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mardi 6 juin 2023

Un nouveau rapport souligne l'importance des microbes dans la modélisation du changement climatique 

Un nouveau rapport souligne l'importance des microbes dans la modélisation du changement climatique, souce American Society for Microbiology (ASM).

L'American Academy of Microbiology, un groupe de direction honorifique et un groupe de réflexion scientifique au sein de l'American Society for Microbiology (ASM), a publié un nouveau rapport issu d’un colloque, Microbes in Models: Steps for Integrating Microbes into Earth System Models for Understanding Climate Change, examinant les défis liés à l'inclusion explicite des processus microbiens dans les modèles du système terrestre afin d'améliorer les projections des modèles. 

Les modèles climatiques aident les scientifiques à comprendre les changements environnementaux actuels et à faire des projections pour l'avenir de la Terre, ce qui peut éclairer les réponses de la société aux effets négatifs du changement climatique. Les microbes influenceront également le changement climatique en entraînant des cycles biogéochimiques par la consommation et la production de gaz à effet de serre. L'inclusion de processus microbiens dans les modèles du système terrestre peut améliorer les projections des modèles.   

Le Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC) a récemment signalé que «les impacts et les risques liés au changement climatique deviennent de plus en plus complexes et plus difficiles à gérer». Avec environ 3,3 à 3,6 milliards de personnes vivant dans des zones très vulnérables au changement climatique, les modèles du système terrestre aident à affiner la complexité du changement climatique en termes plus gérables pour guider les stratégies de planification et les mesures d'atténuation pour faire face à la menace pressante du changement climatique pour l'humanité.

Cependant, comprendre pleinement la rétroaction entre le changement climatique et les microbes, puis inclure ces processus dans les modèles du système terrestre, est un défi majeur. Le rapport décrit les 10 principaux défis qui doivent être surmontés pour mieux intégrer les processus microbiens dans les modèles du système terrestre. Les principaux défis de la recherche comprennent :  

- Compromis dans la complexité du modèle.  
- Identification des groupes fonctionnels microbiens.    
- Échelle temporelle et spatiale des microbes versus modèles globaux.  
- Harmonisation des données.  

Ce rapport est le résultat du colloque organisé par l'Académie en décembre 2022. L'événement a réuni plus de 25 experts des domaines de la microbiologie et de la modélisation climatique qui ont fourni des perspectives et des idées à multiples facettes. Ce colloque fait partie du Climate Change & Microbes Scientific Portfolio sur 5 ans, axé sur l'amélioration des connaissances scientifiques sur le changement climatique et les microbes, l'élaboration de politiques sur le changement climatique et la conduite d'innovations sur le marché.  

En savoir plus sur l'impact des microbes sur le changement climatique sur la page de ressources Microbes and Climate Change de l'American Society for Microbiology . 

lundi 30 janvier 2023

Comment les microbes éliminent-ils les déchets radioactifs ?

Je dédie cet article aux soi disant antinucléaires.

«Comment les microbes éliminent-ils les déchets radioactifs ?», source ASM News.
Les éléments radioactifs émettent un spectre d'émissions ionisantes qui nuisent aux humains.

Heureusement, de nombreux genres de microbes environnementaux possèdent un éventail de défenses biophysiques et biochimiques qui peuvent aider. Ces défenses permettent à certains micro-organismes de résister aux émissions radioactives et de nous protéger de l'empoisonnement lié aux radiations, du cancer et d'autres maladies qui se manifestent par l'exposition humaine aux déchets radioactifs. L'examen des sources et des propriétés caractéristiques des déchets radioactifs permettra d'expliquer les mécanismes par lesquels ces bactéries affrontent les éléments et nous protègent des maladies.

Propriétés et sources des déchets radioactifs
Les déchets radioactifs proviennent de nombreuses sources, y compris les opérations militaires (telles que la fabrication d'armes nucléaires), l'extraction de l'uranium, les effluents des centrales électriques et les laboratoires médicaux et de recherche. Les déchets radioactifs sont remplis d'éléments persistants instables ou radionucléotides, qui émettent des rayonnements ionisants lors de leur désintégration. Les éléments radioactifs n'ont pas d'isotopes stables, ont des poids moléculaires élevés et appartiennent à des groupes tels que les actinides. Ils sont instables parce que leurs atomes se désintègrent spontanément, émettant à la fois des particules et de l'énergie lorsqu'ils se transforment en formes plus stables. Par exemple, sur des milliards d'années, les éléments radioactifs uranium (U) et thorium (Th) se désintègrent respectivement en radium (Ra) et radon (Rn). Au cours de ce processus de désintégration, les éléments radioactifs émettent des rayonnements ionisants. L'énergie libérée par ce processus est si forte qu'elle arrache les électrons des atomes et des molécules, les ionisant. A des doses suffisamment élevées, ces rayonnements ionisants provoquent des dommages cellulaires aux tissus et organes vivants.

Bien que ces composés aient de nombreuses utilisations bénéfiques dans la recherche, la médecine et l'industrie, les déchets radioactifs peuvent être très destructeurs s'ils ne sont pas correctement isolés et éliminés ou confinés.

Décontamination bactérienne
Bien qu'il existe de nombreuses façons d'éliminer les déchets radioactifs, les méthodes biologiques, en particulier la décontamination (ou bioremédiation) par des bactéries, sont souhaitables car elles sont plus respectueuses de l'environnement que d'autres méthodes.

Compte tenu de leur milliard d'années sur la planète, les bactéries ont développé des approches magistrales et diverses pour minéraliser, métaboliser et autrement transformer des composés dangereux en sous-produits inoffensifs. Étant donné que le rayonnement ionisant dangereux émane de l'élément atomique lui-même, la conversion d'un composé radioactif en une molécule différente n'éliminera pas les effets délétères. Pourtant, une armée de genres microbiens a été isolée de sites de déchets radioactifs. Comment survivent-ils ?

Les micro-organismes utilisés pour la décontamination de déchets radioactifs démontrent une tolérance ou une résistance à la radioactivité et peuvent même désarmer les effets toxiques des déchets radioactifs en séquestrant les éléments radioactifs par des processus de biosorption et de biominéralisation, ou par transformation redox directe et indirecte.
N’hésitez pas à lire la suite de cet article passionnant qui se poursuit sur les 4 stratégies utilisées par les micro-organismes pour dépolluer les déchets radioactifs. 1. bioréduction 2. biominéralisation (bioprécipitation) 3. biosorption 4. bioaccumulation.

L’article se termine avec des paragraphes sur la valorisation des déchets radioactifs et tirer parti des stratégies microbiennes.

NB : Image Wikipédia.

mardi 15 novembre 2022

Attention aux plastiques !

Le dernier numéro de Microcosm, le magazine numérique réservé aux membres de l'American Society for Microbiology (ASM), sort le 18 novembre ! En attendant, le numéro du printemps 2022 est en accès libre.  

Le thème de ce nouveau numéro est «Water Microbiology : Bringing microbes to the surface» (Microbiologie de l'eau : Faire remonter les microbes à la surface).

Voic un article parmi d’autres et qui s’intitule «Beware the plastics» (Attention aux plastiques) par Geoff Hunt, qui est responsable du programme de sensibilisation du public à l'American Society for Microbiology.

Nous vivons dans un monde de plastique. Plus de 400 millions de tonnes de matières, utilisées dans des matériaux allant des emballages aux dispositifs médicaux en passant par les pièces automobiles, sont désormais produites chaque année. Cette quantité stupéfiante de pollution a un impact délétère sur l'environnement, les chaînes alimentaires, la prévention des maladies et l'économie mondiale. Le plastique est un danger pour la santé des animaux marins, une toxine potentielle pour les humains et une présence perturbatrice pour le commerce maritime. Quel rôle la communauté de la microbiologie peut-elle jouer pour aider à améliorer et finalement résoudre ce défi ?

Combien en faut-il?
Moins de 10% des matières plastiques finissent par être recyclées. Le reste est soit dans des décharges à travers le monde, soit encombre les environnements marins de la planète. Les plastiques se décomposent par plusieurs voies, y compris la décomposition physique, les réactions chimiques et la biodégradation par les microbes. Au fur et à mesure que le plastique se dégrade et se décompose sur terre, il finit par se retrouver dans les flux de déchets et les eaux souterraines, avant d'être transporté par les rivières vers les océans du monde. Le plastique a été signalé pour la première fois dans les océans en 1972 ; 50 ans plus tard, la quantité de plastique entrant dans la mer est estimée entre 5 et 13 millions de tonnes métriques par an.

L'attention générale liée à la pollution plastique marine a tendance à se concentrer sur les «îlots de déchets» visibles. L'exemple le plus notoire est le «Great Pacific Garbage Patch» (GPGP), situé dans l'océan Pacifique et dont la taille (et la croissance) est estimée à environ 1,6 million de km2. Cependant, ces poches observables ne font qu'effleurer la surface du problème. Des études estiment qu'à peine 0,5 % du plastique aqueux se trouve à la surface de l'océan. Tout comme un iceberg, le volume en vrac se trouve soit sous la surface, soit s'est sédimenté au fond de l'océan.

Assez effrayant, toutes ces estimations, qui sous-estiment sûrement la véritable ampleur du problème, ne tiennent pas non plus compte des microplastiques, des particules de plastique de moins de 5 millimètres de diamètre. Générés principalement par la fragmentation et la décomposition d'articles en vrac comme les bouteilles d'eau, les sacs en plastique et les pneus d'automobile, ces polluants invisibles sont exponentiellement plus difficiles à détecter et à éliminer en raison de leur petite taille.

Micro-problèmes
Les microplastiques dans l'océan créent également des surfaces artificielles auxquelles les microbes peuvent s'adsorber. Les chercheurs s'efforcent de caractériser la nature de ces interactions, et les résultats sont loin d'être concluants. Plusieurs rapports ont montré que différents types de surfaces microplastiques aqueuses attirent différentes espèces microbiennes, avec des colonies microbiennes distinctes se trouvant entre les surfaces en polyéthylène, polystyrène et polypropylène.

D'autres recherches montrent soit aucun effet de la composition microplastique sur la composition de la communauté microbienne adhérente, soit attribuent des effets à la morphologie microplastique plutôt qu'à la composition. Dans certaines études, une signature microbienne géographique distincte a été observée en fonction de l'endroit où les échantillons de microplastiques ont été collectés ; dans d'autres, aucune différence n'a été signalée dans la composition de la surface microbienne adhérente entre les différents sites d'échantillonnage.

Une question peut-être plus importante est la suivante : que font les microbes sur ces surfaces microplastiques ? Une préoccupation croissante au sein de la communauté scientifique est que les microplastiques trouvés dans les plans d'eau peuvent fournir de nouvelles plateformes pour la formation de biofilms. Malheureusement, cette peur semble se jouer. Un rapport récent a démontré que les bactéries se rassemblant sur les microplastiques aquatiques se livraient à des quantités accrues de transferts horizontaux de gènes par rapport aux bactéries libres ou aux microbes se rassemblant sur les surfaces naturelles. L'implication évidente, sur laquelle spéculent les auteurs, est que ce comportement conduira à une propagation accrue des gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM), déjà un défi majeur relevé par la communauté de la microbiologie.

Comment répondre ?
Avec autant d'acteurs différents et des résultats aussi variables provenant du monde entier, une première étape cruciale pour le domaine serait de s'entendre sur des méthodologies communes qui pourraient être utilisées pour mener des expériences sur le comportement microbien lié aux plastiques. Comme le souligne la Dr Nicole Fahrenfeld, professeur agrégé de génie civil et environnemental à l'Université Rutgers, «si nous avons un contaminant (c'est-à-dire un microplastique) qui peut se déplacer vers tous ces différents endroits, il serait utile de avoir des normes universelles afin de collecter des informations à travers le monde.

Malheureusement, selon Fahrenfeld, «les méthodes d'échantillonnage et d'analyse des microplastiques eux-mêmes sont encore en développement». Étant donné que les méthodes actuelles de surveillance, d'étude et de notification de ces phénomènes ne sont pas cohérentes d'un lieu et d'une institution à l'autre, «il existe un assez large éventail d'informations dans les bases de données sur l'occurrence des microplastiques», a dit Fahrenfeld.

Le simple fait d'améliorer les efforts de communication ne suffira pas. La lutte contre la propagation de la RAM induite par les microplastiques nécessitera d'aller au-delà des efforts actuels de recherche de nouveaux antibiotiques. Le sentiment d'urgence qui se profile autour de cette question aux multiples facettes suggère la nécessité d'une approche plus radicale. Une idée est d'expérimenter le déploiement sélectif de microbes génétiquement modifiés qui pourraient potentiellement supplanter les organismes pathogènes.

Elise Phillips, chercheuse à l'Université du Tennessee à Knoxville, suggère de «passer à l'application réelle des connaissances» sur les organismes responsables de la propagation des gènes de la RAM, en particulier ceux retrouvés adsorbés sur les microplastiques. «Comment», a-t-elle demandé, «utilisons-nous ces communautés ou les modifions-nous de manière à nous aider à résoudre le problème» de la propagation de la RAM induite par les microplastiques ? Phillips suggère que les chercheurs étudient cette piste d'enquête comme un moyen de lancer la recherche de solutions potentielles.

Mettre les microbes au travail
De telles approches radicales de résolution de problèmes ont déjà lieu dans d'autres domaines et visent à éliminer le plastique qui existe déjà tout en minimisant (ou en modifiant) la production de nouveaux produits en plastique. Une grande partie de la recherche se concentre actuellement sur la caractérisation et l'application d'enzymes microbiennes pour décomposer les plastiques, en particulier le polyéthylène téréphtalate (PET) largement utilisé. Par exemple, un rapport de 2016 par des chercheurs au Japon a identifié deux enzymes, la PETase et la MHETase, capables de décomposer le PET en molécules pouvant être métabolisées par différents microbes.
Cependant, la dégradation microbienne des plastiques, qui dépend d'une grande variété de facteurs biologiques, chimiques et environnementaux, est très variable en termes d'efficacité. Le simple fait de permettre à ce processus de se dérouler naturellement ne supprimera pas la pollution plastique à une échelle ou sur une période de temps qui permettrait aux humains de poursuivre leur mode de vie. Au lieu de cela, les microbiologistes travaillent dur pour trouver des moyens de faire passer ce processus à la vitesse supérieure. Les chercheurs intensifient leurs efforts pour identifier des microbes jusque-là inconnus et de nouvelles enzymes qui peuvent contribuer au processus de biodégradation. Pendant ce temps, d'autres scientifiques utilisent l'apprentissage automatique pour concevoir de nouvelles enzymes de biodégradation qui peuvent être déployées à grande échelle.
Accélérer les choses
Malheureusement, la science évolue lentement et ses découvertes et solutions ont tendance à avoir une portée limitée au-delà de la communauté scientifique sans interventions externes. C'est là que la politique entre en jeu. L'adoption de politiques fondées sur la science, que ce soit au niveau local, national ou international, peut avoir un impact significatif en sensibilisant la masse à un problème et en effectuant rapidement des changements à grande échelle.

Un exemple de politique simple, mais efficace, qui a eu un impact énorme sur la pollution plastique a été la mise en œuvre de lois fiscales sur les sacs en plastique. Les municipalités du monde entier ont institué des réglementations qui facturent aux consommateurs un montant nominal (généralement de l'ordre de 0,05 $ à 0,10 $) pour chaque sac en plastique qu'ils utilisent lors de leurs achats. Bien que le coût soit faible, la simple pensée de devoir payer pour un sac est apparemment suffisante pour induire un changement de comportement généralisé. Des études indiquent que les taxes adoptées à Chicago ont entraîné une réduction de 30 % de l'utilisation des sacs en plastique, tandis qu'une politique similaire adoptée dans le comté de Montgomery, dans le Maryland, a entraîné une baisse de 42 %. D'autres recherches montrent que la mise en place de taxes sur les sacs est corrélée à une diminution significative du volume de sacs en plastique collectés des voies navigables municipales, ce qui donne à penser que les taxes fonctionnent comme prévu.

Un changement de politique de haut niveau est également en cours. En mars 2022, les Nations Unies ont annoncé que 175 pays travailleront à l'élaboration d'un accord juridiquement contraignant pour mettre fin à la pollution plastique. Les signataires chercheront à promouvoir la production et la consommation durables de plastiques, à améliorer le développement d'outils complets de mesure et de rapport sur la pollution plastique et à mettre en œuvre des efforts d'éducation et de sensibilisation aux niveaux national et international. De tels accords internationaux ont fonctionné dans le passé. Le modèle le plus notable (et le plus réussi) est le Protocole de Montréal de 1987, qui a défini des mesures concrètes, telles que l'élimination progressive de l'utilisation des hydrochlorofluorocarbures, qui ont mis la planète sur la bonne voie pour avoir une couche d'ozone entièrement restaurée d'ici 2050.

En dehors du laboratoire et au-delà de l'arène politique, les microbiologistes peuvent contribuer par leurs actions personnelles. Les étapes potentielles comprennent l'utilisation de moins de produits en plastique, en veillant à recycler lorsque cela est possible et en participant à des journées de nettoyage qui éliminent les déchets de l'environnement et empêchent les plastiques de pénétrer dans l'approvisionnement en eau en premier lieu.

Nettoyer le problème du plastique de la Terre peut sembler insoluble, mais des solutions réalisables sont à portée de main, en particulier à travers le prisme de la recherche microbiologique. Les membres de la communauté de la microbiologie ont la capacité et la responsabilité de faire leur part en tant que scientifiques et en tant que citoyens pour relever et finalement surmonter le défi de la pollution plastique.

mercredi 20 avril 2022

Un nouveau rapport montre le rôle essentiel que jouent les microbes dans le changement climatique

«Un nouveau rapport montre le rôle essentiel que jouent les microbes dans le changement climatique», source ASM News du 20 avril 2022.

L'American Society for Microbiology (ASM) a publié un nouveau rapport, Microbes and Climate Change: Science, People, & Impacts, examinant la relation entre les microbes et le changement climatique. En tant que principaux moteurs des cycles élémentaires et producteurs et consommateurs de 3 des gaz responsables de 98% de l'augmentation du réchauffement climatique (dioxyde de carbone, méthane et protoxyde d'azote), les microbes ont un impact crucial sur le changement climatique et sont, à leur tour, impactés par cela. Pour bien comprendre comment s'adapter au changement climatique, il est essentiel de savoir comment notre changement climatique affectera les microbes et comment ils se rapportent aux humains et à l'environnement.

L'Organisation mondiale de la santé a identifié le changement climatique comme «la plus grande menace pour la santé de l'humanité en 2021», ayant des effets néfastes sur la qualité de l'eau, la sécurité des aliments et les économies mondiales. De plus, un récent rapport du Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC) a révélé des changements Le climat de la Terre dans toutes les régions du monde, notant l'ampleur et la vitesse sans précédent du réchauffement de la surface de la planète au cours des 200 dernières années.

«Pour un problème aussi complexe que le changement climatique, nous avons besoin d'approches novatrices, de nouveaux outils et d'états d'esprit non conventionnels», a déclaré Arturo Casadevall, président des gouverneurs de l'Académie de l'American Society for Microbiology. «De plus, nous devons encourager les partenariats entre divers scientifiques, décideurs et entrepreneurs, et encourager l'innovation pour exploiter le pouvoir des microbes, qui sont essentiels pour lutter contre le changement climatique.»

«Le nouveau rapport du colloque de l'ASM souligne que dans la recherche de solutions au changement climatique, nous, en tant que société et communauté scientifique, avons de nouvelles opportunités d'utiliser les microbes à notre avantage», a déclaré Nguyen K. Nguyen, directeur de l’Académie américaine de microbiologie de l'ASM.

Ce rapport est le résultat du colloque de novembre 2021 de l'ASM, qui a réuni plus de 30 experts de diverses disciplines et secteurs qui ont fourni des perspectives et des idées à multiples facettes. L'Académie américaine de microbiologie, le think thank scientifique au sein de l'ASM, a convoqué le colloque.

Un article complémentaire, Microbes and Climate Change, a Research Prospectus for the Future, a été publié cette semaine dans la revue en libre accès de l'ASM, mBio. L’article de mBio s'appuie sur les concepts discutés lors de la réunion du colloque de novembre et fournit une vue étendue et des opinions sur la recherche nécessaire pour combler les lacunes dans les connaissances.

Les sciences microbiennes peuvent nous fournir des informations inestimables sur la manière de s'adapter au changement climatique et à ses effets en cascade. Du développement de carburants alternatifs à la prévention de la propagation des agents pathogènes, les applications des microbes sont vastes et de grande envergure. Le rapport détaille les principales recommandations pour les chercheurs, les décideurs et les services réglementaires.

Principales recommandations du rapport :
- Mettre l'accent sur la recherche interdisciplinaire visant à comprendre comment les activités microbiennes et le flux métabolique se modifient à mesure que le climat, les précipitations et les températures changent à l'échelle mondiale.

- Fournir des conseils pour la conception expérimentale et la collecte de données pour l'étude des communautés microbiennes qui permettent la comparaison des données entre divers écosystèmes mondiaux.

- Incorporer les données existantes sur la diversité microbienne et l'activité de consommation et de production de gaz à effet de serre dans les modèles Terre-climat pour améliorer les performances actuelles et prédictives des modèles.

- Accroître les investissements dans la recherche pour générer des connaissances et une prise de conscience de la contribution des microbes à la génération et à la consommation de gaz chauffants; intégrer ces résultats dans des stratégies politiques et réglementaires fondées sur des données probantes pour lutter contre le changement climatique.

- Déployer une surveillance et une détection accrues des zoonoses et des maladies à transmission vectorielle chez les animaux et les humains, notamment grâce aux technologies de séquençage de nouvelle génération, et intégrer une approche One Health pour faire face aux effets des changements climatiques sur les humains, les animaux et notre environnement.

Pour en savoir plus sur l'impact des microbes sur le changement climatique, visitez la page Microbes and Climate Change de l'American Society for Microbiology et lisez l'article, What Microbes Can Teach Us About Adapting to Climate Change (Ce que les microbes peuvent nous apprendre sur l'adaptation au changement climatique).

Aux lecteurs du blog
Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

lundi 29 novembre 2021

Que les microbes sont beaux ! Résulats du 7e concours artistique sur milieu gélosé de l'ASM

L'American Society for Microbiology (ASM) annonce les gagnants de son 7th annual Agar Art Contest ou 7e concours annuel d'art sur milieu gélosé qui a attiré 300 contributions de participants de tous âges situés dans 31 pays. L’Agar Art Contest de l'ASM a commencé en 2015 et fusionne la science avec l'art pour engager le public avec la microbiologie et mettre en évidence la beauté et la diversité du monde microbien.

L'art de la gélose «traditionnelle» consiste en des microbes vivants en croissance «colorés» sur une gélose, une substance semblable à de la gélatine qui sert de nutriments aux micro-organismes. Les artistes ont également été invités à soumettre des candidatures en utilisant n'importe quel support artistique pour illustrer le thème «Les microbes sont beaux» dans la catégorie «Open».

Catégorie traditionnelle (professionnelle):
La première place a été décernée à «Microlilies» (Microfleurs de lys) de Sonja Borndörfer, Norbert W. Hopf et Michael Lanzinger de l'Université des sciences appliquées Weihenstephan-Triesdorf à Freising, Allemagne. Représentant un groupe de nénuphars en fleurs sur des lacs clairs, l'œuvre présente la bactérie Rhodococcus rhodochrous en orange et le mildiou blanc Geotrichum candidum poussant sur la bactérie verte Micrococcus luteus.
 N’hésitez surtout pas de voir les autres résultats de ce concours de l’ASM.

Aux lecteurs du blog
Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

samedi 25 septembre 2021

Guider les microbes sur leur chemin. Une découverte aux nombreuses implications

«Guider les microbes sur leur chemin» source Max Planck Institute for Dynamics and Self-Organization (MPIDS), via phys.org.

Le domaine interdisciplinaire de la physique de la matière active étudie les principes qui sous-tendent le comportement et l'auto-organisation des organismes vivants. L'objectif est de révéler des principes généraux qui permettent de décrire et de prédire les performances de la matière vivante et ainsi soutenir le développement de nouvelles technologies. Récemment, les groupes d'Oliver Bäumchen et Marco Mazza du MPIDS, de l'Université de Bayreuth et de l'Université de Loughborough au Royaume-Uni ont publié leurs résultats sur le modèle décrivant la navigation microbienne. L’étude est parue dans PNAS.

«Comme les microbes ont souvent du mal à naviguer dans des espaces confinés, nous nous demandions s'il y avait un modèle derrière la navigation microbienne dans un compartiment défini», ainsi ont expliqué les chercheurs dans leur approche. Pour répondre à cette question, les chercheurs ont suivi un seul microbe mobile et ont déterminé expérimentalement le flux de probabilité de ses mouvements. C'est-à-dire qu'ils ont subdivisé un compartiment prédéfini en secteurs et déterminé la probabilité de direction de mouvement pour chaque secteur. De cette façon, une carte a été créée selon laquelle le comportement de navigation du microbe peut être prédit.

La courbure détermine le flux

Étonnamment, le microbe s'est avéré ne pas se déplacer au hasard dans l'espace ouvert. Au lieu de cela, le modèle de mouvement moyen était à la fois hautement organisé et symétrique: la carte des modèles de mouvement montrait une distribution définie des flux de probabilité. «En particulier, la force du flux s'est avérée dépendre de la courbure de l'interface solide adjacente: un degré de courbure plus élevé a entraîné un flux plus fort», expliquent Jan Cammann et Fabian Schwarzendahl, les principaux auteurs de l'étude.

Pour des raisons pratiques, toutes les mesures ont été effectuées dans un environnement quasi bidimensionnel, c'est-à-dire que le microbe était confiné par le haut et par le bas pour mieux surveiller son mouvement et éviter la défocalisation. En observant son modèle de mouvement, le groupe de Marco Mazza (Université de Loughborough et MPIDS) a créé un modèle pour prédire les probabilités de s'écouler dans une certaine direction. Ce modèle a ensuite été appliqué à des compartiments avec des courbures d'interface plus complexes et vérifié expérimentalement par le laboratoire d'Oliver Bäumchen (MPIDS et Université de Bayreuth). «Il s'avère que la courbure de l'interface est le facteur dominant qui détermine directement le flux du microbe automoteur.», résume Bäumchen.

Une implication technologique pour l'avenir

Comme cette découverte constitue une observation fondamentale, le modèle pourrait tout aussi bien être appliqué à d'autres domaines de la physique de la matière active. «Avec notre modèle, nous pouvons fondamentalement prédire statistiquement où se trouvera l'objet d'intérêt dans l'instant suivant», rapporte Mazza. «Cela pourrait non seulement améliorer considérablement notre compréhension de l'organisation de la vie, mais aussi aider à concevoir des dispositifs techniques.»

Comprendre les principes qui sous-tendent l'organisation de la matière active peut donc avoir des implications directes sur nos futures technologies. Les applications potentielles du modèle pourraient être de diriger le mouvement des micro-organismes photosynthétiques de manière à ce que leur flux puisse propulser un générateur, ce qui serait un moyen direct de convertir la lumière du soleil en énergie mécanique. Mais aussi, dans le secteur pharmaceutique et de la santé, les découvertes des scientifiques pourraient être appliquées: «Une application potentielle dans le secteur médical est le développement de micro-robots livrant des médicaments à leur destination spécifique de manière efficace», conclut Bäumchen.

Avis aux lecteurs

Au cours de la semaine du 20 au 25 septembre 2021, il y a eu 58 rappels.
Voici une liste des rappels du 24 et 25 septembre 2021: 20 produits
- oxyde d’éthylène: 13
- Listeria monocytogenes: 2, salade de lentilles tofu bio, boudin noir aux oignons,
- E. coli (E. coli entérohémorragique): 1, burrata di buffala
- STEC O103:H2: 1, Valençay AOP
- défaut de scellage: 3, carottes râpées maraîchères (à noter aussi deux rappels le 25 septembre, rattrapge, curiosité ?)

mardi 3 août 2021

Une longue journée pour les microbes

Tapis microbien
violet dans le Middle Island Sinkhole (gouffre) du lac Huron, juin 2019. Des petites collines et des «doigts» comme celui-ci dans le tapis sont causés par du gaz comme le méthane et l'hydrogène sufureux qui bouillonnent sous eux. © Phil Hartmeyer, NOAA Sanctuaire marin national de Thunder Bay.

«Une longue journée pour les microbes», source Max Planck Institute for Marine Microbiology.

Un ralentissement de la rotation de la Terre aurait pu affecter la teneur en oxygène de l'atmosphère.

La vie sur Terre repose aujourd'hui sur la présence d'oxygène. Cependant, le processus derrière l'augmentation progressive des niveaux d'oxygène dans l'atmosphère, qui s'est déroulée sur près de deux milliards d'années, reste débattu. Une équipe internationale de scientifiques autour de Judith Klatt de l'Institut Max Planck de microbiologie marine à Brême, Allemagne, propose une explication intrigante, l'augmentation de la durée du jour, résultant du ralentissement de la rotation de la Terre, peut avoir permis aux microbes de libérer plus d'oxygène, créant ainsi l'air que nous respirons aujourd'hui.

Pratiquement tout l'oxygène sur Terre était et est produit par la photosynthèse, qui a été inventée par de minuscules organismes, les cyanobactéries, lorsque notre planète était encore un endroit plutôt inhabitable. Les cyanobactéries ont évolué il y a plus de 2,4 milliards d'années, mais la Terre ne s'est que lentement transformée en la planète riche en oxygène que nous connaissons aujourd'hui. «Nous ne comprenons pas parfaitement pourquoi cela a pris autant de temps et quels facteurs ont contrôlé l'oxygénation de la Terre», a déclaré la géomicrobiologiste Judith Klatt. «Mais en étudiant des tapis de cyanobactéries dans le gouffre de l'île Middle du lac Huron au Michigan, qui vivent dans des conditions ressemblant à la Terre primitive, j'ai eu une idée.»

Les cyanobactéries sont des lève-tard

Klatt a travaillé avec une équipe de chercheurs autour de Greg Dick de l'Université du Michigan. L'eau du gouffre de l'île Middle, où les eaux souterraines s'écoulent du fond du lac, est très pauvre en oxygène. «La vie au fond du lac est principalement microbienne et sert d'analogue aux conditions qui ont prévalu sur notre planète pendant des milliards d'années», explique Bopi Biddanda, un écologiste microbien collaborateur de la Grand Valley State University. Les microbes y sont principalement des cyanobactéries violettes productrices d'oxygène qui entrent en compétition avec des bactéries blanches oxydant le soufre. Les premières produisent de l'énergie avec la lumière du soleil, les secondes avec l'aide du soufre. Pour survivre, ces bactéries exécutent chaque jour une petite danse :

Du crépuscule à l'aube, les bactéries mangeuses de soufre se trouvent au-dessus des cyanobactéries, bloquant leur accès à la lumière du soleil. Lorsque le soleil se lève le matin, les mangeurs de soufre se déplacent vers le bas et les cyanobactéries remontent à la surface du tapis. «Maintenant, ils peuvent commencer à faire de la photosynthèse et à produire de l'oxygène», a expliqué Klatt. «Cependant, il faut quelques heures avant que cela ne démarre vraiment, il y a un long décalage le matin. Les cyanobactéries sont plutôt des lève-tard que des matinaux, semble-t-il. En conséquence, leur temps pour la photosynthèse est limité à seulement quelques heures par jour. Lorsque Brian Arbic, océanographe physique à l'Université du Michigan, a entendu parler de cette danse microbienne nycthémérale, il a soulevé une question intrigante: «Est-ce que cela pourrait signifier que la modification de la longueur du jour aurait eu un impact sur la photosynthèse au cours de l'histoire de la Terre ?»

La durée du jour sur Terre n'a pas toujours été de 24 heures. «Lorsque le système Terre-Lune s'est formé, les jours étaient beaucoup plus courts, peut-être même aussi courts que six heures», a expliqué Arbic. Ensuite, la rotation de notre planète a ralenti en raison de la force de la gravité de la lune et du frottement des marées, et les jours ont rallongé. Certains chercheurs suggèrent également que la décélération rotationnelle de la Terre a été interrompue pendant environ un milliard d'années, coïncidant avec une longue période de faibles niveaux d'oxygène dans le monde. Après cette interruption, lorsque la rotation de la Terre a recommencé à ralentir il y a environ 600 millions d'années, une autre transition majeure dans les concentrations mondiales d'oxygène s'est produite.

Après avoir noté l'étonnante similitude entre le modèle d'oxygénation de la Terre et le taux de rotation sur des échelles de temps géologiques, Klatt était fascinée par l'idée qu'il pourrait y avoir un lien entre les deux - un lien qui allait au-delà du décalage de photosynthèse des «lève-tard» observés dans le gouffre de de Middle Island. «J'ai réalisé que la durée du jour et la libération d'oxygène par les tapis microbiens sont liées par un concept très basique et fondamental: pendant les jours courts, il y a moins de temps pour que les gradients se développent et donc moins d'oxygène peut s'échapper des tapis», selon l'hypothèse de Klatt.

Des tapis bactériens à l'oxygène mondial

Klatt s'est associé à Arjun Chennu, qui travaillait alors également à l'Institut Max Planck de microbiologie marine et qui dirige maintenant son propre groupe au Centre Leibniz pour la recherche marine tropicale à Brême. Sur la base d'un logiciel open source développé par Chennu pour cette étude, ils ont étudié comment la dynamique de la lumière du soleil est liée à la libération d'oxygène par les tapis. «L'intuition suggère que deux journées de 12 heures devraient être similaires à une journée de 24 heures. La lumière du soleil monte et descend deux fois plus vite, et la production d'oxygène suit au même rythme. Mais la libération d'oxygène par les tapis bactériens ne le fait pas, car elle est limitée par la vitesse de diffusion moléculaire. Ce découplage subtil de la libération d'oxygène de la lumière du soleil est au cœur du mécanisme», a déclaré Chennu.

Pour comprendre comment les processus se produisant au cours d'une journée peuvent avoir un impact sur l'oxygénation à long terme, Klatt et ses collègues ont incorporé leurs résultats dans des modèles mondiaux de niveaux d'oxygène. L'analyse suggère que l'augmentation la libération d'oxygène due au changement de la durée du jour pourrait avoir augmenté les niveaux d'oxygène dans le monde. C'est un lien entre l'activité de minuscules organismes et les processus globaux. «Nous relions les lois de la physique opérant à des échelles très différentes, de la diffusion moléculaire à la mécanique planétaire. Nous montrons qu'il existe un lien fondamental entre la durée du jour et la quantité d'oxygène pouvant être libérée par les microbes du sol», a déclaré Chennu. «C'est assez excitant. De cette façon, nous relions la danse des molécules du tapis microbien à la danse de notre planète et de la Lune.»

Dans l'ensemble, les deux principaux événements d'oxygénation (sauts de la concentration en oxygène) de l'histoire de la Terre - le grand événement de l'oxydation, il y a plus de deux milliards d'années et l'événement de l'oxygénation néoprotérozoïque ultérieur - pourraient être liés à l'augmentation de la durée du jour. Par conséquent, l'augmentation de la durée du jour aurait pu augmenter suffisamment la productivité du filet benthique pour avoir un impact sur les niveaux d'oxygène atmosphérique. «Jongler avec ce large éventail d'échelles temporelles et spatiales était ahurissant - et très amusant», conclut Klatt.

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