«Évolution d'un tueur: comment Salmonella en Afrique a fait le saut de l'intestin à la circulation sanguine», source Université de Liverpool. Des scientifiques de l'Université de Liverpool ont exploité la puissance combinée de la génomique et de l'épidémiologie pour comprendre comment un type de bactérie, Salmonella, a évolué pour tuer des centaines de milliers de personnes immunodéprimées en Afrique.
Les infections sanguines causées par un type de Salmonella Typhimurium résistant aux antibiotiques appelé ST313 sont un problème de santé publique majeur en Afrique, où la maladie est endémique et cause environ 50 000 décès chaque année. Ce qui manquait était une compréhension du moment des événements évolutifs majeurs qui ont équipé Salmonella d'Afrique afin de provoquer des infections sanguines chez l'homme.
Dans un nouvel article publié dans Nature Microbiology, une équipe de chercheurs du Royaume-Uni, de France et du Malawi a échantillonné deux collections complètes d'isolats de Salmonella provenant de patients africains atteints d'infections sanguines, couvrant de 1966 à 2018, pour reconstituer le parcours évolutif de la Salmonella sur 50 ans d'infections humaines en Afrique, dont la découverte d'une nouvelle lignée de ST313 sensible aux antibiotiques.
L'étude a été dirigée par le Professeur Jay Hinton de l'Université de Liverpool, qui fait des recherches sur Salmonella depuis plus de 30 ans et dirige le 10,000 Salmonella Genomes Project, un effort mondial pour comprendre l'épidémiologie, la transmission et la virulence de la salmonellose invasive non typhique.
Le professeur Hinton a dit: «Grâce à un effort d'équipe remarquable, nous avons éliminé une partie du mystère sur l'évolution de la salmonelle africaine. Nous espérons qu'en apprenant comment ces agents pathogènes sont devenus capables d'infecter la circulation sanguine humaine, nous serons mieux préparés pour lutter contre les futures épidémies bactériennes.»
Dans l'étude, les scientifiques ont séquencé les génomes de 680 isolats de Salmonella, à partir d'archives conservées par le programme de recherche clinique Malawi Liverpool Wellcome Trust (MLW) et l'Institut Pasteur, et les ont utilisés pour découvrir la chronologie des événements génétiques cruciaux responsables de l'infection des humains immunodéprimés par S. Typhimurium ST313. Les mutations qui ont influencé la fonction des gènes au cours de l'évolution de ST313 ont été identifiées pour la première fois.
L'équipe a également découvert une nouvelle lignée sensible aux antibiotiques de ST313 qui a émergé au Malawi en 2016 et est étroitement liée aux variants de Salmonella qui provoquent des infections de l'estomac au Royaume-Uni et au Brésil. Les chercheurs pensent que les changements dans l'utilisation des antibiotiques au Malawi entre 2002 et 2015 auraient pu créer une fenêtre d'opportunité pour l'émergence de cette nouvelle lignée ST313 sensible aux antibiotiques.
Le Dr Caisey Pulford, qui a mené une grande partie de la recherche dans le cadre de son doctorat, a dit: «En combinant la puissance de l'analyse génomique avec l'épidémiologie, les observations cliniques et les connaissances fonctionnelles, nous avons montré l'intérêt d'utiliser une approche intégrée pour relier la recherche scientifique avec la santé publique.»
L'étude a été réalisée par des chercheurs de l'Université de Liverpool, de l'Université du Malawi, de l'Université Queens de Belfast, de l'Institut Pasteur, de l'Institut Earlham et du programme de recherche clinique Malawi-Liverpool-Wellcome Trust (MLW).
