Ressources sur la résistance aux antimicrobiens

Ressources sur la résistance aux antimicrobiens, source American Society for Microbiology.

L’adaptation est une conséquence naturelle de l’exposition aux antimicrobiens qui rend la résistance aux antimicrobiens (diminution de la sensibilité aux agents antimicrobiens) inévitable et irréversible. L’utilisation excessive d’agents antimicrobiens en médecine, dans la production d’animaux destinés à l’alimentation humaine et dans la protection des cultures a provoqué une résistance croissante à ces agents.

À mesure que l’efficacité des agents antimicrobiens existants diminue, les infections seront plus difficiles et plus coûteuses à traiter et les épidémies plus difficiles à contrôler. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) prévoit la perspective terrifiante de 10 millions de décès liés à la résistance aux antimicrobiens par an dans le monde d’ici 2050.

Principales causes de la résistance aux antimicrobiens :

- Surprescription d’antimicrobiens.
- Traitement raccourci ou observance incomplète du traitement antimicrobien.
- Surutilisation des antimicrobiens dans l’élevage et la pisciculture.
- Faible contrôle des infections dans les établissements de soins de santé.
- Faible hygiène et nettoyage-désinfection
- Découverte limitée de nouveaux antimicrobiens.

Les gènes de la résistance aux antimicrobiens sont incroyablement dispersés et circulent parmi les humains, les animaux, les plantes et l'environnement, et la mise en œuvre d'une approche One Health est essentielle pour lutter contre la propagation de la résistance.

Pour aller plus loin, voir ici.

NB : résistance aux antimicrobiens = résistance aux antibiotiques

En France, on lira ce document de l’Anses, «Antibiorésistance en santé animale : bilan 2023».

Par les missions qu’elle exerce, l’Anses contribue à lutter contre l'antibiorésistance. À l’occasion de la semaine mondiale pour le bon usage des antibiotiques, l'Agence publie les données recueillies en 2022 pour :

- Le suivi des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antimicrobiens,
- Le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath),
- Le dispositif européen de surveillance de l’antibiorésistance dans la chaîne alimentaire.

Royaume-Uni : Les données sur la présence de Salmonella dans les aliments pour animaux de compagnie continuent d'augmenter

«Les données sur la présence de Salmonella dans les aliments pour animaux de compagnie continuent d'augmenter au Royaume-Uni», source article de Joe Whitworth paru le 11 octobre 2023 dans Food Safety News.

Selon un rapport, les résultats de Salmonella dans les aliments pour animaux à base de viande crue au Royaume-Uni ont de nouveau augmenté.

Le nombre de cas positifs en 2022 a augmenté par rapport à 2021, année où les niveaux les plus élevés jamais enregistrés ont été observés. Cela présente un risque pour les animaux qui mangent des aliments et pour les personnes qui les manipulent et les préparent.

Les données proviennent d'un rapport sur Salmonella chez les espèces animales en Angleterre, au Pays de Galles et en Écosse, dans les aliments pour animaux de compagnie et dans les aliments pour animaux, collecté par l'Animal and Plant Health Agency (APHA) en 2022.

En 2022, 9 225 cas humains à Salmonella ont été signalés à l’UK Health Security Agency (UKHSA), la Public Health Wales et la Public Health Scotland. Il s'agit d'une augmentation de 64% par rapport aux 5 625 cas de 2021 et de 72% de plus que les 5 362 cas de 2020. Le type principal était Salmonella Enteritidis, représentant 25,7% des cas, suivi de Salmonella Typhimurium, Infantis, Newport et Mbandaka.

Données sur les aliments pour animaux de compagnie et les aliments pour animaux

L'année dernière, le nombre de rapports d'isolement de Salmonella provenant de bovins, de moutons, de porcs et de volailles a augmenté de 22,9% par rapport à 2021, passant de 2  09 à 3 451. Par rapport à 2021, il y a eu une baisse du nombre de bovins et d’ovins, compensée par une augmentation du nombre de porcs, de poulets, de dindes et de canards.

Les signalements de Salmonella Mbandaka et de Salmonella Infantis étaient plus du double de ceux de 2021 et Salmonella Enteritidis est passé à 25 isolements contre 11 en 2021. Cependant, Salmonella Newport a diminué de 46,7% par rapport à 2021 et les niveaux de Salmonella Typhimurium étaient similaires à ceux de 2021.

Il y a eu 801 isolements. de Salmonella dans les aliments pour animaux en 2022, contre 835 l’année précédente. Ils comprenaient des aliments composés, des ingrédients alimentaires ou des produits testés en vertu du Règlement sur les sous-produits animaux (ABPR pour Animal By-Products Regulations). Au total, 187 sérotypes réglementés ont été découverts en 2022, contre 124 en 2021. Il s’agissait notamment de Salmonella Infantis et de Salmonella Typhimurium. Il y a eu 406 cas à Salmonella provenant d'aliments pour animaux à base de viande crue, soit plus de 295 rapports en 2021. Au total, 123 isolements de sérotypes réglementés ont été enregistrés en 2022, contre 71 en 2021. Les plus courants étaient Salmonella Indiana, Salmonella Infantis, Salmonella Typhimurium et Salmonella Derby.

«Les aliments pour animaux de compagnie à base de viande crue contaminée, qui ne subissent aucun traitement thermique pour détruire les agents pathogènes, peuvent représenter une source potentielle d'infection à la fois pour les chiens qui les consomment et pour les personnes qui les manipulent, surtout si des mesures d'hygiène insuffisantes sont adoptées», indique le rapport.

Plusieurs souches multirésistantes, notamment à des antimicrobiens d’importance cruciale, ont été détectées chez les chiens, les chats et les aliments crus pour animaux de compagnie. Les résultats sont pertinents en ce qui concerne la transmission potentielle aux humains par les animaux de compagnie et le risque de propagation au bétail britannique.

Salmonella chez les animaux

Les isolements de Salmonella provenant de bovins en 2022 ont diminué, passant de 521 à 430. Comme les années précédentes, Salmonella Dublin est restée la plus courante, avec 265 isolements, suivi de Salmonella Mbandaka et de Salmonella Typhimurium. Les rapports de Salmonella provenant de moutons sont tombés à 94 contre 144 en 2021. Le nombre d'isolements chez le porc était de 214, similaire à 223 en 2021. Salmonella Typhimurium et son variant monophasique ont été responsables de plus de 70% de tous les isolements. Le rapport indique que l’influenza aviaire a provoqué des perturbations importantes dans le secteur de la volaille en 2022, nécessitant des mesures de biosécurité modifiées. En incluant à la fois le programme national de contrôles et des données de surveillance non statutaires, il y a eu 2 404 isolements de Salmonella chez des poulets en 2022. Cela représente une augmentation par rapport aux 1 671 de 2021. Les principaux types étaient Salmonella Montevideo et Salmonella Mbandaka. Il y a eu 23 isolements de Salmonella Enteritidis en 2022 contre neuf en 2021 et 18 de Salmonella Typhimurium contre 15 en 2021.

La prévalence estimée des sérotypes réglementés dans les trois programme nationaux de contrôles des poulets était inférieure aux objectifs de l'UE de 1% pour les reproducteurs et de 2% pour les poules pondeuses. et de 1% pour les poulets de chair, contre 0,26% pour les reproducteurs, 0,27% pour les poules pondeuses et 0,03% pour les poulets de chair.

Salmonella provenant des poulets ont considérablement augmenté entre 2018 et 2020. Cela est principalement dû à davantage de découvertes dans le secteur des poulets de chair et c’est lié à l'interdiction d'utiliser des produits à base de formaldéhyde dans la production d'aliments pour animaux depuis janvier 2018 dans l'UE et au Royaume-Uni, ainsi qu'à l'émergence de souches plus persistantes dans les élevages et les couvoirs, indique le rapport.

Il y a eu 188 isolements chez des dindes en 2022, contre 140 en 2021. Salmonella Anatum était le plus courant, suivie de Salmonella Kedougou. La prévalence dans le programme national de contrôles des sérotypes réglementés était de 0,1% pour les dindes d’engraissement et de zéro pour les reproducteurs. C’est en dessous de l’objectif de l’UE de 1%.

Il y a eu deux isolements de Salmonella provenant de lapins en 2022. Il s'agit du premier résultat positif depuis 2016, selon le rapport. Il y a eu 60 isolements chez des chevaux en 2022, contre 45 en 2021. Salmonella a également été détecté chez des canards, des pigeons, des chats et des reptiles.

Le Canada suspend temporairement l’importantion de volailles vivantes, les œufs d'incubation et de tous les produits de volaille frais/congelés/produits de volaille crus de France

Modifications des conditions d'importation de volailles vivantes et de produits et sous-produits de volaille crus frais/surgelés, originaires de la France, en raison de la vaccination contre l'influenza aviaire hautement pathogène, source ACIA du 29 septembre 2023.

L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) suspend temporairement l'importation de toutes les volailles vivantes, les œufs d'incubation, et de tous les produits de volaille frais/congelés/produits de volaille crus en provenance de la France, à compter du 1er octobre 2023. Cette mesure est prise pour gérer le risque potentiel lié à la campagne de vaccination en France contre l'influenza aviaire hautement pathogène (IAHP). Les produits concernés par cette mesure sont :

- les oiseaux vivants et les œufs d'incubation,
- tous les produits et sous-produits aviaires et de volaille non transformés, y compris les œufs, les plumes, le fumier et la litière de volaille,
- le matériel de laboratoire contenant des produits/sous-produits de volaille,
- les aliments crus ou non transformés pour animaux de compagnie contenant des produits ou sous-produits de volaille, et
- la viande de volaille comestible ou non comestible (veuillez noter que les produits carnés cuits et en conserve ou hermétiquement fermés et commercialement stériles sont toujours éligibles à l'importation)

Les articles concernés par cette suspension proviennent, sont transformés, emballés ou expédiés de France et importés au Canada directement ou indirectement.

L'ACIA procède actuellement à une évaluation de risques. L'industrie sera informée de tout changement résultant de cette évaluation.

Les informations présentes dans l’article vous permettront de mieux comprendre le contexte de cette mesure temporaire ...

Mise à jour du 2 octobre 2023

L'USDA vint de prendre une mesure similaire à celle du Canada.

Un gène identifié comme étant essentiel à l'infection par le virus de la peste porcine africaine

Un gène présent dans le système immunitaire des porcs est essentiel à l’infection par le virus de la peste porcine africaine (PPA). Cette découverte pourrait éclairer le développement de porcs résistants à cette maladie dévastatrice.

ll n'existe actuellement aucun traitement disponible contre la PPA, bien que le Viet-Nam teste actuellement un vaccin.

A gene in the immune system of pigs is critical for infection with African Swine Fever virus.

The finding could inform development of pigs resistant to the devastating disease. @Loeffler_News#AfricanSwineFever #ASF #AnimalResearch #AnimalBioscience https://t.co/r4LcTmJAOE

— The Roslin Institute (@roslininstitute) August 21, 2023

Le gène porcin est essentiel à l’infection par la peste porcine africaine.

Une étude en laboratoire identifie chez les porcs le gène lié à l’immunité qui est nécessaire à la réplication du virus de la peste porcine africaine. 

Plans d’eau fermés à la baignade à cause des cyanobactéries !

Chaque été, des plans d’eau sont fermés à la baignade à cause des #cyanobactéries.
D’où viennent ces microorganismes ? Pourquoi sont-ils dangereux pour notre santé ?

Les réponses dans notre article : https://t.co/ZCrTBXQUaN#EtéSansSouci🔆

— Anses (@Anses_fr) August 21, 2023

#SantéPublique | ⚠️ baignades étangs/rivières |
Vos animaux de compagnie 🐶peuvent aussi être victimes des #cyanobactéries se trouvant dans les cours d'eau.
Pour reconnaître les symptômes justifiants une consultation vétérinaire rapide 👇https://t.co/Ccw0Gx2w0m pic.twitter.com/CKGHpgOlCV

— Préfet d'Indre-et-Loire (@Prefet37) August 22, 2023

2023, année Salmonella en Suède ?

2023 really has been the year of #salmonella for this producer in Sweden https://t.co/NjcvaPo4hM

— joewhitworth (@joewhitworth) August 15, 2023

«Nouvelle épidémie à Salmonella chez Cedergren à Mönsterås, 340 000 poules sont tuées», source svt NYHETER du 15 août 2023

Une fois de plus, le plus grand producteur d'œufs de Suède, CA Cedergren, a été touché par Salmonella. Deux élevages doivent être nettoyées et 340 000 poules sont euthanasiées selon une décision du Conseil suédois de l'agriculture.

Le producteur d'œufs CA Cedergren à l'extérieur de Fliseryd représente un peu moins d'un cinquième du marché suédois des œufs, mais a été touché par Salmonella à plusieurs reprises au cours de l'année.

En janvier, 160 000 poules ont été tuées et en février 160 000 autres. En avril, toutes les livraisons d'œufs de consommation ont été stoppées, après la découverte de la bactérie dans l'usine de conditionnement.

- C'est calme et tranquille, aucun test positif depuis avril. Mais la semaine dernière, deux élevages ont montré des tests positifs, explique Örjan Johansson, responsable du contrôle des infections à l'Agence suédoise pour l'agriculture.

Le 10 août, l'Agence suédoise pour l'agriculture a décidé que toutes les volailles des deux élevages concernées devaient maintenant être euthanasiées, cette fois, il s'agit d'environ 340 000 poules.

L'autorité soupçonne qu'il s'agit de la même souche génétique qui était à l'origine des épidémies précédentes.

Si vous avez de nouveau eu des échantillons positifs, vous devez recommencer le nettoyage-désinfection à partir de zéro.

Actualités des maladies infectieuses chez le chat

L’Anses a publié un tweet dont je reproduits l’image ci-dessus.

L’Anses ne croyait pas si bien dire ...

Alerte au typhus du chat à Angoulême où une épidémie a déjà tué des dizaines d’animaux

Une épidémie de typhus touche les chats depuis le début de l’été à Angoulême (Charente). Ce virus, très contagieux, a déjà tué de nombreux félins. Les associations ont mis en place des protocoles sanitaires pour leurs pensionnaires et alertent sur la nécessité de vacciner les animaux.

Associations et vétérinaires alertent sur une épidémie de typhus du chat qui fait rage à Angoulême (Charente) ces dernières semaines, rapporte La Charente Libre. De nombreux félins ont succombé à la maladie depuis le début de l’été, ce qui a poussé les différentes structures à mettre en place des mesures drastiques.

En effet, le typhus du chat est une infection très contagieuse et mortelle dans la majorité des cas pour les félins vulnérables ou non vaccinés. Le virus peut se répandre très rapidement et se transmet par contact. L’année dernière, le typhus avait déjà tué des dizaines de matous dans la ville. Source O.-F. du 14 août 2023.

Chypre : une épidémie de péritonite infectieuse féline entraîne la mort de 30% des chats

Le coronavirus félin (FCoV) est très courant et ne cause généralement pas de problèmes graves, à part une légère diarrhée.

La maladie, la péritonite infectieuse féline (PIF) est causée par une variante mutée du coronavirus félin. La PIF est une maladie très grave. Quand un chat attrape la PIF, c'est progressif et presque toujours mortel.

Les autorités signalent une épidémie à Chypre, qui a commencé en janvier 2023. Les organisations locales de protection des animaux estiment qu'environ 20 à 30% des chats du pays, soit environ 300 000 chats, sont morts pendant l'épidémie. Source Outbreak News.

Voir aussi,

La Corée du Sud détecte la grippe aviaire H5N1 chez des chats d’un refuge, 

L'OMS se penche sur les risques de grippe aviaire H5N1 chez des chats de compagnie polonais, 

Pologne : Neuf chats testés positifs pour la grippe aviaire H5N1.

Le Michigan signale un cas d’un variant de la grippe lors d’une foire alors qu'une nouvelle étude souligne la menace zoonotique

«Le Michigan signale un cas d’un variant de la grippe lors d’une foire alors qu'une nouvelle étude souligne la menace zoonotique», source article de Lisa Schnirring paru le 27 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Le 26 juillet, des responsables de la santé du Michigan ont signalé un cas présumé positif du variant de la grippe humaine H3 impliquant un individu du comté de Lapeer qui a exposé à la foire du comté d'Oakland, qui a eu lieu du 7 au 16 juillet. Dans un communiqué, le Michigan Department of Health and Human Services (MDHHS) a déclaré qu'un prélèvement serait envoyé au Centers for Disease Control and Prevention pour des essais de confirmation.

Dans les développements liés à la grippe zoonotique, des chercheurs qui ont suivi la transmission du virus de la grippe H1N1 en 2009 des huH1N1mains aux porcs ont trouvé des centaines d'introductions depuis 2009, avec au moins 5 sauts de retour aux humains.

Cas annoncé après que des porcs présents à la foire aient montré des symptômes

Le patient était un exposant à la foire. Si le CDC confirme le cas, cela marquerait probablement la première infection du variant H3N2 (H3N2v) de l'été. Alors que les virus de la grippe porcine sont connus pour circuler chez les porcs tout au long de l'année, la transmission à l'homme est relativement rare mais peut se produire, principalement chez ceux qui sont en contact étroit avec les animaux. Une propagation interhumaine limitée, bien que non soutenue, a été signalée au cours des dernières années.

L'annonce du cas humain intervient après une annonce du 17 juillet du comté d'Oakland concernant la détection de la grippe A (grippe porcine) chez plusieurs porcs à la foire du comté d'Oakland. Les porcs ont commencé à montrer des symptômes de maladie le 14 juillet, ce qui a entraîné la fermeture de la porcherie ce soir-là et la surveillance des personnes exposées, y compris les exposants et le personnel de la foire. Les responsables ont également averti le public d'une exposition potentielle.

Plusieurs éclosions liées aux foires ont été signalées en 2012, entraînant 309 cas. Des cas sporadiques similaires continuent d'être signalés, en particulier pendant les mois de foire du comté. Pour la saison grippale 2021-2022, le CDC a signalé cinq cas de H3N2v.

Une étude révèle que le virus de la grippe H1N1 de 2009 a sauté vers des humains et des porcs près de 400 fois

Dans d'autres développements de la grippe zoonotique, des chercheurs de l’USDA qui ont examiné la transmission de l'ancien virus pandémique, maintenant une souche de grippe saisonnière, entre les humains et les porcs de 2009 à 2021 ont découvert qu'il était passé des humains aux porcs 370 fois, principalement lorsque la charge virale était élevée chez les humains.

L'équipe a rapporté ses résultats le 27 juillet dans PLOS Pathogens.

Bien que la circulation du H1N1 chez l'homme en 2009 ait diminué au cours des années de pandémie de la COVID-19 en 2020 et 2021, le virus a continué de circuler chez les porcs. La plupart des passages homme-porc ont été isolés, mais certains ont conduit à une circulation soutenue de différentes lignées H1N1 de 2009 chez les porcs. Au cours de la période d'étude, ils ont trouvé au moins cinq sauts de porcs à des personnes.

Les virus H1N1 de 2009 chez les porcs correspondaient mal aux vaccins contre la grippe saisonnière. Les auteurs ont déclaré que les résultats ajoutent un soutien à la gestion des infections de la grippe A chez les personnes qui sont en contact avec des porcs pour aider à prévenir la transmission aux porcs et les retombées sur les humains.

Mise à jour du 5 août 2023

Le Michigan rapporte en tout deux cas de grippe aviaire humaine en juillet 2023.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

La Corée du Sud détecte la grippe aviaire H5N1 chez des chats d’un refuge

«La Corée du Sud détecte la grippe aviaire H5N1 chez des chats d’un refuge», source article de Lisa Schnirring paru le 35 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Le ministère sud-coréen de l'Agriculture a annoncé aujourd'hui que des tests ont confirmé la grippe aviaire H5N1 chez deux chats dans un refuge à Séoul, selon un communiqué traduit et publié par Avian Flu Diary (AFD), un blog d'information sur les maladies infectieuses.

Les chats ont été testés après avoir montré des symptômes d'infection respiratoire, et les résultats des tests ont confirmé aujourd'hui le H5N1.

Selon un article paru dans des médias sud-coréens, depuis juin, environ un ou deux décès de chats par jour ont été signalés dans le refuge.

Les découvertes ont déclenché des actions de réponse au refuge et renforcé la surveillance des personnes qui ont été en contact avec les chats, selon le communiqué du ministère sud-coréen de l'Agriculture, de l'Alimentation et des Affaires rurales (MAFRA). Jusqu'à présent, aucun symptôme n'a été identifié chez les contacts. Les responsables de la santé ont mis en place des mesures de quarantaine d'urgence au refuge de Séoul et ont étendu la surveillance des installations d'élevage d'animaux dans un rayon de 10 km autour du refuge, avec des inspections prévues pour les centres de protection des animaux à l'échelle nationale.

Une enquête épidémiologique est en cours. Jusqu'à présent, il n'y a aucun détail sur la façon dont les chats ont pu contracter le virus. De plus, il n'est pas clair si le virus H5N1 est le même que celui qui a été récemment détecté chez les chats polonais.

Les nouvelles détections chez les chats, faisant suite à une épidémie inhabituelle chez les chats polonais dans une vaste zone géographique, suscitent des inquiétudes quant au risque que les animaux transmettent le virus aux humains, ce qui est peu probable mais possible, a dit le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis dans une récente évaluation des risques.

En outre, les infections chez les chats ajoutent aux inquiétudes concernant le nombre croissant de détections de H5N1 chez les espèces de mammifères, y compris dans les élevages d'animaux à fourrure en Finlande. Les scientifiques surveillent de près les indices génétiques pour savoir si le virus a changé pour infecter et se propager plus facilement parmi les mammifères.

Concernant les épidémies d'élevages d'animaux à fourrure en Finlande, l'Agence finlandaise de l'alimentation a élargi aujourd'hui la zone de transmission au-delà des provinces touchées pour inclure quatre autres provinces, selon un communiqué traduit et publié par l'AFD. La désignation des zones de transmission impose des règles destinées à freiner la transmission de la grippe aviaire, telles que l'obligation de garder les volailles et les oiseaux captifs à l'intérieur. Le pays a continué à signaler des détections de H5N1 chez des oiseaux sauvages, principalement des goélands et d'autres oiseaux de mer, au cours des mois d'été.

Les épidémies d'élevages d'animaux à fourrure concernent principalement des renards mais aussi des visons et des chiens viverrins, et le nombre d'installations touchées est de 12.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

L'UE pourrait-elle être au bord d'un changement de paradigme à propos des phages ?

«L'UE pourrait-elle être au bord d'un changement de paradigme à propos des phages ?», source Poultry World du 18 juillet 2023.

Nous pourrions être au bord d'un changement de paradigme du phage dans l'Union européenne. C'est l'avis de divers experts lors d'un webinaire en ligne organisé le 11 juillet par PhageEU, une coalition d'acteurs représentant les phages dans l'industrie, la communauté scientifique et la société civile.

Un additif alimentaire basé sur la technologie des phages pourrait être autorisé par la Commission européenne dans un proche avenir, ont-ils convenu, ajoutant qu'il s'agirait d'un modèle pour le développement de produits révolutionnaires de phages chez la volaille et d'autres animaux producteurs denrées alimentaires.

Le webinaire a été l'occasion de discuter des défis techniques liés à la conception de produits bactériophages, des obstacles réglementaires en Europe pour cette nouvelle catégorie de produits ainsi que d'analyser le récent débat politique au sein des institutions européennes et les perspectives d'avenir.

Résistance antimicrobienne

En outre, les phages sont également reconnus comme un traitement alternatif pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens, a rapporté Phage EU. Le récent webinaire a offert une discussion intéressante sur la manière dont les bactériophages feront partie du cadre pour relever des défis tels que la résistance aux antimicrobiens et l'approche One Health de l’UE.

Barrières à la conception d'un cocktail de phages

La Dr Alison Low de l'Institut Roslin de l'Université d'Édimbourg a présenté les obstacles scientifiques à la conception d'un cocktail de phages. Elle a confirmé : «La sélection d'un phage pour cibler une infection spécifique peut présenter un obstacle à la phagothérapie. Elle a ajouté que les chercheurs de l'Institut Roslin utilisent une approche axée sur la génomique pour prédire les cocktails de phages actifs à partir de la séquence d'ADN de la souche bactérienne infectante.

Un cocktail de bactériophages ciblant Salmonella dans la volaille

La Dr Elinor McCartney, directeur technique chez Pen & Tec Consulting, a présenté une étude de cas de bactériophages basée sur le processus d'enregistrement du Bafasal, un cocktail de bactériophages produit par Proteon Pharmaceuticals et utilisé comme additif alimentaire ciblant Salmonella chez la volaille. «Nous sommes au bord d'un changement de paradigme du phage dans l'UE», a dit McCartney.

À la suite d'un examen minutieux de l'EFSA et des États membres de l'UE, début 2023, l'EFSA a émis un avis confirmant l'efficacité du Bafasal contre les sérotypes de Salmonella. Bien que quelques questions demeurent, selon McCartney, «une fois que le Bafasal sera approuvé dans l'UE, il y aura un modèle pour le développement de produits phages révolutionnaires chez la volaille et d'autres animaux producteurs de denrées alimentaires, ainsi que de nombreux autres pathogènes bactériens graves chez les animaux de compagnie et les humains.»

Des phages dans le débat politique

L'intérêt croissant pour la phagothérapie parmi les décideurs européens a été confirmé par Margareta Przybyla, conseillère aux affaires publiques de l'UE et représentante à Bruxelles de Phage EU. «Alors que la résistance aux antimicrobiens et l'approche One Health de lutte contre le changement climatique et la mise en place de sous-systèmes alimentaires durables ont été reconnues par toutes les institutions de l'UE comme des questions prioritaires, il existe de plus en plus d'opportunités de positionner les phages dans le débat politique et de sensibiliser à leur potentiel», a dit Przybyla.

Accroître la sensibilisation

Dans son allocution de clôture, le professeur Jarosław Dastych, PDG de Proteon Pharmaceuticals S.A. et membre fondateur de PhageEU, a souligné qu'en ce qui concerne l'autorisation, le processus réglementaire et le débat politique, le principal obstacle est l'acceptation et la sensibilisation croissante à la technologie des phages.

NB : L’image est issue du compte Twitter de PhageEU.

Royaume-Uni : Détection de la grippe aviaire H5N1 chez 2 personnes supplémentaires alors qu'en Finlande, davantage d'élevages d'animaux à fourrure sont touchés

«Royaume-Uni : Détection de la grippe aviaire H5N1 chez 2 personnes supplémentaires alors qu'en Finlande davantage d'élevages d'animaux à fourrure sont touchés», source article de Lisa Schnirring paru le 14 juillet 2023 dans CIDRAP News.

La UK Health Security Agency (UKHSA) a rapporté le 14 juillet deux autres détections asymptomatiques de grippe aviaire H5N1 chez des personnes ayant été en contact avec des volailles malades, portant à quatre le total du pays grâce à son programme de surveillance en cours.

Dans d'autres développements, les responsables de la santé animale en Finlande ont signalé le 14 juillet quatre autres détections de H5N1 dans des élevages d'animaux à fourrure, ce qui fait suite à l'annonce faite le 13 juillet d'une épidémie chez des renards bleus dans un élevage d'animaux à fourrure.

Tests positifs sur les personnes de deux élevages

Dans un communiqué, la UKHSA a dit que la recherche des contacts n'avait révélé aucun cas d’infection lié à la grippe aviaire humaine.

Meera Chand, directrice des infections cliniques et émergentes de la UKHSA, a déclaré que les preuves actuelles suggèrent toujours que le virus ne se propage pas facilement des oiseaux aux humains.

«Ces détections peuvent faire suite à une contamination du nez et de la gorge due à l'inhalation de matières provenant de l'environnement, ou peuvent être dues à une infection», a-t-elle déclaré. «Il peut être difficile de les distinguer chez les personnes qui ne présentent aucun symptôme. Suite à toute détection, nous déclencherons immédiatement la réponse de santé publique appropriée.»

Les responsables de la santé ont déclaré que les épidémies dans les élevages de volailles se sont poursuivies à un faible niveau au cours de l'été, mais que la transmission du virus chez les oiseaux sauvages reste élevée au Royaume-Uni, en particulier chez les goélands et les sternes. Les deux dernières personnes testées positives ont été exposées dans différentes fermes.

Les scientifiques ont obtenu une séquence virale partielle d'une personne et une séquence complète de l'autre. Les deux virus appartiennent au clade 2.3.4.4b H5N1 et appartiennent au génotype UK AIV48.

Plus tôt cette semaine, des agences mondiales de la santé ont mis en garde contre une menace continue du H5N1 pour les humains, sur la base d'épidémies continues chez les oiseaux et de détections croissantes chez des mammifères non humains. Bien que les cas humains, désormais au nombre de 10, restent sporadiques, certains ont été graves ou mortels, tandis que d'autres seraient le résultat d'une contamination environnementale des voies respiratoires. Toutes concernaient des personnes ayant été en contact avec des oiseaux malades.

Les scientifiques continuent de surveiller de près tout changement dans le virus qui lui donne la capacité d'infecter plus facilement les humains. Les chercheurs ont déjà documenté des changements dans le gène PB2 qui sont liés à une réplication accrue dans les cellules de mammifères. Et bien que certains des changements donnent au virus la capacité de se lier à des récepteurs de type humain, il n'y a aucun signe de changement de préférence des récepteurs des voies respiratoires aviaires aux récepteurs humains.

H5N1 confirmé dans 4 autres élevages d’animaux à fourrure en Finlande

Dans des développements connexes, l'Autorité alimentaire finlandaise (FFA) a déclaré le 14 juillet que des tests ont confirmé laprésence du virus H5N1 dans quatre autres élevages, portant le total à cinq.

Les responsables ont déclaré que le virus est le même que celui retrouvé dans l'établissement signalé le 13 juillet. Parmi les nouvelles détections, deux se trouvent à Kauhava, une à Kausti et une à Halsua. Les élevages sont situées dans la partie centre-ouest du pays.

Dans l'une des d'éclosions dans un nouvel élevage, le virus a été trouvé chez des renards bleus et des visons. En octobre dernier, l'Espagne a signalé une épidémie de H5N1 chez des visons. Les responsables de la santé suivent de près les détections croissantes chez les mammifères pour évaluer les changements de virus et parce que les visons ont été suggérés comme un possible récipient de mélange pour les virus respiratoires.

Les nouvelles détections surviennent juste un jour après que le pays a signalé sa première épidémie dans un élevage d’animaux à fourrure, qui a rendu malades des renards bleus. L’élevage abritait également des chiens viverrins.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

Les flambées de grippe aviaire en cours chez les animaux présentent un risque pour les humains, selon l'OMS

«Les flambées de grippe aviaire en cours chez les animaux présentent un risque pour les humains», source communiqué de l’OMSdu 12 juillet 2023.

Analyse de la situation et conseils aux pays par la FAO, l'OMS, WOAH

Les épidémies actuelles d’influenza aviaire (également appelée «grippe aviaire») ont dévasté les populations animales, dont les volailles, les oiseaux sauvages et certains mammifères, et ont nui aux moyens de subsistance des agriculteurs et au commerce alimentaire. Bien qu'affectant en grande partie les animaux, ces épidémies présentent des risques permanents pour les humains.

L'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation mondiale de la santé animale (WOAH) exhortent les pays à travailler ensemble dans tous les secteurs pour sauver autant d'animaux que possible et protéger les personnes. .

Les virus de la grippe aviaire se propagent normalement parmi les oiseaux, mais le nombre croissant de détections de la grippe aviaire H5N1 chez les mammifères - qui sont biologiquement plus proches des humains que les oiseaux - fait craindre que le virus ne s'adapte pour infecter les humains plus facilement. De plus, certains mammifères peuvent servir de récipients de mélange pour les virus de la grippe, entraînant l'émergence de nouveaux virus qui pourraient être plus nocifs pour les animaux et les humains.

La lignée oie/Guangdong du virus de l’inflenza aviaire H5N1 est apparue pour la première fois en 1996 et a provoqué des épidémies chez les oiseaux depuis lors. Depuis 2020, un variant de ce virus H5 appartenant au clade 2.3.4.4b a entraîné un nombre sans précédent de décès chez les oiseaux et volailles sauvages dans de nombreux pays d'Afrique, d'Asie et d'Europe. En 2021, le virus s'est propagé en Amérique du Nord, et en 2022, en Amérique centrale et du Sud.

En 2022, 67 pays sur cinq continents ont signalé à WOAH des épidémies de grippe aviaire hautement pathogène H5N1 chez les volailles et les oiseaux sauvages, avec plus de 131 millions de volailles domestiques perdues en raison de la mort ou de l'abattage dans les élevages et les villages touchés. En 2023, 14 autres pays ont signalé des épidémies, principalement dans les Amériques, alors que la maladie continue de se propager. Plusieurs cas de mortalité massive ont été signalés chez les oiseaux sauvages, causés par les virus de la grippe A(H5N1) clade 2.3.4.4b.

Surveillance de la récente flambée d'épidémies chez les mammifères

Récemment, on a signalé de plus en plus d'éclosions mortelles chez les mammifères également causées par les virus de la grippe A(H5), dont la grippe A(H5N1). 10 pays sur trois continents ont signalé des épidémies chez les mammifères à WOAH depuis 2022. Il y a probablement plus de pays où des épidémies n'ont pas encore été détectées ou signalées. Des mammifères terrestres et marins ont été touchés, y compris des foyers chez des visons d'élevage en Espagne, des phoques aux États-Unis d'Amérique et des lions de mer au Pérou et au Chili, avec au moins 26 espèces connues pour avoir été touchées. Des virus H5N1 ont également été détectés chez des animaux domestiques tels que des chats et des chiens dans plusieurs pays, avec des détections récentes de H5N1 chez des chats annoncées par les autorités polonaises.

«Il y a un changement de paradigme récent dans l'écologie et l'épidémiologie de la grippe aviaire qui a accru l'inquiétude mondiale alors que la maladie s'est propagée à de nouvelles régions géographiques et a provoqué des décès inhabituels d'oiseaux sauvages et une augmentation alarmante des cas de mammifères», a déclaré le Dr Gregorio Torres, Chef du département des sciences à WOAH.

Évaluer le risque pour l'homme

Des détections sporadiques du virus de la grippe A(H5N1) clade 2.3.4.4b chez l'homme ont également été signalées, mais restent très rares, avec 8 cas signalés depuis décembre 2021. Les infections chez l'homme peuvent provoquer une maladie grave avec un taux de mortalité élevé. Les cas humains détectés jusqu'à présent sont principalement liés à des contacts étroits avec des oiseaux infectés et des environnements contaminés.

«Avec les informations disponibles à ce jour, le virus ne semble pas pouvoir se transmettre facilement d'une personne à l'autre, mais la vigilance est de mise pour identifier toute évolution du virus susceptible de changer cela», a déclaré la Dr Sylvie Briand, directrice de l’Epidemic and Pandemic Preparedness and Prevention de l’OMS. «L'OMS travaille en étroite collaboration avec la FAO et WOAH, et les réseaux de laboratoires pour surveiller l'évolution de ces virus, à la recherche de signaux de tout changement qui pourrait être plus dangereux pour l'homme. Nous encourageons tous les pays à augmenter leur capacité à surveiller ces virus et à détecter tout cas humain. Ceci est particulièrement important car le virus affecte désormais des pays ayant une expérience préalable limitée en matière de surveillance de la grippe aviaire.»

Des études sont en cours pour identifier tout changement dans le virus qui pourrait aider le virus à se propager plus facilement parmi les mammifères, y compris les humains.

«L'épidémiologie du H5N1 continue d'évoluer rapidement», a déclaré Keith Sumption, vétérinaire en chef de la FAO. «La FAO attire l'attention sur la nécessité d'être vigilant et de partager en temps opportun les séquences génétiques pour surveiller l'épidémiologie moléculaire afin d'évaluer les risques et de mieux contrôler les maladies.»

Freiner la propagation de la grippe aviaire

Compte tenu de la propagation sans précédent du virus de la grippe aviaire A(H5N1) chez les oiseaux et les mammifères, et du risque potentiel pour la santé humaine, les partenaires tripartites - FAO, OMS et WOAH - exhortent les pays à prendre les mesures suivantes :

Prévenir l'influenza aviaire à sa source, principalement grâce à des mesures de biosécurité renforcées dans les élevages et dans les filières avicoles, et appliquer de bonnes pratiques d'hygiène. Les membres de WOAH, en consultation avec le secteur avicole, peuvent considérer la vaccination des volailles comme un outil complémentaire de contrôle des maladies basé sur une surveillance solide et tenant compte des facteurs locaux tels que les souches virales en circulation, l'évaluation des risques et les conditions de mise en œuvre de la vaccination.

Détectez, signalez et répondez rapidement aux épidémies animales en tant que première ligne de défense. Lorsqu'une infection est détectée chez les animaux, les pays sont encouragés à mettre en œuvre des stratégies de contrôle telles que décrites dans les normes WOAH.

Renforcer la surveillance de la grippe chez les animaux et les humains. Pour permettre une réponse précoce, la surveillance basée sur le risque chez les animaux doit être renforcée avant et pendant les périodes à haut risque. Les cas animaux de grippe aviaire doivent être signalés à WOAH en temps opportun. Le séquençage génétique doit être effectué périodiquement pour détecter toute modification des virus déjà présents dans la zone ou l'introduction de nouveaux virus. Chez l'homme, les éléments suivants doivent être prioritaires : (i) la surveillance des infections respiratoires aiguës sévères et des syndromes grippaux, (ii) un examen attentif de tout profil épidémiologique inhabituel, (iii) la notification des infections humaines en vertu du Règlement sanitaire international, et (iv) partage des virus grippaux avec les WHO Global Influenza Surveillance and Response System (GISRS) Collaborating Centres for Reference and Research on Influenza.

Mener des enquêtes épidémiologiques et virologiques autour des épidémies animales et des infections humaines. La surveillance doit être renforcée afin de détecter et d'enquêter rapidement sur d'autres cas suspects chez l'animal et chez l'homme.

Partagez rapidement les données de séquence génétique des virus d'humains, d'animaux ou de leur environnement dans des bases de données accessibles au public, avant même la publication évaluée par des pairs.

Encourager la collaboration entre les secteurs de la santé animale et humaine, en particulier dans les domaines du partage d'informations, de l'évaluation conjointe des risques et de la réponse.

Communiquer le risque. Alerter et former le personnel soignant et les personnes professionnellement exposées aux moyens de se protéger. Le grand public ainsi que les travailleurs animaliers doivent être avisés d'éviter tout contact avec des animaux malades ou morts et de les signaler aux autorités de santé animale. Ils doivent également être avisés de consulter un médecin en cas de malaise et de signaler toute exposition à des animaux à leur fournisseur de soins de santé.

Assurer la préparation à une pandémie de grippe à tous les niveaux.

Mise à jour du 14 juillet 2023

La Finlande signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards bleus dans un élevage.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

Des chercheurs découvrent Candida auris résistant aux antibiotiques et souvent mortels dans les oreilles de chiens

«Des chercheurs découvrent des champignons résistants aux antibiotiques et souvent mortels vivant dans les oreilles de chiens », source Université McMaster.

Des scientifiques de l'Université McMaster et de l'Université de Delhi en Inde ont découvert et isolé la première culture vivante de l'agent pathogène résistant aux antibiotiques, Candida auris, d'un animal, en particulier des conduits auditifs de chiens errants.

La découverte suggère que les animaux de compagnie pourraient agir comme des réservoirs de superbactéries, transmettant potentiellement des infections aux humains.

Signalée pour la première fois au Japon en 2009, C. auris est un type de levure qui s'est depuis répandu dans le monde entier.

Le champignon émergent peut provoquer des infections persistantes et graves et des épidémies généralisées dans les hôpitaux. Les médicaments antifongiques ne fonctionnent souvent pas contre ce pathogène et plus d'un patient sur trois souffrant d'infections invasives graves mourra, selon certaines estimations.

L'Organisation mondiale de la santé l'a déclaré l'un des quatre agents pathogènes fongiques «prioritaires critiques» au monde.

Dans une étude publiée en ligne dans Journal of Fungi, des chercheurs ont analysé des prélèvements de peau et d'oreille de 87 chiens dans un refuge de Delhi. Les écouvillons ont été analysés pour les cultures de bactéries et de champignons à l'aide de protocoles de diagnostic de routine pour les infections de la peau et des oreilles.

Parmi ceux-ci, 52 étaient des animaux errants déjà sous soins intensifs pour des lésions graves dues à des maladies cutanées chroniques. Les 35 chiens restants étaient des animaux domestiques traités pour des infections gastro-intestinales et urinaires mineures. Leurs conditions n'étaient pas liées à l'agent pathogène à l'étude.

Les chercheurs ont trouvé des preuves de C. auris dans les conduits auditifs de quatre des animaux atteints d'infections cutanées chroniques.

«Les chiens sont des animaux de compagnie communs. Même si C. auris n'a été retrouvé que chez les chiens errants dans cette étude, il existe de nombreux chiens errants dans de nombreuses régions du monde», explique Jianping Xu, auteur principal de l'article et professeur au département de biologie de McMaster.

«Ces chiens pourraient servir de véhicules de transmission pour que C. auris atteigne d'autres animaux et les humains.»

Bien que les champignons soient des agents pathogènes importants pour les animaux, aucune culture vivante de C. auris n'avait été isolée auparavant.

Une analyse ADN a mis en évidence des similitudes génomiques entre certaines des souches trouvées chez les chiens et celles retrouvées chez l'homme, fournissant une preuve supplémentaire que la propagation de l'infection à d'autres animaux et à l'homme est un risque.

«Nous devons être vigilants dans la surveillance des chiens, des autres animaux de compagnie domestiques et des animaux sauvages dans les régions où C. auris est endémique», a dit Xu, qui est également chercheur à la Global Nexus School for Pandemic Prevention & Response de McMaster.

Bien que C. auris se propage facilement d'homme à homme, la voie de transmission entre animaux ou d'animaux à humains est beaucoup moins claire et une enquête plus approfondie est nécessaire.»

Lorsque les humains sont infectés par C. auris, les objets inanimés dans l'environnement sont facilement contaminés par l'excrétion de pélicules cutanées.

Parce que la levure a été trouvée dans le conduit auditif des chiens, par rapport à la peau exposée, l'excrétion dans l'environnement immédiat a été réduite, contenant la propagation de l'infection.

C. auris a également été découvert à la surface de pommes entreposées, dans des marais côtiers, dans des environnements à salinité extrêmement élevée et, récemment, dans des eaux usées, ce qui suggère qu'il peut survivre dans des conditions difficiles.

Des chercheurs créent un test pour détecter le SARS-CoV-2 dans n'importe quelle espèce animale

«Des chercheurs créent un test pour détecter le SARS-CoV-2 dans n'importe quelle espèce animale», source article de Mary Van Beusekom paru le 6 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Une équipe dirigée par des chercheurs de l'Université de l'Illinois a mis au point un test qui, selon eux, peut détecter le SRAS-CoV-2 chez n'importe quelle espèce d'animal sauvage ou domestique.

Leur étude, publiée dans mSphere, détaille le développement et la validation de leur test immunoenzymatique (bELISA) basé sur des anticorps monoclonaux (mAb), qui, selon les auteurs de l'étude, est un outil utile pour identifier de nouveaux réservoirs animaux potentiels afin de prévenir de futurs épidémies de coronavirus.

Le test cible la protéine N du virus

La plupart des tests d'anticorps sont conçus pour les humains et reposent sur des réactifs chimiques spéciaux spécifiques à l'espèce, dont la plupart ne sont pas disponibles dans le commerce, ce qui entrave la recherche pan-espèce. Mais celui-ci détecte les anticorps dirigés contre la protéine N du virus, ce qui est constant d'une espèce à l'autre, ce qui en fait une meilleure cible que les protéines virales liées à la membrane habituellement utilisées dans ces tests.

«La protéine N est plus abondante et plus conservée que les protéines utilisées dans la plupart des tests», a dit l'auteure principale Ying Fang, dans un communiqué de presse de l'Université de l'Illinois à Urbana-Champaign.

En plus des humains, le SRAS-CoV-2 est connu pour infecter les chats, les chiens, les cerfs, les visons, les lions, les léopards des neiges et les tigres. «Ces découvertes suscitent de grandes inquiétudes quant au potentiel de transmission d'homme à animal et d'animal à homme, ainsi qu'à l'apparition de mutations virales en tant que propagation du virus entre les espèces», ont écrit les auteurs.

Outil de surveillance utile

Les chercheurs ont créé le test en enduisant une plaque ELISA de la protéine N du virus de type sauvage et en ajoutant un échantillon de sérum regroupé de 24 chats infectés expérimentalement par les variants Alpha, Delta ou Omicron du SRAS-CoV-2. S'il est infecté par le SRAS-CoV-2, le sérum de l'animal contiendra des anticorps anti-protéine N, qui se lieront à la plaque.

L'équipe lave ensuite la plaque et ajoute un mAb secondaire marqué à la biotine (vitamine B) qui cible la protéine N. Si l'animal est infecté, ses anticorps empêcheront les anticorps secondaires de se lier à la protéine N. S'ils ne sont pas infectés, les mAb se fixent à la plaque enduite et génèrent un signal de couleur lorsque certains produits chimiques sont ajoutés à la plaque.

Les chercheurs ont validé l'outil à l'aide d'échantillons de sérum d'animaux dont le statut infectieux était connu, obtenant une sensibilité diagnostique de 97,8% et une spécificité diagnostique de 98,9%.

La sensibilité est la probabilité qu'un test identifie correctement tous les cas positifs ; plus la sensibilité est élevée, plus la probabilité de résultats faussement négatifs est faible. La spécificité, d'autre part, est la capacité d'identifier ceux qui n'ont pas de condition ; plus la spécificité est élevée, plus le risque de résultats faussement positifs est faible. L'aire sous la courbe du test, qui représente la précision, était de 0,998, démontrant une grande précision.

Les auteurs de l'étude ont déclaré que le test présente une répétabilité élevée, déterminée par un faible coefficient de variation, ou rapport de l'écart type à la moyenne, entre les séries (7,2%), au sein des séries (4,9%) et dans la plaque (3,2%). Le test a pu détecter les anticorps du SRAS-CoV-2 chez les chats infectés expérimentalement dès 7 jours après l'infection et chez deux des trois chiens présentant des symptômes de type COVID traités dans une clinique vétérinaire.

«Le panel de mAbs générés dans cette étude fournit des réactifs précieux pour le diagnostic des maladies et les études de pathogenèse virale», ont écrit les chercheurs. «Le bELISA basé sur les mAbs pourrait être un outil utile pour la surveillance sur le terrain afin de déterminer la prévalence de la COVID-19 dans les populations animales et d'identifier de nouveaux réservoirs animaux potentiels.»