A propos des bactéries productrices de toxines

«Identifier plus rapidement les bactéries productrices de toxines», source Anses.

Améliorer l’identification des bactéries productrices de toxines est un vrai défi pour comprendre les épisodes d’intoxications alimentaires. Dans le cadre du Programme conjoint européen «One Health» coordonné par l’Anses, l’agence a coordonné un projet collaboratif européen sur les bactéries productrices de toxines qui provoquent le plus de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC).

Staphylococcus aureus, Bacillus cereus et Clostridium perfringens étaient au cœur du projet européen TOX-Detect. Ce trio n’a pas été choisi au hasard : il s’agit des bactéries productrices de toxines les plus fréquemment impliquées dans les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Selon le rapport de l'Union européenne sur les zoonoses One Health 2021 publié par l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) les toxines bactériennes sont la deuxième cause de TIAC après les bactéries elles-mêmes (17%).

Le projet, coordonné par l’Anses, a débuté en 2018 pour une durée de 3 ans. Il a été financé par le programme One Health European Joint Programme (EJP) et a impliqué l’Institut Pasteur, l’Inrae ainsi que différents partenaires de plusieurs pays européens.

«Selon les souches bactériennes, l’expression des facteurs de virulence n’est pas la même. Ces facteurs de virulence sont par exemple la présence de protéines d’adhésion ou la production de toxines, dans l’aliment ou dans l’organisme. Ils servent aux bactéries à contrer les défenses que l’hôte pourrait leur opposer, explique Yacine Nia, co-coordinateur du projet et chef d’unité adjoint de l’unité Staphylococcus, Bacillus, Clostridium (SBCL), du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses. La capacité de la bactérie à nuire à l’organisme sera plus ou moins élevée en fonction de ces facteurs de virulence.»

La plupart des intoxications provoquées par les toxines des trois bactéries étudiées engendrent des symptômes de type gastro-intestinaux (nausées, vomissements, douleurs abdominales, diarrhées). Des décès peuvent survenir, notamment chez les sujets les plus sensibles.

Parmi les sujte d’intérêt,

- Une méthode rapide d’identification de l’espèce bactérienne

- Reconnaître les bactéries grâce à la masse de leurs protéines

- Une spectrothèque adaptée aux bactéries isolées d’aliments, d’animaux ou dans l’environnement

Informations et les publications du projet TOX-Detect sur le site du One Health EJP.

Mise à jour du 18 décembre 2023

Selon un article de Joe Whitworth de Food Safety News sur le bilan 2022 des zoonoses au sein de l’UE,

Avec 1 020 cas, la France est responsable de près de 90% de tous les foyers de cas causés par des toxines bactériennes dans l'UE. Les toxines de Bacillus cereus se sont classées en première position et ont été l'agent causal de cinq épidémies avec plus de 100 cas, signalées par l'Espagne et la France.

Ressources sur la résistance aux antimicrobiens

Ressources sur la résistance aux antimicrobiens, source American Society for Microbiology.

L’adaptation est une conséquence naturelle de l’exposition aux antimicrobiens qui rend la résistance aux antimicrobiens (diminution de la sensibilité aux agents antimicrobiens) inévitable et irréversible. L’utilisation excessive d’agents antimicrobiens en médecine, dans la production d’animaux destinés à l’alimentation humaine et dans la protection des cultures a provoqué une résistance croissante à ces agents.

À mesure que l’efficacité des agents antimicrobiens existants diminue, les infections seront plus difficiles et plus coûteuses à traiter et les épidémies plus difficiles à contrôler. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) prévoit la perspective terrifiante de 10 millions de décès liés à la résistance aux antimicrobiens par an dans le monde d’ici 2050.

Principales causes de la résistance aux antimicrobiens :

- Surprescription d’antimicrobiens.
- Traitement raccourci ou observance incomplète du traitement antimicrobien.
- Surutilisation des antimicrobiens dans l’élevage et la pisciculture.
- Faible contrôle des infections dans les établissements de soins de santé.
- Faible hygiène et nettoyage-désinfection
- Découverte limitée de nouveaux antimicrobiens.

Les gènes de la résistance aux antimicrobiens sont incroyablement dispersés et circulent parmi les humains, les animaux, les plantes et l'environnement, et la mise en œuvre d'une approche One Health est essentielle pour lutter contre la propagation de la résistance.

Pour aller plus loin, voir ici.

NB : résistance aux antimicrobiens = résistance aux antibiotiques

En France, on lira ce document de l’Anses, «Antibiorésistance en santé animale : bilan 2023».

Par les missions qu’elle exerce, l’Anses contribue à lutter contre l'antibiorésistance. À l’occasion de la semaine mondiale pour le bon usage des antibiotiques, l'Agence publie les données recueillies en 2022 pour :

- Le suivi des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antimicrobiens,
- Le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath),
- Le dispositif européen de surveillance de l’antibiorésistance dans la chaîne alimentaire.

Une conférence sur le concept One Health / Une seule Santé le 13 novembre

75% des maladies infectieuses nouvellement émergentes ou réémergentes sont d’origine animale. Le concept OneHealth ou Une seule Santé n’est pas nouveau, mais il est temps de le transformer du concept en réalité.

Rejoignez notre conférence le 13 novembre où nous discuterons de l’avenir de «One Health» en Europe. 

75% of newly emerging or re-emerging infectious diseases are of animal origin. #OneHealth is not new, but it is time to transform it from a concept into reality.

Join our conference on 13 November where we will discuss the future of ‘One Health’ in Europe.

— EU Food Safety - #EUFarm2Fork (@Food_EU) November 3, 2023

On lira cet article de l’Anses du 23 mars 2023, «One Health : une seule santé pour les êtres vivants et les écosystèmes».

One Health vise à promouvoir une approche pluridisciplinaire et globale des enjeux sanitaires. D’où vient cette approche et en quoi consiste-elle ? 

L’OCDE appelle à un ensemble de politiques One Health pour limiter l’impact de la résistance aux antibiotiques

«L’OCDE appelle à un ensemble de politiques One Health pour limiter l’impact de la résistance aux antibiotiques», source article de Chris Dall paru le 15 septembre dans CIDRAP News.

Un nouveau rapport de l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) suggère que la mise en œuvre d'une combinaison d'interventions politiques rentables en matière de santé humaine et animale et de sécurité alimentaire pourrait limiter les conséquences sanitaires, économiques et sociales de la résistance aux antimicrobiens (RAM). vérifier.

Mais les décideurs politiques doivent agir de toute urgence.

Basé sur un modèle de microsimulation et une analyse par apprentissage automatique des données sur la RAM et la consommation d'antibiotiques de l'OCDE, de l'Union européenne et de l’Espace économique européen (UE et EEE) et des pays du G20, le rapport conclut que, à moins que les gouvernements ne mettent en œuvre un ensemble de politiques One Health plus strictes pour En réduisant l’utilisation d’antibiotiques humains et vétérinaires et en prévenant les infections hospitalières et d’origine alimentaire, les niveaux de RAM resteront élevés au cours des 25 prochaines années, entraînant des dizaines de milliers de décès chaque année et des coûts de santé supérieurs à ceux observés pendant la pandémie de COVID-19.

«Le coût de l'inaction dans la lutte contre la RAM est élevé», indique le rapport. «Les résultats de l'analyse de l'OCDE démontrent qu'une action politique fondée sur une approche «One Health» est nécessaire de toute urgence pour lutter contre la RAM.»

La résistance restera élevée dans le contexte des tendances actuelles

Sur la base des données de 2000 à 2019 et des tendances actuelles, le rapport estime que la consommation totale d'antibiotiques humains et animaux dans les pays de l'OCDE, de l'UE et de l’EEE et du G20 restera aux niveaux actuels d'ici 2035 si aucune mesure supplémentaire n'est prise, malgré quelques légères baisses. consommation humaine d’antibiotiques – et des réductions encore plus importantes de l’utilisation d’antibiotiques chez le bétail et la volaille – qui ont été observées ces dernières années.

Cette projection repose sur le fait que, même si la consommation humaine d’antibiotiques se stabilise dans de nombreux pays à revenu élevé, elle augmente considérablement dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. En outre, l’utilisation d’antibiotiques de dernier recours, comme les carbapénèmes, devrait augmenter à mesure que le nombre d’infections multirésistantes augmente.

De même, le rapport prévoit que les tendances des proportions de résistance (c'est-à-dire la proportion d'infections causées par des bactéries résistantes), moyennes pour 12 combinaisons antibiotiques-bactéries prioritaires, resteront également essentiellement stables si les tendances actuelles de la RAM se poursuivent et qu'aucune autre mesure politique n'est prise. Mais les proportions moyennes de résistance (20% dans les pays de l’OCDE, 22% dans l’UE et l’EEE et 30% dans le G20) sont déjà préoccupantes et masquent de larges variations selon les pays.

Par exemple, alors que les proportions moyennes de résistance sont de 6% en Norvège et au Danemark, plus de 44% des infections en Turquie et en Grèce sont causées par des infections résistantes aux antibiotiques. Et cet écart va probablement se creuser sans efforts pour réduire la consommation d’antibiotiques, ce qui signifie que les pays ayant des proportions moyennes de résistance élevées seront dans une situation pire d’ici 2035.

«Cela indique que les pays situés à l'extrémité supérieure de la fourchette doivent faire davantage pour inverser les tendances actuelles, sinon ils continueront à faire face à une résistance élevée et persistante», indique le rapport.

Dans ce scénario, l’OCDE prévoit que la résistance aux antibiotiques de dernier recours nécessaires pour lutter contre les infections multirésistantes pourrait doubler d’ici 2035. D’ici 2050, l’OCDE estime que les infections résistantes pourraient coûter la vie à 79 000 personnes chaque année dans 34 pays de l’OCDE et de l’UE. Les pays de l’EEE coûtent aux systèmes de santé de ces pays environ 29 milliards de dollars américains par an au total, et coûtent à l’économie environ 36,9 milliards de dollars américains en perte de participation et de productivité de la main-d’œuvre.

Un ensemble mixte de politiques One Health

Même si de nombreux pays inclus dans l’analyse ont mis en œuvre des plans d’action nationaux contre la RAM, et certains ont avancé des programmes de lutte contre la RAM, la mise en œuvre est limitée à certaines localités et la conformité n’est pas toujours garantie. Par conséquent, conclut le rapport, «il est primordial de continuer à investir dans des politiques visant à lutter contre la RAM par le biais d'une action multisectorielle».

Grâce à une analyse de modélisation, le rapport identifie 11 interventions One Health qui, si elles étaient mises en œuvre, non seulement atténueraient l’impact de la RAM sur la santé, mais généreraient également des gains économiques.

Bien que l’on estime que les 11 interventions modélisées réduisent les infections et les décès, trois interventions dans les établissements de santé humaine – les programmes de gestion des antimicrobiens (PGAs), l’amélioration de l’hygiène des mains et l’amélioration des pratiques de nettoyage de l’environnement – apporteraient le plus grand bénéfice pour la santé, les PGAs ayant le plus grand impact. sur les infections résistantes et les décès liés à la RAM. Le modèle estime que la mise en œuvre des PGAs pourrait contribuer à éviter 298 000 infections résistantes et à prévenir de plus de 3 200 à 10 000 décès liés à la RAM chaque année dans les 34 pays analysés.

En dehors du secteur de la santé humaine, le modèle de l’OCDE estime que le renforcement des mesures d’hygiène agricole (comme l’utilisation d’équipements de protection individuelle) et une meilleure hygiène lors de la manipulation des aliments pourraient être des moyens efficaces de réduire les infections bactériennes d’origine alimentaire et de limiter l’impact de la RAM.

Si les 34 pays mettaient en œuvre un ensemble mixte de ces politiques dans les secteurs de la santé humaine et non humaine, au lieu de les mettre en œuvre de manière isolée, le modèle estime que 1,6 million d’infections résistantes et 17 000 décès pourraient être évités. Et avec la réduction des dépenses de santé et l’augmentation de la participation et de la productivité de la main-d’œuvre qui en résultent, le modèle estime que le coût annuel moyen de la mise en œuvre de ces interventions serait cinq fois inférieur aux avantages économiques projetés.

«L'augmentation des investissements dans les programmes d'actions One Health contre la RAM est abordable, avec un retour sur investissement nettement supérieur aux coûts de mise en œuvre», conclut le rapport. «Les avantages sanitaires et économiques de la mise en œuvre des politiques One Health sous forme d'ensembles de politiques dépassent de loin les avantages générés par la mise en œuvre de ces politiques de manière isolée.»

Une épidémie dans un zoo met en évidence le risque de la COVID-19 entre l'homme et l'animal

«Une épidémie dans un zoo met en évidence le risque de la COVID-19 entre l'homme et l'animal», source article de Stéphanie Soucheray paru le 14 juillet 2023 paru dans CIDRAP News.

Dans un nouvel article publié dans la revue Eurosurveillance, des investigateurs néerlandais décrivent une épidémie de la COVID-19 chez des gorilles et des lions au zoo de Rotterdam fin 2021, malgré l'utilisation d'équipements de protection individuelle (EPI) par leurs soigneurs.

Le SRAS-CoV-2 a été détecté chez plusieurs animaux de zoo, probablement causé par une transmission interhumaine. Une telle transmission a également été documentée chez les animaux domestiques et sauvages. La dynamique de transmission doit être comprise, ont dit les auteurs de l'étude, pour évaluer le risque de propagation et protéger les animaux du SRAS-CoV-2 dans une perspective One Health.

L'épidémie de Rotterdam s'est produite au cours d'une période de 6 jours en novembre 2021, lorsque plusieurs gorilles des plaines occidentales et lions asiatiques ont souffert de fièvre, de toux et de léthargie. Les gardiens de zoo portaient des EPI depuis 2020, lorsque la pandémie de la COVID-19 a commencé, et les visiteurs du zoo devaient présenter une preuve de vaccination ou un résultat de test COVID négatif pour être admis.

Propagation d'animal à animal également probable

Des tests approfondis sur les animaux et 19 membres du personnel considérés comme des contacts directs et 21 membres du personnel considérés comme des contacts indirects ont suggéré une transmission interhumaine. Les données génomiques de deux gardiens de zoo et des lions et gorilles regroupés, ce qui peut indiquer une transmission entre les animaux et leurs gardiens de zoo, ont dit les auteurs.

«Nous avons considéré un ou plusieurs gardiens de zoo infectieux asymptomatiques, qui peuvent avoir été en contact les uns avec les autres dans des lieux privés ou dans les vestiaires, comme la source la plus probable de l'épidémie», ont dit les auteurs. «La transmission ultérieure d'animal à animal est probablement due au taux d'attaque élevé parmi les animaux et à l'utilisation constante d'EPI par les gardiens de zoo.»

Des mesures strictes doivent être prises dans les zoos pour se protéger contre les événements de débordement du SRAS-CoV-2, concluent les auteurs. «Il est crucial d'adopter des stratégies strictes de prévention et de contrôle pour éviter l'introduction d'agents pathogènes respiratoires dans les populations animales», écrivent-ils.

One Health dans l’UE ? Les autorités allemandes saisissent des chauves-souris cuites à la frontière belge

La dernière fois que je vous ai parlé de la viande de brousse, c’était dans un article intitulé, One Health en France ? Les douanes de Roissy débordées par l’afflux illégal de viande de brousse.

«Au moins, elles sont cuites ?», se demande Joe Whitworth qui m’a communiqué cette information, car «Les autorités allemandes saisissent des chauves-souris cuites à la frontière belge», source dw.com du 12 avril 2023.

La police fédérale a trouvé des chauves-souris cuites et une tonne de poisson non réfrigéré en fouillant une camionnette en provenance de Belgique. Le chauffeur fait face à plusieurs procédures administratives notamment pour violation des lois sur l'hygiène alimentaire.

Un citoyen ivoirien est en détention en Allemagne après qu'il a été découvert que la camionnette qu'il conduisait transportait une charge inhabituelle composée de poisson non réfrigéré et de chauves-souris cuites.

La police fédérale a déclaré qu'une patrouille avait arrêté lundi le véhicule, qui n'était pas assuré, près de la ville frontalière d'Aix-la-Chapelle. Ils ont dit que les chauves-souris ont été retrouvées sous environ une tonne de poissons.

Que savons-nous de plus sur l'incident ?

Les chauves-souris et les poissons ont été confisqués après qu'un vétérinaire du bureau local de protection des consommateurs ait inspecté les lieux. La police a également saisi la camionnette non assurée.

La police a indiqué dans un communiqué que le conducteur de 31 ans, un citoyen ivoirien, faisait désormais l'objet d'une plainte pénale pour divers infractions routières. Il fait également l'objet d'une enquête pour être entré dans le pays sans papiers, ni permis de conduire, ont-ils déclaré.

De plus, des poursuites administratives seront menées à son encontre pour manquements aux règles d'hygiène alimentaire et éventuellement aussi pour d'éventuelles infractions liées aux lois de conservation à cause des chauves-souris.

Il est détenu sur ordre d'un tribunal d'Aix-la-Chapelle en attendant d'être remis aux autorités italiennes, où il est enregistré en tant que résident.

Les chauves-souris, principalement des chauves-souris frugivores, sont consommées par les habitants de nombreux pays du monde, dont la Chine, le Vietnam et l'Indonésie.

L'utilisation d'antibiotiques engendre une résistance «à double sens» chez les humains et les animaux

«L'utilisation d'antibiotiques engendre une résistance «à double sens» chez les humains et les animaux », source article de Chris Dall paru le 4 avril 2023 dans CIDRAP News.

Dans une étude présentée comme la première du genre, une équipe internationale de chercheurs rapporte que l'association entre la consommation d'antibiotiques et la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez les humains et les animaux est une «voie à double sens».

L'étude de modélisation, publiée dans Lancet Planetary Health, a utilisé des données mondiales sur les agents pathogènes résistants aux antibiotiques et la consommation humaine et animale d'antibiotiques pour montrer que chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires, sans surprise, une utilisation accrue d'antibiotiques est associée à une augmentation de la RAM.

Mais le modèle a également estimé qu'une utilisation accrue d'antibiotiques par les animaux producteurs de denrées alimentaires est associée à une résistance accrue des agents pathogènes bactériens qui infectent les humains, tandis que l'utilisation accrue d'antibiotiques chez l'homme est liée à une augmentation des taux de RAM chez les animaux.

En outre, l'étude a révélé que dans certaines parties du monde, des facteurs socio-économiques, tels que le manque d'accès à l'eau potable et à l'assainissement, peuvent avoir plus d'influence sur la résistance aux antimicrobiens que la consommation d'antibiotiques.

Une association bidirectionnelle

Pour l'étude, une équipe dirigée par des chercheurs de la London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM) a utilisé un modèle de régression multivariable et des données nationales 2018 sur la résistance aux antimicrobiens de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), de l'Organisation panaméricaine de la santé et du Center for Disease Dynamics, Economics & Policy pour examiner les associations entre les taux mondiaux de RAM chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires et plusieurs variables indépendantes, notamment la consommation d'antibiotiques et les facteurs de risque sociodémographiques, liés à la santé et environnementaux.

La RAM chez les humains et les animaux se concentre sur les agents pathogènes prioritaires de l'OMS, notamment Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa résistants aux carbapénèmes, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae de troisième génération résistants aux céphalosporines, Staphylococcus aureus résistant à l'oxacilline et Enterococcus faecium résistant à la vancomycine. Les taux de résistance aux antimicrobiens chez les animaux étaient basés sur la résistance moyenne au niveau national chez les bovins, les porcs et les poulets.

Les données brutes ont montré que les taux les plus élevés de RAM pour les agents pathogènes humains ont été observés dans les pays à revenu faible et intermédiaire (LMICs pour low- and middle-income countries) et les plus faibles dans les pays à revenu élevé (HICs pour lowest in high-income countries) - une constatation qui a été observée dans des études précédentes. À l'inverse, les taux de RAM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires étaient les plus élevés dans les HICs et les plus faibles dans les LMICs.

Le modèle de régression multivariable a montré que pour les agents pathogènes prioritaires critiques de l'OMS, l'augmentation de la consommation humaine de carbapénèmes et de céphalosporines, qui sont utilisés pour traiter les infections causées par ces agents pathogènes, était associée à une augmentation de la RAM (odds ratio [OR], 1,06 ; intervalle de confiance à 95% [IC], 1,00 à 1,12). L'association entre la consommation humaine d'antibiotiques et la résistance aux antimicrobiens était encore plus grande pour les agents pathogènes hautement prioritaires de l'OMS (OR, 1,22 ; IC à 95%, 1,09 à 1,37). Une consommation plus élevée d'antibiotiques chez l'homme était associée à une plus grande résistance pour presque toutes les combinaisons antibiotique-microbe.

Une association similaire a été observée entre la consommation d'antibiotiques et la RAM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires (OR, 1,05 ; IC à 95%, 1,01 à 1,10).

Mais le modèle a également montré une association bidirectionnelle. La consommation d'antibiotiques chez les animaux producteurs de denrées alimentaires était positivement liée à la résistance des agents pathogènes prioritaires critiques (OR, 1,07 ; IC à 95%, 1,01 à 1,13), tandis que la consommation de carbapénèmes et des céphalosporines chez l'homme était positivement liée à la résistance aux antimicrobiens chez les animaux producteurs de denrées alimentaires (OR, 1,05 ; IC à 95%, 1,01 à 1,09).

«Au meilleur [de] nos connaissances, notre étude est la première à identifier ces associations bidirectionnelles animal-humain à l'échelle mondiale», ont écrit les auteurs de l'étude. «La signification conservée de la bidirectionnalité à cette échelle, et après ajustement pour d'autres covariables, apporte des preuves importantes au paradigme One Health.»

Des interventions One Health plus fortes sont nécessaires

Le modèle a également révélé qu'un résumé de l'inégalité des revenus appelé indice GINI était associé à une résistance accrue des agents pathogènes prioritaires de l'OMS (OR, 1,09 ; IC à 95%, 1,07 à 1,19), tandis que des taux de mortalité plus élevés attribuables à l'eau insalubre, à l'hygiène, et l'assainissement étaient associés à une résistance accrue des agents pathogènes de priorité moyenne de l'OMS (OR, 1,17 ; IC à 95%, 1,02 à 1,36).

«Par conséquent, nos modèles sont cohérents avec la littérature précédente, montrant que les facteurs indiquant un statut socio-économique inférieur sont associés à des niveaux plus élevés de RAM chez l'homme», ont écrit les auteurs. «Ces associations s'expliquent probablement par la dissémination incontrôlée de bactéries résistantes qui peut se produire dans des contextes où les services d'assainissement sont insuffisants et l'accès aux soins de santé est réduit.»

Dans le même temps, les indicateurs d'une gouvernance plus fiable, tels que les réglementations sur l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments, étaient associés à une résistance aux antimicrobiens plus faible.

Les auteurs affirment que ces résultats, pris ensemble, mettent en évidence le fait que si la consommation d'antibiotiques est un facteur important de la RAM, ce n'est pas le seul facteur. Et la lutte contre la résistance aux antimicrobiens dans le monde nécessitera plus d'une réduction juste des taux de consommation d'antibiotiques chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires.

«Concevoir des interventions autour de cette image holistique de la résistance sera essentiel pour lutter contre ce qui est rapidement devenu l'une des plus grandes menaces pour la santé mondiale», a dit l'auteur principal Laith Yakob de la LSHTM, dans un communiqué de presse. «À l'avenir, nous recommandons des politiques et des réglementations nationales plus strictes sur l'utilisation et la prescription d'antibiotiques chez les animaux et les humains, ainsi qu'une gouvernance, une transparence et une responsabilité améliorées, en particulier parmi les pays les plus touchés par la maladie.»

Augmentation mondiale des gènes de résistance aux antibiotiques dans les plasmides conjugatifs. Plus que jamais One Health ?

Très intéressant article paru dans Microbiology Spectrum, une revue de l’American Society for Microbiogogy qui traite de l’augmentation mondial des gènes de résistance aux antibiotiques dans les plasmides conjugatifs (Global Increase of Antibiotic Resistance Genes in Conjugative Plasmids). Article disponible en intégralité.

Globalement, un plasmide conjugatif est un plasmide possédant des gènes permettant son transfert d’une bactérie à une autre lors de la conjugaison.  Ces gènes peuvent être des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA).

Résumé

La résistance aux antibiotiques se propage dans le monde entier, mais les mécanismes de diffusion prédominants ne sont pas entièrement compris. Ici, nous rapportons que l'abondance des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) dans les plasmides conjugatifs qui sont enregistrés dans la base de données de plasmides RefSeq du National Center for Biotechnology Information (NCBI) augmente à l'échelle mondiale, ce qui est probablement un facteur clé dans la propagation de la résistance.

L'abondance de GRA dans les plasmides a été multipliée par 10 à l'échelle mondiale entre 2000 et 2020 (de 0,25 à 2,93 copies de GRA/plasmide), une augmentation plus prononcée étant observée dans les pays à revenu faible à intermédiaire. Cette tendance à la hausse des GRA d’origine plasmidique a été corroborée par un rééchantillonnage bootstrap pour chaque année de la base de données de plasmides NCBI RefSeq.

Les résultats d'une analyse de corrélation impliquent que si la consommation d'antibiotiques continue de croître aux taux actuels, une augmentation globale de 2,7 fois de l'abondance des GRA des plasmides cliniquement pertinents pourrait être atteinte d'ici 2030. Des similitudes de séquence élevées de plasmides conjugatifs cliniquement pertinents qui sont isolés à la fois en clinique et dans l'environnement soulèvent des inquiétudes quant au résistome environnemental servant de réservoir de maintenance des GRA potentiels qui facilite la transmission à travers ces frontières écologiques.

Importance

La propagation de la résistance aux antibiotiques est une préoccupation importante en raison de ses impacts prévus sur la santé mondiale et l'économie.

Cependant, les mécanismes de propagation mondiaux ne sont pas entièrement compris, dont les tendances régionales et temporelles de l'abondance des plasmides de résistance qui facilitent la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques (GRA).

Cette étude sans précédent rapporte que l'abondance de GRA dans les plasmides conjugatifs qui sont enregistrés dans la base de données du National Center for Biotechnology Information (NCBI) et hébergent des GRA augmente à l'échelle mondiale avec la consommation d'antibiotiques, en particulier dans les pays à revenu faible à intermédiaire.

Grâce à des analyses génomiques en réseau et comparatives, nous avons également trouvé des similitudes élevées de séquence de plasmides conjugatifs de résistance cliniquement pertinents qui ont été isolés à partir de sources cliniques et environnementales, suggérant une transmission entre ces frontières écologiques. Par conséquent, cette étude éclaire la perspective One Health pour développer des stratégies efficaces permettant de freiner la propagation de la résistance aux antibiotiques d'origine plasmidique.

Quatre agences appellent à une action renforcée contre les menaces One Health

«Quatre agences appellent à une action renforcée contre les menaces One Health», source article de Lisa Schnirring paru le 27 mars 2023 dans CIDRAP News.

Après leur première réunion factuelle, quatre agences mondiales de la santé ont lancé un appel urgent à une action plus intense sur une multitude de problèmes de santé qui relèvent de l'égide One Health, comprenant les maladies zoonotiques, la résistance aux antimicrobiens (RAM), la sécurité des aliments, et les impacts du changement climatique.

Ces agences comprennent l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), le Programme des Nations Unies pour l'environnement (PNUE), l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation mondiale de la santé animale (WOAH).

Les groupes ont exhorté les pays à donner la priorité aux actions et à la collaboration dans sept domaines politiques clés, notamment en mettant l'accent sur les initiatives internationales et nationales One Health. Les responsables ont également fait pression pour renforcer les effectifs One Health, renforcer les programmes visant à réduire le risque de propagation zoonotique, favoriser la recherche et les échanges de technologies et augmenter les investissements financiers dans les stratégies et plans One Health.

En octobre, les agences avaient publié un plan d'action de 86 pages qui comprend des activités, des livrables et des échéanciers spécifiques. Il existe six pistes d'action, qui comprennent, par exemple, la réduction du risque d'épidémies et de pandémies zoonotiques émergentes et ré-émergentes et le contrôle et l'élimination des zoonoses endémiques, des maladies tropicales négligées et des maladies à transmission vectorielle. Un autre consiste à freiner la pandémie silencieuse de RAM.

Une étude suggère que E. coli présent dans la viande pourrait causer des infections urinaires

«Une étude suggère que E. coli présent dans la viande pourrait causer des infections urinaires», source article de Chris Dall paru le 24 mars 2023 dans CIDRAP News.

Une nouvelle étude menée par des chercheurs américains suggère que les bactéries présentes dans la viande pourraient être une source importante d'infections des voies urinaires humaines (IVUs).

L'étude, publiée le mois dernier dans la revue One Health, a appliqué une analyse génomique comparative et une nouvelle méthode de modélisation à plus de 3 000 isolats de Escherichia coli provenant d'infections cliniques humaines et de produits crus de dinde, de poulet et de porc dans une petite ville américaine. Leur analyse a révélé que 8% des isolats cliniques de E coli, qui provenaient principalement d'infections urinaires, provenaient de la viande.

Si extrapolé à l'ensemble de la population américaine, cela signifierait que E. coli d'origine alimentaire pourrait représenter jusqu'à 480 000 à 640 000 des 6 à 8 millions d'infections urinaires enregistrées aux États-Unis chaque année. E coli est la principale cause des infections urinaires.

Les auteurs disent que les résultats de l'étude fournissent des preuves convaincantes que des souches potentiellement dangereuses de E. coli passent des animaux aux humains par le biais du système alimentaire.

À la recherche du lien entre E coli d'origine alimentaire et les infections urinaires

Pour l'étude, une équipe dirigée par des chercheurs de l’Antibiotic Resistance Action Center du Milken Institute of Public Health de l'Université George Washington a analysé 3 111 isolats de E. coli prélevés dans un hôpital (1 188 isolats) et à partir d'échantillons de viande dans plusieurs magasins de détail (1 923 isolats) à Flagstaff, Arizona, en 2012. Ils ont utilisé le séquençage du génome entier pour identifier les séquences types (ST) de E. coli et des morceaux d'ADN connus sous le nom d'éléments génétiques mobiles (MGEs pour mobile genetic elements) qui étaient associés à des isolats humains et à des isolats de viande.

E. coli d'origine alimentaire est généralement associé à des maladies gastro-intestinales et certaines souches causant la diarrhée sont suivies par les autorités sanitaires pour s'assurer qu'elles ne contaminent pas l'approvisionnement alimentaire. Mais l'idée que les bactéries entériques pourraient également être une cause d'infections urinaires a été proposée il y a plus de 60 ans et a ensuite été soutenue par des enquêtes sporadiques sur les épidémies, notent les chercheurs. Ils ont ajouté des preuves supplémentaires dans une étude publiée dans mBio en 2018.

Cette étude, qui a utilisé la même collection d'isolats de E. coli, a révélé que ST131-H22, une lignée d'une souche de E. coli multirésistante qui provoque des infections urinaires compliquées, était répandue dans les échantillons cliniques et la viande de poulet et de dinde. L'une des découvertes qui ont confirmé les résultats de cette étude était que les isolats associés à l'homme et à la volaille de cette souche de E. coli partageaient un MGE qui provenait probablement de la volaille.

Avec l'étude actuelle, l'équipe de recherche, qui comprenait également des scientifiques de l'Université du Nord de l'Arizona, de l'Institut de recherche en génomique translationnelle de l'Université du Michigan et de l'Université du Minnesota, a voulu identifier le nombre total de MGEs dans l'ensemble de la collection des isolats de E. coli et déterminer si ces MGEs proviennent d'humains ou d'échantillons de viande.

«Que les isolats proviennent d'échantillons de viande ou de personnes, nous voulions savoir quelle est la source la plus probable», a dit Lance Price, auteur correspondant et directeur de l’Antibiotic Resistance Action Center à CIDRAP News. «Est-ce que ça vient de la viande, ou des personnes ?»

Parmi les isolats, Price et ses collègues ont identifié 443 Sts, 247 qui ne comprenaient que des isolats de viande, 120 qui ne comprenaient que des isolats humains et 76 qui comprenaient les deux. L'analyse phylogénétique du génome central a suggéré des transitions d'hôtes, mais il en fallait plus pour identifier la transmission zoonotique récente.

L'analyse des gènes accessoires de E. coli à partir d’échantillons cliniques et d’échantillons de viande a identifié 17 MGEs, dont six étaient associés à l'homme et 11 à la viande. Le modèle statistique utilisé par Price et ses collègues a ensuite utilisé ces informations pour prédire l'origine probable de chaque isolat. Sur les 1 162 isolats cliniques de E. coli, le modèle a identifié 98 (8,4%) comme provenant de la viande.

Une analyse plus approfondie de ces isolats de E. coli zoonotiques d'origine alimentaire (FZEC pour foodborne zoonotic E. coli) a révélé qu'ils étaient tout aussi susceptibles de provoquer des infections urinaires symptomatiques et une septicémie que les E. coli d'origine humaine. Deux types de séquences particuliers, ST131 et ST58, avaient le potentiel de virulence le plus élevé.

«Je pense que c'est une indication que ces souches peuvent nous infecter et peuvent causer des infections graves», a dit Price. «Les infections urinaires sont parfois considérées comme une gêne douloureuse, mais elles peuvent vous tuer si elles remontent de la vessie et pénètrent dans les reins et le sang.»

Un problème One Health

Jamie Umber, chercheur associé à CIDRAP et vétérinaire en santé publique, a dit que l'étude est une contribution importante à la recherche One Health, qui est devenue un outil essentiel dans les efforts de lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM).

«Compte tenu de la relation complexe entre les humains, les animaux et l'environnement et du partage des gènes de la RAM, des études comme celle-ci peuvent aider à combler les lacunes dans les connaissances et tenter de quantifier les risques liés à la propagation de la RAM entre ces secteurs», a-t-elle dit.

Bien qu'il n'y avait pas de différence significative dans la résistance entre les FZEC et les isolats de E. coli d'origine humaine, les défenseurs du management responsable des antibiotiques et les responsables de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) craignent depuis longtemps que l'utilisation généralisée d'antibiotiques dans le bétail contribue à créer un réservoir de bactéries résistantes et de gènes RAM qui peuvent se propager dans l'environnement et infecter des personnes.

Price a dit qu'il espère que le modèle pourra être affiné davantage pour différencier de quel animal ou produit carné provient à l'origine une souche de E. coli, ce qui pourrait faciliter les investigations sur les épidémies. Ses collègues et lui souhaitent également mener des études similaires dans d'autres parties du monde pour identifier les souches de FZEC les plus à risque, déterminer leurs origines et déterminer si l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail a un impact sur les niveaux de résistance clinique.

Et cela pourrait conduire à de nouvelles stratégies qui pourraient aider à améliorer la santé humaine et animale et à réduire l'utilisation d'antibiotiques dans les deux populations. Price a émis l'hypothèse, par exemple, qu'un jour les animaux producteurs d'aliments pourraient être vaccinés contre des souches virulentes de FZEC qui causent des maladies chez les animaux et les humains, ce qui pourrait prévenir ces souches de E. coli d’entrer dans l'approvisionnement alimentaire et potentiellement réduire l'incidence des infections urinaires chez les humains.

«Nous avons une chance de travailler ensemble pour améliorer les aliments, la production animale et la santé publique», a-t-il dit. «Et je pense que c'est excitant.»

One Health : Des bactéries résistantes à des antimicrobiens couramment utilisés sont encore fréquemment détectées chez les humains et les animaux, selon l'ECDC et l'EFSA

«Des bactéries résistantes à des antimicrobiens couramment utilisés sont encore fréquemment détectées chez les humains et les animaux», source EFSA du 6 mars 2023.

Une résistance de Salmonella et Campylobacter aux antimicrobiens couramment utilisés est fréquemment observée chez les humains et les animaux, révèle un rapport publié aujourd'hui par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Cependant, la résistance simultanée à des antimicrobiens d'importance critique pour les humains a généralement été détectée à de faibles concentrations, sauf pour certains types de Salmonella et de Campylobacter coli dans plusieurs pays.

«La résistance aux antimicrobiens est l’une des plus grandes menaces auxquelles nous sommes confrontés dans le monde entier et elle affecte tant les humains, que les animaux et l’environnement. Travailler ensemble reste essentiel pour résoudre ce problème complexe. Dans notre travail, nous incarnons l'approche «Une seule santé», qui tient compte des liens étroits et de l'interdépendance de la santé des humains, des animaux, des plantes et de l'environnement dans son ensemble», ont déclaré dans une déclaration conjointe Mike Catchpole et Carlos Das Neves, respectivement scientifiques en chef de l’ECDC et de l’EFSA.

Des tendances encourageantes ont été observées dans plusieurs pays, où une proportion croissante de bactéries provenant d'animaux producteurs d'aliments se sont révélées sensibles à tous les antimicrobiens testés. En outre, la prévalence des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de bactéries E. coli productrices de bêta-lactamases AmpC (AmpC) diminue.

Une diminution de la résistance de Salmonella à l'ampicilline et à la tétracycline a également été observée chez les humains dans plusieurs pays au cours de la période 2013–2021. Ce phénomène était particulièrement évident pour S. Typhimurium, un type de Salmonella couramment associé aux porcs et aux veaux, qui est souvent multirésistant aux médicaments. Les données montrent également des tendances à une diminution de la résistance de Campylobacter jejuni à l'érythromycine chez les humains et les poulets de chair.

Ce type d'antimicrobien est très important dans le traitement de la campylobactériose.

Toutefois, pour la même période, le rapport montre également une tendance croissante de la résistance de S. Enteritidis et de C. jejuni à la ciprofloxacine chez les humains. S. Enteritidis et C. jeuni causent la plupart des cas d'infection à la salmonellose et à la campylobactériose chez les humains.

Des tendances similaires ont été observées chez C. jejuni provenant de poulets de chair entre 2009 et 2020, où la résistance à la ciprofloxacine a augmenté dans plusieurs pays. Le niveau de résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter est maintenant si élevé que cet antimicrobien ne peut plus être recommandé dans le traitement des infections graves à Campylobacter chez les humains.

La résistance de E. coli aux carbapénèmes demeure rare chez les humains et les animaux producteurs d'aliments . Les carbapénèmes étant une classe d'antimicrobiens de dernier recours, toute découverte d'une résistance chez les bactéries zoonotiques serait préoccupante. Par conséquent, il faut continuer à surveiller de près et à étudier la résistance aux carbapénèmes.

On lira dans ce contexte «La résistance aux antibiotiques en santé animale en 11 questions», document du 16 novembre 2022 de l’Anses.

L'antibiorésistance est une problématique majeure à la fois pour la santé humaine et animale. L'émergence et la diffusion de souches de bactéries résistantes aux antibiotiques remettent en question l'efficacité de ces traitements. Préserver l'efficacité des antibiotiques constitue donc un réel défi de santé publique qui nécessite une approche intégrée selon le concept One Health, une seule santé humaine et animale.

One Health : Risques pour la santé humaine de friandises contaminées et aux régimes alimentaires à base de viande crue pour animaux de compagnie

A la veille du salon de l’Agriculture 2023, l’Anses agite une menace, «La santé des animaux, c'est aussi la nôtre», mais elle ferme les yeux sur les ventes de viande brousse en France, vous avez dit One Health ?

Il me semble aussi que dire dans l’assertion, «Le moustique, à travers les maladies qu’il transmet, tue 400 000 personnes par an», il faudrait préciser qu’il s’agit de données dans le monde, sans qu’on sache très bien quelle est l’origine de cette information. Ici, il est annoncé 1 million de personnes …

L’Anses souligne la «Prudence avant de donner à un animal un médicament pour humains».

Enfin, une autre information de l’Anses rapporte que «75% des maladies émergentes chez les humains ont une origine animale». C’est important, mais ce dont il va être question ci-après, est encore plus basique, et il ne semble pas que Salmonella soit un germe émergent. En effet, «Des chercheurs mettent en évidence les risques pour la santé humaine de friandises pour animaux de compagnie contaminées», source article de Joe Whitworth paru le 24 février 2023 dans Food Safety News.

Une étude au Royaume-Uni a ajouté à la preuve que les friandises pour chiens à base de viande séchée peuvent être contaminées par Salmonella.

Les chercheurs ont également découvert que certains échantillons de produits contenaient des types similaires de Salmonella identifiés chez des patients humains, ce qui les a incités à exiger des mesures d'hygiène, notamment un lavage minutieux des mains par les propriétaires de chiens, les distributeurs d'aliments pour animaux de compagnie et les vétérinaires.

Une sélection de friandises séchées provenant d'animaleries locales et de distributeurs en ligne a été analysée pour Salmonella au Royaume-Uni. Les friandises ont été achetées dans une animalerie indépendante et dans une grande chaîne nationale du Merseyside, ainsi que chez deux distributeurs en ligne fournissant tout le pays de septembre à octobre 2021.

Les friandises séchées à l'air ou lyophilisées et déshydratées n'ont pas subi de cuisson ou de traitement thermique dans le cadre de la production ; cependant, le procédé utilisé doit avoir fait ses preuves dans des analyses de prélèvements pour s’assurer de la destruction de Salmonella.

Quatre-vingt-quatre échantillons ont été analysés. Les protéines animales comprenaient du buffle ou du bison, du poulet, bœuf, agneau, porc, canard, lapin et chameau, selon l'étude publiée dans la revue Vet Record, «Isolation of Salmonella species of public health concern from commonly fed dried meat dog treats». L’article est disponible en intégralité.

Une série de Salmonella détectée

Salmonella a été isolée à partir de 13 friandises. Les échantillons qui ont été testés positifs étaient des « pizzle sticks» de pénis de taureau séchés, d’oreilles de bison, d’oreilles de lapin à fourrure et dans des friandises au poulet séchées. Tous les résultats positifs provenaient de la même animalerie indépendante lors de deux visites distinctes.

Cela pourrait représenter un problème local, mais pourrait également être le résultat d'une contamination chez le fournisseur ou au sein de la chaîne d'approvisionnement, et sans autre prélèvement environnemental, il n'a pas été possible d'identifier où la contamination de la chaîne de production s'est produite, a révélé l'étude.

Les types de Salmonella retrouvés étaient Salmonella Anatum, Derby, Dublin, Infantis et Salmonella Typhimurium monophasique. Le sérotype le plus fréquemment isolé était Salmonella Derby six fois à partir d'oreilles de bison, avec Salmonella Dublin dans deux échantillons de pizzle stick.

Les souches de Salmonella Derby et de Salmonella Typhimurium monophasique étaient génétiquement similaires aux prélèvements de patients, mais il n'y avait aucune information épidémiologique pour confirmer un lien. Le risque de transmission à l'homme a été lié à un manque d'hygiène suite à la manipulation de friandises pour chiens ou au contact avec des animaux susceptibles d'excréter Salmonella dans leurs fèces.

Les friandises de l'animalerie indépendante ont été déballées sans étiquetage, ni information de traçabilité. Ceux de la chaîne nationale étaient conditionnés individuellement dans des sachets plastique scellés avec une marque.

Les friandises du premier distributeur en ligne ont été livrées dans une boîte avec des collations avec des oreilles non conditionnées et d'autres articles dans des sacs scellés avec une marque. Ceux de l'autre vendeur en ligne se présentaient sous la forme de plusieurs articles dans des sachets en plastique transparents sans étiquetage.

Le pays d'origine était inconnu pour la majorité des friandises, bien que quatre aient été produites au Royaume-Uni et qu'un quart ait déclaré que les matériaux provenaient du Royaume-Uni et d'Europe sur leur site Internet. Un manque d'informations sur l'origine pose un risque d'importation de sérotypes de Salmonella qui ne sont pas couramment signalés au Royaume-Uni et souligne l'importance d'un étiquetage clair pour la traçabilité, ont dit les scientifiques.

Les directives gouvernementales stipulent que les produits à mâcher pour chiens doivent être conditionnés dans des emballages inutilisés. Cependant, les friandises contaminées par Salmonella dans l'étude étaient vendues en vrac qui pouvaient être ramassées à la main et achetées dans des sachets en papier.

«Des efforts devraient être faits pour éduquer davantage les propriétaires de chiens sur les risques potentiels posés par ces friandises s'ils choisissent de les nourrir, en particulier chez les ménages avec des personnes à haut risque présentes, telles que des personnes immunodéprimées ou de jeunes enfants. L'importance des pratiques d'hygiène entourant leur utilisation doit être soulignée, en particulier en ce qui concerne le lavage des mains après utilisation et la considération de ne pas les nourrir dans l'environnement domestique», ont dit les chercheurs.

Risques liés aux régimes à base de viande crue

Pendant ce temps, une autre étude a cherché à voir si les régimes à base de viande crue (RMBDs pour raw meat-based diets) pour animaux de compagnie sont une source de bactéries avec des gènes de résistance au linézolide. Ces bactéries peuvent se propager des animaux aux humains lors d'un contact étroit entre les animaux domestiques et leurs propriétaires.

Cinquante-neuf échantillons de RMBDs provenant de 10 fournisseurs en Allemagne et en Suisse ont été testés pour les bactéries Gram positif résistantes au florfénicol. Un total de 27 isolats de Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium et Vagococcus lutrae ont été obtenus à partir de 24 échantillons. Les chercheurs ont découvert des gènes susceptibles de conférer une résistance au linézolide.

Le linézolide est un médicament de dernier recours pour traiter certaines infections graves chez l'homme, selon une étude publiée dans la revue Eurosurveillance.

Les échantillons étaient issus de bœuf, de la volaille, du cheval, de l'agneau, du poisson, du lapin et du gibier et ont été achetés entre septembre 2018 et mai 2020.

Selon les scientifiques, la forte présence d'isolats résistants au florfénicol dans les aliments crus pour animaux de compagnie fabriqués à partir de viande principalement d'origine européenne est préoccupante et souligne la nécessité de son utilisation rationnelle dans le secteur agricole.

La présence d'isolats hébergeant des gènes de résistance au linézolide dans les aliments crus pour chiens souligne l'importance de la sensibilisation aux risques possibles associés aux RMBDs et la fourniture d'informations aux propriétaires d'animaux sur la manipulation et l'alimentation correctes avec des RMBDs afin de réduire les risques potentiels pour la santé», ont déclaré les chercheurs.