Pourquoi l'Inde connait-elle une nouvelle vague de Covid-19?

«Pourquoi l'Inde connait-elle une vague de Covid-19?», source BMJ 2021;373:n1124.

Les infections en Inde ont établi de nouveaux records de la pandémie en avril, avec plus de 300 000 tests positifs chaque jour pendant une semaine. Kamala Thiagarajan se penche sur les nombreuses questions sans réponse

Le 26 avril, l'Inde a enregistré le plus grand nombre de nouvelles infections par le SARS-CoV-2 jamais enregistré dans le monde, 360 960, portant son total pandémique à 16 millions de cas, juste derrière les États-Unis, et plus de 200 000 décès.

La deuxième vague dévastatrice survient un an après que le pays a imposé l'une des restrictions de confinement les plus strictes au monde - et trois mois seulement depuis que son ministère de la Santé a déclaré que les infections et la mortalité étaient à un niveau historiquement bas.

Qu'est-ce qui cause la deuxième vague de l'Inde et pourquoi est-elle bien pire que la première?

Après la première vague, les gens ont baissé la garde, a déclaré Chandrakant Lahariya, un épidémiologiste qui a aidé à rédiger la politique nationale de vaccination contre le Covid en Inde. «Dans certains des États les plus durement touchés, comme Delhi et le Maharashtra, la transmission communautaire était si répandue qu'il y a eu plusieurs vagues localisées», a-t-il dit. Les médias ont accusé la distanciation sociale et le port de masque laxistes, ainsi que les rassemblements politiques de masse pour les récentes élections et les événements religieux tels que le Kumbh Mela, dans lequel des centaines de milliers d'hindous se rassemblent au bord du Gange.

«Le gouvernement assouplissait les restrictions par ce qui semblait être la fin de la première vague», a déclaré V. Raman Kutty, épidémiologiste et président honoraire de l'organisation à but non lucratif Health Action by People à Thrissur, Kerala. «Des centres commerciaux et des théâtres ont ouvert; il y avait des événements sportifs, des élections et des événements religieux. Les politiciens ont même affirmé sans fondement que l’Inde avait vaincu la pandémie.»

Un article publié dans International Journal of Infectious Diseases en décembre 2020 a conclu que le taux de transmission avait chuté de manière significative lors du premier confinement, mais a averti que le confinement n'était qu'une mesure temporaire pour enrayer les épidémies.

Les auteurs ont recommandé d'intensifier les tests et l'auto-isolement pour infections secondaires, mais le taux de dépistage de l'Inde reste parmi les plus bas au monde. Les comparaisons sont difficiles, car l'Inde ne publie pas de chiffres de tests quotidiens pour le pays dans son ensemble, mais le ministère de la Santé a déclaré qu'un total de 1,75 million d'échantillons avaient été testés par PCR le 27 avril. Le Royaume-Uni effectue 500 000 tests PCR par jour.

Ensuite, il y a l’infrastructure sanitaire de l’Inde, déjà préoccupante avant la pandémie et désormais débordée.

Le 11 mai 2020, peu de temps après la levée du premier confinement, le think tank du gouvernement NITI Aayog a analysé la réponse du pays au covid-19. Il a constaté une grave pénurie d'équipements médicaux tels que les kits de test, les EPI, les masques et les ventilateurs. Il a également noté la longue pénurie de soins de santé d'urgence et le manque de professionnels: le ratio médecins/patients a été enregistré à 1: 1445 et entre les lits d'hôpitaux et les personnes 0,7:1000, avec un ratio ventilateurs/population de 400 00 à 1,3 milliards.

Lors de la dernière crise, des fournitures médicales et de l'oxygène ont été expédiés de 15 pays et d'organisations d'aide internationales telles que l'Unicef. Devi Prakash Shetty, chirurgien cardiaque et président et fondateur de la chaîne de centres médicaux Narayana Health, a estimé que l'Inde aurait besoin d'environ 500 000 lits de soins intensifs et de 350 000 membres du personnel médical dans les prochaines semaines. À l'heure actuelle, il ne compte que 90 000 lits de soins intensifs, presque tous entièrement occupés.

L'Inde a également du mal à vacciner sa population de 1,36 milliards d'habitants, bien qu'elle dispose de l'une des plus grandes capacités de fabrication de produits pharmaceutiques au monde.

Pourquoi les infections au Covid-19 en Inde ont-elles chuté au début de 2021?

Cela reste inconnu, mais Kutty dit que c'était probablement la véritable diminution de la première vague. Il a noté que «le taux de positivité des tests diminuait en janvier-février, nous pouvions donc supposer sans risque qu'il y avait une baisse des infections».

Mais les chiffres des tests eux-mêmes peuvent ne pas raconter toute l'histoire. «Les statistiques officielles en Inde sont souvent trafiquées pour convenir aux chefs politiques, et il y avait une énorme pression pour en faire moins», a dit Kutty au BMJ, ajoutant qu'il y avait également un manque de transparence dans les chiffres des infections et de la mortalité. «On sait à peine qui en est responsable. Cela dépend certainement du nombre de tests effectués, et dans de nombreux États, on pourrait soutenir que pas assez de tests ont été effectués. Cependant, le nombre de décès est un indicateur plus robuste et, lors de la première vague, les décès semblent avoir été inférieurs à ceux d'autres pays. La deuxième vague est une histoire totalement différente.»

Avec 16 millions de décès signalés, les chiffres officiels en Inde sont probablement bien inférieurs aux chiffres réels, dit Lahariya. «Les tests étaient limités, et un si grand nombre de ceux qui n’ont pas été testés ont été admis [dans les hôpitaux]. Lorsque ces patients meurent, leurs décès ne sont pas enregistrés comme des décès liés au Covid-19», a-t-il dit, ajoutant que la mort peut également survenir beaucoup plus tard après la sortie.

En quoi la deuxième vague diffère-t-elle de la première?

«Auparavant, des personnes étaient touchées, mais aujourd'hui, des familles entières contractent le Covid», a dit Lahariya. En tant que deuxième dénombrement le plus peuplé du monde, et avec des ménages multigénérationnels communs, des clusters étaient susceptibles de se produire.

Une étude publiée par Lancet Global Health en février a indiqué que la première vague a infecté jusqu'à 50% des habitants des zones urbaines. La deuxième vague semble se propager davantage dans les zones rurales, où les gens voyagent loin pour se rendre aux centres de santé les plus proches. Dans l'Etat du Pendjab, les dossiers de santé montrent que plus de 80% des patients présentent des symptômes graves à leur arrivée, en raison des retards causés par le voyage.

Les personnes de 30 à 50 ans qui partent travailler semblent également être particulièrement touchées par la nouvelle vague, du moins à New Delhi. Des rapports anecdotiques suggèrent un nombre nettement plus élevé de décès parmi les jeunes cette fois, a dit Kutty. Mais on ne sait pas encore combien de personnes plus jeunes sont infectées, car beaucoup peuvent ne pas avoir de symptômes.

Il y a eu des rapports très médiatisés de réinfections. Par exemple, le ministre en chef de l'État méridional du Karnataka, B.S. Yediyurappa, a été testé positif au SARS-CoV-2 deux fois en neuf mois. Dans une étude portant sur 1 300 personnes testées positives, publiée en mars 2021 dans Epidemiology and Infection, le Centre indien de recherche médicale a trouvé un taux de réinfection de 4,5%, 10 avec une grande proportion de ces personnes n'ayant présenté aucun symptôme la première fois. «Les réinfections étaient auparavant considérées comme rares, mais [dans cette deuxième vague], nous réalisons maintenant que ces chiffres sont plus élevés que ce que nous pensions initialement», a dit Lahariya.

Les nouveaux variants sont-ils en cause?

Des variants identifiées pour la première fois en Afrique du Sud (connus sous le nom de B.1.351), au Brésil (P.1) et au Royaume-Uni (B.1.1.7) circulent en Inde, aux côtés d'une variant indien( B. 1.617) distinct nouvellement identifié pour la première fois en octobre. Tous sont susceptibles d'être un facteur, mais l'étendue de l'implication de chacun est encore inconnue.

«Le variant B.1.617 s'est répandu rapidement dans certaines parties de l'Inde, dominant apparemment les virus précédemment en circulation dans certaines régions du pays», a dit Ravi Gupta, professeur de microbiologie clinique à l'Université de Cambridge, qui étudie ces variants. «Le variant B.1.1.7 domine dans certaines régions, et le variant B.1.617 est devenu dominant dans d'autres, ce qui suggère que les deux peuvent avoir un avantage sur les souches préexistantes.»

Les scientifiques s'inquiètent de deux mutations dans B.1.617 (E484K et L452R), qui l'ont amené à être surnommé un «double mutant». Gupta a dit que la mutation L452R se trouve dans une zone clé de la pointe (spike) qui est reconnue par les anticorps après la vaccination ou l'infection. E484K a également cet effet. «Le souci est que les deux peuvent avoir des effets additifs en rendant le virus moins sensible aux anticorps», a-t-il dit, tout en ajoutant que ce n'est qu'une possibilité à ce stade, sans confirmation.

Le Consortium indien de génomique SARS-CoV-2 (INSACOG), un groupe de 10 laboratoires nationaux, a été créé en décembre 2020 pour surveiller les variations génétiques du coronavirus, en particulier le variant B.1.1.7, mais le manque de capacité de testset de séquençage est entraver les efforts. Les données gouvernementales montrent que l'Inde a séquencé moins de 1% de ses échantillons positifs, alors que la proportion est de 4% aux États-Unis et de 8% au Royaume-Uni.

Que savons-nous de la propagation de la variant indien au Royaume-Uni?

Public Health England a identifié plusieurs cas de B.1.617 au Royaume-Uni, 12 principalement liés à des voyages. Cela a conduit le gouvernement britannique à ajouter l'Inde à sa liste rouge des voyages et le Premier ministre à annuler une visite diplomatique de haut niveau dans le pays.

Le nombre de génomes B.1.617 détectés au Royaume-Uni a augmenté ces dernières semaines, a dit Sharon Peacock, professeur de santé publique et de microbiologie à l'Université de Cambridge et directrice du Consortium Covid-19 Genomics UK au Science Media Center. «Même si ce pourcentage est égal ou inférieur à 1% des génomes séquencés dans l'ensemble du Royaume-Uni, la tendance à la hausse des cas justifie une action tandis que les incertitudes en cours sur le niveau de menace posé par ce variant sont évaluées.»

Comment la crise affectera-t-elle le déploiement des vaccins en Inde?

L'Inde a lancé sa campagne de vaccination le 16 janvier 2021, reposant principalement sur Covishield, une version du vaccin Oxford-AstraZeneca produit par le Serum Institute of India. Un plus petit nombre de personnes se procurent le Covaxin développé localement en Inde, fabriqué par Bharat Biotech. Le gouvernement s'était fixé comme objectif de vacciner 250 millions de personnes d'ici juillet. À ce jour, l’Inde a vacciné environ 117 millions de personnes, selon Our World in Data de l’Université d’Oxford, et environ 17 millions ont reçu les deux doses complètes d’un vaccin.

Le gouvernement a arrêté les exportations de Covishield, une décision qui a affecté les déploiements de vaccins dans le monde entier, y compris au sein de l'initiative mondiale COVAX. Des rapports allèguent que le gouvernement a approuvé une subvention de 503 millions d'euros pour permettre au Serum Institute of India et à Bharat Biotech d'augmenter la production dans les jours à venir, ce qui, selon certains critiques, aurait dû être fait avant la deuxième vague.

L'approbation et l'importation d'autres vaccins ont été lentes, et des sociétés comme Pfizer sont confrontées à des demandes d'essais cliniques supplémentaires au niveau national. Le gouvernement aurait pu permettre à plus de vaccins d'être importés pour le large segment de la population urbaine qui pourrait être prêt à en payer le prix, a dit Kutty. «Cela allégerait la pression sur les infrastructures publiques, qui sont très sollicitées.»

Face à la crise, le gouvernement a approuvé l'utilisation du Spoutnik V. Le fonds souverain russe qui commercialise le vaccin dans le monde a signé des accords avec cinq fabricants indiens pour plus de 850 millions de doses par an, les premières doses étant dues à être disponible le 1er mai.

Au fur et à mesure que les infections augmentaient, les hôpitaux des hotspots étaient à court de vaccins. Kutty a dit que les pénuries étaient une chose; une autre est la rapidité avec laquelle l'Inde est capable de vacciner. «Je pense qu'à l'heure actuelle, notre infrastructure [de santé] pourrait ne pas être en mesure de le faire assez rapidement, même s'il y avait suffisamment de vaccins. Le gouvernement doit planifier une véritable campagne pour couvrir autant de population que possible dans les plus brefs délais.»

Et bien que les vaccins destinés aux personnes de plus de 45 ans et aux personnels de santé de première ligne aient été payés par le gouvernement fédéral, les doses destinées aux autres groupes d'âge devront provenir des budgets locaux. Les gouvernements des États ont été invités à négocier directement avec les fabricants de vaccins pour acheter les stocks dont ils auront besoin, une décision critiquée comme arbitraire et discriminatoire entre les États, car ils ont des budgets et des systèmes de santé très différents.

En Inde, les bûchers sont allumés 24 heures sur 24.. via @FredericBianchi pic.twitter.com/q92B6MF7HB

— François Momboisse (@fmomboisse) April 30, 2021

Une deuxième vague COVID-19 pourrait être évitée si la distanciation sociale et l'utilisation de masques faciaux étaient maintenues, selon des chercheurs espagnols

« Une deuxième vague COVID-19 pourrait être évitée si la distanciation sociale et l'utilisation de masques faciaux étaient maintenues, selon des chercheurs espagnols », source EurekAlert!

Le comportement individuel a un effet significatif sur la prévention d'une deuxième vague importante d'infections au COVID-19. En fait, le maintien de la distanciation sociale et d'autres interventions telles que l'utilisation de masques faciaux et l'hygiène des mains pourraient supprimer le besoin de futures fermetures, selon une étude de modélisation réalisée par l'Institut de Barcelone pour la santé mondiale (ISGlobal), une institution soutenue par la Fondation «Caixa». Les résultats, publiés dans Nature Human Behavior, montrent également que, dans les pays qui n'ont pas encore atteint le pic de cas actifs, les fermetures doivent rester en place pendant au moins 60 jours et la déconfinement doit être progressif afin de diminuer le risque d’une seconde vague.

Plusieurs pays qui ont initialement imposé des mesures de confinement strict pour limiter la propagation du SRAS-CoV-2 sont en train de les lever. Cependant, comment et quand alléger les restrictions est une décision difficile - un équilibre délicat entre la nécessité de réactiver l'économie et le risque d'une deuxième vague d'infections qui pourrait submerger les systèmes de santé. «Le problème est que l'évaluation de ce risque est difficile, compte tenu du manque d'informations fiables sur le nombre réel de personnes infectées ou l'étendue de l'immunité développée au sein de la population», explique Xavier Rodó, responsable du programme Climat et Santé d'ISGlobal. Dans cette étude, l'équipe de Rodó présente des projections basées sur un modèle qui divise la population en sept groupes: sensible, mis en quarantaine, exposé, infectieux non détecté, déclaré infectieux et confiné, rétabli et décédé. Il permet également de simuler à la fois le degré de confinement de la population et les différentes stratégies post-confinement.

«Notre modèle est différent car il considère le retour des personnes confinées dans la population sensible pour estimer l'effet du déconfinement, et il inclut les comportements des personnes et la perception du risque comme facteurs modulateurs», explique Xavier Rodó. «Ce modèle peut être particulièrement utile pour les pays où le pic de cas n'a pas encore été atteint, comme ceux de l'hémisphère Sud. Cela permettrait d'évaluer les politiques de contrôle et de minimiser le nombre de cas et de décès causés par le virus», explique Leonardo López, co-auteur et chercheur d'ISGlobal.

L’utilisation de masques faciaux, l’hygiène des mains et l’obligation de se confiner sur place ont déjà démontré des avantages. Le but de cette étude était d'évaluer quantitativement leur pertinence en tant que stratégies de confinement. Les résultats montrent clairement que la durée du premier confinement affectera le moment et l'ampleur des vagues suivantes, et que les stratégies de déconfinement progressif entrainent toujours un nombre plus faible d'infections et de décès, par rapport à un processus de déconfinement très rapide.

En Espagne, où le déconfinement a été rapide pour la moitié de la population et progressive pour le reste, le comportement individuel sera essentiel pour réduire ou éviter une deuxième vague. «Si nous parvenons à réduire le taux de transmission de 30% grâce à l'utilisation de masques faciaux, à l'hygiène des mains et à la distanciation sociale, nous pouvons considérablement réduire l'ampleur de la prochaine vague. Une réduction de 50% du taux de transmission pourrait l'éviter complètement», explique Rodó.

Les résultats montrent que, même dans les pays qui n'ont pas les ressources pour tester et tracer tous les cas et contacts, l'autonomisation sociale grâce à l'utilisation de masques, l'hygiène des mains et la distanciation sociale est la clé pour arrêter la transmission virale.

Les simulations montrent également que la perte d'immunité au virus aura des effets significatifs sur l'espacement entre les vagues épidémiques - si l'immunité a une longue durée (un an au lieu de quelques mois), alors le temps entre les vagues épidémiques doublera.

Le modèle a pris en compte les blocages totaux et utilisé les données disponibles jusqu'au 25 mai, mais n'a pas pris en compte un effet possible des températures sur la transmission virale.

«Point sur l’épidémie : risque-t-on vraiment une deuxième vague ?», parce que nous avons le droit d’être intelligents

« Point sur l’épidémie : risque-t-on vraiment une deuxième vague ? », source Nous avons le droit d’être intelligents, le Bulletin d’information scientifique de l’IHU du 28 avril 2020.

Par le Pr Didier Raoult, Directeur de l’IHU Méditerranée Infection.

COVID-19: La menace des faux négatifs

« Les résultats faussement négatifs des tests du COVID-19 peuvent conduire à un faux sentiment de sécurité sanitaire », source ScienceDaily.

Un nouvel article attire l'attention sur le risque posé par une dépendance excessive aux tests COVID-19 pour prendre des décisions cliniques et de santé publique. La sensibilité des tests de réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR) et les caractéristiques globales de performance des tests n'ont pas été rapportées de manière claire ou cohérente dans la littérature médicale, indique l'article.

Un article spécial publié dans Mayo Clinic Proceedings attire l'attention sur le risque posé par une dépendance excessive aux tests COVID-19 pour prendre des décisions cliniques et de santé publique. La sensibilité des tests de réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR) et les caractéristiques globales de performance des tests n'ont pas été rapportées de manière claire ou cohérente dans la littérature médicale, indique l'article.

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En conséquence, les responsables des soins de santé devraient s'attendre à « une deuxième vague d'infection moins visible de la part des personnes dont les résultats des tests sont des faux négatifs », a déclaré Priya Sampathkumar, spécialiste des maladies infectieuses à la Mayo Clinic et co-auteur de l'étude.

« Les tests RT-PCR sont plus utiles lorsqu'ils sont positifs », explique le Dr Sampathkumar. « Il est moins utile pour exclure COVID-19. Un test négatif ne signifie souvent pas que la personne n'a pas la maladie, et les résultats des tests doivent être considérés dans le contexte des caractéristiques et de l'exposition du patient. »

Même avec des valeurs de sensibilité de test aussi élevées que 90%, l'ampleur du risque de faux résultats de test sera importante à mesure que le nombre de personnes testées augmente. « En Californie, les estimations indiquent que le taux d'infection au COVID-19 pourrait dépasser 50% d'ici la mi-mai 2020 », dit-elle. « Avec une population de 40 millions de personnes, 2 millions de résultats faux négatifs seraient attendus en Californie avec des tests complets. Même si seulement 1% de la population était testée, 20 000 résultats faux négatifs seraient attendus. »

Les auteurs citent également les effets sur le personnel de santé. Si le taux d'infection au COVID-19 parmi les plus de 4 millions de personnes fournissant des soins directs aux patients aux États-Unis était de 10% - bien en deçà de la plupart des prévisions - plus de 40 000 résultats faussement négatifs seraient attendus si chaque personne était testée.

Cela présente des risques pour le système de santé à un moment critique. « Actuellement, les directives du CDC (Centers for Disease Control and Prevention) pour les personnels de santé asymptomatiques dont les tests sont négatifs pourraient conduire à leur retour immédiat au travail dans les soins cliniques de routine, ce qui risque de propager la maladie », explique Colin West, médecin de la Mayo Clinic et premier auteur de l'étude. Victor Montori, endocrinologue à la Mayo Clinic, est également co-auteur.

Tout en faisant face à l'énormité de la pandémie croissante de COVID-19, il est important que les responsables de la santé publique s'en tiennent aux principes du raisonnement fondé sur des preuves concernant les résultats des tests de diagnostic et les faux négatifs. 

Quatre recommandations sont décrites dans l'article de Mayo Clinic Proceedings:

• Respect continu et strict de la distance physique, du lavage des mains, de la désinfection des surfaces et d'autres mesures préventives, quels que soient le niveau de risque, les symptômes ou les résultats des tests COVID-19. Un masque universel à la fois pour les personnels de santé et les patients peut être nécessaire.
• Il est urgent de développer des tests hautement sensibles ou des combinaisons de tests pour minimiser le risque de résultats faussement négatifs. Des tests RT-PCR et des tests sérologiques améliorés - des tests sanguins qui identifient les anticorps ou protéines présents lorsque le corps réagit à des infections telles que COVID-19 - sont nécessaires.
• Les niveaux de risque doivent être soigneusement évalués avant le test, et les résultats négatifs doivent être examinés avec prudence, en particulier pour les personnes dans les groupes à haut risque et dans les zones où une infection à COVID-19 généralisée a été confirmée.
• Des protocoles stratifiés en fonction des risques pour gérer les résultats négatifs des tests COVID-19 sont nécessaires et doivent évoluer à mesure que davantage de statistiques deviennent disponibles.

« Pour les personnes à faible risque, les résultats de tests négatifs peuvent être suffisamment rassurants », explique le Dr West. « Pour les individus à haut risque, même ceux qui ne présentent aucun symptôme, le risque de résultats de tests faussement négatifs nécessite des mesures supplémentaires pour se protéger contre la propagation de la maladie, comme une auto-isolation prolongée. »

À la clinique Mayo, les tests RT-PCR sont « l'un des nombreux facteurs dont nous tenons compte pour décider si le patient répond aux critères de COVID-19 », explique le Dr Sampathkumar. Si le test RT-PCR est négatif mais que les résultats de la radiographie pulmonaire ou de la tomodensitométrie sont anormaux, ou s'il y a eu un contact étroit avec une personne qui a confirmé le COVID-19, la recommandation est de continuer à prendre soin du patient comme s'il ou elle a le COVID-19.

« Nous devons continuer d'affiner les protocoles pour les patients asymptomatiques et les personnels de santé exposés », explique le Dr Sampathkumar.