Évaluation de la persistance et de la caractérisation de Listeria monocytogenes dans des opérations de restauration commerciale

«Évaluation de la persistance et de la caractérisation de Listeria monocytogenes dans des opérations de restauration commerciale», source article paru en intégralité dans Foods.

Résumé

Listeria monocytogenes est un pathogène majeur d'origine alimentaire qui peut contaminer les produits alimentaires et coloniser les installations de production alimentaire. Les opérations de restauration commerciale (ORC) sont fréquemment responsables de toxi-infections alimentaires collectives en raison de manquements aux pratiques de sécurité des aliments. Nous avons recherché et caractérisé la présence de L. monocytogenes dans deux cafétérias distribuant des plats cuisinés et vérifié la conformité des ORCs aux bonnes pratiques de fabrication (BPF). Deux installations (ORC-A et ORC-B) ont été visitées trois fois chacune pendant 5 mois. Nous avons prélevé des aliments, des ingrédients et échantillonné des surfaces pour analyses microbiologiques, et les isolats de L. monocytogenes ont été caractérisés par des analyses phylogénétiques et des caractéristiques phénotypiques. Des audits BPF ont été effectués lors des première et troisième visites. Une salade prête à consommer (ORC-A) et un ingrédiant congelé (ORC-B) ont été contaminés par L. monocytogenes, qui a également été détecté sur les surfaces de la zone 3 (sol, siphons et surchaussures). L'analyse phylogénétique a démontré que ORC-B avait des souches persistantes de L. monocytogenes, mais les isolats environnementaux n'étaient pas étroitement liés aux isolats de l’aliment ou des ingrédients. Les audits BPF ont montré que les deux opérations fonctionnaient dans des conditions «équitables», et «les installations et les équipements» étaient la section la moins conforme. La présence de L. monocytogenes dans l'environnement et les non-conformités aux BPF pourraient favoriser la contamination des aliments par ce pathogène, présentant un risque pour les consommateurs.

Schéma des visites dans deux cafétérias.

Dans les conclusions, les auteurs rapportent,

L'analyse génomique de L. monocytogenes isolés des ORC a révélé que des souches persistent dans la zone 3 pendant des mois, servant de réservoirs de pathogènes pour l'environnement de l’entreprise. Les isolats toléraient jusqu'à 10 ppm d'ammonium quaternaire et formaient des biofilms, expliquant leur persistance dans l'environnement malgré les procédures de nettoyage et de désinfection. Les souches identifiées appartenant aux sérogroupes moléculaires IIb et IVb, qui ont été associés à la listériose humaine, la persistance de ces souches dans les ORC pourrait mettre en danger la santé des consommateurs. Par conséquent, le respect des BPF et des protocoles de nettoyage exhaustifs sont nécessaires des ORC pour maîtriser la présence de L. monocytogenes. De multiples défaillances aux BPF ont été identifiées dans ces installations, augmentant la possibilité de contamination des aliments. Les défaillances aux BPF pourraient donner lieu à la contamination des surfaces en contact avec les aliments et des aliments par ce pathogène. Enfin, nous considérons que la formation continue des manipulateurs d'aliments améliore les pratiques utilisées et assure ainsi la sécurité des aliments.  

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Vers une meilleure compréhension de la persistance de Listeria et de sa transmission à l’échelle mondiale

«Vers une meilleure compréhension de la persistance de Listeria et de sa transmission à l’échelle mondiale», source communiqué de l’Intitut Pasteur.

Deux études récentes de chercheurs de l’Institut Pasteur et de leurs collaborateurs apportent un éclairage nouveau sur l’écologie et l’évolution de la bactérie pathogène Listeria monocytogenes. Ces publications mettent en évidence la forte prévalence du portage fécal du pathogène, qui dépend du microbiote, et de la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Listeria monocytogenes est un pathogène humain d’origine alimentaire majeur, associé à un lourd impact médico-économique. Ce microorganisme modèle a permis des avancées majeures dans l’étude des interactions hôte-pathogène et de la physiopathologie des maladies infectieuses. Cependant, malgré son importance médicale et scientifique, L. monocytogenes n’avait pas fait l’objet d’études approfondies sur la répartition géographique de sa diversité génomique (phylogéographie) et les facteurs qui ont favorisé son émergence et sa propagation. Deux nouvelles études menées par l’Institut Pasteur en collaboration avec l'Université de Paris, l'hôpital Necker-Enfants malades AP-HP et des équipes internationales permettent aujourd’hui de préciser les niches écologiques de Listeria et la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Deux nouvelles études de l'Institut Pasteur en collaboration avec l'Université de Paris, l'hôpital Necker-Enfants malades AP-HP et des équipes internationales permettent de mieux comprendre les niches écologiques de Listeria et la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Identifier les niches écologiques de L. monocytogenes

Dans une étude publiée dans Nature Communications, l'Unité de Biologie de l'Infection de l'Institut Pasteur et de l'Inserm, en collaboration avec des collègues des Universités de Lausanne et de Poitiers, ont examiné la répartition des espèces de Listeria en exploitant plus de 10 000 ensembles de données métagénomiques. Ils ont montré que L. monocytogenes était l’espèce du genre Listeria la plus prévalente, qu’elle était principalement associée à divers hôtes – humains, bovins et autres animaux d’élevage – et qu’elle était également présente dans le sol. Ils ont aussi constaté que les autres espèces de Listeria non virulentes étaient quant à elles pratiquement absentes de ces mêmes hôtes.

De plus, l’analyse d’une cohorte indépendante de près de près de 1 000 échantillons fécaux de donneurs asymptomatiques a révélé que la prévalence du portage fécal asymptomatique de L. monocytogenes est d’environ 10%, ce qui suggère l’implication de la pathogénicité de L. monocytogenes dans son pouvoir d’association à l’hôte, même en l’absence de symptômes. L’analyse plus approfondie des jeux de données métagénomiques indique que le portage fécal de L. monocytogenes est associé à la nature du microbiote. Celle-ci précède la colonisation par L. monocytogenes chez un modèle de souris in vivo, démontrant que le portage fécal de L. monocytogenes dépend de la composition du microbiote intestinal. Ces découvertes démontrent que le portage fécal de L. monocytogenes est une conséquence cruciale mais jusqu’ici négligée de sa virulence.

Reconstruction de l'histoire de la transmission du pathogène

Une autre étude, publiée dans Science Advances, souligne l’importance de l’association de L. monocytogenes à ses hôtes dans sa propagation mondiale. Il s’agit de la première étude phylogéographique de L. monocytogenes . Elle s’interesse au groupe clonal hypervirulent le plus répandu cliniquement dans les pays occidentaux: CC1. L’unité Biologie des infections de l’Institut Pasteur et l’Inserm, en collaboration avec les unités Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes et l'Unité Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur et un consortium international, ont utilisé près de 2 000 génomes provenant de 40 pays pour retracer l’histoire évolutive de ce clone.

Ce travail révèle que le principal clone clinique CC1 est originaire d’Amérique du Nord et qu’il s’est répandu dans le monde entier après la révolution industrielle, à raison de deux vagues successives d’expansion. Cette propagation a coïncidé d’une part avec l’essor du commerce transatlantique de viande et de bovins au cours de la seconde moitié du 19e siècle, et d’autre part avec la croissance rapide de l’élevage bovin et des filières alimentaires au 20e siècle. Fait intéressant, les chaînes de transmission qui étaient mondiales au cours du siècle dernier sont désormais principalement locales, dans l’environement des fermes ou des sites de production alimentaires, et tendent à persister longtemps, avec une diffusion limitée entre les pays.

Ces deux études fournissent une vue d’ensemble des réservoirs de L. monocytogenes et de la dynamique de sa transmission. Elles soulignent le rôle central joué par le bétail dans la propagation et l’évolution de ce pathogène alimentaire majeur. Leurs résultats mettent également en évidence la nécessité de renforcer la surveillance des animaux afin de limiter la transmission de L. monocytogenes à l’Homme par la chaîne alimentaire.

NB: Depuis le 1er avril 2021, il y a eu, à ce jour, environ 264 rappels liés à la présence de Listeria monocytogenes dans des aliments, soit 8% des produits alimentaires rappelés. Stop ou encore ?

Merci à Joe Whitworth de Food safety News de m’avoir transmis l’information.

Tous les articles cités sont disponibles en intégralité.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Persistance de Listeria innocua sur des pommes pendant un stockage au froid sous atmosphère contrôlée à long terme

Un article récemment paru dans le Journal of Food Protection traite de la peersistance de Listeria innocua sur des pommes pendant un stockage au froid sous atmosphère contrôlée à long terme avec la présence d’une pourriture fongique après récolte.

Résumé

Les récents rappels et épidémies liés aux pommes (aux Etats-Unis -aa) ont révélé la nécessité de meilleurs contrôles de la sécurité des aliments tout au long de la chaîne d'approvisionnement. Après récolte, les pommes peuvent être stockées sous atmosphère contrôlée jusqu'à un an après la récolte avant d'être conditionnées et distribuées, ce qui rend la récolte vulnérable à de nombreuses possibilités de contamination qui augmentent la quantité de pertes après récolte.

Botrytis cinerea (BC) et Penicillium expansum (PE) causent des pertes importantes associées à la pourriture dans l'industrie de la pomme. Ces champignons peuvent coloniser et détruire les tissus des pommes à mesure que la durée de stockage augmente, ce qui peut également avoir un impact sur la croissance d'agents pathogènes saprophytes d'origine alimentaire comme Listeria monocytogenes.

Ainsi, l'objectif de cette étude était d'observer les changements de population de Listeria innocua (LI) en tant que substitut de L. monocytogenes sur des pommes inoculées avec du BC ou du PE dans des conditions de stockage au froid sous atmosphère contrôlée à long terme pour identifier l'effet de la croissance de moisissures après récolte sur la croissance. d'un micro-organisme d’intérêt pour la sécurité des aliments.

Des pommes ‘Gala’ et ‘WA 38’ (n = 1 080) ont été récoltées, traitées au pyriméthanil et inoculées avec LI uniquement, ou du LI et l'une des espèces de moisissures sur les parties blessées et non blessées de la moitié de la pomme. Les pommes ont été traitées avec du 1-méthylcyclopropène et stockées sous atmosphère contrôlée (2 kPa O2, 1 kPa CO2, 1°C) pendant 1 semaine et 1, 3, 6, 9 et 11 mois avant dénombrement.

Après trois mois, LI est tombé systématiquement en dessous de la limite de détection (2,35 log UFC/g) et les échantillons ont été enrichis selon une méthode BAM modifiée avec confirmation par PCR. La persistance de Listeria dépendait de la durée de stockage et du type de contamination fongique ( p < 0,05). Les blessures superficielles peuvent avoir un impact sur ces tendances, selon la variété de la pomme. La prévalence de LI était plus élevée dans les pommes ‘Gala’. Des études futures devraient examiner de plus près les interactions à la surface du fruit qui se produisent pendant la période apparemment critique de trois à six mois de stockage.

Avis aux lecteurs

Pour mémoire, il y a eu 95 produits alimentaires rappelés du 1er au 12 septembre 2021.

Voici une liste des rappels du 13 septembre 2021, 13 produits alimentaires.

- oxyde d’éthylène: 9

- Salmonella: 1, coques élevées en France

- Escherichia coli: 1, coques et palourdes, deux rappels en un seul avis, pratique pour réduire le nombre de rappels …

- étiquetage: 1, filet de lieu noir 220g, absence de la mention réglementaire «produit décongelé, ne pas recongeler». 12 lots sont concernés, incensé !

- Bacillus cereus: 1, gingembre moulu.

La persistance est payante dans le microbiome intestinal humain

«La persistance est payante dans le microbiome intestinal humain», source Earlham Institute.

Le microbiome intestinal humain est une communauté complexe de milliers de milliards de microbes qui interagissent constamment les uns avec les autres et avec notre corps. Il soutient notre bien-être, notre système immunitaire et notre santé mentale, mais comment est-il soutenu ?

Des chercheurs au Royaume-Uni et en Allemagne, aux côtés d'autres collaborateurs internationaux, ont étudié l'évolution des bactéries dans le microbiome intestinal humain, en se demandant comment ces microbes persistent tout au long de leur vie, en tenant compte des facteurs d'influence internes et externes.

Les résultats de l'étude aideront à éclairer des probiotiques sur mesure, des bactéries vivantes retrouvées dans des aliments ou des compléments particuliers, ainsi que des interventions diététiques ou médicales pour traiter les maladies intestinales et maintenir un microbiome intestinal sain.

Maintenir une population microbienne intestinale stable et saine est mutuellement bénéfique pour nous et pour les bactéries. En échange d'une alimentation et d'un habitat confortable, la communauté microbienne rend la pareille en nous fournissant des bienfaits pour la santé, que nous commençons maintenant à comprendre.

L'auteur principal et chef de groupe, le Dr Falk Hildebrand du Quadram Institute et de l'Earlham Institute, explique : «Nous savons que certains microbes nous colonisent à la naissance et que certains peuvent vivre avec nous pendant des décennies. Pourtant, bien que des études aient porté sur des espèces individuelles de microbes, les mécanismes et l'échelle de persistance dans le microbiome dans son ensemble n'ont pas été explorés.»

Pour examiner cela, une équipe de scientifiques de l'Earlham Institute et de l'Institut Quadram du Norwich Research Park, ainsi que le Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) en Allemagne, ont utilisé la métagénomique pour analyser les stratégies évolutives et la persistance de différentes bactéries dans le microbiome de l'intestin humain.

La métagénomique est l'étude de tous les gènes de nombreux organismes différents dans une population. En ce qui concerne le microbiome intestinal humain, ce processus fournit non seulement des informations détaillées sur les souches bactériennes présentes, mais indique également les capacités d'amélioration de ces différentes souches, en fonction de leur génétique, pour maintenir l'intestin en bon état de fonctionnement.

À partir de l'analyse de prélèvements de selles, l'équipe a réexaminé les métagénomes de plus de 2 000 échantillons d'adultes et de nourrissons, dont plusieurs des mêmes familles, et a trouvé trois stratégies de dispersion majeures sous-jacentes à la persistance bactérienne intestinale humaine. Les données proviennent d'études publiées précédemment sur les changements du microbiome au fil du temps, chaque individu fournissant en moyenne 2 à 3 prélèvements à plusieurs mois d'intervalle.

Le dernier auteur et directeur de l'EMBL à Heidelberg (Activités scientifiques), le professeur Peer Bork, a dit, «En examinant des séries chronologiques d'individus et de membres de la famille et en les superposant à des informations géographiques, allant du ménage à la ville en passant par le pays, nous avons identifié des groupes de souches bactériennes qui montrent différentes stratégies de dispersion. Cela présentait des schémas de persistance très différents dans l'hôte, la propagation régionale et les distributions géographiques de centaines d'espèces bactériennes.»

Les données ont été intégrées dans un ensemble de données diversifié de 5 278 métagénomes, qui ont été sondés pour analyser les schémas de persistance des différents types de bactéries et leur influence sur les facteurs communs : âge, membres de la famille, région géographique et utilisation d'antibiotiques.

«Notre analyse montre que la plupart des souches de bactéries présentes dans le microbiome sont très persistantes, les chances qu'une souche persiste pendant au moins un an soient supérieures à 90%», a dit le Dr Hildebrand.

«Certaines espèces de microbes ont montré des différences constantes en tant que groupes taxonomiques très persistants ou peu persistants, reposant davantage sur les échanges entre les membres de la famille. Chez les bébés, cependant, la persistance moyenne des souches bactériennes est tombée à 80 %. Ce n'est pas inattendu; nous savons que, en particulier chez les nouveau-nés, il y a un échange continu de microbes intestinaux.»

Le professeur Bork, a ajouté: «Ce que l'étude montre, c'est que les niveaux de persistance intrinsèque des bactéries observés chez les adultes se reflètent également chez les enfants, et nous commençons progressivement à acquérir ces bactéries persistantes jusqu'à environ dix ans, point auquel le microbiome atteint un état stable.»

«Les antibiotiques ont eu des effets différents selon les types de bactéries, l'effet global dépendant de la résistance des différentes bactéries, de leur persistance intrinsèque et de la mesure dans laquelle elles étaient remplaçables dans le microbiome.»

Pour approfondir ce qui motive la persistance, les chercheurs ont comparé les communautés de microbiomes au-delà d'un niveau individuel, mais aussi à travers les familles, les pays et les régions. Cela leur a permis de regrouper les bactéries en fonction de leurs caractéristiques de persistance et, grâce à l'analyse génomique, de rechercher des indices sur l'évolution des stratégies de ces groupes pour se disperser parmi de nouveaux hôtes humains.

Le microbiome intestinal humain fait partie intégrante de nous tout au long de notre vie. Cependant, toutes les espèces microbiennes ne sont pas également persistantes tout au long de leur vie, certaines bactéries préférant un mode de vie ‘voyageur’ consistant souvent à passer d'un hôte à l'autre (hérédité), tandis que d'autres peuvent rester non seulement avec nous pendant longtemps moi, mais ont aussi une plus grande chance d'être hérité de nos enfants (tenace).

Le premier groupe, appelé bactéries ‘tenaces’, était le plus persistant et le mieux adapté à la survie dans l'intestin humain. Par exemple, ces bactéries ont pu survivre en passant à différentes sources de nutrition au fur et à mesure que l'hôte passait de la petite enfance à l'âge adulte.

Cependant, les bactéries tenaces sont les plus susceptibles d'être perdues dans le microbiome après l'utilisation d'antibiotiques. Si nous portons ces bactéries en nous depuis l'enfance, leur perte peut être permanente. Il s'agit d'une préoccupation particulière en ce qui concerne la surutilisation et la mauvaise utilisation des antibiotiques.

Un autre groupe a été appelé les bactéries ‘persistantes de façon héréditaire’, qui sont des souches ‘héréditaires’ et se regroupent au sein des familles. Ceux-ci ont une persistance plus faible dans l'enfance et un taux de renouvellement plus élevé, ce qui suggère que les cycles de réinfection sont la clé de leur persistance chez un individu.

L'analyse génomique a montré que ces bactéries ont tendance à avoir des gènes leur permettant de se propager par des spores, ce qui faciliterait la transmission d'un parent à l'enfant, par exemple, mais aussi à travers une unité familiale.

Un troisième groupe, nommé ‘spatiopersistant’, semble se regrouper dans ses propres zones géographiques, mais ne s'associe pas aux familles.

Avec beaucoup d'intérêt actuel pour le maintien ou la manipulation du microbiome pour la santé, l'équipe de recherche espère que leur exploration holistique de l'évolution de différentes persistances dans les microbes intestinaux conduira à des stratégies cliniques meilleures et mieux informées.

Par exemple, des interventions ponctuelles telles que la transplantation du microbiote fécale (TMF) peuvent convenir pour introduire ou même remplacer des bactéries tenaces, mais pas des bactéries qui dépendent de la réinfection. Ceux-ci pourraient bénéficier davantage de thérapies à base de probiotiques ou de changements alimentaires qui, au fil du temps, modifient l'environnement intestinal pour favoriser leur colonisation et leur persistance.

Les nouvelles informations sur les dommages étendus et potentiellement permanents que les antibiotiques peuvent causer au microbiome pourraient également indiquer de nouvelles stratégies pour atténuer ces différents effets.

«Notre étude nous a donné une bien meilleure idée des bactéries intestinales étroitement associées à leur hôte et de celles qui sont plus susceptibles de changer d'hôte. Ce sont des informations importantes pour informer les pro-prébiotiques et la plupart des applications médicales ciblant le microbiome intestinal humain», a ajouté le Dr Hildebrand.

L'article «Dispersal strategies shape persistence and evolution of human gut bacteria» a été publié dans Cell Host and Microbiome.

L'étude a été financée par le Conseil de recherche en biotechnologies et sciences biologiques et le Conseil européen de la recherche.