Risque professionnel : des tests de dépistage de la COVID-19 reviennent avec des faux positifs chez des employés d’un laboratoire de recherche

ASM News rapporte un fait scientifique qui est un peu plus qu’une anecdote, jugez plutôt, «Risque professionnel : des tests de dépistage de la COVID-19 reviennent avec des faux positifs chez des employés d’un laboratoire de recherche».

Faits saillants

- Une nouvelle étude a analysé des gènes dans des écouvillons nasaux de personnes asymptomatiques testées positives pour le SRAS-CoV-2.

- L'étude a trouvé un groupe de personnes qui travaillaient ensemble dans un laboratoire qui se concentre sur les plasmides.

- Les plasmides sont de minuscules morceaux d'ADN couramment utilisés pour étudier les protéines produites par les virus.

- L'analyse a attribué les tests positifs à l'ADN plasmidique, et non à l'ARN viral.

- La nouvelle étude montre l'importance de tenir compte de la profession dans les examens de diagnostic.

Pour certains travailleurs de laboratoire, un test positif pour le SRAS-CoV-2 peut indiquer plus précisément une exposition professionnelle qu'une infection virale. Dans Microbiology Spectrum, des chercheurs de Seattle rendent compte d'un petit groupe d'employés de laboratoire dont les tests sont des faux positifs pour le virus ne provenaient pas de l'ARN viral, mais plutôt d'un morceau d'ADN généralement inoffensif, appelé plasmide, qui est couramment utilisé pour étudier le virus.

«Les plasmides sont de petites structures d'ADN que l'on trouve couramment dans les bactéries, et nous les utilisons tout le temps en laboratoire pour fabriquer des protéines», a déclaré la virologue et responsable de l'étude Lisa Frenkel de l'Université de Washington, qui codirige le Center for Global Recherche sur les maladies infectieuses au Seattle Children's Research Institute. «Et ici, le plasmide semblait s'imposer dans le nez des personnes qui travaillaient avec.» L'étude a également montré que les plasmides peuvent se propager à d'autres membres du ménage d'une personne.

Le nombre de personnes asymptomatiques dont le test est positif et qui travaillent avec des plasmides du SRAS-CoV-2 dans les laboratoires est inconnu, car il est peu probable que la plupart soient testées lorsqu'elles sont asymptomatiques.

Plus important encore, la nouvelle étude a révélé que les plasmides peuvent persister dans le nez, probablement dans les bactéries, pendant des semaines. Ils peuvent interférer avec les tests diagnostiques cliniques. Frenkel a expliqué que lorsque les médecins interprètent les résultats de diagnostic, ils doivent tenir compte de l'exposition professionnelle d'un patient, ainsi que de ses antécédents médicaux.

Frenkel, dont les travaux se concentrent généralement sur le VIH, n'avait pas initialement prévu d'étudier les travailleurs de laboratoire ou les plasmides. Mais fin mars 2020, alors que le nombre de cas de COVID-19 augmentait dans le monde, son laboratoire (et ceux de nombreux collègues du Seattle Children's Research Institute) a changé pour travailler sur le SRAS-CoV-2. Ils ont commencé à chercher des biomarqueurs capables de prédire comment une personne réagirait à une infection. Ils ont lancé un essai observationnel prospectif qui surveillait, sur une base hebdomadaire, un groupe de personnes qui avaient été testées positives pour le SRAS-CoV-2 par un test PCR mais qui ne présentaient pas de symptômes.

En analysant les données, les chercheurs ont réalisé que 4 des sujets asymptomatiques de leur étude qui avaient été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par PCR travaillaient tous ensemble dans le même laboratoire.

«Nous connaissions le chercheur principal de ce laboratoire et nous savions sur quoi ils travaillaient», a déclaré Frenkel. Les chercheurs de ce laboratoire avaient travaillé avec un plasmide qui codait pour une protéine SARS-CoV-2.

Cette connexion a soulevé une question : les tests de diagnostic pourraient-ils détecter l'ADN dans le plasmide, plutôt que le virus ? Après tout, les tests PCR détectent le matériel génétique du virus. Pour le savoir, les chercheurs ont analysé les acides nucléiques prélevés sur les écouvillons nasaux des 4 collègues et 1 participant supplémentaire, un partenaire de l’un des employés de laboratoire qui était également asymptomatique et dont le test était positif.

Ingrid Beck, senior scientist, a prouvé que dans tous les cas testés, le matériel détecté provenait du plasmide, et non du virus. Plusieurs tests PCR effectués sur les échantillons ont amplifié des séquences d'ADN uniques au plasmide utilisé en laboratoire, mais pas des régions de l'ARN du SARS-CoV-2. «Ils l'ont eu dans le nez pendant de longues périodes, soit dans les tissus nasaux, soit dans les bactéries», a dit Frenkel. Les chercheurs ont très probablement été exposés au plasmide dans le cadre de leurs travaux de laboratoire.

Les résultats soulèvent d'autres questions qui restent sans réponse. «Désormais, nous sommes curieux, est-ce que [le plasmide] a vacciné ces gens?» s’est demandé Frenkel. «Nous ne savons pas s'ils ont une immunité de la muqueuse contre cette partie du virus. Pourra-t-elle les protéger ?

Depuis la fin de l'étude, Frenkel a repris son travail sur le VIH. «Le SRAS-CoV-2 va évoluer, mais heureusement, il n'évolue pas aussi rapidement que le VIH», a-t-elle dit. «C'est un virus que nous pouvons mieux combattre que le VIH.»