Caractérisation des matériaux d'emballage contaminés par deux variants du SARS-CoV-2 Omicron

«Caractérisation des matériaux d'emballage contaminés par deux variants du SARS-CoV-2 Omicron», source ASM News du 24 avril 2023.

Faits saillants
- Le SRAS-CoV-2 peut se propager à travers des conteneurs d'expédition contaminés.
- La durée de persistance des variants Omicron sur les matériaux d'expédition peut être influencée par la température, l'humidité et le matériau.
- Des chercheurs ont mesuré la viabilité des variants BA.1 et BA.5 Omicron sur 4 matériaux d'expédition.
- Le virus était le plus stable et le plus susceptible de se propager à la température la plus basse.

Le virus qui cause la COVID-19 se propage par des gouttelettes et de petites particules, mais les surfaces contaminées des matériaux d'expédition peuvent également contribuer aux épidémies. La persistance dans l'environnement a été étudiée en profondeur au début, mais moins de recherches se sont concentrées sur la durée pendant laquelle les nouveaux variants hautement transmissibles restent viables sur les surfaces.

Cette semaine dans Microbiology Spectrum, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, une équipe de chercheurs de Chine a rapporté ses résultats sur la façon dont les facteurs environnementaux affectent la persistance de deux variants différents d'Omicron et hautement transmissibles sur les matériaux d'expédition. Ils ont constaté que la viabilité dépend du type de surface, de la température et de la concentration virale d'origine.

L'étude pourrait fournir des orientations sur les pratiques de sécurité dans l'industrie du transport maritime. «Nos résultats fournissent des informations initiales pour déterminer la probabilité que des objets servent de sources de transmission», a dit le responsable de l'étude Bei Wang de l'Institut de biologie des pathogènes de l'Académie chinoise des sciences médicales, à Pékin. «Par exemple, les virus peuvent survivre pendant de longues périodes à des températures plus basses, ce qui rend essentiel de renforcer les procédures de protection individuelle et de désinfection pour contrôler la transmission virale pendant le transport.»

Pendant la pandémie, alors que des informations émergeaient sur les voies de transmission et les sources d'épidémies, les chercheurs ont commencé à rechercher si les matériaux utilisés dans le transport pouvaient présenter un risque. «Il était nécessaire de confirmer la stabilité des virus sur ces surfaces pour améliorer un processus sûr de livraison», a dit Wang.

Des inquiétudes et de nouvelles questions ont surgi lorsque le virus a muté et que des variants infectieux sont apparus. Beaucoup, comme Omicron, sont hautement transmissibles, en partie parce qu'ils peuvent échapper à la réponse immunitaire d'une personne. Les sous-variants d'Omicron peuvent même infecter des personnes qui ont déjà été infectées par d'autres variants. Des études antérieures sur les variants du SRAS-CoV-2 ont également montré que tous les variants ne restent pas viables pendant la même durée sur les matériaux d'expédition, suggérant un lien entre les mutations génétiques et la stabilité virale. «Nous voulions envisager d'explorer les mécanismes de la stabilité des mutations sous différents facteurs environnementaux.»

Dans le nouveau travail, les chercheurs ont testé des échantillons stérilisés de 4 matériaux différents pour mesurer combien de temps les variants Omicron BA.1 et BA.5 survivraient à différentes températures. Les matériaux comprenaient des cartons en papier, un film d'emballage en polyéthylène, du fer et du tissu non tissé, qui est utilisé dans l'expédition pour les sachets respirables, les coussinets isolants pour les plateaux d'emballage de viande, les doublures de fruits et d’autres conteneurs. Pendant 7 jours, 180 échantillons de chaque matériau, traités avec des titres viraux pour les 2 sous-variants, ont été conservés à 4°C, 25°C ou 37°C .

À la fin de la semaine, les chercheurs ont découvert que la température avait le plus d'impact sur la survie, et que le virus était le plus stable, et donc le plus susceptible de persister sur le matériau d'emballage, à la température la plus basse. À la température la plus élevée, seuls 4 échantillons de BA.1 et 5 de BA.5 étaient encore positifs. En général, le sous-variant BA.5 a persisté sur plus d'échantillons et de températures que la sous-variant BA.1, ce qui suggère que BA.5 pourrait être plus stable sur le plan environnemental. Ils ont également constaté que la persistance variait selon le matériau. Sur le papier du carton, par exemple, aucun des sous-variants n'a survécu plus d'un jour à n'importe quelle température. Les tissus non tissés inoculés avec BA.5 étaient les plus susceptibles d'être positifs à toutes les températures.

L'étude décrit des protocoles pour expédier des marchandises en toute sécurité sans déclencher une épidémie. «Le temps de survie n'est pas aussi long que prévu à température ambiante, il est donc généralement sûr de transporter des matériaux à température ambiante», a dit Wang. À l'avenir, il a déclaré que son groupe espère publier des protocoles similaires. «Nous prévoyons d'étendre cette méthodologie pour inclure des matériaux organiques supplémentaires et une gamme de températures.»

Quel que soit le vaccin, deux doses c'est bien plus efficace contre le variant Delta, selon une étude

«Selon une étude, deux doses de vaccin contre la COVID-19 bien plus efficaces qu'une dose contre le variant Delta», source article de Mary Van Beusekom dans CIDRAP News.

L'efficacité du vaccin contre la COVID-19 pour une dose du vaccin Pfizer/BioNTech ou AstraZeneca/Oxford contre la variant Delta (B1617.2) était beaucoup plus faible par rapport à l'efficacité d'une dose contre le variant Alpha (B117), selon une étude britannique publié dans le New England Journal of Medicine. Deux doses, cependant, ont réduit l'écart.

Les personnes sont généralement considérés comme complètement vaccinés par les vaccins Pfizer et AstraZeneca 14 et 15 jours après la deuxième dose, respectivement.

L'équipe de recherche dirigée par Public Health England a dit que leur étude observationnelle cas-témoins souligne l'urgence d'augmenter l'utilisation de deux doses d'un vaccin contre la COVID-19 parmi les populations vulnérables. Le variant Delta hautement transmissible et peut-être plus mortel, qui gagne en domination dans le monde, a provoqué des poussées d'infection qui ont submergé les hôpitaux en Inde et est à l'origine d'une augmentation notable en Angleterre.

Les enquêteurs ont utilisé des données sur tous les cas séquencés de la COVID-19 symptomatique en Angleterre du 5 avril au 16 mai et ont découvert que sur 19 109 cas séquencés, 4 272 étaient des infections Delta (22,4 %) et 14 837 étaient causées par Alpha (77,6 %). Ils ont ensuite estimé l'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre chaque variante après une et deux doses.

Faible protection après une dose

Une dose de l'un ou l'autre vaccin a conféré une protection beaucoup plus faible contre le variant Delta qu'Alpha (30,7% et 48,7%, respectivement, pour les deux vaccins ; différence, 11,9 points de pourcentage avec Pfizer, 18,7 avec AstraZeneca).

Mais deux doses de l'un ou l'autre vaccin étaient beaucoup plus efficaces contre les deux souches (87,5% contre le variant Alpha versus 79,6% contre le variant Delta). Deux doses du vaccin Pfizer ont été efficaces à 88,0% contre le variant Delta, contre 93,7% contre le variant Alpha. Le vaccin AstraZeneca était efficace à 67,0 % contre le variant Delta et à 74,5% contre le variant Alpha après deux doses.

«Nous avons constaté que la différence absolue d'efficacité du vaccin contre les maladies symptomatiques avec une dose de vaccin avec le variant Delta par rapport au variant Alpha était d'environ 12 à 19 points de pourcentage», ont écrit les auteurs de l'étude. «Cependant, les différences d'efficacité du vaccin après deux doses étaient faibles.»

Les chercheurs ont noté que les deux vaccins étaient très efficaces contre les vaiants Delta et Alpha après deux doses (différence, 6 à 8 points de pourcentage), mais que l'efficacité contre l'un ou l'autre variant était plus faible chez les receveurs d'AstraZeneca que ceux ayant reçu Pfizer. Ils ont ajouté que le nombre de cas et les périodes de suivi dans l'étude n'étaient pas suffisants pour permettre une estimation de l'efficacité du vaccin contre l'hospitalisation ou le décès.

«Dans l'ensemble, nous avons trouvé des niveaux élevés d'efficacité du vaccin contre la maladie symptomatique avec le variant Delta après la réception de deux doses», ont dit les auteurs. «Ces estimations n'étaient que légèrement inférieures à l'estimation de l'efficacité du vaccin contre le variant Alpha.»

Il y avait des preuves d'une possible diminution de l'efficacité contre le variant Delta avec le vaccin AstraZeneca et contre le variant Alpha avec le vaccin Pfizer après 56 jours, ont noté les chercheurs.

Maximiser l'absorption de deux doses de vaccin

Dans un commentaire dans le même journal, Stephen Evans et Nicholas Jewell, tous deux de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, ont souligné qu'au 19 juin, les vaccins contre les coronavirus avaient évité environ 7,2 millions cas d'infections et 27 000 décès en Angleterre et 279 000 décès et 1,25 millions d'hospitalisations aux États-Unis fin juin.

Evans et Jewell ont dit que bien que les études de conception à test négatif telles que celle de Public Health England puissent être sujettes à des biais, les principaux résultats sont encourageants et soulignent la nécessité de deux doses dans la prévention des infections causées par le variant Delta.

«Comme le variant Delta affecte divers pays, dont les États-Unis, l'impératif actuel est de vacciner autant de personnes que possible, le plus rapidement possible», ont-ils écrit. «Les communautés mal desservies et à risque ne doivent pas être négligées lors de la mise en œuvre de cette stratégie.»

Complément. Selon ce site, Efficacité du vaccin/Delta : Des données israéliennes et britanniques divergent.

Selon une étude locale, le vaccin Pfizer ne serait plus efficace qu'à 41% contre le COVID symptomatique, alors que les statistiques britanniques l'évaluent à 88%.

Le vaiant B1617 ou variant indien est jugé préoccupnt par l'OMS

«L'OMS cite le B1617, un quatrième variant préoccupant du COVID-19», source article de Lisa Schnirring paru le 10 mai dans CIDRAP News.

De hauts responsables de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ont déclaré le 10 mai que l'agence classait désormais la variant B1617 du SARS-CoV-2 détecté pour la première fois en Inde comme une variant préoccupant, à la suite d'une analyse détaillée des premières découvertes par son groupe de travail sur la génétique, qui a déclaré que le variant était plus transmissible.

Dans d'autres développements mondiaux clés, lors d'un concert Vax Live de Global Citizen ce week-end, les pays, les entreprises et les organismes de bienfaisance ont levé plus de 60 millions de dollars pour le programme COVAX afin d'assurer un accès plus équitable au vaccin COVID-19, tandis que la montée en flèche massive de l'Inde est restée à des niveaux élevés.

Des preuves montrent que le B1617 est plus transmissible

Lors d'une conférence de presse le 10, Maria Van Kerkhove, responsable technique de l'OMS pour le COVID-19, a déclaré que les experts du groupe se réunissaient depuis quelques jours pour examiner autant de données que possible sur le variant B1617. Elle a dit que le B1617 a trois sous-niveaux. Une analyse préliminaire suggère qu'il est plus transmissible, ce qui a conduit le groupe à le faire passer d'une variant d'intérêt à une variant préoccupant aux côtés de B117 (appelé variant anglais ou britannqiue), B1351 (variant sud-africain) et P1 (variant brésilien).

Elle a déclaré que beaucoup plus de travail était nécessaire pour examiner les séquences du B1617 d'Inde et d'autres pays qui l'ont détecté, ajoutant que des études en laboratoire sont nécessaires pour faire la lumière sur les problèmes de neutralisation virale, ainsi que des études épidémiologiques pour fournir des indices sur le comportement du variant.

Jusqu'à présent, les mesures de santé publique telles que la distanciation, la limitation des rassemblements et le port de masques semblent fonctionner contre le B1617, a déclaré Van Kerkhove. Mais avec un virus plus transmissible, «nous devons travailler encore plus durement».

Demain, dans son rapport hebdomadaire sur la situation du COVID, l'OMS publiera plus de détails sur la variant et son enquête jusqu'à présent, a-t-elle déclaré.

Public Health England a annoncé le 7 mai qu'il avait reclassé le B1617.2 en tant que variant préoccupant. Les responsables indiens ont déclaré qu'une combinaison de facteurs était à l'origine de sa deuxième vague, la pire au monde de la pandémie. Ils comprennent la mixité sociale, des mesures assouplies et des variants plus transmissibles, qui ont également inclus le B117, le variant vu pour la première fois au Royaume-Uni.

Tedros: Le monde à un plateau inacceptable

Après de nombreuses semaines d'augmentation constante, les cas et les décès de COVID dans le monde montrent un glissement vers un plateau, entraîné par des baisses dans les Amériques et en Europe, deux des régions les plus durement touchées, a déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, le 10 mai à la réunion d'information de l'OMS.

Il a toutefois averti que le monde était dans la même situation auparavant, seulement pour voir les cas remonter lorsque les populations baissaient la garde. Tedros a ajouté que les cas continuent d'augmenter rapidement dans la région OMS de l'Asie du Sud-Est et que certains pays de chaque région de l'OMS connaissent des tendances à la hausse.

Il a déclaré que la Fondation de l'OMS a lancé aujourd'hui un appel «Together for India/Ensemble pour l'Inde» pour collecter des fonds pour soutenir le travail en Inde, y compris pour l'achat d'oxygène, d'équipement de protection individuelle et de médicaments.

Au cours du week-end, les cas en Inde sont restés près des niveaux records, le pays ayant signalé plus de 400 000 cas le 8 mai et environ 366 000 cas le 9 mai.

Dans d'autres développements indiens, le pays demande aux anciens médecins de l'armée d'aider à soigner les patients dans les hôpitaux débordés et aux médecins militaires de faire des consultations en ligne, selon Reuters.

Pendant ce temps, les médecins indiens signalent une augmentation des infections pulmonaires fongiques potentiellement mortelles appelées mucormycose chez les personnes atteintes de COVID ou chez celles qui se sont récemment rétablies, selon le New York Times. Certains experts ont déclaré que les cas pourraient être liés à une utilisation accrue de stéroïdes ou à un traitement à domicile, y compris l'oxygène, sans une bonne hygiène.

Des chercheurs découvrent différents impacts des types de Salmonella apparentés

«Des chercheurs découvrent différents impacts des types de Salmonella apparentés», source Food Safety News.

Des scientifiques ont découvert que les variants de Salmonella peuvent avoir des effets différents sur la santé des porcs et les risques qu'ils présentent pour la sécurité des aliments.

Deux types étroitement liés de Salmonella Typhimurium, appelés U288 et de séquence type (ST) 34, sont particulièrement dominants chez les porcs et diffèrent par la colonisation de l'intestin et des tissus environnants et la gravité de la maladie qu'ils produisent. Le variant ST34 représente plus de la moitié de toutes les infections humaines à Salmonella Typhimurium au Royaume-Uni, tandis que U288 est rarement associé à une infection humaine.

Le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et le professeur Mark Stevens du Roslin Institute ont travaillé avec des scientifiques de l'Earlham Institute pour étudier les variants courants de Salmonella chez les porcs au Royaume-Uni.

En utilisant le séquençage du génome entier, l'équipe de recherche a découvert que les deux types de Salmonella Typhimurium circulaient chez les porcs britanniques depuis 2003. Les chercheurs avaient précédemment examiné l'émergence et la propagation de Salmonella chez les porcs.

Prédire les stratégies de risque et de contrôle

Dans l'industrie porcine, cela peut avoir un impact sur la santé et le bien-être des porcs et avoir des effets potentiels sur la productivité. Salmonella Typhimurium est relativement courant dans les troupeaux de porcs et les procédés dans les abattoirs tentent de prévenir la contamination de la viande destinée à la chaîne alimentaire.

Les résultats de l'étude, publiés dans la revue Communications Biology (l'article est disponible en intégralité) pourraient aider à prédire le risque de variants de Salmonella pour les animaux et les humains, et aider les stratégies de prévention ou de contrôle des infections.

«Comprendre comment des variants de Salmonella émergent et identifier les signatures génétiques responsables de l'adaptation à différents hôtes et la capacité de produire des maladies offrira des opportunités pour améliorer les diagnostics et la surveillance. Cela aidera à son tour à prédire le risque que présentent les variants de Salmonella pour la santé animale et la sécurité alimentaire», a dit Stevens.

L'étude a analysé la composition génétique des souches de Salmonella isolées chez les porcs et les humains, pour identifier les variants et comprendre comment ils ont évolué et se comportent. Des échantillons ont été prélevés dans des infections cliniques humaines lors du diagnostic de routine et sur des animaux lors de la surveillance de routine.

Cela comprenait 1 826 isolats de Salmonella Typhimurium provenant d'infections humaines en Angleterre et au Pays de Galles entre avril 2014 et décembre 2015 et 79 souches de Salmonella Typhimurium U288 isolées d'animaux au Royaume-Uni en 2014 et 2015 dans le cadre de la surveillance de l'APHA (Animal and Plant Health Agency) et 77 autres de 2005 à 2016.

Différences des souches

Les travaux ont impliqué Public Health England et l'APHA et ont été financés par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council.

Les bactéries ST34 considérablement plus viables ont été récupérées après dessiccation pendant 24 heures, par rapport à U288. Le variant monophasique de Salmonella Typhimurium ST34 s'est également répliquée à un taux plus élevé que U288 en culture, unr caractéristique qui, selon les experts, pourrait entraîner un niveau plus élevé de contamination dans les aliments.

Le variant U288 a évolué pour acquérir des gènes associés à la résistance aux antimicrobiens et aux variations de molécules liées à la virulence ainsi qu'à une croissance plus lente en laboratoire.

«Nous avons déjà vu ces types de changements dans des variants de Salmonella qui se sont adaptées à des espèces hôtes spécifiques et provoquent une maladie plus invasive, y compris le type de Salmonella qui cause la fièvre typhoïde chez les humains mais n'affecte pas les autres espèces», a dit Kingsley.

«L'une des découvertes intéressantes est la rapidité avec laquelle les agents pathogènes peuvent s'adapter, et comment même quelques changements génomiques peuvent conduire à des résultats de maladie très différents», a dit le Dr Matt Bawn, chercheur sur l'étude basée à l'Earlham Institute et au Quadram Institute.

Aucun pays ou continent ne pourra mettre fin seul à la pandémie en cours de COVID-19

Notre meilleure arme

Un article paru dans Eurosurveillance traite de la situation de la pandémie du Covid-19 avec ce titre réaliste, «No country or continent is on its own in the ongoing COVID-19 pandemic», que je traduirai ainsi, «Aucun pays ou continent ne pourra mettre fin seul à la pandémie en cours de COVID-19».

Extraits

Aujourd'hui, 15 mois après le début de la pandémie de cas de maladie à coronavirus (COVID-19), la morbidité et la mortalité ont été considérables et ont affecté des personnes dans le monde entier, quels que soient leur pays d'origine, leur statut socio-économique ou leurs antécédents génétiques. Des confinements stricts ont réduit l'incidence des cas de maladie et allégé la charge des systèmes de santé. Pourtant, les premières données des premiers adaptateurs de campagnes de vaccination à grande échelle suggèrent que les vaccins COVID-19 sont la mesure la plus efficace contre la maladie et devraient permettre une réouverture progressive de la société. Cependant, un certain nombre de problèmes doivent être résolus avant qu'une vie similaire à celle avant que la pandémie ne puisse reprendre.

La Commission européenne a fixé l'objectif d'une couverture de 70% d'une première dose de vaccins COVID-19 dans tous les pays d'ici juillet 2021 (certaines personnes parlent de fin août? -aa). À la fin du mois d'avril 2021, la vaccination cumulée de 26,5% pour au moins une dose de vaccin dans l'UE est moins élevée que dans quelques autres pays à revenu élevé comme Israël, le Royaume-Uni et les États-Unis d'Amérique. Cependant, d'un point de vue mondial - avec une moyenne de 7,4% pour la première dose, au 26 avril 2021, - la plupart des pays de l'UE se portent bien. Des programmes de vaccination ont également démarré dans tous les pays non membres de l'UE de la Région européenne de l'OMS, tandis que l'introduction des vaccins COVID-19 est toujours en attente dans 14 autres pays du monde. Reste à savoir si la couverture vaccinale peut atteindre un seuil suffisamment élevé pour assurer l'immunité communautaire dans l'UE.

Commentaire : Pour la France, le 21 janvier, Olivier Véran, le ministre de la Santé, déclarait avec optimisme que la France serait «en mesure» de vacciner d'ici «à la fin août» 70 millions de personnes, c'est-à-dire «la totalité de la population française». Il a ensuite été contredit par le Pr Jean-François Delfraissy, le président du Conseil scientifique, qui estimait pour sa part à 40% la part de la population française qui pourrait être vaccinée d'ici la fin de l'été, soit le 22 septembre. Le 2 février, le président Macron a formulé la promesse que «tous les Français adultes qui le souhaitent» seraient vaccinés d’ici à la fin de l’été.

Les nouveaux variants du SARS-CoV-2 qui pourraient être capables d'échapper à la protection vaccinale peuvent présenter un défi pour le contrôle du COVID-19 et le scénario futur peut être similaire à ce que nous observons avec les vaccins contre la grippe, où nous nous attendons rarement à une immunité communautaire. Sur la base de son expérience de la mise à jour régulière des souches de vaccins contre la grippe saisonnière, l'OMS élabore actuellement un cadre pour évaluer les nouvelles variant du SARS-CoV-2 qui contiendra un processus de sélection des variant à inclure dans les futurs vaccins multivalents COVID-19, s'il s'avère sûrs et efficaces dans les essais cliniques en cours. Ce cadre mondial n'est pas encore prêt, mais les agences de réglementation telles que l'Agence européenne du médicament et la FDA des États-Unis ont élaboré des lignes directrices pour les développeurs de vaccins sur la façon de tester les vaccins COVID-19 mis à jour. En outre, de nombreux pays de l'UE ont rapporté des cas d'infections survenues après vaccination, et il est important que les virus SARS-CoV-2 qui sont capables de provoquer une infection malgré une vaccination préalable subissent un séquençage du génome entier. Des études d'innocuité et d'efficacité du vaccin COVID-19 en cours d'utilisation sont également en cours de mise en place en utilisant différents modèles d'étude dans le cadre du nouveau cadre de collaboration entre l'Agence européenne du médicament (EMA) et le Centre européen de prvention et de contrôle des maladies (ECDC) qui traitera des performances spécifiques aux variants.

Même une fois que la couverture vaccinale du COVID-19 à 70% chez les adultes sera atteinte, d'autres aspects doivent être soigneusement pris en compte: diminution de l'immunité, rôle des enfants et des adolescents dans la transmission de la maladie, disponibilité des vaccins pour les enfants et conseils sur la meilleure utilisation des vaccins chez la femme enceinte, ainsi que chez les personnes immunodéprimées. Il est actuellement incertain de savoir si des doses de rappel seront nécessaires pour tout ou partie des vaccins candidats. Des essais cliniques ont été lancés avec des candidats contenant un ou plusieurs des variants nouvellement apparus pour éventuellement être utilisés dans des rappels annuels ou plus souvent, si nécessaire. Plusieurs fabricants sont très avancés dans le développement de vaccins COVID-19 infantiles, et la première indication vaccinale étendue pour un ou plusieurs vaccins pourrait intervenir dès le deuxième trimestre de 2021 pour les enfants âgés de 12 à 15 ans. Cependant, surtout, l'immunité communautaire par une combinaison d'immunité induite par le vaccin et d'immunité naturelle après l'infection ne fournira pas une protection complète étant donné les disparités de couverture vaccinale d'une région à l'autre et les graves pénuries mondiales de vaccins; il faudra plusieurs années pour atteindre un minimum de 70% de couverture dans le monde.

Les premières études de laboratoire et les études d'efficacité limitée suggèrent que les vaccins autorisés par l'UE sont protecteurs contre le variant B.1.1.7 (variant dit britannique ou anglais -aa) identifié pour la première fois dans le Kent, Royaume-Uni, mais sont moins protecteurs contre les variants B.1.351 et P.1. identifiés respectivement pour la première fois dans la région du Cap en Afrique du Sud et à Manaus, au Brésil. Il n'y a pas encore de résultats disponibles pour les nouveaux variants les plus récemment identifiés en Inde, le variant B.1.617 et ses sous-clades, qui présentent plus de changements génétiques par rapport à toute autre variant identifié à l'échelle mondiale. Le risque d'infection après vaccination vis-à-vis des SARS-CoV-2 nouvellement circulants chez les personnes précédemment infectées ou vaccinées est la raison pour laquelle tous les pays, y compris ceux ayant une couverture vaccinale élevée, peuvent encore maintenir les interventions non pharmaceutiques utilisées jusqu'à présent, afin d'offrir contrôle au niveau de l'individu et de la population contre ces variants. Des orientations sur la manière d'assouplir en toute sécurité les mesures de contrôle dans les stratégies de sortie sont déjà disponibles, mais le moment où ces mesures peuvent être levées en toute sécurité reste incertain dans le paysage épidémiologique en évolution rapide.

Dans ce contexte, un groupe de population important à surveiller est celui des personnes immunodéprimées. On s'attend à ce qu'ils répondent moins bien à la vaccination, ce qui peut donner naissance à de nouveaux variants du SARS-CoV-2 s'ils sont porteurs du virus pendant des périodes plus longues. Ils peuvent donc avoir besoin de traitements efficaces, par exemple sous forme d'antiviraux, et des antiviraux efficaces seront également nécessaires pour traiter les personnes hospitalisées pour une maladie grave à COVID-19.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Il convient de noter que la sécurité et l'efficacité à long terme pour les vaccins actuels et à venir prochainement dans l'UE sont encore inconnues et cela guidera le choix des vaccins à recommander à long terme.

Les leçons de la vaccination contre le COVID-19 devraient nous aider à étendre davantage les programmes de vaccination des adultes en général - et, en particulier, pour les personnels de la santé - au-delà de l'hépatite B et de la grippe, du pneumocoque, de la coqueluche, du zona et à d'autres futurs vaccins déjà en développement, tels que ceux contre le virus respiratoire syncytial.

Il est également nécessaire d'explorer plus avant comment les vaccins peuvent être produits et distribués de manière équitable, car il est clair qu'aucun pays ou continent n'est à lui seul pour mettre fin à la pandémie du COVID-19; une collaboration internationale et un renforcement des capacités mondiales seront nécessaires pour y parvenir. Produire suffisamment de vaccins COVID-19 pour servir également tous les pays du monde est un défi énorme. La collaboration entre les développeurs de vaccins, les fabricants, les agences réglementatires ,les experts en santé publique, les gouvernements et les donateurs du monde entier sera essentielle pour la poursuite du développement de vaccins et le renforcement des capacités mondiales pour la production et le déploiement de vaccins sur tous les continents.

Enfin, toutes les décisions nécessaires à la réouverture de la société devraient être fondées sur des preuves à chaque étape. Pour permettre une telle prise de décision, des systèmes de surveillance bien conçus et des études correctement financées sont nécessaires pour évaluer de manière critique toutes les mesures de santé publique mises en œuvre dans les années à venir. Les outils pour enrayer la pandémie de COVID-19 sont à notre disposition, mais nous devons les évaluer régulièrement et les utiliser de manière scientifiquement solide.

Pourquoi l'Inde connait-elle une nouvelle vague de Covid-19?

«Pourquoi l'Inde connait-elle une vague de Covid-19?», source BMJ 2021;373:n1124.

Les infections en Inde ont établi de nouveaux records de la pandémie en avril, avec plus de 300 000 tests positifs chaque jour pendant une semaine. Kamala Thiagarajan se penche sur les nombreuses questions sans réponse

Le 26 avril, l'Inde a enregistré le plus grand nombre de nouvelles infections par le SARS-CoV-2 jamais enregistré dans le monde, 360 960, portant son total pandémique à 16 millions de cas, juste derrière les États-Unis, et plus de 200 000 décès.

La deuxième vague dévastatrice survient un an après que le pays a imposé l'une des restrictions de confinement les plus strictes au monde - et trois mois seulement depuis que son ministère de la Santé a déclaré que les infections et la mortalité étaient à un niveau historiquement bas.

Qu'est-ce qui cause la deuxième vague de l'Inde et pourquoi est-elle bien pire que la première?

Après la première vague, les gens ont baissé la garde, a déclaré Chandrakant Lahariya, un épidémiologiste qui a aidé à rédiger la politique nationale de vaccination contre le Covid en Inde. «Dans certains des États les plus durement touchés, comme Delhi et le Maharashtra, la transmission communautaire était si répandue qu'il y a eu plusieurs vagues localisées», a-t-il dit. Les médias ont accusé la distanciation sociale et le port de masque laxistes, ainsi que les rassemblements politiques de masse pour les récentes élections et les événements religieux tels que le Kumbh Mela, dans lequel des centaines de milliers d'hindous se rassemblent au bord du Gange.

«Le gouvernement assouplissait les restrictions par ce qui semblait être la fin de la première vague», a déclaré V. Raman Kutty, épidémiologiste et président honoraire de l'organisation à but non lucratif Health Action by People à Thrissur, Kerala. «Des centres commerciaux et des théâtres ont ouvert; il y avait des événements sportifs, des élections et des événements religieux. Les politiciens ont même affirmé sans fondement que l’Inde avait vaincu la pandémie.»

Un article publié dans International Journal of Infectious Diseases en décembre 2020 a conclu que le taux de transmission avait chuté de manière significative lors du premier confinement, mais a averti que le confinement n'était qu'une mesure temporaire pour enrayer les épidémies.

Les auteurs ont recommandé d'intensifier les tests et l'auto-isolement pour infections secondaires, mais le taux de dépistage de l'Inde reste parmi les plus bas au monde. Les comparaisons sont difficiles, car l'Inde ne publie pas de chiffres de tests quotidiens pour le pays dans son ensemble, mais le ministère de la Santé a déclaré qu'un total de 1,75 million d'échantillons avaient été testés par PCR le 27 avril. Le Royaume-Uni effectue 500 000 tests PCR par jour.

Ensuite, il y a l’infrastructure sanitaire de l’Inde, déjà préoccupante avant la pandémie et désormais débordée.

Le 11 mai 2020, peu de temps après la levée du premier confinement, le think tank du gouvernement NITI Aayog a analysé la réponse du pays au covid-19. Il a constaté une grave pénurie d'équipements médicaux tels que les kits de test, les EPI, les masques et les ventilateurs. Il a également noté la longue pénurie de soins de santé d'urgence et le manque de professionnels: le ratio médecins/patients a été enregistré à 1: 1445 et entre les lits d'hôpitaux et les personnes 0,7:1000, avec un ratio ventilateurs/population de 400 00 à 1,3 milliards.

Lors de la dernière crise, des fournitures médicales et de l'oxygène ont été expédiés de 15 pays et d'organisations d'aide internationales telles que l'Unicef. Devi Prakash Shetty, chirurgien cardiaque et président et fondateur de la chaîne de centres médicaux Narayana Health, a estimé que l'Inde aurait besoin d'environ 500 000 lits de soins intensifs et de 350 000 membres du personnel médical dans les prochaines semaines. À l'heure actuelle, il ne compte que 90 000 lits de soins intensifs, presque tous entièrement occupés.

L'Inde a également du mal à vacciner sa population de 1,36 milliards d'habitants, bien qu'elle dispose de l'une des plus grandes capacités de fabrication de produits pharmaceutiques au monde.

Pourquoi les infections au Covid-19 en Inde ont-elles chuté au début de 2021?

Cela reste inconnu, mais Kutty dit que c'était probablement la véritable diminution de la première vague. Il a noté que «le taux de positivité des tests diminuait en janvier-février, nous pouvions donc supposer sans risque qu'il y avait une baisse des infections».

Mais les chiffres des tests eux-mêmes peuvent ne pas raconter toute l'histoire. «Les statistiques officielles en Inde sont souvent trafiquées pour convenir aux chefs politiques, et il y avait une énorme pression pour en faire moins», a dit Kutty au BMJ, ajoutant qu'il y avait également un manque de transparence dans les chiffres des infections et de la mortalité. «On sait à peine qui en est responsable. Cela dépend certainement du nombre de tests effectués, et dans de nombreux États, on pourrait soutenir que pas assez de tests ont été effectués. Cependant, le nombre de décès est un indicateur plus robuste et, lors de la première vague, les décès semblent avoir été inférieurs à ceux d'autres pays. La deuxième vague est une histoire totalement différente.»

Avec 16 millions de décès signalés, les chiffres officiels en Inde sont probablement bien inférieurs aux chiffres réels, dit Lahariya. «Les tests étaient limités, et un si grand nombre de ceux qui n’ont pas été testés ont été admis [dans les hôpitaux]. Lorsque ces patients meurent, leurs décès ne sont pas enregistrés comme des décès liés au Covid-19», a-t-il dit, ajoutant que la mort peut également survenir beaucoup plus tard après la sortie.

En quoi la deuxième vague diffère-t-elle de la première?

«Auparavant, des personnes étaient touchées, mais aujourd'hui, des familles entières contractent le Covid», a dit Lahariya. En tant que deuxième dénombrement le plus peuplé du monde, et avec des ménages multigénérationnels communs, des clusters étaient susceptibles de se produire.

Une étude publiée par Lancet Global Health en février a indiqué que la première vague a infecté jusqu'à 50% des habitants des zones urbaines. La deuxième vague semble se propager davantage dans les zones rurales, où les gens voyagent loin pour se rendre aux centres de santé les plus proches. Dans l'Etat du Pendjab, les dossiers de santé montrent que plus de 80% des patients présentent des symptômes graves à leur arrivée, en raison des retards causés par le voyage.

Les personnes de 30 à 50 ans qui partent travailler semblent également être particulièrement touchées par la nouvelle vague, du moins à New Delhi. Des rapports anecdotiques suggèrent un nombre nettement plus élevé de décès parmi les jeunes cette fois, a dit Kutty. Mais on ne sait pas encore combien de personnes plus jeunes sont infectées, car beaucoup peuvent ne pas avoir de symptômes.

Il y a eu des rapports très médiatisés de réinfections. Par exemple, le ministre en chef de l'État méridional du Karnataka, B.S. Yediyurappa, a été testé positif au SARS-CoV-2 deux fois en neuf mois. Dans une étude portant sur 1 300 personnes testées positives, publiée en mars 2021 dans Epidemiology and Infection, le Centre indien de recherche médicale a trouvé un taux de réinfection de 4,5%, 10 avec une grande proportion de ces personnes n'ayant présenté aucun symptôme la première fois. «Les réinfections étaient auparavant considérées comme rares, mais [dans cette deuxième vague], nous réalisons maintenant que ces chiffres sont plus élevés que ce que nous pensions initialement», a dit Lahariya.

Les nouveaux variants sont-ils en cause?

Des variants identifiées pour la première fois en Afrique du Sud (connus sous le nom de B.1.351), au Brésil (P.1) et au Royaume-Uni (B.1.1.7) circulent en Inde, aux côtés d'une variant indien( B. 1.617) distinct nouvellement identifié pour la première fois en octobre. Tous sont susceptibles d'être un facteur, mais l'étendue de l'implication de chacun est encore inconnue.

«Le variant B.1.617 s'est répandu rapidement dans certaines parties de l'Inde, dominant apparemment les virus précédemment en circulation dans certaines régions du pays», a dit Ravi Gupta, professeur de microbiologie clinique à l'Université de Cambridge, qui étudie ces variants. «Le variant B.1.1.7 domine dans certaines régions, et le variant B.1.617 est devenu dominant dans d'autres, ce qui suggère que les deux peuvent avoir un avantage sur les souches préexistantes.»

Les scientifiques s'inquiètent de deux mutations dans B.1.617 (E484K et L452R), qui l'ont amené à être surnommé un «double mutant». Gupta a dit que la mutation L452R se trouve dans une zone clé de la pointe (spike) qui est reconnue par les anticorps après la vaccination ou l'infection. E484K a également cet effet. «Le souci est que les deux peuvent avoir des effets additifs en rendant le virus moins sensible aux anticorps», a-t-il dit, tout en ajoutant que ce n'est qu'une possibilité à ce stade, sans confirmation.

Le Consortium indien de génomique SARS-CoV-2 (INSACOG), un groupe de 10 laboratoires nationaux, a été créé en décembre 2020 pour surveiller les variations génétiques du coronavirus, en particulier le variant B.1.1.7, mais le manque de capacité de testset de séquençage est entraver les efforts. Les données gouvernementales montrent que l'Inde a séquencé moins de 1% de ses échantillons positifs, alors que la proportion est de 4% aux États-Unis et de 8% au Royaume-Uni.

Que savons-nous de la propagation de la variant indien au Royaume-Uni?

Public Health England a identifié plusieurs cas de B.1.617 au Royaume-Uni, 12 principalement liés à des voyages. Cela a conduit le gouvernement britannique à ajouter l'Inde à sa liste rouge des voyages et le Premier ministre à annuler une visite diplomatique de haut niveau dans le pays.

Le nombre de génomes B.1.617 détectés au Royaume-Uni a augmenté ces dernières semaines, a dit Sharon Peacock, professeur de santé publique et de microbiologie à l'Université de Cambridge et directrice du Consortium Covid-19 Genomics UK au Science Media Center. «Même si ce pourcentage est égal ou inférieur à 1% des génomes séquencés dans l'ensemble du Royaume-Uni, la tendance à la hausse des cas justifie une action tandis que les incertitudes en cours sur le niveau de menace posé par ce variant sont évaluées.»

Comment la crise affectera-t-elle le déploiement des vaccins en Inde?

L'Inde a lancé sa campagne de vaccination le 16 janvier 2021, reposant principalement sur Covishield, une version du vaccin Oxford-AstraZeneca produit par le Serum Institute of India. Un plus petit nombre de personnes se procurent le Covaxin développé localement en Inde, fabriqué par Bharat Biotech. Le gouvernement s'était fixé comme objectif de vacciner 250 millions de personnes d'ici juillet. À ce jour, l’Inde a vacciné environ 117 millions de personnes, selon Our World in Data de l’Université d’Oxford, et environ 17 millions ont reçu les deux doses complètes d’un vaccin.

Le gouvernement a arrêté les exportations de Covishield, une décision qui a affecté les déploiements de vaccins dans le monde entier, y compris au sein de l'initiative mondiale COVAX. Des rapports allèguent que le gouvernement a approuvé une subvention de 503 millions d'euros pour permettre au Serum Institute of India et à Bharat Biotech d'augmenter la production dans les jours à venir, ce qui, selon certains critiques, aurait dû être fait avant la deuxième vague.

L'approbation et l'importation d'autres vaccins ont été lentes, et des sociétés comme Pfizer sont confrontées à des demandes d'essais cliniques supplémentaires au niveau national. Le gouvernement aurait pu permettre à plus de vaccins d'être importés pour le large segment de la population urbaine qui pourrait être prêt à en payer le prix, a dit Kutty. «Cela allégerait la pression sur les infrastructures publiques, qui sont très sollicitées.»

Face à la crise, le gouvernement a approuvé l'utilisation du Spoutnik V. Le fonds souverain russe qui commercialise le vaccin dans le monde a signé des accords avec cinq fabricants indiens pour plus de 850 millions de doses par an, les premières doses étant dues à être disponible le 1er mai.

Au fur et à mesure que les infections augmentaient, les hôpitaux des hotspots étaient à court de vaccins. Kutty a dit que les pénuries étaient une chose; une autre est la rapidité avec laquelle l'Inde est capable de vacciner. «Je pense qu'à l'heure actuelle, notre infrastructure [de santé] pourrait ne pas être en mesure de le faire assez rapidement, même s'il y avait suffisamment de vaccins. Le gouvernement doit planifier une véritable campagne pour couvrir autant de population que possible dans les plus brefs délais.»

Et bien que les vaccins destinés aux personnes de plus de 45 ans et aux personnels de santé de première ligne aient été payés par le gouvernement fédéral, les doses destinées aux autres groupes d'âge devront provenir des budgets locaux. Les gouvernements des États ont été invités à négocier directement avec les fabricants de vaccins pour acheter les stocks dont ils auront besoin, une décision critiquée comme arbitraire et discriminatoire entre les États, car ils ont des budgets et des systèmes de santé très différents.

En Inde, les bûchers sont allumés 24 heures sur 24.. via @FredericBianchi pic.twitter.com/q92B6MF7HB

— François Momboisse (@fmomboisse) April 30, 2021

Un an d'évolution du SARS-CoV-2

«Un an d'évolution du SARS-CoV-2», source Microbiology Society.

Le 15 avril 2021, des chercheurs ont publié un examen approfondi des mutations du SARS-CoV-2 qui ont eu lieu au cours de l'année écoulée dans le Journal of General Virology. La revue discute des résultats de plus de 180 articles de recherche et suit les changements qui ont eu lieu dans le génome du SARS-CoV-2 et les variants qui en ont résulté.

Un certain nombre de variants du SARS-CoV-2 ont émergé d'hôtes immunodéprimés, selon l'étude. On pense que les variants préoccupants, y compris B.1.1.7 (encore appelé variant anglais -aa), un variant identifié pour la première fois dans le Kent, étaient le résultat d'une infection à long terme chez des personnes dont le système immunitaire était affaibli.

Des infections persistantes chez les personnes immunodéprimées peuvent entraîner une mutation plus fréquente du virus car le système immunitaire de la personne ne peut pas éliminer le virus aussi rapidement que le système immunitaire d’une personne en bonne santé.

Les auteurs, Professeur Wendy Barclay, Dr Thomas Peacock, Professeur Julian Hiscox et Rebekah Penrice-Randal expliquent l'importance de surveiller les changements génétiques dans le SARS-CoV-2 pour le contrôle futur du virus: «Alors que de plus en plus de variants apparaissent, nous nous avons une meilleure image de leurs similitudes et différences partagées et pouvons mieux prédire à quoi ressembleront les autres nouveaux variants. Rassembler toutes ces informations nous aidera également à concevoir des vaccins booster qui protègent contre autant de variants que possible ou à concevoir des diagnostics ciblés», ont-ils déclaré.

Leur revue examine où les mutations se sont produites, quelle partie du virus elles affectent et comment les variants résultants pourraient avoir un impact sur les efforts de vaccination. Selon les auteurs, des mutations dans le SARS-CoV-2 sont attendues, car le virus s'adapte à l'homme. «Le séquençage des coronavirus humains saisonniers n'a pas été fait à une échelle comme le SARS-CoV-2, en particulier lorsqu'ils se seraient initialement propagés chez l'homme. Le SARS-CoV-2 est au début de son voyage chez l'homme alors que d'autres coronavirus humains existent, dans certains cas, depuis de nombreuses décennies», ont-ils dit.

Des variants avec des mutations identiques ou similaires ont émergé indépendamment dans différents pays: «Le SARS-CoV-2 est probablement encore en train de trouver son chemin chez l'homme en termes d'infection et de transmission optimales. L'ampleur de l'épidémie et les efforts massifs de séquençage permettront d'identifier des mutations concomitantes; fondamentalement, le virus subit les mêmes types de pressions de sélection où que vous soyez dans le monde, et l'épidémie a été semée par le même virus d'origine», ont expliqué les auteurs.

Les mutations présentant un intérêt particulier comprennent celles de la protéine de pointe (spike protein). Cette protéine permet au virus de pénétrer dans les cellules hôtes et est la cible principale du système immunitaire, y compris l'immunité générée par tous les vaccins actuels contre le SARS-CoV-2.

Des mutations dans le gène qui code pour la pointe pourraient changer la forme de la protéine, lui permettant de ne plus être reconnue par le système immunitaire. Parce que cette protéine est si importante pour l'entrée du SARS-CoV-2, les mutations favorables ont plus de chances de réussir et de créer de nouvelles variants dominants du virus.

Les changements qui donnent un avantage au virus peuvent rapidement devenir dominants. Par exemple, une mutation, nommée D614G, a été trouvée dans 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés quatre mois seulement après sa première détection. Désormais, les virus sans la mutation D614G ne sont couramment observés que dans certaines régions d'Afrique.

Une autre mutation, N501Y, se trouve dans le variant B.1.1.7 du SARS-CoV-2. On pense que cette mutation est le résultat de l'infection d'un individu immunodéprimé et peut contribuer à rendre le virus plus contagieux. Les infections avec ce variant ont un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est devenu le variant dominant en trois mois et est désormais responsable de plus de 90% des infections dans le pays.

Les mutations significatives des protéines de pointe discutées dans la revue comprennent:

D614G

En février 2020, une mutation a été détectée dans la protéine de pointe du SARS-CoV-2 et nommée D614G. Cette mutation rend le SARS-CoV-2 plus infectieux, mais ne rend pas le virus plus dangereux. Cette augmentation de l'infectiosité a conduit à un avantage significatif en termes de fitness et en quatre mois, 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés dans le monde se sont révélés porteurs de la mutation. Aujourd'hui, seules certaines parties de l'Afrique ont des virus en circulation sans la mutation D614G.

Malgré les préoccupations initiales, le D614G n'a pas d'effet sur l'efficacité du vaccin et dans certains cas, les virus avec la mutation D614G sont plus facilement éliminés par les anticorps contre le SARS-CoV-2.

Y435F

À la mi-2020, les rapports sur le vison infecté par les humains sont devenus fréquents. Chez le vison, la protéine de pointe du virus a généralement développé deux mutations appelées Y435F et N501T. Ces mutations permettent une liaison plus forte du virus aux cellules réceptrices humaines. Des virus porteurs de ces mutations ont été trouvés dans un groupe d'infections humaines au Danemark, dont on pense qu'elles proviennent du vison. Fait inquiétant, ce variant était capable d'infecter des personnes qui avaient déjà été infectées par le SARS-CoV-2 et dont on pensait qu'elles avaient une certaine immunité contre le virus. En conséquence, 17 millions de visons ont été abattus.

La mutation Y435F se serait également développé chez une personne immunodéprimée, probablement à la suite d'une infection chronique par le virus lui permettant de s'adapter.

N501Y

En décembre 2020, un variant hautement transmissible du virus a été isolée dans le Kent, au Royaume-Uni. Ce variant, nommé B.1.1.7, contenait une mutation dans la protéine de pointe appelée N501Y. Non seulement cette mutation rend le virus plus contagieux, mais il a également été constaté qu'il avait un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est désormais le variant dominant et est responsable de plus de 90% des cas d'infection.

La mutation N501Y s'est avérée avoir peu d'effet sur l'immunité à la fois contre les vaccins et les infections antérieures.

E484K

La mutation de protéine de pointe E484K est apparue ces derniers mois, une fois en Afrique du Sud et au moins deux fois au Brésil. Les variants avec la mutation de E484K sont capables d'échapper au système immunitaire des individus vaccinés et précédemment infectés.

On pense que cette mutation était due à des niveaux élevés d'immunité de la population, ce qui a conduit des mutations dans la protéine de pointe à échapper au système immunitaire. Au Brésil, il y a eu plusieurs rapports de personnes de la santé et d'autres personnes ayant des anticorps contre le SARS-CoV-2 qui ont été réinfectés avec des variants ayant le mutant E484K, ce qui soulève des inquiétudes quant à la protection vaccinale contre ce variant.

La revue examine également les mutations qui modifient d'autres parties du virus, telles que ORF8, une protéine accessoire dont on pense qu'elle supprime le système immunitaire de l'hôte. On a découvert que les virus avec une délétion dans le gène qui code pour ORF8 provoquent une maladie clinique moins grave.

Les auteurs de la revue ont appelé à une intensification des efforts mondiaux pour surveiller les mutations du SARS-CoV-2. Actuellement, le Royaume-Uni et le Danemark effectuent un séquençage disproportionné du génome du SARS-CoV-2. Une surveillance régulière du virus permet une identification précoce des variants émergentes et permet aux chercheurs d'identifier les mutations associées.

«Bien que la surveillance génomique en Europe et aux États-Unis soit assez forte, il devient clair que dans de vastes régions du monde, nous n'avons tout simplement aucune idée des variants qui circulent. Celles-ci commencent à apparaître en Europe sous forme d'importations ou d'épidémies communautaires. Une meilleure surveillance dans un plus large éventail de pays nous permettrait de mieux évaluer les risques à quoi pourrait ressembler la prochaine étape de la pandémie», ont dit les auteurs. «Si nous voulons surveiller l'émergence, la propagation et l'importation en cours de mutants potentiels pour échapper à un vaccin, nous devons poursuivre cet effort ou risquer de nouvelles vagues de pandémie et l'échec du vaccin. De plus, comprendre l'épidémiologie génomique du virus le plus tôt possible nous permettra de développer rapidement des rappels de vaccins mis à jour.»

Le professeur Alain Kohl, rédacteur en chef du Journal of General Virology a dit: «L'émergence des variants du SARS-CoV-2 est l'un des grands défis de la pandémie en cours. Cet article de synthèse résume nos connaissances et notre compréhension actuelles de l'évolution du virus, ainsi que de ses conséquences, par exemple en termes de vaccination. Il est d'un grand intérêt pour quiconque souhaite en savoir plus sur l'histoire de ce virus et sur ce que l'avenir peut nous réserver.»

Nouvelles de la pandémie de COVID-19

Des nouvelles assez rassurantes mais aussi d'autres qui le sont moins ...

«L'OMS donne son feu vert au vaccin AstraZeneca contre le Covid pour une utilisation urgente», source article de Lisa Schnirring paru dans CIDRAP News le 15 février 2021.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a annoncé que le vaccin AstraZeneca-Oxford contre le COVID-19 fabriqué dans deux pays différents est dans la liste pour une utilisation d'urgence, éliminant ainsi le dernier obstacle pour les doses à distribuer par le programme COVAX.

Dans d'autres développements, les responsables de l'OMS ont déclaré que de multiples facteurs sont probablement responsables d'une baisse des cas mondiaux, et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit dans sa dernière évaluation des risques que les pays constatent une augmentation du nombre et de la proportion de variants du SARS-CoV-2.

La liste d'urgence élimine le dernier obstacle pour COVAX

L'annonce sur la liste d'urgence fait suite à la recommandation du Groupe stratégique consultatif d'experts sur la vaccination (SAGE) de l'OMS la semaine dernière pour une utilisation d'urgence. L'annonce concernant le vaccin AstraZeneca-Oxford marque le deuxième vaccin contre le COVID-19 à être répertorié par l'OMS, après la liste du vaccin Pfizer-BioNTech le 31 décembre.

La liste couvre deux versions du vaccin, l'une fabriquée par SK Bio en Corée du Sud et l'autre fabriquée au Serum Institute of India. Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, a déclaré lors d'un briefing que le processus d'inscription d'urgence nécessitait deux examens et approbations distincts car le vaccin est fabriqué dans deux installations différentes.

«Nous avons maintenant toutes les pièces en place pour une distribution rapide des vaccins», a-t-il dit, exhortant davantage d'entreprises à soumettre leurs dossiers à l'OMS pour une liste d'urgence.

Tedros s'est dit heureux que les dirigeants des pays du G7, dirigés par le Premier ministre britannique Boris Johnson, se réunissent le 19 février pour discuter de l'équité en matière de vaccins. Il a encouragé tous les groupes à signer la nouvelle déclaration de l'OMS sur l'équité en matière de vaccins.

Le vaccin AstraZeneca-Oxford est un produit issu d'un vecteur viral qui est attrayant pour un déploiement dans des environnements de ressources plus faibles car il peut être conservé à des températures de réfrigération normales. Les premières expéditions via COVAX devraient commencer plus tard ce mois-ci et 350 millions de doses devraient être distribuées au cours du premier semestre de l'année.

Déclin des cas multifactoriels

Lors du briefing, Tedros a déclaré que les cas mondiaux avaient diminué pour la cinquième semaine consécutive et que le nombre signalé la semaine dernière était le plus bas depuis octobre. Les cas ont chuté de près de moitié en seulement 5 semaines, a-t-il ajouté.

«Cela montre que de simples mesures de santé publique fonctionnent, même en présence de variants.»

«Ce qui compte maintenant, c'est la manière dont nous réagissons face à cette tendance», a déclaré Tedros. «Le feu n'est pas éteint, mais nous avons réduit sa taille. Si nous arrêtons de le combattre sur n'importe quel front, il reviendra en force.»

Les responsables de l'OMS ont attribué une grande partie du déclin aux pays qui s'en tiennent aux mesures strictes du COVID-19, même face à des variants plus transmissibles.

Lors du briefing, Mike Ryan, qui dirige le programme d'urgence sanitaire de l'OMS, a déclaré que d'autres facteurs contributifs pourraient inclure une augmentation de la séroprévalence et un schéma ondulatoire. Cependant, il a ajouté que le virus a toujours une énergie cinétique élevée et que le pourcentage de personnes sensibles est toujours élevé. «Nous devons atteindre des niveaux de transmission durables faibles», a-t-il déclaré.

Propagation de vaiants du virus en Europe

Dans le cadre de développements connexes, l'ECDC a déclaré que si les cas sont en baisse dans la plupart des pays, probablement en raison des mesures contre le COVID, la propagation de variants du virus augmente. Depuis le 21 janvier, les pays européens ont signalé une augmentation et une proportion substantielles de cas du variant B117.

Sur la base des trajectoires de croissance observées jusqu'à présent, le variant est susceptible de devenir dominant dans plusieurs autres pays dans les semaines à venir. Bien qu'il soit difficile de comparer les pays, la proportion de B117 dans les cas séquencés semble presque doubler chaque semaine.

L'ECDC a averti que les pays qui connaissent une augmentation rapide de l'incidence du B117 ont connu une augmentation des hospitalisations, des systèmes de santé surchargés et une surmortalité.

Selon les médias, la République tchèque fait maintenant état d'hôpitaux débordants en raison de la propagation importante du B117, et les responsables ont prolongé l'état d'urgence pour mieux coordonner les confinements liés au COVID-19. Et le ministère français de la santé a demandé aux hôpitaux de passer en mode crise pour se préparer à une éventuelle augmentation des cas de B117, selon Reuters.

Le chemin tortueux vers l’éradication de la pandémie de Covid-19, selon l'Institut Pasteur

«Le chemin tortueux vers l’éradication de la pandémie de Covid-19», source communiqué de l'Institut Pasteur du 12 février 2021.

Il y a un peu plus d’un an, l’Organisation mondiale de la santé déclarait que l’épidémie de Covid-19 constituait une « urgence de santé publique de portée internationale ». Cette pandémie, qui est de ces événements exceptionnels qui n’arrivent qu’une fois par siècle, a miné les services de santé, entraîné la fermeture des écoles, muré les sociétés et plongé le monde dans une récession économique. Et si l’année 2020 a été compliquée, 2021 s’annonce encore plus difficile en raison de l’émergence de multiples variants, nous faisant entrer dans une véritable course contre la montre internationale entre vaccination et propagation d’un pathogène en constante évolution pour échapper à l’immunité. Quelles étapes jalonnent le chemin vers la fin de cette pandémie ?

Lire l'intégralité du commentaire publié dans The Lancet le 11 février 2021.

Ci-après, vous trouverez une traduction par mes soins de la suite de l'article paru dans The Lancet, donc sans garantie de traduction officielle ...

L'émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 nécessite un certain nombre de mesures importantes (Liste du panel des mesures ici)). Premièrement, moins de nouveaux infections signifie moins de réplication virale, ce qui, à son tour, réduit le risque de nouveaux variants. Cette situation ne peut être atteinte que par une combinaison d'interventions non pharmaceutiques (confinement-aa) et d'une intensification des vaccins, toutes deux importantes, jusqu'à ce que l'immunité de la population soit atteinte. Viser une stratégie d'élimination du COVID-19 est l'option préférée dans ce contexte.

Deuxièmement, pour la surveillance de la circulation des variants du SARS-CoV-2, le partage d'amorces PCR spécifiques aux variants pourrait aider à surveiller leur propagation, en particulier dans les pays à ressources limitées. En outre, chaque pays devrait inclure le séquençage génomique des variants du SARS-CoV-2 dans ses plans. Pour les pays à ressources limitées, le soutien de l'OMS, des Centres africains de contrôle et de prévention des maladies et d'autres institutions partenaires sera nécessaire pour aider à développer l'expertise et les capacités ainsi qu'à renforcer les systèmes de santé. Toutes les séquences génétiques doivent être publiées sur des plateformes internationales telles que GISAID pour des analyses partagées. Les infections chez les personnes qui ont été précédemment infectées ou vaccinées doivent être soigneusement examinées pour les variants qui nous échappent.

Troisièmement, un référentiel central d'échantillons de sérums et de cellules provenant d'individus ayant déjà subi une infection ou une immunisation antérieure avec les vaccins COVID-19 disponibles devrait être créé pour la séroneutralisation et les tests fonctionnels d'immunité cellulaire contre les variants nouvellement découverts. Ce référentiel pourrait publier des avis réguliers pour fournir des conseils sur un ensemble minimum d'épitopes à inclure dans les nouveaux vaccins contre le COVID-19.

Quatrièmement, la production de vaccins contre le COVID-19 doit être réactive et adaptée aux nouveaux lignées émergentes. Cette flexibilité sera probablement plus facile à réaliser avec les nouveaux technologies vaccinales contre le COVID-19 actuellement déployées et basées sur des acides nucléiques (vaccins à ARNm ou vaccins à vecteur viral).

Enfin, les vaccins doivent être disponibles, abordables et accessibles à l'échelle mondiale. Plusieurs pays à revenu élevé ont acheté des doses de vaccin, parfois près de neuf doses par personne (des noms?, mais je ne crois pas que ce soit la France, -aa) tandis que l'OMS a appelé à une plus grande équité et à un soutien plus fort à l'initiative COVAX et à son mandat d'accès équitable aux vaccins, en particulier pour les pays à ressources limitées. Il convient de noter une initiative de l'Union africaine visant à acheter et à distribuer indépendamment des vaccins contre le COVID-19 dans les pays du continent pour compléter le programme COVAX.

La question de savoir si l'administration du vaccin doit être prioritaire dans les pays à forte prévalence du SARS-CoV-2 et à transmission continue - par exemple, l'Afrique du Sud, le Brésil, le Mexique ou l'Inde – pour prévenir l'émergence de nouveaux variants doit être envisagée.

Cette pandémie rappelle aux pays à revenu élevé que les maladies infectieuses ont un impact considérable sur les économies et les vies, et que le développement et la mise en œuvre rapides de vaccins efficaces contre ces maladies doivent rester des priorités à l'échelle mondiale. La coopération mondiale pour garantir l'équité et la réactivité aux contextes locaux est essentielle sur le chemin difficile à parcourir pour mettre fin à la pandémie du COVID-19.