Mais
voici que vient d’être publié (déjà) et c’est toujours utile
de comprendre comment les investigateurs ont procédé dans «Comment
le séquençage et la collaboration ont résolu l'épidémie à
Pseudomonas liée à des gouttes oculaires. Source article
de Chris Dal paru le 16 juin 2023 dans CIDRAP News.
À la fin du mois dernier, le
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a signalé un
quatrième décès et davantage de perte de vision causée par une
épidémie d'une souche rare de Pseudomonas aeruginosa
extrêmement résistante aux antibiotiques.
La
mise
à jour était la dernière à propos d'une épidémie remontant
à mai 2022 liée à une marque de gouttes pour les yeux. Les
responsables du CDC affirment que l'épidémie, qui, au 15 mai, a
touché 81 personnes dans 18 États, dont 14 avec une perte de vision
permanente, est plus inhabituelle et difficile que les précédentes
épidémies de bactéries résistantes aux antibiotiques sur
lesquelles ils ont enquêté.
Bien
que l'épidémie soit techniquement terminée, son impact pourrait se
faire sentir pendant des années, car la souche de P. aeruginosa
qui l'a provoquée, une souche jamais vue aux États-Unis, circule
désormais dans les établissements de santé américains et est
susceptible de rester.
«Je
pense qu'il est peu probable que nous parvenions à éradiquer cette
souche des établissements de santé américains», a dit
l'épidémiologiste du CDC et enquêteuse principale sur les
épidémies, Maroya Walters à CIDRAP News.
Dans
le même temps, Walters et d'autres affirment que l'enquête a mis en
évidence comment le séquençage du génome entier, de solides
programmes d'épidémiologie dans les services de santé des États
et la collaboration entre les agences d'État et le CDC peuvent aider
à démêler la source d'épidémies qui, autrement, semblent n'avoir
aucun lien commun.
Une
nouvelle version d'un agent pathogène bien connu
Les
premiers cas signalés lors de l'épidémie se sont produits à Los
Angeles en mai et juin 2022, lorsque les autorités sanitaires
locales ont été informées de deux patients qui avaient développé
des infections oculaires graves causées par P. aeruginosa
résistant aux carbapénèmes après s'être rendus dans une clinique
d'ophtalmologie locale.
P.
aeruginosa est un agent pathogène virulent et opportuniste
qui héberge plusieurs mécanismes pour combattre les antibiotiques
et peut survivre dans des environnements difficiles. La bactérie
provoque généralement des infections dans le sang et les poumons
des patients hospitalisés immunodéprimés, est souvent
multirésistante et se propage facilement dans les établissements de
santé. En 2017, selon les données du CDC, il y avait 32 600
cas d’infection à P. aeruginosa chez des patients
hospitalisés aux États-Unis. Le CDC considère qu'il s'agit d'une
menace sérieuse.
Walters
a dit que les deux cas étaient remarquables car ce n'était pas des
infections typiques à Pseudomonas et qu'il n'y en avait que
deux. En outre, les tests des isolats d'infections oculaires ont
alerté les responsables du Los Angeles County Department of Public
Health (LACDPH) que les deux infections hébergeaient un gène de
résistance rare, une métallo-bêta-lactamase codée par l'intégron
Verona, (VIM pour Verona integron-encoded metallo-beta-lactamase),
qui confère une résistance aux antibiotiques carbapénèmes. Les
tests de sensibilité aux antibiotiques ont révélé une résistance
à plusieurs classes d'antibiotiques utilisés pour traiter les
infections à Pseudomonas.
«Juste
deux cas, c'était incroyablement étrange parce que nous n'avions
jamais vu ces Pseudomonas producteurs de carbapénèmases dans
un spécimen d'un œil auparavant», a-t-elle dit.
Kelsey
OYong, épidémiologiste superviseur au LACDPH, a dit que le fait que
presque tous les cas à P. aeruginosa hébergeaient des VIM
aux États-Unis et qu’ils aient été associés à des
établissements de soins aigus de longue durée, cet ensemble a
incité le département à contacter le CDC.
«Nous
n'étions pas au courant de nombreuses épidémies dues à P.
aeruginosa-VIM- en ambulatoire et/ou en ophtalmologie et
avons contacté le CDC pour obtenir des conseils», a dit Oyong.
Craignant
que ces infections oculaires puissent être liées à la clinique
d'ophtalmologie, les enquêteurs du CDC ont travaillé avec OYong et
ses collègues pour rechercher certaines lacunes courantes en matière
de prévention des infections, comme un équipement mal nettoyé ou
une mauvaise hygiène des mains, qui auraient pu contribuer à la
contamination. Mais aucune source évidente n'a été retrouvée.
Puis,
plus tard cet été-là, le CDC a commencé à recevoir des rapports
de de cas groupés d’infections à P. aeruginosa producteurs
de carbapénémases dans quatre établissements de soins de longue
durée de l'Utah et du Connecticut. Dans la plupart des cas, le
dépistage a détecté l'agent pathogène dans les poumons des
patients. Cependant, aucun des cas dans ces établissements n'était
une infection oculaire.
Le
séquençage révèle la souche épidémique
Walters
et ses collègues du CDC ne pensaient pas qu'il y avait un lien entre
les cas de Los Angeles, de l'Utah et du Connecticut jusqu'en
septembre 2022, lorsque le réseau
de laboratoires sur la résistance aux antibiotiques du CDC, qui
comprend des laboratoires dans les 50 États, a séquencé un
échantillon. des isolats des deux épidémies et a constaté que les
séquences étaient génétiquement similaires. Peu de temps après,
le séquençage des isolats des cas de Los Angeles (qui étaient
passés à quatre) a indiqué qu'ils étaient similaires à la souche
des épidémies de l'Utah et du Connecticut.
Le
séquençage a également révélé que la souche épidémique de P.
aeruginosa hébergeait une autre enzyme, une bêta-lactamase
à spectre étendu (BLSE) de Guyane, qui confère une résistance aux
antibiotiques. Cette combinaison de gènes de résistance, VIM et
BLSE, n'avait jamais été observée auparavant dans des cas à
Pseudomonas aux États-Unis.
Cette
découverte expliquait pourquoi les tests de sensibilité aux
antibiotiques des isolats avaient révélé une résistance à tant
d'antibiotiques. Mais la source des infections, qui n'avait pas de
lien épidémiologique évident, restait un mystère.
«Ces
isolats étaient très étroitement liés, ce qui indiquait une
origine commune», a expliqué Walters. «Et nous avons donc commencé
à réfléchir à un produit, bien qu'il n'y ait jamais eu de produit
contaminé par des micro-organismes producteurs de carbapénèmases
auparavant.»
Puis,
à la mi-novembre, le CDC a reçu un autre rapport d'infections
oculaires à P. aeruginosa multirésistant, cette fois liées
à une clinique de Floride. Des tests ultérieurs ont révélé que
les isolats de ces infections avaient les marqueurs de la souche
épidémique, selon Walters.
À
peu près à la même époque, une étude cas-témoins menée par le
CDC et le Connecticut Department of Health dans l'un des
établissements de soins de longue durée du Connecticut a fait
allusion à une source potentielle : les patients infectés
étaient plus susceptibles d'avoir utilisé des larmes artificielles,
un produit utilisé pour lubrifier les yeux secs.
«Les
larmes artificielles semblaient être une découverte très
significative dans l'étude cas-témoins», a dit Walters. «Et puis,
à partir de là, il s'agissait vraiment de comprendre quelles
marques de larmes artificielles les patients recevaient et s'il y
avait une marque commune parmi les cas.»
Un
examen ultérieur des expositions chez les patients de l'épidémie
dans les établissements de santé a révélé que plus de 10 marques
différentes de larmes artificielles avaient été utilisées. Mais
une marque, EzriCare Artificial Tears, est apparue plus que d'autres
et figurait parmi celles utilisées dans la clinique d'ophtalmologie
de Los Angeles. Cela a conduit le CDC, le 20 janvier de cette
année, à émettre un avertissement aux
médecins et aux patients pour qu'ils cessent d'utiliser le produit
jusqu'à ce que les analyses de laboratoire et les enquêtes
épidémiologiques soient terminées.
Après
que des tests aient confirmé la présence de la souche épidémique
dans des flacons ouverts de larmes artificielles EzriCare dans le
Connecticut et le New Jersey, la Food and Drug Administration (FDA) a
émis un
avertissement aux consommateurs et aux professionnels de santé
de ne pas acheter ou d'arrêter immédiatement d'utiliser, EzriCare
Artificial Tears, ainsi que les larmes artificielles de Delsam
Pharma, une autre marque de larmes artificielles fabriquées par la
même société, Global Pharma. La société a
volontairement rappelé les produits le 24 février sur
recommandation de la FDA.
Cas
supplémentaires identifiés
Le
1er février, lorsque le CDC a publié un avis
sur le réseau d'alerte sanitaire (HAN pour Health Alert
Network) concernant l'épidémie, le nombre de cas était passé à
55, dans 11 États. Mais ce n'était pas la fin.
La
couverture médiatique de l'épidémie a attiré l'attention d'Alex
Sundermann, professeur adjoint de médecine à l'Université de
Pittsburgh qui travaille au Centre d'épidémiologie génomique de
l'université. En octobre 2022, Sundermann et ses collègues avaient
détecté trois isolats de P. aeruginosa résistants aux
antibiotiques chez deux patients grâce à un programme de
surveillance qui combine la surveillance du séquençage du génome
entier et l'apprentissage automatique pour détecter les épidémies
hospitalières.
À
l'époque, ils ne savaient rien de l'épidémie nationale. Et les
deux patients n'avaient pas de liens clairs.
«Quand
j'ai regardé leurs dossiers, rien ne reliait les deux [patients] au
sein de l'hôpital», a dit Sundermann.
Après
avoir pris connaissance de l'épidémie, Sundermann s'est rendu sur
le site Internet du CDC et a découvert que l'agence avait publié un
lien vers les génomes de référence d'isolats appartenant à la
souche épidémique. Cela a permis à Sundermann et à ses collègues
de comparer leurs isolats séquencés à la souche épidémique.
«Une
fois que nous avons fait cela, il était tout à fait clair qu'ils
étaient liés à la souche épidémique nationale», a-t-il dit.
Cette
découverte a incité Sundermann à revenir sur les dossiers des deux
patients, où il a découvert que l'un des patients avait acheté des
gouttes pour les yeux auprès d'un distributeur en ligne qui vendait
la marque en question.
«C'était
la ‘preuve irréfutable’ pour répondre à la question de savoir
comment le patient a probablement acquis cet agent pathogène», a
dit Sundermann. «Nous ne recherchons pas toujours des gouttes pour
les yeux lors de l'examen des épidémies.»
Sundermann
et ses collègues ont écrit sur leur découverte sur
le serveur de préimpression medRxiv.
L'identification
des cas à Pittsburgh, ainsi que d'autres qui ont été signalés
rétrospectivement, ont ajouté au total de l'épidémie. Et bien que
l'épidémie soit terminée en termes d’origine, le nombre de
patients pourrait continuer d'augmenter car des patients dans les
établissements de santé où la souche épidémique a été
identifiée sont infectés par transmission secondaire. Walters dit
que le CDC s'attend à des cas supplémentaires mais espère qu'ils
seront peu nombreux.
La
collaboration et la communication sont considérées comme
essentielles
OYong
dit que l'enquête est un excellent exemple de collaboration entre
les enquêteurs du terrain des services de santé locaux et des
États, qui ont identifié les cas, rassemblé des listes
d'expositions possibles et communiqué avec les fournisseurs, et le
CDC, qui a coordonné les tests génomiques. via le réseau de
laboratoires sur la résistance aux antibiotiques, a combiné les
analyses des enquêtes distinctes et a communiqué à la FDA que les
gouttes oculaires contaminées étaient la source probable.
Sans
les tests génétiques rapides et la communication, il est probable
que l'épidémie aurait mis beaucoup plus de temps à se reconstituer
afin d’identifier l’origine», a-t-elle dit.
Walters
est d'accord, ajoutant le dépistage par les services de santé du
Connecticut et de l'Utah a joué un rôle clé.
«Le
réseau de laboratoire sur la résistance aux antibiotiques a joué
un rôle central dans l'identification de ces micro-organismes
préoccupants et résistants et du fait qu'il s'agissait d'une souche
unique», a-t-elle dit. «Mais le fait qu'une épidémie ait même
été identifiée, plutôt qu'un seul cas, est dû au fait que les
établissements de santé et les services de santé ont effectué le
dépistage recommandé.»
Sundermann
dit que l'enquête met en évidence le rôle que la surveillance
basée sur le séquençage du génome entier dans les hôpitaux
pourrait jouer afin d’identifier et arrêter plus rapidement les
futures épidémies.
«Les hôpitaux devraient vraiment envisager de le faire, car vous
trouvez des cas groupés à fort impact et à forte morbidité qui,
autrement, ne sont pas détectées et sur lesquels vous pouvez
intervenir», a-t-il dit. «Ainsi, vous pouvez aider les partenaires
de santé publique, puis vous pouvez diriger vos interventions de
prévention des infections afin de prévenir les épidémies de se
propager dans votre propre hôpital.»
