L'affaire des boulettes de viande, une étude de cas vu par le BfR

«L'affaire des boulettes de viande», source BfR 2GO. The meatball case, page 22.

Omniprésente, persistante et parfois mortelle, Listeria peut entraîner des maladies d'origine alimentaire. Il était auparavant presque impossible de déterminer la source des cas de maladie, jusqu'à présent.

Lors de la deuxième plus grande épidémie de listériose en Allemagne, qui a débuté en 2013, 83 personnes sont tombées malades. Cinq d'entre eux sont décédées. Les cas de maladie étaient répartis dans douze Länder allemands. «Cette épidémie a duré longtemps et s'est étendue sur un total de six ans», explique la Dr Sylvia Kleta. En tant que responsable du Laboratoire national de référence (LNR) pour Listeria au BfR, elle s'occupe régulièrement de la bactérie, que l'on retrouve dans une variété d'aliments. Les épidémies de listériose se produisent encore et encore, les maladies apparaissant et se propageant dans tout le pays sur plusieurs mois ou années. Les épidémies ne sont souvent détectées que lorsque Listeria retrouvée chez les patients est comparée à l'aide du séquençage du génome entier. Ensuite, la recherche de l'origine de l'épidémie commence.

Aliments contaminés

Listeria est répandue dans l'environnement, le sol, les plantes, chez les animaux ainsi que dans les fèces et les eaux usées. La route vers l’aliment est souvent courte, surtout lorsqu'il s'agit de viande crue, de viande hachée, de saucisses crues et de lait cru. Les aliments d'origine végétale, tels que les légumes, peuvent également être contaminés au champ si le sol a déjà été fertilisé avec du fumier contenant Listeria.

Les agents pathogènes sont un problème courant dans la production alimentaire. Ils survivent dans les fissures et les crevasses, entre autres, dans les ateliers pour la plupart humides. Là, des Listeria relativement tenaces se débrouillent avec peu de nutriments, et sont capables de résister au manque d'oxygène dans les emballages alimentaires ainsi qu'au gel dans le congélateur. Ils supportent même mieux le sel et l'acide que leurs congénères.

Les fabricants de produits alimentaires doivent faire de gros efforts en matière de nettoyage et désinfection pour éloigner les bactéries. Un seul point infecté sur la ligne de production suffit à contaminer plusieurs denrées alimentaires. En conséquence, Listeria se trouve souvent dans les aliments transformés, par exemple, le poisson fumé, comme le saumon fumé, et dans les produits de la mer, comme les sushis ou les huîtres. Le fromage, les salades prédécoupées ou la charcuterie peuvent également être affectés.

Danger mortel pour les groupes à risque

Sur les 21 espèces connues de Listeria, seul Listeria monocytogenes peut infecter l'homme. Lorsqu'une personne en bonne santé tombe malade de la listériose, cela entraîne une réaction fébrile ou une inflammation gastro-intestinale avec une progression généralement modérée. Elle peut être mortelle pour les personnes âgées, les personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies (par exemple les patients transplantés, les patients atteints de cancer) et les nouveau-nés. Les femmes enceintes infectées peuvent également subir une fausse couche ou une mortinaissance. L'Institut Robert Koch (RKI) a enregistré 591 cas de maladie en Allemagne en 2019 ; sept pour cent des patients sont décédés.

Les autorités fédérales et étatiques travaillent ensemble pour découvrir l'origine des cas de listériose. Le séquençage du génome entier fournit aux autorités un outil puissant depuis plusieurs années. Les experts peuvent l'utiliser pour décoder la constitution génétique d'isolats individuels de Listeria. Les isolats sont des bactéries qui ont été prélevées sur un échantillon alimentaire ou chez un patient. Les séquences décodées peuvent être utilisées comme des empreintes digitales. Si des empreintes digitales identiques sont retrouvées à différents endroits, des indices peuvent être dérivés quant à l'origine commune.

«Le séquençage du génome entier a révolutionné notre travail», dit Stefanie Lüth, scientifique au BfR, qui travaille également au LNR. Dans le passé, il était presque impossible d'identifier l'aliment auquel une épidémie pouvait être attribuée. La technique peut être utilisée pour établir des liens entre les infections et les aliments. «Nous réussissons incroyablement bien à clarifier les épidémies.» La méthode a été utilisée pour tracer une quarantaine d'épidémies de listériose depuis 2016, plus que jamais auparavant.

Coopération réussie

Le BfR a une tâche importante dans la résolution des épidémies de listériose. Situé au BfR, le LNR séquence les isolats obtenus par les Länder allemands lors de la surveillance alimentaire. Les séquences de ces isolats, qui sont stockées en permanence dans une base de données, sont régulièrement comparées à des séquences obtenues à partir d'isolats de listérioses. Ces dernières empreintes digitales proviennent du RKI, qui est responsable de ce domaine. Si les scientifiques du RKI prennent connaissance de plusieurs isolats identiques, également appelés cluster, cela indique une épidémie.

Le BfR a une tâche importante dans la résolution des épidémies de listériose. Situé au BfR, le LNR séquence les isolats obtenus par les Länder allemands lors de la surveillance alimentaire. Les séquences de ces isolats, qui sont stockées en permanence dans une base de données, sont régulièrement comparées à des séquences obtenues à partir d'isolats de listérioses. Ces dernières empreintes digitales proviennent du RKI, qui est responsable de ce domaine. Si les scientifiques du RKI prennent connaissance de plusieurs isolats identiques, également appelés cluster, cela indique une épidémie.

Le BfR reçoit ensuite la séquence de cluster et la compare à ses propres entrées. Les autorités fédérales et étatiques de surveillance des aliments sont informées si des correspondances sont retrouvées. Ils peuvent alors suivre activement la suspicion et éliminer la cause de l'infection.

L'appariement du BfR est resté longtemps infructueux dans le cas de la deuxième plus grande épidémie de listériose en Allemagne. Une correspondance n'a été retrouvée qu'en 2017, quatre ans et demi après le premier cas de maladie signalé. Un isolat d'une boulette de viande prête à consommer, qui a été séquencée dans le cadre d'un projet de recherche, correspondait au groupe d'épidémies. Cette information a conduit les autorités à inspecter le fabricant. Ils ont trouvé la souche épidémique dans les installations du fabricant. 18 autres souches de Listeria ont été détectées en plus de celles-ci. L'une d'elles était responsable d'un deuxième cluster à Listeria. L'usine de transformation des aliments a été fermée et l'épidémie de listériose à l'échelle de l'Allemagne s'est arrêtée.