COVID-19 et la France, quelques données en attendant le 11 mai ...

Voici quelques données sur la France (source CEBM) et la baisse de nouveaux cas est hélas loin d'être évidente ...

- 16 avril: 17 164 nouveaux cas et 753 nouveaux décès en France [source] 

- 15 avril : 4 560 nouveaux cas et 1438 nouveaux décès en France [source] 

- 14 avril : 6 524 nouveaux cas et 762 nouveaux décès en France [source]

- 12 avril : 2 937 nouveaux cas et 561 nouveaux décès en France [source]
- 11 avril : 4 785 nouveaux cas et 635 nouveaux décès en France [source]
- 10 avril : 7 120 nouveaux cas et 987 nouveaux décès en France [source]
- 9 avril : 4 799 nouveaux cas et 1341 nouveaux décès en France [source] [source]
- 8 avril : 3 881 nouveaux cas et 541 nouveaux décès en France

On lira aussi pour s'en convaincre l'article, COVID-19 et la France: La courbe des nouveaux cas s'est-elle aplatie, épisode 2.

Je me fie depuis le début de l’épidémie de COVID-19 à ces trois sites Internet,

- South China Morning Post (Chine)
- CEBM de l’Université d’Oxford (Royaume-Uni)
- Université John Hopkins (Etats-Unis)

Voici, selon ces trois sites, la situation en France au 17 avril 2020 à 14h00

Site Internet	Nombre de cas	Nombre de décès
South China Morning Post	147 091	17 941
CEBM de l’Université d’Oxford	165 027	17 920
Université John Hopkins	147 113	17 942

Si l'on regarde du côté de Santé publique de France, les données sont les suivantes au 16 avril à 14h :

Nombre de décès: 17 920

Nombre total de cas : 165 027

dont,

Nombre de cas confirmés à l'hôpital : 108 847

Nombre de cas dans les EHPAD : 56 180

Selon le site de l'IHU Méditerranée, d’après le South China Morning Post, la mortalité par million d'habitants est de 274,9.

Il faut faire des tests, oui mais des tests PCR !

Le jeudi 2 avril 2020, le Premier Ministre a garanti une « montée en puissance rapide » du nombre de tests diagnostic du Covid-19, certifiant que de « plus de 20 000 tests par jour », on passera rapidement à 30 000 dépistages quotidiens. (source)

Oui mais quand ?

Là aussi il y a une ‘discussion’ d’experts et c’est aussi comme pour les médicaments ...

Dans les faits, les tests biologiques sont faillibles. « La qualité du prélèvement, c'est 90% de la qualité d'un test », a résumé Bruno Pozzetto, chef du service de virologie au CHU de Saint-Etienne, sur FranceInfo. Nicolas Lévêque, chef du service de virologie du CHU de Poitiers, a estimé que si le geste « est mal réalisé, il peut expliquer en bonne partie ce qu'on attribue par erreur à des 'faux négatifs'. » « On sait depuis un mois que lorsqu'on fait le test à partir d'un prélèvement nasal, dans 40% des cas c'est positif et dans 60% c'est négatif. Alors que si on fait un prélèvement profond, dans la trachée, dans les bronches […] dans 80% des cas, c'est positif », a expliqué Anne Goffard, virologue, sur France Inter. Et pour cause, à partir du septième ou huitième jour « l'infection entre dans les voies respiratoires basses », a précisé Bruno Pozzetto. Ainsi, le personnel soignant réalise sous endoscopie un « lavage broncho-alvéolaire ». Nicolas Lévêque a tempéré : « le prélèvement nasopharyngé suffit dans 99% des cas pour les formes banales de la maladie, d'autant qu'il est plus simple à manipuler en laboratoire. » In fine, les « faux négatifs » dépendraient de la technique et de la temporalité du test diagnostic.

Et parmi les tests, il y en a de plusieurs types, mais s’agissant du « Coronavirus : Des tests, oui mais pourquoi les kits de test à résultats rapides pourraient ne pas être la solution miracle que certains gouvernements espèrent ».

Pour cet expert, le Pr Philippe Froguel, endocrinologue, dans un article paru dans Le Figaro.fr du 8 avril, « Pourquoi le Covid-19 surprend et divise les médecins eux-mêmes » indiquait,

Au moment où l’on discute les conditions du déconfinement, le doute s’installe sur les mesures à prendre : ainsi, il a fallu que les génomiciens de recherche lancent avec le CNRS et l’INSERM et avec le soutien de l’Académie de médecine une campagne publique pour qu’on les laisse enfin produire en masse les tests PCR de diagnostic du Covid-19 dont on a urgemment besoin. En effet, seuls les tests PCR diagnostiquent la présence de particules virales vivantes chez les porteurs malades ou sains. Ils sont irremplaçables. Pourtant, l’empirisme ambiant amène à penser que seuls les tests sérologiques qui mesurent les anticorps présents dans le sang devront être utilisés lors du déconfinement.

Or comme l’explique l’académie de médecine, si ces test ont un intérêt épidémiologique pour déterminer si une zone géographique donnée peut sortir du confinement, ils ne sont ni appropriés ni assez fiables pour servir de dépistage individuel:les anticorps apparaissent eviron 14 jours après l’infection. Ils disent donc si quelqu’un a été en contact avec e virus, mais pas s’il est guéri et même s’il est non contaminant.

Voir aussi à propos des anticorps, l’article « COVID-19 : De faibles taux d'anticorps soulèvent des questions sur le risque de réinfection ».

L’Académie nationale de médecine indique dans un communiqué du 5 avril 2020, à propos de la sortie du confinement,

Que la décision sur la sortie du confinement ne soit pas fondée sur les résultats de tests biologiques individuels, dont la disponibilité et la fiabilité n’apparaissent pas assurées à brève échéance, et dont les implications opérationnelles seront sources de confusion ;

Cela a le mérite d’être clair …

Bref, pour revenir aux tests en France, sans savoir précisément lesquels, le site du CEBM de l’Université d’Oxford rapporte aujourd’hui, pour la France, les données suivantes :

Cliquez sur l'image pour l'agrandir

Si les chiffres pour la France sont exacts, ces données sont ridiculement faibles par comparaison à nos voisins européens, faire des tests, voilà l'urgence !

Pendant ce temps, l'IHU de Marseille en est à 66 225 tests. Sur l'utilité du dépistage voir ce lien de l'IHU de Marseille.

COVID-19 : Nombre élevé de décès en France le 7 avril 2020

Selon les données du CEBM de l'Université d'Oxford, la France a enregistré un nombre important de nouveaux cas et le plus grand nombre de décès depuis le début de l'épidémie.

Dernières mises à jour :
7 avril (GMT) : 11 059 nouveaux cas et 1 417 nouveaux décès en France [source]

6 avril (GMT) : 5 171 nouveaux cas et 833 nouveaux décès en France [source]

5 avril (GMT) : 2 886 nouveaux cas et 518 nouveaux décès en France [source]

4 avril(GMT) : 7 788 nouveaux cas et 10 53 nouveaux décès en France [source]. Le 3 avril, le gouvernement a rapporté 17 827 cas supplémentaires et 532 décès supplémentaires des EHPAD qui n’avait été rapporté préalablement. Le 2 avril, il avait rapporté 884 décès supplémentaires.

3 avril (GMT) : 23 060 nouveaux cas et 1 120 nouveaux décès en France.

Vous pourrez voir sur cette image animée, ci-dessous, comment le monde s’est confiné par rapport au COVID-19, c’est impressionnant.

Cliquez sur l'image pour l'agrandir, source FT

Sur cette courbe, que je vous ai déjà proposé, vous pouvez observer que Italie et l'Espagne peuvent espérer de meilleurs jours avec le nombre de nouveaux cas en déclin. Voir aussi cet article du blog. C'est aussi un espoir pour nous. Après des semaines de confinement strict, l'Italie est sur le point de prendre le virage et le taux de mortalité commence à diminuer. Source Financial Times. Un site à recommander.

Cliquez sur l'image pour l'agrandir, source FT

L'Italie et l'Espagne ont une baisse du nombre de nouveaux cas et aborde une nouvelle situation, espérons ...

Cliquez sur l'image pour l'agrandir, source FT

Pour ma part, je continue de recommander les trois sites étrangers suivants :

South China Morning Post (Chine)
CEBM de l’Université d’Oxford (Royaume-Uni)
Université John Hopkins (Etats-Unis

Voici, selon ces trois sites, la situation en France au 8 avril 2020 à 13h00. Une situation au 6 avril avait été faite dans l'article, Coronavirus, comment s'informer ?

Site Internet	Nombre de cas	Nombre de décès
South China Morning Post	98 959	10 343
CEBM de l’Université d’Oxford	109 069	10 328
Université John Hopkins	110 070	10 343

Si l'on regarde du côté de Santé publique de France, les données sont les suivantes au 7 avril à 14h:

Nombre de décès: 10 328
Nombre de cas confirmés à l'hôpital : 78 167
Nombre de cas dans les EHPAD : 30 902
Nombre total de cas : 109 069

A suivre ...

Coronavirus, comment s’informer ?

J’emprunte ce titre à un article du 6 avril 2020 de l’Afis, Association française pour l’information scientifique, « Coronavirus – comment s’informer ? »

En cette période de pandémie due au Sars-CoV-2, coronavirus responsable de la maladie infectieuse émergente Covid-19, de nombreuses informations circulent. La connaissance scientifique progresse rapidement, mais elle comporte encore de nombreuses inconnues.

L’Afis invite toutes les personnes qui veulent se forger une opinion sur les éléments scientifiques de la crise en cours à remonter aux sources des informations pour démêler les faits scientifiques des rumeurs infondées et pour comprendre où sont les connaissances établies et où sont les incertitudes.

Afin d’aider ses lecteurs, l’Afis a ouvert le 22 mars 2020 cette page de son site inventoriant une liste de ressources qu’il semble pertinent de consulter pour être le mieux informé possible. Cette page est régulièrement actualisée.

Sommaire

1. Situation mondiale

2. Gouvernement français et agences sanitaires

3. Sociétés savantes et institutions

4. Protocoles d’évaluation des traitements

5. Contre les rumeurs infondées et la désinformation

Comme le note fort justement un forum, « Pour les anxiogènes patentés mais pas que », 

C'est intéressant de remarquer comme le relève Philippe Stoop que ce sont les spécialistes financiers qui décodent le plus finement des données et statistiques épidémiques de façon bien plus pragmatique que les anxiogéniologues patentés. La technocratie Francilienne est bien partie pour le podium des pires gestionnaires de crise.

Il est ici question du site du Financial Times, dont je vous ai déjà parlé, site qui n’est pas cité par l’Afis, c'est dommage, car la dernière situation est plus qu’intéressante, jugez plutôt avec une des courbes proposées ...

J’emprunte les observations qui suivent à un article de labs.itk.fr, pour qui il s’agit de la meilleure représentation « grand public ».

Cliquez sur l'image pour l'agrandir, Source FT.

Les comparaisons entre pays paraissent, dans ce graphe, plus cohérentes parce que ce graphe traite du nombre de décès, et non du nombre de cas. Les cas identifiés ne sont pas comparables d’un pays à l’autre, car trop dépendants des politiques de dépistage nationales. Même s’il reste sans doute des biais nationaux sur les statistiques à propos des décès, en particulier pour les décès hors hôpital, ils sont probablement beaucoup plus faibles que pour le nombre de cas. 

Les courbes de chaque pays sont recalées par rapport à une même origine (en nombre de jours depuis le 10e décès), ce qui élimine les biais liés aux aléas sur l’espacement des tout premiers cas.

On peut noter qu’avec ce graphique, l’« exception allemande », sur laquelle certains journalistes s’interrogent, disparaît complètement : sa courbe des décès est identique à celle de la France et de l’Italie. La faible mortalité apparente est simplement due à sa politique de dépistage massif : à nombre de cas réels égal, les médecins allemands diagnostiquent beaucoup plus de cas confirmés.   

 Pour ma part, je continue de recommander les trois sites étrangers suivants :

• South China Morning Post (Chine)
• CEBM de l’Université d’Oxford (Royaume-Uni)
• Université John Hopkins (Etats-Unis

Voici, selon ces trois sites, la situation en France au 6 avril 2020 à 15h30:

Site Internet	Nombre de cas	Nombre de décès
South China Morning Post	90 864	8 078
CEBM de l’Université d’Oxford	92 839	8 078
Université John Hopkins	93 780	8 093

Complément du 7 avril 2020. On lira Quel statut pour la parole scientifique en temps de crise?

Dans un entretien avec Figaro Vox, Catherine Bréchignac, secrétaire perpétuel honoraire de l’Académie des sciences, estime que le débat démocratique doit être préservé à tout prix, sans pour autant que l’avis des experts ne soit dilué au milieu d’opinions non fondées sur la raison. Médias et réseaux sociaux ont une responsabilité cruciale.

Santé publique de France et le nombre de cas en France : Pourquoi distinguer les cas à l'hôpital et les cas en EHPAD ?

Santé publique de France ne souhaite pas comptabiliser les données des cas des personnes hospitalisés avec les données des cas des personnes contaminées dans les ESMS ou établissements sociaux & de médicaux sociaux (l’appellation EHPAD n’a plus cours dans le jargon officiel). Il y a donc des mots qui fâchent ...

Je vous en avais parlé dans COVID-19 : Distinction entre le nombre de cas dans les hôpitaux et dans les EHPAD par Santé publique de France.

Le nombre total de cas en France serait donc de 89 953, pourquoi ne pas le dire ...

Etant un peu têtu par nature et souhaitant comprendre, je reprends la démonstration et la comparaison avec des autres sites fiables en informations situés à l'étranger.

Santé publique de France fait donc au 4 avril 2020 la distinction entre le nombre de cas dans les hôpitaux et les ESMS, mais pas pour le nombre de décès, jugez plutôt :

• South China Morning Post (Chine)
• CEBM de l’Université d’Oxford (Royaume-Uni)
• Université John Hopkins (Etats-Unis

Site Internet	Nombre de cas	Nombre de décès
South China Morning Post	90 848	7 574
CEBM de l’Université d’Oxford	89 953	7 560
Université John Hopkins	90 853	7 574

A noter que le site de l'OMS reprend les données de Santé publique de France. Y aura-t-il une bataille de données ?