Les STEC vus par l'Anses

«Infections alimentaires à E. coli : comment protéger davantage de consommateurs ?», source communiqué de l’Anses du 27 juin 2023.

Les bactéries Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables d’infections d’origine alimentaire parfois sévères, principalement chez les jeunes enfants, les personnes âgées ou immunodéprimées. Dans une nouvelle expertise (63 pages), l’Anses classe les souches de la bactérie responsables des formes graves d’infection. Elle émet des recommandations pour améliorer la surveillance des risques de contamination dans les produits en amont de leur mise sur le marché. L’Agence rappelle à cette occasion l’importance de continuer à respecter les mesures d’hygiène et les recommandations de cuisson et d’éviction de certains aliments par des populations sensibles.

Les EHEC sont responsables d’infections alimentaires

Si la plupart des souches d’E. coli sont sans danger pour la santé, certaines souches comme les E. coli entérohémorragiques ou EHEC sont pathogènes car elles produisent une toxine, nommée shigatoxine. Elles sont aussi dénommées STEC (Shigatoxin-producing E. coli).

Les EHEC sont responsables de troubles variés, allant d’une diarrhée bénigne à des formes plus graves, comme des diarrhées hémorragiques et des atteintes rénales sévères appelées syndrome hémolytique et urémique (SHU). Les infections touchent principalement les jeunes enfants, surtout de moins de 5 ans, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées. Chaque année, environ 140 cas de SHU infantiles sont recensés.

Les EHEC se transmettent principalement par l’alimentation. En France, les aliments les plus souvent mis en cause lors d’épidémies d’infections à EHEC sont les steaks hachés, consommés crus ou insuffisamment cuits, et les fromages au lait cru. Les farines pouvant également être contaminées, la consommation de pâte à pizza crue ou insuffisamment cuite a été à l’origine d’une épidémie en 2022. 

L’Anses propose une nouvelle classification des souches en quatre groupes en fonction de leur potentiel de virulence, c’est-à-dire en fonction de leur capacité à induire des formes cliniques graves (syndrome hémolytique et urémique - SHU, diarrhée sanglante). La classification ainsi proposée intègre les nouvelles connaissances sur les déterminants de la virulence des STEC, ainsi que les données sur les caractéristiques des souches à l’origine des cas d’infections en France (2017-2021). Cette classification, cohérente avec les résultats des travaux internationaux, met en exergue la virulence accrue des souches STEC possédant les sous-types stx2a et/ou stx2d. A la différence de la précédente basée sur les données de SHU infantiles, la nouvelle classification de l’Anses prend également en compte les cas de SHU chez l’adulte. L’Agence va d’ailleurs intégrer ces résultats pour actualiser sa fiche de danger microbiologique relative aux STEC, dont la dernière édition date de 2019.

L’Anses constate que les sources de contamination ne sont que rarement identifiées lors d’investigations épidémiologiques des cas d’infection. Or, les épidémies récentes en France et à l’étranger pointent vers de nouvelles sources (p.ex. Farines). … l’Anses recommande de conduire des études d’attribution des sources afin d’identifier et de quantifier la contribution relative des réservoirs animaux, de l’environnement et des aliments au fardeau sanitaire.

La liste de recommandations de l’Anses ne me paraît pas assez complète, voici celle provenant de Santé publique France, pour qui «Une prévention du SHU basée sur l’hygiène et l’éviction de certains aliments à risque».

Quelques conseils simples pour limiter les risques de transmission :

En cuisine :

- Le lavage des mains doit être systématique avant la préparation des repas ;
- les viandes, et surtout la viande hachée de bœuf, mais aussi les préparations à base de viande hachée, doivent être bien cuites à cœur pour atteindre 70°C (et non pas rosées ou saignantes) ;
- le lait cru, les fromages à base de lait cru et les produits laitiers fabriqués à partir de lait cru ne doivent pas être consommés par les enfants de moins de 5 ans (préférez les fromages à pâte pressée cuite (type Emmental, Comté, gruyère, Beaufort), les fromages fondus à tartiner et les fromages au lait pasteurisé) ;
- les préparations à base de farine (pizza/pâte à cookies/gâteau/tarte/crêpe...) ne doivent pas être consommées crues ou peu cuites ;
- les légumes, la salade, les fruits et les herbes aromatiques, en particulier ceux qui vont être consommés crus doivent être soigneusement lavés avant consommation, après épluchage le cas échéant ;
- les aliments crus doivent être conservés séparément des aliments cuits ou prêts à être consommés ;
les plats cuisinés et les restes alimentaires doivent être rapidement mis au réfrigérateur et suffisamment réchauffés avant consommation ;
- les ustensiles de cuisine (surtout lorsqu’ils ont été en contact au préalable avec des aliments crus tels que la viande ou les fromages), ainsi que les plans de travail, doivent être soigneusement lavés pour éviter un risque de contamination croisée.

Lors des activités et loisirs : 

- Les enfants ne doivent pas boire d’eau non traitée (eau de puits, rivière, torrent, etc.) et éviter d’en avaler lors de baignades (lac, rivière, étang, etc.).
- Il faut éviter le contact des très jeunes enfants (moins de 5 ans) avec les vaches, veaux, moutons, chèvres, etc., et leur environnement ; en cas de contact avec ces animaux le lavage des mains (eau et savon) doit être systématique avant que l’enfant ne porte ses doigts à sa bouche.

Commentaire

J’ajouterais que les graines crues et germes de graines crues ne doivent être consommées par les personnes à risques dont les enfants.

Pour la cuisson, comment atteint 70°C à cœur sans thermomètre alimentaire, la question n’est toujours pas résolue …

Concernant le nombre de cas de SHU pédiatriques, l’Anses coupe la poire en deux en signalant 140 cas (curieux), car Santé publique France évoque de 100 à 160 cas de SHU pédiatrique par an. L’année 2022, hélas, mettra tout le monde d’accord, avec, me semble-t-il, une nette hausse.

A noter aussi que l’Anses souhaite intégrer tous les SHU, pédiatriques et adultes, ce qui n’est pas le cas actuellement.

Enfin, rappelons qu’un article paru dans NEJM en 2017 rapportait que «la farine a été le vecteur présumé d'éclosion d'infections à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) depuis 2009, lorsqu'une éclosion de maladies d'origine alimentaire dans plusieurs États des États-Unis a été liée à la pâte à cookies préemballée.» On savait donc depuis 2009 ...

Les références de cette éclosion est dans l’article suivant :

- Novel Vehicle for Transmission of Escherichia coli O157:H7 to Humans: Multistate Outbreak of E. coli O157:H7 Infections Associated With Consumption of Ready-to-Bake Commercial Prepackaged Cookie Dough—United States, 2009.

Il me semble aussi qu’il était enfin temps d'aller sur le terrain, l’Anses et l’Actia engagent un partenariat (ouf !).

Last but not the least, le titre du communiqué, comment protéger davantage de consommateurs, ne me semble pas le reflet de cet expertise.

Analyse des microplastiques dans une large gamme de tailles dans des moules commercialisées

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Le blog vous a déjà entretenu du problème des microplastiques dans des aliments et voici un nouvel article paru dans Environmental Pollution, Analyse des microplastiques dans une large gamme de tailles dans des moules commercialisées en combinant les approches de la microspectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) et de la microspectrométrie Raman.

Faits saillants

• Détection et analyse des microplastiques (MP)s dans des moules achetées au supermarché.
• Une approche combinée de la micro-IRTF et de la microspectroscopie Raman appliquée pour l'analyse.
• Une approche de digestion enzymatique adaptée pour le traitement des échantillons de moules.
• Une large gamme de tailles de 3 à 5 000 μm de Mps a été identifiée dans les moules commerciales.
• Une approche d'apprentissage par des forêts d'arbres décisionnels a été utilisée pour la caractérisation automatisée des données des MPs.

Résumé

La contamination par des microplastiques (MPs) est présente dans tout le milieu marin, des sédiments à la surface de l'eau et jusqu'aux eaux profondes. Cette présence ubiquitaire de particules de MPs ouvre la possibilité de leur ingestion par presque toutes les espèces de l'écosystème marin.

Des études ont montré que les particules de MPs sont présentes dans les espèces de produits de la mer commerciales et locales, ce qui entraîne une éventuelle ingestion humaine de ces particules. Cependant, en raison du manque de méthodes harmonisées pour identifier les microplastiques (Mps), les résultats des différentes études et emplacements peuvent difficilement être comparés. Par conséquent, cette étude visait à détecter, quantifier et estimer la contamination de MPs dans les moules commercialement importantes provenant de 12 pays différents répartis dans le monde. Toutes les moules provenaient de supermarchés et étaient destinées à la consommation humaine.

L'utilisation d'une approche combinée de la microspectroscopie infrarouge à-transformée de Fourier (IFRT) et de la spectroscopie micro-Raman a permis la détection et la caractérisation de MPs jusqu'à une taille de 3 μm dans les moules étudiées. De plus, une méthode de purification douce des échantillons basée sur des enzymes a été modifiée afin d'optimiser la digestion des matières organiques dans les moules.

Une approche d'apprentissage par les forêts d'arbres décisionnels, qui permet une discrimination rapide entre les différents types de polymères et donc la génération rapide de données sur l'abondance des MPs et les distributions de taille avec une grande précision, a été mise en œuvre dans le pipeline analytique pour les spectres infrarouge. De plus, pour la première fois, nous avons également appliqué une approche des forêts d'arbres décisionnels pour la caractérisation automatisée des spectres Raman des MPs.

Mots clés

Moules, Microplastiques, Micropectroscopie FITR, Microspectroscopie Raman, Digestion enzymatique, Classification par forêts d'arbres décisionnels