L'Allemagne rapporte des cas d'infection à EHEC liés à l'Egypte

Photo issue de l'Université de Gand (Belgique).

« L'Allemagne rapporte des cas d'infection à E. coli liés à l'Egypte », source article de Joe Whitworth publié le 30 juillet 2019 dans Food Safety News.

L'institut de santé publique en Allemagne a annoncé que plus de 30 personnes avaient contracté une maladie liée à E. coli cette année après être allées en Égypte.

L'Institut Robert Koch (RKI) a noté une augmentation du nombre de cas d'infection à E. coli entérohémorragique (EHEC) liés au séjour en Égypte ou après. Plus tôt ce mois-ci, Public Health England a également signalé une augmentation du nombre d'adultes et d'enfants malades après leur retour d'Hurghada en Égypte.

En Allemagne, il y a eu 31 cas à EHEC et cinq personnes atteintes du syndrome hémolytique et urémique (SHU), un type d'insuffisance rénale associé à une infection à E. coli.

C'est beaucoup plus que pendant la même période des années précédentes. En 2018, il y avait 21 cas à EHEC et un cas de SHU. En 2017, neuf cas à EHEC et un cas de SHU ont été enregistrés. La hausse ne peut pas être expliquée que par l'augmentation du nombre de voyages en Égypte, selon RKI.

Cela fait suite à un avertissement de PHE après que 18 personnes aient contracté une infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et qu'une personne ait développé un SHU après son retour d'Égypte cette année. Quatre personnes ont eu besoin d'être hospitalisées.

Une porte-parole de PHE a déjà déclaré à Food Safety News qu'il ne s'agissait pas d'une épidémie, car différentes souches de STEC avaient été détectées chez des visiteurs en Egypte, dont STEC O157 et STEC O26.

L'agence a informé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) de ces cas.

Réduire le risque d'infection

E. coli est transmis aux humains principalement par la consommation d'aliments contaminés, tels que la viande hachée crue ou insuffisamment cuite, le lait cru, les légumes crus et les graines germées.

La période d'incubation des infections à E. coli peut aller de trois à huit jours. La plupart des patients guérissent dans les 10 jours. Les symptômes comprennent la diarrhée, les nausées, les vomissements, les douleurs abdominales, les crampes d'estomac et parfois de la fièvre.

La cause des cas allemands est inconnue et des personnes malades ont séjourné dans différents hôtels dans des endroits distincts, selon RKI, qui a informé les autorités égyptiennes de cette augmentation.

Le Dr Nick Phin, directeur adjoint du Service national des infections à PHE, a déclaré que les voyageurs pouvaient prendre certaines précautions.

« Cela implique de s'assurer que la viande est bien cuite, de ne pas boire de l'eau du robinet ou de la glace faite à partir de l'eau du robinet et d'essayer d'éviter d'avaler de l'eau en nageant. Toute personne souffrant de diarrhée et de vomissements doit s’assurer de bien s’hydrater et consulter un médecin si les symptômes ne s’améliorent pas dans les 48 heures. Ils devraient également éviter de préparer ou de servir de la nourriture lorsqu'ils présentent des symptômes et se laver soigneusement les mains après avoir utilisé les toilettes pour empêcher la transmission du virus à d'autres personnes », a-t-il déclaré. »

Tout le monde doit avoir en mémoire l’épidémie de 2011, voir  Final presentation and evaluation of epidemiological findings in the EHEC O104:H4 Outbreak, Germany 2011.

Des bactéries telles que E. coli détectées en quelques minutes par une nouvelle technologie, selon l'Université de Warwick

Un communiqué de l’Université de Warwick du 26 juin 2019 nous informe que « Bacteria such as E. coli detected in minutes by new technology ». Traduction par mes soins -aa.

Des scientifiques de l'Université de Warwick ont montré que les signaux bioélectriques provenant de bactéries peuvent être utilisés pour déterminer rapidement si elles sont vivantes ou mortes.

Les résultats offrent une nouvelle technologie qui détecte les bactéries vivantes en quelques minutes au lieu d'attendre les résultats des analyses de laboratoire qui peuvent prendre des jours.

Lorsque ses bactéries vivantes reçoivent un champ électrique, les bactéries vivantes absorbent les molécules de colorant, ce qui permet de les rendre lumineuses et permet de les dénombrer facilement.

Cette technique rapide permet de détecter les bactéries résistantes aux antibiotiques.

Une découverte effectuée par des chercheurs de la Faculté des sciences de la vie de l’Université de Warwick offre une nouvelle technologie permettant de détecter des bactéries en quelques minutes en « électrifiant » (zapping) les bactéries avec de l’électricité.

Le test de contamination bactérienne dans des échantillons cliniques ou les produits commerciaux prend généralement plusieurs jours. Pendant ce temps, ils peuvent causer des dommages importants; de nombreuses infections peuvent devenir très rapidement une menace pour la vie si elles ne sont pas identifiées et traitées avec des antibiotiques appropriés.

Par exemple, 8% des personnes atteintes d'une septicémie grave d'infection sanguine décèdent pour chaque heure de retard d'un traitement approprié. Les problèmes plus courants tels que les infections des voies urinaires sont difficiles à diagnostiquer et certaines personnes ne peuvent obtenir une réponse claire à propos de leurs symptômes en raison de la difficulté à détecter les infections avec un taux faible. Des études ont révélé que 20 à 30% des infections des voies urinaires ne sont pas détectées par les bandelettes réactives utilisées pour détecter la présence de bactéries dans l'urine.

Des scientifiques de l’Université de Warwick ont ​​découvert que des cellules de bactéries saines et des cellules inhibées par des antibiotiques ou des rayons UV provoquaient des réactions électriques complètement différentes.

Ils ont fait cette découverte en combinant des expériences biologiques, l'ingénierie et la modélisation mathématique. Publiées dans Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA (PNAS), ces découvertes pourraient conduire à la mise au point de dispositifs médicaux capables de détecter rapidement les cellules bactériennes vivantes, d'évaluer les effets des antibiotiques sur les colonies de bactéries en croissance ou d'identifier différents types de bactéries. de bactéries et révéler des bactéries résistantes aux antibiotiques.

Les chercheurs ont un plan ambitieux pour mettre la technologie sur le marché afin de maximiser le bien social et ont fondé une start-up, Cytecom, pour commercialiser l’idée. La société a reçu une subvention d'Innovate UK, l'agence nationale de financement de l'innovation. Ce soutien gouvernemental accélère le processus et les appareils seront mis à la disposition des chercheurs et des entreprises dans un avenir très proche.

Le Dr Munehiro Asally, professeur adjoint à l'Université de Warwick, a déclaré:

« C'est un moment tellement excitant de travailler sur la bioélectricité des cellules bactériennes. Ce travail démontre que l'électricité bactérienne peut mener à une technologie importante pour la société, tout en permettant de mieux comprendre notre compréhension de base des cellules. L'outil que nous avons développé peut offrir plus d'opportunités en permettant des expériences qu'il était impossible de réaliser auparavant. »

Le docteur James Stratford, Cytecom, entreprise dérivée de la School of Life Sciences et de Warwick, commente:

« Le système que nous avons créé peut produire des résultats similaires au nombre de plaques utilisé dans les tests médicaux et industriels, mais environ 20 fois plus rapide. Cela pourrait sauver la vie de nombreuses personnes et profiter à l'économie en détectant la contamination des processus de fabrication. »

Le Dr Yoshikatsu Hayashi, de l'Université de Reading, commente:

« En utilisant le modèle mathématique largement utilisé en neuroscience, nous avons révélé un mécanisme commun de cellules excitables, cellules de neurones et bactéries, et le modèle neuronal étendu pourrait expliquer deux réactions électriques distinctes de cellules bactériennes saines et malsaines. Étonnamment, un seul paramètre représentant le degré de non-équilibre à travers la membrane était suffisant pour expliquer les réponses distinctes des cellules. C’est une étape importante dans la compréhension de l’origine de la signalisation électrique. »

Comparaison avec les techniques existantes. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Communautés microbiennes dans les agrégats du sol: Vers une compréhension des interactions du microbiome à des échelles biologiquement pertinentes

« Communautés microbiennes dans les agrégats du sol: Vers une compréhension des interactions du microbiome à des échelles biologiquement pertinentes » source Applied and Environmental Microbiology, une revue de l’ASM.

Les sols contiennent un enchevêtrement de minéraux, d'eau, de nutriments, de gaz, de racines de plantes, de matières organiques en décomposition et de micro-organismes qui agissent ensemble pour recycler les nutriments et favoriser la croissance des plantes terrestres.

La plupart des microorganismes du sol vivent dans des communautés périodiquement interconnectées étroitement associées aux agrégats du sol, c’est-à-dire de petits clusters (< 2 mm) fortement liées à des minéraux et du carbone organique persistants à la suite de perturbations mécaniques et de l’humidité.

Leur structure spatiale est importante pour le cycle biogéochimique et nous ne pouvons pas prédire de manière fiable les activités biologiques et la variabilité des sols en étudiant uniquement les sols en vrac.

Pour bien comprendre les processus biogéochimiques à l'œuvre dans les sols, il est nécessaire de comprendre les interactions à l'échelle micrométrique qui se produisent entre les particules de sol et leurs habitants microbiens. Ici, nous passons en revue l’état actuel des connaissances sur les communautés microbiennes d’agrégats du sol et identifions les domaines dans lesquels il est possible d’étudier les écosystèmes du sol à une échelle correspondant aux cellules individuelles.

Schéma simplifié de l'horizon du sol et des macro et micro-agrégats du sol. Les propriétés importantes incluent la chimie locale, la surface spécifique, la taille des pores au sein et entre les agrégats, la rugosité de la surface et la connectivité. POM: matière organique particulaire. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Un horizon est une couche du sol, homogène et parallèle à la surface.

Nous présentons un cadre permettant de comprendre les communautés d'agrégats comme des « villages microbiens » périodiquement connectés lors d'événements humides, permettant ainsi le transfert de matériel génétique, de métabolites et de virus.

Nous décrivons des stratégies descendantes (communauté entière) et ascendantes (réductionnistes) pour étudier ces communautés.

Pour comprendre cela, il faut combiner des approches de « systèmes modèles » (par exemple, développer de faux agrégats artificiels de communautés), observer sur le terrain des communautés naturelles et étudier plus largement les interactions entre communautés afin d'inclure les membres de la communauté peu étudiés, comme les virus.

Les études initiales suggèrent que les approches basées sur les agrégats constituent une prochaine étape critique pour développer une compréhension prédictive de la façon dont les interactions géochimiques et communautaires contrôlent la structure de la communauté microbienne et le cycle des éléments nutritifs dans le sol.

Référence. Soil Aggregate Microbial Communities: Towards Understanding Microbiome Interactions at Biologically Relevant Scales

Regina L. Wilpiszeski, Jayde A. Aufrecht, Scott T. Retterer, Matthew B. Sullivan, David E. Graham, Eric M. Pierce, Olivier D. Zablocki, Anthony V. Palumbo, Dwayne A. Elias

Applied and Environmental Microbiology Jul 2019, 85 (14) e00324-19; DOI: 10.1128/AEM.00324-19

L’article est disponible intégralement et gratuitement.