Le blog d'Albert Amgar

jeudi 11 novembre 2021

Des chercheurs découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments

«Détection aéroportée. Des chercheurs de l'ECU découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments», source communiqué de l’East Carolina University.

Des chercheurs de la Brody School of Medicine de l'East Carolina University ont trouvé un nouveau moyen de détecter le virus qui cause la COVID-19 en analysant l'air traversant les systèmes de ventilation des bâtiments. La découverte pourrait conduire à une détection plus précoce du virus, à des protocoles de quarantaine améliorés, à une transmission réduite et à moins d'épidémies.

Le Dr Sinan Sousan, professeur au Département de santé publique et de recherche de Brody au North Carolina Agromedicine Institute, et expert en exposition environnementale et professionnelle à l'air, et la Dr Rachel Roper, professeur au Département de microbiologie et d'immunologie avec une importante connaissance sur l'étude des coronavirus, a été le fer de lance des efforts pour savoir si le SRAS-CoV-2 pouvait être détecté dans les systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation (CVAC) dans les dortoirs des étudiants.

Leurs travaux ont été récemment publiés dans The American Journal of Infection Control (texte complet en accès libre) et représentent une percée dans la manière dont le virus peut être détecté avant qu'un individu ne soit positif.

«Je pense que c'est important parce que vous voulez savoir si quelqu'un dans le bâtiment est infecté, potentiellement contagieux et infectant d'autres personnes, c'est donc une mesure de santé publique vraiment importante», a dit Roper à propos de l'étude, ajoutant que cette méthode pourrait également être utilisée pour rechercher d'autres virus et pathogènes en suspension dans l'air, tels que le virus de la grippe.

Les chercheurs ont collecté des échantillons dans deux grands dortoirs pour étudiants et une suite d'isolement hébergeant des étudiants, qui avaient été testés positifs pour la COVID-19, plusieurs fois par semaine pendant plus de trois mois à partir de janvier 2021.

L'équipe de Sousan a collecté un total de 248 échantillons d'air, testant quatre méthodes de collecte qui déposaient des échantillons dans de petits filtres, des solutions salines et des cartouches qui ont ensuite été conservés et transportés au laboratoire de Roper pour une analyse par RT-PCR. Les tests ont révélé la présence du SRAS-COV-2 dans les échantillons d'air de la salle d'isolement dans 100% du temps. Dans les dortoirs où les étudiants n'étaient pas déjà en isolement de la COVID-19, les chercheurs ont pu détecter le virus dans les échantillons d'air dans 75% du temps lorsque les étudiants du même étage ont ensuite été testés positifs via un écouvillon nasal.

L'astuce du succès consistait à capturer des échantillons d'air avec un virus suffisamment concentré pour être détecté et à maintenir la stabilité du virus dans les échantillons pour le ramener au laboratoire avec de l'ARN intact pour l'analyse PCR, a dit Roper.

De la même manière que pour tester les eaux usées d'un bâtiment, la mise en œuvre d'un échantillonnage de l'air du bâtiment à plus grande échelle pourrait permettre une détection plus précoce du virus, en particulier dans les espaces partagés.

«La détection dans l'air fournit un préavis d'expositions potentielles à des endroits spécifiques dans un bâtiment», a dit Mike Van Scott, vice-chancelier par intérim de la division de la recherche, du développement économique et de l'engagement d'ECU. «Il était fortuit que le SRAS-CoV-2 puisse être détecté dans les eaux usées, mais le prochain virus respiratoire que nous rencontrerons pourrait ne pas être aussi stable, et la détection dans l'air nous permettrait de réagir rapidement.»

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Éviter les faux positifs pour le SARS-CoV-2 lors de l'utilisation de tests antigéniques rapides

«Éviter les faux positifs pour le SARS-CoV-2 lors de l'utilisation de tests antigéniques rapides», source ASM News.

À la lumière des fréquents faux positifs, une équipe de chercheurs canadiens a montré que les tests antigéniques rapides pour le SARS-CoV-2 ne fonctionnent que lorsque les instructions du fabricant sont suivies. L’étude est publiée dans Microbiology Spectrum.

L'impulsion de une étude visant à démontrer l'évidence putative était que des publications étaient apparues sur les réseaux sociaux montrant des faux positifs sur des tests COVID de boissons non alcoolisées et de fruits, qui étaient vraisemblablement des tentatives de discréditer les tests, a déclaré l'auteur principal, Jason J. LeBlanc.

De plus, des écoliers testés pour le virus ajoutaient subrepticement du jus de fruits et d'autres contaminants dans le dispositif de test pour provoquer des faux positifs, afin d’avoir plus de temps libre hors de l'école, a déclaré LeBlanc, qui est microbiologiste clinique, Division de microbiologie, Département de médecine de laboratoire. , Nova Scotia Health, et professeur, Division de pathologie, Université Dalhousie, Halifax, Nouvelle-Écosse, Canada.

«Voyant l'utilisation abusive et la fausse représentation de la fonction de test sur les réseaux sociaux, nous nous sommes sentis obligés de dériver des données scientifiques solides pour expliquer la formation de résultats faussement positifs lors des tests d'antigène SARS-CoV-2», a ajouté LeBlanc.

L'importance de l'étude va au-delà de la lutte contre la propagation de mensonges sur les réseaux sociaux. Cela pourrait être largement bénéfique pour la santé publique dans le monde, car le test antigénique rapide en question a été distribué dans plus de 120 pays.

«Cette information aidera les fournisseurs de soins de santé à fournir une explication scientifique des raisons pour lesquelles des résultats erronés peuvent se produire lorsque les tests sont utilisés en dehors des recommandations du fabricant», a déclaré Leblanc.

Les chercheurs ont effectué des tests antigéniques rapides pour le SARS-CoV-2 sur diverses boissons commerciales avec des teneurs en sel et des niveaux de pH différents. Ces tests ont tous donné des faux positifs.

Après cela, chaque composant de la solution tampon a été retiré, à son tour, et l'absence de chacun a invariablement entraîné un faux positif, a déclaré LeBlanc.

Un tampon est une solution qui résiste aux changements de pH lorsqu'un acide ou un alcali y est ajouté. Les tampons comprennent généralement un acide ou un alcali faible avec l'un de ses sels et un petit composé organique appelé tricine. «Le tampon crée un environnement qui empêche les anticorps de se lier les uns aux autres à moins que le SARS-CoV-2 ne soit présent», a déclaré LeBlanc.

Ainsi, l'étude a révélé que l'omission du tampon du fabricant ou sa modification de quelque manière que ce soit pouvait générer des résultats faussement positifs, «soulignant le rôle essentiel de chacun des composants du tampon pour le bon fonctionnement du test», a déclaré LeBlanc.

Aux lecteurs du blog

mercredi 10 novembre 2021

Nouvel épisode de l'agribashing en France

Après Choses lues: Agribashing en France du 4 octobre 2021, voici hélas un nouvel épisode des excités anti-agriculture en France ...

La fameuse "inspection citoyenne" des faucheurs volontaires.

Une intrusion par effraction, un saccage. Et les professionnels qui savent que personne ne sera condamné pour ces déprédations.

Où est l'Etat de droit???? https://t.co/C3oOpjr1pw
— Emmanuelle Ducros (@emma_ducros) November 10, 2021

OGM : des faucheurs volontaires mènent une "inspection citoyenne" chez RAGT à Calmont dans l'Aveyron https://t.co/CwKjAzPGfs pic.twitter.com/R1JNt1I3na
— France 3 Occitanie (@F3Occitanie) November 10, 2021

Aux lecteurs du blog

Attention au risque d’hépatotoxicité en cas de surconsommation de denrées ou compléments alimentaires à base de cannelle

Dans le cadre du dernier numéro de Vigil’Anses de novembre 2021, une fiche de nutrivigilance rédigée par Youssef El-Ouadrhiri et Gwenn Vo Van Régnault (Anses) nous informe, «Attention au risque d’hépatotoxicité en cas de surconsommation de denrées ou compléments alimentaires à base de cannelle».

C’est dans les écorces de canneliers, notamment la cannelle de Chine, que l’on retrouve les plus fortes teneurs en coumarine. Il n’existe pas de teneur maximale régle-mentaire de coumarine dans les compléments alimen-taires. Néanmoins, la consommation de compléments alimentaires contenant de la cannelle peut conduire à des dépassements importants de la dose journalière tolérable (DJT) fixée pour la coumarine, qui présente une toxicité hépatique à forte dose. L’Anses recommande une dose journalière maximale pour la coumarine dans les complé-ments alimentaires de 6 mg de coumarine par jour pour un adulte de 60 kg. Elle déconseille leur consommation par les personnes ayant des antécédents de maladie du foie. Enfin, l’Anses recommande qu’une vigilance particulière soit portée à l’utilisation alimentaire par voie orale des huiles essentielles de cannelle.

Quelle est la dose maximale journalière de coumarine que l’on peut consommer sans risque ?

Selon les données de la troisième étude individuelle nationale des consommations alimentaires (INCA3), l’exposition alimen-taire de la population française à la coumarine peut atteindre jusqu’à 20 % de la DJT, et cela sans tenir compte de la consommation supplémentaire de compléments alimentaires. Le risque de dépassement de cette DJT devient élevé chez les grands consommateurs de compléments alimentaires à base de plantes riches en coumarine, cannelle de Chine notam-ment.

Les doses journalières de cannelle recommandées par les fabricants et distributeurs de compléments alimentaires sont comprises entre 1000 mg et 8000 mg/j.

En considérant une teneur moyenne en coumarine de 3000 mg/kg de cannelle de Chine, la consommation de complé-ments alimentaires peut correspondre à des apports de 3 à 24 mg de coumarine par jour (sans tenir compte des autres sources d’exposition, alimentaire ou autre). Avec ces apports, la DJT de 0,1 mg/kg de poids corporel par jour soit 6 mg/jour pour un adulte de 60 kg, peut donc être largement dépassée. De plus, la consommation peut être sub-chronique car la durée d’utilisation recommandée par les fabricants peut aller jusqu’à trois mois.

A retenir

L’Anses recommande qu’une vigilance accrue soit portée à l’utilisation des huiles essentielles de cannelle dans des pro-duits destinés à l’alimentation et aux compléments alimen-taires : en effet, ils sont à l’origine de la majorité des effets indésirables liés à la coumarine, recensée par les dispositifs de vigilance. Elle recommande que la consommation de cou-marine ne soit pas supérieure à la DJT.

L’Agence déconseille aux personnes atteintes de maladie du foie de consommer les aliments riches en cannelle et les com-pléments alimentaires contenant de la coumarine.

Dans la fiche d’information de ce site sur les contre-indications et allergies à la cannelle, on peut y lire,

Heureusement, il existe très peu de contre-indications à la consommation de cannelle. Chez certaines personnes, elle peut toutefois entraîner une irritation des muqueuses au niveau de la bouche, surtout lorsqu’elle est consommée en excès. Mieux vaut, donc, être prudent et prendre au sérieux ce phénomène dès les premiers signes.

Une mise à jour s’impose ...

Aux lecteurs du blog

Température chez l'homme et comportement des pathogènes lors d'une infection

«Un changement de la température du corps humain (37°C) reprogramme rapidement de multiples réponses adaptatives chez Escherichia coli qui faciliteraient la survie et la colonisation de la niche», source Journal of Bacteriology. L’article est est dispobible en accès libre.

Résumé

L'un des premiers signaux environnementaux détectés par un microbe lorsqu'il pénètre dans un hôte humain est une augmentation de la température de 37°C. Dans cette analyse dynamique du temps, nous démontrons que cette transition environnementale signale rapidement une multitude de changements d'expression génique chez Escherichia coli. Des bactéries cultivées à 23°C dans des conditions aérobies ont été déplacées à 37°C, et l'expression de l'ARNm a été mesurée à des moments après le passage à 37°C (t = 0,5, 1 et 4 h). La première heure est caractérisée par un passage transitoire aux stratégies de respiration anaérobie et aux réponses au stress, en particulier la résistance aux acides, indiquant que la température sert de signal sentinelle pour prédire et se préparer à diverses niches au sein de l'hôte. Il a été démontré que les effets de la température sur un sous-ensemble de gènes de réponse au stress étaient médiés par RpoS et directement corrélés avec les niveaux de RpoS, DsrA et RprA, et une résistance accrue aux acides a été observée, qui dépendait de la croissance à 23°C et du RpoS. En 4h, l'expression des gènes s'est déplacée vers les voies de respiration aérobie et les réponses au stress ont diminué, associées à une augmentation des gènes associés à la biosynthèse (acides aminés et nucléotides), à l'absorption du fer et à la défense de l'hôte. ompT, un gène qui confère une résistance aux peptides antimicrobiens, était hautement thermorégulé, avec un motif conservé dans les souches de E. coli entéropathogènes et uropathogènes. Une diminution immédiate de l'expression du gène curli concomitante à une augmentation de l'expression du gène flagellaire implique la température dans cette décision de développement. Ensemble, nos études démontrent que la température signale une reprogrammation de l'expression génique immédiatement après une augmentation qui peut prédire, préparer et favoriser la survie de la bactérie au sein de l'hôte.

Importance

En tant que l'un des premiers signaux détectés par le microbe lors de son entrée dans un hôte humain, comprendre comment les bactéries comme E. coli modulent l'expression des gènes en réponse à la température améliore notre compréhension de la façon dont les bactéries initient immédiatement des réponses bénéfiques pour la survie et la colonisation. Pour les pathogènes, la compréhension des différentes voies de régulation thermique pourrait fournir des cibles précieuses pour les médicaments chimiothérapeutiques anti-infectieux ou les mesures de désinfection. De plus, nos données fournissent un examen dynamique de la réponse au stress RpoS, fournissant un support à l'échelle du génome pour la façon dont la température affecte RpoS par le biais de changements dans la stabilité de RpoS et la modulation par de petits ARN régulateurs.

Aux lecteurs du blog

Il faut d’urgence confier l’agriculture française aux écologistes ! [par Jean-Paul Pelras]

Suite à de l'information publiée sur le blog dans Les retenues d'eau en agriculture, un enjeu essentiel, mais pas pour des pseudo-écolos ..., il n’y a pas que la sécurité des aliments dans la vie, défendre l’Agriculture française de ses fléaux est un objectif à part entière, d’où, cet article «Il faut d’urgence confier l’agriculture française aux écologistes ! [par Jean-Paul Pelras]».

Texte paru le 9 novembre dans l’agri.

Et si la manifestation organisée le 6 novembre dernier à Mauzé sur le Mignon dans les Deux Sèvres était la goutte de trop ?

Non pas celle qui fit déborder les «Bassines» à l’origine de ce rassemblement, mais celle qui fait définitivement basculer la Confédération paysanne du syndicalisme agricole vers l’activisme sociétal. Très proche de certaines ONG auprès desquelles la Conf’ s’affiche presque systématiquement depuis des années dès qu’il s’agit de défendre les causes humanitaires ou environnementales, ce mouvement vient de s’associer avec les associations «Bassines, non merci» et «Les soulèvements de la terre» afin de dénoncer la mise en place de retenues collinaires désormais appelées “bassines”. Lesquelles, destinées à être alimentées par les eaux pluviales, le seraient également, toujours selon ces associations, par pompage dans la nappe phréatique. Pour dénoncer ce qu’ils considèrent comme étant un accaparement de l’eau par certains agriculteurs soutenus à quelques encablures de là par la FDSEA, les JA et la Coordination Rurale, d’autres agriculteurs, ceux de la Conf’, ont donc, entre deux altercations avec les forces de l’ordre, débranché la pompe et retiré les bâches recouvrant la retenue.

À l’heure où la France va devenir, pour la première fois de son histoire agricole, dépendante des importations, n’y a-t-il pas d’autres combats à mener que celui consistant à se tirer une balle dans le pied ? À l’heure où les défis alimentaires sont au cœur des enjeux démographiques, géopolitiques et planétaires, pourquoi, si ce n’est pour répondre à certaines idéologies politiciennes, entraver, comme ce fut le cas pour le lac de Caussade dans le Lot et Garonne, l’irrigation des cultures et, de facto, limiter le potentiel de production ?

À l’instar de ce qui se passa dans l’Aude au printemps dernier, quand des ONG se sont opposées au décollage de l’hélicoptère destiné à traiter les vignes contre le mildiou là où, sols détrempés obligent, les tracteurs ne pouvaient pas entrer, les écologistes ont clairement choisi leur camp. Celui qui entend réduire de façon drastique tout ce qui permet à notre agriculture de demeurer compétitive que ce soit avec l’utilisation d’intrants, l’apport de nouvelles technologies ou, en l’occurrence, l’irrigation. À ce titre, la responsabilité de celles et ceux qui, au-delà des discours inclusifs et démagogiques, encouragent une limitation des productions est ici clairement engagée.

Que les agriculteurs tenants du modèle conventionnel cessent de produire et d’alimenter les marchés

Imaginons du jour au lendemain une agriculture convertie en bio à 100 % avec, ça et là, un peu de permaculture, un retour comme le prônent certains à la traction animale, une irrigation limitée, l’interdiction d’utiliser produits phytosanitaires et fertilisants, un arrêt des productions dites agro-industrielles… Pourquoi pas ? Il faudra alors en finir avec l’hypocrisie des débats d’idées et confier, sans délai, l’agriculture française aux écologistes qui devront, in petto, garnir sans trembler nos garde-manger.

C’est ce pari qu’il faut engager. Que les agriculteurs tenants du modèle conventionnel cessent de produire et d’alimenter les marchés pendant quatre ou cinq jours et nous verrons ce qu’il adviendra des grandes intentions pseudos-environnementales. Quatre ou cinq jours seulement, sans pâtes, sans pain, sans viande, sans vin, sans fruits, sans légumes, sans aucun approvisionnement au cœur des villes et dans les circuits de distribution… À défaut de pouvoir s’avitailler en quantité suffisante auprès de ceux qui dénoncent la malbouffe française, c’est d’une autre malbouffe, beaucoup moins vertueuse et contrôlable, dont nous devrons nous contenter : celle qui, inévitablement, envahira les étals avec de la marchandise importée.

Oui, allons-y, messieurs Benoît Biteau, député européen, Nicolas Girod, porte-parole de la Conf’, Yannick Jadot, candidat au pouvoir suprême qui prétend que les écologistes sont les défenseurs de l’agriculture, Sandrine Rousseau qui dit qu’il faut «accepter une baisse de rendement agricole»… Prenez les commandes, produisez et nourrissez la population française, remplissez les assiettes du pays sans tricher, en respectant vos engagements.

Nourrissez à partir de maintenant 67 millions d’individus 3 fois par jour, du premier janvier au 31 décembre ! Trouvez cette main d’œuvre, devenue si rare dans nos champs, qui acceptera d’arracher l’herbe sur des centaines de milliers d’hectares, qui acceptera de planter, de semer, de tailler, de faucher, de traire, de récolter… Sans rechigner, en tenant la cadence, en maintenant le rendement, malgré les prédateurs (que vous protégez), la conjoncture, les normes, les contraintes administratives, le caprice des éléments… Là, de Perpignan à Lille, sur presque 27 millions d’hectares !

Sachant que l’agriculture bio représente 10 % des surfaces exploitées, comment ferez-vous pour vous occuper des 24,5 millions d’hectares restants, cultivés jusqu’ici par environ 425 000 agriculteurs stigmatisés ? Un défi de taille à relever qui vous fera peut-être oublier le temps où vous démontiez les pompes à eau de ceux que la société française au bout de cinq jours, cinq jours seulement, commencera à regretter.

Aux lecteurs du blog

lundi 8 novembre 2021

Comportement de Listeria monocytogenes ayant subi des lésions sublétales après une exposition à l'acide peracétique

Certes, cette étude est in vitro, mais il semble exister un potentiel de virulence, l’adhésion aux surfaces et la réponse transcriptionnelle de Listeria monocytogenes ayant subi des lésions sublétales après une exposition à l'acide peracétique, source Applied and Environmental Microbiology.

Résumé

L'acide peracétique (APA) est un désinfectant qui peut causer des niveaux élevés de lésions sublétales à L. monocytogenes. Cette étude vise à évaluer les caractéristiques phénotypiques et transcriptionnelles concernant l'adhésion aux surfaces et le potentiel de virulence de L. monocytogenes ScottA et EGDe létalement lésés ou endommagés après exposition à 0,75 ppm d’APA pendant 90 min à 4°C et une incubation ultérieure dans du bouillon TSBY à 4°C. Les résultats ont montré que les cellules lésées ou endommagées de L. monocytogenes (99 % de la population totale) étaient capables de se fixer (après 2 et 24 h) sur des coupons en acier inoxydable à 4°C et 20°C. Des tests de virulence in vitro utilisant des cellules épithéliales intestinales humaines Caco-2 ont montré que L. monocytogenes lésé ou endomagé pouvait envahir des cellules hôtes mais ne pouvait pas proliférer de manière intracellulaire. La réponse de la virulence in vitro était dépendante de la souche; ScottA lésé ou endommagé était plus invasif que EGDe.

L'évaluation des lésions de l'APA au niveau transcriptionnel a montré une régulation positive des gènes (motB, flaA) impliqués dans la motilité du flagelle et l'adhésion aux surfaces. La réponse transcriptionnelle de L. monocytogenes EGDe et ScottA était différente ; seul ScottA lésé ou endommagé a démontré une régulation positive des gènes de virulence inlA et plcA. Une régulation à la baisse des gènes liés au stress fri et kat et une régulation à la hausse de lmo0669 ont été observées chez ScottA lésé ou endommagé. Les résultats obtenus indiquent que des cellules de L. monocytogenes lésées ou endommagées de façon sublétales peuvent conserver une partie de leurs propriétés de virulence ainsi que leur capacité à adhérer aux surfaces de transformation des aliments. La transmission aux produits alimentaires et l'introduction de ces cellules dans la chaîne alimentaire est donc un scénario plausible qui mérite d'être pris en considération en termes d'évaluation des risques.

Importance

Listeria monocytogenes est l'agent causal de la listériose, une grave maladie d'origine alimentaire. Les pratiques antimicrobiennes, telles que les désinfectants utilisés pour l'élimination de ce pathogène dans l'industrie alimentaire, peuvent produire une fraction de populations sublétalement lésées ou endommagées. Les cellules lésées ou endommagées de ce pathogène, qui peuvent survivre à un traitement antimicrobien, peuvent présenter un risque pour la sécuirté des aliments. Néanmoins, les connaissances sur la façon dont les lésions sublétales peuvent avoir un impact sur les traits cellulaires importants et les réponses phénotypiques de ce pathogène sont limitées. Ce travail suggère que les cellules de L. monocytogenes lésées ou endommagées de manière sublétale conservent une virulence et le potentiel d'adhésion aux surfaces et soulignent l'importance de l'apparition de cellules lésées ou endommagées de manière sublétale au regard de la sécurité des aliments.

NB: J’ai traduit le terme anglais attachment par adhésion, car en Français, le terme attachement est jugé un peu trop sentimental pour des cellules bactériennes. Source propos entendus lors d’une session scientifique en France organisée sur l’adhésion bactérienne dans les années 1980.

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