Survie de Campylobacter spp. dans des matières fécales de dinde et dans l'eau naturellement contaminées

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Voici une étude qui traite des différences spécifiques liées à la survie de souches de Campylobacter spp. dans des matières fécales de dinde et dans l'eau naturellement contaminées. L'étude est parue dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'ASM.

Résumé

Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont les principales causes de maladies d'origine alimentaire chez l'homme, la volaille constituant le principal vecteur.

Les dindes sont fréquemment colonisées par Campylobacter, mais on en sait peu sur la survie de Campylobacter dans les matières fécales de dinde, bien que les déjections fécales soient des vecteurs majeurs de la transmission intra-troupeaux de Campylobacter et de la dissémination dans l'environnement.

Notre objectif était d'examiner la survie de Campylobacter, comprenant différentes souches, dans des matières fécales fraîchement excrétées de troupeaux de dindes commerciales naturellement colonisées et dans des suspensions de selles de dindes dans de l'eau provenant du poulailler.

Les suspensions fécales et aqueuses ont été conservées à 4°C et les populations de Campylobacter ont été dénombrées sur des milieux sélectifs toutes les 48 heures. Les isolats de C. jejuni et de C. coli ont été caractérisés en termes de résistance à un panel d'antibiotiques, et un sous-ensemble a été sous-typé à l'aide d'un typage MLST. Campylobacter a été récupéré dans les selles et dans l'eau pendant 16 jours maximum. L'analyse de 548 isolats (218 C. jejuni et 330 C. coli) a révélé que C. jejuni a survécu plus longtemps que C. coli dans les fèces (P = 0,0005), alors que l'inverse a été observé dans l'eau (P <0,0001).

Des différences de survie spécifiques à la souche ont été notées. Les isolats de C. jejuni multirésistants du type de séquence 1839 (ST-1839) et la souche associée ST-2935 font partie des isolats ayant survécu le plus longtemps dans les matières fécales; ils ont été récupérés pendant 10 à 16 jours, tandis que les isolats de C. coli multirésistants ST-1101 ont été retrouvés dans les matières fécales pendant 4 jours maximum. Les données sur la survie de Campylobacter après excrétion des volailles peuvent contribuer à une meilleure compréhension de la dynamique de transmission de ce pathogène dans l'écosystème de la production de volailles.

Importance

Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont les principaux pathogènes d'origine alimentaire, la volaille constituant le principal réservoir. En raison de leurs besoins de croissance, ces Campylobacter spp. peuvent être incapables de se reproduire une fois excrétés par leurs hôtes aviaires, mais leur survie dans les matières fécales et dans l'environnement est essentielle à la transmission dans l'écosystème de la ferme. Réduire la prévalence des troupeaux positifs pour Campylobacter peut avoir un impact majeur sur le contrôle de la contamination des produits de volaille et sur la dissémination environnementale des pathogènes. Cependant, la compréhension de la capacité de ces pathogènes à survivre dans des véhicules importants pour la transmission, tels que les matières fécales et l'eau de l’élevage, reste mal comprise, et peu d'informations sont disponibles sur les différences de survie associées aux espèces et aux souches.

Ici, nous avons utilisé des conditions modèles pour étudier la survie de C. jejuni et C. coli provenant de troupeaux de dindes naturellement colonisés, ainsi que de divers génotypes et profils de résistance aux antimicrobiens, dans les selles de dinde et dans l’eau des élevages.

Quand des bactéries font mettre à l'arrêt ... une usine de désinfectants

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Page d'accueil du site Internet d'Anios. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

France 3 région du 7 novembre 2019 rapporte « Anios : l'usine de Sainghin-en-Mélantois à l'arrêt, des bactéries détectées dans des produits désinfectants ».

On savait qu’un équipement mal conçu sur le plan hygiénique ne pouvait pas se nettoyer et se désinfecter correctement et par conséquent il valait mieux l’écarter ; cela étant il y en a encore beaucoup qui ne savent pas cela.

On savait qu’une tour de séchage de poudre de lait infantile contaminée depuis un certain temps par Salmonella ne pouvait plus être nettoyer, du fait du caractère persistant de la bactérie dans l’environnement et les produis, et donc, il valait mieux fermer cette tour de séchage,

On savait aussi que Listeria a fait fermer plus d’un atelier de fabrication, voire même plus d’une entreprise alimentaire, ici et là, ont été victimes financièrement des dégâts liés à une contamination récurrente, pour ne pas dire persistante, de Listeria monocytogenes …

De même il n’est pas nouveau que des bactéries puisse être présentes dans des désinfectants, parfois même certaines bactéries utilisent le désinfectant comme substrat, les bactéries deviennent accrocs au désinfectant, un peu comme comme certains avec une drogue …

Voici donc ici à grande échelle le cas de cette usine ANIOS …

« Contamination dans une usine de désinfectant. », Eh bien non, ce n’est pas un gag, ne pas tenir compte de l’effet néfaste de certaines bactéries pourtant bien connues va faire rencontrer de très gros problèmes de contamination, surtout quand il s’agit de circuits fermés.

L'usine Anios de Sainghin-en-Mélantois est à l'arrêt depuis ce jeudi matin. En cause, une contamination détectée dans des lots de produits utilisés par des hôpitaux. L'origine de la contamination serait liée au réseau d'eau de l'usine.

« Nous avons identifié la présence, dans certains de ces produits, de bactéries gram négatif, respectivement Burkholderia cepacia et Pseudomonas oryzihabitans. Ces bactéries se trouvent dans l’eau et les sols » ,confirme Anios dans un communiqué. Ces deux bactéries présentent un risque très faible pour la population générale. Cependant les patients immunodéprimés sont à plus haut risque d’infection. Nous sommes en train d’informer les clients qui ont reçu ces produits de notre décision de procéder à leur rappel. »

Le communiqué de l’agence du médicament (ANSM) du 7 novembre 2019 indique que « Les désinfectants Surfa’safe premium et Opaster Anios des Laboratoires Anios ne doivent plus être utilisés »

Ce qui est en cause sont des bactéries :

Ces bactéries sont des germes naturellement présents dans l’environnement (dans l’eau notamment). Il s’agit de bactéries « opportunistes », c’est-à-dire susceptibles de provoquer une infection chez des personnes immunodéprimées. Le risque d’infection pour la population générale est très faible.

Surfa’safe premium est un désinfectant largement utilisé dans le milieu médical (hôpitaux, cabinets médicaux, etc …) pour la désinfection des surfaces et des dispositifs médicaux non invasifs. Opaster Anios est un désinfectant de haut niveau pour la désinfection des dispositifs médicaux invasifs notamment du matériel chirurgical. Son utilisation est très limitée en France.

Des tests microbiologiques sont actuellement réalisés par les Laboratoires Anios sur l’ensemble de leurs produits et pourront conduire à d’autres rappels si des bactéries sont identifiées. Les premiers résultats sur une vingtaine de lots n’ont pas mis en évidence la présence de bactéries.

L’origine de la contamination serait liée au réseau d’eau de l’usine. Les Laboratoires Anios procèdent à une désinfection des circuits d’eau. Dans ce contexte, la production est suspendue, ainsi que la distribution de tous les produits issus de l’usine Sainghin en Mélantois. Un redémarrage de l’usine ne pourra être envisagé qu’après vérification de la résolution du problème par l’ANSM.

Selon France 3 région,

La décontamination de l'usine de Sainghin-en-Mélantois a débuté ce jeudi. « Nous avons aussi mis en place de nouveaux protocoles d’hygiène pour assurer la sécurité des produits en provenance de notre usine de Sainghin-en-Mélantois. »

Néanmoins, « dans l'attente de la fin des investigations sur les autres produits Anios, l'agence recommande par précaution et dans la mesure du possible, de privilégier l'usage d'autres marques que ceux la gamme Anios pour les patients ayant un système immunitaire affaibli (sous chimio, greffés, atteints de mucoviscidose, en séjour prolongé en réanimation ou en néonatologie...) », indique à l'AFP Thierry Sirdey, directeur des dispositifs médicaux à l'ANSM.​​​​​​​

Problème de nettoyage ?

« Le nettoyage n'a sans doute pas été bien fait »,affirme une source interne à l'usine. Une erreur dans le protocole d'entretien de l'usine, ça arrive mais ça a des conséquences graves. L'arrêt devrait durer au moins un mois. » Une information que ne confirme pas le service communication d'Anios.

S’agit-il d’un problème de biofilm bien connu dans les circuits fermés, et avec ce type de germes ? Y a t-il eu des travaux récents dans cette installation ou à proximité ? Une validation du nettoyage en place a-t-elle été faite annuellement ?

Autre conséquence possible : des problèmes d'approvisionnement pour les hôpitaux. Les 220 salariés ne savent pas encore ce qu'ils vont faire dans le mois qui vient.

L'usine Anios appartient au groupe américain Ecolab.

La vie est meilleure avec des mains propres !

Le CDC des Etats-Unis lance une nouvelle campagne, « Life is Better with Clean Hands », La vie est meilleure avec des mains propres ...

Cette campagne du CDC a été lancée à l’occasion de la Journée mondiale du lavage des mains le 15 octobre 2019.

Voici quelques éléments extraits de cette campagne très pédagogique et ça vaut vraiment le coup d’aller jeter un peu plus qu’un coup d’oeil ...

Le CDC a lancé ‘Life is Better with Clean Hands’ ou ‘La vie est meilleure avec des mains propres’, une nouvelle campagne nationale conçue pour motiver les adultes à intégrer les mains propres à leur quotidien.

Les ressources de la campagne sont conçues pour aider à sensibiliser l’opinion à l’importance du lavage des mains à des moments clés dans les maisons et les lieux publics, par exemple avant la cuisson ou après l’utilisation des toilettes. Téléchargez-les et partagez-les pour faire passer le message et encourager le lavage des mains au sein de votre communauté.

Le lavage des mains peut aider à prévenir des maladies. Il comporte cinq étapes simples et efficaces (mouiller, mousser, frotter, rincer, sécher) pour réduire la propagation des maladies diarrhéiques et respiratoires et vous permettre de rester en bonne santé. Le lavage régulier des mains, en particulier avant et après certaines activités, est l’un des meilleurs moyens d’enlever des germes, d’éviter des maladies et de prévenir la propagation des germes à d’autres. C’est rapide, simple et cela peut nous empêcher de tomber malade. Le lavage des mains est une victoire pour tout le monde, sauf pour les germes.

En savoir plus sur quand et comment se laver les mains, sur l’importance d’utiliser de l’eau et du savon, et sur ce que vous pouvez faire si vous ne disposez pas d’eau courante, ni de savon. Que vous soyez à la maison, au travail, en voyage ou déjà malade, découvrez comment une bonne hygiène des mains peut vous protéger, ainsi que votre famille et les autres.

Utilisez un désinfectant pour les mains si vous ne pouvez pas utiliser de savon ou d’eau. 

Se laver les mains à l'eau et au savon est le meilleur moyen de se débarrasser des germes dans la plupart des situations. Si vous ne disposez pas facilement d’eau et de savon, vous pouvez utiliser un désinfectant pour les mains à base d’alcool contenant au moins 60% d’alcool. Vous pouvez savoir si le désinfectant contient au moins 60% d’alcool en consultant l’étiquette du produit.

Les désinfectants peuvent rapidement réduire le nombre de germes présents sur les mains. cependant,

• Les désinfectants ne se débarrassent pas de tous les types de germes.
• Les désinfectants pour les mains peuvent ne pas être aussi efficaces lorsque les mains sont visiblement sales ou graisseuses.
• Les désinfectants pour les mains peuvent ne pas enlever les produits chimiques dangereux des mains, comme les pesticides et les métaux lourds.

Comment utiliser un désinfectant pour les mains?

• Appliquez le gel de produit sur la paume de la main (lisez l'étiquette pour connaître la quantité exacte).
• Frottez-vous les mains.
• Frottez le gel sur toutes les surfaces de vos mains et de vos doigts jusqu'à ce que vos mains soient sèches. Cela devrait prendre environ 20 secondes.

Facteurs de risque de développement d'infections gastro-intestinales, cutanées ou respiratoires aiguës après la participation à une course d’obstacles et de boue

Voici une étude parue dans Eurosurveillance concernant les « Facteurs de risque de développement d'infections gastro-intestinales, cutanées ou respiratoires aiguës après la participation à une course d’obstacles et de boue aux Pays-Bas en 2017 ».

Le blog avait déjà consacré une série d’articles à ce sujet ici. Il existe aussi des variantes de ce type de courses avec des courses de vélo ...

Aux Pays-Bas, les courses d'obstacles, de boue et de survie (aux fins du présent document, collectivement appelées « courses d'obstacles ») sont de plus en plus populaires. Au départ, les coureurs entraînés ou professionnels étaient les principaux participants à ces courses, mais le sport est devenu une activité amusante pour les amis et la famille. Le nombre de participants augmente chaque année (de 13 000 en 2012 à plus de 250 000 en 2017). L'âge minimum de participation varie entre les courses d'obstacles; il est généralement basé sur la distance de la course et on peut être aussi jeune que 5 ans. En 2017, plus de 150 courses à obstacles ont été organisées aux Pays-Bas. Les courses à obstacles sont des courses dans lesquelles les participants rencontrent différents obstacles fabriqués en suivant un parcours prédéfini. Une course de boue est fondamentalement la même, mais comporte intentionnellement plus de boue. Les courses de survie combinent une course d'obstacles et une épreuve d'endurance; ceux-ci nécessitent plus de technique et de formation que les courses d'obstacles et sont souvent non commerciales par rapport aux courses d'obstacles et aux courses de boue.

Comme les participants aux courses d’obstacles doivent courir, ramper ou nager dans de l’eau et de la boue non traitées, le risque de blessure et de maladies infectieuses telles que les infections gastro-intestinales aiguës (IGA), les infections respiratoires (IR) et les infections cutanées (IC) peuvent être plus fréquentes dans ces courses comparées aux courses à pied plus conventionnelles.

Depuis 2010, de nombreux cas d’éclosions d'IGA ont été signalés à la suite de courses d'obstacles, de nage en eau libre et de vélo de montagne, et l'ingestion de boue ou d'eau au cours de ces courses était associée aux infections.

En Belgique et aux Pays-Bas, plusieurs cas de leptospirose ont été rapportés en 2015 après la participation à une course d'obstacles et aux Pays-Bas, un cas de tularémie a été lié à une course d'obstacles. Cependant, ces études ne fournissent aucune information sur les risques de maladies infectieuses et les facteurs de risque potentiels associés à la participation aux courses d'obstacles en général.

Bien qu’il existe des publications sur les éclosions à la suite d’une course d’obstacles, une approche plus systématique permettant d’identifier les facteurs de risque potentiels de ces événements fait défaut. La recherche sur les risques potentiels pour la santé liés à la course d'obstacles est donc justifiée et les résultats pourraient éventuellement appuyer des recommandations qui pourraient aider à améliorer encore la sécurité sanitaire et les mesures préventives lors de ces événements.

Cette étude a examiné les facteurs de risque potentiels de développer une IGA, une IR ou une IC, tels que l'ingestion accidentelle de boue/eau, le temps écoulé entre la fin de la course et le rinçage, ou le type de vêtement porté - après la participation à des courses d'obstacles aux Pays-Bas. Avec les résultats, nous visons à élaborer des recommandations préventives fondées sur des preuves pour les organisateurs et les participants des courses d'obstacles.

Au total, 17 courses d'obstacles effectuées sur 14 week-ends (d'avril à octobre 2017) aux Pays-Bas ont été incluses dans cette étude. Douze de ces courses se trouvaient dans les provinces du Brabant-Septentrional, deux dans la Zuid-Holland, deux dans la Gueldre et une dans le Limbourg. Les courses ont totalisé environ 30 000 participants, allant de 230 à 7 600 par course.

Problèmes de santé signalés

En total, 641 des 2813 répondants (22,8%) ont signalé des problèmes de santé (par exemple, maux de tête, maux d'estomac et vomissements) à la suite de leur participation à une course d'obstacles. Parmi ceux-ci, cinq ont découvert une tique pendant ou après la course, 156 (5,6%) ont reçu une blessure, 131 (4,7%) ont signalé une blessure (principalement au genou (n = 45) et à la cheville (n = 25)), deux répondants se sont fracturé un os et six se sont déchiré un muscle.

Dans les trois principaux problèmes de santé signalés (IGA, IR et IC), les femmes étaient plus susceptibles que les hommes de signaler des infections; IGA: 47 (68%) contre 22 (32%); RI: 68 (69%) vs 31 (31%); IC: 103 (69%) vs 47 (31%).

Discussion

À notre connaissance, il s'agit de la première étude sur l'incidence des IGA, IR et IC après la participation à une course d'obstacles, ainsi que sur les facteurs de risque. Peu de maladies infectieuses ont été signalées par les répondants dans le questionnaire de cette étude (dans 2,7% à 5,8% des répondants), ce qui suggère un faible risque d'infection après la participation à une course d'obstacles.

Le système de surveillance continue de la morbidité dans les soins de santé primaires a estimé qu'entre avril et octobre 2017, 2% de la population adulte néerlandaise avait consulté un médecin généraliste pour une IGA et 4% pour un IR; aucune donnée de soins primaires n'était disponible pour les IC. Bien que les incidences d'IGA et d'IR dans notre étude soient apparemment comparables à celles obtenues des soins primaires aux Pays-Bas, ces dernières ne reflètent que les maladies des personnes ayant consulté un généraliste et peuvent donc ne pas être généralisables à la population en général.

Dans cette étude, l’ingestion de boue était associée à une IGA, ce qui étayait les conseils actuellement donnés aux participants, c’est-à-dire qu’il fallait éviter de consommer de l’eau/de la boue en essayant de garder la bouche fermée lors des courses d’obstacles. Ce conseil est dû à des constatations similaires concernant le risque de maladies infectieuses observé lors d’autres investigations (épidémies) liées à des événements tels que l’eau ou la boue, par exemple des épreuves de vélo de montagne et de nage en ville. Nous reconnaissons que cela n’est pas toujours réalisable en raison de la forte demande en oxygène lors d’une activité intense.

Des études antérieures ont également mis en évidence un effet protecteur de l’alcool sur le risque de développer une IGA. Cet effet pourrait être attribué à l'éthanol et aux antioxydants ou à d'autres substances présentes dans les boissons alcoolisées. Cependant, comme nous n'avons pas collecté d'informations sur le nombre de boissons alcoolisées consommées par les participants, ni sur le moment où ils les ont consommés (c'est-à-dire avant, pendant ou après la course d'obstacles), l'association protectrice que nous avons trouvée doit être interprétée avec prudence.

Nous avons constaté que les répondants avec des allergies étaient plus à risque d'IGA en analyse multivariée et ceux ayant une maladie chronique autre que les allergies étaient plus à risque d'IR et d'IC en analyse univariée. Nous avons également constaté qu’une ou plusieurs maladies chroniques avaient un effet protecteur sur l’IGA. Ceci pourrait en partie s'expliquer par la définition non spécifique des maladies chroniques dans notre étude. Plusieurs maladies chroniques (eczéma et diabète, par exemple) ont été regroupées car le nombre de maladies signalées était trop faible pour être analysé séparément.

Un bon lavage des mains est une mesure très efficace pour la prévention des maladies infectieuses. Dans notre étude, nous avons constaté que les 13 courses d’obstacles ne disposaient pas d’installations de lavage des mains adéquates, par exemple: avec de l'eau courante, du savon et du papier essuie-mains. La nourriture a été distribuée lors de 14 courses d'obstacles et, comme il n'est pas pratique pour les participants de se laver les mains lors d'une course d'obstacles (et qu'ils soient probablement couverts de boue lorsque la nourriture est distribuée), les fruits non pelés et les aliments emballés peuvent constituer de meilleures options.

Forces et limites

En raison de la grande population étudiée et de l'inclusion de plusieurs obstacles différents, nous pensons que les résultats pourraient être pertinents pour d'autres événements présentant des conditions environnementales similaires. En outre, plusieurs parcours d'obstacles ayant été étudiés, les facteurs de risque identifiés peuvent être plus généralisables.

Cette étude présente plusieurs limites. Premièrement, il existe probablement un biais d'auto-sélection, les participants ayant développé des symptômes après une course d'obstacles étant plus susceptibles de prendre part à l'étude que ceux qui sont restés en bonne santé. Cela peut avoir entraîné une surestimation du taux d'attaque pour les GAI, IR et IC.

Deuxièmement, il peut exister un biais de rappel, les participants ayant reçu le questionnaire une semaine après leur participation à la course et l'exposition aux facteurs de risque potentiels ayant peut-être été mieux rappelée par les répondants ayant développé des symptômes. Même si ce biais devrait être minime, les risques relatifs et les facteurs de risque identifiés peuvent avoir été surestimés.

Troisièmement, il est connu que les femmes ont tendance à rapporter avoir une moins bonne santé que les hommes d'après des indicateurs de santé auto-déclarés, ce qui peut expliquer la forte incidence signalée chez les femmes d'IGA, d’IR et d’IC.

Quatrièmement, l’incidence des maladies infectieuses signalée dans cette étude a peut-être été surestimée, car tous les symptômes rapportés ne sont pas exclusifs de l’IGA, de l’IR et de l’IC. Par exemple, une maladie respiratoire peut survenir à cause d'allergies. Cependant, il n'a pas été possible de différencier les causes sous-jacentes de certains symptômes, ce qui aurait pu conduire à une surestimation de l'incidence de l’IGA, de l’IR et de l’IC dans cette étude. En outre, les répondants ont été interrogés sur les symptômes de maladies infectieuses apparus après la course d'obstacles, de sorte que les symptômes rapportés n'ont peut-être pas été causés par l'événement.

Cinquièmement, en raison de la conception de l'étude, les résultats des analyses microbiologiques n'ont pas été comparés à ceux d'un groupe témoin. Dans les études futures, toutefois, les échantillons de selles devraient être testés directement après l'apparition des symptômes et un groupe témoin devrait être inclus afin que les résultats puissent être comparés et utilisés dans le cadre d'une investigation sur une éclosion, le cas échéant.

Enfin, nous avons étudié les fréquences de maladie dans cette étude, mais des maladies telles que la tularémie et la leptospirose - qui ont une période d’incubation plus longue que celle requise pour remplir le questionnaire - n’auraient peut-être pas été perdues. Cependant, comme il s’agit de maladies rares aux Pays-Bas et que les symptômes ne sont pas largement reconnus, il est peu probable que ces maladies aient été identifiées même avec une période de temps plus longue allouée au questionnaire.

Conclusion

Notre étude suggère que le risque de contracter une AGI, IR ou IC après la participation à une course d'obstacles est faible. Cependant, le potentiel d'épidémies liées à de tels événements peut être élevé, comme on l'a vu dans des études antérieures.

Pour limiter la survenue d'épidémies et d'infections sporadiques, nous recommandons aux organisateurs de courses d'obstacles d'informer les participants des risques de maladies infectieuses et des mesures de prévention potentielles qu'ils pourraient prendre, par exemple. pratiquer une bonne hygiène des mains, ne pas participer s'ils sont malades, ne pas avaler de boue et se doucher immédiatement après la course.

En outre, nous recommandons que les organisateurs facilitent de manière adéquate ces mesures préventives, par exemple en installant des installations adéquates de lavage des mains et de douche et en ne distribuant que des aliments non pelés/emballés pendant la course d'obstacles.

Sur la base d'inspections visuelles, nous recommandons également aux organisateurs de respecter les consignes d'hygiène nationales concernant les toilettes et les douches autour du parcours d'obstacles.

Un dispositif basé sur un smartphone peut détecter norovirus

Un nouvel appareil sensible peut détecter des quantités infimes de norovirus dans l’eau. Crédit: American Chemical Society

« Un dispositif basé sur un smartphone peut détecter norovirus, le microbe des ‘navires de croisière’ », information diffusée par Phys.org via l'American Chemical Society.

Rendu infamant par les épidémies sur les navires de croisière, norovirus peut vraiment gâcher des vacances en provoquant de graves vomissements, de la diarrhée et des douleurs à l'estomac.

Mais le virus hautement infectieux peut aussi frapper plus près de chez vous, des épidémies d’origine alimentaire ou hydrique se produisant dans les réseaux d’approvisionnement en eau, les écoles et les restaurants. Aujourd'hui, des chercheurs ont signalé un appareil portable sensible capable de détecter une poignée de particules de norovirus dans l'eau.

Les chercheurs présenteront leurs résultats à la réunion et exposition nationales de l'automne 2019 de l'American Chemical Society (ACS).

« Il suffit d'un très petit nombre de particules de norovirus pour provoquer une infection chez l'homme, nous avons donc besoin d'une méthode de détection très sensible », a déclaré Jeong-Yeol Yoon, qui a dirigé l'équipe.

« En outre, les scientifiques ne sont pas en mesure de cultiver norovirus en laboratoire et les anticorps disponibles contre l'agent pathogène ne sont pas très puissants. »

En conséquence, la détection de très petites quantités de norovirus dans des échantillons d’eau ou d’aliments implique généralement une méthode basée sur la PCR, qui prend plusieurs heures et doit être réalisée dans un laboratoire par du personnel qualifié.

Dans des travaux antérieurs, Yoon et ses collègues de l'Université de l'Arizona ont mis au point un appareil basé sur un smartphone qui pourrait détecter de faibles niveaux de norovirus en mesurant la lumière diffusée par des billes de polystyrène liées au virus dans une puce microfluidique en papier.

« Même si notre limite de détection était vraiment faible, le problème était que le norovirus peut être contagieux à des concentrations encore plus faibles », a déclaré Yoon.

« Lorsque nous avons parlé de ce travail lors de conférences, nous avons reçu le retour suivant: nous devons fournir une méthode encore plus simple permettant de détecter des concentrations de virus beaucoup plus faibles. »

L'équipe est donc retournée au laboratoire et a mis au point une nouvelle approche utilisant la fluorescence, plutôt que la diffusion de la lumière, pour détecter norovirus.

Les chercheurs ont converti un smartphone ordinaire en microscope à fluorescence en fixant un accessoire de microscope optique disponible dans le commerce, une source lumineuse séparée et deux filtres passe-bande.

À un canal de leur puce microfluidique en papier, ils ont ajouté un échantillon d'eau contenant du norovirus. Ensuite, les chercheurs ont ajouté une suspension de billes fluorescentes contenant des anticorps anti-norovirus.

L'action capillaire du papier a provoqué l'écoulement et le mélange des deux liquides. Chaque particule de norovirus se lie à plusieurs perles fluorescentes par l’intermédiaire des anticorps qui leur sont attachés, ce qui provoque l’agrégation des perles et la production d’une image fluorescente beaucoup plus grande.

L’équipe a pris des photos de la puce avec leur microscope à fluorescence sur smartphone et une application a calculé les concentrations de norovirus à partir du nombre de pixels des images.

« La limite de détection la plus basse correspondait à environ 5 ou 6 particules de norovirus par échantillon, donc elle est très proche du niveau de la particule virale unique », a déclaré Yoon. Parce que seulement 10 particules virales peuvent causer des maladies chez l'homme, la nouvelle méthode est suffisamment sensible pour des applications pratiques.

Récemment, Yoon et ses collègues ont rendu le système plus compact et plus portable, en enfermant le microscope à fluorescence, la source de lumière et les filtres optiques dans un boîtier imprimé en 3D. Ils ont également développé une application d'informatique sur un cloud pour analyser les grandes images et renvoyer les résultats au smartphone. En outre, ils ont trouvé un moyen de concentrer les échantillons dans la puce de papier afin d'analyser des volumes d'échantillons beaucoup plus importants.

L’appareil pourrait détecter des quantités infimes de norovirus dans l’eau purifiée et dans les eaux usées récupérées, qui sont très sales. L'eau du robinet, d'autre part, était sujette à l'erreur.

« Nous pensons que le chlore dans l'eau du robinet affecte l'analyse », a déclaré Yoon. « Nous ne pensons pas qu'il soit difficile de traiter l'eau pour éliminer le chlore avant d'appliquer notre méthode. »

Yoon envisage que le personnel des systèmes d’approvisionnement en eau des villes utilise l’appareil et l’application pour détecter la présence de norovirus dans les réserves d’eau. Pour analyser l'utilisation du test sur le terrain, l'équipe collabore avec Kelly Reynolds du même établissement, ainsi qu'avec Tucson Water.

À présent, Yoon et ses collègues s’emploient à utiliser leur smartphone pour diagnostiquer les infections à norovirus chez les patients à un stade plus précoce que ce qui est actuellement possible.

Pour ce faire, ils prévoient d'analyser des prélèvements de selles. « Lorsque norovirus atteint des niveaux détectables par d'autres méthodes, la personne est déjà gravement malade », a déclaré Yoon.

« Mais si nous pouvons détecter le virus plus tôt, ils pourront recevoir des soins médicaux plus rapidement. »

Une détection précoce peut également contribuer à freiner la propagation de la maladie dans des zones isolées et surpeuplées telles que les navires de croisière, où la distinction entre un dérangement gastrique et une infection à norovirus peut guider les efforts de quarantaine ou accélérer le transfert d'un passager au port pour traitement.

Mise à jour du 13 septembre 2019. On lira dans Food Safety News, Researchers develop method to detect low levels of norovirus.

Investigation d’une épidémie de gastro-entérites aiguës d’origine hydrique en mars 2016 en Isère

Je reproduis ci-après la conclusion de la remarquable et passionnante investigation qui relate un certain nombre d’actions correctives à la suite d’une importante épidémie localisée de gastro-entérites aiguës virales d’origine hydrique. C'est à lire ... et bravo l'InVS!

Cette épidémie dont l’alerte à l’ARS a été tardive a fortement marqué les habitants des deux communes du fait de son ampleur, de sa sévérité et de la situation de crise qu’elle a générée.

Cet événement pourra permettre d’appuyer les actions de sensibilisation des parties prenantes (exploitants, professionnels de santé, gestionnaires de collectivité) au signalement telles que préconisées dans le guide d’investigation des épidémies liées à l’ingestion d’eau de distribution. 

Les résultats des enquêtes épidémiologiques, microbiologiques et environnementales viennent confirmer l’origine hydrique de l’épidémie de gastro-entérites aiguës survenue en mars 2016 à Vif et Le Gua. L’étude épidémiologique complétée par l'enquête auprès des données de l'assurance maladie a permis d’apprécier son ampleur et son impact sanitaire sur la population de Vif et Le Gua. 

Au total, il est estimé que 26% de la population de Vif et Le Gua ont été touchés soit environ 2600 cas de GEA dont 35% d’enfants. 

L'épidémie d'ampleur de mars 2016 a donc été causée par l'ingestion d'une eau non désinfectée contenant des virus entériques pathogènes d'origine humaine. L’enquête a montré un défaut de surveillance des installations de traitement et de la teneur en désinfectant dans l'eau distribuée associés à une ressource en eau très vulnérable et dont le bassin d’alimentation était insuffisamment connu. En particulier, le rejet de la station d’épuration des eaux usées d’un hameau participait à alimenter la ressource en eau. Ce point de rejet a été depuis déplacé. 

Une inspection menée par l’ARS a montré que depuis l'épisode épidémique, l'exploitant des installations a considérablement amélioré son système de surveillance et de gestion des installations de production et de distribution d'eau, permettant de garantir la distribution d'une eau de qualité microbiologique conforme. 

Compte-tenu de la vulnérabilité importante des captages de l’Echaillon et de la forte attente de la population, la communauté d’agglomération de Grenoble a décidé de rechercher une autre ressource en eau malgré les coûts importants associés. Un forage a été créé dans la nappe alluviale du Drac au niveau de la réserve naturelle régionale des Îsles sur la commune de Vif. Sa mise en service progressive en 2018 a permis de remplacer totalement les captages de l’Echaillon qui sont toutefois conservés comme ressource de secours. 

Concernant les virus entériques, il est noté

Le typage des virus effectué après séquençage par le CNR a montré que les souches de rotavirus étaient de type G1P(8) et celles de norovirus étaient de type GII-17. Les souches étaient par ailleurs toutes identiques, confirmant une source d'exposition commune.

Ces analyses ont montré pour un certain nombre de patients une co-contamination par deux virus entériques (rotavirus, norovirus) voire une contamination par 3 virus pour une coproculture (rotavirus, norovirus et sapovirus). 

Le réservoir de ces souches de norovirus et de rotavirus est strictement humain excluant l’hypothèse d’une contamination d’origine animale.

Référence.

Yvon JM, Vincent N, Bourrin S. Investigation d’une épidémie de gastro-entérites aiguës d’origine hydrique à Vif-Le Gua, Isère, mars 2016. Saint-Maurice : Santé publique France, 2019. 59 p.

NB : La photo est issu de ce site d'information.