Challenges du diagnostic et de l'épidémiologie de Escherichia coli entéro-invasif

Escherichia coli entéro-invasif (ECEI) et Shigella spp. sont deux bactéries à Gram négatif responsables de maladies diarrhéiques dans le monde. Les présentations cliniques de ces deux agents pathogènes sont très similaires et se manifestent généralement par la diarrhée, les crampes abdominales, les nausées et la fièvre chez l'enfant et l'adulte. En plus d'un tableau clinique similaire, ECEI et Shigella partagent des caractéristiques de laboratoire qui peuvent rendre difficile leur distinction dans la pratique courante de laboratoire clinique. Les deux agents pathogènes sont transmis par voie fécale-orale et les infections sont fréquemment associées à la consommation d'aliments et d'eau contaminés. Alors que Shigella est associée à des épidémies d'origine alimentaire à grande échelle, les épidémies causées par ECEI sont rarement enregistrées.

Une prévalence élevée des infections à ECEI a été documentée dans les zones rurales et les environnements avec un mauvais assainissement dans les pays à haut risque tandis que les infections à ECEI en Europe sont généralement sporadiques et liées aux voyages. Néanmoins, quelques foyers à ECEI ont été signalés en Europe, les plus récents étant survenus en Italie en 2012 et au Royaume-Uni en 2014. Ces éclosions ont touché, respectivement, 109 cas et 157 cas probables, ce qui met en évidence le fait que ECEI, comme Shigella, a la capacité de provoquer de grandes éclosions de maladies gastro-intestinales.

La souche épidémique identifiée dans ces récentes épidémies européennes, ECEI O96:H19, est un type de ECEI émergent qui présente des caractéristiques phénotypiques plus proches de celles de Escherichia coli (E. coli) non invasif que celles décrites pour Shigella. Il est suggéré que ces caractéristiques contribuent à améliorer les capacités de survie ainsi que la capacité de mieux s'adapter aux différentes niches écologiques.

Traditionnellement, la culture des échantillons fécaux a été le pilier du diagnostic en laboratoire des bactéries entériques, et ECEI a été différenciée de Shigella en évaluant une combinaison de plusieurs caractéristiques phénotypiques, y compris les caractéristiques biochimiques, de motilité et sérologiques.

Cette situation est en train de changer car les méthodes basées sur la PCR deviennent courantes dans de nombreux laboratoires de diagnostic. Contrairement à E. coli non invasif, ECEI et Shigella peuvent envahir et se multiplier dans les cellules épithéliales intestinales, un processus qui est partiellement médié par un gène plasmidique (ipa) codant pour l’invasion des entérocytes. Pour cette raison, la PCR ciblant le gène ipaH peut séparer ECEI des autres E. coli non invasifs, mais ne peut pas différencier ECEI et Shigella. Le gène lacY a été proposé comme marqueur moléculaire supplémentaire pour lequel la plupart des E. coli sont positifs et Shigella est négatif. Son utilisation comme cible de PCR pour séparer Shigella et ECEI est limitée aux isolats bactériens, car de nombreux échantillons fécaux sont lacY positif en raison de la présence de E. coli dans la flore normale.

En Suède, plusieurs laboratoires cliniques se sont tournés vers l'utilisation de tests PCR directs sur des échantillons de matières fécales comme principal outil de diagnostic. Cependant, la plupart de ces laboratoires cultivent des échantillons positifs pour la PCR, ce que l'on appelle une culture guidée par les résultats de la PCR. Bien que la culture d'échantillons fécaux positifs à la PCR soit effectuée en routine, il peut être difficile d'obtenir des isolats ECEI car la morphologie des souches ECEI sur des substrats couramment utilisés peut imiter la morphologie de la flore de fond entérique, les colonies jaunes sur gélose au xylose lysine désoxycholate (gélose XLD), plutôt que la morphologie de Shigella, colonies rouges sur gélose XLD. Par conséquent, la séparation de ECEI des autres bactéries dans la flore normale nécessite généralement des procédures de laboratoire supplémentaires telles que le dépistage d'un grand nombre de colonies, ce qui est considéré comme trop long pour la plupart des laboratoires cliniques.

Pour cette raison, il est probable qu'un patient dont les échantillons sont positifs pour la PCR ipaH mais négatifs pour la culture ne serait pas notifié comme cas si l'algorithme de diagnostic au laboratoire nécessite un isolat de Shigella détecté. De plus, la PCR est une méthode plus sensible que la culture et Shigella est connue pour sa capacité de survie limitée dans les échantillons fécaux, ce qui peut également conduire à des échantillons positifs pour la PCR ipaH mais négatifs pour la culture.

La shigellose est à déclaration obligatoire en Suède comme dans la plupart des pays européens. En 2017, l'incidence était de 2,1 pour 100 000 habitants en Suède, et la majorité des cas avaient été infectés à l'étranger. La déclaration obligatoire des maladies permet la mise en œuvre d'une série d'actions de santé publique, y compris des activités de gestion et de surveillance de la santé publique, et aide à définir les expositions aux risques. Contrairement à la shigellose, la déclaration n'est pas obligatoire pour les ECEI et la présence de ce pathogène en Suède est actuellement inconnue.

En Suède, la présence de ECEI est actuellement inconnue et aucune information sur la distribution de la souche spécifique de l'épidémie n'était disponible pour l'équipe d'investigation sur l'épidémie, c'est-à-dire on ne sait pas si ECEI O96:H19 circule en Suède ou si cette souche a été introduite via un produit alimentaire importé.

Cette sérotype spécifique de ECEI de ST99 a été signalée pour la première fois comme l'agent pathogène causant une maladie lors d'une épidémie en Italie en 2012, et a depuis été impliquée dans deux éclosions au Royaume-Uni et dans un cas sporadique lié à des voyages en Espagne. Le sérotype O96:H19 de ST99 est considéré comme une nouvelle souche de ECEI virulente émergente et diffère des autres souches de ECEI et de Shigella traditionnelles dans de nombreux tests phénotypiques car il est plus réactif, par ex. fermente le glucose, est positif pour la lysine décarboxylase et est mobile. Cela a également été démontré dans la présente enquête. Les souches émergentes de ECEI telles que ECEI O96:H19, qui ressemble phénotypiquement plus à E. coli qu'à Shigella, ce qui pourrait permettre d'améliorer les capacités de survie, pourraient potentiellement contribuer à une augmentation des épidémies d'origine alimentaire causées par ECEI à l'avenir. Cela nécessite une meilleure préparation en laboratoire et un consensus sur les recommandations de mesures de santé publique des échantillons fécaux de Shigella/ECEI positifs par PCR.

Référence

Lagerqvist Nina, Löf Emma, Enkirch Theresa, Nilsson Peter, Roth Adam, Jernberg Cecilia. Outbreak of gastroenteritis highlighting the diagnostic and epidemiological challenges of enteroinvasive Escherichia coli, County of Halland, Sweden, November 2017. EuroSurveill. 2020;25(9):pii=1900466 https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.1900466

Un test COVID-19 rapide sans laboratoire fournit des résultats en un peu plus d'une heure

« Un test COVID-19 rapide sans laboratoire fournit des résultats en un peu plus d'une heure », source Imperial College London.

Un nouveau test DnaNudge Lab-in-Cartridge commence l'évaluation sur les patients, ne nécessitant aucun laboratoire et réduisant considérablement les attentes de résultats.

Le professeur d'ingénierie de l'Imperial College de Londres, Chris Toumazou, travaille avec des chercheurs cliniques pour tester un test PCR rapide et sans laboratoire qui détecte le COVID-19 et fournit des résultats en un peu plus d'une heure.

Les tests rapides de laboratoire dans une cartouche, basés sur l'innovation de tests ADN grand public, DnaNudge, du professeur Toumazou, ont été validés cliniquement après un essai initial réussi sur des patients COVID-19 et continuent de valider sur des groupes de patients plus importants.

L'analyseur DnaNudge

L’évaluation, qui a commencé ces derniers jours, impliquera désormais des tests cliniques à grande échelle en vue d’un déploiement national étendu, dans le cadre des efforts visant à atteindre les objectifs de dépistage du gouvernement britannique.

Le ministère de la santé et des affaires sociales a acheté 10 000 cartouches de test d'ARN DnaNudge pour le COVID-19 afin d les déployer sur les sites cliniques. La stratégie de tests du COVID-19 du ministère de la santé a cité le travail comme étant « des innovateurs encourageant qui produisent de nouveaux types de tests prometteurs ».

Des experts de l'Imperial College Healthcare NHS Trust travaillent avec l'équipe de l'Imperial et de DnaNudge pour permettre au nouveau test d'être disponible pour les patients et le personnel s'il continue de porter ses fruits.

Avec des résultats livrés en un peu plus d'une heure, la technologie a le potentiel d'offrir une amélioration substantielle des temps de test PCR en laboratoire actuels - qui prennent au moins 1-2 jours avant qu'un patient puisse recevoir les résultats. L'écouvillon peut être placé directement dans la cartouche, puis directement dans la boîte pour analyse.

Complément du 25 avril 2020. On pourra lire « Dépistage du coronavirus : les raisons du fiasco français sur les tests », source Le Monde du 25 avril 2020. Article réservé aux abonnés.

Difficultés d’approvisionnement, atermoiements du gouvernement, corporatismes et blocages réglementaires ont fait perdre de précieuses semaines au pays.

Enjeux des tests pour le SRAS-CoV-2/ COVID-19: quand, lequel, quoi et à quelle fréquence effectuer le test ? Une initiative de l'American Society for Microbiology

Voici le compte-rendu du Rapport du sommet international COVID-19 de l'American Society for Microbiology, 23 mars 2020: Utilité des tests de diagnostic pour le SRAS-CoV-2/COVID-19 ou Report from the American Society for Microbiology COVID-19 International Summit, 23 March 2020: Value of Diagnostic Testing for SARS–CoV-2/COVID-19, source ASM News.

Il s'agit d'une réflexion de scientifiques qui méritent d'être diffusée dans son intégralité compte tenu précisément des enjeux posés par la mise en œuvre de ces test quels qu'ils soient.

Alors que nous entrons dans le deuxième trimestre de la pandémie de COVID-19, les tests de dépistage du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) étant de plus en plus disponibles (bien que toujours limités et/ou lents dans certaines régions), nous sommes confrontés à de nouvelles questions et les défis concernant ce nouveau virus.

Quand tester?

Qui tester?

Que tester?

À quelle fréquence tester?

Et que faire des résultats des tests?

Étant donné que le SRAS-CoV-2 est un nouveau virus, il existe peu de preuves sur lesquelles s'appuyer pour utiliser les tests et gérer les diagnostics (1).

Plusieurs points doivent être pris en considération pour commencer à répondre à ces questions; en particulier, quels types de tests sont disponibles et dans quelles circonstances sont-ils utiles?

Cette compréhension peut aider à guider l'utilisation des tests aux niveaux local, régional, étatique et national et informer ceux qui évaluent la chaîne d'approvisionnement pour s'assurer que les tests nécessaires sont et continuent d'être disponibles.

Ici, nous expliquons les types de tests disponibles et comment ils pourraient être utiles face à une situation en évolution rapide et sans précédent. Il existe deux grandes catégories de tests SRAS-CoV-2: ceux qui détectent le virus lui-même et ceux qui détectent la réponse de l’hôte au virus. Chacun sera considéré séparément.

Nous devons reconnaître que nous avons affaire à (i) un nouveau virus, (ii) une pandémie sans précédent dans les temps modernes, et (iii) un territoire inexploré.

Dans cet esprit, en l'absence d'une thérapie efficace ou d'un vaccin éprouvé, les tests de diagnostic, que nous avons, deviennent un outil particulièrement important, informant la gestion des patients et potentiellement contribuant à sauver des vies en limitant la propagation du SRAS-CoV-2.

Quel est le test le plus approprié, et pour qui et quand?

En théorie, si la population mondiale entière pouvait être testée en même temps, avec un test fournissant 100% de spécificité et de sensibilité (irréaliste, évidemment), nous pourrions être en mesure d'identifier tous les individus infectés et de trier les gens en ceux qui, à ce moment-là, étaient :

asymptomatique,

peu/modérément symptomatique et,

sévèrement symptomatique.

Les symptômes asymptomatiques et peu/modérément symptomatiques pourraient être mis en quarantaine pour éviter la propagation du virus, avec les symptômes sévèrement gérés et isolés dans les établissements de soins de santé.

Le tracking des contacts pourrait être effectué pour trouver ceux qui risquent d'être en période d'incubation en raison de leur exposition. Alternativement, tester une réponse de l'hôte, si, encore une fois, le test était hypothétiquement sensible et spécifique à 100%, pourrait identifier les personnes précédemment exposées au virus et (si nous savions que cela était vrai, ce que nous ne faisons pas) étiqueter ceux qui sont immunisés au virus, qui pourrait être sollicité pour travailler dans des contextes où des personnes potentiellement infectées (par exemple, des patients malades dans les hôpitaux) pourraient autrement présenter un risque.

Malheureusement, ces scénarios hypothétiques ne sont pas réalité. Cependant, avec cette situation idéale comme guide, ce que nous avons aujourd'hui en tant que tests devrait être soigneusement examiné en termes de comment ils peuvent être utilisés pour rapprocher la crise actuelle de la situation idéale, en particulier en l'absence de thérapies ou de vaccins.

Bien que le virus puisse être cultivé, cela est dangereux et ne se fait pas systématiquement dans les laboratoires cliniques. Bien que la détection d'antigènes viraux soit théoriquement possible, cette approche n'a pas été, à ce jour, une approche primaire, mais une approche que les participants au sommet ont considérée comme méritant des recherches supplémentaires.

Essai 1. Essais pour l'ARN viral

La plupart des tests actuellement utilisés pour la détection directe du SRAS-CoV-2 identifient l'ARN viral par amplification d'acides nucléiques, généralement par PCR. Une considération importante est exactement ce qui est testé pour l'ARN viral. Les tests qui détectent l'ARN viral dépendent de la présence d'ARN viral dans l'échantillon prélevé.

Les types de prélèvements les plus couramment testés sont des écouvillons prélevés dans le nasopharynx et/ou l'oropharynx, le premier étant considéré comme un peu plus sensible que le second (2); si les deux sont collectés, les deux écouvillons peuvent être combinés et testés simultanément en une seule réaction pour conserver les réactifs.

Aujourd'hui, les professionnels de la santé collectent ces écouvillons; cependant, les preuves suggèrent que les patients ou les parents (dans le cas des jeunes enfants) pourraient être en mesure de recueillir leurs propres écouvillons (3,4). Après la collecte, les écouvillons sont placés dans un liquide pour libérer le virus/ARN viral des écouvillons en solution. Ensuite, l'ARN viral est extrait de cette solution et ensuite amplifié (par exemple, par transcription inverse-PCR ou RT-PCR en anglais).

Pour les patients atteints de pneumonie, en plus des sécrétions nasopharyngées et orales, les sécrétions des voies respiratoires inférieures, telles que les expectorations et le liquide de lavage broncho-alvéolaire, sont testées. Il ne faut pas supposer que chacun de ces éléments (par ex. écouvillon nasopharyngé, crachats, liquide de lavage bronchoalvéolaire) aura les mêmes chances de détecter le SRAS-CoV-2; les taux de détection dans chaque type d’échantillon varient d’un patient à l’autre et peuvent changer au cours de la maladie de chaque patient. Certains patients atteints de pneumonie peuvent avoir des échantillons nasaux ou oropharyngés négatifs mais un échantillon positif des voies respiratoires inférieures positif (5), par exemple. En conséquence, la véritable sensibilité clinique de l'un de ces tests est inconnue (et elle n'est certainement pas de 100%, comme dans le scénario hypothétique); un test négatif n'écarte donc pas la possibilité qu'un individu soit infecté. Si le test est positif, le résultat est probablement correct, bien que l'ARN viral errant qui pénètre dans le processus de test (par exemple, lorsque l'échantillon est collecté ou à la suite d'une contamination croisée ou qu’un test soit effectué par un technicien de laboratoire infecté par le SRAS-CoV-2 [ce ne sont là que quelques exemples]) pourrait éventuellement donner un résultat faussement positif.

De plus, nous notons que l'ARN viral n'est pas synonyme de virus vivant, et donc, la détection d'ARN viral ne signifie pas nécessairement que le virus peut être transmis à partir de ce patient. Cela dit, les tests basés sur l'ARN viral sont les meilleurs tests que nous ayons dans le cadre d'une maladie aiguë. Il est important de reconnaître que la précision du test est affectée par la qualité de l'échantillon, et il est donc essentiel que l'échantillon soit obtenu de manière appropriée (et sûre). Le dépistage du SRAS-CoV-2 chez les patients permet d'identifier ceux qui sont infectés, ce qui est utile pour la prise en charge individuelle des patients, ainsi que pour la mise en œuvre de stratégies d'atténuation visant à prévenir la propagation dans les établissements de santé et dans la communauté.

Tests pour le SRAS-CoV-2/COVID-19 et utilisations potentielles.

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Il existe de nombreuses questions, défis et controverses sans réponse concernant les tests de détection d'ARN viral. L'ARN peut se dégrader avec le temps. Il est à craindre que la collecte d'échantillons pour les tests n'épuise la fourniture d'équipements de protection individuelle essentiels nécessaires pour soigner les patients infectés.

Des stratégies alternatives pour la collecte d'échantillons, y compris la collecte à domicile, doivent donc être envisagées soit par un professionnel de la santé, soit par les patients eux-mêmes (ou par un parent dans le cas de jeunes enfants); l'utilisation d'autres types d'échantillons, tels que le liquide buccal ou les écouvillons nasaux (s'ils s'avèrent fournir des résultats équivalents à ceux des écouvillons nasopharyngés) doit également être envisagée.

La propagation aux personnels de santé et au sein des établissements de santé et de soins de longue durée est une considération primordiale pour la hiérarchisation des tests; le dépistage des patients susceptibles de souffrir du SRAS-CoV-2 qui se trouvent dans des établissements de soins de santé ou des établissements de soins de longue durée, ainsi que des personnels potentiellement malades essentiels à la riposte à la pandémie, y compris des personnels de santé, des responsables de la santé publique et d'autres dirigeants essentiels, est une priorité. Cela dit, le test de toute personne présentant des symptômes compatibles avec COVID-19 doit être envisagé, car des tests larges aideront à définir qui a cette infection, ce qui permettra de contrôler sa propagation.

Étant donné que le SRAS-CoV-2 peut infecter n'importe qui et entraîner une transmission avant le début des symptômes, voire même sans que des individus ne développent de symptômes, le test de patients asymptomatiques pourrait même être envisagé. Malheureusement, on sait peu de choses actuellement sur la détection d'ARN viral chez les patients asymptomatiques, et de telles stratégies de test peuvent étirer les ressources disponibles au-delà des limites réalistes.

Certaines thérapies futures pourraient mieux fonctionner si elles étaient administrées tôt, ce qui nécessitera des tests précoces pour le SRAS-CoV-2 afin de réaliser une efficacité maximale. Les questions du nombre de tests nécessaires et du type à effectuer sur chaque patient (pour le diagnostic primaire si les résultats du test initial sont négatifs et par la suite pour documenter la clairance du virus pour libérer les patients de l'isolement) restent ouvertes.

À mesure que le nombre de tests disponibles pour le SRAS-CoV-2 augmente, de nouveaux défis, notamment la nécessité de (i) mieux comprendre la variabilité des caractéristiques de performance des différents tests (par exemple, sensibilité et spécificité), y compris sur différents types d'échantillons, (ii) optimiser les analyses à partir de leur conception d'origine (par exemple, plusieurs cibles vers une seule cible) pour améliorer l'utilisation des réactifs tout en conservant les caractéristiques de performance, et (iii) surveiller les performances des tests compte tenu du potentiel de mutation du virus, sont émergentes. Le dernier point peut être résolu en séquençant périodiquement le virus évolué pour rechercher des changements dans les régions de liaison des amorces et des sondes qui pourraient affecter les performances des tests basés sur la détection de l'ARN viral; le séquençage périodique peut également aider à suivre l'évolution virale. De plus, au fur et à mesure que les tests augmentent, la réduction du délai d'obtention des résultats continuera d'être cruciale pour mieux gérer les patients et les professionnels de la santé. L'élaboration de diagnostics rapides au point de service est une lacune et devrait être une priorité. La mesure des niveaux viraux peut également être utile pour surveiller la récupération, la réponse au traitement et/ou le niveau d'infectiosité. Les tests de diagnostic actuels basés sur l'ARN sont principalement qualitatifs, et bien qu'ils puissent être calibrés pour fournir des charges virales, un processus standardisé n'existe pas actuellement. Il convient de noter qu'il n'y a pas de seuil établi pour l'interprétation des charges virales, qui peuvent varier selon les hôtes.

Bien que des tests soient devenus disponibles, leur énorme demande a créé des défis pour la chaîne d'approvisionnement, compromettant leur disponibilité même; cela comprend les problèmes de disponibilité des tampons nasopharyngés, des réactifs et instruments d'extraction d'ARN et des réactifs et instruments de PCR.

Même avec des tests commerciaux approuvés par la FDA et diffusés commercialement, il y a des retards avec l'installation d'instruments et la fourniture de réactifs/kits pour répondre à la demande sur de nombreux sites. À l'heure actuelle, des efforts considérables sont déployés sur plusieurs fronts pour relever les nombreux défis d'approvisionnement entourant les tests et une continuité sécurisée des services de test.

Essai 2 : La sérologie

L'autre grande catégorie de tests est celle qui détecte les IgM, IgA, IgG ou les anticorps totaux (généralement dans le sang). Le développement d'une réponse anticorps à l'infection peut dépendre de l'hôte et prendre du temps; dans le cas du SRAS-CoV-2, les premières études suggèrent que la majorité des patients séroconvertissent entre 7 et 11 jours après l'exposition au virus, bien que certains patients puissent développer des anticorps plus tôt. En raison de ce retard naturel, les tests d'anticorps ne sont pas utiles dans le cadre d'une maladie aiguë. Nous ne savons pas avec certitude si les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 qui se rétablissent par la suite seront protégées, totalement ou partiellement, contre une infection future par le SRAS-CoV-2 ou combien de temps l'immunité protectrice peut durer; des preuves récentes d'une étude sur les macaques rhésus suggèrent une immunité protectrice après la résolution d'une infection primaire (https://doi.org/10.1101/2020.03.13.990226; cependant, d'autres études sont nécessaires pour le confirmer.

Les tests d'anticorps pour le SRAS-CoV-2 peuvent faciliter (i) le tracking des contacts - les tests basés sur l'ARN peuvent également y contribuer; (ii) la surveillance sérologique aux niveaux local, régional, étatique et national; et (iii) l'identification de ceux qui ont déjà eu le virus et peuvent donc (en cas d'immunité protectrice) être immunisés.

En supposant qu'il existe une immunité protectrice, les informations sérologiques peuvent être utilisées pour guider les décisions de retour au travail, y compris pour les personnes qui travaillent dans des environnements où elles peuvent potentiellement être réexposées au SRAS-CoV-2 (par exemple, les personnels de santé). Les tests sérologiques peuvent également être utiles pour identifier les individus qui peuvent être une source d'anticorps neutralisants thérapeutiques ou prophylactiques (actuellement expérimentaux).

De plus, les tests d'anticorps peuvent être utilisés dans des études de recherche pour déterminer la sensibilité des tests PCR pour détecter l'infection et être utilisés rétrospectivement pour déterminer la véritable portée de la pandémie et aider au calcul des statistiques, y compris le taux de létalité. Enfin, les tests sérologiques peuvent éventuellement être utilisés à des fins diagnostiques pour tester les individus à ARN viral négatif se présentant tardivement dans leur maladie.

Les participants au sommet ont noté que des tests pour les marqueurs de l'hôte pourraient être nécessaires pour bien comprendre quels patients sont à risque de développer une maladie grave de part leur infection.

En résumé, les deux catégories de tests pour le SRAS-CoV-2 devraient être utiles dans cette éclosion. Nous avons la chance d'avoir les technologies que nous utilisons et qui ont permis de rendre les diagnostics rapidement disponibles.

Il y a probablement un lien direct entre la compréhension du niveau de virus/maladie dans les communautés individuelles et l'acceptation des mesures de contrôle qui nécessitent une action individuelle, comme la distanciation sociale.

Maintenant, nous devons assurer des efforts systématiques et coordonnés entre les secteurs public, clinique, commercial et industriel pour garantir des lignes d'approvisionnement robustes au milieu de la pandémie afin que nous puissions tirer parti du pouvoir des tests pour lutter contre la pandémie à laquelle nous sommes confrontés.

Références

1. Patel R, Fang FC. 2018. Diagnostic stewardship: opportunity for a laboratory-infectious diseases partnership. Clin Infect Dis 67:799–801. doi:10.1093/cid/ciy077. CrossRef Google Scholar

2. Zou L, Ruan F, Huang M, Liang L, Huang H, Hong Z, Yu J, Kang M, Song Y, Xia J, Guo Q, Song T, He J, Yen H-L, Peiris M, Wu J. 2020. SARS-CoV-2 viral load in upper respiratory specimens of infected patients. N Engl J Med 382:1177–1179. doi:10.1056/NEJMc2001737. CrossRef Google Scholar

3. Dhiman N, Miller RM, Finley JL, Sztajnkrycer MD, Nestler DM, Boggust AJ, Jenkins SM, Smith TF, Wilson JW, Cockerill FR, Pritt BS. 2012. Effectiveness of patient-collected swabs for influenza testing. Mayo Clin Proc 87:548–554. doi:10.1016/j.mayocp.2012.02.011. CrossRef PubMed Google Scholar

4. Murray MA, Schulz LA, Furst JW, Homme JH, Jenkins SM, Uhl JR, Patel R, Cockerill FC, Myers JF, Pritt BS. 2015. Equal performance of self-collected and health care worker-collected pharyngeal swabs for group a streptococcus testing by PCR. J Clin Microbiol 53:573–578. doi:10.1128/JCM.02500-14. Abstract/FREE Full Text  Google Scholar 

5.↵Winichakoon P, Chaiwarith R, Liwsrisakun C, Salee P, Goonna A, Limsukon A, Kaewpoowat Q. 26 February 2020. Negative nasopharyngeal and oropharyngeal swab does not rule out COVID-19. J Clin Microbiol. doi:10.1128/JCM.00297-20. Abstract/FREE Full Text Google Scholar

Il faut faire des tests, oui mais des tests PCR !

Le jeudi 2 avril 2020, le Premier Ministre a garanti une « montée en puissance rapide » du nombre de tests diagnostic du Covid-19, certifiant que de « plus de 20 000 tests par jour », on passera rapidement à 30 000 dépistages quotidiens. (source)

Oui mais quand ?

Là aussi il y a une ‘discussion’ d’experts et c’est aussi comme pour les médicaments ...

Dans les faits, les tests biologiques sont faillibles. « La qualité du prélèvement, c'est 90% de la qualité d'un test », a résumé Bruno Pozzetto, chef du service de virologie au CHU de Saint-Etienne, sur FranceInfo. Nicolas Lévêque, chef du service de virologie du CHU de Poitiers, a estimé que si le geste « est mal réalisé, il peut expliquer en bonne partie ce qu'on attribue par erreur à des 'faux négatifs'. » « On sait depuis un mois que lorsqu'on fait le test à partir d'un prélèvement nasal, dans 40% des cas c'est positif et dans 60% c'est négatif. Alors que si on fait un prélèvement profond, dans la trachée, dans les bronches […] dans 80% des cas, c'est positif », a expliqué Anne Goffard, virologue, sur France Inter. Et pour cause, à partir du septième ou huitième jour « l'infection entre dans les voies respiratoires basses », a précisé Bruno Pozzetto. Ainsi, le personnel soignant réalise sous endoscopie un « lavage broncho-alvéolaire ». Nicolas Lévêque a tempéré : « le prélèvement nasopharyngé suffit dans 99% des cas pour les formes banales de la maladie, d'autant qu'il est plus simple à manipuler en laboratoire. » In fine, les « faux négatifs » dépendraient de la technique et de la temporalité du test diagnostic.

Et parmi les tests, il y en a de plusieurs types, mais s’agissant du « Coronavirus : Des tests, oui mais pourquoi les kits de test à résultats rapides pourraient ne pas être la solution miracle que certains gouvernements espèrent ».

Pour cet expert, le Pr Philippe Froguel, endocrinologue, dans un article paru dans Le Figaro.fr du 8 avril, « Pourquoi le Covid-19 surprend et divise les médecins eux-mêmes » indiquait,

Au moment où l’on discute les conditions du déconfinement, le doute s’installe sur les mesures à prendre : ainsi, il a fallu que les génomiciens de recherche lancent avec le CNRS et l’INSERM et avec le soutien de l’Académie de médecine une campagne publique pour qu’on les laisse enfin produire en masse les tests PCR de diagnostic du Covid-19 dont on a urgemment besoin. En effet, seuls les tests PCR diagnostiquent la présence de particules virales vivantes chez les porteurs malades ou sains. Ils sont irremplaçables. Pourtant, l’empirisme ambiant amène à penser que seuls les tests sérologiques qui mesurent les anticorps présents dans le sang devront être utilisés lors du déconfinement.

Or comme l’explique l’académie de médecine, si ces test ont un intérêt épidémiologique pour déterminer si une zone géographique donnée peut sortir du confinement, ils ne sont ni appropriés ni assez fiables pour servir de dépistage individuel:les anticorps apparaissent eviron 14 jours après l’infection. Ils disent donc si quelqu’un a été en contact avec e virus, mais pas s’il est guéri et même s’il est non contaminant.

Voir aussi à propos des anticorps, l’article « COVID-19 : De faibles taux d'anticorps soulèvent des questions sur le risque de réinfection ».

L’Académie nationale de médecine indique dans un communiqué du 5 avril 2020, à propos de la sortie du confinement,

Que la décision sur la sortie du confinement ne soit pas fondée sur les résultats de tests biologiques individuels, dont la disponibilité et la fiabilité n’apparaissent pas assurées à brève échéance, et dont les implications opérationnelles seront sources de confusion ;

Cela a le mérite d’être clair …

Bref, pour revenir aux tests en France, sans savoir précisément lesquels, le site du CEBM de l’Université d’Oxford rapporte aujourd’hui, pour la France, les données suivantes :

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Si les chiffres pour la France sont exacts, ces données sont ridiculement faibles par comparaison à nos voisins européens, faire des tests, voilà l'urgence !

Pendant ce temps, l'IHU de Marseille en est à 66 225 tests. Sur l'utilité du dépistage voir ce lien de l'IHU de Marseille.