Séquençage de nouvelle génération: opportunités et limites pour la protection de la santé humaine et animale

« Séquençage de nouvelle génération: opportunités et limites pour la protection de la santé humaine et animale », source communication duBfR n°022/2020 du 14 mai 2020.

Résumé

L'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a publié un avis scientifique sur l'utilité potentielle du séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une application dans les investigations sur les épidémies d'origine alimentaire et lors de l’analyse des aliments pour les agents pathogènes microbiens.

Intitulé «Séquençage du génome entier et de la métagénomique pour les investigations sur les épidémies, l'attribution des sources et l'évaluation des risques des micro-organismes d'origine alimentaire», ce document d'opinion examine également la valeur des nouvelles méthodes de laboratoire moléculaire pour l'évaluation des risques dans la surveillance des aliments.

Les avantages et les inconvénients des différentes méthodes du séquençage de nouvelle génération sont analysés dans le contexte des méthodes microbiologiques citées dans la législation actuelle de l'Union européenne.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR), en coordination avec l'Institut Friedrich Loeffler (FLI), a évalué l'application des méthodes du séquençage de nouvelle génération concernant la sécurité des aliments et la santé animale sur la base de l'avis de l'EFSA.

Cette évaluation examine des sujets tels que les défis de l'échange de données et de l'harmonisation de nouvelles méthodes entre les différents laboratoires. Par conséquent, le personnel travaillant dans les institutions, les laboratoires et les autorités réglementaires, qui sont impliqués dans le typage et la caractérisation des agents pathogènes dans les aliments et les animaux, est le public cible.

Le séquençage de nouvelle génération représente la deuxième et la troisième génération de séquençage génétique et offre la résolution la plus élevée jamais disponible pour déterminer la séquence nucléotidique d'une molécule ou d'un génome d'ADN.

Pour les agents pathogènes facilement disponibles sous forme de cultures pures, le séquençage du génome entier s'est imposé dans le monde entier comme méthode du séquençage de nouvelle génération. Dans ce processus, le matériel génétique de l'agent causal est isolé de l'individu malade et comparé aux isolats du même agent pathogène provenant d'aliments ou d'animaux. Cela permet la détection de relations dans le matériel génétique, permettant de remonter aux cas à des éclosions de maladies spécifiques à divers endroits. Une autre méthode du séquençage de nouvelle génération, connue sous le nom de séqueçage du métagénome entier ou séquençage métagénomique shotgun consiste à récolter le matériel génétique directement à partir d'un échantillon d'aliments ou d'animaux (par exemple), qui peut souvent contenir un ensemble de microbes. Cela permet la détection de micro-organismes non cultivables ou difficiles à cultiver tels que les parasites ou les virus. Le séquençage métagénomique peut être utilisé comme méthode de diagnostic initial dans les cas où un pathogène spécifique n'est pas encore suspecté. Le séquençage métagénomique permet également de découvrir de nouveaux agents pathogènes inconnus auparavant, comme le virus de Schmallenberg en 2011.

Il y a aussi dans ce document une évaluation conjointe du BfR et le Friedrich Loeffler Institute (FLI) concernant les conclusions tirées de l'avis scientifique publié par l’European Food Safety Authority (EFSA).