Le test PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2

«La PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2», source ASM News.

Vingt-six sujets d'une cohorte de 80 ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 via un écouvillonnage nasopharyngé, et tous les 26 ont été testés positifs en utilisant un lavage par gargarisme (lavage de la bouche), selon une nouvelle étude publiée dans Microbiology Spectrum, le nouveau journal en libre accès de l'American Society for Microbiology. C'est une bonne nouvelle, car l'écouvillonnage nasopharyngé, actuellement la référence pour la collecte d'échantillons pour les tests COVID, a un faible taux d'acceptation en raison de l'inconfort d'avoir un passage nasal écouvillonné.

La méthode de détection pour tester les échantillons utilisée dans cette étude est la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) hautement sensible.

«Nos résultats montrent que dans tous les cas, où les personnes ont été testées positivement par le prélèvement nasal de référence, on pouvait également détecter le virus lors d'un lavage en gargarisme par la même méthode RT-PCR», a déclaré l'auteur correspondant Christof R. Hauck, professeur de biologie cellulaire, Faculté des sciences naturelles, Département de biologie, Université de Constance, Allemagne.

«Cette procédure d'échantillonnage peut être effectuée en toute sécurité dans le cabinet d'un médecin généraliste sans équipement de protection supplémentaire pour le personnel médical, car les patients eux-mêmes effectuent l'échantillonnage», a déclaré le Dr Hauck. «Nous envoyions généralement les patients avec la solution de gargarisme et le récipient d'échantillonnage à l'extérieur.» Là, ils se sont gargarisés devant une fenêtre, observés par un membre du personnel médical. Ainsi, «nous n'avons pas besoin d'exposer le personnel formé au danger de prélever des échantillons sur autant de personnes potentiellement infectées».

Les sujets de l'étude présentaient des symptômes respiratoires typiques ou un contact connu avec des personnes infectées. Chacun a reçu à la fois un écouvillon nasal administré par un professionnel de la santé, «ce qui était nécessaire pour la procédure de diagnostic régulière, et chacun a effectué lui-même un lavage par gargarisme», a déclaré le Dr Hauck. «Ces échantillons appariés ont ensuite été transférés au laboratoire de diagnostic central, où ils ont été analysés en parallèle, afin que les résultats puissent être directement comparés.»

«En plus d'effectuer des diagnostics sur des patients symptomatiques, nous participons à une surveillance régulière du SRAS-CoV-2 sur notre campus universitaire, où nous testons des personnes deux fois par semaine. Comme l'écouvillonnage nasal n'est pas très agréable, nous cherchions une alternative, et le lavage en gargarisme s'est avéré très bien accepté», a déclaré le Dr Hauck.

«En trouvant un accord complet des résultats obtenus avec des échantillons appariés d'une cohorte importante de patients, nos résultats soutiennent fortement l'idée que l'auto-collecte indolore du lavage par gargarisme fournit une source appropriée et simple pour une détection fiable du SRAS-CoV-2», a déclaré le Dr Hauck.

Avis aux lecteurs du blog

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L'étonnant voyage de Staphylococcus aureus du nez vers l'intestin

Les éditeurs de la revue Applied and Environmental Microbiology (AEM) ont mis en avant un article bien intéressant, Le voyage de Staphylococcus aureus du nez vers l'intestin et l'association avec des protéines liant à la fibronectine. L’article paru dans AEM est disponible en intégralité.

Staphylococcus aureus est un commensal qui colonise les narines antérieures de l'homme et peut également provoquer des infections graves. Nowrouzian et al. ont montré que S. aureus est un véritable colonisateur intestinal des jeunes nourrissons et que la colonisation intestinale par S. aureus est aussi courante, voire plus courante, que la colonisation nasale par cette bactérie. Cette étude a également montré que les gènes associés à la virulence, tels que fnbA et fnbB, codant pour des protéines de liaison à la fibronectine, sont significativement associés à une persistance à long terme dans le microbiote nasal ou intestinal. Les souches intestinales peuvent constituer un réservoir de maladies invasives chez les individus vulnérables. Les adhésines se liant à la fibronectine peuvent faciliter la colonisation commensale et conférer un potentiel pathogène.

Résumé

Staphylococcus aureus peut coloniser à la fois les narines antérieures et le tractus gastro-intestinal. Cependant, la colonisation sur ces sites chez les mêmes individus n'a pas été étudiée, et les traits qui facilitent la colonisation et la persistance sur ces sites n'ont pas été comparés. Des échantillons de narines et de selles prélevés à 9 reprises entre 3 jours et 3 ans chez 65 nourrissons ont été mis en culture ; 54 échantillons ont donné S. aureus. Le nombre de souches nasales et fécales de S. aureus a augmenté rapidement au cours des premières semaines et était similaire à l'âge de 1 mois et demi (> 40 % des nourrissons colonisés). Par la suite, le portage nasal a diminué, tandis que le portage fécal est resté élevé au cours de la première année de vie. Des souches individuelles ont été identifiées et leurs schémas de colonisation étaient liés à leur portage de gènes codant pour des adhésines et des toxines superantigéniques. Les souches extraites à la fois du nez et de l'intestin (n = 44) d'un nourrisson étaient 4,5 fois plus susceptibles de coloniser à long terme ( 3 semaines sur les deux sites) que les souches retrouvées uniquement dans le rectum/fèces (n = 56) ou seulement dans le nez (n = 32) (P ≤ 0,001). La colonisation intestinale était significativement associée au portage du gène fnbA, et la colonisation à long terme sur l'un ou l'autre site était associée au portage de fnbA et de fnbB. En résumé, la colonisation intestinale par S. aureus était plus fréquente que le portage nasal par S. aureus chez les nourrissons étudiés. Les souches intestinales peuvent constituer un réservoir de maladies invasives chez les individus vulnérables. Les adhésines se liant à la fibronectine et d'autres facteurs de virulence peuvent faciliter la colonisation commensale et conférer un potentiel pathogène.

Importance

S. aureus peut provoquer des infections graves et colonise fréquemment le nez. Le portage nasal de S. aureus multiplie par 3 le risque d'infection invasive à S. aureus. S. aureus se trouve également couramment dans le microbiote intestinal des nourrissons et des jeunes enfants. Cependant, les relations entre les adhésines et d'autres facteurs de virulence des souches de S. aureus et ses capacités à coloniser les narines et l'intestin des nourrissons ne sont pas bien comprises. Notre étude explore la colonisation simultanée par S. aureus des voies nasales et intestinales des nouveau-nés pendant 3 ans et demi de suivi. Nous identifions des traits de virulence bactérienne qui semblent faciliter la colonisation persistante du nez et de l'intestin par S. aureus. Cela élargit nos connaissances actuelles sur l'interaction entre le commensalisme bactérien et la pathogénicité. De plus,cela peut contribuer au développement de stratégies ciblées pour lutter contre l'infection à S. aureus.