« Des chercheurs s'inquiètent de la circulation de Campylobacter multirésistants entre les secteurs et les pays en Europe », source Food Safety Magazine.
Une lignée de Campylobacter coli multirésistant circule depuis des années entre les sources humaines, animales, alimentaires et environnementales en Europe, soulignant la nécessité d'une surveillance génomique coordonnée selon l'approche Une seule santé, d'après une étude publiée dans la revue du CDC, Emerging Infectious Diseases.
Une équipe internationale de chercheurs a caractérisé l'émergence et la transmission de la séquence type (ST) 10042 de C. coli, initialement identifié comme un séquence type prédominant grâce à une surveillance fondée sur le séquençage du génome entier au Portugal. L'étude a porté sur 217 isolats de C. coli ST10042 collectés dans neuf pays européens entre août 2018 et décembre 2025. Parmi eux, 184 étaient d'origine humaine et 33 provenaient de sources animales, alimentaires ou environnementales.
Le Portugal a fourni le plus grand nombre d'isolats humains (85), suivi de l'Allemagne (30) et du Luxembourg (21). Au Portugal, la ST10042 représentait 30 % des infections à C. coli en 2022 ; ce taux a chuté à 14-15 % en 2023-2024 avant de remonter à 24 % en 2025. Dans l'ensemble, la ST10042 a été la séquence type de C. coli le plus fréquemment identifié dans le pays entre 2021 et 2025.
Sur les 30 isolats d'origine animale ou alimentaire inclus dans l'étude, 83 % provenaient de volailles. Ces isolats ont été obtenus à partir de viande de volaille crue, de plats préparés à base de poulet, d'animaux d'élevage et d'un chien. Trois autres isolats provenaient d'eaux de surface.
L'analyse génomique a mis en évidence des clusters transfrontaliers, notamment un vaste groupe composé principalement d'isolats du Portugal et du Luxembourg, ainsi que d'isolats provenant d'Allemagne, d'Irlande, du Royaume-Uni, d'Espagne et des Pays-Bas. D'autres clusters notables reliaient des isolats provenant d'Allemagne, du Danemark et d'Irlande. Selon les chercheurs, ces résultats démontrent une circulation transnationale et intersectorielle soutenue, plutôt que des infections sporadiques isolées à C. coli.
Cette lignée présentait également un profil de multirésistance conservé. Les 98 isolats portugais soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens étaient tous résistants à la ciprofloxacine, à la tétracycline et à l'ampicilline. La quasi-totalité était résistante à l'amoxicilline/acide clavulanique et présentait une sensibilité diminuée à l'ertapénem. Toutefois, les chercheurs ont souligné que l'absence de seuils cliniques établis et de données sur l'évolution clinique limite l'interprétation de la sensibilité à l'ertapénem.
Les chercheurs ont identifié des déterminants génétiques associés à la résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines dans un ensemble plus vaste de 217 isolats. Ils ont également suggéré que la variation du gène porA influençait la sensibilité à l'amoxicilline/acide clavulanique et à l'ertapénem.
L'étude était limitée par les différences de couverture de la surveillance par séquençage du génome entier entre les pays, la surreprésentation des isolats portugais et le manque de données épidémiologiques détaillées nécessaires pour confirmer les voies de transmission ou la causalité de l'épidémie. Dans l'ensemble, les chercheurs ont affirmé que les résultats démontraient l'importance d'une surveillance harmonisée du séquençage du génome entier dans le cadre de l'approche Une seule santé pour les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental, incluant des méthodes d'échantillonnage et d'analyse standardisées et des bases de données génomiques partagées pour la détection des lignées émergentes de Campylobacter résistants aux antimicrobiens.
