Situation des pathogènes alimentaires selon le rapport annuel du Réseau scientifique sur l'évaluation des risques microbiologiques 2019

« Les risques liés au lait cru, Salmonella et Listeria sont discutés au sein de l'UE; des niveaux de contamination élevés sont révélés », source Food Safety News du 3 janvier 2020. Article adapté avec l'ajoût de la situation en France.

Les pathogènes dans le lait cru, Salmonella et Listeria monocytogenes ont été discutés lors de la réunion annuelle d'un réseau européen d'évaluation des risques microbiens.

Au total, 25 pays de l'Union européenne ainsi que la Suisse et la Norvège sont membres du réseau. La prochaine réunion aura lieu en mai 2020 à Parme.

Les résultats d'études sur la qualité du lait cru provenant de distributeurs automatiques en Suisse, en Allemagne et en Autriche ont été présentés. Le réseau scientifique sur l'évaluation des risques microbiologiques a tenu sa réunion annuelle en mai 2019 à Parme.

Études et résultats sur le lait cru

L’étude allemande a impliqué 159 échantillons de lait cru de vache provenant de distributeurs automatiques de la ferme collectés entre 2016 et 2018. Deux échantillons étaient positifs pour Campylobacter, sept pour E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et six pour Listeria monocytogenes.

L'étude en Autriche a inclus 74 échantillons de lait cru de vache collectés en juillet et août 2017. Vingt-deux échantillons ont dépassé les limites du nombre total viable (TVC) compte tenu de la réglementation nationale autrichienne pour le lait cru, la limite est de 50 000 UFC/ml. Salmonella Dublin et Campylobacter jejuni ont été détectés une fois et STEC a été isolé dans deux échantillons.

Une étude suisse a examiné la qualité microbiologique de 73 échantillons de lait cru de vache vendus directement dans les exploitations aux consommateurs. E. coli et des staphylocoques coagulase positive ont chacun été détectés dans 30,1% des échantillons. Les résultats des TVC pour le lait cru des distributeurs automatiques étaient plus élevés que ceux des bouteilles préremplies, ce qui montre l'importance d'un nettoyage et d'une désinfection corrects des distributeurs automatiques.

Les autorités suédoises ont présenté une étude sur Campylobacter spp., Salmonella spp. et STEC dans les filtres à lait des fermes laitières. Au total, 302 filtres à lait ont été collectés dans trois régions du sud de la Suède, chacun dans une ferme différente qui a fourni le filtre après la traite du matin.

Quarante-cinq isolats de 42 échantillons positifs pour STEC ont été étudiés par WGS pour les facteurs de virulence tels que stx1, stx2 et eae. Le sérotypage sur 29 isolats a révélé que le sérotype le plus courant était O145:H28. Deux isolats appartenaient à O26:H11 et un à O157:H7. Seul ce dernier était hautement pathogène.

Trente-huit échantillons étaient positifs pour Campylobacter, dont 34 était positifs pour Campylobacter jejuni et quatre pour Campylobacter lari. La présence de pathogènes était plus élevée dans les exploitations comptant plus de 50 vaches et un système de traite sans attache.

Résultats microbiens sur la viande

Les résultats du projet Safemeat ont été présentés par des responsables belges. Un total de 105 carcasses de porcs a été échantillonné et 64 pour cent étaient positifs pour Salmonella spp. L'analyse microbiologique a montré que le nombre de positifs provenant des écouvillons rectaux et buccaux a augmenté après le processus d'épilation.

Des recherches sur le taux de contamination et les sources de Listeria monocytogenes dans les carcasses des abattoirs flamands ont également été présentées.

Listeria a été isolé dans trois abattoirs et 42 des 90 carcasses étaient positives, provenant de différentes zones de la carcasse. Pour cartographier les voies de contamination, des échantillons de peaux et de carcasses provenant de quatre abattoirs ont été collectés, montrant respectivement 97% et 47% de positifs. Cela signifie que le transfert direct des peaux aux carcasses et les souches persistantes dans l'environnement sont d'importantes sources de contamination à l'abattoir.

La Croatie a présenté des études sur la qualité et la sécurité microbiologique de la viande crue en portions le dernier jour de la date limite de consommation. Au total, 150 échantillons de viande crue pré-portionnée et 150 échantillons de viande hachée de différentes espèces ont été collectés.

Salmonella spp. a été détecté dans 10 échantillons et 22 échantillons de viande de volaille avaient une concentration en entérobactéries supérieure à 10⁵ UFC/g. Cela indique qu'il n'est pas possible de prolonger la durée de conservation de ces produits.

Hépatite E, croissance de Listeria et résistances aux antimicrobiens chez les crustacés

Les saucisses de foie de porc et les saucisses de viande crue vendues sur les marchés de détail en Suisse ont été testées pour le virus de l'hépatite E (VHE). L'ARN du virus a été détecté dans 18 échantillons: 11 sur 42 pour les saucisses de foie et sept sur 190 pour les saucisses de viande crue.

Les entreprises alimentaires devraient appliquer des stratégies pour minimiser les risques tels que le traitement thermique des produits et le contrôle de la viande crue, tandis que les consommateurs qui souhaitent minimiser le risque d'infection par le VHE devraient éviter de manger des produits de viande crue, en particulier ceux contenant du foie cru.

Le délégué de l'Irlande a indiqué les aliments qui ne favorisent pas la croissance de Listeria monocytogenes. Les légumes et fruits frais, non découpés et non transformés sont légalement considérés comme incapables de permettre la croissance de Listeria, mais des preuves de survie et de croissance sur des produits frais entiers ont été démontrées dans certaines études. Il a été convenu qu'un questionnaire irlandais demanderait aux membres du réseau leurs points de vue et expériences sur le sujet.

Le Danemark a partagé ses recherches sur le risque d'introduire une résistance aux antimicrobiens (RAM) via les crustacés et le panga d'Asie. Le pangasius est importé sous forme de filet pour une cuisson ultérieure tandis que les crevettes sont fournies crues et précuites et ces dernières sont souvent prêtes à consommer.

300 échantillons congelés ont été collectés. Tous les échantillons de filets de panga étaient contaminés par des entérocoques et 52% par E. coli. Alors que 89,7 pour cent des échantillons de crevettes avaient des entérocoques et 25 pour cent des E. coli. Dix E. coli multirésistants ont été isolés.

La plupart des gènes de résistance de l'étude sont déjà présents dans les produits danois mais des gènes mobiles de résistance aux quinolones ont également été identifiés. Un isolat a montré une résistance aux BLSE, aux macrolides, à la colistine et une résistance mobile aux fluoroquinolones. Les produits peuvent présenter un risque pour les consommateurs en introduisant des gènes de la résistance aux antimicrobiens encore rares dans les sources alimentaires domestiques.

Et la France ?

Évaluation quantitative des risques microbiologiques de Salmonella Dublin dans les fromages au lait cru

Dans le cadre de l’éclosion de salmonellose associée à deux types de fromages au lait cru (non pasteurisé en novlangue) fin 2015 et début 2016, le ministère français de l'agriculture a demandé une évaluation qualitative et quantitative d'un plan d'échantillonnage. Selon le plan d'échantillonnage, 0,4% des échantillons de fromage étaient positifs pour Salmonella spp.

La concentration en pathogènes change pendant la fabrication du fromage, la vieillissement en distribution, jusqu'à la consommation. La réduction des risques a été évaluée en comparant différents scénarios. Les résultats de la stimulation ont indiqué que l'efficacité des plans d'échantillonnage est sensible au niveau de contamination au moment de l'échantillonnage. L'échantillonnage à la fin de l'acidification s'est révélé le plus efficace.

Évaluation quantitative des risques microbiologiques sur Campylobacter dans la chaîne de viande de poulet de chair

Le représentant de la France a présenté un rapport sur la mise à jour des connaissances sur la contamination par Campylobacter des poulets de chair et l'évaluation de l'impact des interventions à différents stades de la chaîne alimentaire en France.

Le groupe de travail a effectué une analyse documentaire approfondie des mesures de maîtrise de Campylobacter dans la production de volailles et de leur amélioration depuis la publication de l'avis de l'EFSA sur Campylobacter dans la production de viande de poulet de chair : options de maîtrise et objectifs et/ou cibles de performance à différents stades de la chaîne alimentaire. (2011).

La contamination par Campylobacter et les interventions ont été envisagées avant l'abattage, pendant le processus d'abattage et pendant la phase de consommation; la modélisation de la filière avicole française de l'élevage à la consommation a été utilisée pour évaluer le risque de maladie des consommateurs et sélectionner/optimiser les mesures de maîtrise ; une analyse coûts/avantages de la réduction des risques a également été réalisée.

Le modèle prédit le nombre de cas de campylobactériose en France et la réduction des risques a été calculée pour chaque intervention.

En conclusion, à la ferme, le modèle a montré que les interventions les plus efficaces sont celles visant à réduire la contamination des carcasses ; à l'abattoir, le refroidissement par air semble être une intervention efficace. Enfin, au stade de la consommation, le nettoyage des mains et des ustensiles peut réduire le risque de campylobactériose.

Réduire les risques de contamination des coquillages, d'après une étude Néo-Zélandaise

« Réduire les risques de contamination des coquillages », source article de Joe Whitworth paru le 20 août 2019 dans Food Safety News.

Des chercheurs néo-zélandais ont étudié les méthodes utilisées par les conchyliculteurs pour réduire le risque de norovirus.

Le virus est la principale cause de maladies d'origine alimentaire dans le monde et, en Nouvelle-Zélande, des épidémies ont été associées à des coquillages et des crustacés de culture et importés. Avec la croissance démographique et l'augmentation probable de la demande de coquillages et crustacés, le problème devrait s'aggraver, ce qui pourrait avoir des effets négatifs sur l'industrie des coquillages et crustacés du pays.

Les coquillages et les crustacés, tels que les huîtres, les moules et les palourdes, peuvent accumuler du norovirus s’ils sont exposés à de l’eau contaminée.

Joanne Hewitt, scientifique à l'Institut des sciences et de la recherche en environnement (ESR), co-auteure de l'étude, a déclaré que les producteurs de Nouvelle-Zélande utilisaient toute une gamme de méthodes avant et après récolte pour réduire  et gérer les risques.

La recherche de bactéries indicatrices des matières fécales telles que E. coli est un moyen courant d'identifier le risque avant la récolte. En Nouvelle-Zélande, les lignes directrices sont basées sur les concentrations de E. coli dans les coquillages et crustacés et les coliformes fécaux dans l'eau.

Mesures avant et après récolte

L'étude, impliquant des scientifiques d'ESR and Plant and Food Research, une société scientifique basée en Nouvelle-Zélande, a révélé que les directives standard utilisant des bactéries fécales indicatrices ne prédisent pas nécessairement un risque de contamination par norovirus dans l'eau et les coquillages et crustacés.

Le Dr Hewitt a expliqué que la raison principale en était que norovirus pouvait rester infectieux dans la chair des coquillages et crustacés pendant des semaines après la contamination, contrairement aux bactéries indicatrices qui sont rapidement éliminées des coquillages et des crustacés ou meurent dans le milieu marin.

Elle a ajouté que, tandis que l'industrie et les autorités tentaient d'empêcher les rejets illicites d'eaux usées provenant de bateaux et de fosses septiques, les scientifiques recommandent un meilleur suivi des sources microbiennes afin d'identifier et de réduire les risques, en particulier pour les coquillages consommés crus.

L'étude a révélé que, bien que les mesures préventives avant la récolte soient préférables, les interventions après la récolte peuvent être utilisées pour réduire les risques. Les méthodes actuelles après récolte telles que la dépuration, la décantation, le traitement thermique et la haute pression ont toutes des limites. Le choix doit donc être fondé sur des facteurs environnementaux, économiques et sociaux.

Les risques de contamination peuvent être gérés en prévenant le rejet dans l'environnement des eaux usées mal traitées, en veillant à ce que la récolte ne se déroule pas après un incident et en localisant des fermes conchylicoles à plus de 10 km des sources de contamination possibles.