Comparaison des méthodes alternatives de détection de Listeria monocytogenes pour les contrôles officiels en microbiologie alimentaire en Europe

Une étude française parue dans International Journal of Food Microbiology, propose une revue de la «Comparison of Listeria monocytogenes alternative detection methods for food microbiology official controls in Europe» (Comparaison des méthodes alternatives de détection de Listeria monocytogenes pour les contrôles officiels en microbiologie alimentaire en Europe). Malheureusement, l’article n’est pas disponible en intégralité.

Résumé

La listériose reste l’une des maladies d’origine alimentaire les plus graves en termes de taux de mortalité. L. monocytogenes peut se développer dans des conditions stressantes et contaminer diverses catégories d'aliments. Le règlement (CE) n°2073/2005 modifié relatif aux critères microbiologiques des denrées alimentaires comprend des critères de sécurité des aliments soit qualitatifs, soit quantitatifs sur L. monocytogenes et mentionne la norme EN ISO 11290-1 comme méthode de détection de référence.

Le recours à des méthodes alternatives certifiées est autorisé au niveau européen pour les qutocontrôles et par certains pays européens dans le cadre des contrôles officiels.

Nous rapportons ici la comparaison de méthodes alternatives certifiées pour la détection de L. monocytogenes, selon les critères exprimés par le réseau des Laboratoires nationaux de référence (LNR) pour L. monocytogenes en Europe, à travers une enquête menée en 2022 par le Laboratoire de référence de l'Union européenne. (EURL) pour L. monocytogenes.

Les méthodes de détection émergentes permettent de diversifier le panel des méthodes de détection disponibles. Chaque méthode présente des avantages et des limites et le choix d'une méthode dépend des besoins, de l'organisation et des objectifs du laboratoire. Notre étude s'est concentrée sur une comparaison par catégorie afin de fournir une vue d'ensemble des différences entre les méthodes aussi complète et simple que possible, principalement en examinant les dossiers de certification des méthodes alternatives, qui constituent une source d'information fiable et accessible au public sur les performances. des méthodes.

L'objectif de cette étude, menée par le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour Listeria monocytogenes, était de comparer les méthodes alternatives de détection de L. monocytogenes disponibles pour les autocontrôles effectués par les exploitants du secteur alimentaire (en particulier les fabricants de produits alimentaires) et les contrôles officiels.

Poissons et fruits de mer : détection améliorée des traces de sources d'allergies potentiellement mortelles

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«Poissons et fruits de mer : détection améliorée des traces de sources d'allergies potentiellement mortelles», source communication du BfR n°051/2023 du 27 octobre 2023.

«AQUAALLERG-ID» : Des chercheurs développent des méthodes de détection d'allergènes alimentaires potentiels. La consommation de poisson et de fruits de mer est un délice culinaire pour de nombreuses personnes, mais pour d'autres, elle présente un risque pour la santé : les animaux aquatiques et les mollusques sont considérés comme des allergènes fréquents et puissants lorsqu'ils sont consommés, même en petites quantités.

Les insectes, de plus en plus utilisés dans l’alimentation animale et humaine, peuvent également provoquer des réactions allergiques.

Pour protéger les consommateurs, les fabricants de produits alimentaires doivent donc indiquer dans la liste des ingrédients si un produit contient ces animaux ou des parties d'entre eux.

Des scientifiques de l'Institut fédéral pour l'évaluation des risques (BfR) ont développé des méthodes de détection des insectes, des poissons, des crustacés et des mollusques dans le cadre d'un projet tiers financé par le ministère fédéral allemand de l'Alimentation et de l'Agriculture (BMEL).

Toutes les méthodes ont été testées avec succès sur des échantillons alimentaires. Ils sont désormais à la disposition des autorités de contrôle ainsi que des producteurs de produits alimentaires pour effectuer des contrôles de qualité dans le processus de production. Les résultats du projet «AQUAALLERG-ID» seront présentés lors d'un atelier au BfR à l'automne. Deux autres projets avec la participation du BfR traitant de la détection d'espèces animales dans l'alimentation humaine et animale («Allergen-Pro» et «ANIMAL-ID 2») y seront également présentés.

Deux publications scientifiques sont issues de ces travaux, 1 et 2.

Des chercheurs explorent l'importance des aliments positifs pour Salmonella au Royaume-Uni

«Des chercheurs explorent l'importance des aliments positifs pour Salmonella au Royaume-Uni», source article de Joe Whitworth paru le 10 août 2023 dans Food Safety News.

Selon une étude, la prévalence de Salmonella dans les aliments analysés en vente au Royaume-Uni était faible mais la plus élevée était pour le poulet surgelé importé.

Des chercheurs du Quadram Institute et de l'Université d'East Anglia en Angleterre ont isolé Salmonella de 42 échantillons d'aliments.

Les isolats de Salmonella collectés à partir d'aliments à l'aide du séquençage du génome entier (WGS) ont été comparés à des isolats humains au Royaume-Uni.

Des aliments crus ont été collectés au détail à Norfolk, dont 311 échantillons de poulet, de légumes verts à feuilles et du porc, 279 échantillons de crevettes et 157 de saumons entre mai 2018 et novembre 2019.

Résultats positifs pour le poulet

Les travaux ont été financés par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) et la Food Standards Agency (FSA) et publiés dans la revue Microbial Genomics.

Une étude précédente menée par certains des mêmes scientifiques a révélé que le poulet et le saumon importés étaient plus susceptibles d'être contaminés que les produits nationaux. Dans les derniers travaux, 17% des 88 échantillons de poulet importés contenaient Salmonella liées à des isolats d'origine humaine, mais chez le poulet domestique, le nombre n'était que de 2,3% sur 214 échantillons. Cependant, la plupart des échantillons de poulet importé étaient congelés tandis que les poulets canadiens étaient principalement réfrigérés, de sorte que les différences peuvent être dues à des pratiques de cuisson dangereuses associées au poulet surgelé. Les échantillons de poulet contenant Salmonella Enteritidis provenaient de plusieurs pays, dont la Pologne.

Salmonella a été isolé à partir de 30 échantillons de poulet, huit de crevettes et quatre échantillons de porc et comprenait 14 sérotypes, dont Salmonella Infantis et Salmonella Enteritidis qui étaient les plus courants. Salmonella Enteritidis n'a été isolé que sur du poulet importé.

Salmonella Newport deux fois et Salmonella Enteritidis (neuf fois) ont été isolées uniquement à partir d'échantillons de poulet importé. Salmonella Kedougou et Salmonella Mbandaka ont été retrouvés une fois et Salmonella Ohio deux fois à partir d'échantillons nationaux. Salmonella Infantis a été isolée 14 fois à partir de poulet domestique et importé.

Relier les prélèvements alimentaires et humains

Salmonella Typhimurium monophasique était le seul type trouvé dans plusieurs produits. Des isolats ont été recueillis à partir de deux échantillons de porc domestique et d'un échantillon de poulet domestique provenant de trois supermarchés.

Tous les échantillons positifs à Salmonella Weltevreden dans l'étude étaient quatre échantillons de crevettes tigrées noires du Vietnam, un échantillon d'Indonésie et un d'origine inconnue. D'autres échantillons étaient positifs pour Salmonella Bovismorbificans, Brunei, Derby, Newport, Reading et Schwarzengrund.

Des isolats humains étroitement apparentés ont été collectés jusqu'à trois ans avant ou un an après ceux des échantillons d'aliments. Selon les chercheurs, des données épidémiologiques supplémentaires sont nécessaires pour évaluer la source des cas humains.

Seules Salmonella Typhimurium monophasique Salmonella Enteritidis et Salmonella Infantis retrouvés dans les aliments étaient similaires aux isolats de personnes malades.

Un quart des aliments contaminés hébergeaient diverses souches de Salmonella qui n'auraient pas été détectées si un seul isolat avait été échantillonné.

«Le séquençage du génome entier a identifié des aliments associés à Salmonella cliniquement importants et des aliments contenant Salmonella génétiquement diversifiés, ce qui peut entraver les enquêtes sur les épidémies et l'attribution des sources», a dit le Dr Samuel Bloomfield du Quadram Institute et auteur principal de l'étude.

Les chercheurs ont examiné chaque séquence à la recherche de gènes conférant une résistance aux antibiotiques. Ils ont découvert que 5,1% des échantillons de poulet et 0,64% des échantillons de porc avaient des gènes qui les rendraient résistants à plusieurs antibiotiques. Ces informations pourraient être utiles pour orienter le traitement.

«Les sources alimentaires, les pratiques agricoles et de production et le comportement des consommateurs changent constamment, modifiant les types d'aliments associés aux maladies d'origine alimentaire. La prévention de futures épidémies de salmonellose repose sur une surveillance continue de Salmonella sur les aliments au détail avec la haute résolution du WGS pour relier les aliments et les isolats humains.»

Un nouveau test accélère le processus de détection de E. coli O157:H7

«Un nouveau test accélère le processus de détection de E. coli O157:H7», source ARS de l’USDA.

Un nouveau test permettant de gagner du temps pour détecter E. coli O157:H7 dans la viande hachée bovine a été développé sur la base d'un phage modifié, un virus qui infecte les bactéries, spécifique à ce type de E. coli par une équipe de scientifiques comprenant des chercheurs de l'ARS.

Après avoir infecté E. coli pathogène, le phage fait briller la bactérie. Le Food Safety and Inspection Service de l'USDA maintient une tolérance zéro pour E. coli O157:H7 depuis 1994. Cela signifie que si même une cellule de E. coli O157:H7 est détectée dans un prelèvement standard de 325 grammes de viande hachée bovine, l'ensemble du lot est signalé comme impropre à la consommation humaine.

Cette réglementation de tolérance zéro nécessite une méthode de détection capable de retrouver une cellule dans un prélèvement. Bien que les méthodes de détection des bactéries dans les aliments ne soient pas aussi sensibles, une étape «d'enrichissement» peut être utilisée pour augmenter le nombre de cellules de E. coli O157:H7 à des niveaux détectables.

L'enrichissement implique la croissance sélective de E. coli O157:H7 dans des milieux de culture microbiologiques pendant plusieurs heures, ce qui donne des dizaines de millions à des centaines de millions de cellules. Pour la plupart des tests d'agents pathogènes alimentaires, des prélèvements de viande sont réalisés sur le site de production et expédiés pendant la nuit aux laboratoires d’analyses avant enrichissement et détection. Ce nouveau test exploite le temps d'expédition pour enrichir simultanément le prélèvement et détecter E. coli, de sorte que le prélèvement arrive au laboratoire avec un résultat provisoire. Non seulement la méthode améliore le délai d'obtention du résultat, mais elle est également simple à réaliser, très spécifique et peu coûteuse.

D’autres informations sont disponible sur le site de Perdue University.

Des chiens à l'odorat très précis dréssés pour détecter le COVID-19 dans des écoles

Le 16 avril 2021, le blog vous proposait un article intitulé, Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de COVID positifs dans une étude pilote.

Ce n’était pas un essai en l’air car voici «Des chiens à l'odorat très précis dréssés pour détecter le COVID-19 dans des écoles», source article de Mary Van Beusekom paru le 24 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chiens entraînés à l'odeur ont détecté une infection au COVID-19 avec une sensibilité de 83% et une spécificité de 90% lors de près de 3 900 dépistages dans es écoles californiennes de la maternelle à la 12e année au printemps 2022, selon une lettre de recherche publiée dans JAMA Pediatrics.

Une équipe dirigée par des chercheurs du Département de la santé publique de Californie, qui parraine également un programme de dépistage de l'antigène du COVID-19 à l'échelle de l'État, a utilisé deux chiens dressés lors de 50 visites dans 27 écoles du 1er avril au 25 mai 2022, une période dominée par le variante Omicron du SARS-CoV-2. Les chiens d'alerte médicale avaient suivi 2 mois d'entraînement à l’odeur du COVID-19 dans un laboratoire, où ils avaient atteint une sensibilité et une spécificité supérieures à 95%.

La sensibilité est la probabilité d'identifier correctement tous les cas positifs ; plus la sensibilité est élevée, plus la probabilité de résultats faussement négatifs est faible. La spécificité, d'autre part, est la capacité d'identifier avec précision ceux qui n'ont pas de condition ; plus la spécificité est élevée, plus le risque de résultats faussement positifs est faible.

Les auteurs de l'étude ont noté que le programme de test d'antigène de la Californie est efficace mais qu'il nécessite du personnel, des fournitures de test et une collecte d'échantillons et produit des déchets médicaux, tandis que la détection basée sur les chiens ne prend que quelques secondes et est généralement exempte de déchets médicaux. «Les chiens entraînés par l'odeur sont une stratégie de dépistage COVID-19 rapide, non invasif, peu coûteux et respectueux de l'environnement», ont-ils écrit.

90% de précision globale

Les chercheurs ont piloté le programme dans un sous-ensemble d'écoles bénévoles les jours de test d'antigène. L'âge médian des 1 558 participants était de 13 ans ; 55,8% étaient de sexe féminin, 89% étaient des étudiants et 68% ont été dépistés au moins deux fois.

Au cours des 3 897 dépistages appariés chien-antigène , les participants se tenaient à 1,80 m l'un de l'autre, face aux chiens, tandis que les chiens conduits par leur maître reniflaient leurs chevilles et leurs pieds, s’asseynat lorsqu'ils ont détecté une infection potentielle au COVID-19. Les participants ont ensuite subi un test d'antigène rapide BinaxNOW.

Si un chien signalait qu'un participant était positif au COVID mais que les résultats des tests d'antigène étaient négatifs, le signal était considéré comme un faux positif. Si un chien ne signalait pas et que les résultats des tests antigéniques étaient positifs, le signal était considéré comme un faux négatif. 

Les chiens ont identifié avec précision 85 infections et exclu 3 411 infections, pour une précision globale de 90%. Cependant, ils ont signalé une infection de manière inexacte 383 fois et manqué 18 cas, pour une sensibilité de 83% et une spécificité de 90%.

Méthode de dépistage efficace et non invasive

Les chercheurs ont dit que leur étude différait des autres études sur les chiens COVID-19 en ce que les chiens dépistaient les personnes plutôt que les échantillons. «Notre méthode était associée à une meilleure efficacité des tests, mais présentait une légère diminution de la sensibilité et de la spécificité par rapport aux résultats de laboratoire», ont-ils écrit.

La diminution de la sensibilité et de la spécificité sur le terrain par rapport au laboratoire pourrait être due à des distractions telles que les bruits et les jeunes enfants et à des facteurs environnementaux tels que le vent et les odeurs ambiantes, ont-ils dit.

«Nous avons envisagé d'autres options, y compris une stratégie de collecte d'échantillons utilisée par d'autres enquêteurs ; cependant, ces options sacrifieraient l'efficacité en termes de coût et de temps», ont écrit les auteurs.

Bien que l'étude ait été limitée par une faible prévalence du SRAS-CoV-2 et un faible nombre d'infections, les chercheurs veulent un jour effectuer des dépistages à grande échelle de variants préoccupants avec des chiens renifleurs de COVID, réservant  les tests d'antigène aux seuls participants avec un chien identifiant une infection potentielle. Ils ont estimé que cette décision réduirait le nombre de tests antigéniques effectués d'environ 85%.

«Bien que des modifications soient nécessaires avant une mise en œuvre généralisée, cette étude soutient l'utilisation de chiens pour un dépistage efficace et non invasif du COVID-19 et pourrait être utilisée pour d'autres agents pathogènes», ont-ils conclu.

NB : Photo d'illustration.

Mise à jour du 19 mai 2023

Selon une méta analyse, Studies: Dogs can detect COVID-19 with greater than 80% sensitivity.
Des chiens ont plus de 80% de sensibilité et plus de 90% de spécificité pour détecter la COVID-19 chez les humains.

Mise à jour du 18 juillet 2023

Les chiens odorants peuvent détecter la COVID-19 plus rapidement et plus précisément que les tests actuels. Une revue de la recherche révèle que les chiens odorants peuvent détecter avec succès la COVID-19, y compris les cas asymptomatiques, les nouveaux variants et les longs COVID. Source EurekAlert!

Détection des bactéries dans les aliments grâce à l'intelligence artificielle et à l'imagerie optimale

La détection précoce des agents pathogènes dans les aliments est essentielle pour prévenir les maladies et les épidémies d'origine alimentaire. Dans Applied and Environmental Microbiology, des chercheurs décrivent une stratégie pour accélérer la détection des bactéries dans les aliments grâce à l'intelligence artificielle et à l'imagerie optimale.

Le titre de l’article est «Accelerating the Detection of Bacteria in Food Using Artificial Intelligence and Optical Imaging» (Accélérer la détection des bactéries dans les aliments grâce à l'intelligence artificielle et à l'imagerie optique).

Résumé

Lors de l'évaluation de la sécurité microbienne des aliments, la présence de Escherichia coli est un indicateur essentiel de la contamination fécale. Cependant, les méthodes de détection conventionnelles nécessitent l'isolement de macrocolonies bactériennes pour la caractérisation biochimique ou génétique, ce qui prend quelques jours et demande beaucoup de travail. Dans cette étude, nous montrons que l'algorithme de détection et de classification d'objets en temps réel You Only Look Once version 4 (YOLOv4*) peut identifier avec précision la présence de E. coli au stade de la microcolonie après une culture de 3 heures. En s'intégrant à l'imagerie microscopique à contraste de phase, YOLOv4 a discriminé E. coli de sept autres espèces bactériennes d'origine alimentaire courantes avec une précision moyenne de 94%. Cette approche a également permis la quantification rapide des concentrations de E. coli sur 3 ordres de grandeur avec un R2 de 0,995. Pour de la laitue romaine enrichie en E. coli (10 à 10³ UFC/g), le détecteur YOLOv4 entraîné avait un taux de faux négatifs inférieur à 10%. Cette approche accélère l'analyse et évite la détermination manuelle des résultats, qui a le potentiel d'être appliquée comme une approche de détection bactérienne rapide et conviviale dans les industries alimentaires.

Importance

Une méthode simple, rentable et rapide est souhaitée pour identifier la contamination potentielle par des agents pathogènes dans les produits alimentaires et ainsi prévenir les maladies d'origine alimentaire et les épidémies. Cette étude a combiné l'intelligence artificielle (IA) et l'imagerie optique pour détecter les bactéries au stade de la microcolonie dans les 3 heures suivant l'inoculation. Cette approche élimine le besoin d'isolement de colonies basé sur la culture et d'approches moléculaires gourmandes en ressources pour l'identification bactérienne. L'approche développée dans cette étude est largement applicable pour l'identification de diverses espèces bactériennes. De plus, cette approche peut être mise en œuvre dans des zones à ressources limitées, car elle ne nécessite pas d'instruments coûteux et de ressources humaines bien formées. Cette détection assistée par l'IA permet non seulement d'obtenir une grande précision dans la classification bactérienne, mais offre également le potentiel d'une détection bactérienne automatisée, réduisant la charge de travail dans les industries alimentaires, la surveillance environnementale et les environnements cliniques.

En conclusion, les résultats de cette étude suggèrent que l'algorithme de détection et de classification d'objets en temps réel YOLOv4 fournit une détermination simple, rapide et précise de la contamination par E. coli, qui est utilisée comme micro-organisme indicateur d'hygiène dans les industries alimentaires. La détection cible les microcolonies bactériennes qui sont préparées avec un temps de culture court dans des conditions standardisées. Avec l'aide de YOLOv4, la classification bactérienne peut être complétée instantanément après une culture de 3 h avec une précision moyenne élevée (94%).

La contamination par des bactéries pathogènes et d'altération d'origine alimentaire peut être identifiée en utilisant E. coli comme indicateur. Cette méthode a également le potentiel de classer les cultures bactériennes multi-espèces. Le détecteur YOLOv4 entraîné a identifié avec succès 11 échantillons de laitue sur 12 contaminés par E. coli, suggérant son application potentielle comme approche de dépistage dans les industries alimentaires.

En raison de l'exigence d'équipement relativement faible et de l'opération pratique minimale, cette méthode pourrait être adaptée par les industries alimentaires et d'autres milieux aux ressources limitées.

Mots-clés

agent pathogène d'origine alimentaire, détection rapide, microcolonies, classification multi-espèces, apprentissage automatique, indicateur microbien.

*YOLOv4 est un modèle de réseau de neurones dédié à la détection d’objets dans des images, publié en avril 2020.

Un investissement dans la santé publique est lié à une meilleure détection des maladies d'origine alimentaire

NIAID. Salmonella envahissant une cellule

«Un investissement dans la santé publique est lié à une meilleure détection des maladies d'origine alimentaire», source article de Stephanie Soucheray dans CIDRAP News.

Une étude publiée dans Emerging Infectious Diseases montre que les États qui investissent davantage dans la santé publique ont davantage suivi les épidémies de maladies d'origine alimentaire entre 2009 et 2018, ce qui suggère que ceux qui ont des investissements moins importants pourraient rater des épidémies critiques.

Une étude connexe dans le même journal, quant à elle, illustre comment une réponse rapide aux épidémies de maladies alimentaires permet non seulement de sauver des vies, mais aussi d'économiser beaucoup d'argent.

Les ‘importants bénéfices’ à investir dans la santé publique

L’étude a été menée par des scientifiques de la Colorado School of Public Health, qui ont classé les États en déclarants élevés, moyens ou faibles d'épidémies en fonction du nombre d'épidémies signalées par 10 millions d'habitants. Toutes les éclosions ont été signalées au Foodborne Disease Outbreak Reporting Surveillance System (système de surveillance des rapports sur les éclosions de maladies d'origine alimentaire) du Centers for Disease Control and Prevention (CDC).

Les auteurs de l'étude n'ont pas inclus les épidémies dans plusieurs États dans leur analyse. Entre 2009 et 2018, les 50 États et Washington D.C. ont signalé un total de 8 131 épidémies dans un seul État impliquant 131 525 cas de maladie associées aux épidémies. Parmi ceux-ci, 74% avaient une étiologie confirmée ou suspectée, dont 47% causées par norovirus, 20% par Salmonella, 10% causées par des toxines bactériennes et 3% par Escherichia coli producteurs de shigatoxines.

Dans l'ensemble, les États ont signalé une moyenne de 26 éclosions par 10 millions d'habitants et par an, les États ayant signalé une moyenne de 62 éclosions par 10 millions d'habitants par an, par rapport aux 10 États ayant le moins d'éclosions signalées (9 éclosions par 10 millions d'habitants).

Les États ayant un rapport élevé ont signalé quatre fois plus d'épidémies que les faibles déclarants, ont dit les auteurs, mais les États à faible rapport étaient plus susceptibles que les États à haut rapport de signaler des épidémies plus importantes.

«Les déclarants faibles étaient significativement moins susceptibles que les déclarants moyens et élevés de signaler des épidémies avec une étiologie identifiée (57% faible, 73% moyenne, 79% élevée) et ont signalé moins d'épidémies à norovirus (4% faible, 59% moyen, 37% élevé)», ont écrit les auteurs. «Les déclarants faibles étaient également moins susceptibles d'identifier un contexte (73% faible, 92% moyen, 96% élevé) et moins susceptibles d'impliquer (26% faible, 38% moyen, 36% élevé) ou de confirmer (56% faible, 75% moyen, 75% élevé) un véhicule alimentaire.»

Les États à haut rapport avaient trois fois plus de financement pour l'épidémiologie et les laboratoires que les États à faible rapport.

«Les investissements dans les programmes de santé publique produisent d'importants avantages, notamment l'augmentation du nombre d'épidémies d'origine alimentaire signalées à la surveillance nationale», a dit Alice White, première auteure de l'étude, dans un communiqué de presse de l'Université du Colorado.

Détection rapide, la réponse permet d’économiser de l'argent

Selon la deuxième étude, identifier rapidement une épidémie de maladie d'origine alimentaire et y répondre permet non seulement de sauver des vies, mais également d'économiser beaucoup d'argent.

En examinant la réponse à une épidémie à Salmonella Typhimurium en 2018 associée à une salade de poulet conditionnée, les auteurs estiment que les responsables ont pu éviter 106 cas et 715 458 dollars de frais médicaux et de pertes de productivité.

Chaque année, le CDC estime que 48 millions de maladies, 128 000 hospitalisations et 3 000 décès sont causés par des maladies d'origine alimentaire aux États-Unis. Parmi ces maladies, Salmonella représente 1,35 million de maladies, 26 600 hospitalisations et 421 décès chaque année.

En 2018, le laboratoire d'hygiène d'État de l'Université de l'Iowa a remarqué une augmentation significative de Salmonella dans des prélèvements de selles. L'équipe d'intervention rapide d'origine alimentaire du Département de la santé publique de l'Iowa (IDPH) a pu identifier la source de l'épidémie comme une salade de poulet préemballée vendue par une chaîne d'épiceries du Midwest. Au total, 8 États ont signalé 265 cas de maladie, dont 240 étaient des habitants de l'Iowa. Une personne dans l'Iowa est décédée et 94 hospitalisations ont été enregistrées.

À l'aide des estimations du coût de la maladie pour Salmonella non typhiques générées par l’Economic Research Service de l’USDA, les auteurs ont estimé les coûts économiques pour la société évités en répondant rapidement à cette épidémie.

«La quantification et la communication des effets tels que le nombre de maladies et les coûts économiques évités par les efforts de réponse et de prévention aux décideurs politiques et à d'autres publics appropriés en utilisant une approche claire et systématique aident à montrer la valeur d'investir dans une infrastructure de santé publique robuste, réactive et collaborative», concluent les auteurs.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire s’est comportée et continue de se comporter en censeur et refuse tout assouplissement pour la modique somme de 500 euros. N’ayant pas les moyens d’aller devant la justice, je leur fait ici de la publicité gratuite. Derrière cette revue, il y a des aimables censeurs !

Des chercheurs découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments

«Détection aéroportée. Des chercheurs de l'ECU découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments», source communiqué de l’East Carolina University.

Des chercheurs de la Brody School of Medicine de l'East Carolina University ont trouvé un nouveau moyen de détecter le virus qui cause la COVID-19 en analysant l'air traversant les systèmes de ventilation des bâtiments. La découverte pourrait conduire à une détection plus précoce du virus, à des protocoles de quarantaine améliorés, à une transmission réduite et à moins d'épidémies.

Le Dr Sinan Sousan, professeur au Département de santé publique et de recherche de Brody au North Carolina Agromedicine Institute, et expert en exposition environnementale et professionnelle à l'air, et la Dr Rachel Roper, professeur au Département de microbiologie et d'immunologie avec une importante connaissance sur l'étude des coronavirus, a été le fer de lance des efforts pour savoir si le SRAS-CoV-2 pouvait être détecté dans les systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation (CVAC) dans les dortoirs des étudiants.

Leurs travaux ont été récemment publiés dans The American Journal of Infection Control (texte complet en accès libre) et représentent une percée dans la manière dont le virus peut être détecté avant qu'un individu ne soit positif.

«Je pense que c'est important parce que vous voulez savoir si quelqu'un dans le bâtiment est infecté, potentiellement contagieux et infectant d'autres personnes, c'est donc une mesure de santé publique vraiment importante», a dit Roper à propos de l'étude, ajoutant que cette méthode pourrait également être utilisée pour rechercher d'autres virus et pathogènes en suspension dans l'air, tels que le virus de la grippe.

Les chercheurs ont collecté des échantillons dans deux grands dortoirs pour étudiants et une suite d'isolement hébergeant des étudiants, qui avaient été testés positifs pour la COVID-19, plusieurs fois par semaine pendant plus de trois mois à partir de janvier 2021.

L'équipe de Sousan a collecté un total de 248 échantillons d'air, testant quatre méthodes de collecte qui déposaient des échantillons dans de petits filtres, des solutions salines et des cartouches qui ont ensuite été conservés et transportés au laboratoire de Roper pour une analyse par RT-PCR. Les tests ont révélé la présence du SRAS-COV-2 dans les échantillons d'air de la salle d'isolement dans 100% du temps. Dans les dortoirs où les étudiants n'étaient pas déjà en isolement de la COVID-19, les chercheurs ont pu détecter le virus dans les échantillons d'air dans 75% du temps lorsque les étudiants du même étage ont ensuite été testés positifs via un écouvillon nasal.

L'astuce du succès consistait à capturer des échantillons d'air avec un virus suffisamment concentré pour être détecté et à maintenir la stabilité du virus dans les échantillons pour le ramener au laboratoire avec de l'ARN intact pour l'analyse PCR, a dit Roper.

De la même manière que pour tester les eaux usées d'un bâtiment, la mise en œuvre d'un échantillonnage de l'air du bâtiment à plus grande échelle pourrait permettre une détection plus précoce du virus, en particulier dans les espaces partagés.

«La détection dans l'air fournit un préavis d'expositions potentielles à des endroits spécifiques dans un bâtiment», a dit Mike Van Scott, vice-chancelier par intérim de la division de la recherche, du développement économique et de l'engagement d'ECU. «Il était fortuit que le SRAS-CoV-2 puisse être détecté dans les eaux usées, mais le prochain virus respiratoire que nous rencontrerons pourrait ne pas être aussi stable, et la détection dans l'air nous permettrait de réagir rapidement.»

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes pourraient améliorer la sensibilité du test PCR de détection du SARS-CoV-2

«Des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes pourraient améliorer la sensibilité du test PCR de détection du SARS-CoV-2», source ACS News.

Un diagnostic rapide et sensible du COVID-19 est essentiel pour un traitement précoce, la recherche des contacts et la réduction de la propagation virale. Cependant, certaines personnes infectées par le SARS-CoV-2 reçoivent des résultats de test faussement négatifs, ce qui peut mettre leur santé et celle des autres en danger. Désormais, des chercheurs rapportant dans Nano Letters de l'ACS ont développé des écouvillons en nanofibres ultra-absorbantes qui pourraient réduire le nombre de tests faux négatifs en améliorant la collecte des échantillons et la sensibilité des tests.

Actuellement, le test le plus sensible pour COVID-19 consiste à utiliser un long écouvillon pour prélever un échantillon au plus profond du nez d'un patient, puis à utiliser une méthode appelée RT-PCR pour détecter l'ARN du SARS-CoV-2. Mais si la charge virale est faible, ce qui peut survenir au début de l'infection, l'écouvillon peut ne pas capter suffisamment de virus pour être détectable. Jingwei Xie et ses collègues voulaient développer un écouvillon en nanofibres qui pourrait absorber puis libérer plus de virus et autres échantillons biologiques, améliorant la sensibilité des tests de diagnostic.

Les chercheurs ont utilisé une technique d'électrofilage pour fabriquer des cylindres de 1 cm de long composés de couches de nanofibres alignées, qu'ils ont enduites d'une fine couche de gélatine et collées à des bâtonnets en plastique. Lors de tests en laboratoire, les cylindres de nanofibres poreuses ont absorbé et libéré plus de protéines, de cellules, de bactéries, d'ADN et de virus à partir de liquides et de surfaces que les écouvillons en coton ou floqués couramment utilisés pour les tests COVID-19. L'équipe a effectué des dilutions du virus SARS-CoV-2, a prélevé des échantillons liquides et testé l'ARN viral avec RT-PCR. Par rapport aux deux autres types d'écouvillons, les nanofibres ont réduit le taux de faux négatifs et ont détecté le SARS-CoV-2 à une concentration 10 fois inférieure. En plus de permettre des tests COVID-19 plus précis et plus sensibles, les écouvillons en nanofibres ont un potentiel considérable pour diagnostiquer d'autres maladies, tester les maladies d'origine alimentaire et aider les équipes médico-légales à identifier les suspects de crime à partir de minuscules spécimens biologiques, disent les chercheurs.

Mise à jour du 2 février 2021. A lire sur le site de l'ISO, Tests effectués par les laboratoires médicaux:

La future spécification technique ISO/TS 5798, Quality practice for detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by nucleic acid amplification methods (Pratique de qualité pour la détection du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) par des méthodes d’amplification des acides nucléiques), énoncera en détail des considérations concernant la conception, la mise au point, la vérification, la validation et la mise en œuvre de tests analytiques permettant de détecter le SARS-CoV-2 par des méthodes d’amplification des acides nucléiques. Elle présentera les diverses étapes du processus de pré-examen et d’examen des échantillons des voies respiratoires ainsi que leurs paramètres pertinents.

Une nouvelle méthode quantitative, simple et rapide pour détecter la présence d'histamine

«Pêche aux mauvais éléments: une nouvelle méthode quantitative pour évaluer la sécurité des aliments», source Université de Chung-Ang via EurekAlert!

Des scientifiques coréens développent une stratégie efficace mais simple pour quantifier les niveaux d'histamine dans des prélèvements de poisson.

Les consommateurs d'aliments achetés n'ont aucun moyen de vérifier la qualité et la sécurité des aliments que les systèmes de distribution existants livrent dans leurs assiettes.

Malheureusement, une réfrigération inappropriée peut parfois entraîner une altération des aliments, ce qui est souvent difficile à détecter. C'est le cas du maquereau, qui développe facilement des niveaux dangereux d'histamine lorsqu'il est laissé à température ambiante pendant trop longtemps. L'histamine est neurotoxique et peut déclencher des réactions allergiques graves, notamment des éruptions cutanées, des vomissements et de la diarrhée. Étant donné que le poisson altéré peut parfois avoir une apparence et une odeur tout à fait normales, il est important de quantifier avec précision les niveaux d'histamine dans les échantillons de poisson pour s'assurer que la qualité des aliments a été correctement maintenue pendant le transport et le stockage.

Bien que plusieurs techniques de détection de l'histamine existent, elles nécessitent généralement un équipement coûteux et encombrant, ainsi que la présence d'un analyste qualifié. Pour remédier à ces limites, une équipe de scientifiques de l'Université de Chung-Ang, Corée, a récemment mis au point une nouvelle méthode de quantification à la fois simple, efficace et peu coûteuse. Dans leur étude, dirigée par le professeur Tae Jung Park et Jong Pil Park et publiée dans Biosensors and Bioelectronics, l'équipe a décrit leur nouvelle approche basée sur l'utilisation de nanoparticules de carbone fluorescentes et d'une protéine qui se lie fortement à l'histamine.

Premièrement, les scientifiques ont recherché des peptides avec de courtes chaînes d'acides aminés et avec la plus haute affinité et sélectivité contre l'histamine. Pour ce faire, ils ont utilisé la technique de phage display, dans laquelle les protéines externes de virus génétiquement modifiés sont utilisées pour vérifier les interactions chimiques. Après avoir screené avec une grande bibliothèque de peptides, ils ont identifié le meilleur pour leurs besoins, appelé «Hisp3».

Ensuite, les scientifiques ont produit des nanoparticules de carbone fluorescentes appelées «points quantiques de carbone (CQDs pour carbon quantum dots)» et les ont enduites de N-acétyl-L-cystéine (NAC), un composé naturel qui se lie également à Hisp3. Les CQD sont fluorescents, ce qui signifie que lorsqu'ils sont irradiés avec de la lumière ultraviolette, ils réémettent l'énergie capturée à une fréquence visible plus basse. Cependant, leur fluorescence est «éteinte» lorsque Hisp3 est ajouté au mélange, qui se lie au NAC et couvre la surface des CQDs.

Cette dernière partie est essentielle à la méthode car, lorsqu'un échantillon contenant de l'histamine est mélangé avec les CQDs, le Hisp3 se détache du NAC et se lie à l'histamine, rétablissant les niveaux de fluorescence d'origine des CQDs en proportion directe de la concentration d'histamine. En comparant les niveaux de fluorescence initial et final des CQDs à l'aide d'un instrument de détection de fluorescence ou d'une lampe de poche à rayonnement UV portative, il est possible de quantifier indirectement la concentration ou l'intensité de l'histamine dans l'échantillon.

La stratégie proposée a été validée à l'aide de prélèvements de poissons avec des concentrations d'histamine connues et d'autres techniques établies. Étonnamment, la nouvelle méthode s'est avérée plus puissante que les méthodes existantes bien qu'elle soit plus simple, comme le remarque le professeur Park: «Nous avons réussi à mesurer avec précision des concentrations d'histamine allant de 0,1 à 100 parties par million, avec une limite de détection aussi basse que 13 parties par milliard. Cela signifie que notre approche est non seulement plus pratique mais aussi plus efficace et plus sensible que les méthodes actuellement disponibles.»

Ainsi, cette nouvelle méthode peut non seulement détecter les niveaux d'histamine dangereux, mais peut également évaluer l'état et la qualité des produits alimentaires, comme l'explique le professeur Park: «Bien que la détection de l'histamine en tant que facteur dangereux soit importante, notre approche peut également servir à mesurer objectivement la qualité et la fraîcheur des aliments, contribuant ainsi à accroître la sécurité des aliments et au bénéfice des consommateurs.»

En outre, la méthodologie proposée pourrait être appliquée à l'aide d'autres peptides pour déterminer avec précision la concentration de différents produits chimiques dans des prélèvements alimentaires et biomédicaux. Si elle est adoptée par les industries du diagnostic alimentaire et médical, cette méthode pourrait nous fournir l'assurance indispensable que les aliments que nous consommons et les conditions environnementales dans lesquelles nous vivons soient sûrs.