L'article le plus lu en 2022 par les lecteurs de l'American Society for Microbiology

Et enfin, notre article le plus lu de 2022 explique ce qu’il faut faire si vous avez été exposé au virus de la variole du singe (monkeypox) et/ou si vous développez des symptômes de la maladie. Quand vous faire tester et quand vous faire vacciner. Connectez-vous en 2023 pour de nouvelles ressources en microbiologie à lire !

L'American Society for Microbiology (ASM) est la plus importante association de biologistes au monde.

And finally, our most-read article of 2022 breaks down what do to if you've been exposed to #monkeypox virus and/or develop symptoms of the disease, when to seek testing and when to get vaccinated. Tune in in 2023 for new microbiology resources to read! https://t.co/RxP4tBQM52

— ASM (@ASMicrobiology) December 30, 2022

Le blog vous a proposé de nombreux articles sur le sujet ici.

Une étude décrit les points-clés pour une surveillance environnementale plus efficace

«Une étude décrit les points clés pour une surveillance environnementale plus efficace», source Food Safety News.

Les éléments essentiels d'un programme de surveillance de l'environnement de transformation ont été identifiés par un groupe d'experts de l’International Life Sciences Institute (ILSI) Europe.

L'objectif est d'aider l'industrie et les services réglementaires avec une surveillance environnementale ciblée en couvrant les informations sur les épidémies, les pathogènes dans les aliments à faible teneur en eau et les connaissances sur les indicateurs.

Les épidémies passées ont montré le rôle de l'environnement comme voie de contamination. Cependant, il y a encore des questions et un manque de clarté sur la façon de mettre en place un programme pour fournir des alertes précoces de contamination potentielle des produits, selon l'étude publiée dans International Journal of Food Microbiology. L’article disponible en intégralité fait 84 pages.

La majorité des éclosions et des rappels impliquant des aliments à faible teneur en eau tels que les fruits à coques, les épices et les aliments pour nourrissons sont dus à Salmonella, avec seulement quelques-uns liés à Bacillus cereus, Cronobacter, Listeria monocytogenes et E. coli.

Conception d’un programme

Deux récentes épidémies de préparations pour nourrissons liées à la contamination de l'environnement par Salmonella soulignent l'importance de surveiller l'espace de l'usine, ont déclaré les chercheurs. En 2019, les préparations pour nourrissons à base de riz étaient à l'origine d'une épidémie à Salmonella Poona qui a touché plus de 30 nourrissons. En 2017-2018, une épidémie à Salmonella Agona liée à des préparations pour nourrissons a rendu malade 40 jeunes enfanst.

Salmonella Poona n'a pas été retrouvé dans les produits alimentaires ou l'environnement de transformation, tandis que Salmonella Agona a été confirmé dans les aliments. Les deux incidents ont été causés par un isolat confirmé par séquençage du génome entier comme étant similaire à une souche précédemment impliquée dans des épidémies dans les mêmes installations plus d'une décennie auparavant.

Les chercheurs ont déclaré que les programmes de surveillance de l'environnement de transformation devraient être conçus pour identifier les points critiques à prélever régulièrement et pour rechercher et détruire les pathogènes préoccupants. Ils doivent être gérés et mis à jour. Une analyse des dangers doit être effectuée pour identifier les pathogènes pertinents pour le processus et le produit.

Les contrôles comprennent le zoning hygiénique ou la division par zones avec une séparation des zones de production, la conception hygiénique de l'équipement, le nettoyage et la désinfection et des contrôles.

La surveillance environnementale de la tranformation par écouvillonnage des surfaces est une approche proactive pour anticiper la contamination des produits. Les analyses sur les produits finis sont d'une valeur limitée pour identifier une contamination à faible prévalence, ce qui est principalement le cas pour les aliments à faible teneur en eau, car ils ne révèlent pas où les problèmes ont pu se produire.

Les prélèvements doivent tenir compte de la proximité et de la priorité du produit en fonction des conditions d'hygiène et du lieu dans le processus, par exemple avant ou après le traitement thermique. Les systèmes d'échantillonnage, les organismes cibles, les méthodes, les zones, les fréquences et les actions correctives dépendent du danger du produit et des conditions locales.

Besoin d’un suivi régulier

La surveillance de la contamination microbienne dans l'environnement de transformation doit être suivie de plans d'actions correctives et préventives. Les outils moléculaires aident à ces plans en fournissant des informations telles que le potentiel de capacité d'adhésion, la résistance aux agents de nettoyage-désinfection et à la chaleur et la formation de biofilm.

Selon les experts, la caractérisation génétique des isolats permet de comprendre la différence entre les souches résidentes et sporadiques dans un environnement de transformation.

Les analyses des organismes indicateurs peuvent fournir des informations sur les défaillances du processus, les sources de contamination possibles ou la formation de toxines et le niveau d'hygiène général, y compris la vérification du nettoyage et de la désinfection, et ils pourraient permettre des actions correctives avant que des pathogènes n'apparaissent. Cependant, ils ne remplacent pas les analyses des pathogènes, ont averti les scientifiques.

Des limites d'action ou des seuils pour des résultats acceptables et inacceptables sont souvent appliqués aux indicateurs. Cela permet d'afficher des signes avant-coureurs avant qu'un problème réel de sécurité sanitaire ou de qualité ne se produise. La définition des limites d'actions nécessite l'établissement d'une ligne de base au préalable. Cela peut être fait par plusieurs séries d'échantillons après et avant le nettoyage ainsi que pendant la production et tenir compte des variations saisonnières.

Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19

« Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19 », source BMJ.

Un déluge d’étude de mauvaise qualité sabote une réponse efficace fondée sur des preuves.

Le monde de la recherche médicale a réagi à la pandémie de COVID-19 à une vitesse vertigineuse. Il y a eu un tourbillon de recherche mondiale, avec des conséquences mitigées.

Parmi les points positifs, mentionnons la fourniture accrue d'un accès libre aux études sur le COVID-19, une collaboration accrue, une gouvernance accélérée et des approbations éthiques des nouvelles études cliniques et une utilisation plus large des prépublications.

Mais de nombreux problèmes sont devenus évidents. Avant la pandémie, on estimait que jusqu'à 85% de la recherche était gaspillée en raison de questions médiocres, de la mauvaise conception de l'étude, de l'inefficacité de la réglementation et de la conduite et de la communication non ou médiocre des résultats.

Beaucoup de ces problèmes se sont amplifiés avec la recherche sur le COVID-19, avec des contraintes de temps et une infrastructure de recherche inadéquate.

Essais

Un nombre extraordinaire d'essais sur le COVID-19 ont été enregistrés depuis le début de la pandémie. Le registre ClinicalTrials.gov de la National Library of Medicine répertorie 1 087 études sur le COVID-19, et bien que certaines fournissent des informations utiles, beaucoup sont trop petites et mal conçues pour être utiles, ne faisant qu'ajouter au bruit sur le COVID-19.

Par exemple, sur les 145 essais enregistrés sur l’hydroxychloroquine, 32 ont un échantillon prévu ≤ 100, 10 n'ont pas de groupe témoin et 12 sont comparatifs mais non randomisés.

Les mesures des résultats varient considérablement et seulement 50 semblent être multicentriques.

Étonnamment, une seule étude fournit un protocole, et même des détails de registre limités révèlent un changement de résultat injustifié.

Le déséquilibre dans les thèmes des essais est préoccupant, en particulier la rareté des essais sur les interventions non médicamenteuses. Bien que les interventions non médicamenteuses soient le pilier de l'atténuation actuelle, nous n'avons pu trouver que deux essais sur les masques sur ClinicalTrials.gov et aucun n'examinant la distanciation sociale, l'effet de quarantaine ou l'observance, l'hygiène des mains ou d'autres interventions non médicamenteuses.

Le financement de la recherche sur le COVID-19 reflète ce déséquilibre désolant. Une recherche sur COVID-19 Research Project Tracker, une base de données en direct des projets sur le COVID-19 financés, n'a trouvé presque aucune recherche primaire sur les effets des interventions non médicamenteuses sur la transmissibilité, par rapport à des centaines de projets d'intervention médicamenteuse d'une valeur d'au moins 67 millions d’euros.

Pré-impressions

Les préimpressions ont fourni un accès précoce et précieux aux résultats de l'étude.

Les publications dans MedRxiv ont augmenté de plus de 400% (de 586 pour les 15 dernières semaines de 2019 à 2 572 pour les 15 premières semaines de 2020), tandis que les vues et les téléchargements ont été multipliés par 100.

De nombreuses préimpressions sont cependant mal rapportées. En examinant systématiquement la proportion de cas asymptomatiques de COVID-19, nous avons constaté que les bases de la plupart des études n'étaient pas claires, les cas manquants n'étaient pas documentés et le terme «asymptomatique» n'était pas défini.

Nous avons également identifié des désaccords entre le texte et les tableaux.

Beaucoup de ces problèmes pourraient être corrigés avant la publication complète (ce qui ne suit pas toujours), mais de mauvaises études compliquent l'évaluation et la synthèse de la recherche déjà en cours.

L'accès aux prépublications a également conduit à une dissémination irresponsable car les études erronées sont reprises par les médias. La préimpression de la première étude rapportée de l'hydroxychloroquine le 20 mars 2020 - une étude non randomisée de 46 patients avec des analyses inappropriées6 - a été citée 520 fois, tandis qu'un essai randomisé de plus grande envergure sur l'hydroxychloroquine publié sur MedRxiv le 14 avril ne montrant aucun avantage n'a reçu beaucoup moins d'attention.

L'attention déséquilibrée des médias envers la première étude a déclenché une vague de recherches probablement inutiles ou mal orientées: 135 études sur l'hydroxychloroquine ont été enregistrées sur ClinicalTrials.gov depuis le 20 mars.

Déchets, duplication

Une certaine reproduction des études est importante, mais une duplication inutile des études est un gaspillage.

Le grand nombre d'essais enregistrés évaluant l'hydroxychloroquine en est une illustration, mais des déchets se produisent également dans d'autres types de recherche. Au moins cinq revues systématiques des masques faciaux pour des personnes en ville ont eu lieu en parallèle.

L'infrastructure de recherche existante pour permettre la collaboration et la communication est extrêmement limitée, les fissures du système étant rendues plus apparentes par le rythme et le volume de la recherche sur le COVID-19.

Les registres n'existent pas pour la plupart des types d'études. Lorsqu'il y a une ruée mondiale vers la recherche d'une maladie, un portail centralisé et accessible (hébergé par l'Organisation mondiale de la santé par exemple) de toutes les recherches et synthèses en cours serait inestimable.

Plusieurs collaborations de recherche importantes sont engagées dans la recherche sur le COVID-19. Peut-être plus particulièrement, la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI), qui disposait déjà de mécanismes de financement et de coordination pour les vaccins, développe et teste huit candidats vaccins en parallèle. De même, l’infrastructure d’essais multicentriques du Royaume-Uni a permis l’essai RECOVERY de quatre traitements sur le COVID-19; il a recruté plus de 9 000 patients dans 173 centres en moins de deux mois.

Mais il y a peu d'exemples de ce type et la coordination de nombreux domaines importants de recherche sur les pandémies a fait défaut. Étant donné e risque qu'un vaccin soit inefficace, partiellement efficace ou retardé, il existe un besoin urgent d'un organisme similaire au CEPI qui pourrait coordonner et soutenir la recherche négligée sur les interventions non médicamenteuses telles que la distanciation, l'hygiène des mains, les masques, le traçage et les modifications de l'environnement, qui ont jusqu'à présent été le seul moyen de contrôle efficace.

Le gaspillage massif dans la recherche qui existe n'est pas nouveau mais a été exacerbé par la ruée vers la recherche inspirée par la pandémie. Bien que la piètre qualité de la recherche sur le COVID-19 doive être examinée immédiatement, d'autres problèmes doivent être résolus à long terme, et certainement avant la prochaine pandémie.

Référence

Waste in COVID-19 research.

BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1847 (Published 12 May 2020)