Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2. Quid à Paris, un an avant les JO ?

Sur les nuisibles à Paris, vous lirez dans Paris Match, «Chronique «L'air du temps» - Surmulots ? Rat le bol».

On lira aussi dans boulevard Voltaire, «La mairie de Paris observe : le surmulot, sa vie, son œuvre…».

Bref, ce sont des galéjades comme l’on dit à Marseille, plus sérieusement voici que l’American Society for Microbiology propose l’article suivant, «Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2».

Il me semble qu’il faudrait un peu plus s’en occuper à un an des JO, et compte tenu de l’avis de l’Académie nationale de Médecine, Urgence sanitaire : pourquoi le gouvernement doit impérativement mettre en œuvre un plan anti-rats à Paris.

Un article récemment paru dans le Journal of Virology, «A critical analysis of the evidence for the SARS-CoV-2 origin hypotheses», indique les deux origines potentielles du SARS-CoV-2, «une origine naturelle par zoonose suivie d'une propagation interhumaine soutenue ou l'introduction d'un virus naturel chez l'homme à partir d'une source de laboratoire.»

Si le SARS-CoV-2 a une origine naturelle via une zoonose (pangolin, chauve-souris, etc.), quid du rat chez nous, en Occident à Paris ?

Une nouvelle étude a démontré que les rats sont sensibles à l'infection par les variantes Alpha, Delta et Omicron du SARS-CoV-2 et que les rats sauvages dans les réseaux d'égouts municipaux de New York et ailleurs dans la ville ont été exposés au SARS-CoV-2. L'étude a été publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour une éventuelle transmission zoonotique secondaire à l'homme», a dit le chercheur principal de l'étude, Henry Wan, professeur et directeur du Center for Influenza and Emerging Infectious Diseases à l'Université du Missouri. «Globalement, notre travail dans cet espace montre que les animaux peuvent jouer un rôle dans les pandémies qui affectent les humains, et il est important que nous continuions à améliorer notre compréhension afin que nous puissions protéger la santé humaine et animale.»

Les rats sont largement distribués dans les communautés urbaines aux États-Unis. Par exemple, la seule ville de New York compte environ huit millions de rats sauvages. Ces rats sauvages ont de nombreuses occasions d'interagir avec les humains. Deux études précédentes ont suggéré que des rats en Asie (Hong Kong) et en Europe (Belgique) ont été exposés au SARS-CoV-2 ; cependant, on ne sait pas à quelle variante du SARS-CoV-2 ces rats ont été exposés dans les deux études.

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont entrepris de déterminer si le virus SARS-CoV-2 chez l'homme a été transmis à la population de rats dans les zones urbaines des États-Unis, en particulier à New York, et si oui, quel SARS-CoV- 2 variante a causé ces infections. Les chercheurs ont également entrepris de déterminer si (et lesquelles) les variantes du SARS-CoV-2 à New York peuvent provoquer des infections chez les rats.

«À l'automne 2021, l’Animal and Plant Health Inspection (APHIS) du ministère américain de l'Agriculture (USDA) a prélevé des rats bruns (Rattus norvegicus) à New York pour rechercher des preuves d'infection par le SARS-CoV-2», a dit le co-auteur de l'étude, Tom. DeLiberto, coordinateur du SARS-CoV-2 chez USDA APHIS Wildlife Services. «Deux efforts de piégeage ont été menés en septembre et novembre avec l'autorisation du Département des parcs et des loisirs de la ville de New York dans et autour des emplacements entourant les systèmes d'assainissement. La plupart des rats ont été piégés dans les parcs de la ville de Brooklyn, bien que certains aient été capturés près de bâtiments en dehors des limites du parc. 

Les biologistes ont collecté et traité des échantillons de 79 rats pour des études virologiques et un séquençage génomique. Les chercheurs ont découvert que les rats avaient été exposés au SARS-CoV-2 et ont montré un lien possible avec les virus qui circulaient chez l'homme au cours des premiers stades de la pandémie de la COVID-19. Plus précisément, 13 des 79 rats (16,5%) ont été testés positifs. «À notre connaissance, il s'agit de l'une des premières études à montrer que les variants du SARS-CoV-2 peuvent provoquer des infections chez les populations de rats sauvages dans une grande zone urbaine des États-Unis», a dit le Dr Wan.

Pour étudier plus avant la sensibilité des rats aux variantes du SARS-CoV-2, les chercheurs ont mené une étude de provocation virale et ont montré que les variantes Alpha, Delta et Omicron (variants retrouvés chez l'homme) peuvent provoquer des infections chez les rats (rats Sprague Dawley de type sauvage), y compris des niveaux élevés de réplication dans les voies respiratoires supérieures et inférieures et l’induction de réponses immunitaires innées et adaptatives. La sensibilité à l'infection variait selon le type de variant.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour déterminer si le virus circule chez les animaux et évolue vers de nouvelles souches qui pourraient présenter un risque pour l'homme», a dit le Dr Wan. «Le virus SARS-CoV-2 présente un défi typique d'une seule santé qui nécessite des approches collaboratives, multisectorielles et transdisciplinaires pour bien comprendre ces défis.»

On lira aussi «Risque possible dans une grande ville : rats d'égout infectés par le SARS-CoV-2» source article de Mary Van Beusekom le 10 mars 2023 dans CIDRAP News.

Sur 79 rats, 4 (5%) ont été testés positifs pour le COVID-19 et 13 (16,5%) ont été testés positifs pour les anticorps anti-immunoglobuline G ou immunoglobuline M contre le SARS-CoV-2 de type sauvage.

«Les résultats de cette étude sont préoccupants en raison du risque potentiel de transmission virale de l'homme aux rongeurs, y compris les rats sauvages, puis de retour à l'homme. Les rats peuvent également agir comme un réservoir d'infection, entraînant potentiellement l'émergence de nouveaux variants auxquels les humains n'ont pas été exposés et sont donc vulnérables, ont djt les chercheurs.»

Comme le rapporte l’Anses, «La santé des animaux, c’est aussi la nôtre» et si l’on intéressait aux rats d’égoût et au SARS-CoV-2, puisqu’apparemment, «On ne peut pas traiter les questions de santé humaine sans se préoccuper de la santé animale et inversement.», selon le Directeur général délégué Recherche et Référence de l'Anses, M. Salvat.

Chiche ! A suivre ...

Apparition sporadique de Escherichia coli producteurs de shigatoxines O104:H4 similaire à la souche épidémique de 2011

«Apparition sporadique de Escherichia coli entéroaggrégatifs producteurs de shigatoxines O104:H4 similaire à la souche épidémique de 2011», source EID.

Résumé

Nous décrivons la détection récente de 3 isolats de Escherichia coli entéroagrégatifs (EAEC) O104:H4 producteurs de shigatoxines chez des patients et 1 issu de porc aux Pays-Bas qui étaient génétiquement très similaires aux isolats de l'épidémie à grande échelle de 2011 en Europe. Nos résultats soulignent l'importance de protéger les chaînes de production d'approvisionnement alimentaire pour prévenir de futures épidémies.

Escherichia coli producteur de shigatoxines (STEC) est un agent pathogène zoonotique qui provoque des maladies allant d'une diarrhée légère au syndrome hémolytique et urémique et à la mort. En 2011, une épidémie exceptionnellement importante causée par le sérotype O104:H4 de STEC s'est produite en Europe, principalement en Allemagne et en France, associée à des germes issus de graines de fenugrec importées.

Profitons pour rappeler qu’il y a eu en Allemagne, 3 469 cas à E. coli producteurs de shigatoxines et 852 cas de syndrome hémolytique et urémique au 26 juillet 2011, date à laquelle l'épidémie a été déclarée terminée. À ce moment-là, 50 patients sont décédés.

Nous décrivons la présence sporadique d'isolats de EAEC O104:H4 producteurs de shigatoxines aux Pays-Bas, provenant de 2 cas cliniques en 2019 et 2020 et d'un isolat alimentaire de 2017. De plus, nous rapportons un cas clinique en Autriche en 2021.

Conclusion

Après l'épidémie de 2011 en Europe, seuls quelques cas sporadiques d'infection par des souches EAEC O104:H4 producteurs de shigatoxines la plupart liés à des voyages en Turquie ou en Afrique du Nord, ont été signalés. Le fait que les souches de EAEC O104:H4 particulières n'ont jamais été isolées de manière convaincante à partir de sources alimentaires, animales ou environnementales, et que les EAEC en général sont principalement adaptées à l'homme, étaye l'hypothèse d'un réservoir humain et de multiples événements potentiels de l’import par des voyageurs en provenance d'une zone où ce pathogène est endémique. D'autre part, la perte de marqueurs de virulence essentiels chez l'excréteur à long terme pourrait être un aperçu des tendances communes de l'effet de la réduction du génome bactérien sur le portage à long terme chez l'homme, ce qui, à son tour, pourrait indiquer que les isolats nouvellement signalés sont maintenus dans des niches autres que celle humaine.

L'analyse génomique de plusieurs isolats post-éclosion de EAEC O104:H4 suggère qu'ils ne sont pas dérivés de l'éclosion de 2011, mais qu'ils partagent un ancêtre commun récent. Notre analyse indique que des variants distincts plus ou moins éloignées de EAEC O104:H4 producteurs shigatoxines circulent dans le monde entier.

Ces variants sont plus susceptibles de représenter des événements évolutifs indépendants que la diversification continue d'un seul clade établi et circulant en Europe après la grande épidémie de 2011. En l'absence de toute indication antérieure de EAEC O104:H4 produicteurs de shigatoxines chez les animaux, il a été surprenant de récupérer un tel isolat à partir d'un produit de porc. Cependant, cette découverte n'implique pas nécessairement que les porcs soient un réservoir, car cette contamination pourrait également provenir d'un manipulateur d'aliments ou d'aliments contaminés plutôt que des porcs.

En conclusion, nous montrons que des isolats de EAEC O104:H4 producteurs de shigatoxines fortement apparentés à la souche de l'épidémie de 2011 se produisent sporadiquement en Europe. Nous soulignons la nécessité d'optimiser la sauvegarde des chaînes vulnérables de production alimentaire afin de prévenir de futures épidémies.

Merci à Joe Whithworth de m’avoir signalé l’information.

Aux lecteurs du blog

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