«
L'affaire
des boulettes de viande», source
BfR
2GO.
The meatball case, page 22.
Omniprésente,
persistante et parfois mortelle, Listeria peut
entraîner des maladies d'origine alimentaire. Il était auparavant
presque impossible de déterminer la source des cas de maladie,
jusqu'à présent.
Lors
de la deuxième plus grande épidémie de listériose en Allemagne,
qui a débuté en 2013, 83 personnes sont tombées malades. Cinq
d'entre eux sont décédées.
Les cas de maladie étaient répartis dans douze Länder allemands.
«Cette épidémie a duré longtemps et s'est étendue sur un
total de six ans», explique la
Dr Sylvia Kleta. En tant que responsable du Laboratoire national de
référence (LNR) pour Listeria au BfR, elle s'occupe
régulièrement de la bactérie, que l'on retrouve dans une variété
d'aliments. Les épidémies de listériose se produisent encore et
encore, les maladies apparaissant et se propageant dans tout le pays
sur plusieurs mois ou années. Les épidémies ne sont souvent
détectées que lorsque Listeria retrouvée chez les
patients est comparée à l'aide du séquençage du génome entier.
Ensuite, la recherche de l'origine de l'épidémie commence.
Aliments
contaminés
Listeria
est répandue
dans l'environnement, le sol, les plantes, chez les animaux ainsi
que dans les fèces et les eaux usées. La route vers l’aliment est
souvent courte, surtout lorsqu'il s'agit de viande crue, de viande
hachée, de saucisses crues et de lait cru. Les aliments d'origine
végétale, tels que les légumes, peuvent également être
contaminés au champ si le sol a déjà été fertilisé avec du
fumier contenant Listeria.
Les
agents pathogènes sont un problème courant dans la production
alimentaire. Ils survivent dans les fissures et les crevasses, entre
autres, dans les ateliers
pour la plupart humides. Là, des Listeria relativement
tenaces se débrouillent avec peu de nutriments, et sont capables de
résister au manque d'oxygène dans les emballages alimentaires ainsi
qu'au gel dans le congélateur. Ils supportent même mieux le sel et
l'acide que leurs congénères.
Les
fabricants de produits alimentaires doivent faire de gros efforts en
matière de nettoyage et désinfection pour éloigner les bactéries.
Un seul point infecté sur la ligne de production suffit à
contaminer plusieurs denrées alimentaires. En conséquence, Listeria
se trouve souvent dans les aliments transformés, par exemple, le
poisson fumé, comme le saumon fumé, et dans les produits
de la mer, comme les sushis ou les huîtres. Le fromage, les salades
prédécoupées ou la charcuterie peuvent également être affectés.
Danger
mortel pour les groupes à risque
Sur
les 21 espèces connues de Listeria, seul Listeria
monocytogenes peut infecter l'homme. Lorsqu'une personne en bonne
santé tombe malade de la listériose, cela entraîne une réaction
fébrile ou une inflammation gastro-intestinale avec une progression
généralement modérée. Elle peut être mortelle pour les personnes
âgées, les personnes dont les défenses immunitaires sont
affaiblies (par exemple les patients transplantés, les patients
atteints de cancer) et les nouveau-nés. Les femmes enceintes
infectées peuvent également subir une fausse couche ou une
mortinaissance. L'Institut Robert Koch (RKI) a enregistré 591 cas de
maladie en Allemagne en 2019 ; sept pour cent des patients sont
décédés.
Les
autorités fédérales et étatiques travaillent ensemble pour
découvrir l'origine des cas de listériose. Le séquençage du
génome entier fournit aux autorités un outil puissant depuis
plusieurs années. Les experts peuvent l'utiliser pour décoder la
constitution génétique d'isolats individuels de Listeria.
Les isolats sont des bactéries qui ont été prélevées sur un
échantillon alimentaire ou chez
un patient. Les séquences décodées peuvent être
utilisées comme des empreintes digitales. Si des empreintes
digitales identiques sont retrouvées à différents endroits, des
indices peuvent être dérivés quant à l'origine commune.
«Le
séquençage du génome entier a révolutionné notre travail»,
dit Stefanie
Lüth, scientifique au
BfR, qui travaille également au LNR. Dans le passé, il était
presque impossible d'identifier l'aliment auquel une épidémie
pouvait être attribuée. La technique peut être utilisée pour
établir des liens entre les infections et les aliments. «Nous
réussissons incroyablement bien à clarifier les épidémies.»
La méthode a été utilisée pour tracer une quarantaine d'épidémies
de listériose depuis 2016, plus que jamais auparavant.
Coopération
réussie
Le
BfR a une tâche importante dans la résolution des épidémies de
listériose. Situé au BfR, le LNR séquence les isolats obtenus par
les Länder allemands lors de la surveillance alimentaire. Les
séquences de ces isolats, qui sont stockées en permanence dans une
base de données, sont régulièrement comparées à des séquences
obtenues à partir d'isolats de listérioses. Ces dernières
empreintes digitales proviennent du RKI, qui est responsable de ce
domaine. Si les scientifiques du RKI prennent connaissance de
plusieurs isolats identiques, également appelés cluster, cela
indique une épidémie.
Le
BfR a une tâche importante dans la résolution des épidémies de
listériose. Situé au BfR, le LNR séquence les isolats obtenus par
les Länder allemands lors de la surveillance alimentaire. Les
séquences de ces isolats, qui sont stockées en permanence dans une
base de données, sont régulièrement comparées à des séquences
obtenues à partir d'isolats de listérioses. Ces dernières
empreintes digitales proviennent du RKI, qui est responsable de ce
domaine. Si les scientifiques du RKI prennent connaissance de
plusieurs isolats identiques, également appelés cluster, cela
indique une épidémie.
Le
BfR reçoit ensuite la séquence de cluster et la compare à ses
propres entrées. Les autorités fédérales et étatiques de
surveillance des aliments sont informées si des correspondances sont
retrouvées.
Ils peuvent alors suivre activement la suspicion et éliminer la
cause de l'infection.
L'appariement
du BfR est resté longtemps infructueux dans le cas de la deuxième
plus grande épidémie de listériose en Allemagne. Une
correspondance n'a été retrouvée
qu'en 2017, quatre ans et demi après le premier cas de maladie
signalé. Un isolat d'une boulette de viande prête à consommer,
qui a été séquencée dans le cadre d'un projet de recherche,
correspondait au groupe d'épidémies. Cette information a conduit
les autorités à inspecter le fabricant. Ils ont trouvé la souche
épidémique dans les installations du fabricant. 18 autres souches
de Listeria
ont
été
détectées
en plus de celles-ci.
L'une
d'elles
était responsable d'un deuxième cluster à
Listeria.
L'usine de transformation des aliments a été fermée et l'épidémie
de listériose à l'échelle de l'Allemagne s'est arrêtée.
