Attention aux plastiques !

Le dernier numéro de Microcosm, le magazine numérique réservé aux membres de l'American Society for Microbiology (ASM), sort le 18 novembre ! En attendant, le numéro du printemps 2022 est en accès libre.  

Le thème de ce nouveau numéro est «Water Microbiology : Bringing microbes to the surface» (Microbiologie de l'eau : Faire remonter les microbes à la surface).

Voic un article parmi d’autres et qui s’intitule «Beware the plastics» (Attention aux plastiques) par Geoff Hunt, qui est responsable du programme de sensibilisation du public à l'American Society for Microbiology.

Nous vivons dans un monde de plastique. Plus de 400 millions de tonnes de matières, utilisées dans des matériaux allant des emballages aux dispositifs médicaux en passant par les pièces automobiles, sont désormais produites chaque année. Cette quantité stupéfiante de pollution a un impact délétère sur l'environnement, les chaînes alimentaires, la prévention des maladies et l'économie mondiale. Le plastique est un danger pour la santé des animaux marins, une toxine potentielle pour les humains et une présence perturbatrice pour le commerce maritime. Quel rôle la communauté de la microbiologie peut-elle jouer pour aider à améliorer et finalement résoudre ce défi ?

Combien en faut-il?

Moins de 10% des matières plastiques finissent par être recyclées. Le reste est soit dans des décharges à travers le monde, soit encombre les environnements marins de la planète. Les plastiques se décomposent par plusieurs voies, y compris la décomposition physique, les réactions chimiques et la biodégradation par les microbes. Au fur et à mesure que le plastique se dégrade et se décompose sur terre, il finit par se retrouver dans les flux de déchets et les eaux souterraines, avant d'être transporté par les rivières vers les océans du monde. Le plastique a été signalé pour la première fois dans les océans en 1972 ; 50 ans plus tard, la quantité de plastique entrant dans la mer est estimée entre 5 et 13 millions de tonnes métriques par an.

L'attention générale liée à la pollution plastique marine a tendance à se concentrer sur les «îlots de déchets» visibles. L'exemple le plus notoire est le «Great Pacific Garbage Patch» (GPGP), situé dans l'océan Pacifique et dont la taille (et la croissance) est estimée à environ 1,6 million de km2. Cependant, ces poches observables ne font qu'effleurer la surface du problème. Des études estiment qu'à peine 0,5 % du plastique aqueux se trouve à la surface de l'océan. Tout comme un iceberg, le volume en vrac se trouve soit sous la surface, soit s'est sédimenté au fond de l'océan.

Assez effrayant, toutes ces estimations, qui sous-estiment sûrement la véritable ampleur du problème, ne tiennent pas non plus compte des microplastiques, des particules de plastique de moins de 5 millimètres de diamètre. Générés principalement par la fragmentation et la décomposition d'articles en vrac comme les bouteilles d'eau, les sacs en plastique et les pneus d'automobile, ces polluants invisibles sont exponentiellement plus difficiles à détecter et à éliminer en raison de leur petite taille.

Micro-problèmes

Les microplastiques dans l'océan créent également des surfaces artificielles auxquelles les microbes peuvent s'adsorber. Les chercheurs s'efforcent de caractériser la nature de ces interactions, et les résultats sont loin d'être concluants. Plusieurs rapports ont montré que différents types de surfaces microplastiques aqueuses attirent différentes espèces microbiennes, avec des colonies microbiennes distinctes se trouvant entre les surfaces en polyéthylène, polystyrène et polypropylène.

D'autres recherches montrent soit aucun effet de la composition microplastique sur la composition de la communauté microbienne adhérente, soit attribuent des effets à la morphologie microplastique plutôt qu'à la composition. Dans certaines études, une signature microbienne géographique distincte a été observée en fonction de l'endroit où les échantillons de microplastiques ont été collectés ; dans d'autres, aucune différence n'a été signalée dans la composition de la surface microbienne adhérente entre les différents sites d'échantillonnage.

Une question peut-être plus importante est la suivante : que font les microbes sur ces surfaces microplastiques ? Une préoccupation croissante au sein de la communauté scientifique est que les microplastiques trouvés dans les plans d'eau peuvent fournir de nouvelles plateformes pour la formation de biofilms. Malheureusement, cette peur semble se jouer. Un rapport récent a démontré que les bactéries se rassemblant sur les microplastiques aquatiques se livraient à des quantités accrues de transferts horizontaux de gènes par rapport aux bactéries libres ou aux microbes se rassemblant sur les surfaces naturelles. L'implication évidente, sur laquelle spéculent les auteurs, est que ce comportement conduira à une propagation accrue des gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM), déjà un défi majeur relevé par la communauté de la microbiologie.

Comment répondre ?

Avec autant d'acteurs différents et des résultats aussi variables provenant du monde entier, une première étape cruciale pour le domaine serait de s'entendre sur des méthodologies communes qui pourraient être utilisées pour mener des expériences sur le comportement microbien lié aux plastiques. Comme le souligne la Dr Nicole Fahrenfeld, professeur agrégé de génie civil et environnemental à l'Université Rutgers, «si nous avons un contaminant (c'est-à-dire un microplastique) qui peut se déplacer vers tous ces différents endroits, il serait utile de avoir des normes universelles afin de collecter des informations à travers le monde.

Malheureusement, selon Fahrenfeld, «les méthodes d'échantillonnage et d'analyse des microplastiques eux-mêmes sont encore en développement». Étant donné que les méthodes actuelles de surveillance, d'étude et de notification de ces phénomènes ne sont pas cohérentes d'un lieu et d'une institution à l'autre, «il existe un assez large éventail d'informations dans les bases de données sur l'occurrence des microplastiques», a dit Fahrenfeld.

Le simple fait d'améliorer les efforts de communication ne suffira pas. La lutte contre la propagation de la RAM induite par les microplastiques nécessitera d'aller au-delà des efforts actuels de recherche de nouveaux antibiotiques. Le sentiment d'urgence qui se profile autour de cette question aux multiples facettes suggère la nécessité d'une approche plus radicale. Une idée est d'expérimenter le déploiement sélectif de microbes génétiquement modifiés qui pourraient potentiellement supplanter les organismes pathogènes.

Elise Phillips, chercheuse à l'Université du Tennessee à Knoxville, suggère de «passer à l'application réelle des connaissances» sur les organismes responsables de la propagation des gènes de la RAM, en particulier ceux retrouvés adsorbés sur les microplastiques. «Comment», a-t-elle demandé, «utilisons-nous ces communautés ou les modifions-nous de manière à nous aider à résoudre le problème» de la propagation de la RAM induite par les microplastiques ? Phillips suggère que les chercheurs étudient cette piste d'enquête comme un moyen de lancer la recherche de solutions potentielles.

Mettre les microbes au travail

De telles approches radicales de résolution de problèmes ont déjà lieu dans d'autres domaines et visent à éliminer le plastique qui existe déjà tout en minimisant (ou en modifiant) la production de nouveaux produits en plastique. Une grande partie de la recherche se concentre actuellement sur la caractérisation et l'application d'enzymes microbiennes pour décomposer les plastiques, en particulier le polyéthylène téréphtalate (PET) largement utilisé. Par exemple, un rapport de 2016 par des chercheurs au Japon a identifié deux enzymes, la PETase et la MHETase, capables de décomposer le PET en molécules pouvant être métabolisées par différents microbes.

Cependant, la dégradation microbienne des plastiques, qui dépend d'une grande variété de facteurs biologiques, chimiques et environnementaux, est très variable en termes d'efficacité. Le simple fait de permettre à ce processus de se dérouler naturellement ne supprimera pas la pollution plastique à une échelle ou sur une période de temps qui permettrait aux humains de poursuivre leur mode de vie. Au lieu de cela, les microbiologistes travaillent dur pour trouver des moyens de faire passer ce processus à la vitesse supérieure. Les chercheurs intensifient leurs efforts pour identifier des microbes jusque-là inconnus et de nouvelles enzymes qui peuvent contribuer au processus de biodégradation. Pendant ce temps, d'autres scientifiques utilisent l'apprentissage automatique pour concevoir de nouvelles enzymes de biodégradation qui peuvent être déployées à grande échelle.

Accélérer les choses

Malheureusement, la science évolue lentement et ses découvertes et solutions ont tendance à avoir une portée limitée au-delà de la communauté scientifique sans interventions externes. C'est là que la politique entre en jeu. L'adoption de politiques fondées sur la science, que ce soit au niveau local, national ou international, peut avoir un impact significatif en sensibilisant la masse à un problème et en effectuant rapidement des changements à grande échelle.

Un exemple de politique simple, mais efficace, qui a eu un impact énorme sur la pollution plastique a été la mise en œuvre de lois fiscales sur les sacs en plastique. Les municipalités du monde entier ont institué des réglementations qui facturent aux consommateurs un montant nominal (généralement de l'ordre de 0,05 $ à 0,10 $) pour chaque sac en plastique qu'ils utilisent lors de leurs achats. Bien que le coût soit faible, la simple pensée de devoir payer pour un sac est apparemment suffisante pour induire un changement de comportement généralisé. Des études indiquent que les taxes adoptées à Chicago ont entraîné une réduction de 30 % de l'utilisation des sacs en plastique, tandis qu'une politique similaire adoptée dans le comté de Montgomery, dans le Maryland, a entraîné une baisse de 42 %. D'autres recherches montrent que la mise en place de taxes sur les sacs est corrélée à une diminution significative du volume de sacs en plastique collectés des voies navigables municipales, ce qui donne à penser que les taxes fonctionnent comme prévu.

Un changement de politique de haut niveau est également en cours. En mars 2022, les Nations Unies ont annoncé que 175 pays travailleront à l'élaboration d'un accord juridiquement contraignant pour mettre fin à la pollution plastique. Les signataires chercheront à promouvoir la production et la consommation durables de plastiques, à améliorer le développement d'outils complets de mesure et de rapport sur la pollution plastique et à mettre en œuvre des efforts d'éducation et de sensibilisation aux niveaux national et international. De tels accords internationaux ont fonctionné dans le passé. Le modèle le plus notable (et le plus réussi) est le Protocole de Montréal de 1987, qui a défini des mesures concrètes, telles que l'élimination progressive de l'utilisation des hydrochlorofluorocarbures, qui ont mis la planète sur la bonne voie pour avoir une couche d'ozone entièrement restaurée d'ici 2050.

En dehors du laboratoire et au-delà de l'arène politique, les microbiologistes peuvent contribuer par leurs actions personnelles. Les étapes potentielles comprennent l'utilisation de moins de produits en plastique, en veillant à recycler lorsque cela est possible et en participant à des journées de nettoyage qui éliminent les déchets de l'environnement et empêchent les plastiques de pénétrer dans l'approvisionnement en eau en premier lieu.

Nettoyer le problème du plastique de la Terre peut sembler insoluble, mais des solutions réalisables sont à portée de main, en particulier à travers le prisme de la recherche microbiologique. Les membres de la communauté de la microbiologie ont la capacité et la responsabilité de faire leur part en tant que scientifiques et en tant que citoyens pour relever et finalement surmonter le défi de la pollution plastique.

Les contaminants retrouvés dans les huîtres pourraient laisser présager un problème environnemental et de sécurité des aliments plus important, selon une étude

« Les contaminants retrouvés dans les huîtres pourraient laisser présager un problème environnemental et de sécurité des aliments plus important », source article de Mark Godfrey paru dans SeafoodSource.

Une nouvelle étude suggère que la contamination des parcs à huîtres par des plastiques, de la peinture et des préparations pour nourrissons d'Asie pourrait révéler un risque émergent plus important pour la santé publique mondiale.

Des scientifiques de l'Université de Californie à Irvine, en collaboration avec Environmental Defence Fund, Cornell University et Australia's University of Queensland, ont trouvé des traces de plastique, de kérosène, de peinture, de talc et des compléments de lait en poudre dans les lits de l'est de la mer d'Andaman au Myanmar.

Les scientifiques ont retrouvé des agents pathogènes et des microplastiques similaires dans certains mollusques cultivés dans les eaux américaines.

Leur étude, Coastal urbanization influences human pathogens and microdebris contamination in seafood ou L'urbanisation côtière influence les agents pathogènes humains et la contamination par des microdébris dans les produits de la mer, publiée le 30 juillet, a été menée dans l'est de la mer d'Andaman au Myanmar avec l'aide de chercheurs locaux dans la région rurale de Tanintharyi. En utilisant une technologie de pointe pour examiner les contaminants dans les huîtres, les chercheurs ont conclu que l'urbanisation dans les zones côtières et le manque de traitement des eaux usées entraînent une contamination des fruits de mer, ce qui présente des risques potentiels pour la santé humaine.

Les scientifiques ont concentré leurs efforts de recherche sur neuf récifs coralliens au large de l'archipel de Mergui au Myanmar, situé à environ 64 km de Myeik, une ville d'environ 250 000 habitants. En utilisant le séquençage de l'ADN, les chercheurs ont découvert 5 459 agents pathogènes humains potentiels liés à 87 espèces de bactéries tout en recherchant des contaminants dans l'eau de mer et dans les huîtres. Plus de la moitié des agents pathogènes examinés seraient dangereux pour la santé des personnes, ont-ils conclu.

De plus, en utilisant la spectroscopie infrarouge, les scientifiques ont découvert 78 types de matériaux contaminants dans les huîtres qu'ils ont étudiées, sur les 1 225 microdébris individuels examinés.

« Alors que 48% des microparticules étaient des microplastiques - une constatation représentative dans de nombreux écosystèmes océaniques - de nombreuses autres particules n'étaient pas en plastique et provenaient d'une variété de matériaux d'origine humaine qui sont des constituants de carburants, de peintures et de cosmétiques », selon Joleah Lamb de l’UC Irvine, l'un des principaux auteurs de l'étude, dans un communiqué de presse. « Nous avons été particulièrement surpris de trouver trois marques différentes de formule de lait en poudre, qui correspondaient à 14 pour cent des contaminants microdebris. »

Outre les bactéries pathogènes humaines, la contamination des microplastiques et d'autres types de microparticules détectées dans les fruits de mer pourrait avoir des effets négatifs à la fois sur l'environnement et la santé humaine. Plusieurs particules de plastique peuvent contenir des toxines, qui peuvent être ingérées par les humains via les fruits de mer prélevés dans l'océan.

« L'absorption de microplastiques dans l'environnement marin pourrait avoir des conséquences de grande portée sur la consommation humaine de fruits de mer et peut constituer un risque émergent pour la santé publique dans le monde », indique l'étude.

Plus de la moitié des microdébris contaminants retrouvés dans les tissus des huîtres du Myanmar étaient formés de matériaux non polymères, tels que le kérosène, la saponine et le talc, dont l’ingestion peut nuire à la santé des personnes.

« Cette étude est importante dans ses implications mondiales. Il existe des preuves solides de la transférabilité des résultats du Myanmar à d'autres sources de produits de la mer à travers le monde », a dit Douglas Rader, scientifique en chef du programme EDF Oceans et collaborateur de l'étude. « Cela montre également clairement la nécessité d'une meilleure science liée aux impacts potentiels de ces contaminants, et la nécessité de meilleurs programmes de test afin que les consommateurs de fruits de mer puissent compter sur sa salubrité. »

Avec une part importante des exportations de produits de la mer provenant des pays en développement, l'étude suscitera l'inquiétude des entreprises d'approvisionnement et des consommateurs. La gestion des déchets ayant du mal à suivre l'urbanisation rapide dans les pays en développement, de meilleurs programmes d’analyses seront nécessaires pour que les consommateurs puissent avoir l'assurance que les fruits de mer qu'ils consomment sont exempts de contamination qui pourrait être dangereuses pour leur santé, a dit Rader.

« Nous n’avons pas fait cela spécifiquement pour enquêter sur le Myanmar - par rapport à d’autres endroits - mais comme un nouveau travail dans le cadre d’une étude plus large des impacts sur le milieu marin du Myanmar, y compris ses pêcheries », explique Rader. « Je m'attendrais pleinement à des résultats similaires dans toute l'Asie et dans beaucoup sinon la plupart des régions du monde. »

Rader a expliqué comment de grands volumes de fruits de mer sont expédiés du Myanmar vers la Chine et d'autres pays de transformation, puis se rendent dans de nombreux autres endroits dans le monde.

« À titre d'exemple, la langouste, les crabes de boue, les crevettes grimpantes et de nombreux poissons se déplacent de cette région du Myanmar vers les chaînes de valeur chinoises », a dit Rader. Il a souligné une énorme installation de «rejet» pour les crabes de boue à Myeik, qui s'approvisionnent dans les zones côtières sur de nombreux kilomètres à la ronde pour l'exportation vers la Chine et ailleurs.

Les contaminants retrouvés dans cette étude indiquent que même l'archipel de Mergui, dans une grande partie rurale du Myanmar, a une pollution importante et généralisée due au ruissellement de déchets agricoles et humains qui peuvent affecter les sources de nourriture en aval comme les parcs à huîtres.

Les auteurs de l’étude ont dit qu’ils craignaient que l’absorption de microplastiques dans le milieu marin pourraient avoir des conséquences importantes sur la consommation humaine de fruits de mer. Les agents pathogènes rencontrés dans l'étude comprennent une longue liste de contaminants qui peuvent rendre les humains malades avec une exposition suffisante. Par exemple, Clostridium perfringens est parmi les agents responsables les plus importants d’«intoxications alimentaires», tandis que Collinsella aerofaciens contribue à toute une série de problèmes du système digestif, y compris le syndrome du côlon irritable.

Coxiella burnetii est responsable de la «fièvre Q», qui ressemble à la grippe dans les cas bénins, mais qui peut être mortelle.

« En fait, les maladies diarrhéiques prises ensemble sont parmi les causes les plus importantes de mortalité prématurée, dans le monde, représentant environ 1,6 million de décès par an - dont plus d'un demi-million d'enfants de moins de cinq ans », a dit Rader. « Ainsi, la contamination du système alimentaire est un gros problème. »

Il faut beaucoup plus de recherche scientifique pour comprendre les risques.

« À mon avis, l'étude souligne un besoin plus général de comprendre tout ce que les filtreurs accumulent, et ce que cela signifie pour la santé des écosystèmes et la santé des consommateurs humains, à la fois dans les pays producteurs de fruits de mer et dans les chaînes de valeur », dit Rader. « [Il y a] un besoin clair d'améliorer ce que nous savons dans ce domaine en développement - dans quelle mesure ces problèmes sont-ils généraux et que signifient-ils? Il y a [aussi] clairement un besoin pour un meilleur suivi des chaînes d'approvisionnement de fruits de mer à travers le monde, et bien sûr pour des systèmes améliorés de collecte et de traitement des eaux usées, des systèmes de gestion des déchets pour les plastiques, des réductions des plastiques à usage unique, puis une gestion de la contamination au niveau des bassins versants en motifs de source de fruits de mer. »

L'Asie devenant une source de plus en plus grande d'approvisionnement mondial en fruits de mer, il y a « de nombreuses raisons pour que les pays consommateurs s'associent aux pays sources pour protéger les personnes qui consomment des fruits de mer ici et là, a dit Rader, un sentiment repris par le chercheur en postdoc, Raechel Littman, auteur principal de l'étude.

« Il est important de garder à l’esprit qu’une grande partie de nos fruits de mer est importée d’outre-mer, d’endroits susceptibles d’être contaminés, ce qui souligne l’importance de tests adéquats et d’améliorations de la qualité des eaux côtières dans le monde entier », a dit Littman.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous