenant des deux systèmes de production. »

Alors, comment des bactéries résistantes aux antibiotiques et les gènes de résistances aux antibiotiques se sont-ils retrouvés dans de la viande hachée bovine issue d’animaux élevés sans antibiotique ?

Schmidt a dit que bien qu'il soit impossible d'identifier la source exacte, il n'est pas étonnant qu'ils en aient trouvées dans de la viande hachée bovine n'ayant pas été exposé aux antibiotiques.

« Vous n'avez pas besoin d'antibiotiques pour contracter une résistance aux antibiotiques » a expliqué Schmidt, citant une étude publiée en 2011 dans Nature dans laquelle on avait découvert des gènes de résistance aux antibiotiques dans le permafrost congelé depuis plus de 30 000 ans. « Dans tout environnement où il y a des bactéries, il y aura de la résistance, et comme la viande hachée bovine issue d’animaux élevés sans antibiotique, comme toute viande, n'est pas stérile, il y aura donc des bactéries et il y aura de la résistance. »

Il est également possible que les bactéries résistantes aux antibiotiques et les gènes de résistance présents dans les échantillons de viande hachée bovine issue d’animaux élevés sans antibiotique aient été acquis au cours de la transformation. L'analyse phylogénétique a montré que les microbiomes de la viande hachée bovine issues d’animaux élevés sans antibiotique et d’animaux élevés de façon conventionnelle chez un fournisseur étaient similaires, mais variaient d'un fournisseur à l'autre. « Cela signifie que quelque chose chez ce fournisseur contribue à la flore finale que vous voyez », a déclaré Schmidt, bien qu'il ait souligné qu'aucune conclusion sur l'hygiène ne pouvait être tirée de l'étude.

Aucune conclusion ne peut non plus être tirée sur les conséquences pour la santé humaine à propos des bactéries résistantes aux antibiotiques et des gènes de résistance aux antibiotiques qu'ils ont trouvés. « L'impact réel sur la santé humaine ... n'est pas clair », a déclaré Schmidt. « Il y a tellement d'étapes entre la résistance que nous avons trouvée jusqu’à l'échec hypothétique du traitement que nous avons constaté. »

Schmidt a également ajouté que les résultats ne devraient pas être interprétés comme une autorisation d'utiliser des antibiotiques chez des animaux producteurs d'aliments sans réglementation.

Définir le 'sans antibiotique'

Gail Hansen, consultante en santé publique et en médecine vétérinaire qui n'a pas participé à la recherche, a déclaré que les résultats témoignaient de l'efficacité avec laquelle l'industrie du bœuf avait réagi à l'épidémie de E. coli O157:H7 en 1993, liée à des galettes de bœuf contaminées chez Jack in the Box, une épidémie qui a rendu malade plus de 700 personnes et entraîné la mort de quatre enfants.

« L'industrie a réagi en modifiant certaines de ses pratiques. Parmi celles-ci, il y a des procédures et des processus sanitaires visant à minimiser la contamination microbienne de la viande hachée bovine », a déclaré Hansen à CIDRAP News. « Ce que l'étude a montré, c'est que lorsque vous agissez de la sorte, vous réduisez les bactéries présentes dans la viande hachée bovine, à la fois les bactéries résistantes aux antibiotiques et les bactéries sensibles aux antibiotiques. »

Mais cela montre aussi que l’étiquetage ‘sans antibiotiques’ sur la viande hachée bovine et les autres produits de viande doivent être prises avec beaucoup de précaution. « Tous les animaux ‘élevés sans antibiotiques’ ne sont pas gardés dans des endroits qui ont toujours été exempts d'antibiotiques et, comme les bactéries résistantes aux antibiotiques et les gènes de résistance ne sont pas statiques, ils peuvent entrer dans l'approvisionnement alimentaire », a dit Hansen. « Ce n’est pas parce que les animaux sont élevés sans antibiotiques qu’ils seront complètement exempt de bactéries et que ce ne sera pas non plus des bactéries résistantes aux antibiotiques. »

Hansen note également que l'étude examine uniquement une voie par laquelle l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail et la volaille peut affecter la santé humaine. « Les gènes de résistance aux antibiotiques peuvent pénétrer le fumier, le sol, l'eau, l'air », a-t-elle dit. « Je pense que nous devons regarder au-delà de ce qui se passe de la viande à notre bouche ; nous devons examiner la résistance aux antibiotiques dans un contexte beaucoup plus large, One Health (Une seule santé). »