« Séquençage
de nouvelle génération: opportunités et limites pour la protection
de la santé humaine et animale », source communication duBfR n°022/2020 du 14 mai 2020.
Résumé
L'Autorité
européenne de sécurité des aliments (EFSA) a publié un avis
scientifique sur l'utilité potentielle du séquençage de nouvelle
génération (NGS) pour une application dans les investigations
sur les épidémies
d'origine alimentaire
et lors de
l’analyse
des aliments pour les agents pathogènes microbiens.
Intitulé
«Séquençage
du génome entier et de
la métagénomique
pour les investigations
sur
les épidémies,
l'attribution des sources et l'évaluation des risques des
micro-organismes d'origine alimentaire»,
ce document d'opinion examine également la valeur des nouvelles
méthodes de laboratoire moléculaire pour l'évaluation des risques
dans la surveillance des aliments.
Les
avantages et les inconvénients des différentes méthodes du
séquençage de nouvelle génération
sont analysés dans le contexte des méthodes microbiologiques citées
dans la législation actuelle de l'Union européenne.
L'Institut
fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR), en
coordination avec l'Institut Friedrich Loeffler (FLI), a évalué
l'application des méthodes du
séquençage de nouvelle génération
concernant la sécurité des
aliments
et la santé animale sur la base de l'avis de l'EFSA.
Cette
évaluation examine des sujets tels que les défis de l'échange de
données et de l'harmonisation de nouvelles méthodes entre les
différents laboratoires. Par conséquent, le personnel travaillant
dans les institutions, les laboratoires et les autorités
réglementaires, qui sont impliqués dans le typage et la
caractérisation des agents pathogènes dans les aliments et les
animaux, est le public cible.
Le
séquençage de nouvelle génération
représente la deuxième et la troisième génération de séquençage
génétique et offre la résolution la plus élevée jamais
disponible pour déterminer la séquence nucléotidique d'une
molécule ou d'un génome d'ADN.
Pour
les agents pathogènes facilement disponibles sous forme de cultures
pures, le séquençage du génome entier s'est imposé dans le monde
entier comme méthode du
séquençage de nouvelle génération.
Dans ce processus, le matériel génétique de l'agent causal est
isolé de l'individu malade et comparé aux isolats du même agent
pathogène provenant d'aliments ou d'animaux. Cela permet la
détection de relations dans le matériel génétique, permettant de
remonter aux
cas à des éclosions de maladies spécifiques à divers endroits.
Une autre méthode du
séquençage de nouvelle génération,
connue sous le nom de séqueçage
du métagénome
entier ou
séquençage
métagénomique
shotgun
consiste à récolter le matériel génétique directement à partir
d'un échantillon d'aliments ou d'animaux (par exemple), qui peut
souvent contenir un ensemble de microbes. Cela permet la détection
de micro-organismes non cultivables ou difficiles à cultiver tels
que les parasites ou les virus. Le séquençage métagénomique peut
être utilisé comme méthode de diagnostic initial dans les cas où
un pathogène spécifique n'est pas encore suspecté. Le séquençage
métagénomique permet également de découvrir de nouveaux agents
pathogènes inconnus auparavant, comme le virus
de
Schmallenberg
en 2011.
Il
y a aussi dans ce document une évaluation conjointe du BfR
et
le
Friedrich Loeffler Institute (FLI) concernant les conclusions tirées
de l'avis scientifique publié par
l’European
Food Safety Authority (EFSA).
