Un bactériophage de Salmonella pilote les populations bactériennes vers une hypersensibilité au chlorure de benzalkonium, au peroxyde d'hydrogène et au triclosan

« Un bactériophage de Salmonella pilote les populations bactériennes vers une hypersensibilité au chlorure de benzalkonium, au peroxyde d'hydrogène et au triclosan », source étude parue dans une revue de l’ASM, Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

Le détournement phagique (ou détournement cellulaire par les bactériophages) est une stratégie antimicrobienne émergente qui exploite les conséquences évolutives de la prédation par les phages pour sensibiliser les populations bactériennes aux antimicrobiens existants. Si le détournement phagique vers une hypersensibilité aux antibiotiques et aux effecteurs immunitaires est bien documenté, on ignore si un mécanisme similaire peut accroître la sensibilité bactérienne aux désinfectants commerciaux. Nous montrons ici que SF1, un siphovirus lytique infectant Salmonella enterica, nécessite une couche d'antigène O intacte pour l'adsorption et la réplication lytique, et que des mutants de délétion en phase présentant des défauts au niveau de l'antigène O ou des défauts plus profonds du LPS présentent une sensibilité accrue à plusieurs désinfectants commerciaux. De manière cruciale, SF1 a renforcé l'activité de tous les désinfectants testés en combinaison et, de plus, a présenté une synergie mathématique avec le chlorure de benzalkonium, le peroxyde d'hydrogène et le triclosan, composés auxquels les mutants LPS sélectionnés par SF1 étaient hypersensibles. Ces résultats corroborent l'hypothèse selon laquelle SF1 agit non seulement comme agent bactéricide, mais aussi comme outil de pilotage évolutif, potentialisant l'activité désinfectante par la sélection de phénotypes hypersensibles à ces agents. Plus largement, ces résultats confirment l'intérêt du pilotage phagique comme stratégie prometteuse pour l'utilisation des bactériophages comme adjuvants aux désinfectants commerciaux.

Importance

Les désinfectants commerciaux sont essentiels pour maîtriser les pathogènes tout au long de la chaîne de production et de transformation des aliments, mais leur efficacité est de plus en plus compromise par la tolérance et la persistance bactériennes. Bien que les bactériophages soient étudiés comme agents bactéricides directs, leur utilité comme adjuvants aux désinfectants commerciaux reste peu explorée. Dans cette étude, nous démontrons que le phage SF1 de Salmonella sélectionne des mutants déficients en LPS qui présentent une sensibilité accrue à plusieurs désinfectants commerciaux. De manière significative, nous montrons également que SF1 agit en synergie avec des désinfectants auxquels les mutants sélectionnés par le phage sont hypersensibles, ce qui soutient un mécanisme de sélection par lequel la prédation par le phage renforce l'activité du désinfectant. À notre connaissance, il s'agit du premier rapport démontrant le pilotage des phages comme stratégie d'utilisation des bactériophages comme adjuvants synergiques aux désinfectants commerciaux. Ces résultats soulignent l'intérêt potentiel d'exploiter les compromis évolutifs pour améliorer la maîtrise des pathogènes dans les environnements de transformation des aliments.

Conclusion

Dans cette étude, nous avons confirmé que le phage SF1 (spécifique de Salmonella) nécessite une couche d'antigène O intacte pour son adsorption et sa réplication lytique, et nous avons démontré que la perte de l'antigène O ou une troncation plus profonde du LPS accroît la sensibilité à plusieurs désinfectants commerciaux. Fait notable, le phage SF1 a renforcé l'activité antibactérienne de tous les agents désinfectants testés et a même présenté une synergie mathématique avec les composés auxquels les mutants LPS sélectionnés par le phage SF1 étaient hypersensibles. Dans l'ensemble, ces résultats corroborent l'hypothèse selon laquelle le phage SF1 agit non seulement comme un agent bactéricide, mais aussi comme un outil d'orientation évolutive, renforçant l'efficacité des désinfectants par la sélection de populations bactériennes hypersensibles. En pratique, cette stratégie d'orientation par les phages pourrait être intégrée aux protocoles de désinfection en utilisant des phages sélectionnés de manière appropriée, soit simultanément aux désinfectants, soit en amont ; l'élimination directe des bactéries par les phages serait ainsi complétée par la sélection de populations survivantes présentant une sensibilité accrue aux désinfectants.

Bien que ces résultats aient été obtenus dans des conditions contrôlées, avec un système phage-hôte unique en culture homogène, ils démontrent néanmoins l'intérêt potentiel de l'orientation évolutive par les phages comme stratégie d'utilisation de ces derniers en tant qu'adjuvants aux désinfectants commerciaux. De futures recherches devront déterminer si des effets similaires de ‘synergie par pilotage’ s'observent avec d'autres couples phage-hôte et dans des conditions plus représentatives des environnements de production et de transformation alimentaire, notamment sur des surfaces contaminées ou au sein de communautés polymicrobiennes complexes. Par ailleurs, la stabilité à long terme des compromis biologiques liés à cette orientation, en particulier l'émergence potentielle de sous-populations résiduelles tolérantes à la fois aux phages et aux désinfectants, mérite d'être étudiée ultérieurement. Plus largement, nos travaux soulignent l'intérêt d'exploiter les compromis évolutifs pour améliorer la lutte contre les pathogènes bactériens tout au long de la chaîne de production alimentaire.

Le Danemark et l'Autriche contribuent à résoudre deux importantes épidémies de salmonellose en Europe

Une étude avec 36 auteurs est paru en septembre 2026 dans Epidemiology and Infection à propos de foyers de cas étendus à Salmonella Enteritidis en Europe liées à de la viande de poulet originaire de Pologne, 2023 (Widespread European outbreaks of Salmonella Enteritidis related to chicken meat from Poland, 2023)

Cet article présente des données sur les épidémies survenues en Europe et décrit les investigations microbiologiques, épidémiologiques et alimentaires menées en Autriche et au Danemark lors de ces deux épidémies transfrontalières simultanées à S. Enteritidis.

Résumé

Salmonella Enteritidis se transmet généralement à l'homme par la consommation d'œufs ou de viande de volaille. En juillet 2023, le Danemark et l'Autriche ont signalé simultanément deux épidémies causées par des souches de S. Enteritidis de séquence type (ST) 11 génétiquement distinctes. Dans les deux pays, des cas ont été rattachés à ces épidémies grâce au typage de séquence multilocus basé sur le core génome (cgMLST) entre le 1er janvier et le 1er octobre 2023. Les investigations ont inclus des entretiens avec les patients, la traçabilité des aliments et, par analyse cgMLST, la comparaison d'isolats d'origine humaine, alimentaire et environnementale.

Au total, 207 cas ont été recensés dans 11 pays de l'UE. Les informations recueillies sur l'alimentation des patients ont orienté les soupçons vers le poulet, souvent vendu sous forme de viande à kebab. Des enquêtes approfondies de traçabilité, menées à partir des restaurants et grossistes concernés en Autriche et au Danemark, ont identifié la viande de poulet produite en Pologne comme le vecteur de ces épidémies.

Suite au décès d'un patient en Autriche, les autorités de la sécurité des aliments ont renforcé les contrôles sur ce produit, entraînant des rappels de denrées alimentaires. Des rappels de produits spécifiques à base de poulet originaire de Pologne ont également été effectués au Danemark. Malgré les interventions nationales et les réglementations visant les producteurs de volaille, l'UE reste collectivement vulnérable aux épisodes de contamination alimentaire à grande échelle prenant leur source dans un seul État membre. Une collaboration internationale et intersectorielle efficace a été déterminante pour identifier le vecteur de ces épidémies.

Conclusion

Cette enquête démontre l'efficacité de la traçabilité alimentaire internationale comme outil de résolution des épidémies.

Elle souligne également l'importance d'une généralisation du séquençage du génome entier ainsi que de la capacité à partager et comparer les données de séquençage issues d'isolats humains et alimentaires entre les différents pays. L'utilisation d'une plateforme commune telle qu'EpiPulse favorise la collaboration et renforce la réponse collective face aux menaces pour la santé publique. L'émergence d'épidémies de S. Enteritidis liées à du poulet polonais met en lumière la complexité des défis ainsi que la nature multidimensionnelle de la prévention et de la lutte contre les maladies d'origine alimentaire dans un monde de plus en plus interconnecté. Relever ces défis exige une action concertée de toutes les parties prenantes, gouvernements, organismes de réglementation, partenaires industriels et consommateurs, afin de mettre en œuvre des stratégies globales fondées sur des données probantes, visant à réduire le risque de contamination par Salmonella dans les produits avicoles et à préserver la santé publique à l'échelle mondiale.

Deux épidémies distinctes à Salmonella ST11

Un tableau présente les données relatives à l'épidémie 1 (N = 149), à l'épidémie 2 (N = 60) et au total (N = 209).

- Sexe : Les hommes constituent la majorité dans les deux épidémies (54,4 % pour l'épidémie 1, 68,3 % pour l'épidémie 2, 58,4 % au total).

- Tranche d'âge : Les groupes les plus touchés sont ceux des 11-20 ans (19,1 % au total) et des 21-30 ans (22,5 % au total). L'épidémie 2 présente une concentration notable dans la tranche d'âge des 81 ans et plus (16,7 %).

- Hospitalisation : 11,0 % de l'ensemble des cas ont été hospitalisés, bien que cette information soit inconnue pour 72,7 % des cas.

- Voyage à l'étranger : 12,4 % de l'ensemble des cas ont signalé un voyage, tandis que cette information est inconnue pour 52,2 % d'entre eux.

- Pays : Le Royaume-Uni a enregistré le nombre de cas le plus élevé (80 cas, soit 38,3 %), suivi de la France (49 cas, soit 23,4 %) et du Danemark (29 cas, soit 13,9 %). L'épidémie 1 était fortement concentrée au Royaume-Uni (46,3 %), alors que l'épidémie 2 était plus uniformément répartie entre la France (23,3 %), l'Autriche (18,3 %) et l'Allemagne (18,3 %).

- Consommation de poulet : 19,6 % de l'ensemble des cas ont confirmé en avoir consommé, tandis que l'information est inconnue pour 79,9 % d'entre eux.

- Consommation de kebab : 16,7 % de l'ensemble des cas ont confirmé en avoir consommé, tandis que l'information est inconnue pour 76,6 % d'entre eux.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News d’avoir signalé cette information.

Salmonella dans des tomates cerises siciliennes : interdiction dans les cantines scolaires des Pouilles. Foyers de cas en Lombardie, Latium et Frioul

« Salmonella dans des tomates cerises siciliennes : interdiction dans les cantines scolaires des Pouilles. Foyers en Lombardie, Latium et Frioul », source article de Roberto La Pira du 3 octobre 2026 paru sur le site il fatto alimentare.

Il s'agit de la même souche qui circule en Europe depuis 2023 et qui a touché 437 personnes. Des foyers ont également été signalés en Lombardie, dans le Latium et au Frioul. Et sans doute dans le Val Trompia ?

Interdiction des tomates crues dans les cantines des crèches, écoles, hôpitaux et maisons de retraite. Place aux légumes cuits ! Telle est la mesure demandée par la région des Pouilles aux municipalités et aux restaurateurs dans une déclaration urgente du ministère de la Santé. Selon la directive, citée par l’ANSA, cette décision fait suite à la réunion du Groupe de travail national du 30 septembre concernant les nombreux cas de salmonellose recensés dans les Pouilles, Lombardie, Latium et Frioul-Vénétie Julienne, attribués à la consommation de tomates fraîches, notamment de tomates cerises crues.

Pour les lecteurs d' Il Fatto Alimentare, ce n'est pas une surprise. Il y a un an, nous avions déjà signalé qu'une même souche de salmonelle, liée aux tomates cerises siciliennes, rendait malades des centaines de personnes en Europe. Et il y a deux semaines, alors que nous enquêtions sur l'épidémie dans les écoles de Val Trompia, un lecteur nous a suggéré de nous concentrer sur les tomates cerises. Aujourd'hui, cette hypothèse se confirme. Quatre régions, une seule souche.

La région des Pouilles interdit la consommation de tomates cerises crues dans les cantines scolaires.

La directive des Pouilles fait suite à une augmentation des cas de salmonellose à Salmonella Strathcona ST2559 et aux foyers de salmonellose recensés en septembre. Les enquêtes épidémiologiques menées par les services de prévention établissent un lien entre ces cas et la consommation de tomates fraîches, notamment de tomates cerises crues. Des analyses ont révélé la présence de Salmonella dans un lot de tomates provenant de la province de Caltanissetta. Les autorités sanitaires locales ont décrété une interdiction, applicable immédiatement, concernant les crèches, les écoles maternelles et primaires, les cantines d'hôpitaux, les EHPAD et les maisons de retraite.

Parallèlement, le ministère de la Santé a émis un avis de rappel concernant un lot de tomates cerises G&V Ortaggi, produites à Gela (Caltanissetta), en raison de la présence de Salmonella spp. Il s'agit du lot n°210, conditionné en emballages d'environ 6,5 kg (nous avons publié l'alerte il y a quelques jours). L'avis de rappel ne précise pas si le produit était destiné à la restauration ou à la vente au détail et ne contient aucune image. On ignore s'il s'agit du même lot que celui mentionné par la région des Pouilles.

De forts soupçons planent sur un lot de tomates cerises siciliennes.

Un problème connu depuis 2011

La souche Strathcona de séquence type ST2559 n'est pas nouvelle. La première épidémie européenne remonte à 2011 au Danemark, déjà liée à des tomates cerises siciliennes. Dans sa mise à jour d'octobre 2025, l'ECDC et l'EFSA ont recensé 437 cas confirmés dans 17 pays entre janvier 2023 et septembre 2025. L'Italie était en tête avec 123 cas, devant l'Allemagne (113) et l'Autriche (76).

Des enquêtes menées en Autriche (2023 et 2025) et en Italie (2024) ont identifié les tomates cerises siciliennes comme source de la contamination. Une étude européenne collaborative a reconstitué 662 cas sur 14 ans, liés à une source commune, et estime que le nombre réel de cas est bien plus élevé. La découverte la plus significative concerne l'origine : en janvier 2025, la souche a été détectée dans l'eau d'irrigation d'un puits appartenant à un producteur sicilien.

L’ECDC a exigé des vérifications et des contrôles avant récolte, en commençant par l'eau d'irrigation. Les producteurs siciliens ont rejeté ce lien, affirmant qu'aucune contamination n'avait jamais été constatée dans les tomates analysées. Par ailleurs, en septembre 2026, une enquête allemande sur une épidémie ayant touché plus d'une centaine de personnes a de nouveau mis en cause les tomates italiennes.

Et qu'en est-il de Salmonella dans la vallée de Val Trompia ?

À la mi-septembre, une épidémie de salmonellose a touché des crèches, des écoles maternelles et des écoles primaires à Gardone Val Trompia, Concesio et Marcheno, dans la province de Brescia. L'ATS de Brescia (ATS pour Agenzia di Tutela della Salute) a recensé 117 cas, dont plusieurs adultes et jusqu'à 14 enfants hospitalisés. L'origine de l'épidémie a été attribuée à des repas préparés les 10 et 11 septembre par le centre de restauration Inzino, fermé depuis le 14 septembre.

Selon la presse locale, les inspections des centres de restauration et des cafétérias n'ont révélé aucune anomalie. L'ATS a annoncé des tests sur des « repas tests » stockés, mais n'a pour l'instant divulgué ni le sérotype isolé chez les enfants, ni les résultats des analyses alimentaires. Cependant, un lecteur nous a écrit pour nous inciter à concentrer nos efforts sur les tomates cerises.

Aujourd'hui, la directive des Pouilles inclut la Lombardie parmi les quatre régions concernées, et nous savons que des foyers épidémiques liés aux tomates cerises dans les Pouilles ont été recensés en septembre. Les dates concordent. Cependant, le lien reste hypothétique : aucune autorité ne l'a confirmé. Il y a une semaine, nous avons écrit à l'ATS de Brescia pour obtenir des nouvelles de l'enquête, mais nous n'avons reçu aucune réponse.

Les laver suffit-il ?

Il y a un an, suite à notre article sur l'épidémie européenne, de nombreux lecteurs nous ont demandé si laver les tomates cerises suffisait. Nous avons interrogé Antonello Paparella, professeur de microbiologie alimentaire à l'université de Teramo, qui a déclaré : « La contamination par Salmonella des fruits et légumes frais comme les tomates cerises peut se produire de diverses manières et ne se limite pas toujours à la surface extérieure . »

Les bactéries proviennent généralement de l'eau d'irrigation, du sol, des engrais organiques ou des animaux sauvages et restent en surface. Dans de rares cas, cependant, Salmonella peut pénétrer dans la plante par des micro-lésions ou les stomates, notamment en cas de différence de température entre l'eau d'irrigation et l'eau de lavage.

Point crucial : la souche Strathcona a été détectée dans de l’eau d’irrigation d’une entreprise sicilienne. C’est l’une des raisons pour lesquelles, dans les cafétérias accueillant enfants, personnes âgées et malades, il est préférable de privilégier les légumes cuits.

Les questions qui demeurent

La souche est connue depuis 15 ans, le vecteur reste le même et l'eau contaminée a été détectée en 2025. Pourtant, en 2026, des interdictions d'urgence sont toujours en vigueur dans les cantines. Plusieurs questions demeurent. Pourquoi les contrôles de l'eau d'irrigation des entreprises concernées ne sont-ils pas obligatoires, comme le demande l’ECDC ? Pourquoi seule la région des Pouilles a-t-elle suspendu la vente de tomates crues, alors que quatre régions sont touchées par l'épidémie ? Qui a constitué le groupe de travail, comme l'indique l'ANSA, et pourquoi ses conclusions n'ont-elles pas été rendues publiques ? Quels foyers en Lombardie ont-ils été examinés ? Le Val Trompia en fait-il partie ? Enfin, pourquoi l'avis de rappel des tomates G&V Ortaggi n'indique-t-il pas la destination finale du produit ?

Pour les consommateurs, le risque en magasin demeure faible, mais les conseils de Paparella restent valables : bien laver les tomates à l’eau courante, nettoyer les plans de travail, les couteaux et les assiettes, choisir des fruits entiers et les conserver au réfrigérateur. Les jeunes enfants, les personnes âgées, les femmes enceintes et les personnes vulnérables peuvent privilégier les tomates cuites pour le moment.

République tchèque : Problème récurrent de Salmonella dans de la viande de volaille importée

En République Tchèque, cela dévient un sujet récurrent. Déjà en juin 2019, 21 tonnes de volaille importée de Pologne en Tchéquie contaminées par Salmonella.

De nouveau, en septembre 2019, « Trois nouveaux cas d’importation de viande polonaise contaminée à la salmonelle »

Octobre 2026, la République tchèque informe de la présence de Salmonella dans 25 % des prélèvements de viande de volaille importée, source Poultry Med.

Une campagne de surveillance renforcée menée par l'Administration vétérinaire d'État de la République tchèque a mis en évidence une contamination importante à Salmonella dans la viande de volaille importée. La bactérie a été détectée dans près d'un échantillon sur quatre testés.

Cette campagne d'inspection renforcée, en cours depuis fin juillet, s'est concentrée sur les cargaisons en provenance de fournisseurs étrangers, notamment d'autres États membres de l'Union européenne.

Sur les 93 prélèvements de viande de volaille importée testés, 23 étaient positifs pour Salmonella , soit un taux de non-conformité de 24,7 %.

Selon les autorités vétérinaires, ces résultats sont conformes aux tendances observées sur plusieurs années. Les données de surveillance historiques de 2023 à 2025 montrent que la viande de volaille importée présentait un taux de contamination moyen à la salmonelle de 21 %, soit environ trois fois supérieur à la moyenne de 7 % détectée dans la production nationale tchèque de volaille.

Suite à ces résultats positifs, l'Administration vétérinaire d'État a transmis des notifications officielles via le système d'alerte rapide de l'UE pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) et a lancé des enquêtes de traçabilité pour chaque lot concerné. Pour les cargaisons encore stockées avant distribution, les autorités ont imposé des restrictions immédiates empêchant leur mise sur le marché.

Les relations avec la Commission européenne ne sont pas simples non plus, comme en témoigne ces articles du blog de 2021 et de 2020, La République tchèque entend avoir pour ses consommateurs des aliments bien contrôlés. La Commission européenne lui adresse un avis motivé avant saisine de la cour de justice de l'UE et La Commission européenne met en garde la Roumanie et la République tchèque au sujet des règles de sécurité des aliments.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News d’avoir signalé cette information.

Détection de Salmonella dans le cadre d'une épidémie liée à des graines de courge de France

Il s’agit de la suite de l’information publiée sur le site du ministère de l’agriculture, et dont le blog vous avait relaté le sujet, ici, le 2 septembre 2026.

« Détection de Salmonella dans le cadre d'une épidémie liée à des graines de courge de France », source article de Joe Whitworth publié le 28 septembre dans Food Safety News.

Des analyses effectuées sur des graines de courge et au sein de l'usine de transformation ont permis de détecter la présence de Salmonella, selon des chercheurs enquêtant sur une épidémie en France.

Une épidémie nationale à Salmonella Enteritidis a touché 81 personnes entre le 3 mai et le 12 août. L'âge médian des patients était de 35 ans et 56 d'entre eux étaient des femmes. Huit personnes ont été hospitalisées et deux se sont présentées aux urgences en raison de leurs symptômes.

Le 30 juillet, le Centre national de référence (CNR) des E. coli, Shigella et Salmonella de l'Institut Pasteur et Santé publique France a signalé une augmentation d'un cluster génomique de Salmonella Enteritidis, avec 49 isolats recensés depuis le mois de mai.

Une étude publiée dans la revue Eurosurveillance a indiqué que les personnes malades étaient majoritairement des femmes, avec un âge médian de 32 ans, et que 17 d'entre elles provenaient d'une même région. Le délai entre l'isolement de la souche par le laboratoire initial et l'obtention des résultats de séquençage est d'environ quatre semaines.

Une avancée grâce à l'Autriche

Santé publique France a mené des enquêtes épidémiologiques par téléphone auprès des cas, en utilisant un questionnaire exhaustif de 25 pages sur les salmonelloses, interrogeant les patients sur leurs expositions alimentaires et environnementales.

Les entretiens visant à formuler des hypothèses ont révélé que la plupart des cas faisaient leurs courses dans l'enseigne Grand Frais. Toutefois, aucun aliment spécifique n'a été identifié. Au fil des investigations, une proportion inhabituellement élevée de patients a signalé la consommation de diverses noix et graines.

Les graines de courge ont une longue durée de conservation, sont souvent consommées crues et sont intégrées dans des mélanges pour en-cas, ce qui complique les enquêtes épidémiologiques et de traçabilité.

En août, un message a été publié sur EpiPulse, une plateforme en ligne permettant aux autorités sanitaires européennes d'échanger des informations sur les épidémies. L'Autriche a signalé un isolat d'origine alimentaire, obtenu en juin à partir de graines de courge importées de Pologne, présentant un profil identique à celui de l'isolat de référence français. La consommation de graines de courge, seules ou en mélange, a par la suite été confirmée pour 21 des 24 patients.

Les enquêtes de traçabilité ont permis d'identifier un producteur de graines de courge qui fournissait l'enseigne Grand Frais. Cette entreprise a fourni les graines, conditionnées dans de grands sacs portant un numéro de lot, à deux prestataires français ; ces derniers les ont soit reconditionnées dans des contenants plus petits pour la vente en vrac, soit préemballées pour une vente directe (seules ou en mélange) en grande distribution.

Prélèvements positifs et contexte général

Des échantillons de graines de courge provenant de l'enseigne Grand Frais, dans leur emballage d'origine, ont été prélevés au domicile de trois personnes touchées. Les trois échantillons se sont révélés positifs à Salmonella Enteritidis, et le séquençage a confirmé un lien génétique avec les cas humains recensés.

Fin août, le fournisseur a procédé au rappel et au retrait des lots de graines de courge commercialisés depuis le mois de mars. Des inspections sur site ont révélé la présence de Salmonella Enteritidis sur deux prélèvements de surface effectués dans l'usine de transformation ; des analyses par séquençage sont en cours.

Les graines incriminées provenaient de jeunes plants importés d'Autriche, puis avaient été cultivées et transformées en France. Les investigations de traçabilité n'ont pas permis d'établir un lien entre le producteur et des graines de courge en provenance de Pologne.

Le système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) a permis d'identifier des exportations vers la Belgique, la Suisse et le Luxembourg. Aucun cas lié à l'épidémie n'a été signalé en Suisse ni en Belgique, mais le Luxembourg a enregistré un cas humain associé le 3 septembre. La personne concernée, tombée malade fin août, avait consommé un mélange de fruits à coque et de raisins secs contenant des graines de courge. L'analyse des prélèvemments des restes de ces produits a confirmé la contamination par la souche épidémique.

Le Royaume-Uni et le Portugal ont également signalé des isolats appartenant au même groupe épidémique. Le patient britannique avait séjourné en France de la mi-juillet au début du mois d'août et a présenté des symptômes la semaine suivant son retour au Royaume-Uni, mais aucune information n'est disponible quant à une éventuelle consommation de graines de courge. L'isolat provenant du Portugal date de mai 2026, mais aucun lien n'a pu être établi avec la France ou avec des graines de courge.

Commentaire

Aucune information n’a été publiée en France mais uniquement sur le site européen de la revue Eurosurveillance et seulement disponible en anglais.

L’Écosse actualise sa stratégie de réduction des maladies infectieuses d’origine alimentaire

« L’Écosse actualise sa stratégie de réduction des maladies infectieuses d’origine alimentaire ; confrontée au taux le plus élevé de STEC O157 du Royaume-Uni », source Food Safety Magazine.

La Food Standards Scotland (FSS) a présenté ses plans visant à réduire l'incidence nationale des maladies infectieuses d'origine alimentaire au cours des trois prochaines années, en donnant la priorité à Campylobacter, Listeria monocytogenes et Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC), ainsi qu'à ses objectifs de recherche connexes.

Dans un présenté lors de la réunion du conseil d'administration de la FSS en septembre, l'agence a fait le point sur la situation des maladies infectieuses d'origine alimentaire en Écosse et sur ses actions visant à réduire la transmission des pathogènes par la chaîne alimentaire. La stratégie de la FSS en matière de maladies infectieuses d'origine alimentaire se concentre sur cinq agents pathogènes responsables de la plus grande part de la morbidité : Campylobacter, Salmonella, STEC, L. monocytogenes et norovirus.

L'incidence des maladies d'origine alimentaire est restée stable au cours des dix dernières années.

En Écosse, de 2015 à 2024, hors période de pandémie de COVID-19, le nombre de cas d'infections intestinales d'origine alimentaire signalés en laboratoire est resté relativement stable. Campylobacter représente la majorité des cas déclarés, avec une moyenne d'environ 6 000 par an, tandis que le pays enregistre environ 20 cas de listériose par an. Sur cette période de dix ans, le nombre annuel moyen d'infections à norovirus et à Salmonella recensées en Écosse était respectivement, d'environ 1 400 et 700,. Le nombre total de cas de E. coli entérohémorragique (EHEC) a varié entre 215 et 460 par an (soit environ 300 cas en moyenne).

Des progrès sont nécessaires pour réduire les infections à Campylobacter et à STEC.

Bien que l'industrie agroalimentaire britannique ait réduit la contamination du poulet réfrigéré par Campylobacter, la FSS indique que les infections humaines n'ont pas diminué en conséquence. Des études antérieures d'attribution des sources, financées par la FSS, ont montré que la majorité des cas cliniques de campylobactériose en Écosse sont liés au poulet. La FSS et la Food Standards Agency (FSA) du Royaume-Uni collaborent pour mieux comprendre les sources de transmission, qu'elles soient liées ou non à la volaille, et identifier des interventions efficaces.

Par ailleurs, l'Écosse continue d'enregistrer le taux d'infection à STEC O157 le plus élevé du Royaume-Uni, et les infections à d'autres souches ont augmenté ces dernières années, dépassant le nombre de cas de O157 en Écosse depuis 2023. Le nombre de cas de STEC déclarés a atteint un pic en 2022 en raison de deux épidémies à E. coli O157 non liées à l'alimentation dans des crèches (440 cas au total), et de nouveau en 2024 lors d'une épidémie nationale à E. coli O145 associée à la consommation de salades (460 cas au total). La FSS a indiqué que les aliments d'origine ruminante et les produits réfrigérés contaminés par l'environnement constituent un risque important de transmission de STEC ; bien que la prévalence du STEC O157 chez les bovins soit similaire dans toute la Grande-Bretagne, les troupeaux écossais sont plus fréquemment porteurs de souches associées à des maladies humaines graves, ce qui pourrait expliquer les taux d'infection plus élevés en Écosse.

La FSS collabore avec Public Health Scotland (PHS) sur une étude reliant les données épidémiologiques, d'exposition, cliniques, d'hospitalisation et de prescription des patients aux informations génomiques des isolats de STEC collectés entre 2015 et 2023. L'agence prévoit de publier des rapports épidémiologiques sur les infections à STEC et à Salmonella début 2027.

L’Écosse décide de ne pas mettre en place ses propres seuils de surveillance des pathogènes.

Le FSS a également décidé de ne pas poursuivre la mise en place de seuils de surveillance des pathogènes spécifiques à l'Écosse, utilisés pour signaler les augmentations des cas de maladies intestinales infectieuses déclarées et déterminer quand une enquête ou une action peut être justifiée dans le pays, et continuera plutôt à utiliser l'approche de seuil à l'échelle du Royaume-Uni.

En 2023, le conseil d’administration de la FSS avait convenu d’étudier la possibilité d’établir des seuils spécifiques à l’Écosse pour les agents pathogènes d’origine alimentaire. Après consultation du PHS et du FSA, le FSS a conclu que des seuils spécifiques à l’Écosse « ne seraient pas appropriés » en raison de l’intégration de la chaîne d’approvisionnement alimentaire du Royaume-Uni et des difficultés à identifier des variations statistiquement significatives pour les agents pathogènes à faible incidence, tels que L. monocytogenes.

Le FSS définit ses priorités de recherche sur les maladies d'origine alimentaire malgré un budget réduit.

Au cours des trois prochaines années, la FSS prévoit d'examiner les mesures de lutte contre Campylobacter mises en œuvre dans les élevages de volailles écossais et à l'abattoir . L'agence entend également mener des recherches afin de classer les aliments en fonction du risque de contamination par Listeria monocytogenes et d'élaborer des recommandations sur les alternatives plus sûres pour les consommateurs à risque.

Les autres priorités comprennent la recherche sur la manipulation et la préparation par les consommateurs des aliments crus pour animaux de compagnie, que la FSS a identifié comme un produit à haut risque de pathogènes d'origine alimentaire et de résistance aux antimicrobiens (RAM), la poursuite des messages sur la sécurité des aliments destinés aux populations à risque et le développement de directives et d'outils techniques pour les secteurs alimentaires prioritaires.

La FSS prévoit également de continuer à soutenir une approche Une seule santé en matière de surveillance des agents pathogènes. Ses travaux dans le cadre du programme britannique quadriennal de surveillance des agents pathogènes dans l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (PATH-SAFE), qui s’est achevé en 2025, ont permis de générer des données de séquençage du génome entier (SGE) pour environ 6 000 isolats de E. coli provenant de sources animales, environnementales, alimentaires et cliniques en Écosse. Ces données ont contribué au développement de modèles d’intelligence artificielle (IA) destinés à prédire les sources d’agents pathogènes et à identifier des interventions préventives de gestion des risques.

La FSS a reconnu que ses activités prévues devront être priorisées compte tenu de la réduction de son budget de recherche. L'agence a indiqué que les investissements futurs seront évalués en fonction des risques pour la santé publique, des domaines où la FSS peut apporter une contribution unique et des possibilités de tirer parti des données probantes et de l'expertise des organisations partenaires.

Une phagothérapie préventive inédite donne des résultats prometteurs contre Salmonella

« Une phagothérapie préventive inédite donne des résultats prometteurs contre Salmonella », source phys.org.

Le microbiote intestinal des mammifères abrite un équilibre délicat entre les bactéries et les virus qui les régulent, appelés bactériophages ou phages. Chaque espèce bactérienne possède généralement son propre ensemble de partenaires phagiques.

Lorsque des bactéries pathogènes pénètrent dans cet écosystème, les phages sont généralement absents, ce qui leur permet de semer le chaos. Au moment où l'hôte tombe malade, il est trop tard pour les phages ; ils finissent par trouver un équilibre avec les bactéries pathogènes.

Mais que se passerait-il si les phages présents dans l'intestin pouvaient se préparer au pathogène ingéré par voie orale et le neutraliser dès son entrée dans l'intestin, évitant ainsi la nécessité d'un combat ?

Le professeur Bryan Hsu, et son équipe ont récemment démontré que cette approche prophylactique, utilisant une bactérie, E. coli non pathogène, modifiée génétiquement, protégeait efficacement les souris contre une infection orale à Salmonella. Leurs travaux ont été publiés dans Nature Microbiology.

L'équipe estime qu'il s'agit d'un pas vers une arme supplémentaire contre les maladies.

« À terme, cette méthode pourrait servir à traiter d'autres maladies », a déclaré Rogerio A. Bataglioli, chercheur postdoctoral au Département des sciences biologiques et auteur principal de l'étude. « Il ne s'agit pas de remplacer les antibiotiques, mais d'offrir une option supplémentaire pour lutter contre les infections. »

Pourquoi la phagothérapie intestinale est inefficace

Les bactériophages, ou phages, sont des virus de bactéries et n'infectent ni les humains, ni les animaux. Hsu a indiqué que la phagothérapie, qui consiste à utiliser des phages pour traiter les infections bactériennes, est particulièrement difficile à mettre en œuvre avec succès pour le traitement des pathogènes intestinaux.

« C’est un défi, surtout au niveau intestinal, car les phages et les bactéries ont tendance à coexister pendant de longues périodes », a déclaré Hsu.

Cette coexistence rend difficile l'obtention du ratio élevé phages/bactéries nécessaire au traitement des infections intestinales.

« C’est extrêmement difficile à réaliser dans l’intestin », a déclaré Hsu. « De plus, une fois qu’une infection bactérienne s’est déclarée dans l’intestin, bien souvent, les phages ne peuvent même pas y accéder. Les bactéries sont déjà cachées dans la muqueuse ou les cellules de l’organisme ; elles ne circulent pas librement là où les phages pourraient les atteindre. »

Une usine à phages avec E. coli

Pour contourner ces obstacles, l'équipe a modifié génétiquement une bactérie E. coli non pathogène afin qu'elle porte un phage qui n'infecte que Salmonella. Ainsi, lorsque le phage est produit, il cible spécifiquement le pathogène.

Normalement, ce type de phage de Salmonella reste dormant dans le génome de la bactérie. Cependant, l'équipe de Hsu a effectué plusieurs modifications génétiques afin qu'il soit porté par Escherichia coli et qu'une fois libéré dans l'intestin, il détruise automatiquement Salmonella par un processus appelé lyse. Ce processus augmente rapidement le nombre de phages pour combattre la bactérie. Les chercheurs ont nommé ce nouveau type de combinaison phage-bactérie, « lytic phage-producing lysogen* » ou lyto-lysogen.

Normalement, Salmonella peut détecter l'ADN de phages produits par des bactéries autres que Salmonella et empêcher sa réplication. Mais dans ce cas précis, les chercheurs sont parvenus à dissimuler le phage.

« Nous sommes parvenus à tromper Salmonella en lui faisant croire que le phage de E. coli n'était pas étranger, grâce à l'insertion d'un gène de Salmonella dans le génome de E. coli », explique Bataglioli. « Un phage issu de notre souche de E. coli peut infecter Salmonella, s'y propager facilement, la lyser, et tous les phages produits par Salmonella peuvent ensuite se répliquer indéfiniment. »

Cette reproduction rapide conduit finalement à l'éradication de l'infection intestinale.

« Ce qui se passe, c'est que cette bonne bactérie, E. coli, produit tous ces phages antipathogènes, et qu'il existe désormais une couche protectrice de sorte que lorsque Salmonella pénètre dans l'organisme, juste après son passage dans l'estomac et à son point le plus vulnérable, elle rencontre cette forte densité de phages mortels », a expliqué Hsu.

Au-delà d'un seul pathogène

Les chercheurs expliquent avoir ciblé Salmonella en raison de son impact considérable à l'échelle mondiale, car elle peut être mortelle pour les personnes âgées, les enfants et les personnes immunodéprimées; elle présente une forte prévalence de résistance aux antibiotiques ; et elle a été classée comme pathogène prioritaire par les CDC des États-unis. Ils estiment toutefois que ces travaux ont des implications importantes pour d'autres maladies.

« Nous commençons par Salmonella, mais il serait évidemment intéressant d'explorer une voie plus large, avec les adaptations nécessaires, pour cibler d'autres maladies et d'autres agents pathogènes bactériens », a dit Bataglioli.

« Nous disposons d'un cadre qui montre que nous pourrions potentiellement y introduire d'autres phages et cibler d'autres bactéries », a déclaré Hsu.

* lytic phage-producing lysogen désigne une bactérie (un lysogène) qui héberge le génome d'un phage tempéré (sous forme de prophage) et qui, suite à l'induction de ce dernier, produit activement de nouveaux phages par un cycle lytique (qui détruit la cellule). Source.

En français, cette expression devient « bactérie lysogène productrice de phages lytiques. »

MàJ du 20 septembre 2026. On lira cet article du 26 août 2026, 'Bacteriophages: Nature’s little helpers' ou 'Bactériophages : les petites aides de la nature' sur le site de la Food Standard Agency.

Pologne : Les foyers de toxi-infections alimentaires à la hausse sur la période 2021-2023

Un article, publié en 2025, Foodborne Infections and Intoxications in Poland in 2021-2023, rapporte l’évaluation de la situation épidémiologique des infections et intoxications d'origine alimentaire en Pologne sur la période 2021-2023. Au niveau des périodes, on en est au même niveau en France, où les données les plus récentes sont celles de 2023, mais publiées en mars 2026 …

Par ailleurs, le blog vous a narré récemment les aventures des œufs de Pologne ici et là en Europe, notamment au Royame-Uni, mais aussi en France.

L’objectif de cette étude était d’évaluer la situation épidémiologique des infections et des intoxications d’origine alimentaire en Pologne entre 2021-2023 (période post Covid-19), et sa comparaison avec les années 2015-2019.

Les données de surveillance systématique ont été recueillies par le PSSE (Powiatowa Stacja Sanitarno-Epidemiologicalna ou Station sanitaire et épidémiologique du district) via le registre des foyers épidémiques ont été analysées.

Résumé

Entre 2021 et 2023, une augmentation du nombre de cas d'infections et d'intoxications bactériennes a été enregistrée (plus de 90 000 cas, incidence de 80,2 pour 100 000 habitants), liée à la hausse des infections à Clostridioides difficile (56,4 pour 100 000 en 2023 contre une moyenne de 29,5 pour 100 000 sur la période 2015-2019). Une augmentation de l'incidence de la listériose a également été observée. Parmi les infections virales, les infections à rotavirus étaient les plus fréquentes, avec une hausse en 2022 suivie d'une baisse en 2023, et une incidence comprise entre 15,7 et 20,1 pour 100 000 habitants. Entre 2021 et 2023, 2 722 foyers d'origine alimentaire ont été signalés, impliquant 20 102 cas (contre 2 767 foyers et 22 681 cas entre 2017 et 2019). La majorité des foyers étaient d'étiologie bactérienne (53 %) ; parmi ceux-ci, les foyers de salmonellose prédominaient, avec 80 % de cas dus à S. Enteritidis. La proportion de foyers à Clostridioides difficile s'élevait à 21,5 % (représentant 16,5 % de l'ensemble des cas liés à des foyers) ; dans les établissements de santé, les foyers de cette étiologie représentaient 78 % du total des foyers. Au total, 27,9 % des cas d'épidémie ont nécessité une hospitalisation, principalement lors d'épidémies d'infections à Clostridium difficile et d'hépatite A. Les épidémies sont survenues surtout au sein des foyers, mais la plupart des cas ont été recensés dans les établissements de restauration et les établissements de santé. En résumé, entre 2021 et 2023, le nombre d'infections et d'intoxications d'origine alimentaire était comparable à celui de la période prépandémique, mais leur structure étiologique a évolué (augmentation des infections à Clostridium difficile et des épidémies d'origine virale). Ces résultats confirment la nécessité de renforcer la surveillance et les capacités de diagnostic en laboratoire.

Dans le cadre de la surveillance des épidémies d'origine alimentaire entre 2021 et 2023, une augmentation constante de leur nombre a été observée après la baisse liée à la pandémie du COVID-19. Au total, 2 722 foyers de cas ont été signalées, impliquant 77 452 personnes exposées, dont 20 102 personnes malades. À titre de comparaison, durant la période précédant la pandémie (2017-2019), 2 767 foyers de cas avaient été enregistrées, touchant 22 681 personnes. Le nombre de foyers de cas a augmenté entre 2021 et 2023, passant de 618 en 2021 à 884 en 2022, puis à 1 220 en 2023, soit une augmentation de près du double sur cette période. Cette tendance s'est également reflétée dans le nombre de cas : 6 114 en 2021 et 7 699 en 2023, un chiffre comparable à la moyenne observée entre 2017 et 2019 (7 416 cas).

Sur le plan étiologique, les foyers de cas d'origine bactérienne ont été les plus fréquents entre 2021 et 2023, représentant 53,3 % des foyers et 46,4 % des cas associés (n = 9 326). Par rapport à la période de trois ans précédant la pandémie, la proportion de foyers et de cas relevant de ce groupe étiologique était plus faible (44,3 % des épidémies et 40,9 % des cas). Tant avant qu'après la pandémie, Salmonella a été l'agent étiologique le plus fréquent des foyers de cas d'origine alimentaire en Pologne.

En 2021, 2022 et 2023, cette bactérie a été à l'origine de, respectivement, 37,1 %, 29,8 % et 31,6 % des foyers de cas L'agent le plus fréquemment en cause était S. Enteritidis (80 % de toutes les éclosions de salmonellose) ; en 2023, 304 éclosions et 2 107 cas associés à cette étiologie ont été signalés, contre 173 éclosions et 1 451 cas en 2021 (soit une augmentation de 76 %).

En 2023, la proportion d'éclosions de salmonellose par rapport au nombre total d'éclosions d'origine alimentaire était comparable à celle observée durant les années précédant la pandémie (environ 30 %). À titre de comparaison, cette proportion était plus élevée en 2020-2021 (plus de 40 %). Entre 2021 et 2023, on a observé une augmentation de la proportion d'éclosions à Clostridioides difficile, qui ont représenté 21 % de l'ensemble des éclosions d'origine alimentaire (n = 585) et 16,5 % (n = 3 326) de tous les cas associés à ces éclosions.

En comparaison, sur la période 2017-2019, ces éclosions représentaient 9,2 % des éclosions et 5,1 % des cas. En 2022, 209 éclosions à Clostridioides difficile et 1 072 cas ont été recensés, faisant de cette étiologie la plus fréquente à cette époque. Sur la période 2017-2023, des éclosions à Clostridioides difficile ont été signalées par 111 des 318 stations PSSE (contre 44 stations sur la période 2017-2019 et 94 sur la période 2021-2023). Les infections virales ont été à l'origine de 18,2 % (n = 490) des éclosions et de 28,3 % (n = 5 510) des cas associés sur la période 2021-2023, une proportion inférieure à celle observée avant la pandémie (sur la période 2017-2019 : 38,4 % des éclosions et 33,2 % des cas).

Parmi les foyers d'origine virale survenus entre 2021 et 2023, norovirus est prédominant, représentant 7,7 % de l'ensemble des foyers et 20,3 % des cas. À titre de comparaison, en 2017-2019, norovirus était à l'origine de 7,4 % des foyers et de 17,7 % des cas associés à ces foyers. Le nombre de foyers dus à rotavirus a considérablement fluctué au cours de la période étudiée. En 2021, 17 foyers impliquant 81 cas ont été recensés, tandis qu'en 2022, on a observé une multiplication par huit du nombre de foyers et par six du nombre de cas, se rapprochant ainsi des niveaux prépandémiques. En 2023, le nombre de foyers et de cas a diminué par rapport à l'année précédente (31 foyers, 114 cas). Malgré leur nombre limité, ces foyers se caractérisaient par un nombre relativement élevé de cas par foyer. La part des foyers liés aux rotavirus dans le total des foyers est restée faible, passant de 13,8 % en 2017-2019 à 6,9 % en 2021-2023. Sur la période 2021-2023, une proportion élevée de foyers était d'étiologie inconnue (24,2 % des foyers et 25,8 % des cas), une proportion qui a progressivement augmenté pour atteindre 34,3 % (n = 419) en 2023. À titre de comparaison, ce chiffre était de 20 % en 2019.

En 2023, une augmentation des foyers d'étiologie inconnue a été signalée par le PSSE de Gdańsk (125 foyers), contre seulement 4 en 2019. Il s'agissait pour la plupart de foyers de petite taille survenus dans un cadre familial. Entre 2021 et 2023, un total de 5 609 cas liés à des foyers ont nécessité une hospitalisation (soit 27,9 % de l'ensemble des cas associés à des foyers sur cette période). La proportion de personnes hospitalisées au cours de la période susmentionnée se situait entre 26 % et 31 %, un taux comparable à celui observé avant la pandémie de COVID-19 (31 %). Sur le plan étiologique, les taux d'hospitalisation les plus élevés ont été enregistrés lors d'éclosions causées par Clostridioides difficile (78,4 %), le virus de l'hépatite A (69,4 %) et rotavirus (63,8 %). Pour les éclosions à Salmonella, cette proportion était de 25,6 %, contre 8,7 % pour celles d'origine norovirale. Entre 2021 et 2023, comme les années précédentes, les éclosions d'origine alimentaire sont le plus souvent survenues dans un cadre familial : 1 392 foyers ayant entraîné 4 863 cas, soit plus de la moitié de l'ensemble des foyers. La part de cette catégorie était légèrement inférieure à celle observée avant la pandémie, époque où les foyers familliaux représentaient 60,5 % du total ; toutefois, une nouvelle augmentation a été constatée en 2023, ramenant ce taux à un niveau proche de celui d'avant la pandémie (59,8 %). Les infections d'origine bactérienne prédominaient parmi les foyers familliaux, en particulier ceux causés par Salmonella spp., responsables de 50 % des éclosions (n = 697). Une faible

Une faible autre part des infections était causée par des virus : rotavirus (8,5 %, n = 118) et norovirus (3,9 %, n = 54). Il convient de souligner la proportion relativement élevée d'éclosions d'étiologie indéterminée, qui représentaient 28,7 % de l'ensemble des éclosions survenues au sein des foyers familliaux (n = 399). Le deuxième cadre le plus fréquent pour ces foyers était celui des hôpitaux et autres établissements de santé, où 26,6 % des foyers (n = 724) et 5 562 cas ont été recensés. La part de ce groupe a légèrement augmenté par rapport à la période 2017-2019 (20,3 % des éclosions).

Contrairement aux éclosions survenues au sein des foyers familliaux, cette catégorie était dominée par des infections à Clostridioides difficile, responsables de près de 78 % de toutes les éclosions en établissements de santé (n = 564). Les éclosions dans les établissements de restauration collective, les restaurants et les hôtels étaient moins fréquentes (11,6 % de l'ensemble des éclosions et 5 673 cas) ; leur proportion (24,2 %) était comparable à celle observée avant la pandémie.

L'étiologie de ces infections était variée : Salmonella Enteritidis prédominait, tandis que norovirus était également observés de manière sporadique. Dans les crèches et les écoles maternelles, où les éclosions représentaient environ 5 % du total, les infections d'origine virale prédominaient, principalement celles dues à norovirus et rotavirus. En termes de nombre de cas, le chiffre le plus élevé a été enregistré lors d'éclosions survenues dans des établissements de restauration (28,2 % de l'ensemble des cas), suivis par les hôpitaux et autres établissements de santé (27,2 %).

Les vecteurs les plus fréquemment identifiés étaient les œufs et les ovoproduits (94 foyers, soit 2,8 % des foyers sur la période analysée), suivis des gâteaux à la crème sans œufs (n = 31, soit 3 % des foyers) et de la viande et des produits à base de viande (n = 27 ; 0,6 %). En 2023, on a observé une augmentation du nombre de foyers liés aux gâteaux à la crème (20 contre 6 en 2022), tandis que le nombre de foyers impliquant des œufs et des ovoproduits (42 foyers) est resté relativement stable. L'agent étiologique prédominant dans l'ensemble des foyers à vecteur connu était Salmonella Enteritidis (70,4 % de ces foyers). Cette étiologie était particulièrement fréquente dans les foyers impliquant des œufs et des ovoproduits (81,9 %), des gâteaux à la crème (100 %) ainsi que de la viande et des produits à base de viande (85,2 %). Bien qu'ils ne représentent qu'une faible proportion de l'ensemble des foyers, ceux à vecteur connu se caractérisaient par un nombre élevé de cas : 718 cas en 2023, soit 9,4 % du total des cas cette année-là.

En Pologne, des différences ont été observées dans les proportions d'étiologies virales spécifiques à l'origine des foyers. Le taux global d'étiologies virales à l'origine des foyers a diminué, passant de 32,8 % (période pré-pandémique) à 18,2 % (2021-2023). Cette baisse était particulièrement marquée pour les foyers à rotavirus, une tendance à interpréter dans le contexte de la mise en place de la vaccination obligatoire contre le rotavirus en 2021.

Conclusion

L'analyse des données de la période 2021-2023 révèle des modifications de la structure étiologique des foyers de maladies d'origine alimentaire par rapport à la période pré-pandémique, alors que le nombre total de foyers est revenu à un niveau comparable à celui des années précédant la pandémie. Ces changements incluent une proportion croissante de foyers à Clostridioides difficile (CDI), une proportion légèrement plus élevée de foyers d'étiologie inconnue et une diminution de la proportion de foyers d'origine virale, en partie liée à l'introduction de la vaccination contre le rotavirus. Ces résultats soulignent la nécessité de renforcer davantage la surveillance épidémiologique systématique des maladies d'origine alimentaire et d'étendre les capacités de diagnostic en laboratoire dans ce domaine, tout en maintenant des normes élevées d'hygiène hospitalière.

A ce contexte, il faut aussi ajouter des épidémies d'origine zoonotique et agricole en 2026.

- Peste porcine africaine (PPA) : Le nombre de foyers dans les élevages commerciaux a triplé en 2026. Des foyers majeurs ont touché de grandes exploitations, notamment une ferme de très grande taille dans la voïvodie de Poméranie-Occidentale abritant plus de 21 000 porcs, parallèlement à la persistance de cas chez les sangliers.

- Maladie de Newcastle : La Commission européenne a mis à jour en avril 2026 les zones de restriction et de surveillance dans des régions telles que Lubuskie, Śląskie et Wielkopolskie, à la suite de foyers d'infection chez les volailles survenus plus tôt cette année.