Trois études dans le monde réel révèlent que les vaccins anti COVID-19 réduisent l'infection et l'hospitalisation

Des études dans le monde réel révèlent que les vaccins contre le COVID-19 réduisent l'infection et l'hospitalisation, source article de Mary Van Beusekom dans CIDRAP News.

Trois nouvelles études britanniques dans le monde réel mettent en évidence l'efficacité d'une ou deux doses des vaccins Pfizer/BioNTech ou AstraZeneca/Oxford COVID-19 dans la prévention des infections symptomatiques et asymptomatiques et des hospitalisations associées, avec une étude montrant une efficacité supérieure à 90% pour seulement une dose du vaccin Pfizer.

Jusqu'à 85% d'efficacité après deux doses

Dans la première étude, une analyse intermédiaire de l'étude en cours sur l'immunité et la réinfection du SARS-CoV-2 (SIREN pour SARS-COV2 Immunity and Reinfection Evaluation; il s'agit de l'impact d'anticorps détectables anti SARS-COV2 sur l'incidence du COVID-19 chez les personnels de santé) a été publiée dans The Lancet. Les chercheurs de Public Health England Colindale à Londres ont recruté 23 234 personnels de la santé adultes de 104 hôpitaux publics d'Angleterre à partir du 7 décembre 2020, la veille du lancement du déploiement du vaccin au Royaume-Uni.

Trente-cinq pour cent des inscrits avaient déjà été testés positifs pour le COVID-19 ou avaient des anticorps contre le virus, tandis que 65% n'avaient ni l'un, ni l'autre. Les inscrits ont rempli des questionnaires en ligne tous les 14 jours, et l'indice de privation multiple (Index of Multiple Deprivation) et les codes postaux ont été utilisés pour calculer le statut socio-économique.

Environ 89% des participants avaient reçu au moins une dose du vaccin COVID-19 (94% avec Pfizer, 6% avec AstraZeneca) à la fin du suivi le 5 février 2021. Les vaccins étaient efficaces à 70% environ 21 jours. après la première dose et efficace à 85% 7 jours après la deuxième dose.

Les personnels de santé les moins susceptibles d'être vaccinés étaient ceux qui avaient déjà été infectés par le COVID-19, étaient des femmes, avaient moins de 35 ans ou étaient Noirs, Asiatiques ou d'un autre groupe ethnique - en particulier s'ils étaient noirs, vivaient dans des zones où des scores de privation plus élevés, ou étaient un porteur, un agent de sécurité, une sage-femme ou un préposé à l'entretien des installations.

Au cours de la période de suivi de 2 mois, il y a eu 14cas d' infection au coronavirus pour 10 000 jours-personnes parmi les personnels non vaccinés, contre 8 sur 10 000 chez leurs pairs ayant reçu au moins une dose de vaccin au moins 21 jours avant et 4 sur 10 000. chez ceux qui avaient reçu leur deuxième dose au moins 7 jours auparavant.

Cinquante-six pour cent des participants non vaccinés présentaient des symptômes habituels du COVID-19 (par exemple, essoufflement, fièvre, toux, perte d'odorat ou de goût), tandis que 14% n'avaient aucun symptôme dans les 14 jours précédant leur test positif, respectivement, contre 36% et 19% dans le groupe vacciné.

Les auteurs ont dit que les vaccins semblaient efficaces contre le variant B117 (variant britannique -aa) largement diffusé dans le pays à l'époque, mais ont noté qu'ils ne sont pas efficaces à 100% pour prévenir l'infection.

«Par conséquent, les personnels de santé devraient continuer à porter des équipements de protection individuelle lorsqu'ils soignent tous les patients, observer la distance physique et d'autres mesures non pharmaceutiques au travail et en dehors du travail, et continuer les tests asymptomatiques réguliers (d'autant plus que les symptômes typiques ont diminué après la vaccination). jusqu'à ce que la prévalence du COVID soit considérablement plus faible», ont-ils écrit.

L'âge médian des participants était de 46,1 ans, 84% étaient des femmes, 88% étaient des Blancs et 86% travaillaient directement avec les patients. Environ un quart des participants avaient une condition médicale sous-jacente, dont les plus courantes étaient l'asthme, l'obésité et le diabète.

Dans un commentaire du même journal, Eyal Leshem du Chaim Sheba Medical Center en Israël, et Benjamin Lopman de l'Université Emory, ont dit que les résultats de l'étude aideront les responsables de la santé publique et les décideurs à affiner les objectifs pour atteindre l'immunité collective, on pense actuellement qu’au moins 70% de la population ont été vaccinés ou ont déjà été infectés.

«Pour y parvenir en l'absence d'immunité naturellement acquise, près de 100% de la population devrait être vaccinée avec une dose ou environ 80% avec deux doses (sur la base d'une efficacité contre l'infection de, respectivement, 70% et 85%, de SIREN)», ont écrit Leshem et Lopman. «En conséquence, une stratégie à dose unique pourrait être la meilleure pour éviter le plus grand nombre de décès, mais une meilleure immunité de la population pour réprimer la transmission nécessitera un cycle complet de deux doses.»

Effet le plus dramatique sur la maladie symptomatique

Semblable au premier essai, une étude dans un seul centre menée par des chercheurs des hôpitaux d'enseignement de Hull en Angleterre et publiée dans Clinical Infectious Diseases suggère que les infections à COVID-19 symptomatiques et asymptomatiques ont chuté alors que la vaccination contre les coronavirus est passée à 8,3% du personnel hospitalier le 4 janvier 2021, à 82,5% la semaine du 22 février.

Treize travailleurs ont été testés positifs au COVID-19 dans les 14 jours suivant leur première dose.

Les hôpitaux ont commencé à proposer une vaccination avec le vaccin Pfizer le 9 décembre 2020, avec une deuxième dose prévue 10 à 12 semaines plus tard, ainsi qu'à effectuer des tests COVID-19 pour les personnes présentant des symptômes.

Le personnel ne présentant aucun symptôme a auto-déclaré des résultats des tests de coronavirus avec dispositif à flux latéral (ou test antigénique ou LFD pour lateral-flow device sont des tests pour les personnes qui n'ont pas de symptomes) deux fois par semaine. Alors que les tests LFD ont chuté de 4 269 tests la semaine du 4 janvier à 1 755 la semaine du 22 février, la proportion générant des résultats positifs est restée assez stable, de 0,45% à 1,3%, «ce qui suggère que la sensibilité peut être maintenue après la vaccination» ont dit les auteurs.

Le nombre de membres du personnel isolés après avoir été testés positifs au COVID-19 était de 325 le 11 janvier, tombant à 91 le 23 février, avec une baisse de 68% du personnel isolé en raison d'un membre du foyer infecté. Les auteurs ont noté qu'ils ont identifié quelques cas de variants B117 et aucun autre variant préoccupant.

«En conclusion, le [vaccin Pfizer] à dose unique a été associé à une diminution significative des [tests COVID-19] positifs chez les [personnels de santé] symptomatiques et asymptomatiques, avec l'effet le plus dramatique sur la maladie symptomatique», ont conclu les chercheurs. «L'utilité du taux de tests positifs pour les tests LFD ne semble pas être affectée par le déploiement du vaccin et peut continuer à fournir un outil de dépistage utile dans les cohortes vaccinées.»

Les hospitalisations diminuent à mesure que les vaccinations augmentent

Une troisième étude, dirigée par des chercheurs de l'Université d'Édimbourg et publiée dans The Lancet, suggère que les hospitalisations liées au COVID-19 ont considérablement diminué par rapport au déploiement des premières doses des vaccins Pfizer et AstraZeneca chez les adultes en Écosse à partir du 8 décembre 2020. au 15 février 2021.

Les chercheurs ont utilisé la base de données l'Early Pandemic Evaluation and Enhanced Surveillance of COVID-19 (EAVE II) pour compiler les registres de vaccination, de soins primaires, de dépistage des coronavirus et d'hospitalisation de 5,4 millions de personnes en Écosse enregistrées dans 940 cliniques de médecine générale, soit environ 99%. de la population.

Au cours de la période d'étude, 1 331 993 personnes âgées en moyenne de 65 ans ont été vaccinées contre le COVID-19, 723 plus tard admises à l'hôpital pour des infections à coronavirus, contre 7854 personnes non vaccinées. Selon les estimations, la première dose de vaccin Pfizer était efficace à 91% pour réduire les hospitalisations 28 à 34 jours plus tard, contre 88% avec le vaccin AstraZeneca. Lorsque l'analyse était limitée aux personnes de 80 ans et plus, l'efficacité des vaccins combinés était similaire, à 83%.

L'adoption du vaccin était associée à l'âge de plus de 65 ans, à un statut socioéconomique élevé, à la résidence dans des zones non urbaines et à un nombre croissant de maladies sous-jacentes, de 21,2% chez les personnes sans pathologies préexistantes à 80,0% de celles qui en avaient au moins cinq. Les ex-fumeurs étaient plus susceptibles que les fumeurs et les non-fumeurs actuels d'être vaccinés, à 48,7%.

Alors que les hospitalisations liées au COVID-19 ont diminué au cours de la période d'étude, les auteurs ont dit que ce n'était pas dû au déploiement du vaccin, car la baisse avait commencé à l'avance. Mais ils ont constaté que les hospitalisations chutaient le plus chez les 80 ans et plus, qui étaient prioritaires pour la vaccination; la moitié des personnes de ce groupe d'âge avaient été vaccinées à la fin de la troisième semaine de janvier 2021.

«La surveillance de l'effet des vaccins actuellement homologués sur la population générale doit être poursuivie en Écosse et dans les autres pays du Royaume-Uni, en particulier dans les sous-groupes à haut risque tels que ceux des maisons de retraite où il faudra davantage de données pour produire des estimations fiables de l'effet des vaccins», ont écrit les chercheurs. «De même, une surveillance supplémentaire est nécessaire pour évaluer l'effet de la réception de deux doses plutôt qu'une dose.»

Dans un commentaire publié dans le même journal, Natalie Dean de l'Université de Floride à Gainesville, a dit que de telles études sur de grandes populations soutiennent la grande efficacité réelle des vaccins COVID-19. «Compte tenu de la décision du Royaume-Uni d'augmenter l'espacement entre les doses, un suivi personne-temps à dose unique plus long au-delà de 42 jours sera à venir et particulièrement précieux», a-t-elle écrit.

Covid-19 : Que savons-nous de la transmission aérienne du SARS-CoV-2 ?

«Covid-19: Que savons-nous de la transmission aérienne du SARS-CoV-2?», source BMJ 2021;373:n1030.

La façon dont le Covid-19 se propage est l'une des questions les plus débattues de la pandémie. Chris Baraniuk explique ce que les preuves nous disent sur la transmission aérienne du virus

Que signifie la transmission aéroportée?

Les scientifiques font la distinction entre les maladies infectieuses respiratoires classées comme «aéroportées» - qui se propagent par des aérosols en suspension dans l'air - et les infections qui se propagent par d'autres voies, y compris des «gouttelettes» plus grosses.

Les aérosols sont de minuscules particules liquides des voies respiratoires qui sont générées lorsque quelqu'un expire, parle ou tousse, par exemple. Ils flottent dans l'air et peuvent contenir des virus vivants, comme la rougeole et la varicelle. Les deux sont des exemples de maladies hautement infectieuses classées comme aéroportées parce qu'elles sont connues pour se propager par aérosols.

En revanche, on pense que des maladies comme la grippe se propagent principalement par des gouttelettes respiratoires plus grosses. Celles-ci ne flottent pas aussi facilement et sont plus susceptibles de tomber au sol à moins de 1 à 2 m de la source.

Une maladie aéroportée pourrait être globalement plus transmissible. Par exemple, les aérosols produits par la personne infectieuse A pourraient s'accumuler dans une petite pièce mal ventilée au fil du temps. La personne A peut quitter la pièce mais laisser ses aérosols derrière elle. Si la personne B arrivait alors dans la pièce et y passait du temps, elle pourrait potentiellement être infectée en respirant l'air contaminé.

Mais ces deux modes de transmission - aéroportée ou à base d'aérosol versus gouttelettes - ne s'excluent pas nécessairement mutuellement et les définitions de «gouttelette» et d'«aérosols» posent problème. «Ils devraient changer la terminologie», dit Julian Tang, virologue consultant à la Leicester Royal Infirmary. «Les gouttelettes ont touché le sol, elles ne sont pas inhalées. Tout le reste est un aérosol lorsqu'il est inhalé, quelle que soit sa taille.»

Les conseils de l'Organisation mondiale de la santé, les aérosols sont des particules liquides de cinq microns ou moins de diamètre. En réalité, de plus grosses particules d'humidité peuvent également rester en suspension pendant un certain temps dans l'air, en fonction de conditions telles que la température et l'humidité, dit Tang. Cela signifie qu'il peut être difficile d'établir qu'un virus n'a vraiment aucune possibilité de transmission aérienne.

Le Covid-19 est-il aéroporté ?

Certains scientifiques ont mis en doute la voie des aérosols parce que le Covid-19 ne semble pas aussi transmissible que, par exemple, la rougeole. Mais d'autres signalent des cas de transmission de Covid-19 où la propagation par voie aérienne semble être la seule explication derrière de multiples infections.

Les éternuements et la toux produisent généralement de plus grosses particules de liquide. Mais des preuves montrent que de grandes quantités de SARS-CoV-2 sont également expulsées dans de petits aérosols émis lorsque quelqu'un parle à un volume normal ou simplement en respirant. Une étude publiée en août 2020 a révélé qu'une seule personne aux premiers stades du Covid-19 pouvait émettre des millions de particules de SARS-CoV-2 par heure en respirant seule.

Les scientifiques ne savent toujours pas combien de temps des particules virales infectieuses viables peuvent persister dans l’air. Tang dit que c'est difficile à étudier car les appareils utilisés pour échantillonner l'air détruisent les virus, y compris le SARS-CoV-2. L’analyse peut détecter l’ARN du virus, mais elle ne trouve généralement pas de particules virales infectieuses entières. Cela ne signifie pas que des particules viables n’étaient pas présentes - il se peut simplement que la technique d’échantillonnage n’ait pas pu les récupérer intactes.

Malgré ces inconnues, plusieurs études de cas suggèrent que la transmission aérienne a propagé le SARS-CoV-2 à des distances au-delà de deux mètres de la personne infectieuse. Dans un restaurant de Guangzhou, (le blog avait consacré un article à ce sujet, ici) en Chine, 10 personnes ont dîné le 24 janvier 2020, peu de temps avant d'être testées positives pour le Ccovid-19. Trois familles étaient assises autour de trois tables séparées, mais proches les unes des autres. Une des familles avait récemment voyagé de Wuhan. Il n'y avait pas d'interaction entre les familles assises à leurs tables séparées, ni de voies évidentes de transmission en touchant des surfaces contaminées (fomites). Une étude des systèmes de ventilation du restaurant, des images des caméras de sécurité et des histoires de cas des personnes présentes a conclu que les particules infectieuses transportées dans l'air étaient probablement responsables de la propagation du virus.

Une autre étude, examinant une épidémie dans une église australienne en juillet 2020, a révélé qu'un choriste avait été testé positif au Covid-19 après avoir développé des symptômes. Les chercheurs ont identifié 12 cas secondaires parmi des fidèles qui étaient liés au choriste par séquençage génomique de leur infection à SARS-CoV-2. Certains de ces cas secondaires se trouvaient à 15 m du choriste, qui utilisait un microphone et non directement face à ceux qui étaient infectés. Le bâtiment était peu ventilé à l'époque et aucune des personnes infectées ne portait de masque. «Nous pensons que la transmission au cours de cette épidémie est mieux expliquée par la propagation aérienne», ont écrit les auteurs de l'étude.

Une équipe de chercheurs a récemment fait valoir dans le Lancet que les aérosols étaient probablement la voie dominante de transmission du SARS-CoV-2. Ils ont fondé cela sur 10 éléments de preuve, y compris le fait que la transmission est beaucoup plus élevée à l'intérieur qu'à l'extérieur, et que l'on pense que la transmission asymptomatique ou pré-symptomatique a provoqué un nombre important d'infections dans le monde. Lorsqu'une personne ne tousse pas, elle peut produire moins de gouttelettes mais émettre quand même de nombreux aérosols.

Que dit l'OMS sur la transmission aérienne du Covid-19?

La feuille de route de l'OMS pour améliorer et assurer une bonne ventilation intérieure dans le contexte de la covid-19, publiée le 1er mars 2021, déclare: «Le virus peut se propager à partir de la bouche ou du nez d'une personne infectée en petites particules liquides lorsque la personne tousse, éternue, chante, respire fortement ou parle. Ces particules liquides sont de tailles différentes, allant des plus grosses 'gouttelettes respiratoires' aux plus petits 'aérosols'.»

«La transmission d'aérosols peut se produire dans des situations spécifiques dans lesquelles des procédures générant des aérosols sont effectuées.»

L'OMS était cependant catégorique au départ sur le fait que la transmission aérienne du SARS-CoV-2 n'était pas possible. L'agence a tweeté le 28 mars 2020, «FACT: #COVID19 is NOT airborne.» ou Fait : #Covid 19 n'est PAS aéroporté. (Le tweet n'a pas été supprimé. L'OMS a dit au BMJ que sa politique était de ne supprimer aucune communication.) Cela a suscité de nombreux débats: en juillet 2020, 239 scientifiques ont signé une lettre ouverte «appelant la communauté médicale et les organismes nationaux et internationaux concernés pour reconnaître le potentiel de propagation aérienne du Covid-19. »

Depuis mars 2020, l'OMS a progressivement changé de position. Au moment d'écrire, son avis officiel se lit comme suit: «La transmission aérienne du SARS-CoV-2 peut se produire lors de procédures médicales générant des aérosols.»

Nick Wilson, anesthésiste à la Royal Infirmary d'Édimbourg, remet en question l'accent mis sur les procédures médicales. «Les procédures ne génèrent pas beaucoup d'aérosols, les gens les font, la physiologie le fait», dit-il. Il souligne également un rapport de l'OMS de 2014 qui notait que, pour toute nouvelle infection respiratoire aiguë présentant un risque élevé pour la santé publique, «les précautions de contact, ainsi que la protection des yeux, devraient être ajoutées aux précautions standard de routine chaque fois que possible, afin de réduire le risque de transmission.» Les précautions comprennent la ventilation et l'espacement des patients.

Selon l'OMS, en réponse aux questions du BMJ, «En dehors des établissements médicaux, la transmission d'aérosols et aéroportés peut se produire dans des circonstances et des environnements spécifiques, en particulier des espaces intérieurs, bondés et mal ventilés tels que des restaurants, des cours de fitness, des discothèques, des bureaux et des lieux de culte, où les personnes infectées passent de longues périodes de temps avec les autres.»

L'agence a ajouté que le terme «aéroporté» a une signification médicale spécifique qui s'applique à des maladies telles que la rougeole, qui se transmettent principalement par voie aérienne et sur de longues distances. «Pour le Covid-19», a ajouté l'OMS, «le virus se propage principalement par des surfaces proches, ou directes, par contact ou éventuellement contaminées. C'est pourquoi on ne l'appelle pas un virus en suspension dans l'air.»

En d'autres termes, l'agence est actuellement d'avis que la transmission virale par aérosols, bien que possible pour le Covid-19, n'est pas la principale voie par laquelle le SARS-CoV-2 se propage.

Que disent les gouvernements nationaux à propos de la transmission aérienne de le Covid-19?

Au moment de la rédaction de cet article, les conseils du Royaume-Uni indiquent que le Covid-19 se propage «dans l'air par des gouttelettes et des aérosols plus petits» et note que les particules infectieuses peuvent «rester en suspension dans l'air pendant un certain temps à l'intérieur, surtout s'il n'y a pas de ventilation.» Le principal message de sécurité publique du gouvernement, intitulé «mains, visage, espace», pour rappeler aux gens de se laver les mains, de porter des masques faciaux et de se tenir éloignés les uns des autres, a été récemment mis à jour pour inclure «l'air frais», afin d'encourager les personnes qui se rencontrent à rester en plein air.

Aux États-Unis, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a mis à jour ses conseils le 5 octobre 2020, reconnaissant «l'existence de certains articles publiés montrant des circonstances limitées et inhabituelles dans lesquelles des personnes atteintes de Covid-19 ont infecté d'autres personnes qui se trouvaient à plus de 6 pieds (1,82 m) de distance. ou peu de temps après que la personne positive au Covid-19 ait quitté une zone. Dans ces cas, la transmission s'est produite dans des espaces mal ventilés et fermés qui impliquaient souvent des activités entraînant une respiration plus lourde, comme le chant ou l'exercice. De tels environnements et activités peuvent contribuer à l'accumulation de particules porteuses de virus.»

D'autres pays, comme l'Australie, ne font aucune mention de la transmission par voie aérienne ou par aérosols dans leurs directives officielles sur la propagation du Covid-19.

Comment pouvons-nous empêcher la transmission aérienne?

Les conseils des gouvernements incluent la ventilation - comme l'ouverture des fenêtres - et l'évitement des espaces clos. Le Japon met l'accent sur le fait d'éviter les «3C»: crowded places, close contact, close conversations (lieux bondés, contacts étroits, conversations étroites) - cela se retrouve dans les communications de l'OMS qui mettent l'accent sur l'emplacement, la proximité et l'heure. Il existe des preuves à ce sujet dans les études de modélisation. Dans un cas, des chercheurs ont estimé que le risque d'infection pourrait être trois fois plus élevé dans une pièce mal ventilée que dans une pièce qui subissait 10 renouvellement d'air par heure.

L'installation d'unités de filtration d'air telles que celles avec filtre à air à haute efficacité ou des systèmes de ventilation spécialisés pourraient également aider. C'est peut-être l'une des raisons pour lesquelles certains gouvernements hésitent à déclarer officiellement le SARS-CoV-2 «aéroporté», dit Catherine Noakes, professeur de génie environnemental pour les bâtiments à l'Université de Leeds. «Si vous pensez que quelque chose se transmet sur les surfaces, il est facile d’adopter une approche de précaution et de dire à tout le monde de se laver les mains. Mais si nous disons que c'est dans les airs, cela signifie des investissements en capital assez importants dans les bâtiments et les technologies», dit-elle. L'installation de systèmes énergivores présente également des inconvénients environnementaux.

Les masques empêchent-ils la transmission aérienne?

Certains ont affirmé que la transmission aérienne signifierait que les masques seraient inefficaces, car les aérosols porteurs du virus pourraient passer à travers des trous microscopiques dans le tissu d'un masque. Mais Noakes dit que l'humidité accrue à l'intérieur d'un masque facial pourrait aider à attraper ces particules, si elles étaient émises par le porteur.

Elle ajoute que les masques en tissu - contrairement aux masques filtrants comme le FFP2 ou N95 - peuvent n'offrir qu'une protection limitée contre l'inhalation d'aérosols s'ils sont déjà en suspension dans l'air. Tang note que des masques plus serrés ou le port de deux masques pourraient réduire l'émission d'aérosols d'une source et l'inhalation par un porteur receveur.

Pourtant, Wilson dit que des masques plus lâches bloquent ou détournent la plupart de l'air expiré, ce qui réduit sa vitesse.

Comment la transmission aérienne se compare-t-elle à l'extérieur par rapport à l'intérieur?

Il existe un risque de transmission du Covid-19 à l'extérieur, mais il est faible par rapport aux paramètres intérieurs.

À l'été 2020, des rassemblements largement rapportés sur les plages britanniques ont été condamnés par certains qui ont supposé que ces événements entraîneraient un pic de transmission de Covid-19. En février de cette année, cependant, Mark Woolhouse, professeur d'épidémiologie des maladies infectieuses à l'Université d'Édimbourg, qui a conseillé le gouvernement pendant la pandémie, a dit aux députés: «Il n'y a pas eu d'épidémies liées aux plages publiques. Il n'y a jamais eu d'épidémie de Covid-19 liée à une plage, jamais, nulle part dans le monde, à ma connaissance.» La République d'Irlande a récemment publié des données suggérant que seulement 0,1% des cas de Covid-19 étaient liés à des activités de plein air.

Babak Javid, professeur de médecine à l’Université de Californie à San Francisco, affirme qu’il est temps d’offrir un message plus nuancé au public. Diverses interventions offrent une protection, dit-il, mais il est également important de reconnaître que les risques d'environnements particuliers peuvent différer. «Si vous portez des masques, vous pouvez probablement tolérer une distance plus courte entre les gens», dit-il, «Si vous êtes à l’extérieur, vous pouvez être plus proche des gens. Si vous êtes à l'intérieur, la distance en elle-même ne sera pas forcément protectrice.»

Un échange d'air plus rapide dans les bâtiments n'est pas toujours bénéfique pour les taux de coronavirus

Il y a quelques jours, le blog vous avait proposé «Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée» et voici aujourd'hui, «Un échange d'air plus rapide dans les bâtiments n'est pas toujours bénéfique pour les taux de coronavirus», source Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Une étude de modélisation suggère qu'une ventilation vigoureuse peut provoquer un pic de concentrations virales.

Selon une nouvelle étude de modélisation, des échanges d'air vigoureux et rapides ne sont peut-être pas toujours une bonne chose pour s'attaquer aux taux de particules de coronavirus dans un bâtiment comprenant plusieurs pièces.

L'étude suggère que, dans un bâtiment avec plusieurs pièces, des échanges d'air rapides peuvent propager rapidement le virus de la pièce source vers d'autres pièces à des concentrations élevées. Les taux de particules augmentent dans les pièces adjacentes en 30 minutes et peuvent rester élevés pendant environ 90 minutes.

Les résultats, publiés en ligne sous leur forme définitive le 15 avril dans la revue Building and Environment, proviennent d'une équipe de chercheurs aux États-Unis du Laboratoire national Nord-Ouest du Pacifique du ministère de l'Énergie. L'équipe comprend des experts en bâtiment et en HVAC (heating, ventilation and air-conditioning, en français, chauffage, ventilation et climatisation) ainsi que des experts en particules d'aérosols et en matériaux viraux.

«La plupart des études ont examiné les taux de particules dans une seule pièce, et pour un bâtiment d'une seule pièce, une ventilation accrue est toujours utile pour réduire leur concentration», a dit Leonard Pease, auteur principal de l'étude. «Mais pour un bâtiment avec plus d'une pièce, les échanges d'air peuvent poser un risque dans les pièces adjacentes en augmentant les concentrations de virus plus rapidement que cela ne se produirait autrement.»

«Pour comprendre ce qui se passe, considérez comment la fumée secondaire est distribuée dans tout un bâtiment. Près de la source, l'échange d'air réduit la fumée près de la personne mais peut distribuer la fumée à des niveaux inférieurs dans les pièces voisines», a ajouté Pease. «Le risque n'est pas nul, pour toute maladie respiratoire.»

L'équipe a modélisé la propagation de particules similaires au SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, via des systèmes de traitement de l'air. Les scientifiques ont modélisé ce qui se passe après qu'une personne a eu une quinte de toux de cinq minutes dans une pièce d'un petit immeuble de bureaux de trois pièces, en exécutant des simulations avec des particules de cinq microns.

Les chercheurs ont examiné les effets de trois facteurs: différents niveaux de filtration, différents taux d'incorporation d'air extérieur dans l'alimentation en air du bâtiment et différents taux de ventilation ou de renouvellement d'air par heure. Pour les pièces en aval, ils ont trouvé un avantage clair attendu de l'augmentation de l'air extérieur et de l'amélioration de la filtration, mais l'effet d'une augmentation du taux de ventilation était moins évident.

Un air extérieur plus propre réduit la transmission

Les scientifiques ont étudié les effets de l'ajout de quantités variables d'air extérieur à l'alimentation en air du bâtiment, de l'absence d'air extérieur à 33% de l'alimentation en air du bâtiment par heure. Comme prévu, l'incorporation d'un air extérieur plus propre a réduit le risque de transmission dans les pièces connectées. Le remplacement d'un tiers de l'air d'un bâtiment par heure par de l'air extérieur propre dans les pièces en aval a réduit le risque d'infection d'environ 20% par rapport aux niveaux inférieurs d'air extérieur généralement inclus dans les bâtiments. L'équipe a noté que le modèle supposait que l'air extérieur était propre et exempt de virus.

«Plus d'air extérieur est clairement une bonne chose pour le risque de transmission, tant que l'air est exempt de virus», a dit Pease.

Lorsque la personne infectée dans le bureau tousse à gauche, des gouttelettes respiratoires contenant des particules virales sortent par l'évent du bureau au plafond. Certaines gouttelettes sortent du bâtiment, tandis que d'autres sont renvoyées dans le bâtiment et dans plusieurs pièces via la centrale de traitement d'air. Une équipe du PNNL a découvert qu'un taux de ventilation élevé peut augmenter les taux de particules virales en aval d'une pièce source.

Une forte filtration réduit la transmission

Le deuxième facteur étudié, une forte filtration, était également très efficace pour réduire la transmission du coronavirus.

L'équipe a étudié les effets de trois niveaux de filtration: MERV-8, MERV-11 et MERV-13, où MERV signifie minimum efficiency reporting value, une mesure courante de la filtration. Un nombre plus élevé se traduit par un filtre plus fort.

La filtration a considérablement réduit les risques d'infection dans les pièces connectées. Un filtre MERV-8 a réduit le niveau maximal de particules virales dans les pièces connectées à seulement 20% par rapport à ce qu'il était sans filtration. Un filtre MERV-13 a abaissé la concentration maximale de particules virales dans une pièce connectée de 93%, à moins d'un dixième de ce qu'elle était avec un filtre MERV-8. Les chercheurs notent que les filtres plus puissants sont devenus plus courants depuis le début de la pandémie.

Augmentation de la ventilation, une image plus complexe

La découverte la plus surprenante de l'étude concernait la ventilation, l'effet de ce que les chercheurs appellent des renouvellement d'air par heure. Ce qui est bon pour la pièce source, réduire le risque de transmission dans la pièce de 75%, n'est pas aussi bon pour les pièces connectées. L'équipe a découvert qu'un taux rapide d'échange d'air, 12 changements d'air par heure, peut provoquer une augmentation des niveaux de particules virales en quelques minutes dans les pièces connectées. Cela augmente le risque d'infection dans ces pièces pendant quelques minutes à plus de 10 fois ce qu'il était à des taux de renouvellement d'air inférieurs. Le risque de transmission plus élevé dans les pièces connectées demeure pendant environ 20 minutes.

«Pour la pièce source, il est clair que plus de ventilation est une bonne chose. Mais cet air va quelque part», a dit Pease. «Peut-être que plus de ventilation n'est pas toujours la solution.»

Interpréter les données

«Il y a de nombreux facteurs à considérer et le calcul du risque est différent pour chaque cas» a dit Pease. «Combien de personnes y a-t-il dans le bâtiment et où se trouvent-elles? Quelle est la taille du bâtiment? Combien de pièces? Il n'y a pas beaucoup de données à ce stade sur la façon dont les particules virales se déplacent dans les bâtiments de plusieurs pièces.»

«Ces chiffres sont très spécifiques à ce modèle - ce type particulier de modèle, la quantité de particules virales rejetées par une personne. Chaque bâtiment est différent et des recherches supplémentaires doivent être effectuées», a ajouté Pease.

Le co-auteur Timothy Salsbury, un expert en contrôle des bâtiments, note que de nombreux compromis peuvent être quantifiés et pondérés en fonction des circonstances.

«Une filtration plus forte se traduit par des coûts énergétiques plus élevés, tout comme l'introduction de plus d'air extérieur que ce qui serait habituellement utilisé dans des opérations normales. Dans de nombreuses circonstances, la pénalité énergétique pour l'augmentation de la puissance du ventilateur requise pour une filtration forte est inférieure à la pénalité énergétique pour le chauffage ou le refroidissement de l'air extérieur supplémentaire», a déclaré Salsbury.

«Il y a de nombreux facteurs à équilibrer, niveau de filtration, niveaux d'air extérieur, échange d'air, pour minimiser le risque de transmission. Les gestionnaires d'immeubles ont certainement du pain sur la planche», a-t-il ajouté.

Des études expérimentales supplémentaires en cours

L'équipe mène déjà une série d'études expérimentales dans le même sens que l'étude de modélisation. À l'instar de l'étude récemment publiée, les analyses supplémentaires portent sur les effets de la filtration, de l'incorporation d'air extérieur et des changements d'air.

Ces études en cours impliquent de vraies particules de mucus (n'incorporant pas le virus SARS-CoV-2) et tiennent compte des différences entre les particules expulsées de diverses parties des voies respiratoires, telles que la cavité buccale, le larynx et les poumons. Les enquêteurs déploient une machine d'aérosolisation qui disperse les particules de type viral au fur et à mesure qu'elles seraient dispersées par une toux, ainsi qu'une technologie de suivi fluorescent pour surveiller où elles vont. D'autres facteurs incluent la taille variable des particules, la durée pendant laquelle les particules virales sont susceptibles d'être infectieuses et ce qui se passe lorsqu'elles tombent et se désintègrent.

SARS-CoV-2 : L’infection induit des anticorps capables de tuer les cellules infectées quelle que soit la sévérité de la maladie

 «SARS-CoV-2 : L’infection induit des anticorps capables de tuer les cellules infectées quelle que soit la sévérité de la maladie», source Institut Pasteur.

En s’appuyant sur des études épidémiologiques de terrain et sur la cohorte hospitalière FrenchCOVID coordonnée par l’Inserm, des équipes de l’Institut Pasteur, du CNRS et du Vaccine Research Institute (VRI, Inserm/université Paris Est Créteil) ont étudié les anticorps induits chez des individus infectés par le SARS-CoV-2 de manière asymptomatique ou symptomatique. Les chercheurs et chercheuses ont montré que l’infection induit des anticorps polyfonctionnels, c’est à dire possédant une activité neutralisante mais aussi capables d’activer d’autres mécanismes de défense tels que les cellules tueuses NK (Natural Killer) ou les molécules du complément. Les niveaux d’anticorps sont légèrement plus faibles chez les personnes asymptomatiques en comparaison à celles symptomatiques, mais des anticorps polyfonctionnels sont retrouvés chez tous les individus. Ces résultats montrent que l’infection induit des anticorps capables de tuer les cellules infectées quelle que soit la sévérité de la maladie. L’étude fait l’objet d’une publication dans la revue Cell Reports Medicine, le 21 avril 2021.

Près de la moitié des personnes infectées par le SARS-CoV-2 ne développe pas de symptôme. Cependant, la réponse immunitaire induite par les formes asymptomatiques de la Covid-19 est encore mal caractérisée. L’étendue des fonctions antivirales des anticorps anti-SARS-CoV-2 est également mal comprise. En effet, les anticorps sont capables de neutraliser le virus, mais aussi d’activer des fonctions dites « non neutralisantes ». Parmi elles, la cytotoxicité dépendante des anticorps (antibody-dependent cellular cytotoxicity ; ADCC) et l’activation du complément sont des constituants majeurs de la réponse immunitaire et de l’efficacité de certains vaccins. L’ADCC est un phénomène en deux étapes, durant lequel les cellules infectées sont d’abord reconnues par les anticorps, puis détruites par les cellules NK. Le complément est un ensemble de protéines plasmatiques qui permet également l’élimination des cellules ciblées par les anticorps. La capacité des anticorps à activer ces fonctions non neutralisantes est encore très peu décrite dans le contexte de l’infection par le SARS-CoV-2.

Dans un premier temps, les équipes de l’Institut Pasteur, du CNRS et du VRI (Inserm/université Paris Est Créteil) ont mis au point de nouveaux tests permettant de mesurer les différentes fonctions des anticorps. Elles ont développé des tests pour étudier la mort cellulaire induite par les cellules NK ou par le complément en présence d’anticorps. En étudiant les cultures en temps réel grâce à la vidéo-microscopie, les chercheurs et chercheuses ont montré que les cellules NK, en présence des anticorps, peuvent tuer les cellules infectées, démontrant une nouvelle activité antivirale des anticorps.

Les scientifiques ont ensuite étudié des sérums de patients atteints de formes symptomatiques ou asymptomatiques de la Covid-19. En plus de leurs nouveaux tests, ils ont analysé les anticorps avec différentes méthodes préalablement développées à l’Institut Pasteur, telles que le test S-Flow pour rechercher la présence d’anticorps dirigés contre la Spike du SARS-CoV-2 et le test S-Fuse qui mesure la capacité de neutralisation de ces anticorps.

«Cette étude a permis de montrer que les individus infectés par le SARS-CoV-2 possèdent des anticorps capables d’attaquer le virus de différentes manières, en l’empêchant d’entrer dans les cellules (neutralisation) ou en tuant les cellules infectées grâce à l’activation des cellules NK (via la fonction ADCC). On parle donc d’anticorps polyfonctionnels», explique Timothée Bruel, co-auteur principal de l’étude et chercheur au sein de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur et au VRI. En comparant différents groupes de patients, les scientifiques ont ensuite montré que les personnes asymptomatiques possèdent également des anticorps polyfonctionnels et que leur réponse est légèrement plus faible que celle des patients atteints de formes modérées de la Covid-19.

«Cette étude révèle de nouveaux modes d’action des anticorps et suggère que la protection induite par une infection asymptomatique est très proche de celle observée après une infection symptomatique», conclut Olivier Schwartz, co-auteur principal de l’étude et responsable de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur et au VRI (Inserm/université Paris Est Créteil).

L'ADNe et l'ARNe peuvent jouer un rôle clé dans la surveillance d'agents pathogènes tels que le SARS-CoV-2

Schéma des méthodologies ADNe pour la détection environnementale de pathogènes et d'espèces endémiques (généré en utilisant Biorender).

«L'ADN et l'ARN environnementaux peuvent jouer un rôle clé dans la surveillance d'agents pathogènes tels que le SARS-CoV-2», source American Institute of Biological Sciences via EurekAlert!

La surveillance des maladies et des parasites dans le monde réel est souvent entravée par l'incapacité des approches traditionnelles à échantillonner facilement de vastes zones géographiques et un grand nombre d'individus. Cela peut entraîner des données inégales qui ne répondent pas à ce dont les chercheurs ont besoin pour anticiper et traiter les épidémies. Écrivant dans BioScience, Jessica Farrell (Université de Floride), Liam Whitmore (Université de Limerick) et David Duffy (Université de Floride) décrivent la promesse de nouvelles techniques moléculaires pour surmonter ces lacunes.

En échantillonnant l'ADN et l'ARN environnementaux (ADNe et ARNe), disent les auteurs, les chercheurs seront mieux en mesure de déterminer la présence d'agents pathogènes humains et dans la vie sauvage. L'approche ADNe et ARNe fonctionne grâce à la collecte d'un échantillon (souvent à partir d'une source aquatique), dont le contenu génétique est ensuite séquencé pour révéler la présence et la prévalence d'agents pathogènes. Cet ADNe ou ARNe donne aux chercheurs une vue opportune de la propagation de la maladie, ce qui «peut aider à prédire à l'avance la propagation d'agents pathogènes vers des zones géographiques et des populations nouvelles et sensibles à proximité, offrant des opportunités de mettre en œuvre des stratégies de prévention et de réduction», expliquent les auteurs.

Par exemple, au cours de la pandémie de COVID-19, les chercheurs ont utilisé l'analyse de l'ARNe des eaux usées pour suivre l'épidémie de maladie à grande échelle, constatant que «la détection dans les eaux usées de l'ARNe du SARS-CoV-2 augmentait rapidement avant la détection médicale d'épidémies humaines dans ces régions, avec un pic de concentration de virus dans l'environnement au même moment ou avant le nombre de cas détectés par l'homme, ce qui permet d'avertir à l'avance d'une augmentation du nombre d'individus infectés.» Grâce à ces connaissances avancées, des ressources médicales cruciales et limitées peuvent être fournies là où elles seront le plus nécessaires.

Les avantages de l'analyse ADNe et ARNe ne se limitent pas à la détection d'agents pathogènes humains; les auteurs décrivent la manière dont ces outils aident également à comprendre la présence et la transmission d'agents pathogènes qui entravent les efforts de conservation de la faune, tels que le virus à ADN spécifique de la tortue, Chelonid alphaherpesvirus 5. La surveillance de l'ADNe de ce pathogène peut aider les chercheurs à évaluer la propagation de la maladie, en particulier, l'idée que le virus est le plus fréquemment transmis par des individus «super-répandeurs».

L'avenir de ces technologies est prometteur, disent Farrell, Whitmore et Duffy, «avec le potentiel de dépasser largement les méthodes de détection traditionnelles et la capacité d'améliorer la détection et la surveillance des agents pathogènes aquatiques et de leurs espèces hôtes vulnérables, y compris les humains.»

Israël : Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine

Propgation du variant britannique en Israël

«Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine», source Tel-Aviv University via EurekAlert!

Une éude à l'Université de Tel Aviv (TAU) sur la base des données de 300 000 tests pour le COVID-19.

Une nouvelle étude de l'Université de Tel Aviv a révélé que le variant britannique (appelé B.1.1.7) du Covid-19 est 45% plus contagieux que le virus d'origine. Les chercheurs se sont appuyés sur les données d'environ 300 000 tests PCR pour le Covid-19 obtenus du laboratoire de test COVID-19, qui a été créé en collaboration avec le groupe Electra.

La nouvelle étude a été menée par le professeur Ariel Munitz et le professeur Moti Gerlitz du département de microbiologie clinique et d'immunologie de la faculté de médecine Sackler, en collaboration avec le Dr Dan Yamin et l'étudiant au doctorat Matan Yechezkel du laboratoire de modélisation et d'analyse des épidémies (LEMA) au Département de génie industriel, le tout à l'Université de Tel Aviv. Les résultats de l'étude ont été publiés dans l'éminente revue scientifique Cell Reports Medicine.

Le laboratoire Electra-TAU a été créé en mars 2020, juste après le déclenchement de la première vague de la pandémie en Israël. À ce jour, il a analysé des centaines de milliers de tests provenant de tout le pays - à partir d'installations publiques de tests au volant, ainsi que de programmes ciblant des populations spécifiques - tels que le 'Shield for Fathers and Mothers' qui effectuait régulièrement des tests chez les points chauds à risque comme les maisons de retraite.

Le professeur Ariel Munitz explique: «Nous utilisons un kit qui teste trois gènes viraux différents. Dans le variant britannique, également connu sous le nom de B.1.1.7, l'un de ces gènes, le gène S, a été effacé par la mutation. Par conséquent, nous avons pu suivre la propagation du variant même sans séquençage génétique.»

Selon le professeur Munitz, les données du laboratoire montrent que la propagation du variant britannique a été très rapide: le 24 décembre 2020, seuls 5% des résultats positifs étaient attribués au variant britannique. À peine six semaines plus tard, en janvier 2021, ce variant était responsable de 90% des cas de Covid-19 en Israël. Le chiffre actuel est d'environ 99,5%.

«Pour expliquer cette augmentation spectaculaire, nous avons comparé le nombre R du virus SARS-CoV-2 avec le R du variant britannique. En d'autres termes, nous avons posé la question, combien de personnes, en moyenne, contractent la maladie de chaque personne qui a l'un ou l'autre variant? Nous avons constaté que la variant britannique est 45% - près de 1,5 fois - plus contagieux»

Dans la deuxième étape de l'étude, les chercheurs ont segmenté la contagion par groupes d'âge. Les résultats ont indiqué que le tournant pour la population de 60 ans et plus par rapport aux autres groupes d'âge s'est produit deux semaines après que 50% de la population israélienne de 60 ans et plus ont reçu leur première dose de vaccin.

«Jusqu'en janvier, nous avons constaté une dépendance linéaire de près de 100% entre les différents groupes d'âge dans les nouveaux cas pour 1 000 personnes», explique le Dr Dan Yamin. «Deux semaines après que 50% de la population de 60 ans et plus aient reçu la première dose du vaccin, ce graphique s’est brusquement et significativement cassé. En janvier, une baisse spectaculaire a été observée dans le nombre de nouveaux cas dans le groupe des 60 ans et plus, parallèlement à une augmentation continue du reste de la population. En termes simples, puisque plus de 90% des personnes décédées du Covid-19 avaient plus de 60 ans, nous pouvons dire que le vaccin a sauvé des centaines de vies, même à court terme. "

De plus, la nouvelle étude prouve que la surveillance active des populations à risque fonctionne. «Il existe une valeur seuil pour déterminer si un test spécifique est positif ou négatif pour le virus - une valeur inférieure indiquant une charge virale plus élevée», explique le professeur Munitz. «Lorsque nous avons comparé les valeurs seuils des différents gènes chez plus de 60 résidents de maisons de retraite avec les valeurs mesurées chez plus de 60 personnes dans la population générale, nous avons constaté des valeurs nettement plus élevées dans les maisons de retraite. Cela signifie que la charge virale dans les maisons de retraite était plus faible que le reste de la population.»

Étant donné que les résidents des maisons de retraite sont testés régulièrement, alors que d'autres personnes ne sont généralement testées que lorsqu'elles ne se sentent pas bien ou ont été en contact avec une personne qui avait été testée positive pour le virus, nous concluons qu'une surveillance constante des populations à risque est une méthode qui fonctionne. Il est important de le souligner: la charge virale relativement faible a été constatée dans les maisons de retraite alors que le variant britannique avait déjà commencé à se répandre dans toutes les populations. Par conséquent, nous montrons que la surveillance des maisons de retraite, associée à une vaccination qui donne la priorité aux populations vulnérables, prévient la maladie et la mortalité.

Le Dr Yemin conclut: «En raison des conditions de surpeuplement, des ménages importants et de la répartition par âge de la population israélienne, le coronavirus avait un environnement plus favorable pour se propager en Israël par rapport à la plupart des pays occidentaux. Notre message au monde est que si avec notre point de départ problématique un net déclin a été identifié, d'autres pays occidentaux peuvent certainement s'attendre à une rupture de la courbe - malgré la forte contagion du variant britannique - avec une baisse spectaculaire des cas graves suite à la vaccination de 50% de la population âgée, parallèlement à des tests ciblés dans les épicentres à risque.»

Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de COVID positifs dans une étude pilote

Le 21 mai 2020, le blog vous proposait un article sur le COVID-19 et chiens renifleurs en France et au Royaume-Uni. Le sujet continue donc d'intéresser les scientifiques car voici «Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de personnes COVID positifs dans une étude pilote», source CIDRAP News.

Neuf chiens ont pu renifler des prélèvements d'urine et de salive COVID positifs dans une étude de validation de principe publiée dans PLOS One, mais les chercheurs notent qu'un manque de diversité des prélèvements a rendu difficile de dire à quel point la formation était généralisable.

La formation a été menée avec une roue de parfum qui avait différents parfums à l'extrémité des rayons. Tout d'abord, les chiens ont été formés pour détecter un parfum distinctif avec un composé de détection universel. Ensuite, ils sont passés à des prélèvements d'urine COVID positifs et négatifs, tous traités de sorte que le virus a été inactivé, et enfin, ont traité des prélèvements de salive.

Au cours des 3 semaines de formation et des essais multiples, les chercheurs ont mélangé des prélèvements positifs de 14 enfants et 5 adultes et ont utilisé des techniques d'inactivation à base de chaleur et de détergent. Aucun des chiens n'avait effectué de travail de détection médicale auparavant.

Au cours de la formation, la précision de l'urine traitée à la chaleur et au détergent était de 94%, mais les essais introduisant des variables ont montré une précision allant de 11,1% à 100%, où tout changement de comportement était considéré comme une réaction. Les taux les plus réussis ont été lorsque les chiens ont détecté des prélèvements d'urine traités au détergent mélangés à des prélèvements précédents qu'ils avaient sentis auparavant et lorsque les chiens ont été présentés avec un nouveau prélèvement de salive COVID-positif et ont dit de trouver un autre prélèvement de salive positif. Les chiens étaient moins précis lorsqu'ils ont essayé de trouver de l'urine au COVID positif traitée thermiquement parmi des prélèvements complètement nouveaux.

En excluant l'essai qui a conduit à une précision de 11,1%, la précision cumulative était de 92,5%. Les chercheurs notent que les faibles taux de sensibilité (11% à 71%) pourraient être partiellement expliqués par leurs définitions strictes: chaque fois que le chien passait devant un prélèvement positif sans réaction, il était compté comme un échec.

«La formation utilisée dans cette étude n'a pas abouti à une généralisation documentée d'un profil d'odeur positive pour le SARS-CoV-2, malgré les chiens montrant une discrimination impressionnante entre les prélèvements positifs et négatifs», écrivent les chercheurs, notant que les chiens étaient capables de discerner des patients individuels au fil du temps. «Cela suggère que soit le nombre de prélèvements, soit le nombre de présentation de prélèvements, bien que probablement les deux, doivent être mieux adaptés non seulement à la discrimination, mais aussi à la généralisation.»

Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée

«Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée», source BMJ 2021; 373: n913.

Plus d'un an après le début de la pandémie de Covid-19, nous débattons toujours du rôle et de l'importance de la transmission par aérosols pour le SARS-CoV-2, qui ne reçoit qu'un examen rapide dans certaines directives de contrôle des infections.

La confusion a émané de la terminologie traditionnelle introduite au cours du siècle dernier. Cela a créé des divisions mal définies entre la transmission des «gouttelettes», des «noyaux aéroportés» et des «noyaux de gouttelettes», conduisant à des malentendus sur le comportement physique de ces particules.

Essentiellement, si vous pouvez inhaler des particules - indépendamment de leur taille ou de leur nom – vous respirez des aérosols. Bien que cela puisse se produire à longue distance, c'est plus probable à proximité de quelqu'un, car les aérosols entre deux personnes sont beaucoup plus concentrés sur une courte distance, un peu comme être proche de quelqu'un qui fume.

Les personnes infectées par le SARS-CoV2 produisent de nombreuses petites particules respiratoires chargées de virus en expirant. Certains d'entre elles seront inhalées presque immédiatement par ceux qui se trouvent à une distance conversationnelle typique de «courte portée» (<1 m), tandis que les autres se dispersent sur de plus longues distances pour être inhalés par d'autres plus éloignés (> 2 m). Les traditionalistes appelleront les plus grosses particules à courte portée des gouttelettes et les plus petites particules à longue portée à des noyaux de gouttelettes, mais ce sont tous des aérosols car ils peuvent être inhalés directement depuis l'air.

En quoi est-ce important?

Pour les besoins actuels de contrôle des infections, la plupart du temps, ce n’est pas le cas. Le port de masques, le maintien de la distance et la réduction de l'occupation à l'intérieur d'un local entravent les voies de transmission habituelles, que ce soit par contact direct avec des surfaces ou des gouttelettes, ou par l'inhalation d'aérosols. Une différence cruciale, cependant, est la nécessité de mettre davantage l'accent sur la ventilation, car les plus petites particules en suspension peuvent rester en suspension dans l'air pendant des heures, ce qui constitue une voie de transmission importante.

Si nous acceptons que quelqu'un dans un environnement intérieur puisse inhaler suffisamment de virus pour provoquer une infection à plus de 2 m de la source d'origine - même après que la source d'origine soit partie - alors les mécanismes de remplacement d'air ou d'épuration de l'air deviennent beaucoup plus importants.

Cela signifie ouvrir des fenêtres ou installer ou moderniser des systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation, comme indiqué dans un document de mars 2021 de l'OMS. Les personness sont beaucoup plus susceptibles d'être infectées dans une pièce dont les fenêtres ne peuvent pas être ouvertes ou qui ne disposent d'aucun système de ventilation.

Une deuxième implication cruciale de la propagation dans l'air est que la qualité du masque est importante pour une protection efficace contre les aérosols inhalés. Les masques préviennent généralement les grosses gouttelettes de se poser sur les zones couvertes du visage et la plupart sont au moins partiellement efficaces contre l'inhalation d'aérosols. Cependant, une efficacité de filtration élevée et un bon ajustement sont nécessaires pour améliorer la protection contre les aérosols, car de minuscules particules en suspension dans l'air peuvent se frayer un chemin autour des espaces entre le masque et le visage.

Si le virus est transmis uniquement par des particules plus grosses (gouttelettes) qui tombent au sol à moins d'un mètre après l'expiration, l'ajustement du masque serait moins préoccupant. Dans l'état actuel des choses, les personnels de santé portant des masques chirurgicaux ont été infectés sans être impliqués dans des procédures générant des aérosols. La propagation aérienne du SARS-CoV-2 étant pleinement reconnue, notre compréhension des activités génératrices d'aérosols nécessitera une définition plus approfondie. Les scientifiques des aérosols ont montré que même parler et respirer sont des procédures générant des aérosols.

Il est maintenant clair que le SARS-CoV-2 se transmet principalement entre les personnes à courte distance par inhalation. Cela ne signifie pas que la transmission par contact avec les surfaces ou que la voie aérienne à plus longue distance ne se produit pas, mais ces voies de transmission sont moins importantes lors de brèves interactions quotidiennes sur la distance de conversation habituelle de 1 m. Dans des situations rapprochées, les personnes sont beaucoup plus susceptibles d'être exposées au virus en l'inhalant qu'en le faisant voler dans l'air en grosses gouttelettes pour se poser sur leurs yeux, leurs narines ou leurs lèvres. La transmission du SASR-CoV-2 après avoir touché des surfaces est maintenant considéré comme relativement minime.

L'amélioration de la qualité de l'air intérieur grâce à une meilleure ventilation apportera d'autres avantages, notamment une réduction des arrêts maladie pour d'autres virus respiratoires et même des plaintes liées à l'environnement telles que les allergies et le syndrome des bâtiments malsains. Moins d'absentéisme - avec ses effets néfastes sur la productivité - pourrait faire économiser des coûts importants aux entreprises, ce qui compenserait les dépenses liées à la mise à niveau de leurs systèmes de ventilation. Les nouveaux systèmes, y compris les technologies de purification et de filtration de l'air, deviennent de plus en plus efficaces.

Le Covid-19 pourrait bien devenir saisonnier, et nous devrons vivre avec comme nous le faisons avec la grippe. Les gouvernements et les responsables de la santé devraient donc tenir compte de la science et concentrer leurs efforts sur la transmission aérienne. Des environnements intérieurs plus sûrs sont nécessaires, non seulement pour protéger les personnes non vaccinées et celles pour lesquelles les vaccins échouent, mais aussi pour dissuader les variants résistants aux vaccins ou toute menace aéroportée qui peut apparaître à tout moment. L'amélioration de la ventilation intérieure et de la qualité de l'air, en particulier dans les environnements de santé, du travail et de l'enseignement, nous aidera tous à rester en sécurité, maintenant et à l'avenir.

Un an d'évolution du SARS-CoV-2

«Un an d'évolution du SARS-CoV-2», source Microbiology Society.

Le 15 avril 2021, des chercheurs ont publié un examen approfondi des mutations du SARS-CoV-2 qui ont eu lieu au cours de l'année écoulée dans le Journal of General Virology. La revue discute des résultats de plus de 180 articles de recherche et suit les changements qui ont eu lieu dans le génome du SARS-CoV-2 et les variants qui en ont résulté.

Un certain nombre de variants du SARS-CoV-2 ont émergé d'hôtes immunodéprimés, selon l'étude. On pense que les variants préoccupants, y compris B.1.1.7 (encore appelé variant anglais -aa), un variant identifié pour la première fois dans le Kent, étaient le résultat d'une infection à long terme chez des personnes dont le système immunitaire était affaibli.

Des infections persistantes chez les personnes immunodéprimées peuvent entraîner une mutation plus fréquente du virus car le système immunitaire de la personne ne peut pas éliminer le virus aussi rapidement que le système immunitaire d’une personne en bonne santé.

Les auteurs, Professeur Wendy Barclay, Dr Thomas Peacock, Professeur Julian Hiscox et Rebekah Penrice-Randal expliquent l'importance de surveiller les changements génétiques dans le SARS-CoV-2 pour le contrôle futur du virus: «Alors que de plus en plus de variants apparaissent, nous nous avons une meilleure image de leurs similitudes et différences partagées et pouvons mieux prédire à quoi ressembleront les autres nouveaux variants. Rassembler toutes ces informations nous aidera également à concevoir des vaccins booster qui protègent contre autant de variants que possible ou à concevoir des diagnostics ciblés», ont-ils déclaré.

Leur revue examine où les mutations se sont produites, quelle partie du virus elles affectent et comment les variants résultants pourraient avoir un impact sur les efforts de vaccination. Selon les auteurs, des mutations dans le SARS-CoV-2 sont attendues, car le virus s'adapte à l'homme. «Le séquençage des coronavirus humains saisonniers n'a pas été fait à une échelle comme le SARS-CoV-2, en particulier lorsqu'ils se seraient initialement propagés chez l'homme. Le SARS-CoV-2 est au début de son voyage chez l'homme alors que d'autres coronavirus humains existent, dans certains cas, depuis de nombreuses décennies», ont-ils dit.

Des variants avec des mutations identiques ou similaires ont émergé indépendamment dans différents pays: «Le SARS-CoV-2 est probablement encore en train de trouver son chemin chez l'homme en termes d'infection et de transmission optimales. L'ampleur de l'épidémie et les efforts massifs de séquençage permettront d'identifier des mutations concomitantes; fondamentalement, le virus subit les mêmes types de pressions de sélection où que vous soyez dans le monde, et l'épidémie a été semée par le même virus d'origine», ont expliqué les auteurs.

Les mutations présentant un intérêt particulier comprennent celles de la protéine de pointe (spike protein). Cette protéine permet au virus de pénétrer dans les cellules hôtes et est la cible principale du système immunitaire, y compris l'immunité générée par tous les vaccins actuels contre le SARS-CoV-2.

Des mutations dans le gène qui code pour la pointe pourraient changer la forme de la protéine, lui permettant de ne plus être reconnue par le système immunitaire. Parce que cette protéine est si importante pour l'entrée du SARS-CoV-2, les mutations favorables ont plus de chances de réussir et de créer de nouvelles variants dominants du virus.

Les changements qui donnent un avantage au virus peuvent rapidement devenir dominants. Par exemple, une mutation, nommée D614G, a été trouvée dans 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés quatre mois seulement après sa première détection. Désormais, les virus sans la mutation D614G ne sont couramment observés que dans certaines régions d'Afrique.

Une autre mutation, N501Y, se trouve dans le variant B.1.1.7 du SARS-CoV-2. On pense que cette mutation est le résultat de l'infection d'un individu immunodéprimé et peut contribuer à rendre le virus plus contagieux. Les infections avec ce variant ont un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est devenu le variant dominant en trois mois et est désormais responsable de plus de 90% des infections dans le pays.

Les mutations significatives des protéines de pointe discutées dans la revue comprennent:

D614G

En février 2020, une mutation a été détectée dans la protéine de pointe du SARS-CoV-2 et nommée D614G. Cette mutation rend le SARS-CoV-2 plus infectieux, mais ne rend pas le virus plus dangereux. Cette augmentation de l'infectiosité a conduit à un avantage significatif en termes de fitness et en quatre mois, 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés dans le monde se sont révélés porteurs de la mutation. Aujourd'hui, seules certaines parties de l'Afrique ont des virus en circulation sans la mutation D614G.

Malgré les préoccupations initiales, le D614G n'a pas d'effet sur l'efficacité du vaccin et dans certains cas, les virus avec la mutation D614G sont plus facilement éliminés par les anticorps contre le SARS-CoV-2.

Y435F

À la mi-2020, les rapports sur le vison infecté par les humains sont devenus fréquents. Chez le vison, la protéine de pointe du virus a généralement développé deux mutations appelées Y435F et N501T. Ces mutations permettent une liaison plus forte du virus aux cellules réceptrices humaines. Des virus porteurs de ces mutations ont été trouvés dans un groupe d'infections humaines au Danemark, dont on pense qu'elles proviennent du vison. Fait inquiétant, ce variant était capable d'infecter des personnes qui avaient déjà été infectées par le SARS-CoV-2 et dont on pensait qu'elles avaient une certaine immunité contre le virus. En conséquence, 17 millions de visons ont été abattus.

La mutation Y435F se serait également développé chez une personne immunodéprimée, probablement à la suite d'une infection chronique par le virus lui permettant de s'adapter.

N501Y

En décembre 2020, un variant hautement transmissible du virus a été isolée dans le Kent, au Royaume-Uni. Ce variant, nommé B.1.1.7, contenait une mutation dans la protéine de pointe appelée N501Y. Non seulement cette mutation rend le virus plus contagieux, mais il a également été constaté qu'il avait un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est désormais le variant dominant et est responsable de plus de 90% des cas d'infection.

La mutation N501Y s'est avérée avoir peu d'effet sur l'immunité à la fois contre les vaccins et les infections antérieures.

E484K

La mutation de protéine de pointe E484K est apparue ces derniers mois, une fois en Afrique du Sud et au moins deux fois au Brésil. Les variants avec la mutation de E484K sont capables d'échapper au système immunitaire des individus vaccinés et précédemment infectés.

On pense que cette mutation était due à des niveaux élevés d'immunité de la population, ce qui a conduit des mutations dans la protéine de pointe à échapper au système immunitaire. Au Brésil, il y a eu plusieurs rapports de personnes de la santé et d'autres personnes ayant des anticorps contre le SARS-CoV-2 qui ont été réinfectés avec des variants ayant le mutant E484K, ce qui soulève des inquiétudes quant à la protection vaccinale contre ce variant.

La revue examine également les mutations qui modifient d'autres parties du virus, telles que ORF8, une protéine accessoire dont on pense qu'elle supprime le système immunitaire de l'hôte. On a découvert que les virus avec une délétion dans le gène qui code pour ORF8 provoquent une maladie clinique moins grave.

Les auteurs de la revue ont appelé à une intensification des efforts mondiaux pour surveiller les mutations du SARS-CoV-2. Actuellement, le Royaume-Uni et le Danemark effectuent un séquençage disproportionné du génome du SARS-CoV-2. Une surveillance régulière du virus permet une identification précoce des variants émergentes et permet aux chercheurs d'identifier les mutations associées.

«Bien que la surveillance génomique en Europe et aux États-Unis soit assez forte, il devient clair que dans de vastes régions du monde, nous n'avons tout simplement aucune idée des variants qui circulent. Celles-ci commencent à apparaître en Europe sous forme d'importations ou d'épidémies communautaires. Une meilleure surveillance dans un plus large éventail de pays nous permettrait de mieux évaluer les risques à quoi pourrait ressembler la prochaine étape de la pandémie», ont dit les auteurs. «Si nous voulons surveiller l'émergence, la propagation et l'importation en cours de mutants potentiels pour échapper à un vaccin, nous devons poursuivre cet effort ou risquer de nouvelles vagues de pandémie et l'échec du vaccin. De plus, comprendre l'épidémiologie génomique du virus le plus tôt possible nous permettra de développer rapidement des rappels de vaccins mis à jour.»

Le professeur Alain Kohl, rédacteur en chef du Journal of General Virology a dit: «L'émergence des variants du SARS-CoV-2 est l'un des grands défis de la pandémie en cours. Cet article de synthèse résume nos connaissances et notre compréhension actuelles de l'évolution du virus, ainsi que de ses conséquences, par exemple en termes de vaccination. Il est d'un grand intérêt pour quiconque souhaite en savoir plus sur l'histoire de ce virus et sur ce que l'avenir peut nous réserver.»