Typage de Salmonella et les laboratoires nationaux de référence de l'UE

« Deux laboratoires rencontrent des problèmes dans le typage de Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 7 mai 2020 dans Food Safety News.

Selon un nouveau rapport, deux laboratoires n'ont pas obtenu de bonnes performances lors du test de contrôle qualité initial de 2018 sur le typage de Salmonella.

Les laboratoires nationaux de référence (LNR) des États membres de l'UE participent à des tests de contrôle de la qualité qui consistent en des tests de compétence sur Salmonella. La performance est évaluée chaque année en testant la capacité d'identifier 20 souches de Salmonella. L'objectif est d'évaluer si le typage des souches de Salmonella par les laboratoires a été effectué de manière uniforme et si des résultats comparables ont été obtenus.

En plus de la méthode standard de typage de Salmonella qui est le sérotypage, 12 laboratoires ont effectué un typage au niveau de l'ADN en utilisant l'électrophorèse sur en champ pulsé (PFGE).

Bien que les laboratoires n'aient pas été identifiés, l'un était un LNR de l’UE et l'autre un LNR non de l’UE. L'un d'eux a signalé une fréquence de sérotypage quotidienne avec 6 000 souches sérotypées en 2018 et 450 souches PFGE typées. L'autre laboratoire a enregistré une fréquence de trois fois par semaine avec 400 souches sérotypées en 2018.

L'étude de suivi du sérotypage en mars et avril 2019 a impliqué le typage d'un ensemble supplémentaire de 10 souches de Salmonella. Les résultats ont montré que les deux participants ont réalisé une bonne performance. Le critère de cette performance est inférieur à quatre points de pénalité, qui sont donnés pour un typage incorrect des souches. Aucun LNR de l'UE n'a obtenu une performance «non bonne» dans les études de 2016 ou 2017.

Sérotypage et résultats par PFGE

L'Albanie, la Macédoine du Nord et la Serbie, pays candidats à l'adhésion à l'UE, l'Islande, la Norvège et la Suisse, pays de l'AELE, et Israël ont participé à l'évaluation 2018 organisée par le Laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL) pour Salmonella. Le laboratoire d eréférence de l’UE pour Salmonella se trouve à l'Institut national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) aux Pays-Bas.

Les 36 laboratoires ont effectué le sérotypage. Les antigènes O ont été typés correctement par 28 des 35 participants. Cela correspond à 98% du nombre total de souches. Les antigènes H ont été typés correctement par 23 des 35 laboratoires, ce qui correspond à 97% du nombre de souches. En conséquence, 20 participants ont donné les noms des sérovars corrects, correspondant à 96% de toutes les souches évaluées.

Le sérotypage de Salmonella Cannstatt (1,3,19:m,t:-) a causé le plus de problèmes dans l'étude avec 10 participants ayant des problèmes.

Pour la sixième et dernière fois, l'étude a également inclus le typage PFGE. La PFGE est une méthode de typage plus détaillée parfois nécessaire pour retrouver la source d'une contamination. Pour le contrôle de la qualité, les participants ont reçu 11 autres souches de Salmonella à tester par cette méthode. Dix des 12 laboratoires étaient équipés pour utiliser la méthode PFGE.

Dans l'ensemble, 82% des scores étaient bons ou excellents. Cependant, deux des 12 images ont donné un mauvais score sur au moins un des sept paramètres. Selon le rapport, les deux images ne conviendraient pas pour la comparaison de la base de données inter-laboratoires de ces profils PFGE.

Évaluation par l’ECDC de Salmonella

Les résultats d'une évaluation différente du typage de Salmonella ont également été publiés par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Il était destiné aux laboratoires nationaux de référence en santé publique du réseau des maladies d'origine alimentaire et hydrique et des zoonoses de l'ECDC (FWD-Net) et organisé par le Statens Serum Institut au Danemark entre juin et octobre 2018.

La salmonellose était la deuxième zoonose la plus courante dans l'UE en 2017 avec plus de 90 000 cas. De 2008 à 2017, une tendance à la baisse des cas confirmés a été observée pour 25 pays qui ont systématiquement signalé au cours de la période. Cependant, entre 2013 et 2017, la tendance générale n'a montré aucune augmentation ou diminution significative.

Cette série a évalué la capacité des laboratoires à effectuer une analyse MLVA pour Salmonella Enteritidis et à identifier un groupe basé sur le typage moléculaire par PFGE, MLVA et/ou des données dérivées du séquençage du génome entier (WGS).

Sur les 26 participants qui se sont inscrits, 23 l'ont complété et ont soumis leurs résultats.

Dix des 23 laboratoires ont effectué le typage MLVA de Salmonella Typhimurium, mais seulement deux ont signalé des profils alléliques corrects pour les 10 isolats testés. Dix des 23 participants ont effectué un typage MLVA de Salmonella Enteritidis et sept ont enregistré les profils alléliques corrects pour tous les isolats testés.

Le nombre de participants à l’analyse MLVA pour Salmonella Typhimurium était inférieur à celui des années précédentes. Cela reflète une tendance, où davantage de laboratoires passent à la surveillance basée sur le WGS et à la détection des épidémies en utilisant le WGS au lieu de l’analyse MLVA, selon l'ECDC.

Treize participants ont effectué l'analyse des groupes d’isolats à l'aide de données dérivées de la PFGE et neuf ont correctement identifié les groupes d'isolats étroitement apparentés.

Plusieurs résultats incorrects et challenges de la méthode PFGE mettent en évidence le problème que de nombreux laboratoires utilisent encore, et continueront probablement à utiliser, la méthode PFGE pendant plusieurs années. La valeur ajoutée de cette méthode est de faire le lien entre les bases de données historiques PFGE et les données WGS, selon le rapport.

Douze laboratoires ont effectué une analyse des isolats groupés en utilisant des données dérivées du WGS et 10 ont correctement identifié le groupe d'isolats étroitement apparentés parmi les 12 isolats testés.

Selon le rapport, il existe des difficultés dans la comparabilité interlaboratoires entre les États membres en ce qui concerne la surveillance et les investigations sur les éclosions lorsque différentes méthodes sont utilisées. Malgré l'utilisation croissante du WGS comme outil de typage pour les grandes épidémies, de nombreux laboratoires utilisent encore la PFGE pour la surveillance primaire et l'investigation des épidémies.

Royaume-Uni : Le rapport du laboratoire de référence en microbiologie alimentaire renseigne sur des éclosions en Europe

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Le Royaume-Uni a rapporté plusieurs cas groupés de maladies dans l'UE l'année dernière », source Food Safety News ;

Public Health England a été informé l'année dernière de plusieurs cas groupés de maladies en Europe, dont certains liés à Listeria et Salmonella en République tchèque, selon un rapport récent.

Le rapport résume les activités du laboratoire national de référence (LNR) du Royaume-Uni pour la microbiologie alimentaire d’avril 2018 à mars 2019.

Public Health England (PHE) contribue à ce LNR pour le compte de la Food Standards Agency (FSA). Cela couvre Listeria monocytogenes, les staphylocoques à coagulase positive, E. coli, y compris E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), Campylobacter, Salmonella et la résistance aux antimicrobiens.

PHE a été informé de neuf cas de Listeria et de six cas groupés à Salmonella. Lors d'une éclosion à Listeria, les données de séquençage du génome complet ont lié les cas de maladie à des souches retrouvées dans une usine de transformation en République tchèque. On a également informé PHE de l'augmentation du nombre de cas à Salmonella Bareilly dans le même pays. Un total de 325 cas probables de salmonellose ont été découverts en République tchèque de juillet 2017 à octobre 2018. Les œufs ont été identifiés comme le vecteur probable d'infection par du matériel de séchage des œufs contaminé dans une usine de transformation susceptible d'être mise en cause.

Le LNR a suivi la formation ISO TS 13136 du Laboratoire européen de référence (EURL pour European Reference Laboratory) pour la détection et la caractérisation des STEC dans les aliments. Il est membre d'un groupe de travail d'experts du CEN chargé de la révision de cette norme, impliquant la détection par PCR des STEC.

Treize laboratoires de contrôle officiels (OCLs pour Official Control Laboratories) ont participé au test d'évaluation de la qualité externe de la législation européenne sur la microbiologie alimentaire. C'était la première fois que le dénombrement de Campylobacter était inclus, car il s'agissait d'un nouveau critère d'hygiène des procédés dans l'UE. Dans l'ensemble, les résultats ont été satisfaisants malgré une augmentation de deux laboratoires sur sept produisant un ou plusieurs résultats inférieurs au seuil de 70%, mais deux seulement ont eu un résultat insatisfaisant deux fois ou plus.

Etapes marquantes pour Listeria

En juillet 2018, l'EURL a transmis une évaluation de la flambée épidémique de l'EFSA et de l'ECDC, ainsi que des rapports techniques issus de l'investigation sur une flambée épidémique dans plusieurs pays de Listeria monocytogenes de type 6 (ST6) liée à du maïs congelé, qui ont été envoyés aux OCL.

Entre avril 2018 et mars 2019, il y a eu neuf communications de l’EURL concernant huit demandes de système EPIS (Système d'information sur les épidémies) sur des cas groupés à Listeria. EPIS est une plate-forme de communication sur Internet qui permet à des experts en santé publique d'évaluer si des menaces actuelles et émergentes ont un impact potentiel sur l'Union européenne.

L'une d'elles était liée à l'incident du maïs, dans lequel le Royaume-Uni avait des isolats cliniques et alimentaires et avait envoyé deux isolats cliniques à l'EURL pour typage par PFGE. Une autre a provoqué une flambée de listériose dans plusieurs pays et a été associée à un saumon, mais le Royaume-Uni n'avait aucun isolat non humain dans la base de données au moment de la réponse.

En février 2019, l'EURL a annoncé des modifications des températures au stade de la distribution dans les directives techniques car les tests de durée de conservation avaient été acceptés par le Comité permanent de la section Sécurité biologique de la chaîne alimentaire. Ils sont passés de 12°C à 7°C, afin de refléter les données de l'UE.

En mars, un rapport a été envoyé sur l’assistance de l’EURL à la République tchèque dans l’investigation à propos de la contamination de l’usine par Listeria. Les données WGS ont établi un lien entre les cas de maladie et les souches retrouvées à l’usine de transformation.

Une alerte produit a été faite en mars 2019 par BioMérieux au sujet d'une pénurie de kits API Listeria. La disponibilité de ce test de confirmation peut affecter d'autres laboratoires et l'alerte a été envoyée à tous les OCLs.

Dans l'évaluation de la qualité externe, il y a eu une amélioration dans la catégorisation de Listeria pour les crèmes glacées. Les laboratoires ont compris que cet échantillon ne supportait pas la croissance - mais ne détruisait pas le micro-organisme - du fait de son état congelé. Un échantillon de lait en poudre a été moins facile à classer car les réglementations ne précisent pas comment ces aliments entrent dans les différentes catégories pour effectuer de tels tests lorsqu'ils sont échantillonnés dans le secteur des produits alimentaires.

Salmonella Bareilly et Coeln

Entre avril 2018 et mars 2019, il y a eu six correspondances EURL, quatre sur EPIS et deux enquêtes NRL sur des cas groupés à Salmonella.

Les exemples incluent une augmentation du nombre de cas de Salmonella Bareilly en République tchèque et le Royaume-Uni a envoyé des données pour 200 isolats à l'EURL à des fins de comparaison et quand Salmonella Coeln a provoqué des cas concernant plusieurs pays, le Royaume-Uni n'a observé aucun isolat non humain au moment de la réponse.

La plupart des laboratoires participant à l'évaluation de la qualité n'ont pas réussi à identifier la nécessité de sérotypage de souches de Salmonella Typhimurium et de Salmonella Enteritidis. L'obligation de tester l'absence est applicable aux poulets après refroidissement, car ils seront mis sur le marché. Selon le rapport, seuls deux laboratoires ont identifié la bonne catégorie d'aliments pour cet examen et un autre a également indiqué à juste titre qu'ils recommanderaient des souches à d'autres tests, selon le rapport.

Les demandes adressées au LNR entre avril 2018 et mars 2019 incluaient une demande émanant d'un hôpital pour des analyses fongiques sur un échantillon d'aliments; Campden BRI a demandé conseil sur la mesure du risque Clostridium botulinum dans des challenge tests; la croissance d'un micro-organisme ou la détection de toxine et demande d’une personne en raison d’une suspicion d’une intoxication liée à la consommation de pancakes dans un supermarché.

Deux venaient de la FSA, un cherchant des conseils sur les différences entre les dénombrements de colonies aérobies effectuées sur des échantillons de lait cru dans deux laboratoires différents (OCL de laiterie et laboratoire du secteur alimentaire).

L'agence a demandé des conseils supplémentaires sur les méthodes de test pour l'examen du lait de consommation cru. L'autre concernait les écouvillonnages dans les abattoirs et l'existence de normes ISO pour effectuer ce type de travail.

Les activités prévues pour le LNR du PHE dans le calendrier d'avril 2019 à mars 2020 comprennent: la collaboration avec la FSA pour la mise en œuvre du nouveau règlement 2017/625 sur les contrôles officiels, produire un protocole de faible performance pour la participation de l’OCL aux tests de compétence de l’EFL et aider à la diffusion d'EPIS et d'autres alertes.

L'EURL a partagé des informations avec les LNR, notamment trois épidémies à E. coli impliquant les États-Unis.

L’une concernait l’apparition d’un foyer de STEC O157 couvrant plusieurs États et liée à de la laitue romaine, l’autre était l’apparition d’un foyer de O157 de l’année dernière dans l’Utah, vraisemblablement transmis par le fumier d’animaux, et la dernière consistait en deux cas groupés à E. coli provenant de deux sources, du lait de vache non pasteurisé et un centre de soins de jour associé à l'exposition de chèvres dans le Tennessee.

Parmi les autres informations, le Health Service Executive a signalé une augmentation des infections à E. coli en Irlande et une éclosion à E. coli O26 en France, où du fromage au lait non pasteurisé était en cause.