Dans
les aliments, chez les animaux d’élevage et sauvages, dans le sol,
l’eau, la végétation… Listeria monocytogenes est une
bactérie très largement répandue. Le projet européen Listadapt
s’est intéressé aux capacités d’adaptation des souches de
cette bactérie à ces différents milieux. Il a révélé que ces
capacités sont indépendantes du milieu d’origine des souches ou
de leur appartenance à un sous-groupe donné.
Listeria
monocytogenes est la
bactérie responsable de la listériose
chez l’être
humain. En France, la
maladie reste rare mais représente la deuxième
cause de décès d’origine alimentaire.
Elle peut entraîner une septicémie ou une infection du système
nerveux central. L’infection chez la femme enceinte peut provoquer
un avortement, un accouchement prématuré ou une infection néonatale
grave.
Le
projet européen Listadapt
avait pour objectif de comprendre les mécanismes d’adaptation
des souches de Listeria
à leur
environnement. En
effet, la bactérie comprend de nombreuses souches qui ne vivent pas
dans les mêmes milieux : «nous
avions précédemment constaté que certaines souches
étaient présentes dans les aliments mais pas chez les animaux ni
dans l’environnement naturel, et inversement.», explique
Sophie Roussel, coordinatrice du projet et responsable de l’équipe
de recherche de l’unité Salmonella et Listeria au
sein du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses à
Maisons-Alfort.
Connaître
leurs mécanismes d’adaptation permettrait notamment de savoir
quelles souches sont susceptibles de proliférer au contact des
aliments et quelles sont celles pouvant être par exemple résistantes
à un désinfectant ou à un antibiotique. Listadapt a été financé
de 2018 à 2020 par le programme
One Health EJP, coordonné par l’Anses. Le projet réunissait 8
partenaires de 7 pays européens. Au sein de l’Anses, en plus du
laboratoire de sécurité des aliments qui a coordonné le projet,
celui de Fougères a été impliqué dans l’étude de la résistance
aux antibiotiques et aux produits biocides, tandis que celui de
Ploufragan-Plouzané-Niort a contribué à l’obtention des génomes
avec sa plateforme de séquençage à haut débit.
1
485 nouvelles souches de bactéries
Grâce
à la collaboration d’instituts et de laboratoires dans toute
l’Europe, les membres du projet ont rassemblé 1
485 nouvelles souches de Listeria
monocytogenes.
Certaines ont été prélevées spécialement dans le cadre de
Listadapt. D’autres provenaient de collections existantes mais
n’avaient pas encore été étudiées. « Ces
souches couvrent toute
la diversité de Listeria monocytogenes,
souligne la scientifique. Elles ont des origines variées et
appartiennent à 80 familles clonales.»
Les familles clonales, appelées aussi complexes clonaux sont des
sous-groupes de Listeria monocytogenes différenciés sur la base de
certains gènes. Premier constat : certaines familles clonales sont
préférentiellement présentes dans des environnements spécifiques.
Mais contrairement à ce que les scientifiques pouvaient supposer,
ceci ne s’explique
pas par une capacité accrue à survivre dans ces milieux.
Des
caractéristiques différentes entre les souches d’une même
famille clonale
Parmi
les souches collectées, les scientifiques ont sélectionné un
sous-panel de 100 souches environnementales ou animales et 100
souches alimentaires pour étudier finement leurs caractéristiques.
«Nous avons par exemple découvert que certaines souches
prélevées dans les aliments peuvent survivre dans le sol et
d’autres non, même si elles appartiennent à une même famille
clonale», explique Sophie Roussel. Les capacités des bactéries
à former des biofilms, à adhérer à des surfaces et à résister à
des désinfectants et des antibiotiques ont également été
étudiées. Là aussi, une grande
variabilité au sein d’une même famille clonale a
été constatée.
Certains
résultats suggèrent que les différences de capacité d’adaptation
des souches pourraient venir de l’effet
cumulé de petites variations génétiques.
Des études supplémentaires sont cependant nécessaires pour
confirmer cette piste. «Il y a énormément de données. Même
si le projet est officiellement terminé, il nous faudra encore 2 ou
3 ans pour tout analyser.» conclue Sophie Roussel.
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attendant, Listeria
monocytogenes
reste, et de loin, la première cause de rappel de produits
alimentaires en France ...
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