Les cas à Listeria ont atteint un niveau record en Europe en 2022

Le blog vous a proposé un article à propos du rapport 2022 sur les zoonoses au sein de l’UE par l’EFSA-ECDC, Les foyers de toxi-infection alimentaire signalés dans l'UE ont augmenté de 44%, la campylobactériose et la salmonellose restent inférieures aux niveaux d'avant la pandémie.

Il est toujours bon d’avoir un autre éclairage sur ce rapport, et de plus, par certains égards, il est bien plus complet que mon article initial.

Ainsi Joe Whitworth de Food Safety News a publié un article paru le 13 décembre 2023, «Les cas à Listeria ont atteint un niveau record en Europe en 2022».

Les infections à Listeria ont atteint des niveaux records en Europe tandis que les cas à Salmonella et à E. coli ont également augmenté en 2022, selon les derniers chiffres.

Les données proviennent du rapport 2022 One Health Zoonoses de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

La plupart des décès étaient associés à la listériose avec 286, dont 81 liés à la salmonellose.

Les cas déclarés de campylobactériose, la maladie zoonotique la plus fréquente, sont restés stables en 2022 par rapport à l'année précédente, avec 137 107 cas. Il y a eu plus de 10 500 hospitalisations et 34 décès. La viande de poulet était la source d'infection la plus courante.

Les taux de notification par pays les plus élevés ont été enregistrés au Luxembourg, en République tchèque, en Slovaquie et au Danemark. Les taux les plus faibles ont été enregistrés en Pologne, en Bulgarie, en Roumanie et en Grèce. L'Allemagne a enregistré le plus grand nombre de cas, avec près de 43 500.

Vingt-quatre États membres et l'Irlande du Nord ont soumis des données sur le critère d'hygiène des procédés pour Campylobacter défini dans la réglementation de l'UE. Seize pays et l'Irlande du Nord ont signalé 7 905 résultats de tests issus des contrôles officiels, avec 19,4% qui sont supérieurs à 1 000 UFC/g. Vingt pays ont signalé 58 372 résultats de surveillance des entreprises, dont 17,5% dépassaient 1 000 UFC/g. Une douzaine de pays ont partagé les résultats de leurs prélèvements, montrant que le nombre dépassant la limite était nettement plus élevé dans les échantillons officiels, avec 22,1%, que dans les autocontrôles qui étaient à 9%.

Statistiques sur Salmonella

La salmonellose était la deuxième maladie la plus courante, avec 65 208 cas, contre 60 169 en 2021. Les principaux sérotypes acquis dans l'UE étaient Salmonella Enteritidis, Typhimurium, Salmonella Typhimurium monophasique, Infantis, Newport et Derby.

Les taux de notification les plus élevés ont été enregistrés en République tchèque et en Slovaquie, tandis que la Bulgarie, la Grèce, l'Italie, la Lettonie, le Portugal et la Roumanie ont enregistré les taux les plus faibles. La France compte le plus grand nombre de cas, avec 11 162.

Sur les 4 135 cas associés à des voyages pour lesquels des informations sur le pays probable d'infection ont été enregistrés, la Turquie, l'Égypte, le Maroc et la Thaïlande étaient les destinations en dehors de l'UE les plus fréquemment signalées. Les principaux pays d'infection pour les cas associés aux voyages en Europe étaient l'Espagne et l'Italie.

«Le nombre de cas humains signalés pour les deux maladies d’origine alimentaire les plus courantes reste inférieur à celui d’avant la pandémie. Cependant, étant donné l'impact de ces infections sur la santé humaine, une vigilance accrue et des efforts supplémentaires pour réduire le nombre de cas sont nécessaires», a déclaré Ole Heuer, chef de la section des maladies à tendance épidémique à l'ECDC.

La yersiniose arrive en troisième position avec près de 8 000 cas. Il s’agit du plus grand nombre d’infections au cours des 10 dernières années.

Données sur E. coli et Listeria

Viennent ensuite E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) avec plus de 7 100 cas et Listeria monocytogenes avec 2 738.

Les STEC ont provoqué 1 130 hospitalisations et 28 décès dus à des infections, contre 6 406 en 2021.

Les taux de notification les plus élevés étaient en Irlande, à Malte, en Suède et au Danemark, tandis que les plus faibles étaient au Portugal, en Slovaquie et en Pologne. La Bulgarie, Chypre et la Lituanie n'ont enregistré aucun cas d’infection en 2022. L'Allemagne a enregistré le plus grand nombre de cas, avec 1 873.

Sur la base des informations provenant de 3 374 cas, les principaux sérogroupes étaient O157, O26, O103 et O146.

L'Espagne, la Grèce, l'Italie et la Croatie étaient les pays d'Europe les plus susceptibles d'être infectés. Pour les pays non membres de l'UE, la Turquie était le principal pays d'infection, suivie par l'Égypte et le Maroc.

Au total, 562 cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) ont été signalés, touchant principalement des enfants âgés de moins de 4 ans, et 20 d'entre eux sont décédés. Les principaux sérogroupes étaient O26, O157, O80 et O145.

Les infections à Listeria ont provoqué 1 330 hospitalisations et les cas (2 738 cas) ont augmenté par rapport aux 2 365 cas de 2021. Il s’agit du nombre le plus élevé signalé depuis le début de la surveillance au niveau de l’UE en 2007.

Le Danemark, la Finlande, la Suède, l'Espagne, la Slovénie et la Belgique affichaient les taux de notification les plus élevés. La Bulgarie, la Croatie, Chypre, la Grèce, Malte et la Roumanie ont enregistré les taux les plus bas. L'Allemagne compte le plus grand nombre de patients, avec 548.

La République tchèque a enregistré 48 cas en 2022 contre 24 en 2021, et la Slovaquie est passée de 13 à 25. En Italie, les cas ont augmenté de 115 ; en Espagne, ils ont augmenté de 82. Douze infections associées aux voyages ont été signalées en dehors de l'UE, notamment au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Afrique du Sud.

Les décès ont augmenté de 100 contre 186 en 2021. La France a enregistré le plus grand nombre de cas mortels avec 73, suivie par l’Espagne avec 67 cas, Allemagne, 33 cas et la Pologne, 22 cas.

Les cas de Brucella sont passés de 162 à 198, mais les infections à Trichinella ont chuté de 77 à 41.

Vendredi 15 décembre 2023, le blog fera paraître le Top 10 de l’année 2023 de la sécurité des aliments en France. Il s’gait d’une mise en perspective de quelques faits saillants, mais aussi avec des absents …

Les foyers de toxi-infection alimentaire signalés dans l'UE ont augmenté de 44%, la campylobactériose et la salmonellose restent inférieures aux niveaux d'avant la pandémie, selon le rapport 2022 de l’EFSA-ECDC sur les zoonoses

«La campylobactériose et la salmonellose restent inférieures aux niveaux d'avant la pandémie - Les infections au virus du Nil occidental en hausse», source EFSA du 12 décembre 2023.

La campylobactériose et la salmonellose ont été les maladies zoonotiques les plus fréquemment signalées chez l'homme dans l'UE en 2022. Toutefois, le nombre de cas est resté inférieur à celui des années prépandémiques 2018-2019.

Pour le virus du Nil occidental, une augmentation du nombre d'infections a été observée. Ces informations, ainsi que d'autres informations sur les zoonoses, ont été publiées aujourd'hui par l'EFSA et l'ECDC dans le dernier rapport annuel de l’UE sur les zoonoses.

Le nombre de cas signalés de campylobactériose, la maladie zoonotique la plus fréquemment signalée, est resté stable en 2022 par rapport à l'année précédente, avec 137 107 cas. La viande de poulet est la source la plus fréquente des infections.

La salmonellose est la deuxième zoonose la plus signalée, avec 65 208 cas en 2022, contre 60 169 en 2021. Cependant, dix-neuf États membres et le Royaume-Uni (Irlande du Nord) ont atteint tous les objectifs fixés pour la réduction de la salmonellose dans les populations de volailles. Il s'agit du résultat le plus élevé depuis 2018, l'année où 14 États membres avaient atteint tous les objectifs – une étape importante dans les efforts collectifs pour lutter contre les maladies zoonotiques et protéger la santé publique.

«Le nombre de cas humains signalés pour les deux maladies d'origine alimentaire les plus courantes reste inférieur à ce qu'il était avant la pandémie», a déclaré Ole Heuer, chef de la section ‘Maladies à potentiel épidémique’ à l'ECDC. «Toutefois, compte tenu de l'impact de ces infections sur la santé humaine, il convient de rester vigilant et de redoubler d'efforts pour continuer à réduire le nombre de cas.»

Augmentation des infections par le virus West Nile

L'année 2022 est la deuxième année présentant le nombre de cas le plus élevé d'infections par le virus du Nil occidental jamais enregistré dans l'UE (1 133 cas) ; 2018 étant l'année où le nombre de cas était le plus élevé jusqu'à présent (1 612 cas). Ces chiffres sans précédent pourraient être dus à des conditions climatiques plus favorables à l'activité des moustiques.

«Le changement climatique accroît la recrudescence des maladies à transmission vectorielle. C’est pourquoi aujourd’hui, une approche «Une seule santé» (One Health) intégrant l’évaluation des risques à la fois pour l’homme et pour l’animal est la voie à suivre», a déclaré Frank Verdonk, chef de l’unité ‘Risques biologiques et santé et bien-être des animaux’ de l’EFSA.

En 2022, 431 oiseaux et 166 chevaux ont été testés positifs au virus du Nil occidental dans l'Union européenne, soit environ le double des chiffres de l'année précédente. Le virus a également étendu sa zone géographique, atteignant des régions jusque-là épargnées (sud-ouest de la France, nord de l'Allemagne et sud de l'Italie).

Le rapport publié ne se contente pas d'examiner les cas de maladie signalés de manière sporadique mais il se penche également sur les foyers de toxi-infection alimentaire, c'est-à-dire les cas où un minimum de deux personnes contractent la même maladie après avoir consommé le même aliment contaminé.

Le nombre de foyers de toxi-infection alimentaire signalés dans l'UE a augmenté de 44%, passant de 4 005 en 2021 à 5 763 en 2022, atteignant des niveaux similaires à ceux des années prépandémiques et provoquant le plus grand nombre de décès liés à des foyers de toxi-infection au cours de la dernière décennie (64). Les décès ont été principalement attribués à Listeria monocytogenes et ont été associés à une grande variété d'aliments, allant de la viande et des produits laitiers au poisson et aux légumes. L'utilisation plus fréquente du séquençage du génome entier est susceptible d'avoir amélioré la sensibilité de la surveillance, augmentant ainsi la capacité à détecter les foyers dans les États membres de l’UE.

Il y a aussi une Infographie qui rapporte dans quelle mesure vos aliments sont-ils sûrs ?

Sources et nombre d'épidémies d'origine alimentaire dans l'Union européenne en 2022.

Commentaire

On découvre les données 2022 sur la listeriose en France avec 451 cas (6,5 cas par million d’habitants), soit une augmentation significative, selon le rapport de l’EFSA-ECDC, alors que Santé publique France est restée à 2019 (6,2 cas par millions d’habitants), étonnant, non ?

Pour les STEC, en France, une tendance à la hausse significative (p < 0,05) a été observée sur la période 2018–2022 en France.

Pour les données relatives aux toxi-infections alimentaires collectives en France, Santé publique France rapporte en 2021, 1 309 toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ont été déclarées en France, affectant 11 056 personnes. Selon le rapport 2022 de l’EFSA-ECDC, la France a signalé en 2022, 1 861 foyers de TIAC, affectant 16 102 personnes.

Mise à jour du 18 décembre 2023

On lira l'article de Joe Whitworth paru le 18 décembre 2023 dans Food Safety News, «Data shows outbreaks rose across Europe in 2022» (Les données montrent une hause des foyers de cas d'intoxication alimentaire en Europe en 2022.

Une conférence sur le concept One Health / Une seule Santé le 13 novembre

75% des maladies infectieuses nouvellement émergentes ou réémergentes sont d’origine animale. Le concept OneHealth ou Une seule Santé n’est pas nouveau, mais il est temps de le transformer du concept en réalité.

Rejoignez notre conférence le 13 novembre où nous discuterons de l’avenir de «One Health» en Europe. 

75% of newly emerging or re-emerging infectious diseases are of animal origin. #OneHealth is not new, but it is time to transform it from a concept into reality.

Join our conference on 13 November where we will discuss the future of ‘One Health’ in Europe.

— EU Food Safety - #EUFarm2Fork (@Food_EU) November 3, 2023

On lira cet article de l’Anses du 23 mars 2023, «One Health : une seule santé pour les êtres vivants et les écosystèmes».

One Health vise à promouvoir une approche pluridisciplinaire et globale des enjeux sanitaires. D’où vient cette approche et en quoi consiste-elle ? 

Des chercheurs évaluent le lien entre le statut social et le risque d’infection

«Des chercheurs évaluent le lien entre le statut social et le risque d’infection», source article paru le 27 août 2023 dans Food Safety News.

La relation entre le niveau de vie et l'incidence d'une infection au Royaume-Uni varie selon l'agent pathogène, selon les scientifiques.

Une étude a analysé l'association entre la privation socio-économique et l'incidence des maladies infectieuses intestinales (MII) par des pathogènes gastro-intestinaux signalés à l'Agence britannique de la santé (UKHSA).

La maladie infectieuse intestinale (MII) est une infection du tractus gastro-intestinal qui provoque une gastro-entérite. Bien que la plupart des cas soient bénins, certaines personnes doivent s'absenter du travail ou de l'école en raison de symptômes et d'agents pathogènes particuliers. Les mesures de santé publique exigent l'exclusion du travail de certains groupes, tels que les manipulateurs d'aliments.

Les données couvrent la période 2015 à 2018 pour les infections à Salmonella, Campylobacter, Shigella, Giardia et norovirus confirmées en laboratoire. Les résultats ont été publiés dans la revue Epidemiology and Infection.

Variation des pathogènes

Campylobacter et Giardia ont diminué avec l'augmentation de la privation. Cependant, l'incidence de norovirus, des espèces Salmonella non typhique, de Salmonella Typhi/Paratyphi et de Shigella augmentait avec une privation plus élevée.

Au cours d’une période d'étude de 4 ans, 314 381 patients ont été signalés, dont 167 299 étaient des hommes et 59 827 étaient des enfants.

Près de 250 000 cas vivaient dans des zones urbaines et 4% ont déclaré avoir voyagé hors du Royaume-Uni dans les sept jours suivant l'apparition des symptômes.

Environ les deux tiers des patients étaient infectés par Campylobacter, 6% chacun pour Giardia et Cryptosporidium, 8% chacun par norovirus et Salmonella, et 3% chacun par Salmonella Typhi/Paratyphi et Shigella.

Il y avait une nette tendance à la diminution de la probabilité d'un rapport de laboratoire avec tous les agents pathogènes issus de MII avec une privation croissante, ont dit les chercheurs. Ils ont reconnu que l’utilisation des données de surveillance nationale aboutit à un ensemble de données qui surreprésente les agents pathogènes tels que Campylobacter et sous-représente le véritable fardeau de l’infection à norovirus dans la communauté.

Résultats par mode de transmission

Pour les agents pathogènes les plus fréquemment associés à la transmission d’origine alimentaire, notamment Campylobacter et Salmonella, l’incidence était plus faible dans les zones les plus défavorisées.

«Nos résultats pourraient être influencés par le fait que des personnes qui consomment des fast-foods, des voyageurs vers des pays à revenu faible ou intermédiaire, ainsi que celles qui vivent dans des zones rurales et ont des contacts réguliers avec du bétail présentent un risque accru d'infection à Campylobacter», ont dit les scientifiques.

Pour les pathogènes d’origine hydrique, comme Giardia, l’incidence était plus faible dans les régions les plus défavorisées, même après avoir pris en compte les différences rurales et urbaines.

Pour les agents pathogènes transmis par contact de personne à personne, tels que norovirus, les espèces de Shigella et Salmonella Typhi/Paratyphi, l'incidence était plus élevée dans les quartiers les plus défavorisés.

Les infections les plus fortement associées aux zones de privation croissante étaient celles transmises par contact de personne à personne. Cette forme de transmission peut être contenue en mettant en œuvre des politiques ciblant la surpopulation et le manque d'hygiène, ont dit les chercheurs. Ceux transmis par une contamination zoonotique de l’environnement étaient les moins susceptibles d’être associés aux zones les plus pauvres.

La Pologne révèle des données sur les infections d'origine alimentaire de 2022

«La Pologne révèle des données sur les infections d'origine alimentaire de 2022», source article de Food safety News paru le 17 août 2023.

Selon des données récemment publiées, Salmonella est restée la principale cause d'intoxication alimentaire en Pologne en 2022 malgré la baisse du nombre d'infections.

Les conclusions proviennent d'un rapport sur les travaux d'inspection en 2022, y compris les contrôles de la sécurité des aliments, publié par l'Inspection sanitaire en chef (GIS).

En 2022, 6 221 cas d’infection à Salmonella d’origine alimentaire ont été confirmés. C'est en baisse par rapport à l'année précédente où 8 014 cas avaient été enregistrés.

Dans le cadre de l'épidémie à Salmonella Typhimurium monophasique dans plusieurs pays liée au chocolat Ferrero, une surveillance renforcée a été effectuée d'avril à décembre 2022. Au total, 87 cas suspects ont été signalés, et parmi ceux-ci, 38 ont été séquencés, mais aucun n'appartenait à la souche épidémique.

La bataille de la Pologne pour maîtriser Salmonella est bien documentée. Les données du système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) pour 2022 montrent que 190 notifications ayant pour cause Salmonella concernaient des produits de viande de volaille du pays, bien que ce chiffre soit en baisse par rapport à 2020 et 2021, et la plupart des notifications ont été effectuées par la Pologne.

Le nombre d'établissements opérant dans le secteur alimentaire sous la tutelle des autorités a dépassé les 560 000, soit une augmentation de plus de 17 000 par rapport à 2021.

Données sur les maladies en 2022

Au total, 629 cas causés par Campylobacter ont été enregistrés en Pologne, c’est similaire aux 631 patients de 2021.

Au total, 135 cas de listériose ont été signalés en 2022, contre 120 cas en 2021.

Il y a eu 27 cas d’infection causés par E. coli entérohémorragique (EHEC) contre neuf en 2021. E. coli a également été liée à 150 autres cas de maladie en 2022.

Yersinia était à l'origine de 183 cas en 2022 et 142 en 2021 ; 125 cas d'intoxication alimentaire staphylococcique ont été signalés ainsi qu'un cas d’infection à Trichinella.

Quinze cas de botulisme ont été notés, dont certains ont été attribués à la tradition des conserves domestiques dans le pays. Cela représente une augmentation par rapport à huit cas en 2021.

En 2022, 18 personnes ont été intoxiqués par des champignons, dont 17 hospitalisations mais aucun décès. Ce nombre était de six en 2021.

Plus de 57 100 cas d’infections virales ont été enregistrées contre 23 365 en 2021. La plupart étaient causées par rotavirus mais près de 6 000 étaient dues à norovirus et 232 au virus de l'hépatite A.

À la recherche du prochain virus pandémique

Les maladies zoonotiques représentent 75% des maladies infectieuses nouvelles ou émergentes – les virus d'origine animale sont particulièrement préoccupants. Les scientifiques peuvent-ils trouver des virus à potentiel zoonotique avant qu'ils ne se propagent à la population humaine ? Source ASM Microbiology.

«À la recherche du prochain virus pandémique», source Madeline Barron, ASM News.

Et si les chercheurs pouvaient trouver le prochain virus pandémique avant qu'il ne trouve les humains ? C'est la base des initiatives de découverte de virus, qui impliquent la recherche et le catalogage des virus dans les populations animales pour découvrir les menaces zoonotiques potentielles. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des agents pathogènes zoonotiques dont ils ignorent l'existence ? Plus important encore, comment peuvent-ils utiliser les connaissances acquises grâce aux efforts de chasse aux virus pour prévenir les pandémies ? C'est compliqué.

D'une part, les outils informatiques ont renforcé l'utilité des données de découverte en identifiant de nouveaux virus animaux (et leurs hôtes) qui présentent le plus grand risque zoonotique. En revanche, prévenir la prochaine pandémie, qui, comme toute pandémie virale depuis le début du XXe siècle, proviendra probablement d'un virus d'origine animale, est une tâche colossale. Selon le Dr Gregory Albery, écologiste des maladies à l'Université de Georgetown et co-fondateur de la Viral Emergence Research Initiative (Verena), la découverte de virus n'est qu'un seul engrenage dans un système complexe de procédures et de comportements de réduction des risques zoonotiques.

Le rôle de la découverte de virus dans la prévention des pandémies zoonotiques

Selon le Dr Neil Vora, ancien agent du service de renseignement sur les épidémies du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et médecin chez Conservation International, il existe 2 branches de la prévention des pandémies : primaire et secondaire. Cette dernière est largement réactionnaire ; la surveillance des maladies préoccupantes et les efforts associés pour contenir la propagation de cette maladie ont lieu après qu'un événement de débordement s'est produit.

À l'inverse, la prévention primaire se concentre sur la prévention des retombées de l'animal sur l'hôte humain. La découverte virale s'aligne sur cette stratégie. Idéalement, en profilant les virus circulant parmi les animaux, les chercheurs espèrent savoir quels virus existent à proximité des humains et comment ces virus peuvent évoluer ou acquérir la capacité d'infecter les humains. De telles informations pourraient aider les scientifiques à développer des stratégies pour éviter des retombées sur la route. Elles pourraient également éclairer les tactiques de prévention secondaire, y compris le développement de vaccins et de diagnostics pour les menaces zoonotiques émergentes.

Cette vision ramifiée de la découverte de virus en tant que tremplin pour la préparation à une pandémie a éclairé plusieurs initiatives au cours de la dernière décennie. Un exemple frappant est PREDICT, un projet mené par l'Agence américaine pour le développement international (USAID) en partenariat avec l'Université de Californie (UC) Davis One Health Institute. PREDICT, qui s'est déroulé de 2009 à 2020, a permis une surveillance mondiale des agents pathogènes qui peuvent se propager des animaux hôtes aux humains. Les chercheurs ont identifié 958 nouveaux virus, dont un nouveau virus Ebola et plus de 100 nouveaux coronavirus provenant de plus de 160 000 animaux et personnes à des interfaces animal-humain à haut risque dans plus de 30 pays. Les découvertes ont mis en lumière la distribution des virus à potentiel zoonotique et ont fourni une base pour étudier leur virologie, leur pathogenèse et leur évolution.

De nouvelles initiatives sont également en préparation. En octobre 2021, l'USAID a annoncé un projet de 125 millions de dollars sur 5 ans (Discovery & Exploration of Emerging Pathogens-Viral Zoonoses, or DEEP VZN) visant à renforcer la capacité mondiale à détecter et à comprendre les risques de propagation virale de la faune à l'homme qui pourrait causer une autre pandémie. Le National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) des États-Unis a également lancé récemment le Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), qui réunit des équipes multidisciplinaires de chercheurs du monde entier pour étudier les maladies infectieuses émergentes et réémergentes. Bien que le CREID ne se concentre pas spécifiquement sur la découverte de virus, les projets du réseau comprennent des prélèvements de la faune pour les virus à fort potentiel zoonotique en Malaisie et en Thaïlande, et la surveillance des populations animales dans diverses régions pour les virus connus et inconnus.

Comment chasser un virus ?

Lorsque les scientifiques partent à la chasse aux virus, ils prélèvent généralement des échantillons d'animaux (par exemple, du sang et des matières fécales) et utilisent des méthodes de biologie moléculaire (par exemple, la PCR et/ou le séquençage à haut débit) pour détecter les virus présents dans le prélèvement. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des virus à potentiel zoonotique, et quels types de virus devraient-ils rechercher ? Le risque de propagation d'un virus dépend de facteurs liés au virus lui-même, à son ou ses hôtes animaux et à l'environnement, qui façonnent tous les stratégies de découverte.

Cibler les interfaces homme-animal dans les points chauds de débordement

Le débordement est intimement lié aux impacts liés à l’homme sur l'environnement et aux modifications de celui-ci. La déforestation, par exemple, augmente les chances que les humains rencontrent des animaux auparavant isolés et leurs virus. Il contribue également au changement climatique, qui (avec sa myriade d'autres effets négatifs) favorise les retombées en forçant les animaux à quitter des environnements de plus en plus inhospitaliers vers des régions peuplées. En tant que tels, les points chauds de débordement sont centrés dans des régions tropicales riches en biodiversité subissant des changements d'affectation des terres (par exemple, la déforestation), en particulier en Asie du Sud-Est, en Afrique de l'Ouest et centrale et dans le bassin amazonien, où le changement climatique a, et continuera d'avoir, des effets prononcés.

Au sein de ces points chauds, les efforts de découverte de virus se concentrent sur les interfaces animal-humain. Les chercheurs recueillent des prélèvements du bétail et d'animaux domestiques qui peuvent servir de réservoirs pour que les virus se propagent aux humains. Ils ciblent également les animaux sauvages faisant l'objet d'un commerce d'espèces sauvages (l'une des principales voies de transmission virale entre les animaux et les humains) et ceux qui vivent avec ou à proximité des humains. Par exemple, le virus Bombali, un nouveau virus Ebola découvert via le projet PREDICT, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre qui se perchent dans les maisons des habitants de la Sierra Leone. La Dr Christine Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics à l'UC Davis One Health Institute, a souligné que le virus a depuis été détecté dans d'autres pays et que les chercheurs étudient actuellement s'il pouvait infecter les humains (ou l'a déjà fait).

Prélèvements d'animaux susceptibles d'héberger des virus zoonotiques

La proximité des humains avec les animaux n'est qu'un des facteurs du risque de propagation d'un virus ; la physiologie, le comportement et la répartition géographique de son ou de ses hôtes jouent également un rôle. Par exemple, la parenté génétique entre l'hôte animal d'un virus et l'homme peut influencer si les gens possèdent la machinerie cellulaire pour faciliter l'entrée et la réplication du virus. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles les maladies zoonotiques émergent souvent chez les mammifères sauvages. À cette fin, Johnson et ses collègues ont récemment découvert que 3 ordres de mammifères (rongeurs, chauves-souris et primates) hébergeaient près de 76% des virus zoonotiques connus. Les chauves-souris et les rongeurs sont particulièrement connus pour héberger des agents pathogènes zoonotiques, bien que les raisons ne soient pas tout à fait claires. Cela peut être lié, en partie, au grand nombre d'espèces de chauves-souris et de rongeurs réparties dans le monde (respectivement, environ 1 400 et 2 500).

En effet, les animaux avec une grande diversité d'espèces et de larges zones géographiques ont un plus grand risque de transmission virale entre espèces. Alors que le changement climatique oblige les animaux à se réfugier dans de nouveaux habitats, le partage viral entre diverses espèces de mammifères (y compris les humains) devrait augmenter. Ainsi, concentrer les initiatives de découverte de virus sur certains groupes d'animaux (c'est-à-dire de mammifères) est utile pour découvrir les menaces zoonotiques. Bien que ce ne soit pas une mince tâche (on estime que les scientifiques ne connaissent qu'environ 1% des virus des mammifères), cela permet une chasse plus ciblée.

Focus sur les virus à fort potentiel de propagation

Tous les virus ne sont pas égaux dans leur potentiel de propagation vers et parmi les humains. Par exemple, la variabilité génétique, l'adaptabilité et la large gamme d'hôtes des virus à ARN, comme les coronavirus et les virus de la grippe, en font des candidats de premier plan pour les retombées. Les virus à ADN ont un taux d'évolution inférieur à 1% de celui des virus à ARN, ce qui rend moins probable l'infection réussie et l'adaptation à de nouveaux hôtes (par exemple, les humains). En effet, les virus à ARN sont les coupables des récentes pandémies, de la pandémie de grippe H1N1 à la COVID-19. Étant donné qu'il est probable que le prochain virus pandémique présentera des similitudes avec ceux déjà connus pour infecter les humains, les experts estiment que la recherche de virus ayant un potentiel de débordement démontré est une approche avantageuse. Pour cette raison, PREDICT a principalement utilisé la PCR consensus (cPCR) pour la découverte ciblée des coronavirus, filovirus, paramyxovirus et virus de la grippe ; chaque groupe comprend des virus de «préoccupation zoonotique connue» avec un «risque élevé de provoquer de futures épidémies ou pandémies». L'accent mis sur l'étude de certains pathogènes «prototypes» hautement prioritaires pour atténuer les menaces futures a également gagné du terrain dans le plan de préparation à la pandémie du NIAID, annoncé plus tôt cette année.

Donner un sens aux données de découverte avec les technologies de risque zoonotique

Pourtant, même avec une stratégie de chasse aux virus ciblée, «l'identification des virus n'est que la première étape», a déclaré Albery. «Après ce point, vous devez évaluer leur risque, qui est une toute autre paire de manches.» En d'autres termes, trouver un virus est formidable, mais connaître le risque qu'il représente pour l'homme est essentiel.

Ce besoin a conduit au développement d'outils informatiques, ou technologies de risque zoonotique, qui utilisent ce que l'on sait sur les virus qui infectent les humains pour prédire quels agents pathogènes animaux peuvent constituer une menace de propagation. Par exemple, les chercheurs ont développé un outil Internet interactif open source, appelé SpillOver, qui utilise les données de PREDICT pour effectuer une évaluation comparative des risques entre les virus zoonotiques connus et ceux présentant un potentiel de propagation non caractérisé. Dans leurs analyses initiales, l'équipe a découvert que les virus les mieux classés étaient des agents pathogènes connus, notamment le virus Lassa et le virus Ebola, bien que la liste contienne également des virus nouvellement détectés, en particulier des coronavirus. Johnson et ses collègues ont également développé une nouvelle méthode qui utilise l'apprentissage automatique pour déterminer la gamme d'hôtes de virus zoonotiques connus afin de prédire l'espèce hôte de nouveaux virus animaux et où les humains s'intègrent dans le mélange.

Ces outils offrent plusieurs avantages. Albery a noté que la découverte et l'identification virales doivent être suivies d'expériences en laboratoire pour comprendre la dynamique d'infection des virus d'intérêt (par exemple, le récepteur d'entrée dans les cellules humaines et son utilisation, la réplication virale et la pathogenèse, entre autres caractéristiques). Les technologies à risque zoonotique peuvent aider les chercheurs à cibler leurs expériences (et leurs ressources) sur les virus à haut risque.

Dans cet esprit, la technologie des risques zoonotiques peut également façonner les pipelines de chasse aux virus dès le départ. Albery et ses collègues ont récemment utilisé des modèles d'apprentissage automatique pour identifier les espèces de chauves-souris susceptibles d'héberger des bêtacoronavirus non découverts (une famille de virus à haut risque de propagation qui comprend le MERS-CoV, le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2), sur la base des caractéristiques de transporteurs connus. L'équipe a identifié 400 espèces de chauves-souris dans le monde qui pourraient être des hôtes non détectés de bétacoronavirus.

«Ce que nos outils nous permettent de faire, c'est de réduire les chauves-souris susceptibles d'héberger des bétacoronavirus, de cibler notre échantillonnage sur ces espèces et d'extraire les virus qui, selon nous, pourraient en fait, un jour, constituer un risque réel pour la santé humaine», a déclaré le Dr. Colin Carlson, auteur principal de l'étude et professeur de recherche adjoint au Center for Global Health Science and Security de l'Université de Georgetown, lors de l'atelier numérique du Verena Forum on Zoonotic Risk Technology en janvier 2021. Carlson, qui a cofondé Verena avec Albery, a noté que ce sous-ensemble de virus peut ensuite être rattaché à des analyses en aval, permettant peut-être le développement ciblé de diagnostics et de vaccins pour les virus problématiques avant qu'ils n'infectent les humains.

La chasse aux virus ne suffit pas pour prévenir les pandémies zoonotiques

Néanmoins, Carlson a averti que «la connaissance d'un virus ne nous rend pas intrinsèquement plus préparés.» En effet, le MERS-CoV et le SARS-CoV-1 ont fait allusion à la menace potentielle des coronavirus de type SRAS, mais la connaissance de la menace n'a pas arrêté la COVID-19. De plus, ce n'est pas parce qu'on cherche le prochain agent pathogène pandémique qu'on le trouvera. Il est pratiquement impossible de détecter chaque virus dans le monde animal. Certains passeront inévitablement entre les mailles du filet. Vora a souligné qu'avec nos connaissances et technologies actuelles, il est difficile de déterminer quels virus animaux nouvellement découverts pourraient causer une maladie humaine, ou une pandémie d'ailleurs. Un mélange complexe de facteurs ancrés dans l'immunologie, l'écologie et l'épidémiologie détermine si un virus réussit à infecter un hôte humain et à se propager. Albery a convenu : la découverte, même lorsqu'elle est renforcée par des outils informatiques émergents, «ne va pas vraiment suffire» pour conduire une action coordonnée et efficace pour freiner les pandémies zoonotiques.

«Nous devons être clairs sur ce qui est pour aujourd'hui - des actions ici et maintenant pour sauver des vies - par rapport à ce qui est de générer des connaissances», a déclaré Vora. Il a souligné les actions qui minimisent les risques de débordement, quelle que soit la menace virale spécifique. Il s'agit notamment de réduire la déforestation, de réglementer les marchés commerciaux et le commerce des espèces sauvages, d'améliorer le contrôle des infections lors de l'élevage d'animaux de ferme et d'améliorer la santé des communautés vivant dans les foyers de maladies émergentes.

Pour Johnson, il ne fait aucun doute que la découverte de virus est importante, mais le cadre dans lequel elle est mise en œuvre est essentiel. Elle a utilisé PREDICT comme exemple, déclarant que le projet ne visait pas seulement à découvrir de nouveaux virus, il «cherchait également à unifier la surveillance des virus dans les secteurs de la santé animale et humaine et à identifier les interfaces faune-humain, en particulier dans les zones où le paysage change, la déforestation et d'autres aspects de l'environnement qui pourraient favoriser une partie de la connectivité entre les animaux et les humains et augmenter le niveau de risque.» PREDICT visait à renforcer les capacités de détection et de surveillance dans les pays où, historiquement, ces capacités étaient limitées. Le projet a également combiné des efforts de découverte virale «avec une approche qui a également détecté des virus connus dans les familles de virus qui étaient déjà préoccupantes.»

En conséquence, tous les experts ont souligné qu'en plus des efforts de prévention primaire qui réduisent le risque de contagion, il est nécessaire de soutenir des stratégies de prévention secondaire qui traitent des contagions lorsqu'elles se produisent (inévitablement). Cela comprend la surveillance des animaux et des personnes pour garder un œil sur les agents pathogènes zoonotiques connus et inconnus au fur et à mesure qu'ils apparaissent dans une population et le renforcement de l'infrastructure de soins de santé pour y répondre lorsqu'ils le font. «Si [nous] choisissons de ne pas investir dans l'un de ces éléments, nous aurons un maillon faible et nous resterons sensibles», a averti Vora. «Aucun d'entre eux n'est parfait en soi.»

Zoonoses : Finlande et Suède au rapport

J’ai pris la liberté de regrouper ces deux pays qui ont publié leur rapport respectif sur les zoonoses.

1. Voici donc le rapport sur les zoonoses en Finlande, source Food Safety News du 3 juillet 2023.

Les résultats de la surveillance des principales zoonoses de 2011 à 2021 ont été compilés pour comprendre la situation et l'évolution des tendances en Finlande.

Campylobacter est le plus courant et Salmonella est la deuxième cause d'infections humaines. Au cours des dernières années, les cas de cryptosporidiose et de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été signalés plus qu'auparavant.

Parmi les animaux de production, les cas à Salmonella chez les bovins et les porcs ont augmenté, tandis qu'ils ont diminué chez les poulets de chair. Salmonella est encore très rare dans le bœuf et le porc domestiques. Chez les poulets à l’abattage, la prévalence de Campylobacter a diminué. STEC O157 est devenu plus fréquent chez les bovins.

Pour les aliments, le lait cru a servi de véhicule à plusieurs zoonoses provoquant des infections, notamment à Campylobacter, Yersinia et E. coli. L'importance des légumes comme source de maladie a également été soulignée.

Entre 2011 et 2021, 33 éclosions ont été causées par Campylobacter, dans lesquelles 451 personnes sont tombées malades et 11 avec STEC et 399 patients.

De 2011 à 2020, une moyenne de deux éclosions à Salmonella avec 35 cas ont été enregistrées. Cependant, sept épidémies ont été notées en 2021, dont une qui a rendu malades plus de 700 personnes.

De 2011 à 2021, Yersinia a provoqué sept épidémies, au cours desquelles 133 personnes sont tombées malades. Dix éclosions de listériose ont touché 143 personnes.

L'analyse a révélé que la situation en Finlande était affectée par les changements liés à l'environnement et au climat, le nombre de personnes dont l'immunité était affaiblie et les chiens importés de zones endémiques.

Faude à la viande bovine

Dans un autre contexte, les douanes finlandaises découvrent une importation illégale de viande. Les autorités finlandaises ont découvert que de grandes quantités de viande non réfrigérée étaient introduites dans le pays sans aucun document.

Les douanes finlandaises (Tulli) ont dit que l'affaire concernait l'évasion fiscale et la sécurité des aliments. Le problème a été découvert lors du contrôle douanier dans le port ouest d'Helsinki au printemps 2022.

2. «La Suède connaît une nouvelle augmentation des maladies pour 2022», source article de Joe Whitworth paru  le 5 juillet 2023 dans Food Safety News.

La plupart des infections d'origine alimentaire ont augmenté en Suède en 2022 par rapport à l'année précédente, selon les derniers chiffres.

Un rapport de l'Institut vétérinaire national (SVA), Folkhälsomyndigheten (l'Agence de santé publique de Suède), Livsmedelsverket (l'Agence suédoise de l'alimentation) et Jordbruksverket (Conseil suédois de l'agriculture) a montré une augmentation des infections à Campylobacter, Salmonella, Listeria et E. coli. Cela était dû en partie à l'augmentation des voyages et à l'augmentation du nombre de personnes infectées à l'étranger.

Au total, 5 165 cas de campylobactériose ont été signalés en 2022 et 57% d'entre eux étaient domestiques. Cela représente plus de 4 000 cas en 2021. Pour les infections domestiques en 2022, l'âge médian était de 51 ans avec une fourchette de 0 à 101 ans. Plus d'hommes, 54%, que de femmes ont été malades.

Une corrélation entre les cas humains et les lots de poulets de chair positifs à Campylobacter souligne la nécessité de mesures préventives supplémentaires, selon le rapport.

Données sur Salmonella

Au total, 1 137 cas de salmonellose ont été déclarés, contre 944 en 2021. Près de 450 personnes ont été considérées comme infectées à l'étranger. Parmi les cas domestiques, l'âge médian était de 44 ans et l'incidence était la plus élevée chez les enfants de moins de 5 ans. Parmi les isolats sérotypés provenant de patients domestiques, les plus courants étaient Salmonella Typhimurium, Enteritidis, Agona et Salmonella Typhimurium monophasique. 59 autres types différents ont été identifiés en 2022.

Six éclosions impliquant 10 personnes ou plus se sont produites. En décembre, Salmonella Enteritidis a été détectée chez des poules pondeuses dans la plus grande usine de production d'œufs de Suède. Bien qu'il s'agisse de la cause la plus fréquente de salmonellose en Europe, en Suède, le sérovar n'a été détecté chez des poules pondeuses commerciales qu'à trois reprises depuis 2003. L'épidémie a provoqué 81 cas d’infection humaine, principalement en 2023.

La source dans le troupeau de ponte n'a pas encore été identifiée. Cependant, les isolats sont génétiquement similaires à ceux d'autres foyers de l'UE causés par des œufs contaminés par Salmonella Enteritidis. La Belgique a connu une importante épidémie avec une souche presque identique au début de 2022 liée à des œufs d'un producteur national. La souche épidémique est également similaire à un événement danois plus petit lié aux œufs à l'été 2022.

Quinze personnes ont été infectées par Salmonella Liverpool dans des écrevisses précuites congelées en provenance de Chine. Cinq cas ont également été enregistrés en 2021. Cependant, le producteur n'a été agréé pour l'exportation qu'en février 2022 et l'importateur avait reçu des écrevisses d'une autre entreprise au cours des années précédentes, il n'a donc pas été possible d'identifier un lien avec des personnes malades antérieures.

Deux producteurs suédois ont été liés à une épidémie à Salmonella Typhimurium causée par de la roquette. Au total, 109 personnes sont tombées malades et des patients ont également été enregistrés en Finlande. Une éclosion à Salmonella Agona a touché 35 personnes. Des cas ont également été enregistrés en Norvège et aux Pays-Bas. La source suspectée était des concombres espagnols.

E. coli et Listeria

En 2022, 857 cas à E. coli ont été signalés, dont 583 ont été contractés au pays. Comme les années précédentes, l'incidence était la plus élevée chez les enfants de moins de 5 ans. Au total, 79 sérotypes différents ont été ididentifié. Les types les plus courants étaient O157:H7, O26:H11 et O103:H2. Au total, 653 patients ont été signalés en 2021.

Le syndrome hémolytique et urémique (SHU) associé aux STEC a été signalé chez 19 patients, dont 17 ont été contractés au pays. Onze patients atteints de SHU étaient des enfants de moins de 10 ans. Aucun sérotype n'a causé plus de deux cas de SHU.

Trois enquêtes ont été menées après que des cas humains aient été détectés avec un lien suspecté avec des animaux de ferme. Les soupçons sont tombés sur la consommation de lait non pasteurisé ou le contact direct avec le bétail. Toutes les fermes étaient négatives pour STEC. Aucune source n'a pu être trouvée dans trois épidémies causées par O121:H19, O63:H6 et une combinaison de O103:H2 et O157:H7.

Au total, 125 cas de listériose ont été signalés contre 107 en 2021. L'âge médian était de 79 ans et, comme les années précédentes, la plupart avaient plus de 80 ans. Soixante-sept cas étaient des femmes et 57 des hommes. Au total, 45 personnes sont décédées dans le mois suivant le diagnostic.

Cinq patients atteints d'une souche rare de Listeria monocytogenes en Suède ont été inclus dans un groupe plus large avec des cas de 2019 à 2022. Tous ont été notifiés à l'automne mais la source de l'infection n'a pas été identifiée.

La matière première de saumon qui a été contaminée lors de la transformation en Norvège a été à l'origine d'un foyer avec quatre patients. Seize cas enregistrés de 2020 à 2022 étaient liés à des produits d'une usine de transformation de viande.

Listeria monocytogenes a été détecté dans un emballage ouvert d'un fromage à croûte lavée prélevé au domicile d'une personne malade. Quatre autres patients de 2018 à 2022 ont été identifiés. Cependant, une analyse au niveau de l'UE a révélé que la source était le saumon et non le fromage. Les cinq patients en Suède étaient liés à 11 cas dans cinq autres pays de 2017 à 2022.

Cryptosporidium, Yersinia et Brucella

En 2022, 716 cas de cryptosporidiose ont été signalés. L'âge médian était de 38 ans et 55 % étaient des femmes. Au total, 550 personnes ont été infectées en Suède. Le total est en hausse par rapport à 524 cas en 2021.

Entre fin septembre et mi-octobre, 107 cas à Cryptosporidium parvum ont été détectés dans 15 régions différentes. L'âge médian était de 40 ans et plus de femmes que d'hommes étaient infectées. Les enquêtes épidémiologiques ont indiqué que la laitue frisée contaminée dans des mélanges de feuilles vertes prêtes à consommer était la cause probable.

Au total, 238 cas à Yersinia ont été signalés, contre 313 en 2021. Comme les années précédentes, l'incidence était la plus élevée chez les enfants de moins de 5 ans. Yersinia ne fait pas partie du programme national de surveillance microbienne en Suède, mais aucune épidémie n'a été détectée.

En 2022, 10 cas de brucellose ont été signalés. Ils étaient âgés de 25 à 71 ans, dont cinq hommes et cinq femmes. Trois personnes ont été infectées en Suède par un fromage de chèvre en provenance d'Irak. Six ont contracté leur infection en Irak et pour une personne, le pays d'infection était inconnu. Pour sept cas, les produits laitiers non pasteurisés étaient la source probable d'infection.

Suisse : Retour à la normale d'avant la pandémie pour les zoonoses en 2022

«Publication du rapport 2022 sur les zoonoses en Suisse», source OSAV du 29 juin 2023.

Dans l’ensemble, le nombre de cas de zoonoses déclarées chez l’être humain en Suisse a augmenté en 2022 par rapport aux deux années précédentes. Il correspond quasiment au niveau atteint en 2019, . Pendant l’année sous revue, les zoonoses les plus courantes chez l’être humain demeurent les maladies diarrhéiques telles que la campylobactériose et la salmonellose, qui sont le plus souvent causées par des denrées alimentaires contaminées. Les consommateurs peuvent réduire le risque de contamination en adoptant une bonne hygiène en cuisine et en prenant des mesures simples : savourerensecurite.ch.

Voici le résumé du Rapport concernant la surveillance des zoonoses et des foyers de toxi-infections alimentaires. Données 2022.

En 2022, les nombres de cas de zoonoses déclarées chez l’homme ont globalement augmenté en comparaison avec les années 2020 et 2021, pour s’établir à nouveau quasiment à leur niveau élevé d’avant la pandémie de SARS-CoV-2. L’augmentation concerne en particulier les agents zoonotiques les plus fréquents que sont les campylobacters, les salmonelles et les Escherichia coli productrices de shigatoxines (STEC), qui pour certains, ont même atteint un niveau supérieur à celui d’avant la pandémie. Cette évolution est probablement due à la reprise des voyages ainsi qu’à la multiplication du nombre de tests réalisés suite à l’utilisation croissante de nouvelles méthodes, qui a entraîné une augmentation de la fréquence des détections.

Avec 7 597 cas de campylobactériose humaine confirmés par diagnostic de laboratoire (contre 6797 l’année précédente), la campylobactériose a à nouveau été la zoonose la plus fréquemment enregistrée en 2022. Dans la plupart des cas, l’homme s’infecte par des denrées alimentaires contaminées (par ex. en manipulant de la viande de volaille crue ou insuffisamment chauffée). La bactérie est souvent présente dans le tube digestif des poules, sans toutefois présenter de risque pour leur santé.

La salmonellose reste la deuxième zoonose la plus fréquemment déclarée en Suisse : en 2022, 1843 cas confirmés par diagnostic de laboratoire ont été enregistrés chez l’homme (1486 en 2021). Parmi ces cas, 49 ont pu être rattachés à un foyer d’une souche monophasique de Salmonella Typhimurium ST 34 ayant touché toute l’Europe et lié à la consommation de différents types de produits à base de chocolat «Kinder» ayant été fabriqués dans un établissement de transformation en Belgique. Chez l’animal, le nombre de cas de salmonellose est resté dans la fourchette de celui des années précédentes, puisqu’il s’est établi à 114 (2021 : 127 cas). Les espèces les plus touchées étaient les bovins, les reptiles, les chiens et les chats.

Une nette augmentation a été constatée dans le nombre de cas de listériose, qui a atteint 78, contre 33 en 2021. Cette hausse est principalement due à un foyer qui s’est répandu dans toute la Suisse et qui a donné lieu à la déclaration de 20 cas chez l’homme entre avril et juillet 2022. Des investigations auprès des patients et des analyses de séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) ont permis d'identifier l'origine du problème – qui provenait de truites fumées – et d'éliminer la source de contamination dans l’entreprise.

En 2022, les autorités de contrôle ont déclaré au total 40 foyers de toxi-infections alimentaires en Suisse, ayant donné lieu à plus de 780 malades, au moins 40 personnes hospitalisées et un décès. La majorité de ces foyers (38) ne concernaient qu’un seul canton. Sur les deux autres cas, l’un a touché au moins six cantons et l’autre 15 cantons mais aussi d’autres pays. Jusqu’en 2020, les foyers de toxi-infections alimentaires étaient plutôt rares (13 foyers).

Commentaire

Rappelons qu’un tel rapport n’existe pas en France.

Danemark : Retour à la normale pour les maladies infectieuses d’origine alimentaire en 2022

«Danemark : Les chiffres des maladies d'origine alimentaire augmentent avec un retour aux niveaux d'avant la pandémie », source article de .Joe Whitworth paru le 28 juin 2023 dans Food Safety News.

Le nombre de personnes malades a augmenté au Danemark, mais le nombre de foyers de cas est resté stable en 2022, selon des données récemment publiées.

En 2022, il y a eu 5 142 cas à Campylobacter et 899 cas à Salmonella, versus 3 740 et 692 en 2021. Parmi les cas à Campylobacter et à Salmonella au cours de l'année écoulée, 28% et 40 % étaient liés à des voyages.

Selon le rapport annuel sur les zoonoses au Danemark, les chiffres globaux ont augmenté pour la deuxième année consécutive et sont revenus au même niveau qu'avant la pandémie de COVID-19.

Au total, 63 foyers de cas d'origine alimentaire, avec 1 284 patients, ont été signalées en 2022, contre 63 foyers de cas et 1 257 patients en 2021. L'incident le plus important en 2022 a touché 125 personnes.

Norovirus était la principale cause d'épidémies d'origine alimentaire, provoquant 14 éclosions affectant 614 personnes. La façon la plus courante de contracter l'infection était l'exposition à des porteurs sains symptomatiques ou asymptomatiques parmi le personnel de cuisine. Quatre foyers étaient liés aux huîtres.

Salmonella, Listeria et E. coli

Salmonella a causé 11 éclosions en 2022, avec un tiers d’incidents internationaux. Le plus important était dû à Salmonella Enteritidis, avec 24 cas signalés entre mars et septembre. La source n'a pas pu être identifiée, mais des produits de poulet en provenance de Pologne ont été suspectés.

Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium, y compris le variant monophasique, étaient les principaux types de Salmonella impliqués parmi les cas de maladie. Six cas ont été enregistrés dans une épidémie internationale à Salmonella Jukestown et trois dans une épidémie à Salmonella Ball.

Au total, 86 cas de listériose ont été signalés en 2022, contre 62 en 2021. Cela comprenait six éclosions, la source a été identifiée pour deux des plus grandes épidémies. Les sources probables étaient des rouleaux de viande épicés et tranchés prêts à consommer, connus sous le nom de rullepølse, qui ont rendu neuf personnes malades, et des galettes de poisson, qui en ont affecté 10.

Pour six éclosions plus anciennes, deux cas ou plus ont été identifiés en 2022. Trois autres éclosions ont vu huit à 14 cas au cours des trois à cinq dernières années, mais les sources restent inconnues.

Il y a eu 1 330 cas à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), contre 927 en 2021. Lorsque les informations sur le type étaient connues, il s'agissait le plus souvent de O157, suivi de O26, O103 et O146. Un incident à STEC O26 et à Campylobacter a touché cinq personnes qui buvaient du lait cru de vache.

Focus sur Campylobacter

Le groupe central de gestion des épidémies, qui comprend le DTU National Food Institute, le Statens Serum Institut et la Danish Veterinary and Food Administration, a enquêté sur 11 épidémies à Campylobacter, dont cinq causées par de la viande de poulet danoise contaminée. L'année dernière, le groupe s'est concentré sur la détection précoce des éclosions.

«Le seuil d'enquête sur les épidémies de Campylobacter a été abaissé en 2022 à cinq cas enregistrés. Cela signifie que nous avons enquêté sur plus d'épidémies à Campylobacter que les années précédentes», a dit Annette Perge, de l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen).

En 2022, un nouveau plan d'action pour Campylobacter a été mis en place. Un aspect est que chaque abattoir sera responsable de sa capacité à garantir que la présence et la concentration de bactéries dans les produits de poulet sont maintenues en dessous de certains seuils et abaissées en dessous du niveau précédent de l'abattoir.

«Depuis 2019, la Danish Veterinary and Food Administration et le Statens Serum Institut surveillent Campylobacter dans les sources et les humains grâce au séquençage du génome entier, qui est une méthode d'analyse de l'ADN des micro-organismes. Pour cette raison, nous avons détecté de nombreuses autres épidémies et avons constaté que la source est très souvent la viande de poulet», a dit Luise Müller, épidémiologiste au Statens Serum Institut.

Les cas à Yersinia enterocolitica sont passés de 454 à 747 en 2022. Deux épidémies ont rendu 15 personnes malades mais les sources n'ont pas été trouvées.

Deux éclosions dues à des lectines étaient liées à une école et un jardin d'enfants. Dans l'école, 25 personnes sont tombées malades après avoir mangé des lentilles vertes. Au jardin d'enfants, 74 personnes sont tombées malades après avoir mangé une soupe de haricots beurre.

Commentaire

Rappelons qu’un tel rapport n’existe pas en France.