Selon
un nouveau rapport,
deux laboratoires n'ont pas obtenu de bonnes performances lors du
test de contrôle qualité initial de 2018 sur le typage de
Salmonella.
Les
laboratoires nationaux de référence (LNR) des États membres de
l'UE participent à des tests de contrôle de la qualité qui
consistent en des tests de compétence sur Salmonella. La
performance est évaluée chaque année en testant la capacité
d'identifier 20 souches de Salmonella. L'objectif est
d'évaluer si le typage des souches de Salmonella par les
laboratoires a été effectué de manière uniforme et si des
résultats comparables ont été obtenus.
En
plus de la méthode standard de typage de Salmonella qui est
le sérotypage, 12 laboratoires ont effectué un typage au niveau de
l'ADN en utilisant l'électrophorèse sur en champ pulsé (PFGE).
Bien
que les laboratoires n'aient pas été identifiés, l'un était un
LNR de l’UE et l'autre un LNR non de l’UE. L'un d'eux a signalé
une fréquence de sérotypage quotidienne avec 6 000 souches
sérotypées en 2018 et 450 souches PFGE typées. L'autre laboratoire
a enregistré une fréquence de trois fois par semaine avec 400
souches sérotypées en 2018.
L'étude
de suivi du sérotypage en mars et avril 2019 a impliqué le typage
d'un ensemble supplémentaire de 10 souches de Salmonella. Les
résultats ont montré que les deux participants ont réalisé une
bonne performance. Le critère de cette performance est inférieur à
quatre points de pénalité, qui sont donnés pour un typage
incorrect des souches. Aucun LNR de l'UE n'a obtenu une performance
«non bonne» dans les études de 2016 ou 2017.
Sérotypage
et résultats par PFGE
L'Albanie,
la Macédoine du Nord et la Serbie, pays candidats à l'adhésion à
l'UE, l'Islande, la Norvège et la Suisse, pays de l'AELE, et Israël
ont participé à l'évaluation 2018 organisée par le Laboratoire de
référence de l'Union européenne (EURL) pour Salmonella.
Le
laboratoire d eréférence de l’UE pour Salmonella
se trouve à l'Institut
national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) aux
Pays-Bas.
Les
36 laboratoires ont effectué le sérotypage. Les antigènes O ont
été typés correctement par 28 des 35 participants. Cela correspond
à 98% du nombre total de souches. Les antigènes H ont été typés
correctement par 23 des 35 laboratoires, ce qui correspond à 97% du
nombre de souches. En conséquence, 20 participants ont donné les
noms des sérovars corrects, correspondant à 96% de toutes les
souches évaluées.
Le
sérotypage de Salmonella Cannstatt (1,3,19:m,t:-) a causé le
plus de problèmes dans l'étude avec 10 participants ayant des
problèmes.
Pour
la sixième et dernière fois, l'étude a également inclus le typage
PFGE. La PFGE est une méthode de typage plus détaillée parfois
nécessaire pour retrouver la source d'une contamination. Pour le
contrôle de la qualité, les participants ont reçu 11 autres
souches de Salmonella à tester par cette méthode. Dix des 12
laboratoires étaient équipés pour utiliser la méthode PFGE.
Dans
l'ensemble, 82% des scores étaient bons ou excellents. Cependant,
deux des 12 images ont donné un mauvais score sur au moins un des
sept paramètres. Selon le rapport, les deux images ne conviendraient
pas pour la comparaison de la base de données inter-laboratoires de
ces profils PFGE.
Évaluation
par l’ECDC de Salmonella
Il
était destiné aux laboratoires nationaux de référence en santé
publique du réseau des maladies d'origine alimentaire et hydrique et
des zoonoses de l'ECDC (FWD-Net) et organisé par le Statens Serum
Institut au Danemark entre juin et octobre 2018.
La
salmonellose était la deuxième zoonose la plus courante dans l'UE
en 2017 avec plus de 90 000 cas. De 2008 à 2017, une tendance à la
baisse des cas confirmés a été observée pour 25 pays qui ont
systématiquement signalé au cours de la période. Cependant, entre
2013 et 2017, la tendance générale n'a montré aucune augmentation
ou diminution significative.
Cette
série a évalué la capacité des laboratoires à effectuer une
analyse MLVA pour Salmonella Enteritidis et à identifier un
groupe basé sur le typage moléculaire par PFGE, MLVA et/ou des
données dérivées du séquençage du génome entier (WGS).
Sur
les 26 participants qui se sont inscrits, 23 l'ont complété et ont
soumis leurs résultats.
Dix
des 23 laboratoires ont effectué le typage MLVA de Salmonella
Typhimurium, mais seulement deux ont signalé des profils alléliques
corrects pour les 10 isolats testés. Dix des 23 participants ont
effectué un typage MLVA de Salmonella Enteritidis et sept ont
enregistré les profils alléliques corrects pour tous les isolats
testés.
Le
nombre de participants à l’analyse MLVA pour Salmonella
Typhimurium était inférieur à celui des années précédentes.
Cela reflète une tendance, où davantage de laboratoires passent à
la surveillance basée sur le WGS et à la détection des épidémies
en utilisant le WGS au lieu de l’analyse MLVA, selon l'ECDC.
Treize
participants ont effectué l'analyse des groupes d’isolats à
l'aide de données dérivées de la PFGE et neuf ont correctement
identifié les groupes d'isolats étroitement apparentés.
Plusieurs
résultats incorrects et challenges de la méthode PFGE mettent en
évidence le problème que de nombreux laboratoires utilisent encore,
et continueront probablement à utiliser, la méthode PFGE pendant
plusieurs années. La valeur ajoutée de cette méthode est de faire
le lien entre les bases de données historiques PFGE et les données
WGS, selon le rapport.
Douze
laboratoires ont effectué une analyse des isolats groupés en
utilisant des données dérivées du WGS et 10 ont correctement
identifié le groupe d'isolats étroitement apparentés parmi les 12
isolats testés.
Selon
le rapport, il existe des difficultés dans la comparabilité
interlaboratoires entre les États membres en ce qui concerne la
surveillance et les investigations sur les éclosions lorsque
différentes méthodes sont utilisées. Malgré l'utilisation
croissante du WGS comme outil de typage pour les grandes épidémies,
de nombreux laboratoires utilisent encore la PFGE pour la
surveillance primaire et l'investigation des épidémies.
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