Campylobacterioses : Où en est-on en Suisse ?

En Suisse, la majorité des infections intestinales sont dues à la bactérie Campylobacter. Elles sont souvent provoquées par la consommation de viande de volaille pas assez cuite. Une hygiène insuffisante en cuisine peut aussi provoquer une infection par contamination croisée. 

Quelles mesures ont déjà été mises en place pour réduire le nombre d’infections, et avec quels résultats ? Tour d’horizon dans un document de l’OSAV (Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires) de 15 pages. Il s’agit d’un point de la situation.

La campylobactériose est une maladie infectieuse causée par des bactéries du genre Campylobacter. En Suisse, entre 7000 et 8000 cas sont déclarés chaque année à l’Office fédéral de la santé publique (OFSP). Les personnes touchées considèrent cette infection comme une maladie sérieuse. Environ 15% des patients sont hospitalisés. En Suisse, cette maladie entraîne des coûts directs de la santé avoisinant 25 à 39 millions de francs chaque année. Bien que les antibiotiques soient utilisés seulement pour traiter les cas graves, le taux de résistance très élevé à un antibiotique considéré comme le médicament de choix est préoccupant. Chez l’être humain, les infections à Campylobacter sont principalement d’origine alimentaire. Plusieurs études cas-témoins indiquent que la viande de volaille, en particulier le poulet, serait la principale source d’infection. En Suisse, le secteur avicole examine les carcasses de volailles et la viande de volaille dans le cadre de l’autocontrôle, comme prescrit par la législation. Environ 1300 échantillons sont ainsi prélevés et analysés chaque année. Entre 2016 et 2020, le taux d’échantillons positifs à Campylobacter a toujours dépassé les 20%. La résistance aux antibiotiques des Campylobacter isolés chez des poulets de chair et dans de la viande de volaille a augmenté pendant des années, et la fréquence de la résistance de Campylobacter jejuni aux antibiotiques à base de fluoroquinolones a atteint un plateau à un niveau élevé. La Suisse a pris des mesures stratégiques, opérationnelles, réglementaires et de communication à différents niveaux afin de réduire le nombre de cas de campylobactériose chez l’être humain. Les mesures mises en place jusqu’à présent ne permettent pas encore de réduire l’incidence de la campylobactériose aux niveaux prévus par le plan de contrôle national pluriannuel (PCNP).

Situation en Europe

En France, en Islande et en Irlande, l’incidence est faible par rapport aux autres pays européens et à la Suisse.

Même en tenant compte des différences entre les pays en ce qui concerne la consommation de viande de poulet, il apparaît que l’incidence reste faible en France et élevée en Autriche, en Allemagne et en Suisse.

Toutefois, l’EFSA/ECDC estime que la tendance générale des cas de campylobactériose sur la période 2016-2020 pour l’ensemble de l’UE n’a pas connu de changement significatif d’un point de vue statistique.

Conclusion

L’état des lieux montre que le nombre de cas de campylobactériose se maintient à un niveau élevé depuis des années. Les mesures mises en place jusqu’à présent n’ont pas encore permis d’atteindre les objectifs fixés d’une incidence maximale de 61,6 cas pour 100 000 habitants. Pour ce faire, des efforts supplémentaires sont nécessaires tout au long de la chaîne agroalimentaire, de la production primaire aux consommateurs.

Près de 27 randonneurs malades à cause de norovirus sur le Pacific Crest Trail en 2022, selon le CDC

«Près de 27 randonneurs malades à cause de norovirus sur le Pacific Crest Trail en 2022, selon le CDC», source article de Stephanie Soucheray paru le 8 septembre 2023 dans CIDRAP News.

Dans Morbidity and Mortality Weekly Report, des auteurs ont publié le compte-rendu d'au moins 27 cas de gastro-entérite aiguë (GEA) signalés parmi les randonneurs de le Pacific Crest Trail en août et septembre 2022, suggérant une éventuelle épidémie à norovirus qui a rendu malades les randonneurs partageant des latrines et une cabane.

Bien que seuls 27 randonneurs aient répondu à une enquête REDCap publiée sur un groupe Facebook populaire auprès des randonneurs du Washington Pacific Crest Trail en septembre 2022 et aient signalé une maladie, les réseaux sociaux ont été remplis de nombreux récits de GEA parmi les randonneurs basés à Washington tout au long de l'année 2022.

Parmi les réponses à l'enquête auprès des 27 randonneurs malades du Pacific Crest Trail, les enquêteurs ont collecté des symptômes, des emplacements et des coordonnées. Vingt (74%) des personnes interrogées ont signalé une maladie de courte durée (médiane de 2,5 jours) et 17 (22%) ont signalé des vomissements et de la diarrhée.

«Vingt et un (95%) répondants à l'enquête, qui ont signalé une date d'apparition, ont indiqué qu'ils étaient tombés malades dans un tronçon de 73 milles (45,3 km) du Washington Pacific Crest Trail ; ce qui suggère un potentiel d'exposition environnementale», ont écrit les auteurs.

Un environnement difficile pour maîtriser norovirus

Les prélèvements environnementaux de deux latrines, d'une cabane de sentier et de stations d'eau effectué en octobre n'a montré aucune contamination par Escherichia coli ou norovirus, mais «… les liens épidémiologiques ont tous soutenu la conclusion que l'épidémie était principalement causée par norovirus et que l'exposition à des surfaces contaminées à l'intérieur des cabines et des latrines VIP ont probablement amplifié la transmission.

Les sentiers de randonnée constituent un environnement difficile à maîtriser pour norovirus, ont indiqué les auteurs, soulignant le manque d'eau propre et de savon facilement accessibles pour se laver les mains. Les désinfectants pour les mains à base d’alcool, bien que courants dans les campings, ne sont pas efficaces contre norovirus.

NB : La photo est Peter Stevens / Flickr cc.

Le Pacific Crest Trail est un sentier de grande randonnée et d'équitation de l'ouest des États-Unis. Allant de la frontière mexicaine à la frontière canadienne, il est long de 4 240 km.

Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS

Le WGS est à la sécurité des aliments ce que le télescope Hubble a été pour l'astronomie.

«Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS»,source article de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.

Des scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la sécurité des aliments.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.

Le Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.

«Pour nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie, pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants d'un webinaire WHO Health Talks.

Développement de l'utilisation du WGS

Deux incidents mettant en évidence la puissance du WGS dans les premiers jours de son utilisation ont été partagés par Brown.

«L'un impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution, comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et relier les maladies associées et les produits contaminés le plus rapidement possible.»

Brown a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.

«Cela a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien, puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière», a-t-il déclaré.

«Quelques caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des sources en temps réel. Les matières premières peuvent être tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.

Brown a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de données GenomeTrackr.

«Dans une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les épidémies à Listeria associées aux champignons enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie, la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.

«À l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la base de données avec une plus grande intégrité des données, un renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire, pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins de personnes malades.

Principaux éléments du guide de l'OMS

La Dr Kirsty Hope, responsable de la Foodborne and Waterborne Diseases and One Health Branch en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, a déclaré que la détection précoce aide à réduire le fardeau de la maladie dans la communauté.

«Le WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les souches au niveau national ou international. Le module améliore notre surveillance de routine déjà en place pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une détection précoce.»

Le document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les enquêtes sur les éclosions.

«Nous avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré Hope.

«Le deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de l'avant avec le WGS.

Des études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les directives.

«Pour la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique. Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions», a déclaré Hope.

France : Retour sur une épidémie nationale à Salmonella liée à des saucisses sèches

Eurosurveillance nous propos un article qui revient sur une épidémie nationale de plusieurs sérotypes à Salmonella Bovismorbificans ST142 et de Salmonella Typhimurium ST34 monophasique associée à des saucisses sèches de porc en France, septembre 2020 à janvier 2021.

Message clé de santé publique

Que vouliez-vous aborder dans cette étude ?

Salmonella enterica subsp. enterica est la principale cause d'infections diarrhéiques d'origine alimentaire en Europe. Les protocoles de diagnostic actuels ciblent les infections à agent unique, mais pas les infections à sérotypes multiples. Nous avons voulu décrire une récente épidémie de Salmonella à sérotypes multiples chez l'homme en France en 2020, qui a donné lieu à une enquête internationale.

Qu'avons-nous appris de cette étude ?

L'épidémie a touché 44 personnes en association avec la consommation de produits secs de charcuterie (saucisse sèche droite et saucisse sèche courbe) de porc contaminées par deux sérotypes différents de Salmonella. Les investigations identifiant plusieurs sérotypes de Salmonella dans les aliments étaient compliquées et nécessitaient la collaboration de sept institutions différentes. L'identification des deux sérotypes n'a été possible que dans un seul échantillon alimentaire.

Quelles sont les implications de vos découvertes pour la santé publique ?

Cette étude met en évidence la nécessité d'améliorer les procédures pour mieux détecter les contaminations mixtes des produits alimentaires par différents sérotypes de Salmonella, qui, selon nous, peuvent passer inaperçues avec les procédures de laboratoire standard actuelles.

Pour mémoire,

- le communiqué du ministère de l’agriculture du 26 novembre 2020, «Retrait et rappel de saucisses sèches et de rosettes tranchées contaminées par des salmonelles» parlait de 26 cas de salmonellose dont 17 enfants.
- Le rappel de rosette a eu lieu le 18 novembre 2020 en Belgique.
- Le blog avait publié le 26 novembre 2020 un article, France: Epidémie de salmonellose liée à des produits de charcuterie, 26 cas dont 17 enfants.

Dans la discussion de l’article, les auteurs notents (extraits) :

Nous décrivons une épidémie nationale de salmonellose impliquant 44 cas dans deux groupes microbiologiques par deux sérotypes : 33 cas avec S. Bovismorbificans ST142 et 11 cas avec le variant monophasique de S. Typhimurium ST34. Les deux clusters étaient associés à la consommation de saucisses sèches de porc produites par le même fabricant entre septembre et novembre 2020. Les enquêtes épidémiologiques ont pointé la consommation de saucisses de marque A commercialisées par la chaîne de supermarchés 1. De plus, l'enquête sur les cartes de fidélité des supermarchés a renforcé cette association, en enregistrant l'achat du produit suspect quelques jours avant la date d'apparition des symptômes dans la plupart des registres.

Des mesures de contrôle ont été mises en œuvre à la suite des enquêtes épidémiologiques du cluster S. Bovismorbificans avec trois rappels/retraits en novembre 2020. Le cluster S.4,12:i:- a été identifié fin décembre, mais l'apparition des symptômes de la plupart des cas s'est produite avant le 30 novembre (sauf un cas en décembre). Suite aux rappels et retraits des produits suspects, la détection des cas humains a rapidement décliné. Les agences de santé internationales ont été informées du premier groupe d'épidémies (S. Bovismorbificans) par le biais des notifications au RASFF et à EpiPulse en raison de l'exportation du produit dans d'autres pays européens. Aucun cas appartenant au premier groupe n'a été signalé hors de France et aucun génome appartenant au deuxième groupe n'a été identifié sur EnteroBase pour aucun autre pays.

S. Bovismorbificans n'a été isolé qu'à partir d'un échantillon alimentaire fourni par un patient. Bien qu'une contamination post-achat par le patient soit possible, les données épidémiologiques et l'absence de nouveaux cas suite aux rappels et retraits ont fortement soutenu l'hypothèse d'une contamination du produit avant la vente.

Dans cette éclosion, bien qu'il n'ait pas été possible d'isoler les deux sérotypes de Salmonella à partir d'un seul échantillon alimentaire ou humain, une qPCR a identifié les deux sérotypes dans le même échantillon alimentaire. Ceci a suggéré que les produits alimentaires pouvaient avoir été contaminés à des taux différents par les deux sérotypes, simultanément, échappant aux procédures standards des laboratoires de microbiologie pour l'identification des contaminations multi-souches. À cette fin, la détection d'un signal Salmonella positif par qPCR dans un échantillon de pré-enrichissement peut être une approche puissante pour une détection et une enquête rapides. Néanmoins, la méthode devrait être standardisée et une confirmation devrait toujours être effectuée par isolement, identification et caractérisation génomique des souches.

Conclusion

Nous présentons ici deux épidémies simultanées à Salmonella enterica liées à la consommation de saucisses sèches de porc produites pendant une courte période par le même fabricant : la première causée par S. Bovismorbificans et la seconde par le variant monophasique de S. Typhimurium, 4,12 :je:-. Cependant, les méthodes moléculaires ont révélé une double contamination d'un même échantillon alimentaire analysé. Les éclosions multi-souches peuvent ne pas être détectées par les approches de détection bactériologique actuelles. Nous pensons que les protocoles de laboratoire standard, tant au niveau clinique qu'au niveau du contrôle alimentaire, devraient inclure des procédures pour améliorer la détection des contaminations de sérotypes mixtes de Salmonella. De plus, notre rapport met en évidence l'utilité des tests qPCR spécifiques au sérotype pour enquêter sur les épidémies d'origine alimentaire.

Référence

Pardos de la Gandara Maria, Fournet Nelly, Bonifait Laetitia, Lefèvre Sophie, Chemaly Marianne, Grastilleur Charlotte, Cadel-Six Sabrina, Fach Patrick, Pignault Agnès, Brisabois Anne, Jourdan-Da Silva Nathalie, Weill François-Xavier. Countrywide multi-serotype outbreak of Salmonella Bovismorbificans ST142 and monophasic Salmonella Typhimurium ST34 associated with dried pork sausages in France, September 2020 to January 2021. Euro Surveill. 2023;28(2):pii=2200123. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2023.28.2.2200123

Décès du Dr Lee W. Riley, épidémiologiste et pionnier dans la découverte du rôle de E. coli O157:H7 dans la diarrhée sanglante liée à de la viande hachée bovine insuffisemment cuite

Voici un article qui, me semble-t-il, est utile à plus d’un titre et notamment parce qu’il rend hommage à un éminent scientifique américain, le Dr Lee W. Riley, mais vous allez voir qu’il ne s’agit pas de n'importe quel épidémiologiste américain.

«Le Dr Lee W. Riley, détective en épidémiologie qui a aidé à découvrir l'épidémie à E. coli dans la «chaîne alimentaire A» en 1982, est décédé», source article de Bill Marler le 12 novembre 2022 dans le Marler Blog.

Si seulement le gouvernement et l'industrie de la viande bovine avaient accordé plus d'attention au Dr Riley, vous ne seriez probablement pas en train de lire cet article.

Selon l'UC Berkeley School of Public Health, Lee W. Riley, leader de la décolonisation de la santé mondiale et pionnier de l'épidémiologie moléculaire, est décédé le 19 octobre 2022, à l'âge de 73 ans, à Berkeley, Californie, des suites d'une brève maladie.

Au moment de sa mort, Riley était professeur d'épidémiologie et de maladies infectieuses et responsable de la division des maladies infectieuses et de la vaccinologie à l'UC Berkeley School of Public Health, ainsi que directeur du Global Health Equity Scholars Program.

Les vastes intérêts de recherche de Riley allaient de la santé dans les «bidonvilles» à la tuberculose et des agents pathogènes d'origine alimentaire - y compris des travaux précurseurs sur E. coli - aux maladies parasitaires. Cependant, son véritable héritage est son mentorat généreux de milliers de scientifiques en herbe et d'experts en santé publique aux États-Unis et dans le monde entier. Leur travail continu témoigne de la capacité de Riley à inspirer et à influencer ses étudiants et collaborateurs.

Après avoir terminé une résidence en médecine interne au Columbia Presbyterian Hospital, Riley a rejoint les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) à Atlanta en 1981 dans le cadre d'une bourse de deux ans en tant qu'enquêteur au Epidemic Intelligence Service. Là-bas, il a rencontré le Dr Arthur Reingold, son collaborateur de longue date et futur collègue à l’UC Berkeley School of Public Health et s'est rendu pour étudier les épidémies dans plusieurs pays, dont le Brésil.

Chargé d'effectuer des travaux épidémiologiques sur le terrain sur les épidémies de maladies entériques, telles que Listeria, Salmonella et E. coli, Riley s'est intéressé à adopter une approche moléculaire de l'épidémiologie. Il est l'auteur d'une étude pionnière, publiée le 24 mars 1983, dans le New England Journal of Medicine, Hemorrhagic Colitis Associated with a Rare Escherichia coli Serotype, montrant pour la première fois qu'un type spécifique de diarrhée sanglante apparu dans l'Oregon et le Michigan en 1982 était causé par une nouvelle bactérie. Dans le résumé de l’article il est rapporté, «Cette étude décrit une maladie gastro-intestinale cliniquement distincte associée à E. coli O157:H7, apparemment transmise par de la viande insuffisamment cuite.» et cela, on le savait depuis 1983 !

Le principal agent pathogène d'origine alimentaire, appelé E. coli O157:H7, rend malade et peut tuer les personnes qui mangent de la viande bovine insuffisamment cuite. Riley a retracé la source de l'épidémie à travers la «chaîne alimentaire A»: les restaurants McDonald's des deux États.

«Son travail a vraiment changé toute l'approche de la prévention de cette infection en interdisant la vente de hamburgers insuffisamment cuits», a dit Reingold. «Cela a vraiment fait la carrière de Lee.»

J'ai rencontré le Dr Riley au début de 1993 alors que je découvrais E. coli O157: H7 au début de l'épidémie à E. coli chez Jack in the Box qui a rendu malade plus de 650 personnes, dont beaucoup ont développé une insuffisance rénale aiguë et 4 enfants sont décédés. J'étais tombé sur l'article «Hemorrhagic Colitis Associated with a Rare Escherichia coli Serotype» et j'ai contacté le Dr Riley convaincu que Jack in the Box était en fait la «chaîne alimentaire A». Il a eu la gentillesse de m’informer que la «Food Chain A» était en fait McDonald's.

Nous avons parlé des origines probables des E. coli O157:H7 dans les CAFOs* (Concentrated Animal Feeding Operation) aux États-Unis et de l'échec du gouvernement et de l'industrie de la viande à prendre suffisamment au sérieux le risque E. coli dans la viande hachée pour éviter la catastrophe de 1992/1993.

Cela me rappelle les échecs des industries alimentaires et des gouvernements à publier les avertissements dans presque toutes les épidémies dont j'entends parler presque tous les jours. Perdre de grands scientifiques comme le Dr Riley est une perte pour nous tous.

*Concentrated Animal Feeding Operation : En élevage , une opération d'alimentation animale concentrée , telle que définie par le ministère de l'Agriculture des États-Unis, est une opération d'alimentation animale intensive dans laquelle plus de 1 000 unités animales sont confinées pendant plus de 45 jours par an. Source Wikipédia (anglais)

Types de données recueillies dans les investivations sur les éclosions d'origine alimentaire par le CDC

«Types de données recueillies dans les investivations sur les éclosions d'origine alimentaire», source CDC du 19 octobre 2022.

Trois types de données

Lorsqu'une éclosion ou une épidémie d'origine alimentaire est détectée, les responsables de la santé publique et de la réglementation travaillent rapidement pour recueillir autant d'informations que possible afin de découvrir ce qui rend les personnes malades.

Données épidémiologiques

Où et quand les personnes sont-ils tombées malades ? Le même germe a-t-il déjà causé des épidémies ? Si c'est le cas, qu'est-ce qui a rendu les personnes malades lors de ces épidémies ?

Quels aliments les personnes mangeaient-ils avant de tomber malades ?

À quels restaurants, épiceries ou événements les personnes malades se sont-elles rendues ?

Données de traçabilité

Existe-t-il un point commun dans la chaîne de distribution où les aliments auraient pu être contaminés ?

Y a-t-il quelque chose dans les installations de production alimentaire, les exploitations agricoles ou les restaurants qui rend les germes susceptibles de se propager ?

Données sur les analyses alimentaires et environnementales

Le germe à l'origine de l'épidémie se trouve-t-il également dans un aliment ou dans l'environnement de production alimentaire ?

Les germes trouvés dans les aliments ou dans l'environnement de production alimentaire ont-ils les mêmes empreintes ADN que les germes trouvés chez les personnes malades?

Actions pour arrêter l'épidémie

Les enquêteurs sur les éclosions prennent des mesures pour protéger le public lorsqu'il existe des informations claires et convaincantes montrant que des personnes sont tombées malades à cause du même aliment contaminé.

Les responsables de la santé alertent la population

Des entreprises rappellent des produits contaminés

Les restaurants ou les installations de production alimentaire ferment temporairement

Amélioration constante

Les enquêteurs ne résolvent pas toutes les épidémies. Parfois, les épidémies se terminent avant que suffisamment d'informations n'aient été recueillies pour identifier les aliments contaminés. Les enquêteurs sur les épidémies développent constamment de nouvelles façons d'enquêter et de résoudre les épidémies plus rapidement.

Investigation épidémiologique et microbiologique sur une forte augmentation de cas de vibriose eu Europe du Nord en 2018

Vibrio vulfinicus

«Investigation épidémiologique et microbiologique sur une forte augmentation de cas de vibriose eu Europe du Nord en 2018», source EuroSurveillance.

Contexte

Des cas de vibriose dans des pays de l'Europe du Nord et les pays riverains de la mer Baltique ont augmenté lors des vagues de chaleur de 2014 et 2018.

Objectif

Nous décrivons l'épidémiologie de la vibriose et la diversité génétique d’isolats de Vibrio spp. en Norvège, Suède, Danemark, Finlande, Pologne et Estonie en 2018, une année avec un été exceptionnellement chaud.

Méthodes

Dans une étude rétrospective, nous avons analysé la démographie, la répartition géographique, la saisonnalité, les espèces en cause et la gravité des cas de vibriose non liés aux voyages en 2018. Les sources de données comprenaient des systèmes de surveillance, des bases de données nationales de notification des laboratoires et/ou des investigations nationales auprès des laboratoires de microbiologie de santé publique. De plus, nous avons effectué le séquençage du génome entier et le typage des séquences multilocus des isolats disponibles de 2014 à 2018 pour cartographier leur diversité génétique.

Résultats

En 2018, nous avons identifié 445 cas de vibriose non liés aux voyages dans les pays de l'étude, bien plus que la moyenne de 126 cas entre 2014 et 2017 (fourchette : 87-272). Le principal mode de transmission signalé était l'exposition à l'eau de mer. Nous avons observé une disparité géographique spécifique à l'espèce des cas de vibriose dans la région nordique-baltique. Une vibriose grave a été associée à des infections causées par Vibrio vulnificus (OR ajusté: 17,2; 95% IC: 3,3-90,5) ou Vibrio parahaemolyticus (OR ajusté: 2,1; 95% IC: 1,0-4,5), âge ≥ 65 ans (65-79 ans: OR ajusté: 3,9; 95% IC: 1,7-8,7; ≥ 80 ans: OR ajusté: 15.5; 95% IC: 4,4-54,3) ou après avoir contracté une infection pendant l’été. Bien que l'analyse phylogénétique ait révélé une diversité entre les isolats de Vibrio spp., deux clusters à V. vulnificus ont été identifiés.

Conclusion

La surveillance sentinelle partagée de la vibriose pendant l'été peut être utile pour surveiller ce problème de santé publique émergent.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

Etats-Unis: Risque lié à la consommation de fromages frais à pâte molle de style hispanique, même ceux fabriqués avec du lait pasteurisé

Queso fresco

Un article paru dans Morbidity and Mortality Weekly Report, une revue du CDC, a attiré mon attention, car il traite du risque lié à la consommation de fromages frais à pâte molle de style hispanique, même ceux fabriqués avec du lait pasteurisé. Il s’agit d’une épidémie dans plusieurs États des États-Unis,de cas d'infections à Listeria monocytogenes liés à du fromage frais à pâte molle de style hispanique en 2021.

Que sait-on déjà sur ce sujet ?

Les éclosions de listériose sont fréquemment associées à la consommation de fromages frais à pâte molle de style hispanique. 

Qu'apporte cet article ?

Au début de 2021, une épidémie de listériose dans plusieurs États impliquant 13 cas dans quatre États s'est produite, entraînant 12 hospitalisations et un décès. L'éclosion était liée au fromage de style hispanique dans les 19 jours suivant la détection des cas groupés. Des tests alimentaires rapides effectués par des services chargés de la réglementation en réponse à l'enquête ont permis d'identifier le fromage en cause. 

Quelles sont les implications pour la pratique de la santé publique ?

Pour prévenir de graves problèmes de santé chez les personnes à risque accru de listériose, les organismes de santé publique devraient améliorer les communications, notamment en mettant en œuvre de nouvelles méthodes de diffusion pour souligner le risque lié à la consommation de fromages frais à pâte molle de style hispanique, même ceux fabriqués avec du lait pasteurisé.

Discussion

Les patients de cette épidémie étaient plus susceptibles de consommer des fromages frais à pâte molle de style hispanique, y compris du queso fresco, par rapport aux patients atteints d'infections sporadiques à Listeria signalées dans les mêmes États des États-Unis. Dans les éclosions de listériose, un échantillonnage rapide et épidémiologique des aliments joue un rôle clé dans l'identification de la source de la maladie. Sans l'identification rapide de L. monocytogenes dans le queso fresco de l'entreprise A, l'entreprise A n'aurait pas été identifiée aussi rapidement comme source de l'éclosion. Les mesures de santé publique prises dans les 19 jours suivant l'identification du cluster, les rappels volontaires par l'entreprise A et les avis sur l’épidémie ont probablement empêché des cas ou des décès supplémentaires.

Au début de 2020, lors d'une épidémie de listériose non liée, Listeria grayi et Listeria innocua, généralement non pathogènes pour l'homme, ont été retrouvés dans les zones de transformation de l'entreprise A.

La présence d'espèces de Listeria dans un environnement de transformation indique que L. monocytogenes pourrait survivre dans ce même environnement. La FDA a envoyé une lettre d'avertissement (warning letter) à l'entreprise A en 2020 en raison de non-conformité aux réglementations actuelles sur les bonnes pratiques de fabrication et d'un manque d'analyse des dangers et de programmes de contrôle préventif.

Les fromages frais à pâte molle de style hispanique fabriqués avec du lait pasteurisé continuent de constituer un risque sérieux de listériose car les fromages peuvent être contaminés au cours du processus de production (après la pasteurisation du lait).

Une humidité élevée, une faible teneur en sel et une faible acidité favorisent la croissance de L. monocytogenes dans ces fromages pendant l'entreposage réfrigéré, augmentant ainsi le risque de maladie.

Une étude des éclosions de listériose aux États-Unis associées aux fromages à pâte molle de 1998 à 2014 a révélé que les fromages à pâte molle fabriqués avec du lait pasteurisé sont impliqués dans plus d'épidémies que les fromages à pâte molle fabriqués avec du lait non pasteurisé (lait cru -aa), ce qui pourrait être lié à une consommation plus élevée de fromages au lait pasteurisé ou aux messages de santé publique conseillant aux personnes à risque élevé de listériose de ne pas consommer de fromages fabriqués avec du lait non pasteurisé. Parmi les 17 éclosions liées aux fromages à pâte molle entre 1998 et 2014, onze étaient liées aux fromages de style hispanique, dont trois comprenaient des fromages fabriqués avec du lait non pasteurisé. Les six éclosions non liées aux fromages de style hispanique comprenaient du lait de brebis, des fromages de type du Moyen-Orient, de type d’Europe de l'Est, de style italien, à pâte persillée et à pâte molle.

Les fromages frais à pâte molle de style hispanique, en particulier ceux produits dans des installations où les conditions de transformation sont insalubres, ont fréquemment provoqué des épidémies de listériose au cours des deux dernières décennies. Des analyses alimentaires rapides effectués par des services chargés de la de réglementation en réponse à cette investigation sur l'éclosion ont permis d'identifier le fromage en cause. Les agences de santé publique devraient établir ou améliorer les communications, y compris de nouvelles méthodes de diffusion de l'information pour souligner le risque lié à la consommation de fromages frais à pâte molle de style hispanique, même ceux fabriqués avec du lait pasteurisé, aux personnes à risque plus élevé de listériose, dont les femmes enceintes et leurs nouveau-nés, les adultes âgés de ≥ 65 ans et les personnes dont le système immunitaire est affaibli.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire s’est comportée et continue de se comporter en censeur et refuse tout assouplissement pour la modique somme de 500 euros. N’ayant pas les moyens d’aller devant la justice, je leur fait ici de la publicité gratuite. Derrière cette revue, il y a des aimables censeurs, les journalistes complices de la direction !

États-Unis: Voici que Salmonella, isolé en 2010 dans une usine, refait son apparition en 2022 dans une nouvelle épidémie liée à du beurre d’arachide !

L’exemple traité ci-dessous par Bill Marler, l’avocat bien connu aux États-Unis dans les affaires de sécurité des aliments, avec du beurre d’arachide et Salmonella est assez emblématique de ce qui est arrivé ici et là avec de la farine ou de la pâte à cookies avec des STEC ou des produits chocolatés et Salmonella, pour s’en convaincre, on lira ou relira, Une autre année, un autre continent, plus d'enfants horriblement malades et le même E. coli.

Vous verrez aussi que Salmonella isolée en 2010 dans l’usine est réapparu en 2022, quel suspense ! Toute ressemblance avec des situations ayant existé ne saurait être que fortuite ...

«L'épidémie à Salmonella liée au beurre d'arachide Jif frappe l'Arkansas, la Géorgie, l'Illinois, le Massachusetts, le Missouri, l'Ohio, la Caroline du Nord, New York, la Caroline du Sud, le Texas, le Texas et Washington», source article de Bill Marler paru le 21 mai 2022 dans le Marler Blog.

Ce soir, la FDA, en collaboration avec le CDC et des partenaires étatiques et locaux, enquête sur une épidémie dans plusieurs États d'infections à Salmonella Senftenberg liée à certains produits de beurre d'arachide Jif fabriqués dans les installations de J.M. Smucker Company à Lexington, Kentucky.

Nombre total de cas: 14, hospitalisations: 2, apparition de la dernier cas, 1er mai 2022.

États avec des cas: Arkansas (1), Géorgie (2), Illinois (1), Massachusetts (1), Missouri (1), Ohio (1 ), Caroline du Nord (1), New York (1), Caroline du Sud (1), Texas (2), Texas (1) et Washington (1). L'examen des informations épidémiologiques par le CDC indique que cinq personnes sur cinq ont déclaré avoir consommé du beurre d’arachide et quatre des cinq personnes ont spécifiquement déclaré avoir consommé différentes variétés de beurre d’arachide de marque Jif avant de tomber malade. La FDA a effectué une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur un échantillon environnemental prélevé dans les installations à Lexington de J.M. Smucker Company en 2010. L'analyse montre que cet échantillon environnemental de 2010 correspond à la souche causant des cas de maladie dans cette épidémie actuelle. Des preuves épidémiologiques indiquent que le beurre d’arachide de marque Jif produit dans les installations de J.M. Smucker Company situées à Lexington est la cause probable des maladies dans cette épidémie.

J.M. Smucker Company a volontairement rappelé certains produits de beurre d'arachide de marque Jif dont les numéros de code de lot sont compris entre 1274425 et 2140425 fabriqués à Lexington, Kentucky.

Il s’agit d’une longue histoire:

En 1996, 15 personnes sont tombées malades après avoir mangé du beurre d’arachide contaminé par Salmonella enterica sérotype Mbandaka, selon un article de 1998 publié dans Australia and New Zealand Journal of Public Health. Les enquêteurs ont retracé la source de contamination aux cacahuètes grillées.

En novembre 2006, des responsables de la santé publique ont détecté une augmentation substantielle des rapports d'isolats de Salmonella Tennessee. En février 2007, une étude cas-témoins multi-états a établi un lien entre la consommation des marques Peter Pan ou Great Value Peanut Butter et l'infection. 715 personnes sont tombées malades et 129 ont été hospitalisées. Par la suite, la même souche de Salmonella Tennessee a été isolée de pots de beurre d'arachide non ouverts et d'échantillons environnementaux prélevés à l'usine de transformation. Le produit a été rappelé et les nouveaux rapports de maladie ont diminué. Les conditions insalubres de l'usine de transformation de Sylvester, Géorgie, étaient connues depuis 2004. Le 5 avril 2007, ConAgra a informé de l'humidité accidentelle d'un toit qui fuyait et que le système de gicleurs aurait pu favoriser la croissance de bactéries dans l'usine. La marque Great Value était vendue dans les magasins Walmart.

À partir de novembre 2008, des membres de CDC PulseNet a noté un petit cluster multi-états très dispersé d'isolats de Salmonella Typhimurium. L'éclosion consistait en deux groupes de cas de maladie définis par électrophorèse en champ pulsé (PFGE). Le premier groupe présentait un schéma de restriction unique de l'enzyme primaire (XbaI) et un schéma de restriction de l'enzyme secondaire (BlnI) peu commun. Le deuxième groupe avait deux profils XbaI étroitement liés qui étaient très similaires au premier groupe et un modèle BlnI qui ne se distinguait pas du premier groupe. Les cas de maladie ont continué à être révélées jusqu'en avril 2009, lorsque le dernier rapport du CDC sur l'épidémie a été publié. Au total, 714 personnes ont été malades, dont 171 hospitalisées et il y a eu au moins neuf décès. Le beurre de cacahuète et les produits contenant du beurre de cacahuète fabriqués par l'usine de Peanut Corporation of America à Blakely, Géorgie, ont été impliqués. Le beurre d'arachide de marque King Nut a été vendu à des établissements institutionnels. Le beurre d'arachide a été vendu à de nombreuses entreprises alimentaires pour être utilisée comme ingrédient. Les produits à base d'arachides impliqués ont été largement vendus aux États-Unis, dans 23 pays et territoires non américains.

Le 22 septembre 2012, le CDC a annoncé une éclosion multi-états à Salmonella sérotype Bredeney liée à du beurre d’arachide salé crémeux Valencia de Trader Joe. Les efforts de collaboration des responsables locaux, étatiques et fédéraux de la santé publique et de la réglementation ont retracé le produit jusqu'à Sunland, Inc., une société de Portales, Nouveau-Mexique. Sunland a émis un rappel de plusieurs beurres d’arachide et de produits à base de beurres d’arachide. Lorsque l'épidémie a été déclarée terminée, un total de 42 personnes infectées par la souche épidémique de Salmonella sérotype Bredeney avaient été signalées par 20 États. Parmi les personnes pour lesquelles des informations étaient disponibles, les dates d'apparition de la maladie variaient du 14 juin 2012 au 21 septembre 2012. Les personnes malades étaient âgées de moins d'un an à 79 ans, avec un âge médian de 7 ans. Soixante et un pour cent des personnes malades étaient des enfants de moins de 10 ans. Parmi 36 personnes disposant d'informations disponibles, 10 (28%) patients avaient été hospitalisés. La FDA a confirmé que les échantillons environnementaux prélevés à l'installation de Sunland avaient une empreinte ADN qui ne se distinguait pas de l'empreinte ADN retrouvée chez les patients associés à l'épidémie.

Le 21 août 2014, le CDC a annoncé une épidémie multi-états à Salmonella Braenderup impliquant 6 personnes résidant dans le Connecticut (1), l'Iowa (1), le Nouveau-Mexique (1), le Tennessee (1) et le Texas (2). Le beurre d'amande et de cacahuète fabriqué par nSpired Natural Foods, Inc. a été désigné comme la source probable de cette épidémie. L'éclosion a été déclarée terminée le 16 octobre 2014. Les dates d'apparition de la maladie vont du 22 janvier 2014 au 16 mai 2014. Parmi les 5 personnes malades pour lesquelles des informations sont disponibles, une personne a déclaré avoir été hospitalisée. Lors d'inspections à l'installation nSpired Natural Food à Ashland, Oregon, entre janvier 2014 et août 2014, la FDA a isolé Salmonella Braenderup à partir d'échantillons environnementaux. Une recherche dans la base de données PulseNet a relié les patients malades aux isolats environnementaux prélevés dans l'usine de production nSpired. Le 19 août 2014, nSpired Natural Foods a émis un rappel volontaire de certains lots de beurre d'amandes et d'arachide en raison d'une contamination potentielle par Salmonella. Les marques rappelées comprennent Arrowhead Mills, MaraNatha et des beurres d'amande et d'arachide spécifiques de marque privée.

Le 2 décembre 2015, JEM Raw Chocolate LLC (JEM Raw) de Bend, Oregon, a annoncé le rappel de sa gamme complète de tartinades au beurre d’arachide en raison d'une possible contamination par Salmonella. Les autorités sanitaires de la FDA, de l'Oregon Health Authority, du ministère de l'Agriculture de l'Oregon et du CDC avaient lié des maladies chez 13 personnes qui consommaient des tartinades aux noix. Les dates d'apparition variaient du 18 juillet 2015 au 22 novembre 2015. Des cas ont été signalés en Californie, Colorado, Géorgie, Hawaï, Idaho, Illinois, Maine, Caroline du Nord, New Jersey et Oregon.

En mars 2017, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et plusieurs départements de la santé des États ont attribué une épidémie dans plusieurs États à Escherichia coli O157:H7 producteurs de shigatoxines à la marque I.M. Healthy SoyNut Butter fabriquée par Dixie Dew et vendue au détail sur des points de vente en ligne. Les investigateurs de l’épidémie ont récupéré des contenants ouverts de beurre de soja au domicile de personnes malades et des contenants non ouverts dans des points de vente au détail. Les contenants de beurre de soja des lots #243162 et 244161 ont été testés positifs pour E. coli. Le séquençage du génome entier a révélé que la même souche de E. coli a été retrouvée dans des isolats cliniques de personnes malades et des conteneurs de beurre de noix de soja I.M. Healthy. Une investigation. épidémiologique a déterminé que 32 personnes atteintes de cette souche de E. coli avaient été infectées en mangeant ou en fréquentant un établissement qui servait du beurre de noix de soja I.M. Healthy. Cela comprenait des résidents de l'Arizona (4), Californie (5), Floride (2), Illinois (1), Massachusetts (1), Maryland (1), Missouri (1), New Jersey (1), Oregon (11), Virginie (2), Washington (2) et Wisconsin (1).

Mise à jour du 22 mai 2022. On lira aussi cet article de Bill Marler dans le Marler Blog, Salmonella Peanut Butter Outbreaks – what have we learned since 2008? mais aussi cet autre article, OK, I admit it – Did I miss if the FDA deemed Peanut Butter a “High-Risk” food yet? (OK, je l'admets - Ai-je raté quelque chose si la FDA considérait déjà le beurre d’arachide comme un aliment «à haut risque»?).

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