50 personnes malades à cause de Salmonella en Angleterre et au Pays de Galles

« 50 personnes malades à cause de Salmonella en Angleterre et au Pays de Galles », source article de Joe Whitworth paru le 6 août 2019 dan Food Safety News.

Des responsables de la santé publique d'Angleterre et du Pays de Galles ont enquêté sur la source d'une épidémie à Salmonella qui a rendu malade plus de 50 personnes.

Public Health England (PHE), Public Health Wales (PHW) et la Food Standards Agency (FSA) étudient actuellement une épidémie à Salmonella 4,[5],12:b:- qui pourrait être liée à des aliments  servis dans certains restaurants indiens.

Cela a été identifié par une surveillance de routine qui a révélé une augmentation du nombre de cas de sérotypes de Salmonella et par l'analyse des données obtenues par séquençage du génome complet (WGS).

Une porte-parole de PHE a déclaré à Food Safety News qu'il n'y avait aucune preuve que des personnes malades vivent en dehors de l'Angleterre et du Pays de Galles et que l'agence n'était au courant d'aucun décès associé à l'épidémie.

Cas de maladie au Pays de Galles et en Angleterre

Au total, 54 patients ont été signalés, avec des dates de prélèvement allant du 23 avril au 7 juillet 2019. Six cas ont été enregistrés en mai, 23 en juin et 25 autres en juillet.

L'âge des personnes touchées varie de 14 mois à 80 ans, la moitié d'entre elles étant âgées de 20 à 40 ans. Vingt-six sont des femmes et 28 des hommes. Douze cas sont originaires du Pays de Galles et 42 d’Angleterre.

Le Dr Nick Phin, directeur adjoint du National Infections Service du PHE, a déclaré que l'agence enquêtait sur plusieurs cas à Salmonella survenus dans différentes régions d'Angleterre et du pays de Galles.

« Nous avons établi un lien entre les cas sur la base de l'analyse des données obtenues par séquençage du génome complet et nous travaillons avec la Food Standards Agency et des collègues de la protection de la santé au Pays de Galles pour déterminer la cause possible de l'infection », a-t-il déclaré.

« Il existe des mesures simples pour limiter la propagation de Salmonella, telles que la manipulation et la préparation hygiéniques des aliments, y compris la cuisson des aliments. Salmonella peut également se transmettre d'une personne à l'autre. Par conséquent, toute personne touchée devrait se conformer aux bonnes pratiques d'hygiène, telles que bien se laver les mains après avoir utilisé les toilettes. »

De 2013 à 2018, 45 cas à Salmonella enterica de sérotype 4,5,12:b:- sont rapportés par an en moyenne.

Lien avec des restaurants indiens

Une requête à l'échelle de l'UE via le système EPIS (Epidemic Intelligence Information System) a été publiée, mais on ne pense pas que l'épidémie affecte d'autres pays.

Bien qu'aucun produit alimentaire commun n'ait encore été identifié, plusieurs personnes ont mangé dans divers restaurants indiens en Angleterre et au Pays de Galles au cours de la semaine précédant l'apparition de la maladie.

Deux restaurants indiens à Londres ont été identifiés. Plusieurs cas confirmés ont signalé avoir mangé avant de tomber malade et des investigations sont en cours.

Pour identifier la source de l'épidémie et permettre à la FSA de suivre les informations relatives à la chaîne d'approvisionnement des restaurants, une équipe de contrôle des épidémies (OCT pour outbreak control team) a créé un questionnaire générateur d'hypothèses pour les cas.

« Les membres de l’OCT recueillent des informations auprès des patients et des sites potentiels pour identifier une source probable de l’épidémie. Tous les sites sont suivis par les équipes de la santé environnementale des autorités locales, conformément à leurs protocoles », a déclaré la porte-parole de PHE.

Les isolats sont sensibles à tous les antibiotiques testés, à l'exception d'une souche résistante à l'ampicilline.

Les symptômes de l’infection à Salmonella apparaissent généralement 12 à 72 heures après l’infection et comprennent de la fièvre, des douleurs abdominales, de la diarrhée, des nausées et parfois des vomissements.

La maladie peut durer de quatre à sept jours, mais la plupart des gens guérissent sans traitement. Les symptômes peuvent être plus graves chez les jeunes enfants, les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées et les personnes âgées.

NB : On aimerait bien aussi avoir en France des informations sur plusieurs foyers de cas d’intoxication alimentaire liés à Salmonella (1 et 2) les 12 et 19 juillet 2019 …

Le séquençage du génome complet aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter

« Le projet WGS aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter », source article de Joe Whitworth publié le 26 juillet 2019 dans Food Safety News.

Au Danemark, 50 personnes sont tombées malades à cause de Campylobacter après avoir consommé de la viande de poulet, mais les autorités estiment que le nombre réel de patients pourrait être beaucoup plus élevé.

Le Statens Serum Institut (SSI), l'administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food - Institut national de l'alimentation investiguent sur l'épidémie à Campylobacter jejuni.

Campylobacter est la principale cause d'infections bactériennes intestinales au Danemark et plus de 4 500 cas ont été enregistrés en 2018.

Le même type de Campylobacter, séquence de type 122, identifié chez des patients par séquençage du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) a également été retrouvé dans de la viande de poulet provenant d'un abattoir, appelé HKScan à Vinderup, une ville du nord-ouest du Jutland.

HKScan est une entreprise de viande et de plats nordiques employant plus de 600 personnes au Danemark dans des unités de production à Vinderup et Skovsgaard. L’administration danoise des aliments et des produits vétérinaires poursuit son investigation et des responsables ont été envoyés pour aider l’entreprise à suivre et à éliminer la source de l’infection.

Recherche sur les origines de Campylobacter

Les personnes malades sont 20 femmes et 30 hommes âgés de 14 à 87 ans avec un âge médian de 49 ans.

Dans le cadre d'un projet de cette année associant le département de microbiologie clinique (KMA) d'Aalborg, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et SSI, des isolats de Campylobacter provenant de patients diagnostiqués à Aalborg depuis mars 2019 ont été collectés, envoyés à SSI et le génome complet a été séquencé.

Les isolats de Campylobacter ne sont pas systématiquement soumis et séquencés, de sorte que l'épidémie a été détectée en raison du projet et pourrait sinon être passée inaperçue. Dans le passé, il était difficile de détecter et de résoudre de telles épidémies.

Certains isolats proviennent également d’autres isolats de KMA dans le cadre du projet danois intégré de surveillance et de recherche sur la résistance aux antimicrobiens (DANMAP pour Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme).

Steen Ethelberg, chef de section Épidémiologie et prévention des maladies infectieuses au SSI, a dit que les patients étaient tombés malades au cours des deux derniers mois et que des cas étaient toujours signalés.

« L'estimation la plus récente du nombre de cas supplémentaires dans la population par rapport aux cas contrôlés en laboratoire diagnostiqués est un facteur de 12, donc il y aurait plus de cas qui sont réellement malades dans d’autres éclosions », a-t-il déclaré à Food Safety News.

« Si nous connaissons cette épidémie, c'est parce que nous menons un projet dans une partie du pays où tous les isolats de patients sont collectés et soumis au séquençage du génome complet. Étant donné que l'épidémie est principalement basée sur l'un des 10 laboratoires, vous pouvez vous attendre à des patients dans tout le pays. Il semble probable qu'il pourrait y avoir plus de cas et nous avons également détecté des cas groupés plus petits dans le projet. »

Ethelberg a déclaré que le projet essayait de voir comment le WGS pourrait être utile pour comprendre Campylobacter.

« Il s’agit de collecter des isolats de patients dans un laboratoire, d’analyser simultanément la viande de poulet et de soumettre les isolats de Campylobacter dans la viande de poulet au WGS, puis de comparer les séquences. Dans le cadre du projet, nous étudions l'étiologie de Campylobacter mais nous observons également des épidémies en temps réel. Cette épidémie est suffisamment importante pour que nous pensions qu'elle devrait être signalée au public, mais dans un sens, elle n'est pas si différente, car nous savons que de nombreuses personnes sont atteintes de Campylobacter provenant de produits de volaille. »

Investigation de la Danish Veterinary and Food Administration (DVFA)

L'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a prélevé des échantillons sur différentes coupes de poulet provenant de différents magasins pour la recherche de Campylobacter et les a séquencés.

Annette Perge, de l'agence, a déclaré à Food Safety News qu'il était encore trop tôt pour conclure que l'épidémie était terminée.

« L'abattoir produit des produits frais et congelés. Nous ne pouvons donc pas exclure que des produits puissent encore être sur le marché ou être achetés et stockés congelés chez des particuliers. Sur la base d’interviews de patients, il n’a pas été possible de mettre en évidence des produits, des lieux d’achat ou des périodes d’achat spécifiques », a-t-elle déclaré.

« En outre, il n’existe aucune obligation légale stipulant que Campylobacter est interdit dans la viande de volaille. Cependant, même sans exigences légales, les aliments utilisés comme prévu ne doivent pas provoquer de maladie. L'abattoir est un grand établissement et leurs produits sont vendus dans toutes les grandes chaînes de magasins danoises. »

L'agence ne sait pas encore si le lien était limité à une exploitation agricole ou à un établissement, selon Perge.

« Le lien entre les isolats alimentaires et les échantillons de routine prélevés à l'abattoir, des échantillons de peau de cuisse de poulets prélevés régulièrement pour des analyses et les isolats de patients a été observé lors de la comparaison des résultats du séquençage du génome complet. Cependant, il n'a pas été possible de vérifier le lien par le biais d'entretiens avec des patients.

« Nous n'avons aucune indication que cette épidémie soit due à une contamination persistante dans l'abattoir. Ils ont été autorisés à continuer la production. Ils nous aident de toutes les manières possibles à résoudre le cas. »

Perge a déclaré que des échantillons de poulets provenant d'une exploitation agricole spécifique présentaient une ressemblance étroite avec les patients.

« L'équipe d’audit a visité l’exploitation agricole et l’abattoir et des corrections ont été apportées aux pratiques. À l'heure actuelle, aucun poulet n'est livré à l'abattage car ils ne sont pas encore assez âgés. La viande de poulets abattus dans cette exploitation agricole sera analysée pour la recherche de Campylobacter et les isolats éventuels seront séquencés et comparés à la souche épidémique. Si la viande contient un plus grand nombre de Campylobacter, l'utilisation de la viande sera restreinte. »

L'utilisation du séquençage du génome complet des pathogènes est ‘extrêmement limitée’ dans les pays en voie de développement

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« L’utilisation du séquençage du génome complet des pathogènes est ‘extrêmement limitée’ dans les pays en voie de développement », source Food Safety News.

Selon une étude, l'utilisation du séquençage du génome complet est extrêmement limitée dans la plupart des pays en voie de développement.

Des chercheurs ont constaté que, bien que certains pays n’aient pas la capacité de collecter et d’analyser les données générées par le séquençage du génome complet, la principale lacune technique dans la plupart des pays en voie de développement réside dans l’interprétation des données faisant appel à la bioinformatique. L'étude a été publiée dans le journal Foodborne Pathogens and Disease et est disponible gratuitement et en intégralité.

Un examen de la portée et une session d’un groupe de discussion ont permis de comprendre l'utilisation de séquençage du génome complet pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la surveillance des aliments à l'échelle mondiale et d'identifier les limites pour les pays en voie de développement dans l'adoption du séquençage du génome complet pour leurs systèmes de contrôle des aliments. Des experts du Ghana, d’Iran, des Philippines, du Soudan, de la Tanzanie et de la Thaïlande faisaient partie du groupe de discussion.

La sous-déclaration des maladies d'origine alimentaire et les cas de contamination microbienne est fréquente dans les pays développés et en voie de développement; toutefois, le nombre extrêmement faible de foyers déclarés par les pays en voie de développement ne reflète probablement pas la situation réelle dans ces pays.

Différences entre pays développés et en voie de développement

Les résultats ont montré que certains pays développés utilisent régulièrement le séquençage du génome complet dans les systèmes de surveillance des aliments, ce qui permet de mieux comprendre les causes des épidémies. Dans les pays en voie de développement, la connaissance du séquençage du génome complet existe dans les secteurs universitaires et de la recherche; toutefois, au niveau gouvernemental, on comprend peu l’utilité de ce principe pour les activités de réglementation de la sécurité sanitaire des aliments.

Les lacunes dans les connaissances et les capacités des pays développés et en voie de développement concernant l'utilisation du séquençage du génome complet introduiront probablement une inégalité dans le commerce international des produits alimentaires. Les organisations internationales et les pays qui connaissent déjà bien le séquençage du génome complet ont un rôle important à jouer pour aider les pays en voie de développement à tirer pleinement parti de la technologie et de ses applications dans la gestion de la sécurité des denrées alimentaires, ont déclaré des chercheurs.

L'examen de la portée a révélé que plus de 10 pays utilisaient le séquençage du génome complet à des fins réglementaires, contre quatre qui l'utilisaient pour la gestion de la sécurité des denrées alimentaires en 2016. Toutefois, il a également été constaté que ces autres pays étaient des pays développés. Il n'y avait aucune donnée indiquant qu'un pays en voie de développement ait commencé à utiliser le séquençage du génome complet dans le système gouvernemental, ce qui a été confirmé par le groupe de discussion.

Tous les participants au groupe de discussion se sont déclarés prêts à utiliser la technologie pour contribuer à leurs systèmes nationaux de contrôle des aliments, mais le manque d'engagement des niveaux hiérarchiques supérieurs a constitué un obstacle à leur utilisation.

Selon les membres du groupe de discussion, des laboratoires nationaux bien équipés sont disponibles pour l'analyse des isolats, mais le séquençage du génome complet doit être effectué systématiquement si ce système est utilisé comme base pour les systèmes de surveillance des aliments, selon l'étude.

Le séquençage du génome complet est-il rentable?

Certains instituts de recherche, tels que l’Institut Pasteur en France, ont mené des études sur le séquençage du génome complet dans des pays en voie de développement pour promouvoir la technologie. Avant d'introduire le séquençage du génome complet, il est essentiel que les pays disposent d'un mécanisme systématique pour collecter les isolats et les métadonnées à partir d'échantillons cliniques, d'aliments et de l’environnement.

« En supposant qu'il soit déjà coûteux pour les pays en voie de développement de mettre pleinement en œuvre les méthodologies traditionnelles pour détecter les épidémies d'origine alimentaire, il est nécessaire de se demander si l'intégration du séquençage du génome complet serait rentable pour améliorer les situations de détection/déclaration d'épidémie », selon l'étude.

L'universalité du séquençage du génome complet a un avantage en efficacité et le coût par échantillon a diminué. Bien que cela puisse contribuer à des économies de coûts pour l'identification des agents pathogènes d'origine alimentaire, le coût global peut rester élevé, car le séquençage du génome complet nécessite des infrastructures appropriées et un équipement en état de fonctionnement et du personnel.

En juillet 2018, entre 11 000 et 18 000 articles scientifiques traitaient de l'utilisation des technologies génomiques pour l'identification, l'investigation et/ou la prévention des épidémies de maladies d'origine alimentaire.

Des études de cas réalisées aux États-Unis, au Danemark et en Angleterre ont montré comment le séquençage du génome complet peut être intégré au système réglementaire de sécurité sanitaire des aliments pour les investigations sur les épidémies avec des avantages, telles que la spécificité, permettant une meilleure définition des cas pour améliorer la gestion des épidémies, la sensibilité, permettant de lier des maladies apparemment sporadiques survenant sous le radar de la surveillance des épidémies et la précision, déterminant la cause fondamentale des éclosions complexes.

L’introduction du séquençage du génome complet au Kenya a attiré l’attention des décideurs sur l’importance de la sécurité sanitaire des aliments et a servi de base à la mise en place d’un système national de contrôle des aliments. Le Kenya Medical Research Institute a introduit le séquençage du génome complet pour séquencer des souches d'agents pathogènes sélectionnés à partir d'échantillons cliniques et le gouvernement a été en mesure de cartographier les points chauds de la maladie afin de réviser les systèmes existants et d'identifier les aliments à haut risque.

Les bases de données et les plates-formes pour le partage de données du séquençage du génome complet comprennent la base de données Genome Trakr de la FDA, European Nucleotide Archive et la DNA Data Bank of Japan. Certaines initiatives, telles que le Global Microbial Identifier, tentent de renforcer le partage mondial des données.