Un nouveau modèle pour la formation d'un biofilm endodontique

«Un nouveau modèle pour la formation d'un biofilm endodontique» par Elio et Roberto du blog Small Things Considered.

En ce moment même, les biofilms font fureur en microbiologie. Et pourquoi pas, étant donné que la plupart des bactéries dans la nature ne nagent pas librement mais sont attachées à une surface. Des systèmes modèles pour les biofilms sont donc indispensables. Des chercheurs de deux institutions à Bogotá, en Colombie, l'Universidad del Bosque et l'Universidad de los Andes (avec Diana M. Castillo comme auteur principal) ont combiné leurs forces pour développer un nouveau modèle de formation de biofilm par Enterococcus faecalis. Cet agent pathogène se développe à la fois dans l'intestin humain et à la surface des dents. On le trouve également dans les canaux radiculaires, où il peut provoquer de graves infections endodontiques.

Le modèle en question consiste à faire pousser Enterococcus faecalis à la surface des racines des dents, des morceaux de dentine (la couche médiane de la dent, entre l'émail et la pulpe), découpés dans des dents humaines saines fraîchement extraites (à des fins orthodontiques) et surface stérilisée avant d'être inoculée avec des cultures de E. faecalis. Les échantillons ont été incubés jusqu'à un mois pour simuler les conditions d'une vraie dent infectée. Les bactéries présentes à la surface de la racine dentinaire ont été dénombrées et examinées à l'aide de deux approches: la microscopie électronique à balayage à émission de champ et la microscopie confocale à balayage laser. Après 14 jours, les surfaces radiculaires sont devenues colonisées de manière homogène et la plupart des cellules étaient viables, comme en témoigne la coloration au SYTO 9 et à l’iodure de propidium pour les cellules vivantes/mortes. Au bout de 30 jours, plus de la moitié des cellules étaient mortes. Pour paraphraser les propos des auteurs, «ce nouveau modèle endodontique in vitro de formation de biofilm de E. faecalis présente un biovolume approprié et une structure tridimensionnelle stable. Il est compatible avec un biofilm mature dans des conditions de restriction nutritionnelle, comme cela se produit habituellement chez les environnement endodontique. Il devrait permettre une évaluation future de l'efficacité des substances antimicrobiennes avec une approche plus clinique.» On dirait qu'ils sont prêts à y aller.

NB: Acte fréquemment réalisé par votre dentiste, le traitement endodontique (aussi appelé traitement de racine, de canal ou dévitalisation) consiste à soigner la partie interne de la dent, la pulpe, lorsque celle-ci est atteinte (carie, fracture, nécrose...).

From @STCmicrobeblog: biofilms are all the rage in micro­biology. And why not, being that most bac­teria in nature are not free-swimming but are at­tached to some surface... https://t.co/cPm3UYbzeN

— ASM (@ASMicrobiology) February 16, 2022

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Des implants fécaux entraînent des changements comportementaux et cognitifs dans un modèle d'Alzheimer

Dans une étude de l'OHSU, des chercheurs ont découvert que des changements dans le microbiome intestinal affectaient clairement les changements comportementaux et cognitifs mesurés chez la souris. (Getty Images)

«Des implants fécaux entraînent des changements comportementaux et cognitifs dans un modèle d'Alzheimer», source communiqué de l’Oregon Health & Science University (OHSU).

Des recherches de l'OHSU sur des souris suggèrent que le microbiome intestinal pourrait être la voie vers le traitement ou la prévention du déclin cognitif

Une nouvelle étude chez la souris établit pour la première fois un lien causal définitif entre les changements du microbiome intestinal et les changements comportementaux et cognitifs dans un modèle animal de la maladie d'Alzheimer.  

L'étude, publiée dans la revue Frontiers in Behavioral Neuroscience, suggère de nouvelles voies impliquant l'utilisation de probiotiques pour traiter et potentiellement prévenir les symptômes de démence associés aux maladies neurodégénératives, y compris la maladie d'Alzheimer.

«Nous avons découvert que la modulation du microbiome intestinal par des implants fécaux chez des souris sans germes (germ-free) induit des changements comportementaux et cognitifs dans un modèle de la maladie d'Alzheimer», a dit l'auteur principal, Jacob Raber, professeur de neurosciences comportementales à l'OHSU School of Medicine. «Au meilleur de ma connaissance, personne n'a montré cela auparavant dans un modèle de la maladie d'Alzheimer.»

Les travaux font suite à une précédente étude de l'OHSU chez la souris, publiée l'année dernière, qui a révélé une corrélation entre la composition du microbiome intestinal et les performances comportementales et cognitives des souris porteuses de gènes associés à la maladie d'Alzheimer.

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont soigneusement manipulé le tube digestif de souris à l'aide d'implants fécaux.

Ils ont trouvé des changements dans les mesures du comportement et de la cognition chez trois génotypes différents et entre les males et les femelles. Deux des génotypes impliqués reflètent ceux associés à une prédisposition à la maladie d'Alzheimer chez les humains.

Les chercheurs ont découvert que les changements dans le microbiome intestinal affectaient clairement les changements comportementaux et cognitifs mesurés chez les souris.

L'étude suggère des pistes possibles pour prévenir la démence grâce à l'utilisation ciblée de probiotiques ou de greffes fécales, qui ont déjà été utilisées pour manipuler le microbiome intestinal chez l'homme. Cependant, Raber a déclaré que beaucoup plus de recherches devaient être menées pour déterminer le mécanisme de ces effets comportementaux et cognitifs, car la relation entre ces effets et le microbiome intestinal est influencée par le génotype et le sexe.

«Des personnes peuvent acheter des probiotiques en vente libre, mais nous voulons nous assurer que le bon traitement est utilisé pour chaque patient et qu'il leur profite réellement», a dit Raber. «Le microbiote intestinal est un environnement complexe. Si vous modifiez un élément, vous modifierez également d'autres éléments, vous voulez donc vous assurer de sélectionner un probiotique qui favorise la santé cérébrale et la fonction cérébrale de chaque patient, tout en limitant les effets secondaires négatifs.»

Aux lecteurs du blog
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Prédiction de l'effet du sel sur la tolérance à la chaleur de Listeria monocytogenes dans les produits de viande et de poisson

L’article, Prédiction de l'effet du sel sur la tolérance à la chaleur de Listeria monocytogenes dans les produits de viande et de poisson, est paru dans International Journal of Food Microbiology.

Faits saillants

• La présence de sel augmente les valeurs D de L. monocytogenes jusqu'à 6 fois.
  
• L'effet induit par le sel sur la tolérance à la chaleur dépend principalement du sel en phase aqueuse.
• Un modèle générique pour prédire l'effet du sel sur la tolérance à la chaleur a été développé.

Résumé

Listeria monocytogenes est un agent pathogène d'origine alimentaire potentiellement mortel qui peut être trouvé dans divers produits prêts à consommer. Il tolère des conditions défavorables telles que des concentrations élevées en sel et un stockage réfrigéré, ainsi, l'élimination de l'agent pathogène dans la transformation des aliments repose souvent sur le traitement thermique.

L'objectif de cette étude était de créer un modèle pour prédire l'effet du sel sur la tolérance à la chaleur de L. monocytogenes dans la viande et les produits de la mer lors de traitements thermiques menés entre 57 et 65°C afin de réduire les nombres de ≥3 cycles log₁₀. Des concentrations de sel, jusqu'à 6 % en phase aqueuse, ont été appliquées pour couvrir une variété de produits légèrement salés de viande et de la mer prêts à consommer.

Les travaux expérimentaux ont porté sur des échantillons de filet de porc haché, de filet de poitrine de poulet haché et de filet de saumon haché sans peau ajustés à différents % de phase aqueuse desel, c'est-à-dire 3,6 et 5,2% pour les échantillons de porc, 2,0, 3,0, 3,5 et 6,0% pour les échantillons de poulet et 3,0 et 6,0% pour les échantillons de saumon.

Tous les échantillons ont été inoculés avec des cultures de L. monocytogenes en phase stationnaire tardive. Pour les échantillons de porc, un mélange de deux souches d'un isolat de porc (MS22254) et d'un isolat environnemental (MS22246) a été appliqué. Pour les échantillons de poulet et de saumon, un isolat de produits de la mer (MS22258) et un isolat MS22246 ont été appliqués en cultures uniques. Les échantillons ont été conditionnés sous vide dans des sachets stériles, immergés dans un bain-marie et maintenus à des températures constantes de 57, 60 et 65°C pour les échantillons de porc et de 58, 61 et 62,5°C pour les échantillons de poulet et de saumon.

Pour les courbes de survie, où au moins 3 réductions log₁₀ ont été obtenues, la tolérance à la chaleur a été exprimée en temps de réduction décimale, valeurs D. On a observé que les valeurs D augmentaient avec l'augmentation du % de la phase aqueuse en sel. L'effet du sel sur la tolérance à la chaleur de L. monocytogenes a été défini comme l'augmentation relative (valeur RI) de la valeur D obtenue lorsque du sel avait été ajouté à l'aliment. L'effet du % de la phase aqueuse en sel sur les valeurs RI était indépendant des températures de chauffage, des aliments et des souches.

Pour la modélisation secondaire, les valeurs RI ont été transformées en utilisant le logarithme népérien, ln(RI) et ajustées à un modèle linéaire en fonction du % de la phase aqueuse en sel. La validation du modèle, avec 56 valeurs indépendantes collectées dans la littérature scientifique, a entraîné des facteurs de biais et de précision respectivement, de 0,89 et 1,26, suggérant des performances acceptables avec une tendance à légèrement sous-estimer. Le modèle prédictif développé peut être utilisé pour guider la conception de procédés thermiques pour les fabricants de produits de viande et de la mer légèrement conservés et légèrement transformés nécessitant une réduction de plus de 3 log₁₀ de L. monocytogenes pour assurer la sécurité sanitaire.

A la recherche de solutions contre norovirus

«A la recherche de solutions contre les norovirus humains en utilisant le poisson zèbre», source National Uiversity of Singapore (NUS).

Les virologues alimentaires de la NUS ont découvert que le fucoïdane, un glucide naturel, pourrait être un candidat antiviral potentiel pour les norovirus humains.

Les norovirus humains sont de plus en plus identifiés comme une cause importante d'épidémies de gastro-entérite aiguë associées à une charge de morbidité importante dans le monde. Ces virus sont très contagieux et peuvent provoquer des symptômes tels que des vomissements et de la diarrhée. Comme il est difficile de cultiver des norovirus humains en utilisant des cultures cellulaires de routine en laboratoire, cela a entravé les progrès de la recherche sur eux. Récemment, il a été rapporté que des larves de poisson zèbre peuvent être utilisées comme modèle fiable pour étudier les norovirus humains pour le développement de stratégies antivirales.

Une équipe de recherche dirigée par le professeur LI Dan, département des sciences et technologies alimentaires, avec le professeur Gong Zhiyuan, département des sciences biologiques, a découvert que le fucoïdane, un composé naturel présent dans de nombreuses espèces d'algues brunes, est capable d'inhiber efficacement la réplication des norovirus humains dans le modèle de larves de poisson zèbre. Les chercheurs ont testé deux types d'hydrates de carbone avec des effets anti- norovirus humains potentiels. L'un des hydrates de carbone est le fucoïdane, extrait de l'algue brune Fucus vesiculosus. L'autre est le 2′-fucosyllactose, un oligosaccharide important présent dans le lait maternel humain. Les chercheurs ont découvert que bien que les deux glucides soient capables de bloquer la liaison des norovirus humains aux antigènes tissulaires de groupes sanguins humains (récepteurs putatifs de l'infection à norovirus humains) dans des conditions in vitro, seul le fucoïdane, mais pas le 2′-fucosyllactose, inhibe la réplication de norovirus humains dans des larves de poisson zèbre (voir figure).

Ce résultat est d'un grand intérêt car il s'agit du premier article montrant que le blocage des sites de liaison des antigènes tissulaires de groupes sanguins humains dans des conditions in vitro ne peut pas nécessairement empêcher la réplication des norovirus humains dans un organisme vivant. Auparavant, le test de blocage de la liaison aux antigènes tissulaires de groupes sanguins humains in vitro a été utilisé dans de nombreuses études de recherche pour cribler des candidats anti-norovirus humains. On pense que les oligosaccharides du lait maternel humain tels que le 2'-fucosyllactose sont capables de prévenir l'infection par les norovirus humains sur la base du même principe.

Le professeur Li a déclaré: «L'équipe de recherche prévoit de continuer à utiliser le modèle de larves de poisson zèbre dans notre enquête plus approfondie sur les norovirus humains. En attendant, nous explorerons également la relation structure-activité du fucoïdane dans l'inhibition de la réplication du norovirus humains, dans le but de développer des solutions antivirales efficaces et rentables pour protéger notre population, en particulier les plus vulnérables de l'infection par les norovirus humains.»

Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

La figure montre l’effet anti-norovirus humains du fucoïdane et du 2′-fucosyllactose (2’-FL). (A) Dans des conditions in vitro, le fucoïdane et le 2’-FL ont pu empêcher la liaison de particules like de norovirus humains de se lier aux antigènes tissulaires de groupes sanguins humains. Les barres inférieures indiquent que les composés sont plus efficaces pour bloquer la liaison de norovirus humains aux antigènes tissulaires de groupes sanguins humains. (B) Dans des conditions in vivo, seul le fucoïdane, mais pas le 2’-FL, a pu inhiber la multiplication de norovirus humains chez les larves de poisson zèbre.

Référence

Tan MTH; Li Y; Eshaghi Gorji M; Gong Z; Li D, «Fucoidan but not 2’‐Fucosyllactose inhibits human norovirus replication in zebrafish larvae». Viruses DOI: 10.3390/v13030461 Published: 2021.

Modèle de croissance prédictive pour Clostridium botulinum pendant le refroidissement de viande hachée bovine cuite

Voici le résumé d’une étude parue dans Food Microbiology qui fournit un modèle de croissance prédictive pour Clostridium botulinum pendant le refroidissement de viande hachée bovine non salée et cuite. L’article est disponible en intégralité.

Faits saillants

• Nous avons étudié la cinétique de croissance de Clostridium botulinum dans de la viande bovine.
• Le modèle de croissance de Baranyi a été utilisé pour estimer la croissance dans de la viande bovine.
• Un modèle dynamique d'estimation de la croissance a été développé.
• Le modèle aidera l'industrie alimentaire à évaluer le risque de Clostridium botulinum dans la viande bovine.

Résumé

Un modèle dynamique pour prédire la germination et la croissance des spores de Clostridium botulinum dans de la viande bovine hachée et cuite a été présenté. La viande bovine hachée crue a été inoculée avec un cocktail de dix souches de spores de C. botulinum afin d’obtenir environ 2 log de spores/g. La viande bovine hachée inoculér a été conditionnée sous vide, cuit à 71°C pour provoquer un choc thermique des spores, refroidie à moins de 10°C et incubée de manière isotherme à des températures de 10 à 46°C. 

La croissance de C. botulinum a été quantifiée et ajustée dans le modèle de Baranyi primaire. Les modèles secondaires ont été ajustés au taux de croissance spécifique maximale et à la durée de la phase de latence en utilisant respectivement, l'équation de Ratkowsky modifiée (R² 0,96) et la fonction hyperbolique (R² 0,94). Des expériences similaires ont également été réalisées dans des conditions non isothermes (refroidissement). 

Une analyse de prédiction de la zone acceptable a été menée sur les données de croissance recueillies sur 3 régimes de refroidissement linéaire de l'étude actuelle. Les performances du modèle (erreurs de prédiction) pour les 22 points de données de validation collectés dans les travaux actuels se situaient dans les limites de l'analyse de prédiction de la zone acceptable (−1,0 à +0,5 log UFC/g). De plus, deux autres ensembles de données de croissance de C. botulinum rapportés dans la littérature ont également été soumis à l'analyse de prédiction de la zone acceptable. Dans ces validations, les prévisions 20/22 et 10/14 se situaient dans les limites de l'analyse de prédiction de la zone acceptable . Le modèle présenté dans ce travail peut être utilisé pour prédire la germination et la croissance des spores de C. botulinum dans le bœuf cuit non salé dans des conditions non isothermes. 

Les transformateurs de l'industrie du bœuf et les organisations de la restauration commericale peuvent utiliser ce modèle microbien prédictif pour les écarts de refroidissement et les situations d'abus de température et pour développer des calendriers de processus personnalisés pour les produits de viande bovine cuits et non salés.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Une deuxième vague COVID-19 pourrait être évitée si la distanciation sociale et l'utilisation de masques faciaux étaient maintenues, selon des chercheurs espagnols

« Une deuxième vague COVID-19 pourrait être évitée si la distanciation sociale et l'utilisation de masques faciaux étaient maintenues, selon des chercheurs espagnols », source EurekAlert!

Le comportement individuel a un effet significatif sur la prévention d'une deuxième vague importante d'infections au COVID-19. En fait, le maintien de la distanciation sociale et d'autres interventions telles que l'utilisation de masques faciaux et l'hygiène des mains pourraient supprimer le besoin de futures fermetures, selon une étude de modélisation réalisée par l'Institut de Barcelone pour la santé mondiale (ISGlobal), une institution soutenue par la Fondation «Caixa». Les résultats, publiés dans Nature Human Behavior, montrent également que, dans les pays qui n'ont pas encore atteint le pic de cas actifs, les fermetures doivent rester en place pendant au moins 60 jours et la déconfinement doit être progressif afin de diminuer le risque d’une seconde vague.

Plusieurs pays qui ont initialement imposé des mesures de confinement strict pour limiter la propagation du SRAS-CoV-2 sont en train de les lever. Cependant, comment et quand alléger les restrictions est une décision difficile - un équilibre délicat entre la nécessité de réactiver l'économie et le risque d'une deuxième vague d'infections qui pourrait submerger les systèmes de santé. «Le problème est que l'évaluation de ce risque est difficile, compte tenu du manque d'informations fiables sur le nombre réel de personnes infectées ou l'étendue de l'immunité développée au sein de la population», explique Xavier Rodó, responsable du programme Climat et Santé d'ISGlobal. Dans cette étude, l'équipe de Rodó présente des projections basées sur un modèle qui divise la population en sept groupes: sensible, mis en quarantaine, exposé, infectieux non détecté, déclaré infectieux et confiné, rétabli et décédé. Il permet également de simuler à la fois le degré de confinement de la population et les différentes stratégies post-confinement.

«Notre modèle est différent car il considère le retour des personnes confinées dans la population sensible pour estimer l'effet du déconfinement, et il inclut les comportements des personnes et la perception du risque comme facteurs modulateurs», explique Xavier Rodó. «Ce modèle peut être particulièrement utile pour les pays où le pic de cas n'a pas encore été atteint, comme ceux de l'hémisphère Sud. Cela permettrait d'évaluer les politiques de contrôle et de minimiser le nombre de cas et de décès causés par le virus», explique Leonardo López, co-auteur et chercheur d'ISGlobal.

L’utilisation de masques faciaux, l’hygiène des mains et l’obligation de se confiner sur place ont déjà démontré des avantages. Le but de cette étude était d'évaluer quantitativement leur pertinence en tant que stratégies de confinement. Les résultats montrent clairement que la durée du premier confinement affectera le moment et l'ampleur des vagues suivantes, et que les stratégies de déconfinement progressif entrainent toujours un nombre plus faible d'infections et de décès, par rapport à un processus de déconfinement très rapide.

En Espagne, où le déconfinement a été rapide pour la moitié de la population et progressive pour le reste, le comportement individuel sera essentiel pour réduire ou éviter une deuxième vague. «Si nous parvenons à réduire le taux de transmission de 30% grâce à l'utilisation de masques faciaux, à l'hygiène des mains et à la distanciation sociale, nous pouvons considérablement réduire l'ampleur de la prochaine vague. Une réduction de 50% du taux de transmission pourrait l'éviter complètement», explique Rodó.

Les résultats montrent que, même dans les pays qui n'ont pas les ressources pour tester et tracer tous les cas et contacts, l'autonomisation sociale grâce à l'utilisation de masques, l'hygiène des mains et la distanciation sociale est la clé pour arrêter la transmission virale.

Les simulations montrent également que la perte d'immunité au virus aura des effets significatifs sur l'espacement entre les vagues épidémiques - si l'immunité a une longue durée (un an au lieu de quelques mois), alors le temps entre les vagues épidémiques doublera.

Le modèle a pris en compte les blocages totaux et utilisé les données disponibles jusqu'au 25 mai, mais n'a pas pris en compte un effet possible des températures sur la transmission virale.

Une étude de modélisation suggère 18 mois de distanciation sociale avec le COVID-19, beaucoup de perturbations

« Une étude de modélisation suggère 18 mois de distanciation sociale avec le COVID-19, beaucoup de perturbations », source article de Stephanie Soucheray paru le 18 mars dans CIDRAP News.

Le 16 mars, lorsque la coordinatrice de la réponse au coronavirus à la Maison Blanche, Deborah Birx, s'est tenue aux côtés du président Donald Trump et a annoncé la campagne « 15 jours pour ralentir la propagation », elle a déclaré que les derniers modèles du Royaume-Uni avaient fourni des conseils sur l'isolement des foyers.

Birx faisait probablement référence à une nouvelle étude de modélisation sur les résultats probables aux États-Unis et au Royaume-Uni pendant la pandémie du COVID-19, publiée le 17 mars par une équipe d'épidémiologistes de l'Imperial College de Londres.

L'étude, qui a utilisé des données sur la pandémie recueillies en Chine, en Italie et en Corée du Sud, a été saluée par les épidémiologistes du monde entier comme la prévision la plus complète de ce à quoi les États-Unis pourraient être confrontés dans les mois à venir. Mais elle dépeint également quelques images sombres, y compris des millions de morts si peu est fait.

Aplatissement de la courbe versus suppression

Le modèle analyse les deux approches de la gestion du virus. L'une est l'atténuation, ou « aplatissement de la courbe », qui voit le nouveau coronavirus continuer à se propager, mais à un rythme lent afin de ne pas submerger les systèmes hospitaliers.

L'autre approche est la répression, qui tente d'inverser la pandémie par des mesures extrêmes de distanciation sociale et des mises en quarantaine à domicile des cas et de leurs familles, atteignant un R0 - ou taux de reproduction - inférieur à 1.

« Chaque politique présente des défis majeurs », ont écrit les auteurs. L'atténuation « pourrait réduire les pics de demande de soins de santé des 2/3 et les décès de moitié. Cependant, l'épidémie atténuée qui en résulterait entraînerait probablement des centaines de milliers de décès et les systèmes de santé (notamment les unités de soins intensifs) seraient submergés à plusieurs reprises. »

Pour éviter cela, le pays devrait se concentrer sur la répression. Mais la répression nécessite des mesures de distanciation sociale bien plus longues que les 14 à 30 jours auxquels les Américains ont été invités à se préparer. Au lieu de cela, ils devraient être en place pendant 18 mois ou jusqu'à ce qu'un vaccin soit disponible.

« Je pense que la principale conclusion du modèle est correcte : il existe un terrible dilemme de distanciation sociale à très long terme ou de surcharge des systèmes de santé, ou les deux », a déclaré Marc Lipsitch, professeur d'épidémiologie et directeur du Center for Communicable. Dynamique des maladies à l'Université Harvard. « Avec les options actuellement disponibles, je ne vois pas de moyen de sortir de ce dilemme. »

Le modèle considère 3 scénarios et prédit un nombre élevé de décès

Pour comprendre les effets de l'atténuation ou de la suppression, l'équipe de l'Imperial College, dirigée par Neil Ferguson, a exécuté un modèle basé sur trois scénarios.

Dans le premier, les responsables américains ne font rien pour limiter la propagation du COVID-19, les écoles et les entreprises restent ouvertes et le virus est autorisé à se déplacer dans la population.

Cela entraînerait 81% de la population américaine, soit environ 264 millions de personnes, à contracter la maladie. Parmi ceux-ci, 2,2 millions mourraient, dont 4% à 8% des Américains de plus de 70 ans. Plus important encore, d'ici la deuxième semaine d'avril, la demande de lits de soins intensifs serait 30 fois supérieure à l'offre.

Si des pratiques d'atténuation sont mises en place, y compris une combinaison d'isolement des cas, de mise en quarantaine à domicile et de distanciation sociale des personnes les plus à risque (plus de 70 ans), la demande de soins intensifs de pointe diminuerait de 60%, et il y aurait la moitié du nombre des décès. Mais ce scénario génère toujours une demande multipliée par huit des lits de soins intensifs supérieurs à la capacité de pointe.

Afin de supprimer la pandémie avec un R0 inférieur à 1, un pays devrait combiner l'isolement des cas, l'éloignement social de l'ensemble de la population et la mise en quarantaine des ménages ou la fermeture des écoles et des universités, ont constaté les auteurs. Ces mesures « sont supposées être en place pour une durée de 5 mois », ont-ils écrit.

En outre, selon les auteurs, ces mesures devront peut-être être remises en place si les restrictions sont levées et si les cas augmentent à nouveau.

« Je ne pense pas que ce soit attrayant, [je] ne vois tout simplement pas de solution », a déclaré Lipsitch.

Les Américains acceptent enfin la réalité, selon un expert

Maciej Boni du Center for Infectious Disease Dynamics de la Pennsylvania State University, a déclaré que le modèle de l'Imperial College est le scénario le plus probable produit sur la pandémie actuelle.

« Cela a été diffusé au public depuis [la] dernière semaine de février », a déclaré Boni à CIDRAP News. « Le public est maintenant prêt à entendre que 1 à 2 millions de personnes pourraient mourir, c'est ce que nous [les épidémiologistes] avons dit pendant 3 semaines. »

Le modèle de l'Imperial College ne prend pas en compte la recherche ou la création d'un antiviral efficace pour lutter contre le virus. Boni a déclaré que cela reflète probablement l'histoire des antiviraux.

« Nous ne réussissons pas à trouver des antiviraux que des antibiotiques ou des antipaludiques », a-t-il déclaré. « Je n’ai aucun espoir pour les antiviraux. »

Boni a déclaré que le public américain devrait s'attendre à une période difficile de 18 mois, notant que le pays n'a pas fait face à une pandémie de cette ampleur depuis 102 ans et qu'il a surtout profité de la paix et de la croissance au cours des 75 dernières années.

« Ça va être difficile », a-t-il dit.

Un programme informatique aide des experts en sécurité des aliments à analyser les agents pathogènes dans les usines de transformation alimentaire

« Un programme informatique aide des experts en sécurité des aliments à analyser les agents pathogènes », source communiqué de Cornell Univerity du 24 janvier 2019.

Un programme informatique novateur pourrait être d'une grande aide pour les professionnels de la sécurité sanitaire des aliments qui s'efforcent de maintenir les installations de production alimentaires exemptes d'agents pathogènes d'origine alimentaire.

Des scientifiques de Cornell ont mis au point un programme informatique, Environmental Monitoring With an Agent-Based Model of listeria (EnABLe) ou Surveillance de l'environnement avec un modèle basé sur Listeria, pour simuler les emplacements les plus probables dans une installation de transformation où l'on pourrait trouver Listeria monocytogenes, un agent pathogène d'origine alimentaire. Les responsables de la sécurité des aliments peuvent ensuite tester la présence de la bactérie dans ces zones, ajoutant ainsi un outil important pour prévenir la contamination des aliments et l'exposition humaine à l'agent pathogène par le biais d'aliments contaminés.

Le modèle informatique, décrit dans le numéro du 24 janvier de Nature Scientific Reports, peut être modifié pour une large gamme de microbes et de lieux.

« L'objectif est de créer un outil d'aide à la décision pour maîtriser tout agent pathogène dans tout environnement complexe », a déclaré Renata Ivanek, professeure au département de médecine des populations et des sciences du diagnostic et auteure principale de l'article. L'étude a été financée par la Frozen Food Foundation grâce à une subvention accordée à Martin Wiedmann, professeur en sciences des aliments, également co-auteur de l'article.

Les chercheurs, dont le premier auteur, Claire Zoellner, postdoc au laboratoire d’Ivanek, souhaitent appliquer ce cadre à la détection de la contamination par des agents pathogènes responsables d’infections contractées en milieu hospitalier dans des hôpitaux vétérinaires ou des bactéries comme E. coli dans des usines de transformation de fruits et légumes.

Les professionnels de la sécurité sanitaire des aliments dans les installations de transformation tiennent des calendriers réguliers pour le dépistage des agents pathogènes. Ils s'appuient sur leur propre expertise et sur leur connaissance du bâtiment pour déterminer où prélever des échantillons.

« Chaque fois que nous avons un environnement complexe, nous devons toujours nous fier à l'opinion d'un expert et aux règles générales de ce système, ou de cette société, mais ce que nous essayons d'offrir est un moyen de le rendre plus quantitatif et systématique en créant cette réalité numérique », a dit Ivanek.

Pour que le système fonctionne, Zoellner, Ivanek et leurs collègues ont saisi toutes les données pertinentes dans le modèle, y compris les perspectives historiques, les commentaires des experts, les détails de l'équipement utilisé et son calendrier de nettoyage, les tâches effectuées par les utilisateurs, ainsi que les matériaux et les personnes entrant de l'extérieur de l'établissement.

« Un modèle informatique comme EnABLe connecte ces données pour aider à répondre aux questions relatives aux changements des risques de contamination, aux sources potentielles de contamination et aux approches de limitation et de management des risques », a déclaré Zoellner.

« Une seule personne ne pourra jamais conserver toute cette information en mémoire, mais si nous exécutons ce modèle sur un ordinateur, nous pouvons avoir en une itération une distribution de Listeria sur un équipement après une semaine. Et chaque fois que vous l'exécutez, ce sera différent et cela permettra de prévoir collectivement une gamme de résultats possibles », a dit Ivanek.

Le document décrit un système modèle qui trace les espèces de Listeria sur des équipements et des surfaces dans une installation de saumon fumé à froid. Les simulations ont révélé la dynamique de la contamination et les risques de contamination par la Listeria sur les surfaces des équipements. En outre, les connaissances acquises en observant les tendances observées dans les zones où Listeria est prédit peuvent éclairer la conception d'usines de transformation des aliments et le programme de surveillance de Listeria. À l'avenir, le modèle sera appliqué aux installations de produits surgelés.