Une nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées

«Une nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées», source communiqué de l'Université de Géorgie.

À l'aide de nouveaux outils, un chercheur découvre la diversité bactérienne dans de l'eau douce.

La surveillance des salmonelles dans l'environnement est essentielle car l'eau douce contaminée utilisée pour irriguer les cultures peut transférer des bactéries pathogènes aux produits frais, provoquant des maladies et même la mort. Mais Nikki Shariat, chercheuse à l'Université de Géorgie (UGA), pense que les méthodes traditionnelles de surveillance des salmonelles n'ont pas donné une vue d'ensemble.

Des colonies de Salmonella sur boîte
avec un indicateur rouge

Shariat, professeur adjoint de santé des populations au Collège de médecine vétérinaire de l'UGA, a découvert que les populations de salmonelles en eau douce sont plus diversifiées qu'on ne le pensait auparavant. Et que cette diversité masque les populations cachées de salmonelles qui sont cliniquement importantes.

Dans une étude récente publiée dans Applied and Environmental Microbiology, Shariat a détaillé non seulement l'évolution des populations de salmonelles dans le bassin de la rivière Susquehanna au fil du temps, mais a également découvert des populations cachées qui, jusqu'à présent, n'étaient pas détectées.

À l'aide d'un outil développé dans son laboratoire, CRISPR-SeroSeq (serotyping by sequencing of the CRISPR loci) Shariat et son équipe d'étudiants ont utilisé le séquençage de nouvelle génération pour plonger en profondeur et révéler des populations entières de salmonelles dans un échantillon. Dans 78% des échantillons du bassin de la rivière Susquehanna contenant des salmonelles, l’équipe a découvert huit des 10 principaux sérotypes responsables de maladies humaines du CDC. Il convient de noter que six de ces sérotypes étaient souvent complètement cachés par des types de salmonelles plus abondants et moins cliniquement pertinents. Dans une enquête traditionnelle, ces sérotypes auraient été entièrement manqués.

La rivière Susquehanna fournit 70% de l'eau douce à la baie de Chesapeake, et de grandes étendues de celle-ci et de ses affluents traversent les zones agricoles. Au printemps, la région reçoit des quantités accrues de pluie qui produisent un ruissellement qui alimente en fin de compte les rivières et les ruisseaux qui remplissent la Susquehanna.

C'est ce ruissellement qui, selon les chercheurs, favorise l'augmentation de la quantité de salmonelles retrouvée dans les échantillons prélevés au printemps. Des échantillons uniques contenaient jusqu'à 10 sérotypes de salmonelles, dont beaucoup sont associés à l'élevage.

«Chez les animaux destinés à l'alimentation, nous savons que lorsque Salmonella se développe, de nombreux sérotypes survivent. Et dans mon travail avec la volaille et d'autres animaux destinés à l'alimentation ici à l'UGA, nous avons vu plusieurs sérotypes présents dans un seul échantillon», a déclaré Shariat. «Mais Salmonella est adapté pour se développer dans l'intestin des animaux, pas dans l'eau douce. Nous voulions voir quelle diversité pouvait être retrouvée dans l'eau.»

En règle générale, lorsqu'un environnement est étudié pour Salmonella, des échantillons sont collectés, cultivés pour être enrichis, puis étalés sur des boîtes de milieu gélosé indicatrices et sélectives. «Sur ces boîtes, Salmonella se développent généralement sous forme de colonies noires distinctes», a dit Shariat, «et les colonies individuelles sont prélevées sur la boîte et caractérisées par leur sérotype.»

Un chercheur sélectionne une ou deux colonies sur la boîte à caractériser, ce qui signifie que seuls les sérotypes les plus abondants sont identifiés. Mais, comme les recherches de Shariat l’ont continuellement constaté, cette méthode ne fait qu’effleurer la surface d’une population large et diversifiée de salmonelles.

«En utilisant la méthode sur boîte, vous devrez peut-être choisir des centaines de colonies distinctes pour trouver une trace de ces sérotypes de fond», a dit Shariat. «Ce serait impossible sur le plan logistique et très coûteux.» À l'aide de CRISPR-SeroSeq, l'équipe peut classer et caractériser tous les sérotypes identifiables dans un seul échantillon. «Ce qui était impressionnant dans notre travail sur la Susquehanna, c'est que plus de 80% des échantillons contenant des salmonelles comprenaient en fait plus d'un type de salmonelles.»

Dans de futures études, l'équipe espère approfondir la question de la longévité des salmonelles en eau douce et de la distance qu'elle peut parcourir dans un bassin versant.

Mise à jour du 13 juillet 2021. On lira cet article de Food Safety News, Study finds that traditional sampling methods miss harmful salmonella.

L'Italie enregistre près de 80 cas de SHU en 12 mois

« L'Italie enregistre près de 80 cas de SHU en 12 mois », source Food Safety News.

Près de 80 cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) ont été enregistrés entre juillet 2019 et juin 2020 en Italie.

Les 77 patients venaient de 17 régions du pays tandis qu'une personne a contracté le SHU à l'étranger. Les taux de notification variaient selon les régions, mais étaient les plus élevés dans la Vallée d'Aoste et supérieurs à 1 cas pour 100 000 en Basilicate, Calabre, Ligurie, Lombardie, Marches, Trente et Bolzano.

Soixante-dix des personnes touchées avaient moins de 15 ans. L'âge médian des patients au début clinique de la maladie était de 2 ans et 7 mois au cours des 12 derniers mois et de la dernière décennie.

Le SHU est une maladie grave qui peut entraîner une insuffisance rénale, des problèmes de santé permanents et même la mort. Selon les Centers for Disease Control and Prevention des Etats-Unis, il est le plus souvent déclenché par une infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC).

Les premiers symptômes comprennent une diminution du débit urinaire, la diarrhée et une sensation de lenteur et de fatigue. Le SHU se développe généralement une à deux semaines après les premiers symptômes d'une infection à E. coli.

La forte hausse de STEC O80 et impact de confinement

Dans 49 des 75 cas de SHU examinés pour des STEC entre juillet 2019 et juin 2020, il a été possible de confirmer le diagnostic d'infection à STEC. Parmi ceux-ci, les sérogroupes STEC dits du top-5, O26, O157, O111, O145 et O103 dominent, représentant 89% des STEC identifiés dans les cas de SHU, le principal sérotype étant O26.

Au cours des 12 derniers mois, la fréquence du diagnostic d'infection à STEC O80 a triplé par rapport aux 10 années précédentes. Bien que le nombre de cas soit limité, STEC O80 est considéré comme un sérogroupe émergent en Europe.

Au cours de la période étudiée, la majorité des cas de SHU se situaient au deuxième semestre de 2019 avec plus de 70% du total. Il y avait une tendance saisonnière similaire par rapport aux 10 années précédentes, bien que le nombre global de patients soit plus élevé et qu'il y ait eu un pic saisonnier retardé par rapport au saut estival des années précédentes.

Au cours des premiers mois de 2020, il y a eu plus d'infections que la prévision saisonnière, suivie d'une baisse marquée au cours du trimestre de mars à mai, coïncidant avec le confinement dû à la pandémie de COVID-19. Le nombre total de cas par rapport à ce qui était attendu a été divisé par deux, passant d'une moyenne de 11 à cinq. En juin, le nombre de patients semblait conforme aux prévisions saisonnières.

NB : En France, selon Santé publique de France, le nombre de cas de syndrome hémolytique et urémique pédiatrique notifiés en 2018 (derniers chiffres connus) est stable.

En 2018, 154 cas de syndrome hémolytique et urémique pédiatrique ont été notifiés à Santé publique France.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Typage de Salmonella et les laboratoires nationaux de référence de l'UE

« Deux laboratoires rencontrent des problèmes dans le typage de Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 7 mai 2020 dans Food Safety News.

Selon un nouveau rapport, deux laboratoires n'ont pas obtenu de bonnes performances lors du test de contrôle qualité initial de 2018 sur le typage de Salmonella.

Les laboratoires nationaux de référence (LNR) des États membres de l'UE participent à des tests de contrôle de la qualité qui consistent en des tests de compétence sur Salmonella. La performance est évaluée chaque année en testant la capacité d'identifier 20 souches de Salmonella. L'objectif est d'évaluer si le typage des souches de Salmonella par les laboratoires a été effectué de manière uniforme et si des résultats comparables ont été obtenus.

En plus de la méthode standard de typage de Salmonella qui est le sérotypage, 12 laboratoires ont effectué un typage au niveau de l'ADN en utilisant l'électrophorèse sur en champ pulsé (PFGE).

Bien que les laboratoires n'aient pas été identifiés, l'un était un LNR de l’UE et l'autre un LNR non de l’UE. L'un d'eux a signalé une fréquence de sérotypage quotidienne avec 6 000 souches sérotypées en 2018 et 450 souches PFGE typées. L'autre laboratoire a enregistré une fréquence de trois fois par semaine avec 400 souches sérotypées en 2018.

L'étude de suivi du sérotypage en mars et avril 2019 a impliqué le typage d'un ensemble supplémentaire de 10 souches de Salmonella. Les résultats ont montré que les deux participants ont réalisé une bonne performance. Le critère de cette performance est inférieur à quatre points de pénalité, qui sont donnés pour un typage incorrect des souches. Aucun LNR de l'UE n'a obtenu une performance «non bonne» dans les études de 2016 ou 2017.

Sérotypage et résultats par PFGE

L'Albanie, la Macédoine du Nord et la Serbie, pays candidats à l'adhésion à l'UE, l'Islande, la Norvège et la Suisse, pays de l'AELE, et Israël ont participé à l'évaluation 2018 organisée par le Laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL) pour Salmonella. Le laboratoire d eréférence de l’UE pour Salmonella se trouve à l'Institut national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) aux Pays-Bas.

Les 36 laboratoires ont effectué le sérotypage. Les antigènes O ont été typés correctement par 28 des 35 participants. Cela correspond à 98% du nombre total de souches. Les antigènes H ont été typés correctement par 23 des 35 laboratoires, ce qui correspond à 97% du nombre de souches. En conséquence, 20 participants ont donné les noms des sérovars corrects, correspondant à 96% de toutes les souches évaluées.

Le sérotypage de Salmonella Cannstatt (1,3,19:m,t:-) a causé le plus de problèmes dans l'étude avec 10 participants ayant des problèmes.

Pour la sixième et dernière fois, l'étude a également inclus le typage PFGE. La PFGE est une méthode de typage plus détaillée parfois nécessaire pour retrouver la source d'une contamination. Pour le contrôle de la qualité, les participants ont reçu 11 autres souches de Salmonella à tester par cette méthode. Dix des 12 laboratoires étaient équipés pour utiliser la méthode PFGE.

Dans l'ensemble, 82% des scores étaient bons ou excellents. Cependant, deux des 12 images ont donné un mauvais score sur au moins un des sept paramètres. Selon le rapport, les deux images ne conviendraient pas pour la comparaison de la base de données inter-laboratoires de ces profils PFGE.

Évaluation par l’ECDC de Salmonella

Les résultats d'une évaluation différente du typage de Salmonella ont également été publiés par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Il était destiné aux laboratoires nationaux de référence en santé publique du réseau des maladies d'origine alimentaire et hydrique et des zoonoses de l'ECDC (FWD-Net) et organisé par le Statens Serum Institut au Danemark entre juin et octobre 2018.

La salmonellose était la deuxième zoonose la plus courante dans l'UE en 2017 avec plus de 90 000 cas. De 2008 à 2017, une tendance à la baisse des cas confirmés a été observée pour 25 pays qui ont systématiquement signalé au cours de la période. Cependant, entre 2013 et 2017, la tendance générale n'a montré aucune augmentation ou diminution significative.

Cette série a évalué la capacité des laboratoires à effectuer une analyse MLVA pour Salmonella Enteritidis et à identifier un groupe basé sur le typage moléculaire par PFGE, MLVA et/ou des données dérivées du séquençage du génome entier (WGS).

Sur les 26 participants qui se sont inscrits, 23 l'ont complété et ont soumis leurs résultats.

Dix des 23 laboratoires ont effectué le typage MLVA de Salmonella Typhimurium, mais seulement deux ont signalé des profils alléliques corrects pour les 10 isolats testés. Dix des 23 participants ont effectué un typage MLVA de Salmonella Enteritidis et sept ont enregistré les profils alléliques corrects pour tous les isolats testés.

Le nombre de participants à l’analyse MLVA pour Salmonella Typhimurium était inférieur à celui des années précédentes. Cela reflète une tendance, où davantage de laboratoires passent à la surveillance basée sur le WGS et à la détection des épidémies en utilisant le WGS au lieu de l’analyse MLVA, selon l'ECDC.

Treize participants ont effectué l'analyse des groupes d’isolats à l'aide de données dérivées de la PFGE et neuf ont correctement identifié les groupes d'isolats étroitement apparentés.

Plusieurs résultats incorrects et challenges de la méthode PFGE mettent en évidence le problème que de nombreux laboratoires utilisent encore, et continueront probablement à utiliser, la méthode PFGE pendant plusieurs années. La valeur ajoutée de cette méthode est de faire le lien entre les bases de données historiques PFGE et les données WGS, selon le rapport.

Douze laboratoires ont effectué une analyse des isolats groupés en utilisant des données dérivées du WGS et 10 ont correctement identifié le groupe d'isolats étroitement apparentés parmi les 12 isolats testés.

Selon le rapport, il existe des difficultés dans la comparabilité interlaboratoires entre les États membres en ce qui concerne la surveillance et les investigations sur les éclosions lorsque différentes méthodes sont utilisées. Malgré l'utilisation croissante du WGS comme outil de typage pour les grandes épidémies, de nombreux laboratoires utilisent encore la PFGE pour la surveillance primaire et l'investigation des épidémies.

De nouveaux tests détectent les sérotypes de Salmonella en quelques minutes

« De nouveaux tests détectent les sérotypes de Salmonella en quelques minutes », source communiqué de l’Universityof New South Wales (UNSW) du 28 avril 2020.

Des chercheurs de l'UNSW ont créé de nouveaux tests ADN pour accélérer la détection de Salmonella et, à l'avenir, identifier la source d'épidémies d'intoxication alimentaire.

Des chercheurs de l'UNSW Sydney ont développé une série de tests ADN précis et hautement sensibles qui peuvent identifier les cinq sérotypes de Salmonella les plus courants en Australie.

Salmonella est l'une des causes les plus fréquentes de maladies d'origine alimentaire dans le monde, y compris en Australie.

Ces nouveaux tests détectent rapidement l'ADN en huit minutes et fonctionnent à température constante, contrairement à d'autres méthodes qui nécessitent un équipement spécialisé pour le cycle de température.

En attendant d'autres recherches, les scientifiques affirment que leurs tests pourraient aider les laboratoires de santé publique et de l'industrie à freiner la propagation des épidémies à Salmonella à l'avenir.

L’étude, Highly Sensitive and Specific Detection and Serotyping of Five Prevalent Salmonella Serovars by Multiple Cross-Displacement Amplification, publiée dans The Journal of Molecular Diagnostics, surmonte la méthode de la culture bactérienne traditionnelle coûteuse et laborieuse et ouvre la voie à des tests accélérés directement à partir d'échantillons.

L'auteur principal, le professeur Ruiting Lan, de l'École de biotechnologie et des sciences biomoléculaires de l'UNSW, a dit que les nouveaux tests pourraient jouer un rôle essentiel dans le traçage rapide et précis de l'origine des futures infections à Salmonella.

« Il est essentiel pour les enquêteurs en santé publique d'avoir un moyen simple et rapide de rechercher l’origine des épidémies à Salmonella - ainsi, la capacité de tester différents sérotypes de Salmonella est importante », a déclaré le professeur Lan.

« Salmonella, que ce soit dans un échantillon clinique ou alimentaire - même dans des matières fécales - peut exister en quantités infimes et nécessite des méthodes très sensibles pour être détectées. »

« Notre méthode améliorée d'amplification par déplacements multiples croisés (MCDA pour Multiple Cross Displacement Amplification) peut détecter de minuscules quantités d'ADN rapidement et à température constante, ce qui en fait un excellent choix pour un test de détection bactérienne simple, rapide et sensible. »

« Il s'agit d'une nette amélioration par rapport au test MCDA existant pour Salmonella qui ne fait pas de distinction entre les différents sérotypes de Salmonella. »

Sérotypes courants de Salmonella

En 2017, plus de 16 000 cas d'intoxication à Salmonella ont été rapportés en Australie - une augmentation de 30% par rapport à la moyenne décennale précédente - alors que le taux est estimé à 185 cas pour 100 000 personnes, par an.

Cinq sous-types de Salmonella, appelés sérotypes, ont causé plus de 85% des infections en 2017.

Le premier auteur Xiaomei Zhang, en PhD à l'UNSW, a déclaré que la nouvelle méthode de détection peut identifier les cinq sérotypes les plus courants de Salmonella et sera cruciale pour aider à maîtriser la propagation de l'infection pendant les épidémies.

« Des milliers de sérotypes de Salmonella existent, mais nous avons développé et évalué sept tests MCDA pour la détection et la différenciation rapides des cinq sérotypes de Salmonella les plus courants en Australie: S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Virchow, S. Saintpaul et S. Infantis », A déclaré Zhang.

« Il est important de pouvoir détecter les différents sérotypes, car certains sont plus susceptibles d'être associés à des infections locales tandis que d'autres sont plus susceptibles d'être associés à des cas importés. »

« De plus, au moins deux de ces sérotypes - S. Typhimurium et S. Enteritidis - sont également les sérotypes de Salmonella les plus répandus dans le monde. Ainsi, nos recherches sont applicables à d'autres régions et pays. »

« Un autre avantage est le fait que nos tests ne nécessitent pas d'équipement de détection spécialisé, simplifiant ainsi une future application en milieu clinique ou industriel. »

Des tests à l'épreuve du temps

Le professeur Lan a déclaré que les nouveaux tests ADN développés dans l'étude étaient uniques car les marqueurs génétiques utilisés ont été sélectionnés à partir de l'analyse de milliers de génomes de Salmonella.

« Ces marqueurs sont spécifiques aux sérotypes donnés et donc à l'épreuve du temps de nos nouveaux tests, car le sérotypage traditionnel basé sur la culture est en voie d'élimination », a-t-il déclaré.

Le professeur Lan a déclaré que l'équipe était impatiente de poursuivre ses recherches par des essais sur le terrain.

« Les performances des tests MCDA justifient une validation supplémentaire - donc, il reste du travail à faire », a-t-il dit.

« Le test a été développé en utilisant des cultures pures. Il devra être validé à l'aide d'échantillons dans les milieux de la santé, de l'environnement et de l'industrie alimentaire. »

« Il est difficile de savoir quand nos tests deviendront disponibles, mais ils font partie de la tendance mondiale vers des tests de diagnostic indépendants de la culture qui peuvent identifier les bactéries causant une maladie d'origine alimentaire sans avoir besoin de cultiver les bactéries dans un laboratoire. »

« En fin de compte, nos tests pourraient être utilisés dans le diagnostic clinique pour déterminer les sérotypes courants qui causent la salmonellose, pour analyser les tendances des sérotypes pour la surveillance de la santé publique, et ils pourraient également avoir une application dans l'industrie alimentaire. »

Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA

« Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA », source article de Joe Whitworth paru le 31 janvier 2020 dans Food Safety News.

Selon un avis scientifique de l'EFSA, toutes les souches de E. coli producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement associées à une maladie grave.

Bien que le sérotype soit important dans le suivi épidémiologique, y compris l'incidence, l'émergence de nouveaux clones et la détection et l'investigation des épidémies, il n'est pas possible d'exclure la pathogénicité ou la possibilité d'une maladie grave sur la base de ces informations, selon l'agence européenne.

L'avis a révélé que tous les sous-types de STEC peuvent être associés à des maladies graves telles que le syndrome hémolytique et urémique (SHU), la diarrhée sanglante et l'hospitalisation. Bien que stx2a ait enregistré les taux les plus élevés, tous les autres sous-types de shigatoxines (stx), pour lesquels les données étaient suffisantes, étaient associés à au moins un de ces résultats de maladie grave. Il existe quatre sous-types stx1 et 12 stx2.

La présence d'intimine (gène eae) était un facteur aggravant, mais ce marqueur de virulence n'était pas toujours indispensable en cas de maladie grave. La combinaison minimale de gènes requise pour provoquer une maladie grave est inconnue.

Sérogroupes et sources d'épidémies

Un avis de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) sur la pathogénicité des STEC en 2013 préconisait une approche moléculaire dans laquelle la présence de eae ou aaic et aggR était associée à un risque « élevé » pour les sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 et O104 ou un risque inconnu de maladie grave.

De 2012 à 2017, 330 éclosions à STEC ont été rapportées dans 18 pays d'Europe, impliquant 2 841 cas, 463 hospitalisations et cinq décès. Le véhicule alimentaire a été identifié dans 164 foyers.

L'analyse de l'attribution de la source, basée sur des données épidémiologiques de « preuves solides » au cours de cette période, suggère que « la viande bovine et ses produits, le lait et les produits laitiers, l'eau du robinet, y compris l'eau de puits et les légumes, les fruits et leurs produits sont les principales sources d'infections aux STEC mais un classement n'a pas pu être fait en raison de données insuffisantes. D'autres aliments sont également potentiellement associés aux infections à STEC, mais se classent plus bas. »

Dans au moins six des 14 foyers liés au lait et aux produits laitiers, la source réelle était le lait cru. La plupart des éclosions liées à l’eau du robinet, y compris d’eau de puits, se sont produites dans un pays.

Dans l'UE, les cinq principaux sérogroupes d'infections humaines aux STEC de 2012 à 2017 étaient O157, O26, O103, O91 et O145. Les sérogroupes les plus fréquemment associés aux infections sévères (SHU, hospitalisation ou BD) étaient O157 et O26. Les sérogroupes O111, O80 et O145 étaient parmi les cinq les plus fréquemment rapportés dans les cas de SHU, O145, O103 et O111 dans les cas hospitalisés et O103, O145 et O91 dans les cas de diarrhée sanglante. Au total, 49, 88 et 95 différents sérogroupes O ont été signalés respectivement dans les cas de SHU, d'hospitalisation et de diarrhée sanglante.

Aux États-Unis, les sérogroupes de STEC associés à la maladie humaine sont O157, O26, O45, O103, O111, O121 et O145, selon le CDC.

Surveillance, détection et notification

L'ISO/TS 13136:2012 est en cours de révision. La norme révisée sera divisée en deux parties, l'une sur la détection et l'isolement des STEC des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, tandis que la deuxième partie contiendra des spécifications pour la caractérisation des souches isolées de STEC.

La plupart des méthodes d'enrichissement actuelles ont été développées pour STEC O157 et peuvent inhiber d'autres STEC.

Les méthodes moléculaires pour le ciblage, la détection, la confirmation et/ou la caractérisation des STEC comprennent la réaction en chaîne par polymérase (PCR), la PCR en temps réel, d'autres méthodes génétiques basées sur la PCR et le séquençage métagénomique, mais toutes ont des limites, notamment un manque de sensibilité et de sélectivité et de fiabilité qui pourraient être surmontées en utilisant le séquençage du génome entier.

Les systèmes de surveillance des infections à STEC ont une couverture nationale dans tous les pays sauf la France, Italie et Espagne. L'avis stipule que la surveillance des STEC devrait garantir que tous les États membres collectent des données sur toutes les infections aux STEC et pas seulement sur les cas de SHU.

Les experts ont déclaré qu'une refonte majeure des tests et des rapports actuels sur les STEC pour les isolats d'animaux, de denrées alimentaires, d'aliments pour animaux et humains est nécessaire dans l'UE.

« Un critère microbiologique a été défini pour les germes uniquement, tandis que la déclaration de la présence de STEC dans les denrées alimentaires restantes ainsi que dans les échantillons d'animaux n'est décrite de manière générique que dans la directive 2003/99/CE, une situation qui devrait changer pour faciliter une meilleure compréhension des sources, de la pathogénicité et de l'émergence de nouvelles souches. »

« Le cadre des analyses de STEC au sein de l'UE devrait être harmonisé, y compris les stratégies d'échantillonnage, les méthodes d'échantillonnage et les rapports. Cela nécessitera que tous les États membres utilisent les mêmes systèmes de définition de cas et d'enquête sur les éclosions. En outre, il devrait être obligatoire de déclarer toutes les données (animaux, aliments pour animaux, denrées alimentaires et cas humains) à l'EFSA/ECDC et cela devrait être appliqué par tous les États membres. »

La limite réglementaire pour les graines germées est STEC O157, O26, O111, O103, O145 et O104:H4 qui doit être « absent dans 25 grammes » pour les graines germées mis sur le marché pendant leur durée de conservation.

NB : La photo est issue du Helmholtz Centre for Infection Research. © HZI/Manfred Rohde.

Détection d'un nouveau type de Salmonella isolé au cours d’une éclosion liée à de la pâte de sésame à tartiner ou les aventures d'un nouveau type de Salmonella

« Détection d'un nouveau type de Salmonella isolé au cours d’une éclosion », source Food Safety News.

Selon des chercheurs, la détection de Salmonella enterica lors d'une éclosion a été facilitée par le fait qu'il s'agissait d'un nouveau sérotype.

L'épidémie de salmonellose a enregistré 47 cas confirmés dans cinq pays européens entre mars 2016 et avril 2017. Sept autres cas d’infection ont été enregistrées entre mai et septembre 2017. Une investigation a suggéré une contamination croisée entre différents lots de graines de sésame dans une grande entreprise de transformation grecque.

Les chercheurs, écrivant dans Eurosurveillance, ont déclaré qu’un même schéma épidémique avec un sérotype courant comme Enteritidis aurait probablement été détecté beaucoup plus tard ou pas du tout sans des données de typage hautement discriminantes. Les dates et la propagation géographique des cas de maladies en dehors de la Grèce ressemblaient également à des cas sporadiques.

Nouveau membre de la famille? Salmonella Vari

En 2016, la Grèce a signalé une épidémie causée par un sérotype de Salmonella non décrit auparavant. Entre mars et mai 2016, le Laboratoire de référence national grec pour Salmonella et Shigella à Vari, une banlieue d'Athènes, a détecté 16 isolats de Salmonella de formule antigénique 11:z41:e,n,z15 partageant un profil PFGE impossible à distinguer.

Le Centre collaborateur de référence et de recherche sur Salmonella de l’Organisation mondiale de la santé à l’Institut Pasteur en France, a confirmé un nouveau sérotype de Salmonella. Le nom proposé est Salmonella Vari.

Les investigations épidémiologiques initiales n’ont pas révélé de lien entre les cas. Les résultats d'une étude de cas ont fourni des preuves de la présence probable de tahini, une pâte à tartiner à base de graines de sésame décortiquées, moulues et grillées, en tant que véhicule probable de l'infection en Grèce. Cependant, il n'a pas été possible d'identifier une seule marque de produit ou un lieu d'achat pour le tahini et aucun isolat alimentaire n'a été récupéré à des fins d’analyses.

Entre mai 2016 et avril 2017, l'Allemagne, le Luxembourg, le Royaume-Uni et la République tchèque ont signalé des infections à salmonellose avec le nouveau sérotype. Sur 47 cas liés à l’éclosions, 22 étaient de Grèce, 13 d’Allemagne, cinq de République Tchèque, quatre du Luxembourg et trois du Royaume-Uni Sur les 26 informations disponibles, 12 personnes ont été hospitalisées.

Produit rappelé par les autorités luxembourgeoises en mars 2017.

Sept des neuf patients interrogés, tous les cinq en Allemagne et deux sur quatre au Luxembourg, ont indiqué avoir consommé une marque particulière de sésame sucré à tartiner. La pâte à tartiner de sésame a été contrôlée positif pour Salmonella spp. en mars 2017 et le produit a été rappelé.

Des cas d’infections ont eu lieu dans des pays où le produit n’était pas distribué

Sept autres cas d’infection par le nouveau sérotype ont été découverts entre mai et septembre 2017, dont deux en France, deux autres en Grèce et un en Allemagne, un au Luxembourg et un en Serbie. La contamination croisée dans l'entreprise grecque signifie que d'autres produits pouvaient être des vecteurs d'infection. Cela pourrait expliquer des cas de maladie dans des pays où le produit n'a pas été distribué tels que la Grèce, la République Tchèque, le Royaume-Uni et la Serbie.

En mars 2016, des sushis avec des graines de sésame étaient positifs pour le nouveau sérotype via un contrôle de l'entreprise effectué dans un laboratoire privé au Royaume-Uni, mais les tests de suivi n'ont révélé la présence de Salmonella dans aucun des 24 ingrédients, y compris trois types de graines de sésame. Public Health England a utilisé ‘Salmonella non nommée’ pour le nouveau sérotype, ce qui a retardé la recherche du lien entre l'isolat du sushi et l'épidémie.

Huit pots de pâte de sésame à tartiner ont été collectés en Allemagne. Au Luxembourg, un pot a été acheté chez un distributeur. Les neuf pots provenaient du même lot, le seul sur le marché à cette époque, et le nouveau sérotype avait été retrouvé dans tous les pots. Salmonella spp. variait de 77 à 160 unités formant colonies (ufc) par gramme de sésame réparti dans trois pots non ouverts.

La pâte de sésame à tartiner positive pour Salmonella avait atteint une date limite avant le 1er février 2018 et a été produite en Grèce avec des graines de sésame du Soudan. Les graines ont été récoltées au Soudan en juin 2015 et sont arrivées chez la société grecque en novembre 2015. Le tahini fait à partir de ces graines a été produit le 18 mars 2016. Il a été stocké dans des tanks sur palette plastique jusqu'au 21 mars, puis mélangé à du d’autres ingrédients de la pâte de sésame à tartiner, sucre, huile de de coton et lécithine de soja.

Le produit a été versé dans des bocaux en verre traités aux ultraviolets avant remplissage, sans les bouchons. Des graines de sésame restantes ont été utilisées pour produire de l'huile de sésame et ont été décortiquées ainsi que des graines grillées.

La pâte de sésame a été livrée en Allemagne en mars 2016 et distribué en Autriche, Belgique, Estonie, France, Luxembourg, Portugal et Suisse. Il était disponible dans les magasins d'aliments spécialisés dans la santé et dans des boutiques en ligne à partir de mars 2016.

Graines de sésame du Nigeria

En décembre 2016, une livraison de graines de sésame de Grèce vers l’Allemagne a donné un résultat positif à la recherche de Salmonella 11:z41:e,n,z15 lors d’une vérification de routine par l'entreprise en Allemagne. Le lot contaminé a été renvoyé à la société de distribution en Grèce.

Ces graines de sésame provenaient du Nigéria et ont été récoltées en janvier 2016. En septembre 2016, les graines sont arrivées dans la même société grecque. Elles ont été expédiés à une entreprise allemande par le biais de sept livraisons, mais ils provenaient du même lot.

Les graines de cette livraison n’ont jamais été livrées au consommateur et ne pouvaient expliquer les cas. Les six livraisons restantes ont donné un résultat négatif à Salmonella spp. et ont ensuite été distribuées.

La société grecque, une grande entreprise de transformation de graines de sésame qui distribue des gaines et des produits dans divers pays européens, a reçu la visite des autorités grecques. Tous les contrôles de l'entreprise concernant Salmonella spp. étaient négatifs.

On ne sait toujours pas comment une contamination croisée entre la pâte à tartiner à base de sésame et les graines de sésame du Nigeria a été possible dans l'entreprise et pourquoi la stérilisation n'a pas été pas efficace pour prévenir les salmonelloses.

À la suite de l'investigation sur l'épidémie, la Commission européenne a inclus les graines de sésame du Nigeria, du Soudan et de l'Ouganda dans la liste des denrées alimentaires d'origine non animale soumises à des contrôles officiels renforcés sur les importations en raison d'une possible contamination par Salmonella.

Épidémiologie mondiale des sérotypes de Salmonella dans les aliments d'origine animale, selon une méta-analyse

Une étude récente parue dans Applied and environmental Microbiology, un journal de l’American Society for Microbiology, traite de « Épidémiologie mondiale des sérotypes de Salmonella dans les aliments d'origine animale: une méta-analyse ».

Résumé

Salmonella spp. sont parmi les agents pathogènes d'origine alimentaire les plus importants et la troisième cause de mortalité humaine parmi les maladies diarrhéiques dans le monde.

Les animaux sont la principale source de cet agent pathogène, et les aliments d'origine animale sont la principale voie de transmission à l'homme.

Par conséquent, la compréhension de l'épidémiologie mondiale des sérotypes de Salmonella est essentielle pour maîtriser et surveiller cette bactérie.

Dans ce contexte, cette étude visait à évaluer la prévalence et la diversité des sérovars de Salmonella enterica dans les aliments d'origine animale (bœuf, porc, volaille et fruits de mer) sur les cinq continents (Afrique, Amériques [Amérique du Nord et Latine], Asie, Europe et Océanie).

La méta-analyse consistait en une évaluation chimiométrique (analyse hiérarchique des cas groupés et une analyse des composantes principales) permettant d'identifier les principales constatations épidémiologiques, y compris la prévalence et la diversité des sérovars de Salmonella dans chaque matrice.

En ce qui concerne la distribution des sérovars, S. Typhimurium a présenté une distribution cosmopolite, rapportée dans les quatre matrices et continents évalués; la volaille continue de jouer un rôle central dans la dissémination du sérovar Enteritidis à l'homme, et Anatum et Weltevreden ont été les plus fréquemment retrouvés respectivement dans la viande bovine et les fruits de mer.

De plus, nous avons recommandé une surveillance attentive de certains sérotypes, tels que Derby, Agona, Infantis et Kentucky.

Enfin, compte tenu des données scientifiques concernant les sérovars les plus fréquemment signalés et des matrices constituant les principaux vecteurs de la transmission de cet agent pathogène, les programmes de contrôle peuvent être améliorés et des interventions spécifiques mises en œuvre pour tenter de réduire le risque que cet agent pathogène atteigne les humains.

Importance

La salmonellose est causée par Salmonella spp. et est la troisième cause de décès parmi les maladies transmises par les aliments. Ce pathogène est généralement disséminé chez les animaux domestiques et sauvages et les symptômes de l’infection sont caractérisés par une fièvre aiguë, des nausées, des douleurs abdominales et une diarrhée. Les animaux sont la principale source de salmonelles et les aliments d'origine animale sont la principale voie de transmission à l'homme.

Par conséquent, les données collectées à partir de ces sources pourraient contribuer aux futures interventions mondiales pour un contrôle et une surveillance efficaces de Salmonella tout au long de la chaîne alimentaire.

À la lumière de ceci, l’importance de notre recherche est d’identifier la prévalence des sérotypes de Salmonella dans quatre matrices alimentaires d’origine animale (porc, volaille, bœuf et fruits de mer) et d’évaluer l’importance de chaque matrice comme source principale de cet agent pathogène pour l'homme.