Des probiotiques associés à un risque accru d’infection à Clostridioides difficile dans une étude menée à l'hôpital de New York

« Des probiotiques associés à un risque accru d’infection à C. difficile dans une étude menée à l'hôpital de New York », source CIDRAP News.

Les patients qui ont reçu des probiotiques en même temps que des antibiotiques étaient plus susceptibles d'avoir un incident d'infection à Clostridioides difficile (IDC) que ceux qui n'ont pas reçu de probiotiques, ont annoncé des chercheurs dans l'American Journal of Infection Control.

L’étude rétrospective a analysé une cohorte de patients de l’hôpital NYU Winthrop ayant reçu au moins une dose d’antibiotiques associés à un risque élevé d’ICD, y compris des patients prenant ou ayant commencé à utiliser des probiotiques lors de l’administration des antibiotiques.

Bien qu'il soit courant dans les hôpitaux d'administrer des probiotiques en même temps que des antibiotiques sur la base de la théorie selon laquelle ils pourraient prévenir l'ICD, il existe des preuves contradictoires que les probiotiques aient ce bénéfice. Pour déterminer si les probiotiques sont efficaces dans la prophylaxie contre l'ICD, les chercheurs ont regroupé les patients en fonction de l'utilisation de probiotiques et ont examiné le lien entre l'utilisation de probiotiques et un incident d'ICD.

Sur les 3 266 patients analysés, 167 (5,1%) ont reçu des probiotiques dans les 24 heures suivant le début du traitement par antibiotiques et 216 autres (6,6%) ont reçu des probiotiques au cours de la période de suivi de 12 semaines. Un total de 150 patients (4,6%) ont présenté une ICD dans les 12 semaines suivant le début de l’administration du traitement par antibiotiques.

Parmi les patients qui ont commencé à utiliser des probiotiques au début du traitement par des antibiotiques ou avant, 9,6% ont eu un incident d’ICD dans les 12 semaines, contre 4,2% pour les non-probiotiques au début de leur traitement par des antibiotiques (risque relatif, 2,3; intervalle de confiance à 95% [ CI], 1,4 à 3,7; P = 0,001).

Dans les variables du temps dans le modèle de Cox en tenant compte de l'initiation des probiotiques et des facteurs de confusion potentiels, une association positive entre les probiotiques et l'ICD demeurait significative (ratio de risque de 2,7; IC 95%: 1,74 à 4,08; P < 0,001).

L'utilisation d'inhibiteurs de la pompe à protons et d'antagonistes des récepteurs H2 de l'histamine étaient également associée à un risque accru d'ICD, de même que l'administration simultanée de plusieurs antibiotiques. Le sexe et l'âge n'ont pas eu d'impact significatif sur l'incidence de l'ICD.

« Bien que notre découverte d'augmentation de l'ICD chez les patients prenant des probiotiques soit inattendue, les patients sont vulnérables à l'ICD lorsque leur flore intestinale est perturbée », écrivent les auteurs de l'étude. « Peut-être que de nouvelles perturbations avec diverses espèces bactériennes considérées comme protectrices sont tout aussi perturbantes et potentiellement dangereuses. »

Sur la base des résultats, les auteurs ne recommandent pas l’administration de probiotiques pour prévenir l’ICD.

Complément du 22 novembre 2019. On lira L’efficacité des "probiotiques" remise en question.

Des chercheurs montrent comment des probiotiques sont bénéfiques pour la santé vaginale

« Des chercheurs montrent comment des probiotiques sont bénéfiques pour la santé vaginale », source ASM News.

Des chercheurs ont montré que trois gènes d'une espèce probiotiques de Lactobacillus, utilisés dans certaines gélules vaginales du commerce, sont presque certainement impliqués dans la médiation de l'adhésion à l'épithélium vaginal. Ceci est probablement essentiel pour les effets bénéfiques de cette espèce sur la santé vaginale.

« Ces résultats pourraient nous aider à rechercher de meilleurs candidats probiotiques à l'avenir », a dit le chercheur principal, Harold Marcotte. L’étude est publiée cette semaine dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.

« Un déséquilibre du microbiote normal, et en particulier une perte de lactobacilles, prédispose les femmes aux infections urogénitales telles que la vaginose bactérienne », a dit le Dr Marcotte, professeur à la division d'immunologie clinique et de médecine transfusionnelle du département du laboratoire médical, Karolinska. Institut, Stockholm, Suède.

Dans de tels cas, « l'administration de lactobacilles probiotiques sélectionnés, qui adhèrent plus fortement aux parois vaginales, pourrait aider à rétablir un microbiote en bonne santé », a-t-il expliqué. Cela pourrait prévenir les agents pathogènes d'infecter ces tissus.

Malgré les nombreuses données cliniques montrant que les capsules probiotiques contenant ces bactéries présentent des avantages pour la santé, « les mécanismes moléculaires sous-jacents à leurs activités probiotiques sont encore mal compris », a déclaré le Dr Marcotte. « Nous avons récemment développé un nouvel outil qui nous permet d’éditer le génome des lactobacilles, nous permettant ainsi d’inactiver des gènes. » Les gènes inactivés peuvent révéler leur fonction.

L’inactivation des trois gènes de la souche probiotique Lactobacillus gasseri a entraîné une réduction de 30 à 40% de la force de l’adhérence du mutant de L. gasseri aux cellules épithéliales vaginales par rapport à la souche de type sauvage.

« C'est une preuve convaincante que les protéines que ces gènes codent, qui incluent un nouveau facteur d'adhésion, sont toutes impliquées dans l'adhésion aux cellules épithéliales vaginales », a déclaré le Dr Marcotte.

« Nous avons choisi Lactobacillus gasseri DSM 14869 comme organisme modèle car cette souche, contenue dans des gélules vaginales probiotiques du commerce, appelée EcoVag, a été initialement sélectionnée comme probiotique en raison de sa capacité d'adhérence élevée et a ensuite démontré qu'elle colonisait le vagin après administration de la capsule », a déclaré le Dr Marcotte.

« Nous prévoyons d'analyser de manière fonctionnelle d'autres gènes de Lactobacillus potentiellement impliqués dans l'activité probiotique, tels que ceux impliqués dans la synthèse de composés antimicrobiens », a déclaré le Dr Marcotte.

La génétique chez la souris, plus que l'environnement, influence le microbiome intestinal

« La génétique chez la souris, plus que l'environnement, influence le microbiome », source ASM News.

La génétique a un impact plus important sur le microbiome que l'environnement de la naissance maternelle, du moins chez la souris, selon une étude publiée cette semaine dans Applied and Environmental Microbiology.

La naissance vaginale, connue pour transférer le microbiote à un nouveau-né, n'a pas réussi à laisser une empreinte microbienne durable sur la progéniture.

« L'effet puissant de la génétique, comparé à l'environnement, était surprenant », a déclaré Yechezkel Kashi, responsable du laboratoire de génomique appliquée et de microbiologie du Technion, l’Institut de technologie israélien.

« C'était également décevant, car cela suggérait que les avantages des probiotiques pouvaient durer aussi longtemps qu’on les prenait. »

Dans le cadre de cette étude, les chercheurs ont déterminé les microbiomes de deux souches différentes de souris de laboratoire, des souris noires (C57BL/6J) et les souris blanches (BALB/c). Les chercheurs ont ensuite croisé les souris noires et blanches. Dans un ensemble de croix, la mère était noire, tandis que dans l'autre, elle était blanche. Dans les deux cas, la progéniture était de la même nuance de gris et avait une génétique similaire, quel que soit le parent noir et le blanc.

Les croisements ont été menés parce que chez les mammifères, lors de la naissance, les mères transfèrent les microbes de leurs canaux de naissance à la progéniture. Ainsi, lors de la naissance, les mères noires et les mères blanches transmettraient un microbiote différent à leur progéniture. L'influence de l'environnement maternel sur les microbiomes de la progéniture s'est avérée triviale. Les microbiomes de la progéniture étaient semblables les uns aux autres, que leur mère soit noire ou blanche, ce qui montre que l’ensemencement maternel pendant la naissance n’a pas eu lieu.

Une troisième expérience a analysé une influence environnementale différente - la source d’aliments - sur le microbiome. Dans cette expérience, les souris noires et les souris blanches ont été maintenues ensemble.

« Les souris sont des coprophages », a expliqué la coauteure Hila Korach-Rechtman, chercheur au laboratoire de génomique appliquée et de microbiologie au Technion, Haïfa, Israël. « Elles mangent les excréments et, en captivité, elles mangent les excréments de leurs compagnons de cage. » Étant donné que les excréments contiennent le microbiome, lors de cette expérience, des souris blanches ont été exposées à des microbes de souris noires, et vice-versa.

Cela a fait une différence dans les microbiomes, mais cette différence n'a persisté que tant que les souris ont occupé les mêmes cages. Une fois que les différentes souches de souris ont été séparées, leurs microbiomes sont revenus à leur composition d'origine, a déclaré le Dr Korach-Rechtman.

« De toute évidence, nous ne pouvons pas laisser entendre que le même modèle s'appliquerait aux humains », a déclaré le Dr Kashi. Néanmoins, d'autres preuves soutiennent cette hypothèse. Des études ont montré que, chez la souris comme chez l'homme, certains loci génétiques, ou gènes, sont en corrélation avec des espèces microbiennes spécifiques.

Les variations génétiques pourraient influencer le microbiome intestinal à travers des mécanismes tels que « des différences dans la structure intestinale de la muqueuse… des différences de métabolisme telles que la sécrétion d'acides biliaires… une activité de récepteur potentiellement olfactif… et des peptides antimicrobiens et d'autres déterminants génétiques du système immunitaire », ont écrit les chercheurs.

Pour analyser l’influence de la souche maternelle et de la coprophagie, les chercheurs ont recueilli les excréments de différentes lignées de souris apparentées et analysé leurs microbiomes à l’aide de l’extraction et du séquençage de l’ADN, ainsi que d’une analyse bioinformatique des séquences obtenues.

La conclusion des deux expériences, la génétique a eu une influence majeure sur le microbiome. L'environnement maternel et la coprophagie n'avaient qu'une influence mineure.

Commentaire. Il va de même pour des produits alimentaires simples tels que les yaourts ; si cela fonctionnait sur notre tube digestif et notre microbiome, il suffirait d’une seule prise, mais l’effet, si effet il y a, ne dure que si vous en consommez régulièrement, et au final, le marketing des entreprises alimentaires aiment cette consommation régulière … de là à déconstruire le rôle des probiotiques, il n’y a qu’un pas …

Etude nationale en Chine sur l'innocuité des probiotiques commerciaux utilisés chez l’animal et de leurs effets de propagation de la ferme à l’homme: une menace émergente pour la santé publique

« Une étude démontre l'effet de propagation des probiotiques », source CIDRAP News.

Des chercheurs chinois ont pour la première fois démontré qu'un tiers des probiotiques commerciaux utilisés en agriculture étaient contaminés par des agents pathogènes menaçant le pronostic vital, tels que Klebsiella pneumoniae.

L'étude a été publiée dans Clinical Infectious Diseases.

L'étude a été menée entre 2016 et 2018 et a été basée sur des échantillons prélevés dans un élevage de poulets à Anshan utilisant des probiotiques comme complément alimentaire et dans un élevage de poissons proche utilisant les eaux souterraines comme source d'eau.

Un total de 123 probiotiques à partir d’isolats de Bacillus spp. ont été obtenus parmi les 92 marques de probiotiques, dont 45 étaient résistants aux antibiotiques. En outre, les auteurs ont écrit que la surveillance génomique de l'élevage de poulets avait permis d'identifier une souche de Bacillus cereus positive à la toxine du charbon pour un complément alimentaire probiotique, qui avait ensuite été transféré dans les eaux souterraines de l'élevage de poissons.

Une analyse rétrospective des données de surveillance menées de 2015 à 2018 dans trois provinces a révélé la présence de deux souches de B. cereus chez des humains présentant des symptômes de fièvre charbonneuse intestinale et a confirmé la transmission de B. cereus de l’exploitation agricole à l’homme.

« Cette étude constitue la première enquête nationale sur la sécurité sanitaire des probiotiques utilisés chez les animaux en Chine et confirme les effets de propagation des probiotiques des exploitations agricoles à l'homme. Ces résultats suggèrent que l'application à grande échelle des probiotiques contenant des agents pathogènes conduit au transfert d'agents pathogènes, avec des implications inquiétantes pour la santé publique », ont conclu les auteurs.

Les résultats sont importants du point de vue de One Health sur l'utilisation des probiotiques, ont dit les auteurs. Étant donné que les compléments alimentaires probiotiques sont généralement utilisés en grande quantité, les résultats de cette étude démontrent une menace pour la santé humaine.

De bonnes pratiques de fabrication doivent être mises en œuvre lors de la production de tous les probiotiques.

Dans un article paru en avril 2019 dans Frontiers in Microbiology, les auteurs notaient :

Les contaminants microbiologiques comprennent les agents pathogènes, les organismes indicateurs et les micro-organismes présents dans l'environnement de fabrication. Toutes ne sont pas liées à la sécurité sanitaire, mais leur présence peut indiquer un problème de qualité. Afin de relever les défis de la mise en place d'un programme de contamination microbiologique, la Pharmacopée européenne suggère d'évaluer les micro-organismes candidats par une évaluation formelle des risques. Un programme solide d’évaluation des risques prend en compte les normes de l’industrie, les agents pathogènes émergents, les agents pathogènes opportunistes et le taux d’occurrence et/ou le nombre de micro-organismes non voulus dans les produits probiotiques.

A propos de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries probiotiques

« Résistance aux antibiotiques chez les bactéries probiotiques formant des spores », source ASM News.

De nouvelles études ont montré que six souches de Bacillus probiotiques sont résistantes à plusieurs antibiotiques. L'analyse génétique d'autres souches de Bacillus a montré des gènes qui contribuent à la résistance aux antibiotiques vis-à-vis de divers types de médicaments et de méthodes leur permettant de se développer en leur présence. L’étude est présentée à ASM Microbe, la réunion annuelle de l'American Society for Microbiology.

« Ces données peuvent nous aider à comprendre quels gènes contribuent à la résistance aux antibiotiques et s'ils peuvent être transférés à d'autres bactéries dangereuses à l'homme et aux animaux domestiques », a déclaré Emmanuel Flores, étudiant en master à CSU Fresno. « Ce travail peut être utilisé comme une forme de surveillance de la résistance aux antibiotiques et permet de prédire avec précision les menaces potentielles de résistance aux antibiotiques présentes dans les aliments fonctionnels et les aliments du bétail », a-t-il déclaré.

Bacillus est un groupe de bactéries couramment utilisé dans les produits probiotiques. On prétend que ces produits ont des effets bénéfiques sur la santé de ceux qui les consomment. Cette recherche visait à déterminer si les bactéries Bacillus utilisées dans les probiotiques sont résistantes aux antibiotiques couramment utilisés dans les établissements de santé.

« Comme les bactéries se sont avérées capables de transférer la résistance aux antibiotiques à d'autres bactéries, nous visons à déterminer si les Bacillus probiotiques sont capables de transférer leur propre résistance aux bactéries responsables de maladies telles que l'intoxication alimentaire », a déclaré Flores.

Les résultats obtenus jusqu’à présent nous ont montré que les Bacillus probiotiques pouvaient transférer la résistance aux antibiotiques. Cependant, d'autres essais doivent être effectués pour déterminer quels types de bactéries dangereuses sont susceptibles de recevoir une résistance aux antibiotiques. Les chercheurs envisagent de réaliser un essai qui facilitera le transfert de la résistance aux antibiotiques délimité par un essai qui permettra de déterminer de quel antibiotique les bactéries dangereuses ont acquis la résistance.

Les probiotiques sont disponibles pour le grand public et se présentent sous la forme de nombreux aliments fonctionnels et aliments pour le bétail. « Surveiller la propagation de la résistance aux antibiotiques en se concentrant sur les probiotiques a été négligé et devrait être mis en place car l'impact mondial de la résistance aux antibiotiques est en augmentation », a déclaré Flores.

Les travaux de laboratoire ont été effectués par Emmanuel Flores, étudiant en master dans le laboratoire du Dr Van Laar à CSU Fresno. Il a travaillé sous la direction du Dr. Van Laar, du Dr. Sistrom (UC Merced) et de Mo Kaze (étudiant en doctorat, UC Merced). Le financement de cette étude a été fourni par le programme Bridge to Doctorate et par la subvention de recherche pour les diplômés de CSU Fresno Graduate Net, attribuée à Emmanuel. Ce travail a été présenté à l'ASM Microbe 2019 au Moscone Center de San Francisco, en Californie, le vendredi 21 juin 2019.

« Nous devons comprendre les risques des probiotiques. [Cette étude] ne nous dit pas qu’ils sont mauvais pour vous, mais nous devons les surveiller », a déclaré Flores. À l'heure actuelle, les infections liées à une résistance antimicrobienne font face à une crise mondiale de la santé qui pourrait entraîner des dépenses mondiales de 100 000 milliards de dollars d'ici 2050 et de 10 millions de décès par an. Donc, en gros, c’est un bon moyen de surveiller la résistance. Nous buvons ces bactéries vivantes à des fins bénéfiques, nous devons donc nous assurer qu’il n’yca pas d’effets indésirables. »

NB : On pourra lire l'article paru dans Infectious Disease News, Bacteria in probiotic beverages harbor antibiotic resistance genes.