L'épidémie de salmonellose dans un célèbre restaurant de Madrid aurait été causée par plusieurs employés porteurs sains de Salmonella

«L'épidémie à Salmonella chez Casa Dani aurait été causée par la maladie de plusieurs employés de l'établissement, selon une étude menée par Madrid Salud», source Vozpópuli du 7 mars 2023.

L' épidémie de salmonellose à Casa Dani fin janvier a eu son origine dans la maladie de plusieurs employés qui étaient porteurs de la bactérie sans le savoir (on appelle cela des porteurs sains -aa), selon des sources de l'enquête auprès de Vozpópuli. C'est l'hypothèse principale des procédures que Madrid Salud a menées sur l'infection alimentaire qui a touché des personnes clientes du célèbre et légendaire établissement spécialisé dans l'omelette aux pommes de terre avec plus de trente années expériences dans la capitale.

Il y aurait eu 157 personnes touchées qui ont demandé des soins de santé, dont 16 qui ont dû être hospitalisées mais qui sont déjà sorties, ont indiqué des sources du ministère de la Santé à Europa Press.

Ce restaurant situé dans le quartier de Salamanca, a fermé tous ses locaux à partir du lundi 30 janvier, après des cas d’infections survenues dans l'établissement les 25 et 26 janvier. Il est actuellement suspendu d'activité par le conseil municipal d'arrondissement, comme le réaffirment les sources municipales consultées.

Cette situation de suspension se poursuivra jusqu'à ce que l'entreprise élabore un protocole d'autocontrôles qui comprend les informations de l'organisme municipal Madrid Salud tant en ce qui concerne les mesures d'hygiène pour les employés que la manipulation des aliments. Les professionnels de Madrid Salud et les techniciens de la santé du Conseil du district de Salamanque conseilleront activement la préparation dudit protocole par la société propriétaire de Casa Dani.

Tout cela se produit parce que les études menées par les laboratoires de Madrid Salud ont déterminé que l'hypothèse principale est que derrière l'origine de l'épidémie se trouve que plusieurs travailleurs, sans le savoir, étaient porteurs de salmonella. À la suite de l'épidémie, et une fois les analyses terminées, le dossier correspondant sera ouvert, qui pourra ou non se terminer par une sanction, selon ce que des sources municipales ont expliqué à Vozpópuli.

Les mêmes fournisseurs d'œufs

Le déclencheur final d'une intoxication alimentaire a apaisé l'incertitude que le reste des établissements voisins avaient dans le Mercado de la Paz à Madrid. La raison principale est que beaucoup d'entre eux partageaient les fournisseurs d'œufs de Casa Dani. L'hypothèse principale de l'origine de l'épidémie est déjà connue des commerçants environnants depuis plusieurs jours et ceux-ci gardent confiance en cette entité.

Des sources de Casa Dani ont souligné à Vozpópuli qu’«à tout moment» ils ont collaboré avec Madrid Salud pour pouvoir donner «une réponse» à tout ce qu'ils demandaient. Ils ont apporté également des améliorations dans les trois locaux qu'ils ont dans le Mercado de la Paz.

NB : Meric à Joe Whitworth de m’avoir signalé cette information.

Commentaire

La question que l'on peut se poser est pourquoi cela n'est pas arrivé auparavant ...

Eclosion à Salmonella Typhimurium associée à des cubes de tomates surgelées dans un restaurant de Finlande

«Eclosion à Salmonella Typhimurium associée à des cubes de tomates surgelées dans un restaurant de l'ouest de la Finlande, de janvier à février 2021», source Eurosurveillance. 

Message clé de santé publique

Que vouliez-vous aborder dans cette étude ?

Notre objectif était d'identifier la source d'une épidémie gastro-intestinale causée par Salmonella multirésistant afin de prévenir l'expansion de l'épidémie et d'épidémies similaires à l'avenir.

Qu'avons-nous appris de cette étude ?

La source de l'éclosion était un produit de tomates congelées qui, à notre connaissance, n'avait jamais été signalé auparavant. Cette épidémie met en évidence l'importance des recommandations de cuisson des produits alimentaires pour prévenir les épidémies. Deux membres du personnel asymptomatiques se sont révélés positifs pour Salmonella, ce qui encourage le dépistage des manipulateurs d'aliments asymptomatiques lors d'épidémies gastro-intestinales.

Quelles sont les implications de vos découvertes pour la santé publique ?

Aucune recommandation nationale pour la cuisson des produits de tomates surgelées n'existe en Finlande. Incité par les conclusions de l'investigation sur l'éclosion, le producteur a décidé de recommander la cuisson de ses produits de tomates surgelées avant consommation. Les épidémies de souches multirésistantes provenant d'aliments contaminés peuvent contribuer à l'introduction de souches résistantes aux antibiotiques en Finlande.

Résumé

Plusieurs personnes ont signalé des symptômes gastro-intestinaux suite à des repas consommés fin janvier 2021 dans un restaurant de l'ouest de la Finlande. Nous avons mené une étude de cohorte rétrospective et défini un cas comme une personne ayant mangé au restaurant le midi entre le 27 et le 29 janvier 2021 et ayant eu des douleurs à l'estomac, des vomissements ou de la diarrhée et/ou une infection à Salmonella Typhimurium confirmée par un laboratoire dans les deux semaines suivant l'exposition. Nous avons collecté des échantillons fécaux et alimentaires pour analyse microbiologique. Les isolats de Salmonella ont été caractérisés en détail à l'aide du séquençage du génome entier (WGS) et de l'analyse du cluster par typage cgMLST. Au total, 393 plats ont été vendus et 101 personnes (qui ont mangé 142 plats) ont participé à l'étude de cohorte. Il y avait 49 cas; 23 étaient des infections confirmées en laboratoire à S. Typhimurium multirésistant.

Les isolats de S. Typhimurium provenant de cas et de cubes de tomates congelées utilisées crues dans des salades étaient étroitement liés et regroupés dans la comparaison cgMLST. Ces salades étaient consommées par 76% des cas. Sur la base du regroupement cgMLST, ils étaient la source suggérée de l'épidémie. L'association statistique n'était pas significative entre manger des salades et être un cas. À la suite de l'enquête sur l'éclosion, le producteur a décidé de recommander la cuisson de ses produits de tomates surgelées avant consommation.

Conclusion

Nous avons pu identifier un produit congelé de cubes de tomates comme source de l'épidémie en séquençant des isolats à partir de prélèvements de patients et d'un prélèvement d'aliment. Cela souligne l'importance d'un étiquetage approprié des produits alimentaires pour prévenir les épidémies. Deux membres du personnel asymptomatiques se sont révélés positifs pour Salmonella, ce qui encourage le dépistage des manipulateurs d'aliments asymptomatiques lors d'épidémies gastro-intestinales.

Commentaire

Effectivement, l’importance de l’étiquetage est un point nécéssaire, mais est-il suffisant ? Les consommateurs lisent-ils les recommandations d’emploi du produit. Le cas des nuggets de poulets panés, crus et surgelés montre que c’est loin d’être le cas.

Mise à jour du 4 novembre 2022

Tout arrive, un article de Food Safety News traite de cette éclosion, «Finnish Salmonella outbreak linked to frozen tomato product».

On connait enfin le nombre de tests hebdomadaires en France, c'est très loin des annonces du gouvernement ...

Lundi 25 mai, je faisais part des difficultés à connaître le nombre de tests réalisés en France par semaine, mais désormais, il faut l’espérer, les choses semblent être rentrées dans l’ordre.

Selon COVID-19 : point épidémiologique du 29 mai 2020 de Santé publique de France :

Les objectifs de la surveillance virologique basée sur les laboratoires sont de suivre l’évolution des taux de positivité des tests dans le temps par région ou département, ainsi que le nombre de patients positifs pour le SARS-CoV-2 rapporté à la population (taux d’incidence).

Les données sont consolidées dans le temps. Ces indicateurs permettent, associés aux autres indicateurs, de suivre la dynamique de l’épidémie. Jusqu’à ces dernières semaines, la surveillance virologique s’appuyait sur les données non exhaustives transmises à Santé publique France par le réseau 3 labo (Cerba, Eurofins-Biomnis, Inovie) et par les laboratoires hospitaliers.

Désormais, elle s’appuie sur le système SI-DEP (système d’information de dépistage), opérationnel depuis le 13 mai 2020 et dont la montée en charge a été progressive. Ce nouveau système de surveillance vise au suivi exhaustif de l’ensemble des patients testés en France dans les laboratoires de ville et dans les laboratoires hospitaliers.

Actuellement, les données transmises concernent les tests RT-PCR réalisés. Prochainement, les données des sérologies seront également transmises. Au 27 mai 2020 11h, la quasi-totalité des laboratoires (4 700 sites de prélèvements) a transmis des données. Des contrôles sont effectués afin d’améliorer la qualité et la complétude de ces données et de nouveaux laboratoires continuent à être intégrés dans le système.

Au cours de la semaine 21 (18 au 24 mai 2020) 216 891 patients ont été testés pour le SARS-CoV-2, et pour 4 119 patients, les tests se sont avérés positifs.

Le taux de positivité national hebdomadaire était de 1,9% (calculé sur les tests valides).

Ce taux est comparable aux taux de positivité des semaines 19 et 20 (3% et 2%) issus des données du réseau 3 labo.

Rappelons que les objectifs du gouvernement sont le plus souvent à géométrie variable …

France Inter du 21 avril 2020 nous dit « pourquoi la montée en puissance des tests en France prend autant de temps ».

Pour atteindre l'objectif visé de 500 000 tests par semaine le 11 mai, les autorités ont augmenté le nombre de laboratoires autorisés à faire des tests. Laboratoires publics de recherche, laboratoires vétérinaires, laboratoires de la gendarmerie sont pourtant inégalement sollicités.

On apprend aussi,

Pour le directeur général de la Santé, à 20 jours du début du déconfinement, « l'urgence est de gérer l'épidémie, de connaître TOUS les porteurs du virus et donc ce sont les tests virologiques qu'il faut privilégier aujourd'hui. » Ces tests, réalisés avec la technique de PCR, « il faut que toutes les personnes symptomatiques puissent l'avoir » a-t-il insisté.

Sauf que depuis cet article, il y a eu l’intervention du Premier ministre qui a dit le 28 avril 2020 devant la représentation nationale, « Le gouvernement compte passer à 700 000 tests par semaine, soit le double des capacités actuelles ».

A suivre ...

Mise à jour du 5 juin 2020. 
Selon le point épidémiologique hebdomadaire du 4 juin, on apprend :

Du 24 au 30 mai 2020, 236 098 patients ont été testés pour le SARS-CoV-2.

De la difficulté de connaître le nombre de tests de dépistage du coronavirus COVID-19

Le blog s’était un peu vite réjoui du nombre de tests réalisés par semaine et avait indiqué dans un article, COVID-19 et tests: Bonne nouvelle, encore plus de tests. +21% en une semaine !

Depuis la machine s’est déréglée ou grippée ...

Le site cascoronavirus.fr fournit les données des tests réalisé par les laboratoires de ville:

« Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 4 mai 2020  par Santé publique. »

277 113 tests réalisés ; 37 710 (13,6%) tests positifs ; 239 403 (86,4 %) tests négatifs

Il est précisé « Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés. »

Les mêmes données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19, mais au 21 mai 2020 donnent les résultats suivants :

392 204 tests réalisés ; 39 782 (10,1 %) tests positifs ; 352 422 (89,9 %) tests négatifs

Ce qui fait qu’entre le 4 mai et le 21 mai, en 15 jours, il n’a été réalisé que 115 091 tests en laboratoires de ville.

Pour les laboratoires hospitaliers, on nous dit dans le bulletin épidémiologique hebdomadaire du 21 mai 2020, le dernier bulletin connu,

Surveillance à partir des laboratoires de virologie

La finalité de la surveillance virologique basée sur les laboratoires est de suivre le taux de positivité des tests dans le temps et par région, indicateur qui contribue, avec tous les autres indicateurs disponibles, à suivre la dynamique de l’infection dans la population. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP) est en déploiement depuis la semaine 20.

Les tendances épidémiologiques, les estimations d’incidence et les taux de positivité des tests seront produits de façon hebdomadaire, à partir du 28 mai 2020, une fois que l’ensemble des données auront pu être stabilisées.

Quand on sait par expérience que les laboratoires hospitaliers font entre 3 et 4 fois moins de tests que les laboratoires de ville, ce qui me fait dire que le nombre de tests par semaine n’est toujours pas à la hauteur des discours qui du Premier ministre, qui du ministre de la santé …, on a l’impression que comme les masques, les tests ou le recueil des résultats des tests ont fait pschitt ...

Enfin, faire les tests, c’est bien, donner l’information rapidement, c’est mieux …

Selon le syndicat MG France, « Troisième enquête covid MG France : du 11 au 18 mai, près de 9 000 tests positifs, une réception encore trop tardive ».

Près de 2300 médecins généralistes ont répondu à la troisième enquête MG France sur le coronavirus en pratique ambulatoire (2292 exactement).

La majorité d'entre eux n’a pas retrouvé le niveau d’activité habituel d’un mois de mai.

Du 11 au 17 mai, les généralistes nous ont dit avoir rencontré près de 6 300 syndromes pouvant évoquer une covid-19. Soit en moyenne 2,6 cas possible par médecin pendant cette semaine.

Le résultat du test rt-PCR ne leur est parvenu sous 24h que dans 55% des cas. Ce délai de réponse, trop long près d’une fois sur deux, compromet l'efficacité des mesures de protection et le traçage des contacts. En effet, malgré nos demandes répétées, la procédure prévue n'intervient qu'au vu de la positivité du test.

La propagation silencieuse du COVID-19: des chercheurs de Princeton explorent comment la transmission sans symptômes aide les agents pathogènes à prospérer

« La propagation silencieuse du COVID-19: des chercheurs de Princeton explorent comment la transmission sans symptômes aide les agents pathogènes à prospérer », source communiqué du 12 mai de Princeton University.

La propagation rapide de COVID-19 dans le monde a été alimentée en partie par la capacité du virus à être transmis par des personnes qui ne présentent pas de symptômes d'infection.

Désormais, une étude menée par des chercheurs de Princeton a révélé que cette phase silencieuse de transmission peut être une stratégie évolutive réussie pour des agents pathogènes tels que des virus comme celui qui cause le COVID-19. L'étude a été publiée le 8 mai dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, «Dynamics in a simple evolutionary-epidemiological model for the evolution of an initial asymptomatic infection stage».

L’étude a examiné les avantages et les inconvénients d’une transmission silencieuse sur la survie à long terme du pathogène. La transmission sans symptômes permet-elle à l'agent pathogène d'infecter un plus grand nombre de personnes? Ou l’absence de symptômes finit-elle par réduire la transmission et réduire la survie à long terme du pathogène?

La réponse pourrait éclairer la façon dont les experts en santé publique planifient les mesures de contrôle telles que les quarantaines, les tests et le traçage des contacts.

« Une étape asymptomatique pour diverses raisons pourrait apporter certains avantages au pathogène », ont dit Bryan Grenfell, Kathryn Briger de Princeton et Sarah Fenton professeur d’Ecology and Evolutionary Biology et affaires publiques à la Woodrow Wilson School. « Avec la crise du COVID-19, l'importance de cette phase asymptomatique est devenue extrêmement pertinente. »

Comme les organismes plus complexes, les virus peuvent évoluer par sélection naturelle. De nouveaux variants sont générées par mutation et si ces changements favorisent la transmission des agents pathogènes, alors cette souche du virus se propagera.

Les espèces dont les stratégies contribuent à leur succès survivront, tandis que les espèces dont les stratégies ne favorisent pas la transmission - comme tuer l'hôte avant que le virus ne puisse transmettre à de nouveaux individus sensibles - finiront par disparaître.

« L'évolution virale implique un compromis entre l'augmentation du taux de transmission et le maintien de l'hôte comme base de transmission », a déclaré Simon Levin, professeur émérite en écologie et biologie évolutive à l'Université S. James McDonnell de Princeton. « Les espèces qui maîtrisent ce compromis plus efficacement que d'autres vont supplanter ces autres dans la population. »

Levin a déclaré qu'il est utile de penser à la maladie du point de vue d'un jeu entre l'agent pathogène et l'hôte. « Ce sont des interactions hôte-parasite », a dit Levin, « et y penser dans une perspective évolutive est quelque chose qui nous intéresse, avec de nombreux autres scientifiques, depuis longtemps. »

Comme le montre la pandémie de COVID-19, une infection silencieuse présente certains avantages à court terme. Cela rend les stratégies de contrôle - telles que l'identification, la quarantaine et le suivi des contacts - difficiles à mettre en œuvre. Les personnes infectieuses qui ne présentent pas de symptômes ont tendance à vivre leur vie, en contact avec de nombreuses personnes sensibles. En revanche, une personne qui développe de la fièvre et de la toux peut être plus susceptible de s'auto-isoler, par exemple en restant à la maison.

Cependant, il y a aussi des inconvénients: les personnes asymptomatiques peuvent générer moins de particules infectieuses et donc moins échapperont à la personne infectée, par exemple lors d’un éternuement violent ou une toux violente. La transmission globale pourrait être réduite au fil du temps.

Les chercheurs ont utilisé la modélisation des maladies pour explorer les compromis entre ces scénarios.

Ils ont entrepris l'étude bien avant l'éclatement du nouveau coronavirus. En fait, l'étudiant diplômé Chadi Saad-Roy a commencé l'étude en mai 2019, initialement pour examiner la grippe, qui présente également une infection asymptomatique importante.

« Je me suis demandé pourquoi la grippe asymptomatique se produirait dans l'évolution », a dit Saad-Roy, « et donc en tant qu'équipe, nous avons formulé un modèle simple pour essayer de comprendre pourquoi l'évolution favoriserait un tel comportement. »

Pour mener la recherche, Saad-Roy a travaillé avec Grenfell, Levin et Ned Wingreen, professeur en sciences de la vie et professeur de biologie moléculaire et le Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics.

Les agents pathogènes peuvent présenter une variété de comportements qui contribuent à leur propagation.

Certains virus, comme le VIH, se propagent avant que les symptômes ne soient identifiés. D'autres virus se transmettent au moment où les symptômes apparaissent.

Par exemple, le virus désormais éradiqué qui a causé la variole avait tendance à générer des symptômes importants au moment où la transmission a commencé.

La plupart des agents pathogènes utilisent probablement une combinaison de stratégies silencieuses et symptomatiques.

Pour étudier l'effet de la transmission sans symptômes, l'équipe a apporté des modifications à un modèle mathématique standard de la façon dont une maladie se propage à travers une population. Le modèle décompose la population en compartiments représentant des individus sensibles, infectés et rétablis.

Dans la version du modèle de l'équipe, les chercheurs ont en outre divisé le compartiment «infecté» en deux stades. Au premier stade infecté, les chercheurs pourraient faire varier le niveau des symptômes afin que certaines personnes ne présentent aucun symptôme, d'autres présentent certains symptômes et d'autres présentent des symptômes importants. Au deuxième stade infecté, les individus sont pleinement symptomatiques. L'équipe s'est concentrée non pas seulement sur l'effet de la variation des symptômes sur la propagation de la maladie, mais aussi sur les conséquences évolutives de la manifestation de niveaux variables de symptômes au premier stade.

L'équipe a découvert que des stratégies efficaces ont émergé lorsque le premier stade de l'infection était complètement asymptomatique, pleinement symptomatique et quelque part entre les deux. Ils ont également constaté que la gamme des symptômes, de l'absence de symptômes aux symptômes maximaux, pouvait être modifiée par de petits changements dans les stratégies de contrôle de la maladie.

L'implication de cette dernière partie de l'analyse est que les stratégies de contrôle des maladies pourraient, sur de longues périodes, influencer la stratégie déployée par un pathogène, et ainsi avoir des impacts sur le cours d'une épidémie.

Saad-Roy a également constaté que le modèle permet d'expliquer de nombreux modèles épidémiologiques utilisés pour comprendre les maladies. « C’est un cadre général pour expliquer un plus large éventail de modèles épidémiologiques », a-t-il dit.

Il a dit qu'il n'était pas surpris que le virus qui cause COVID-19 utilise une propagation asymptomatique. « Sur la base de notre modèle », a-t-il dit, « c'est un point final évolutif naturel pour certaines maladies. »

La recherche a été financée en partie par la Fondation Bill et Melinda Gates, le Department of Homeland Security, le National Institutes of Health, la James S. McDonnell Foundation, le Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada et la National Science Foundation.

COVID-19 et tests: Bonne nouvelle, encore plus de tests. +21% en une semaine !

Les calculs sont en principe assez simples : il faut considérer les données des tests indiquées dans COVID-19, Point épidémiologique hebdomadaire du 7 mai 2020.

dont on nous dit,

• Dans les laboratoires hospitaliers, Du 24 février au 3 mai 2020, 627 464 tests et 117 058 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.
• Au 5 mai 2020, sur 203 710 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, 34 150 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 17%.

Ces LBM du réseau 3 labo ne représentent qu’une part, certes importante, des laboratoires réalisant des tests en dehors des laboratoires hospitaliers, donc je ne tiendrais pas compte de ces  données.

Puis, on recueille aussi les données des tests indiquées dans COVID-19, Point épidémiologique hebdomadaire du 30 avril 2020, c’est-à-dire la semaine précédente …

• Dans les laboratoires hospitaliers, Du 24 février au 26 avril 2020, 548 767 tests et 111 113 (20%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.
• Au 28 avril 2020 (12h), sur 175 807 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, 32 827 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 19%.

Par la différence du nombre de tests effectués dans les laboratoires hospitaliers en une semaine, nous avons 78 697 tests.

Même si je ne tiens pas compte des résultats des tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo, il faut noter qu'ils sont en nette augmentation en une semaine, même si ces données ne sont pas ne sont pas exhaustives des laboratoires autres que les laboratoires hospitaliers.

Sur le site cascoronavirus.fr, nous avons les données des tests des laboratoires de villes:

« Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 4 mai 2020 par Santé publique. » Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

277 113 tests réalisés ; 37 710 (13,6%) tests positifs ; 239 403 (86,4 %) tests négatifs

Cela veut donc dire qu’en une semaine du 30 avril au 4 mai, il y aurait eu 277 113 tests (dans les labos autres que ceux hospitaliers) + 78 697 tests (labos hospitaliers), 

soit 350 810 tests.

Certes on est loin des 500 000 voire 700 000 tests par semaine promis par le Premier ministre, mais c’est une montée en puissance notable !

Rappelons que la semaine précédente, dans un article du 1er mai, CoVID-19: On peut connaître le nombre tests hebdomadaires réalisés par les laboratoires de ville et hospitaliers, mais on est hélas encore loin des 500 000 voir 700 000 tests par semaine, les calculs avaient indiqué que 279 605 tests, pas loin des 280 00 tests annoncés par M. Véran, ministre de la santé.

Nous sommes donc passés de 279 605 tests à 350 810 tests, soit 21 % d’augmentation !

Allez la France !

Mise à jour du 15 mai 2020. Avec le nouveau Point épidémiologique hebdomadaire du 14 mai 2020, il n'est pas possible de connaître le nombre de tests réalisés en raison de données non exhaustives du fait de l’absence de transmission de données de plusieurs laboratoires hospitaliers.

Mise à jour du 18 mai 2020. Le journal Le Monde, dans une mise à jour du 16 mai 2020, revient sur Coronavirus : le difficile comptage des tests effectués en France.

Le gouvernement vise 700 000 tests virologiques par semaine pour identifier les nouveaux cas de Covid-19. Mais les données publiques disponibles ne permettent pas de les recenser.

Un cas de COVID-19 détecté en France fin décembre, selon une étude

« Un cas de  COVID-19 détecté en France fin décembre, selon une étude », source article de Mary Van Beusekom du 5 mai 2020 paru dans CIDRAP News.

Le COVID-19 a été diagnostiquée rétrospectivement chez un homme traité dans une unité de soins intensifs (USI) près de Paris après avoir toussé du sang le 27 décembre 2019, soit 4 jours avant l'identification du nouveau groupe de coronavirus à Wuhan, en Chine.

Cette découverte, publiée cette semaine dans International Journal of Antimicrobial Agents, suggère que le coronavirus circulait déjà non détecté en France bien avant que les premiers cas n'y soient signalés le 24 janvier chez deux voyageurs de retour de Wuhan.

Les signes et les symptômes ont probablement conduit à un diagnostic erroné de la grippe

Soupçonnant que des cas de COVID-19 pourraient avoir été confondus avec la grippe, qui provoque des signes et des symptômes similaires, des chercheurs ont examiné les dossiers médicaux des patients en USI hospitalisés pour des symptômes de grippe du 2 décembre 2019 au 16 janvier 2020 qui avaient un résultat de la PCR négatif pour le nouveau coronavirus à l'admission.

Du 6 au 9 avril, ils ont également effectué une PCR sur des prélèvements respiratoires congelés de patients qui avaient de la fièvre, de la toux, un écoulement nasal, des maux de gorge ou des douleurs musculaires et des résultats de tomodensitométrie thoracique compatibles avec COVID-19. Les prélèvements étaient disponibles car l'hôpital conserve tous les échantillons respiratoires pendant 4 ans au cas où ils seraient plus tard nécessaires à la recherche.

Quatorze des 58 patients (14%) hospitalisés pour grippe au cours de la période d'étude ont été inclus dans l'analyse. Un prélèvement, d'un marchand de poisson de 42 ans né en Algérie qui vivait en France depuis de nombreuses années, s'est révélé positif. Son dernier voyage en Algérie a eu lieu en août 2019 et l'un de ses enfants a présenté des symptômes de grippe avant que l'homme ne tombe malade.

L'homme, qui souffrait d'asthme et de diabète de type 2, crachait du sang et avait des maux de tête et de la fièvre à son arrivée à l'hôpital. Il se sentait malade depuis 4 jours. La tomodensitométrie a révélé une accumulation de liquide dans les deux poumons, et il avait de faibles niveaux de lymphocytes (globules blancs importants pour la réponse immunitaire) et des niveaux élevés de protéine C-réactive (indiquant des lésions cardiaques) et de fibrinogène (indiquant des caillots sanguins).

Le prélèvement d'expectoration était banal, et l'homme a été traité avec des antibiotiques et libéré de l'hôpital le 29 décembre.

Un scénario de transmission radicalement différent possible

Les auteurs ont déclaré que les résultats suggèrent que le nombre réel d'infections au COVID-19 en France pourrait être sous-estimés et soutiennent l'hypothèse qu'environ 18% à 23% des personnes infectées par le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, étaient asymptomatiques Les résultats confirment également qu'environ 55% des infections ont été causées par des personnes non identifiées, « suggérant que de nombreux patients asymptomatiques n'ont pas été diagnostiqués en janvier 2020 et ont contribué à la propagation de cette épidémie. »

Les investigateurs ont noté que les résultats, ainsi que le manque de lien de l'homme avec la Chine ou les voyages récents, bouleversent les croyances actuelles sur l'épidémiologie de la pandémie. « Cela signifie également que plusieurs modèles utilisés pour prédire l'évolution et les résultats de la propagation du SRAS-CoV-2 pourraient être basés sur des données biaisées et devraient être ajustés au profil réel de l'épidémie », ont-ils déclaré.

Cependant, Reuters (lien non actualisé) et d'autres organes de presse rapportent que la femme de l'homme, qui n'est pas tombée malade, travaille dans le commerce de détail près d'un aéroport parisien fréquenté par des voyageurs internationaux.

Les auteurs ont noté qu'ils avaient peut-être manqué certains cas de coronavirus parce que la PCR pouvait produire des résultats faussement négatifs, la congélation pouvait avoir endommagé la qualité des échantillons, une contamination en laboratoire pouvait s'être produite et ils avaient limité l'analyse aux patients en USI qui présentaient des symptômes et les résultats du scanner sont cohérents avec le COVID-19, alors que la plupart des patients présentent des symptômes bénins.

Ils ont appelé à une analyse plus approfondie pour déterminer quand le virus est arrivé en France, déterminer l'étendue de la transmission et identifier tout décès qui pourrait avoir été attribué par erreur à des causes autres que le COVID-19 avant que l'épidémie ne soit identifiée.

La France a signalé le cinquième plus grand nombre de cas de coronavirus dans le monde, avec 169 583, avec 25 204 décès, selon le tracker en ligne de l'Université Johns Hopkins.

D'autres pays ont signalé des signes de propagation plus précoce du COVID-19 que ce qui avait été initialement reconnu.

Récemment, un examen post mortem en Californie a montré que le premier décès américain connexe s'était produit plusieurs semaines plus tôt que prévu.

Comment faire pour connaître le nombre de tests COVID-19 par jour en France ? Mission impossible, pour l'instant !

Libération dans un article du 15 mars 2020 tente de répondre la question « Covid-19 : est-il vrai que la France est incapable de compter le vrai nombre de tests pratiqués chaque jour ? »

Vous lirez l’article mais il termine par cette phrase, « De prochains chiffres devraient être donnés jeudi par Santé publique France dans son bulletin épidémiologique hebdomadaire. Sans aucune assurance qu’y soient compilés les tests oubliés des laboratoires privés. » 

Le Figaro du 29 avril 2020 se pose aussi des questions,

Coronavirus : la France teste-t-elle plus ou moins que les autres pays ?

Alors que le déconfinement à partir du 11 mai se précise, où l'Hexagone se situe-t-il en matière de politique de dépistage ?

La réponse s’il y en a une est dans l’article réservé aux abonnés …

Big Brother vous regarde

Pour Médiapart du 29 avril 2020, l’affaire semble entendue, il y a à propos des tests COVID-109, « la défaillance organisée au sommet de l’Etat ». Article réservé aux abonnés.

Le gouvernement, incapable à ce jour de connaître les capacités des laboratoires sur son territoire à réaliser des tests, s’est tourné vers un cabinet privé pour réaliser un audit. Enquête sur le désastreux pilotage des tests Covid-19.

Le constat est implacable : face à la pandémie de Covid-19, la France n’est pas en capacité de tester massivement la population, comme l’OMS le recommande depuis le début de la crise sanitaire. Et si le 11 mai, le pays ne peut pas amorcer un déconfinement dans de bonnes conditions, c’est en grande partie à cause de l’invraisemblable retard pris sur les tests. Les annonces fracassantes d’Édouard Philippe sur ce point, qui promet désormais 700 000 tests virologiques par semaine, ne font plus illusion. « On ne sera évidemment pas prêt le 11 mai », confie le chercheur au CNRS Philippe Froguel, directeur de la plateforme de génomique Ligan, à Lille.

Comme vous pouvez le constater depuis l’article du 15 mars paru dans Libération, on n’en sait pas beaucoup plus au 29 avril 2020, plus d’un mois plus tard ...

En fait ce qui est rapporté par Médiapart était connu depuis un certain temps, comme en témoigne cet article de L’Opinion du 30 mars 2020, « Coronavirus: pourquoi la France manque de tests de dépistage du Covid-19 ».

A la demande de l’OMS, le gouvernement change de stratégie et promet d’atteindre « des capacités massives de dépistage » au Covid-19. Une étape cruciale pour lever le confinement… Mais la France en a-t-elle les moyens ?

A ce stade, je résume, on ne fait pas assez de tests semble-t-il mais aussi, on manquerait de tests, un remake des masques ?

France Inter du 21 avril 2020 nous dit « pourquoi la montée en puissance des tests en France prend autant de temps »

Pour atteindre l'objectif visé de 500 000 tests par semaine le 11 mai, les autorités ont augmenté le nombre de laboratoires autorisés à faire des tests. Laboratoires publics de recherche, laboratoires vétérinaires, laboratoires de la gendarmerie sont pourtant inégalement sollicités.

On apprend aussi,

Pour le directeur général de la Santé, à 20 jours du début du déconfinement, « l'urgence est de gérer l'épidémie, de connaître TOUS les porteurs du virus et donc ce sont les tests virologiques qu'il faut privilégier aujourd'hui. » Ces tests, réalisés avec la technique de PCR, « il faut que toutes les personnes symptomatiques puissent l'avoir » a-t-il insisté.

Sauf que depuis cet article, il y a eu l’intervention du Premier ministre qui a dit le 28 avril 2020 devant la représentation nationale, « Le gouvernement compte passer à 700 000 tests par semaine, soit le double des capacités actuelles ».

Certains médias ont confondus le type de tests et RTL parle de tests sérologiques alors que les tests annoncés sont des tests par PCR.

Cela étant, le chiffre de 700 000 a été établi sur la base des recommandations du Conseil scientifique.

« Parce que le Conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. »

« Parce qu'à chaque nouveau cas correspondra en moyenne le test d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents », a expliqué le Premier ministre.

« 3 000 multiplié par 7 (jours) puis par 25, cela donne 525 000 tests par semaine. 700 000, cela nous donne la marge qui nous permettra de mettre en plus en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons déjà engagé dans les Ehpad notamment. »

Alors tester les nouveaux cas et leurs contacts mais on ne parle toujours pas de tester des asymptomatiques ...

Alors le ‘retard’ dans les tests d’où vient-il ?

Public Sénat du 27 avril 2020 nous dit à propos des tests Covid-19, « les laboratoires en attente d’une «stratégie de dépistage claire ».

Après des débuts désordonnés, les laboratoires français, souvent confrontés au manque de matériel, s’organisent pour tenter de répondre à l’objectif du gouvernement pendant la période de déconfinement : réaliser entre 500 000 et 700 000 tests par semaine.

« … sur le terrain bon nombre de médecins et biologistes déplorent une insuffisance de moyens : manque de réactifs, d’écouvillons pour mener à bien les tests Covid ou encore de milieux de transport pour acheminer rapidement les échantillons. » 

La mise en place tardive du remboursement du test Covid-19 par la sécurité sociale n’a rien arrangé. 

D’après le président du Syndicat national des médecins biologiste, l’autre raison du retard vient de la sous-utilisation des laboratoires publics. Certains se sont très vite rendus disponibles mais il a fallu attendre début avril qu’un décret valide le recours aux laboratoires départementaux. « Ce blocage de l’État nous a fait perdre un temps précieux et plusieurs milliers de dépistages ».

Alors comme indiqué dans l’article « COVID-19 et tests: Le nombre de tests hebdomadaire est nettement en dessous des déclarations du ministre de la santé », il existe deux sources d’informations que je qualifierais de partielles :

Le point épidémiologique de Santé publique de France, dont le dernier point date du 23 avril 2020.

Au 21 avril 2020 (12h), sur 137 867 tests réalisés dans les LBM du réseau 3 labo (Cerba, Eurofins Biomnis), 29 763 étaient positifs pour le SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 22%.

On apprend aussi que dans les laboratoires hospitaliers :

Du 24 février au 19 avril, 457 287 tests et 102 358 (22%) tests positifs pour le SARS-CoV-2 ont été rapportés à Santé publique France.

Une autre souce, cascoronavirus.fr, présente des statistiques des tests de dépistage du coronavirus COVID-19 France

Les données des tests de dépistage du Coronavirus COVID-19 sont datées du 24 avril 2020 par Santé publique.

Les données contiennent uniquement les tests réalisés par les laboratoires de villes et ne recensent pas l’ensemble des tests réalisés.

174 327 tests réalisés ; 32 627 (18,7 %) tests positifs ; 141 700 (81,3 %) tests négatifs.

Il me semble que ces données sont plus élevées que celles de du point épidémiologique précité parce que cela concerne tous les laboratoires de ville et non pas le réseau de trois laboratoires.

A suivre ...