Surveillance à l'échelle de la population de la résistance aux antibiotiques chez Escherichia coli par une analyse des prélèvements d’eaux usées municipales et des hôpitaux

« Une étude révèle des taux de résistance aux antibiotiques similaires dans les eaux usées et les prélèvements cliniques », source CIDRAP News.

Une étude publiée dans Eurosurveillance suggère que l'analyse des prélèvements d'eaux usées pourrait être utilisée pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques au niveau de la population, complétant les systèmes de surveillance actuels et fournissant des données cliniquement pertinentes pour les pays où la surveillance clinique fait défaut.

Dans le cadre de cette étude, une équipe de chercheurs suédois a collecté les eaux usées hospitalières et municipales respectivement à huit et six reprises, en 2016, puis ils ont analysé 1 252 isolats de Escherichia coli prélevés dans les échantillons afin de déterminer leur résistance à huit antibiotiques différents.

Les taux de résistance annuels moyens mesurés dans les eaux usées des hôpitaux étaient plus élevés que dans les eaux usées municipales pour sept des huit antibiotiques, et une prévalence plus élevée des producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) a également été observée dans les eaux usées des hôpitaux.

En outre, les bactéries E. coli présentant une résistance à au moins un des antibiotiques étaient deux fois plus présentes dans les eaux usées de l'hôpital (36,6% contre 17,9%), et 10 des 11 isolats les plus résistants ont été retrouvés dans les eaux usées de l'hôpital.

La comparaison des taux de résistance dans les isolats hospitaliers et municipaux a montré une forte corrélation avec les taux de résistance des isolats cliniques correspondants provenant de patients hospitalisés et d'échantillons d'urine de soins primaires, la corrélation plus forte observée entre le taux de résistance des eaux usées hospitalières et des isolats cliniques hospitaliers ( respectivement, r² = 0,95 et 0,89 pour les échantillons d'urine et de sang,) et une corrélation légèrement plus faible entre les taux de résistance dans les eaux usées municipales et les isolats de soins primaires (r² = 0,82).

Les taux de résistance des isolats d'eaux usées hospitalières étaient globalement proches de ceux observés chez les isolats de patients hospitalisés, tandis que les taux de résistance dans les eaux usées municipales étaient environ la moitié de ceux mesurés dans les isolats de soins primaires.

« En conclusion, cette étude indique que les données de résistance obtenues à partir de prélèvements d’eaux usées reflètent bien la situation de résistance dans les populations étudiées.

« Cependant, pour pouvoir utiliser la surveillance des eaux usées afin de prédire la situation clinique d'autres populations, y compris celles pour lesquelles de telles données sont manquantes, une nouvelle calibration est nécessaire », écrivent les auteurs de l'étude. « Cette calibration pourrait être étendu de E. coli à d'autres agents pathogènes importants pouvant être présents dans les matières fécales (telles que Klebsiella pneumoniae et Salmonella enterica) et éventuellement à l'étude des populations humaines jusqu'à l'élevage d'animaux. »