Survie de Campylobacter spp. dans des matières fécales de dinde et dans l'eau naturellement contaminées

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Voici une étude qui traite des différences spécifiques liées à la survie de souches de Campylobacter spp. dans des matières fécales de dinde et dans l'eau naturellement contaminées. L'étude est parue dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'ASM.

Résumé

Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont les principales causes de maladies d'origine alimentaire chez l'homme, la volaille constituant le principal vecteur.

Les dindes sont fréquemment colonisées par Campylobacter, mais on en sait peu sur la survie de Campylobacter dans les matières fécales de dinde, bien que les déjections fécales soient des vecteurs majeurs de la transmission intra-troupeaux de Campylobacter et de la dissémination dans l'environnement.

Notre objectif était d'examiner la survie de Campylobacter, comprenant différentes souches, dans des matières fécales fraîchement excrétées de troupeaux de dindes commerciales naturellement colonisées et dans des suspensions de selles de dindes dans de l'eau provenant du poulailler.

Les suspensions fécales et aqueuses ont été conservées à 4°C et les populations de Campylobacter ont été dénombrées sur des milieux sélectifs toutes les 48 heures. Les isolats de C. jejuni et de C. coli ont été caractérisés en termes de résistance à un panel d'antibiotiques, et un sous-ensemble a été sous-typé à l'aide d'un typage MLST. Campylobacter a été récupéré dans les selles et dans l'eau pendant 16 jours maximum. L'analyse de 548 isolats (218 C. jejuni et 330 C. coli) a révélé que C. jejuni a survécu plus longtemps que C. coli dans les fèces (P = 0,0005), alors que l'inverse a été observé dans l'eau (P <0,0001).

Des différences de survie spécifiques à la souche ont été notées. Les isolats de C. jejuni multirésistants du type de séquence 1839 (ST-1839) et la souche associée ST-2935 font partie des isolats ayant survécu le plus longtemps dans les matières fécales; ils ont été récupérés pendant 10 à 16 jours, tandis que les isolats de C. coli multirésistants ST-1101 ont été retrouvés dans les matières fécales pendant 4 jours maximum. Les données sur la survie de Campylobacter après excrétion des volailles peuvent contribuer à une meilleure compréhension de la dynamique de transmission de ce pathogène dans l'écosystème de la production de volailles.

Importance

Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont les principaux pathogènes d'origine alimentaire, la volaille constituant le principal réservoir. En raison de leurs besoins de croissance, ces Campylobacter spp. peuvent être incapables de se reproduire une fois excrétés par leurs hôtes aviaires, mais leur survie dans les matières fécales et dans l'environnement est essentielle à la transmission dans l'écosystème de la ferme. Réduire la prévalence des troupeaux positifs pour Campylobacter peut avoir un impact majeur sur le contrôle de la contamination des produits de volaille et sur la dissémination environnementale des pathogènes. Cependant, la compréhension de la capacité de ces pathogènes à survivre dans des véhicules importants pour la transmission, tels que les matières fécales et l'eau de l’élevage, reste mal comprise, et peu d'informations sont disponibles sur les différences de survie associées aux espèces et aux souches.

Ici, nous avons utilisé des conditions modèles pour étudier la survie de C. jejuni et C. coli provenant de troupeaux de dindes naturellement colonisés, ainsi que de divers génotypes et profils de résistance aux antimicrobiens, dans les selles de dinde et dans l’eau des élevages.

Un prélèvement d'huîtres sur trois est contaminé par norovirus en Europe selon une étude de l'EFSA

« Un prélèvement d'huîtres sur trois est contaminé par norovirus », source article de Joe Whitworth paru le 23 juillet 2019 dans Food Safety News.

Selon des données de surveillance, plus d'un tiers des échantillons d'huîtres crues provenant de zones de production en Europe étaient positifs au norovirus.

Les données soumises à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) ont montré que la contamination fécale humaine est présente dans les zones de production d'huîtres.

L'enquête a révélé une différence significative entre la présence de norovirus dans les zones de production et les lots expédiés. La prévalence dans les zones de production était estimée à 34,5%, contre 10,8% pour les lots provenant des centres d’expédition.

« Les conclusions présentées selon lesquelles plus de une probabilité sur trois de la production d'huîtres dans l'UE serait contaminée par norovirus, avec une contamination de plus d'un lot sur 10 expédiés à la consommation humaine, mettent en évidence le risque potentiel de norovirus lors de la production d'huîtres destinées à la consommation mollusques bivalves vivants », selon le rapport.

Les mollusques bivalves sont une source d'infection à norovirus puisqu'ils accumulent et concentrent les particules de norovirus par filtration de l'eau contaminée par des matières fécales. La probabilité d'être infecté augmente avec la dose mais dépend des caractéristiques de l'organisme, de la matrice alimentaire et des facteurs de l'hôte.

Un problème de santé publique

Les prélèvements ont eu lieu dans 12 États membres entre novembre 2016 et octobre 2018, dans 172 zones de production et 207 centres d'expédition. La Norvège n'a prélevé que des échantillons des zones de production. Au total, 2 180 échantillons valables provenaient des zones de production et 2 129 des centres d'expédition.

Les niveaux de contamination quantitatifs indiquaient une moyenne d'environ 337 copies par gramme (cpg) dans les échantillons de la zone de production et environ la moitié avec 168 cpg dans les lots provenant des centres d'expédition.

La moitié des lots positifs (17,15% dans les échantillons de la zone de production et 5,59% dans les lots expédiés) avaient des valeurs supérieures à 200 cpg, tandis que ceux de plus de 500 cpg représentaient respectivement, 8,71% et 1,17%. Les valeurs inférieures à 100 cpg sont peu susceptibles de provoquer des épidémies, mais le risque est accru lorsque les niveaux dépassent 500 cpg.

« Cette étendue de la contamination pourrait être considérée comme une préoccupation de santé publique, mettant en évidence les risques particuliers associés à ce système de production alimentaire, soulignant la nécessité de stratégies de gestion active des risques pour atténuer le risque de norovirus dans cette chaîne alimentaire en plus de celles actuellement en place », selon l'étude.

Dans l'enquête, la méthode ISO (15216-1: 2017) basée sur la PCR en temps réel pour détecter et quantifier norovirus a été appliquée. Cette méthodologie peut potentiellement amplifier l'ARN de virus viables et non viables.

Impact saisonnier et de la zone d'échantillonnage

Les résultats pour les deux génogroupes étaient supérieurs à la limite de quantification (LOQ pour limit of quantification) respective dans moins de 10% des échantillons prélevés. Pour le génogroupe I, la limite de quantification variait entre 40 et 298 copies et la LOQ entre 13 et 264 copies. Pour le génogroupe II, la LOQ se situait entre 75 et 389 copies et la LOQ entre 20 et 196 copies.

Les analyses ont montré un fort effet saisonnier, avec une contamination plus élevée de novembre à avril, ainsi qu'une contamination plus faible pour les zones de classe A par rapport aux autres classes.

Au total, 60% des échantillons prélevés sur les sites de production provenaient de zones de classe B, 39% de classe A et moins de 1% de classe C. Les huîtres de classe A ne nécessitent pas de traitement après récolte. Ceux de la classe B doivent passer par une purification ou par un relais avant d’être mis sur le marché pour la consommation humaine directe en tant qu’animaux vivants. De manière inattendue, il a été constaté que le conditionnement était associé à des niveaux de prévalence inférieurs.

Les résultats suggèrent que l'utilisation de E. coli en tant qu'indicateur généralisé de la contamination fécale dans les réglementations européennes en matière d'hygiène des mollusques et crustacés fournit une indication utile sur la probabilité de contamination par norovirus. Cependant, les zones de classe A n'étant pas exemptes de norovirus, d'autres critères doivent être pris en compte lors de la gestion des risques.

Dans l'enquête auprès des centres d'expédition, 61% des échantillons provenaient de zones de classe A, 36% de classe B et 2,5% avaient une origine inconnue du statut de zone de production.

La prévalence de nrovirus était généralement plus faible chez les huîtres d’élevage que chez les sauvages et il existait une tendance à la prévalence plus faible chez les huîtres creuses du Pacifique, qui sont généralement élevées, que les huîtres plates européennes, qui sont généralement sauvages.

Les deux critères microbiologiques bactériologiques actuels applicables aux mollusques bivalves mis sur le marché en tant que produits alimentaires vivants pourraient être complétés par un critère norovirus pour les exploitants de centres d'expédition. Tout critère microbiologique devrait prendre en compte le point de la chaîne de production d'huîtres auquel il s'appliquerait et la variation saisonnière de l'impact.