Affichage des articles dont le libellé est PCR. Afficher tous les articles
Affichage des articles dont le libellé est PCR. Afficher tous les articles

mercredi 6 mai 2020

Un cas de COVID-19 détecté en France fin décembre, selon une étude


« Un cas de  COVID-19 détecté en France fin décembre, selon une étude », source article de Mary Van Beusekom du 5 mai 2020 paru dans CIDRAP News.

Le COVID-19 a été diagnostiquée rétrospectivement chez un homme traité dans une unité de soins intensifs (USI) près de Paris après avoir toussé du sang le 27 décembre 2019, soit 4 jours avant l'identification du nouveau groupe de coronavirus à Wuhan, en Chine.

Cette découverte, publiée cette semaine dans International Journal of Antimicrobial Agents, suggère que le coronavirus circulait déjà non détecté en France bien avant que les premiers cas n'y soient signalés le 24 janvier chez deux voyageurs de retour de Wuhan.

Les signes et les symptômes ont probablement conduit à un diagnostic erroné de la grippe
Soupçonnant que des cas de COVID-19 pourraient avoir été confondus avec la grippe, qui provoque des signes et des symptômes similaires, des chercheurs ont examiné les dossiers médicaux des patients en USI hospitalisés pour des symptômes de grippe du 2 décembre 2019 au 16 janvier 2020 qui avaient un résultat de la PCR négatif pour le nouveau coronavirus à l'admission.

Du 6 au 9 avril, ils ont également effectué une PCR sur des prélèvements respiratoires congelés de patients qui avaient de la fièvre, de la toux, un écoulement nasal, des maux de gorge ou des douleurs musculaires et des résultats de tomodensitométrie thoracique compatibles avec COVID-19. Les prélèvements étaient disponibles car l'hôpital conserve tous les échantillons respiratoires pendant 4 ans au cas où ils seraient plus tard nécessaires à la recherche.

Quatorze des 58 patients (14%) hospitalisés pour grippe au cours de la période d'étude ont été inclus dans l'analyse. Un prélèvement, d'un marchand de poisson de 42 ans né en Algérie qui vivait en France depuis de nombreuses années, s'est révélé positif. Son dernier voyage en Algérie a eu lieu en août 2019 et l'un de ses enfants a présenté des symptômes de grippe avant que l'homme ne tombe malade.

L'homme, qui souffrait d'asthme et de diabète de type 2, crachait du sang et avait des maux de tête et de la fièvre à son arrivée à l'hôpital. Il se sentait malade depuis 4 jours. La tomodensitométrie a révélé une accumulation de liquide dans les deux poumons, et il avait de faibles niveaux de lymphocytes (globules blancs importants pour la réponse immunitaire) et des niveaux élevés de protéine C-réactive (indiquant des lésions cardiaques) et de fibrinogène (indiquant des caillots sanguins).

Le prélèvement d'expectoration était banal, et l'homme a été traité avec des antibiotiques et libéré de l'hôpital le 29 décembre.

Un scénario de transmission radicalement différent possible
Les auteurs ont déclaré que les résultats suggèrent que le nombre réel d'infections au COVID-19 en France pourrait être sous-estimés et soutiennent l'hypothèse qu'environ 18% à 23% des personnes infectées par le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, étaient asymptomatiques Les résultats confirment également qu'environ 55% des infections ont été causées par des personnes non identifiées, « suggérant que de nombreux patients asymptomatiques n'ont pas été diagnostiqués en janvier 2020 et ont contribué à la propagation de cette épidémie. »

Les investigateurs ont noté que les résultats, ainsi que le manque de lien de l'homme avec la Chine ou les voyages récents, bouleversent les croyances actuelles sur l'épidémiologie de la pandémie. « Cela signifie également que plusieurs modèles utilisés pour prédire l'évolution et les résultats de la propagation du SRAS-CoV-2 pourraient être basés sur des données biaisées et devraient être ajustés au profil réel de l'épidémie », ont-ils déclaré.

Cependant, Reuters (lien non actualisé) et d'autres organes de presse rapportent que la femme de l'homme, qui n'est pas tombée malade, travaille dans le commerce de détail près d'un aéroport parisien fréquenté par des voyageurs internationaux.

Les auteurs ont noté qu'ils avaient peut-être manqué certains cas de coronavirus parce que la PCR pouvait produire des résultats faussement négatifs, la congélation pouvait avoir endommagé la qualité des échantillons, une contamination en laboratoire pouvait s'être produite et ils avaient limité l'analyse aux patients en USI qui présentaient des symptômes et les résultats du scanner sont cohérents avec le COVID-19, alors que la plupart des patients présentent des symptômes bénins.

Ils ont appelé à une analyse plus approfondie pour déterminer quand le virus est arrivé en France, déterminer l'étendue de la transmission et identifier tout décès qui pourrait avoir été attribué par erreur à des causes autres que le COVID-19 avant que l'épidémie ne soit identifiée.

La France a signalé le cinquième plus grand nombre de cas de coronavirus dans le monde, avec 169 583, avec 25 204 décès, selon le tracker en ligne de l'Université Johns Hopkins.

D'autres pays ont signalé des signes de propagation plus précoce du COVID-19 que ce qui avait été initialement reconnu.

Récemment, un examen post mortem en Californie a montré que le premier décès américain connexe s'était produit plusieurs semaines plus tôt que prévu.

vendredi 1 mai 2020

CoVID-19: On peut connaître le nombre tests hebdomadaires réalisés par les laboratoires de ville et hospitaliers, mais on est hélas encore loin des 500 000 voir 700 000 tests par semaine


Dans l’article « Comment faire pour connaître le nombre de tests COVID-19 par jour en France ? Mission impossible, pour l'instant ! », j’ai essayé de comprendre comment obtenir le nombre de tests hebdomadaire en France.

J’ai à peu compris comment cela fonctionne …

On apprend « COVID-19 Point épidémiologique hebdomadaire du 30 avril 2020 » de Santé publique de France, on apprend que dans les laboratoires hospitaliers :
« Du 24 février au 26 avril 2020, 548 767 tests et 111 113 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France. »

Par lien « COVID-19 Point épidémiologique hebdomadaire du 23 avril 2020 » de Santé publique de France, on apprend que dans les laboratoires hospitaliers :
Du 24 février au 19 avril 2020, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.

Ce qui revient à dire que du 19 au 26 avril 2019, il a été réalisé dans les laboratoires hospitaliers : 91 480 tests !

Selon le site, cascoronavirus.fr, « Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 27 avril 2020 par Santé publique. »

Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

188 125 tests réalisés ; 33 051 (18,2%) tests positifs ; 148 690 (81,8 %) tests négatifs  

On connaît donc désormais l'ensemble des chiffres des laboratoires hospitaliers et des laboratoires de ville...

En additionnant, les tests réalisés par les laboratoires hospitaliers, 91 480, et ceux des laboratoires de ville, 188 125, nous obtenons 279 605 tests en une semaine …

Rappelons que le chiffre de 700 000 avancé par le Premier ministre a été établi sur la base des recommandations du Conseil scientifique.

« Parce que le Conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. »

« Parce qu'à chaque nouveau cas correspondra en moyenne le test d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents », a expliqué le Premier ministre.

« 3 000 multiplié par 7 (jours) puis par 25, cela donne 525 000 tests par semaine. 700 000, cela nous donne la marge qui nous permettra de mettre en plus en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons déjà engagé dans les Ehpad notamment. »

On progresse mais on en est encore très loin à ce jour des annonces ...

NB : Le site du CEBM de l'Université Oxford indique pour la France au 1er mai 2020, 1 100 228 tests, soit 16 856 tests par million d'habitants depuis le début de l'épidémie.

Mise à jour du 2 mai 2020Le Figaro du 2 mai 2020  s’est penchée sur l'épineuse question, « Combien de tests PCR fait-on vraiment en France ? »
Le ministre de la santé explique sur LCI qu’il arrive à 280 000 tests par semaine après avoir appelé toutes les agences régionales de santé. 
Des chiffres malheureusement invérifiables puisque non-disponibles. En additionnant les 13 rapports des branches régionales de Santé publique de France, dont certaines comptabilisent plus de laboratoires de ville que les « 3 labo » (), on obtient un peu plus de 170 000 tests par semaine. Soit 46 000 de plus que le bilan national … mais 110 000 de moins que ce que promet le ministre. A moins de 10 jours du 11 mai, il n’y a en réalité aucun moyne de savoir exactement combien de tests virologiques sont réalisés par semaine. Un très mauvais signe avant le déconfinement.

Les chiffres que j'avance sont en conformité avec les dires du ministre de la santé ...

Mise à jour du 7 mai 2020. Le même journaliste que dans la précédente mise à jour, Cyrille Vanlerberghe, nous explique de nouveau, dans Le Figaro.fr du 6 mai 2020, qu'il existe Un flou persistant sur le nombre de tests en France.
À quelques jours du déconfinement, on ne connaît toujours pas précisément les capacités globales ou locales de dépistage dans le pays.
J'ai essayé en vain de le contacter pour lui indiquer ma méthode de calcul, mais l'adresse mail pour joindre ce journaliste du Figaro est régulièrement retournée sans suite ...

Mise à jour du 18 mai 2020. Le journal Le Monde, dans une mise à jour du 16 mai 2020, revient sur Coronavirus : le difficile comptage des tests effectués en France.

Le gouvernement vise 700 000 tests virologiques par semaine pour identifier les nouveaux cas de Covid-19. Mais les données publiques disponibles ne permettent pas de les recenser.

mercredi 29 avril 2020

Comment faire pour connaître le nombre de tests COVID-19 par jour en France ? Mission impossible, pour l'instant !


Libération dans un article du 15 mars 2020 tente de répondre la question « Covid-19 : est-il vrai que la France est incapable de compter le vrai nombre de tests pratiqués chaque jour ? »

Vous lirez l’article mais il termine par cette phrase, « De prochains chiffres devraient être donnés jeudi par Santé publique France dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire. Sans aucune assurance qu’y soient compilés les tests oubliés des laboratoires privés. » 

Le Figaro du 29 avril 2020 se pose aussi des questions,
Coronavirus : la France teste-t-elle plus ou moins que les autres pays ?
Alors que le déconfinement à partir du 11 mai se précise, où l'Hexagone se situe-t-il en matière de politique de dépistage ?

La réponse s’il y en a une est dans l’article réservé aux abonnés …

Big Brother vous regarde
Pour Médiapart du 29 avril 2020, l’affaire semble entendue, il y a à propos des tests COVID-109, « la défaillance organisée au sommet de l’Etat ». Article réservé aux abonnés.
Le gouvernement, incapable à ce jour de connaître les capacités des laboratoires sur son territoire à réaliser des tests, s’est tourné vers un cabinet privé pour réaliser un audit. Enquête sur le désastreux pilotage des tests Covid-19.
Le constat est implacable : face à la pandémie de Covid-19, la France n’est pas en capacité de tester massivement la population, comme l’OMS le recommande depuis le début de la crise sanitaire. Et si le 11 mai, le pays ne peut pas amorcer un déconfinement dans de bonnes conditions, c’est en grande partie à cause de l’invraisemblable retard pris sur les tests. Les annonces fracassantes d’Édouard Philippe sur ce point, qui promet désormais 700 000 tests virologiques par semaine, ne font plus illusion. « On ne sera évidemment pas prêt le 11 mai », confie le chercheur au CNRS Philippe Froguel, directeur de la plateforme de génomique Ligan, à Lille.

Comme vous pouvez le constater depuis l’article du 15 mars paru dans Libération, on n’en sait pas beaucoup plus au 29 avril 2020, plus d’un mois plus tard ...

En fait ce qui est rapporté par Médiapart était connu depuis un certain temps, comme en témoigne cet article de L’Opinion du 30 mars 2020, « Coronavirus: pourquoi la France manque de tests de dépistage du Covid-19 ».
A la demande de l’OMS, le gouvernement change de stratégie et promet d’atteindre « des capacités massives de dépistage » au Covid-19. Une étape cruciale pour lever le confinement… Mais la France en a-t-elle les moyens ?

A ce stade, je résume, on ne fait pas assez de tests semble-t-il mais aussi, on manquerait de tests, un remake des masques ?

France Inter du 21 avril 2020 nous dit « pourquoi la montée en puissance des tests en France prend autant de temps »
Pour atteindre l'objectif visé de 500 000 tests par semaine le 11 mai, les autorités ont augmenté le nombre de laboratoires autorisés à faire des tests. Laboratoires publics de recherche, laboratoires vétérinaires, laboratoires de la gendarmerie sont pourtant inégalement sollicités.

On apprend aussi,
Pour le directeur général de la Santé, à 20 jours du début du déconfinement, « l'urgence est de gérer l'épidémie, de connaître TOUS les porteurs du virus et donc ce sont les tests virologiques qu'il faut privilégier aujourd'hui. » Ces tests, réalisés avec la technique de PCR, « il faut que toutes les personnes symptomatiques puissent l'avoir » a-t-il insisté.

Sauf que depuis cet article, il y a eu l’intervention du Premier ministre qui a dit le 28 avril 2020 devant la représentation nationale, « Le gouvernement compte passer à 700 000 tests par semaine, soit le double des capacités actuelles ».

Certains médias ont confondus le type de tests et RTL parle de tests sérologiques alors que les tests annoncés sont des tests par PCR.

Cela étant, le chiffre de 700 000 a été établi sur la base des recommandations du Conseil scientifique.
« Parce que le Conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. »
« Parce qu'à chaque nouveau cas correspondra en moyenne le test d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents », a expliqué le Premier ministre.
« 3 000 multiplié par 7 (jours) puis par 25, cela donne 525 000 tests par semaine. 700 000, cela nous donne la marge qui nous permettra de mettre en plus en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons déjà engagé dans les Ehpad notamment. »

Alors tester les nouveaux cas et leurs contacts mais on ne parle toujours pas de tester des asymptomatiques ...

Alors le ‘retard’ dans les tests d’où vient-il ?

Public Sénat du 27 avril 2020 nous dit à propos des tests Covid-19, « les laboratoires en attente d’une «stratégie de dépistage claire ».
Après des débuts désordonnés, les laboratoires français, souvent confrontés au manque de matériel, s’organisent pour tenter de répondre à l’objectif du gouvernement pendant la période de déconfinement : réaliser entre 500 000 et 700 000 tests par semaine.
« … sur le terrain bon nombre de médecins et biologistes déplorent une insuffisance de moyens : manque de réactifs, d’écouvillons pour mener à bien les tests Covid ou encore de milieux de transport pour acheminer rapidement les échantillons. » 
La mise en place tardive du remboursement du test Covid-19 par la sécurité sociale n’a rien arrangé. 
D’après le président du Syndicat national des médecins biologiste, l’autre raison du retard vient de la sous-utilisation des laboratoires publics. Certains se sont très vite rendus disponibles mais il a fallu attendre début avril qu’un décret valide le recours aux laboratoires départementaux. « Ce blocage de l’État nous a fait perdre un temps précieux et plusieurs milliers de dépistages ».

Alors comme indiqué dans l’article « COVID-19 et tests: Le nombre de tests hebdomadaire est nettement en dessous des déclarations du ministre de la santé », il existe deux sources d’informations que je qualifierais de partielles :
Le point épidémiologique de Santé publique de France, dont le dernier point date du 23 avril 2020.
Au 21 avril 2020 (12h), sur 137 867 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo (Cerba, Eurofins Biomnis), 29 763 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 22%.

On apprend aussi que dans les laboratoires hospitaliers :
Du 24 février au 19 avril, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.

Une autre souce, cascoronavirus.fr, présente des statistiques des tests de dépistage du coronavirus COVID-19 France
Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 24 avril 2020 par Santé publique.
Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.
174 327 tests réalisés ; 32 627 (18,7 %) tests positifs ; 141 700 (81,3 %) tests négatifs.

Il me semble que ces données sont plus élevées que celles de du point épidémiologique précité parce que cela concerne tous les laboratoires de ville et non pas le réseau de trois laboratoires.

A suivre ...

samedi 25 avril 2020

COVID-19 et tests: Le nombre de tests hebdomadaire est nettement en dessous des déclarations du ministre de la santé


Dans un article du journal Le Monde du 25 avril 2020, on peut y lire, « Dépistage du coronavirus : les raisons du fiasco français sur les tests » (article réservé aux abonnés).
Difficultés d’approvisionnement, atermoiements du gouvernement, corporatismes et blocages réglementaires ont fait perdre de précieuses semaines au pays.

Pourtant, le ministre de la Santé a souligné samedi que le nombre de tests réalisés chaque jour pour dépister le coronavirus avait considérablement évolué depuis le début de la crise et qu'il atteindrait les 500 000 par semaines d'ici au 11 mai. « Tester 60 millions de Français tous les jours est impossible », a-t-il néanmoins prévenu.

Big Brother vous regarde
Pourtant « Impossible n’est pas français » …

Ne demandons donc pas l’impossible dans ce genre de guerre, les choses ont décidément bien changé, mais ce langage ne sert à rien, car personne n’a demandé au ministre qu’il fallait testé tous les Français !

Mais on apprend que l'objectif du gouvernement est « de réaliser entre 500 000 et 700 000 tests par semaine au moment de la levée du confinement », le 11 mai, contre 300 000 actuellement.

Je ne crois pas que 300 000 tests par semaine actuellement soit aussi vrai que la parole du ministre, car ne dit-on pas que « Les promesses des hommes politiques n'engagent que ceux qui les reçoivent », bref, nous allons essayer de voir pourquoi c'est pour l'instant aussi une mission impossible ...

Selon BFMTV, « Au 24 mars, la France a réalisé 101 046 tests de détections du coronavirus ».

Selon Le Monde précité, « en date du 15 avril, le nombre de personnes dépistées en France était de 5,1 pour 1 000 habitants. »

Selon le CEBM de l’Université d’Oxford, il y a eu à ce jour en France, 463 662 tests réalisés en France. Qu’on rassure le ministre, cela ne fait que 7 103 tests par million d’habitants, soit 7 tests pour 1 000 habitants, on progresse mais très lentement.

Alors où trouver ces fameux chiffres du nombre de tests de dépistage du coronavirus COVID-19 en France ?

Dans le cadre du réseau 3 labo (Cerba, Eurofins Biomnis), les prélèvements provenaient de 1 664 laboratoires de ville et de 157 établissements de santé. Les résultats sont donc issus de prélèvements de ville et de prélèvements d’origine hospitalière. Les données des 3 derniers jours ne sont pas prises en compte car non consolidées. La consolidation des données prend plusieurs semaines, les données des semaines précédentes peuvent ainsi évoluer depuis le dernier point épidémiologique. Le réseau 3 labo n’est pas exhaustif de l’activité de l’ensemble des LBM en France.

Les laboratoires concernés sont de niveau 3. Le niveau 3 intègre les structures où les agents biologiques sont pathogènes pour l’homme avec une propagation possible. Des traitement existent, généralement, pour lutter contre ce type de maladie.

Au 21 avril 2020 (12h), il y a eu 137 867 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, mais je pense que c’est par semaine, dont 29 763 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 22%. 

Cela étant, dans les laboratoires hospitaliers, du 24 février au 19 avril, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France, selon ce point épidémiologique du 23 avril précité.

Kiosque de tests en Israël,
bientôt en France?
Ainsi, selon Santé publique de France, point épidémiologique hebdomadaire au 14 avril 2020 (12h), soit une semaine plus tôt, 98 073 tests ont été réalisés dans les laboratoires de biologie médicale du réseau 3 labo.

Nous avons ainsi la preuve qu’il n’y pas 300 00 tests par semaine en France, n’en déplaise au ministre de la santé, à moins qu’il nous manque quelque chose ...

Pour un peu compliquer les choses, cet autre site (cascoronavirus.fr), disposant d’informations de Santé publique de France, signale les tests réalisés par les laboratoires de villes et sont datés du 21 avril 2020, soit 153 349 tests réalisés qui se décomposent en 31 023 (20,2%) tests positifs et 122 326 (79,8%) tests négatifs.

Il est aussi précisé que « Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés. »

Très curieuse cette mention parce le point épidémiologique de Santé publique de France, qui indique moins de tests que le site ci-dessus, rapporte avec 137 867 tests et que « Les résultats sont donc issus de prélèvements de ville et de prélèvements d’origine hospitalière. »

Alors que penser ? De l’espoir après le 11 mai, car après le fiasco des masques, on ne voudra pas de fiasco des tests, mais rien n’est moins sûr ...

Complément du 26 avril 2010
Le site qui rapportait au 21 avril 2010, 153 349 tests qui se décomposaient en 31 023 (20,2%) tests positifs et 122 326 (79,8%) tests négatifs, signale au 22 avril 2020, 161 720 tests réalisés qui se décomposent en 31 642 (19,6%) tests positifs et 130 078 (80,4%) tests négatifs. 

Précision utile: Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

Mise à jour 28 avril 2020

Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 24 avril 2020 par Santé publique.

Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés:

174 327 tests réalisés ; 32 627 (18,7%) tests positifs ; 141 700 (81,3%) tests négatifs