Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS

«Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS», source article de Joe Whitworth paru le 8 septembre 2023 dans Food Safety News.

La plupart des aspects techniques liés au séquençage ont été résolus, mais le partage des données et la confiance restent des problèmes clés, selon des experts européens.

L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le groupe de travail des Laboratoires de référence inter-européens (EURL) de la Commission européenne sur le prochain séquençage du génome (NGS) ont organisé cette semaine la deuxième conférence Science Meets Policy. Plus de 100 personnes de 20 pays y ont participé en personne, tandis que le nombre de personnes en ligne a culminé à 257.

Stefano Morabito de l'Institut national italien de la santé (ISS), George Haringhuizen de l'Institut national néerlandais pour la santé publique et l'environnement (RIVM), João André Carriço de bioMérieux, Katja Alt, du ministère fédéral allemand de l'Alimentation et de l'Agriculture, et Coen van der Weijden, de l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation (NVWA) ont participé à une table ronde.

Les experts ont souligné la nécessité de faire preuve de flexibilité, d'autant plus qu'il existe 27 pays en Europe à différents stades d'utilisation du séquençage du génome entier et que les épidémies peuvent impliquer des pays extérieurs à l'UE. Ils ont discuté des types de données nécessaires, de la qualité et de la comparabilité des données, des problèmes de ressources, de la manière d'instaurer la confiance et du rôle des différentes parties, notamment les services réglementaires et l'industrie.

Le système One Health WGS de l’EFSA et de l’ECDC fonctionne depuis juillet 2022 et, même si les choses se passent bien, tous les États membres n’y contribuent pas de la même manière.

Dilemme du partage de données

Bernhard Url, directeur exécutif de l’EFSA, a dit que le partage de données génomiques se trouvait désormais à un tournant.

«Nous pensons que d’un point de vue technologique et méthodologique, nous sommes prêts à utiliser les données WGS plus largement et avec plus d’impact. De nombreux problèmes ont été résolus et l'infrastructure technique a été construite. Il ne fait aucun doute, du moins au sein de la communauté, que le partage de données ajoute de la valeur, car il permet une détection plus rapide des épidémies et une meilleure traçabilité. Cela augmente la probabilité de relier des cas sporadiques aux clusters et de détecter les épidémies, et il y a un impact économique mesurable», a-t-il dit.

«Cependant, même si l’on sait que le partage de données est utile, certains obstacles empêchent encore une utilisation plus large», a dit Url.

«Il existe des lacunes technologiques dans la mesure où tous les États membres ou organisations n'utilisent pas régulièrement le WGS. On s’inquiète également du fait que des personnes et des pays disent que nous ne disposons pas d’une base juridique solide pour partager des données. On craint que les personnes perdent le contrôle des données, qu’ils produisent les données, les partagent mais ne sachent pas ce qui se passe ensuite. On craint que si cette technologie était utilisée à grande échelle, beaucoup plus de clusters seraient détectés, ce qui est une bonne chose du point de vue de la santé publique, mais cela augmenterait également la charge de travail des autorités nationales pour suivre et traiter ces clusters.»

Url a dit qu’il serait «imprudent» d’attendre que les législateurs définissent les règles du jeu.

«La communauté WGS doit faire sa part pour créer les conditions du succès. Nous pensons que nous pouvons faire beaucoup pour faire progresser le partage de données dans le cadre législatif actuel. Nous devons encore travailler à créer une compréhension mutuelle sur les avantages et les limites de cette technologie. Nous devons nous mettre d’accord sur des lignes directrices, des processus et des procédures communs, sinon nous ne saurions pas comment comparer les différents résultats», a-t-il dit.

«Nous voulons agir aussi ouvertement que possible mais aussi confidentiellement que nécessaire, il y a une ligne fine que nous devons trouver. L'EFSA a investi des ressources dans la création d'une infrastructure technologique permettant le partage de données WGS, principalement pour lutter contre les menaces d'origine alimentaire. Nous continuerons à faire notre part pour faire progresser le partage des données génomiques.»

Eric Stevens

Point de vue des États-Unis

Eric Stevens, de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le réseau GenomeTrakr est le résultat de 12 années de travail. Fin 2021, il y avait 600 000 génomes dans la base de données publique, aujourd’hui c’est plus de 1 000 000 séquences.

«Après plus d'une décennie d'expérience, ce n'est pas le séquençage qui constitue le défi lors de la transition vers ces données, mais la manière dont vous allez les analyser, former le personnel, acquérir les compétences et permettre à l'ensemble du système de les utiliser efficacement.»

«Les métadonnées aident à dresser un tableau complet. Sans elles, vous disposez d’une séquence d’ADN qui ne peut vous renseigner que sur certaines choses. Les données contextuelles donnent vie à ces données, elles vous indiquent d'où viennent ces bactéries, comment elles vivaient et lorsque nous commençons à réfléchir aux interventions que nous pouvons faire, nous avons besoin de ces informations pour comprendre la situation dans son ensemble.

«Pour nous, la meilleure utilisation est de rendre les données ouvertes accessibles à tous, car quelqu'un peut s'intéresser à Salmonella, quelqu'un d'autre à E. coli et parfois ces données se chevauchent avec des interventions que vous pouvez effectuer pour des contrôles préventifs et réduire la contamination.»

Stevens a dit qu'une fois les données entrées dans la base de données, diverses choses peuvent être examinées.

«Quand on commence à penser à la chaîne alimentaire mondiale, on peut se demander où avons-nous besoin de plus de données.et commencer à réaliser des projets pour résoudre ces problèmes afin de mieux comprendre comment les aliments sont contaminés en premier lieu. Vous ne sauriez rien de tout cela si vous n’aviez pas les données qui peuvent vous aider à montrer la voie», a-t-il dit.

«GenomeTrakr est responsable de près de 100 000 isolats alimentaires et environnementaux afin de dresser un tableau plus complet du lien entre les isolats cliniques et leurs sources, afin que nous puissions non seulement répondre aux épidémies d'origine alimentaire, mais aussi essayer de les prévenir. Lorsque vous commencez à examiner d’où proviennent vos sources d’isolats alimentaires et environnementaux liés aux maladies humaines, vous pouvez commencer à attribuer les sources et à un ciblage plus préventif. Si nous pouvons parvenir à un point où nous pouvons télécharger des données en temps réel, nous pouvons commencer à établir ces connexions le plus tôt possible pour retirer un produit contaminé du marché.»

Cela peut également aider à passer de la réponse aux épidémies à la prévention de la contamination.

«Dans un établissement par exemple, vous n'allez pas faire de WGS pour identifier un agent pathogène, vous pouvez faire une méthode de culture rapide pour voir sa présence ou son absence. Mais si vous avez un établissement qui se demande s'il y a un agent pathogène résident, vous aimeriez à 100% cette information du WGS. Vous pourriez étendre cela aux exploitations agricoles et aux sources d’eau potentielles», a dit Stevens.

«Lorsque vous commencez à réaliser des projets dans différentes parties du monde, vous commencez à comprendre que tout le monde a des problèmes qui ne le sont peut-être pas pour vous. Nous avons fait beaucoup de travail en Amérique latine et le gros problème pour se lancer dans le séquençage est la disponibilité des réactifs. Nous entendons dire que cela coûte cinq à sept fois plus cher que ce que nous payons. Lorsque nous parlons de l’utilisation de cette technologie dans le monde, nous devons commencer à nous concentrer sur les questions qui auront le plus d’impact.»

États-Unis : Enquête sur une épidémie dans plusieurs Etats d'infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés produits dans des installations de fabrication de légumes surgelés

Une étude parue dans le Journal of Food Protection a pour titre «Investigation of a Multistate Outbreak of Listeria monocytogenes Infections Linked to Frozen Vegetables Produced at Individually Quick-Frozen Vegetable Manufacturing Facilities» (Enquête sur une épidémie dans plusieurs Etats d'infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés produits dans des installations de fabrication de légumes surgelés).

Faits saillants

- Il s'agit de la première épidémie de listériose signalée aux États-Unis liée à des légumes surgelés.

- Les analyses de séquençage du génome entier sont cruciales lorsque les preuves épidémiologiques sont limitées.

- Des preuves microbiologiques et épidémiologiques ont conduit à de nombreux rappels volontaires.

- La recherche et l'éducation des consommateurs et de l'industrie sur les aliments surgelés sont nécessaires.

Résumé

En 2016, la FDA des États-Unis, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et des partenaires étatiques ont investigué sur neuf cas d’infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés. L'investigation a commencé avec deux isolats environnementaux de L. monocytogenes récupérés auprès du fabricant A, principalement un transformateur d'oignons surgelés, qui correspondaient par séquençage du génome entier à huit isolats cliniques et des isolats historiques d'oignons avec des détails de collecte limités. Les informations épidémiologiques, la distribution des produits et les preuves de laboratoire associaient des aliments suspects, y compris des produits provenant du fabricant B, également un fabricant de produits de légumes et des fruits surgelés, à un cas supplémentaire de maladie. Les isolats environnementaux ont été obtenus lors d'investigations chez les fabricants A et B. Les partenaires étatiques et fédéraux ont interrogé des personnes malades, analysé les données des cartes d'achat et collecté des échantillons des ménages et des distributeurs. Neuf personnes malades entre 2013 et 2016 ont été signalées dans quatre États. Sur quatre personnes malades pour lesquelles des informations étaient disponibles, la consommation de légumes surgelés a été signalée par trois, consommateurs avec des cartes d'achat confirmant les achats de marques du fabricant B. Deux souches épidémiques identifiées de L. monocytogenes ( souche épidémique 1 et souche épidémique 2) correspondaient à des isolats environnementaux du fabricant A et/ou à des isolats de légumes surgelés récupérés à partir d'échantillons de produits ouverts et non ouverts provenant du fabricant B ; l'investigation a donné lieu à de nombreux rappels volontaires. La relation génétique étroite entre les isolats a aidé les investigateurs à déterminer la source de l'épidémie et à prendre des mesures pour protéger la santé publique. Il s'agit de la première éclosion connue de listériose dans plusieurs États aux États-Unis liée à des légumes surgelés et souligne l'importance de l'échantillonnage et des analyses du séquençage du génome entier lorsque les informations épidémiologiques sont limitées. En outre, cette investigation met l'accent sur la nécessité de poursuivre les recherches sur les risques de sécurité des aliments associés aux aliments surgelés.

Dans la discussion, les auteurs notent,

Il y avait des limites importantes à cette investigations. Premièrement, les enquêteurs n'ont finalement pas été en mesure de déterminer si les fruits surgelés, en plus des légumes surgelés, étaient une source de maladie pour des personnes liées à cette épidémie. Bien que trois personnes malades aient déclaré avoir mangé ou avoir acheté des fruits surgelés, y compris une personne malade qui a nié avoir mangé des légumes surgelés, aucun fruit surgelé restant n'était disponible pour des analyses microbiologiques afin de déterminer s'il aurait également pu être contaminé par les souches épidémiques 1 et/ou 2. Il convient de noter que les marques de fruits surgelés signalées par les personnes malades comprenaient deux provenant du fabricant B, et que le fabricant A était connu pour transformer des myrtilles surgelées au moins une fois par mois et par an.

Deuxièmement, les informations sur la façon dont les personnes malades préparaient et mangeaient des légumes et/ou des fruits surgelés, qui pourraient éclairer les stratégies de prévention axées sur le consommateur, étaient extrêmement limitées.

En conclusion, la FDA, le CDC et les agences de santé nationales et locales ont collaboré avec succès pour identifier et arrêter la première épidémie signalée de listériose associée à des légumes surgelés aux États-Unis. Sur la base des conclusions des inspections des installations, on pense que l'absence de maîtrise du pathogène dans l'environnement de transformation des fabricants A et B a joué un rôle, soulignant l'importance d'un nettoyage et d'une désinfection appropriés des surfaces en contact et non en contact avec les aliments. pour empêcher la contamination des aliments et/ou l'établissement de pathogènes résidents dans l'environnement de l'établissement.

Bien que les fabricants puissent considérer que les légumes surgelés comme n'étant pas prêts à consommer, ils doivent fournir des instructions de cuisson, prendre des mesures pour s'assurer que ces aliments ne soient pas contaminés par l'environnement de transformation, d'autant plus que certains consommateurs peuvent utiliser ces produits sans cuisson et/ou avec une cuisson. Bien que l'étiquetage des produits alimentaires surgelés n'ait pas été examiné au cours de cette investigation, les consommateurs pourraient avoir besoin d'être informés pour suivre les instructions de cuisson du fabricant et la consommation de légumes surgelés insuffisamment cuits ou non cuits pourrait entraîner une maladie d'origine alimentaire. Une évaluation par les fabricants des instructions de cuisson sur les étiquettes des produits alimentaires surgelés, y compris l'accessibilité, la simplicité et l'efficacité, peut également être justifiée (Farber et al., 2021). Compte tenu des preuves de contamination à faible dose provoquant des éclosions de listériose chez les consommateurs très sensibles (Pouillot et al., 2016), des recherches supplémentaires sur la prévalence et le risque de L. monocytogenes dans les produits alimentaires tels que les légumes surgelés, y compris des études de dénombrement, sont justifiées. Enfin, cette investigation met en évidence comment le séquençage du génome entier est devenu un outil indispensable dans les investigations sur les épidémies, avec une mise en œuvre plus large permettant aux enquêteurs, dans certains cas, d'identifier des épidémies qui n'auraient peut-être pas été détectées autrement avant que le séquençage du génome entier ne soit disponible en tant qu'outil, i) aider à identifier de nouvelles paires pathogène-aliment ; ii) identifier la contamination dans les installations de production alimentaire qui peut être liée à des cas de maladie sur une longue période (ce qui pourrait suggérer une contamination récurrente) ; et iii) permettre une allocation plus efficace des ressources de santé publique des États et du gouvernement fédéral (Jackson et al., 2016).

États-Unis : Comment le séquençage et la collaboration ont résolu l'épidémie à Pseudomonas liée à des gouttes oculaires

Le blog vous en avait parlé dans États-Unis : Retour sur des gouttes oculaires contaminées par Pseudomonas aeruginosa. 81 cas et 4 décès.

Mais voici que vient d’être publié (déjà) et c’est toujours utile de comprendre comment les investigateurs ont procédé dans «Comment le séquençage et la collaboration ont résolu l'épidémie à Pseudomonas liée à des gouttes oculaires. Source article de Chris Dal paru le 16 juin 2023 dans CIDRAP News.

À la fin du mois dernier, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a signalé un quatrième décès et davantage de perte de vision causée par une épidémie d'une souche rare de Pseudomonas aeruginosa extrêmement résistante aux antibiotiques.

La mise à jour était la dernière à propos d'une épidémie remontant à mai 2022 liée à une marque de gouttes pour les yeux. Les responsables du CDC affirment que l'épidémie, qui, au 15 mai, a touché 81 personnes dans 18 États, dont 14 avec une perte de vision permanente, est plus inhabituelle et difficile que les précédentes épidémies de bactéries résistantes aux antibiotiques sur lesquelles ils ont enquêté.

Bien que l'épidémie soit techniquement terminée, son impact pourrait se faire sentir pendant des années, car la souche de P. aeruginosa qui l'a provoquée, une souche jamais vue aux États-Unis, circule désormais dans les établissements de santé américains et est susceptible de rester.

«Je pense qu'il est peu probable que nous parvenions à éradiquer cette souche des établissements de santé américains», a dit l'épidémiologiste du CDC et enquêteuse principale sur les épidémies, Maroya Walters à CIDRAP News.

Dans le même temps, Walters et d'autres affirment que l'enquête a mis en évidence comment le séquençage du génome entier, de solides programmes d'épidémiologie dans les services de santé des États et la collaboration entre les agences d'État et le CDC peuvent aider à démêler la source d'épidémies qui, autrement, semblent n'avoir aucun lien commun.

Une nouvelle version d'un agent pathogène bien connu

Les premiers cas signalés lors de l'épidémie se sont produits à Los Angeles en mai et juin 2022, lorsque les autorités sanitaires locales ont été informées de deux patients qui avaient développé des infections oculaires graves causées par P. aeruginosa résistant aux carbapénèmes après s'être rendus dans une clinique d'ophtalmologie locale.

P. aeruginosa est un agent pathogène virulent et opportuniste qui héberge plusieurs mécanismes pour combattre les antibiotiques et peut survivre dans des environnements difficiles. La bactérie provoque généralement des infections dans le sang et les poumons des patients hospitalisés immunodéprimés, est souvent multirésistante et se propage facilement dans les établissements de santé. En 2017, selon les données du CDC, il y avait 32 600 cas d’infection à P. aeruginosa chez des patients hospitalisés aux États-Unis. Le CDC considère qu'il s'agit d'une menace sérieuse.

Walters a dit que les deux cas étaient remarquables car ce n'était pas des infections typiques à Pseudomonas et qu'il n'y en avait que deux. En outre, les tests des isolats d'infections oculaires ont alerté les responsables du Los Angeles County Department of Public Health (LACDPH) que les deux infections hébergeaient un gène de résistance rare, une métallo-bêta-lactamase codée par l'intégron Verona, (VIM pour Verona integron-encoded metallo-beta-lactamase), qui confère une résistance aux antibiotiques carbapénèmes. Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont révélé une résistance à plusieurs classes d'antibiotiques utilisés pour traiter les infections à Pseudomonas.

«Juste deux cas, c'était incroyablement étrange parce que nous n'avions jamais vu ces Pseudomonas producteurs de carbapénèmases dans un spécimen d'un œil auparavant», a-t-elle dit.

Kelsey OYong, épidémiologiste superviseur au LACDPH, a dit que le fait que presque tous les cas à P. aeruginosa hébergeaient des VIM aux États-Unis et qu’ils aient été associés à des établissements de soins aigus de longue durée, cet ensemble a incité le département à contacter le CDC.

«Nous n'étions pas au courant de nombreuses épidémies dues à P. aeruginosa-VIM- en ambulatoire et/ou en ophtalmologie et avons contacté le CDC pour obtenir des conseils», a dit Oyong.

Craignant que ces infections oculaires puissent être liées à la clinique d'ophtalmologie, les enquêteurs du CDC ont travaillé avec OYong et ses collègues pour rechercher certaines lacunes courantes en matière de prévention des infections, comme un équipement mal nettoyé ou une mauvaise hygiène des mains, qui auraient pu contribuer à la contamination. Mais aucune source évidente n'a été retrouvée.

Puis, plus tard cet été-là, le CDC a commencé à recevoir des rapports de de cas groupés d’infections à P. aeruginosa producteurs de carbapénémases dans quatre établissements de soins de longue durée de l'Utah et du Connecticut. Dans la plupart des cas, le dépistage a détecté l'agent pathogène dans les poumons des patients. Cependant, aucun des cas dans ces établissements n'était une infection oculaire.

Le séquençage révèle la souche épidémique

Walters et ses collègues du CDC ne pensaient pas qu'il y avait un lien entre les cas de Los Angeles, de l'Utah et du Connecticut jusqu'en septembre 2022, lorsque le réseau de laboratoires sur la résistance aux antibiotiques du CDC, qui comprend des laboratoires dans les 50 États, a séquencé un échantillon. des isolats des deux épidémies et a constaté que les séquences étaient génétiquement similaires. Peu de temps après, le séquençage des isolats des cas de Los Angeles (qui étaient passés à quatre) a indiqué qu'ils étaient similaires à la souche des épidémies de l'Utah et du Connecticut.

Le séquençage a également révélé que la souche épidémique de P. aeruginosa hébergeait une autre enzyme, une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) de Guyane, qui confère une résistance aux antibiotiques. Cette combinaison de gènes de résistance, VIM et BLSE, n'avait jamais été observée auparavant dans des cas à Pseudomonas aux États-Unis.

Cette découverte expliquait pourquoi les tests de sensibilité aux antibiotiques des isolats avaient révélé une résistance à tant d'antibiotiques. Mais la source des infections, qui n'avait pas de lien épidémiologique évident, restait un mystère.

«Ces isolats étaient très étroitement liés, ce qui indiquait une origine commune», a expliqué Walters. «Et nous avons donc commencé à réfléchir à un produit, bien qu'il n'y ait jamais eu de produit contaminé par des micro-organismes producteurs de carbapénèmases auparavant.»

Puis, à la mi-novembre, le CDC a reçu un autre rapport d'infections oculaires à P. aeruginosa multirésistant, cette fois liées à une clinique de Floride. Des tests ultérieurs ont révélé que les isolats de ces infections avaient les marqueurs de la souche épidémique, selon Walters.

À peu près à la même époque, une étude cas-témoins menée par le CDC et le Connecticut Department of Health dans l'un des établissements de soins de longue durée du Connecticut a fait allusion à une source potentielle : les patients infectés étaient plus susceptibles d'avoir utilisé des larmes artificielles, un produit utilisé pour lubrifier les yeux secs.

«Les larmes artificielles semblaient être une découverte très significative dans l'étude cas-témoins», a dit Walters. «Et puis, à partir de là, il s'agissait vraiment de comprendre quelles marques de larmes artificielles les patients recevaient et s'il y avait une marque commune parmi les cas.»

Un examen ultérieur des expositions chez les patients de l'épidémie dans les établissements de santé a révélé que plus de 10 marques différentes de larmes artificielles avaient été utilisées. Mais une marque, EzriCare Artificial Tears, est apparue plus que d'autres et figurait parmi celles utilisées dans la clinique d'ophtalmologie de Los Angeles. Cela a conduit le CDC, le 20 janvier de cette année, à émettre un avertissement aux médecins et aux patients pour qu'ils cessent d'utiliser le produit jusqu'à ce que les analyses de laboratoire et les enquêtes épidémiologiques soient terminées.

Après que des tests aient confirmé la présence de la souche épidémique dans des flacons ouverts de larmes artificielles EzriCare dans le Connecticut et le New Jersey, la Food and Drug Administration (FDA) a émis un avertissement aux consommateurs et aux professionnels de santé de ne pas acheter ou d'arrêter immédiatement d'utiliser, EzriCare Artificial Tears, ainsi que les larmes artificielles de Delsam Pharma, une autre marque de larmes artificielles fabriquées par la même société, Global Pharma. La société a volontairement rappelé les produits le 24 février sur recommandation de la FDA.

Cas supplémentaires identifiés

Le 1er février, lorsque le CDC a publié un avis sur le réseau d'alerte sanitaire (HAN pour Health Alert Network) concernant l'épidémie, le nombre de cas était passé à 55, dans 11 États. Mais ce n'était pas la fin.

La couverture médiatique de l'épidémie a attiré l'attention d'Alex Sundermann, professeur adjoint de médecine à l'Université de Pittsburgh qui travaille au Centre d'épidémiologie génomique de l'université. En octobre 2022, Sundermann et ses collègues avaient détecté trois isolats de P. aeruginosa résistants aux antibiotiques chez deux patients grâce à un programme de surveillance qui combine la surveillance du séquençage du génome entier et l'apprentissage automatique pour détecter les épidémies hospitalières.

À l'époque, ils ne savaient rien de l'épidémie nationale. Et les deux patients n'avaient pas de liens clairs.

«Quand j'ai regardé leurs dossiers, rien ne reliait les deux [patients] au sein de l'hôpital», a dit Sundermann.

Après avoir pris connaissance de l'épidémie, Sundermann s'est rendu sur le site Internet du CDC et a découvert que l'agence avait publié un lien vers les génomes de référence d'isolats appartenant à la souche épidémique. Cela a permis à Sundermann et à ses collègues de comparer leurs isolats séquencés à la souche épidémique.

«Une fois que nous avons fait cela, il était tout à fait clair qu'ils étaient liés à la souche épidémique nationale», a-t-il dit.

Cette découverte a incité Sundermann à revenir sur les dossiers des deux patients, où il a découvert que l'un des patients avait acheté des gouttes pour les yeux auprès d'un distributeur en ligne qui vendait la marque en question.

«C'était la ‘preuve irréfutable’ pour répondre à la question de savoir comment le patient a probablement acquis cet agent pathogène», a dit Sundermann. «Nous ne recherchons pas toujours des gouttes pour les yeux lors de l'examen des épidémies.»

Sundermann et ses collègues ont écrit sur leur découverte sur le serveur de préimpression medRxiv.

L'identification des cas à Pittsburgh, ainsi que d'autres qui ont été signalés rétrospectivement, ont ajouté au total de l'épidémie. Et bien que l'épidémie soit terminée en termes d’origine, le nombre de patients pourrait continuer d'augmenter car des patients dans les établissements de santé où la souche épidémique a été identifiée sont infectés par transmission secondaire. Walters dit que le CDC s'attend à des cas supplémentaires mais espère qu'ils seront peu nombreux.

La collaboration et la communication sont considérées comme essentielles

OYong dit que l'enquête est un excellent exemple de collaboration entre les enquêteurs du terrain des services de santé locaux et des États, qui ont identifié les cas, rassemblé des listes d'expositions possibles et communiqué avec les fournisseurs, et le CDC, qui a coordonné les tests génomiques. via le réseau de laboratoires sur la résistance aux antibiotiques, a combiné les analyses des enquêtes distinctes et a communiqué à la FDA que les gouttes oculaires contaminées étaient la source probable.

Sans les tests génétiques rapides et la communication, il est probable que l'épidémie aurait mis beaucoup plus de temps à se reconstituer afin d’identifier l’origine», a-t-elle dit.

Walters est d'accord, ajoutant le dépistage par les services de santé du Connecticut et de l'Utah a joué un rôle clé.

«Le réseau de laboratoire sur la résistance aux antibiotiques a joué un rôle central dans l'identification de ces micro-organismes préoccupants et résistants et du fait qu'il s'agissait d'une souche unique», a-t-elle dit. «Mais le fait qu'une épidémie ait même été identifiée, plutôt qu'un seul cas, est dû au fait que les établissements de santé et les services de santé ont effectué le dépistage recommandé.»

Sundermann dit que l'enquête met en évidence le rôle que la surveillance basée sur le séquençage du génome entier dans les hôpitaux pourrait jouer afin d’identifier et arrêter plus rapidement les futures épidémies.

«Les hôpitaux devraient vraiment envisager de le faire, car vous trouvez des cas groupés à fort impact et à forte morbidité qui, autrement, ne sont pas détectées et sur lesquels vous pouvez intervenir», a-t-il dit. «Ainsi, vous pouvez aider les partenaires de santé publique, puis vous pouvez diriger vos interventions de prévention des infections afin de prévenir les épidémies de se propager dans votre propre hôpital.»

Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS

Le WGS est à la sécurité des aliments ce que le télescope Hubble a été pour l'astronomie.

«Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS»,source article de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.

Des scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la sécurité des aliments.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.

Le Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.

«Pour nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie, pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants d'un webinaire WHO Health Talks.

Développement de l'utilisation du WGS

Deux incidents mettant en évidence la puissance du WGS dans les premiers jours de son utilisation ont été partagés par Brown.

«L'un impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution, comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et relier les maladies associées et les produits contaminés le plus rapidement possible.»

Brown a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.

«Cela a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien, puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière», a-t-il déclaré.

«Quelques caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des sources en temps réel. Les matières premières peuvent être tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.

Brown a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de données GenomeTrackr.

«Dans une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les épidémies à Listeria associées aux champignons enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie, la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.

«À l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la base de données avec une plus grande intégrité des données, un renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire, pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins de personnes malades.

Principaux éléments du guide de l'OMS

La Dr Kirsty Hope, responsable de la Foodborne and Waterborne Diseases and One Health Branch en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, a déclaré que la détection précoce aide à réduire le fardeau de la maladie dans la communauté.

«Le WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les souches au niveau national ou international. Le module améliore notre surveillance de routine déjà en place pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une détection précoce.»

Le document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les enquêtes sur les éclosions.

«Nous avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré Hope.

«Le deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de l'avant avec le WGS.

Des études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les directives.

«Pour la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique. Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions», a déclaré Hope.

Etats-Unis : Des scientifiques critiquent la faible priorité accordée à Listeria au niveau réglementaire comme étant la véritable cause probable d'une épidémie à Listeria

N’essayez même pas d’imaginer ce qui va suivre en France !

«Des scientifiques critiquent la faible priorité accordée à Listeria au niveau réglementaire comme étant la véritable cause probable d'une épidémie à Listeria avec un faible fardeau», source article de Dan Flynn paru le 31 août 2022 dans Food Safety News.

Les procureurs du gouvernement ont mis la conspiration et la fraude sur la tête de l'ancien président de la Blue Bell ice cream, mais un jury ne les a pas cru. Ce jury du Texas était à 10 contre 2 en faveur de l'acquittement.

Mais comment expliquer cela alors qu’il y a eu des cas de maladies et des décès associés à l'épidémie de listériose de 2015. La science explique-t-elle moins de responsabilité humaine ?

Dix-neuf chercheurs experts ont travaillé sur cette question et ils ont produit un document de recherche de 22 pages avec leurs réponses. Ils indiquent que l’événement a commencé bien avant que Blue Bell Creameries ne sache que la contamination par Listeria était une menace.

Les chercheurs sont issus d'une longue liste d'organisations prestigieuses, dont l'Atlanta Research and Education Foundation, la CDC Division of Foodborne, Waterborne, and Environmental Diseases, le Kansas Department of Health and Environment’s Bureau of Epidemiology and Public Health Informatics, le Texas Department of State Health Services Emerging and Acute infectious Disease Unit, le Kansas Department of Agriculture’s Division of Food Safety and Lodging, le South Carolina Department of Health and Environmental Control’s Microbiology Division, l’Oklahoma Department of Health le FDA’s Center for Food Safety and Applied Nutrition, le Texas Blood Lead Surveill Branch, la Colorado Division of Disease Control and Public Health Response, l’Association of Food and Drug Officials, le Johnson County Department of Health and Environment, le New York State’s Bureau of Epidemiology Services, et la CDC’s Division of Healthcare Promotions.

Les chercheurs notent que les aliments surgelés «ont rarement été liés à des cas de listériose».

Leur investigation sur les épidémies utilise les clusters de cas maladies dans les hôpitaux et les analyses des produits. Et ils utilisent le «séquençage du génome entier (WGS) pour rechercher à la fois en aval et en amont les liens épidémiologiques avec l'épidémie de listériose découverte pour la première fois au début de février 2015.

Au total, dix cas de maladie et trois décès, datés de 2010 à 2015, étaient liés à des produits Blue Bell rappelés. Seulement environ 60 jours après cet événement vieux de plus de cinq ans, cela a impliqué la prise de décision de Blue Bell car, jusqu'au début de février 2015, l’entreprise n'avait aucune idée de ce qui se passait.

Les chercheurs l'ont expliqué ainsi.

«Les responsables du Kansas enquêtaient sur cinq cas de listériose dans un seul hôpital lorsque des prélèvements simultanés non liés pour une étude en Caroline du Sud a identifié L. monocytogenes dans glaces (Blue Bell) fabriqués au Texas isolés de quatre patients et (de chez Blue Bell) étaient étroitement liés par séquençage du génome entier (WGS), et les quatre patients avec une exposition connue avaient consommé des milk-shakes à base de crème glacée (Blue Bell) pendant leur hospitalisation.

«Des analyses supplémentaires ont identifié L. monocytogenes dans la crème glacée dans une deuxième installation de production (Blue Bell) en Oklahoma ; ces isolats étaient étroitement liés par WGS à ceux de cinq patients de trois autres races.

Les chercheurs ont confirmé que l'épidémie était «liée» aux produits de crème glacée Blue Bell (ou, comme ils l'appellent, à la société A). Le WGS et les prélèvements de produits ont été utilisés pour relier les cas couvrant plusieurs années et deux installations de production.

Le document recommande des contrôles de nettoyage et de désinfection complets et des analyses environnementales et des produits pour la production de crème glacée.

Ils soulignent que jusqu'en 2014, lorsque l'événement Blue Bell s'est produit, cette crème glacée «n'avait pas été mise en œuvre comme source de listériose».

Les chercheurs ont reconnu que sans le WGS, l'épidémie n'aurait probablement pas été résolue. Au lieu de cela, la nouvelle technologie «a aidé à montrer que des maladies apparemment sporadiques se produisaient sur plusieurs années» et faisaient partie de la même épidémie prolongée.

«Lors de l'épidémie de listériose aux États-Unis liée à une marque de crème glacée largement distribuée (Blue Bell), le WGS et l'échantillonnage de produits ont aidé des cas liés s'étendant sur cinq ans dans deux installations de production, indiquant une contamination de longue date», ont-ils écrit.

Ils concluent que le manque de surveillance réglementaire était responsable de la contamination de faible niveau sans détection pendant des années. La crème glacée n'était tout simplement pas considérée auparavant comme une source de listériose.

Au total, 10 cas ont été signalés au Kansas (5), Texas (3), Arizona et Oklahoma, avec l’isolement sur 22 dates entre janvier 2010 et janvier 2015. Tous les patients ont été hospitalisés pendant les 28 jours précédant l'apparition de la listériose pour d'autres affections non liées. à la listériose; trois décès ont été signalés.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe

«Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe», source article de Joe Whitworth paru le 22 avril 2022 dans Food Safety News.

Selon une étude, un tiers des répondants à l'enquête dans les pays à revenu faible ou intermédiaire n'utilisent pas le séquençage du génome entier ou complet (WGS pour whole genome sequencing).

Seuls 8 % ont déclaré utiliser le WGS de manière routinière et en temps réel, ce qui met en évidence une adoption minimale de la technologie pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire en dehors des États-Unis, du Canada et de l'Europe.

Les principaux obstacles à la mise en œuvre étaient le manque de financement, les lacunes en matière d'expertise et de formation, en particulier pour l'analyse et l'interprétation des données, selon l'étude publiée dans la revue Foodborne Pathogens and Disease, «PulseNet International Survey on the Implementation of Whole Genome Sequencing in Low and Middle-Income Countries for Foodborne Disease Surveillance».

PulseNet International (PNI) a réalisé l'étude pour identifier les défis auxquels les pays étaient confrontés concernant le WGS. Le groupe se compose de laboratoires et de réseaux de laboratoires nationaux, régionaux et sous-régionaux dans 88 pays qui suivent les maladies d'origine alimentaire dans le monde.

Statistiques de séquençage

Quarante et une institutions de 33 des 54 pays d'Afrique, d'Asie-Pacifique, d'Amérique latine, des Caraïbes et du Moyen-Orient ont répondu à l'enquête début 2020. Les deux tiers des répondants étaient des laboratoires nationaux de référence, y compris ceux de la santé publique nationale, de l'agriculture , et les autorités de sécurité des aliments.

Un sur cinq utilise le WGS pour les investigations sur les épidémies après avoir été identifié par d'autres moyens et 28% l'utilisent uniquement pour la recherche et les études pilotes.

Parmi les laboratoires qui n'ont pas mis en œuvre le WGS, 40% sous-traitent le séquençage à une autre institution, mais ils prévoient d'adopter le WGS en interne pendant ou après 2022.

Vingt pour cent des laboratoires n'utilisent pas le WGS pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, bien que le séquençage soit effectué sur place à d'autres fins. La majorité des laboratoires qui utilisent le WGS pour des investigations après une épidémie ou pour des études pilotes effectuent le séquençage dans leur propre établissement.

En 2019, seulement 5% des laboratoires ont séquencé plus de 1 000 isolats. Bien que 66% aient séquencé 0 à 100 isolats cette année-là, les laboratoires restants ont séquencé entre 100 et 1 000 isolats. La majorité des tests ont été effectués sur des pathogènes d'origine alimentaire tels que Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio, Campylobacter et Listeria.

Problèmes d'analyse des données

La capacité de génération de séquences est généralement supérieure à celle d'analyse ou d'interprétation des données. La capacité de calcul et de bioinformatique s'est avérée généralement faible.

Quarante-quatre pour cent des répondants ont déclaré que la capacité et l'expertise de leurs laboratoires à utiliser, développer, optimiser et dépanner les protocoles d'analyse bioinformatique pour les données WGS étaient faibles ou inexistantes.

La majorité des laboratoires n'ont pas de lignes directrices établies pour l'interprétation des données WGS telles que le nombre d'allèles ou de différences SNP pour la détection des épidémies.

Les connaissances des utilisateurs finaux pour une utilisation efficace des données WGS sont faibles. Seul un tiers des laboratoires ont déclaré que le niveau de connaissances et la capacité à utiliser les données WGS pour la prise de décision en matière de santé publique étaient bons ou excellents.

La diffusion des résultats du WGS se fait en grande partie par des méthodes traditionnelles et le partage des données est limité. Les méthodes traditionnelles, y compris les feuilles de calcul Excel, les copies papier, y compris le fax, et en personne ou par téléphone ont dominé les méthodes modernes telles que les systèmes de gestion des informations de laboratoire et les sites Internet internes.

Plus de la moitié des laboratoires n'échangent pas de données de séquençage avec des partenaires externes dans leur pays et seulement la moitié des répondants rendent parfois leurs données de séquençage accessibles au public.

La moitié des laboratoires pensent que PNI devrait se concentrer sur la formation, en particulier dans l'analyse des données WGS, et que l'accès à des outils et des pipelines d'analyse normalisés et validés à l'échelle mondiale est essentiel pour progresser vers la surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire à l'aide du WGS.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur le séquençage du génome entier sans jamais oser le demander

Le Comité Scientifique auprès de l’AFSCA de Belgique s’est auto-saisi dans un Avis 18-2021 du «Whole Genome Sequencing pour la détection des toxi-infections alimentaires et l'évaluation du risque bactérien» (dossier SciCom 2020/08 – auto-saisine). 43 pages. 

Il me semble que traduction de Whole Genome Sequencing serait entre autres, séquençage complet du génome ou bien séquençage du génome entier.

Contexte et termes de référence

Cet avis traite du Whole Genome Sequencing (WGS), qui consiste à déterminer la séquence d'ADN du génome d'un organisme à partir d'un isolat. La «métagénomique», dans laquelle les séquences d'ADN sont déterminées à partir d'un échantillon biologique qui peut contenir plusieurs micro-organismes, n'entre pas dans le scope du présent avis. Les virus, bien qu'également importants pour les infections d'origine alimentaire, n'entrent pas dans le champ d'application de cet avis. Cet avis concerne le WGS des bactéries, car les bactéries sont également la première priorité de l'EFSA et de l'ECDC.

Le développement technologique du Whole Genome Sequencing (WGS) offre de nouvelles possibilités pour l'identification des causes des infections et intoxications d’origine alimentaire, la caractérisation génotypique de la résistance antimicrobienne, la détermination de la virulence, le sérotypage des agents pathogènes et l'échange standardisé de données. Cependant, la mise en œuvre du WGS suscite également un certain nombre de préoccupations.

Le présent avis a été préparé par le Comité Scientifique dans le cadre d'un mandat d'autosaisine. L'avis aborde les termes de référence suivants, en mettant l'accent sur le contexte belge :

1. Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'enquête des foyers épidémiques

2. Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'évaluation de la sécurité alimentaire en matière de risque bactérien

3. L’interprétation du lien entre les aliments contaminés, les infections humaines et la source de contamination dans la chaîne alimentaire

4. Les recommandations sur la (poursuite de la) mise en œuvre du WGS pour la gestion de la sécurité alimentaire en Belgique

5. La validation de la méthodologie de WGS : importance, état actuel et évolutions attendues

6. Exigences - sur le plan technique et organisationnel - pour partager des données de WGS dans le contexte de la sécurité alimentaire

Avis

Le whole genome sequencing (WGS) offre de nouvelles possibilités pour améliorer la sécurité alimentaire bactérienne. Néanmoins, un certain nombre de préoccupations accompagne la mise en œuvre du WGS dans le cadre de la surveillance (inter)nationale et de la gestion de la sécurité alimentaire. L'avis porte sur différents agents pathogènes d'origine alimentaire, notamment les bactéries Salmonella, Listeria monocytogenes et Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC). Ces trois agents pathogènes sont exposés plus en détail dans la partie consacrée aux enquêtes des foyers épidémiques (Annexe 1, en anglais), parce qu'ils sont le premier et le véritable objet de la base de données de WGS commune développée par l'EFSA et l'ECDC.

Conclusion

Dans cet avis, le Comité scientifique a situé l'utilisation du WGS pour la détection des foyers de toxiinfection alimentaires et l'évaluation des risques bactériens. Le Comité scientifique a également réfléchi à la mise en œuvre du WGS dans le contexte belge. À l'avenir, le WGS deviendra la méthode privilégiée pour les enquêtes sur la sécurité alimentaire en matière de risque bactérien, en raison de son pouvoir discriminatoire élevé et de la disparition au niveau international de diverses méthodes de typage plus anciennes. Bien que les méthodes WGS et les pipelines d'analyse des données soient encore en constante évolution et amélioration, le WGS est prêt à être utilisé dans les enquêtes épidémiologiques de routine et les activités de surveillance. Le Comité scientifique formule plusieurs recommandations concernant la mise en œuvre du WGS dans le contexte belge. Pour faciliter la transition vers le WGS pour l'analyse des isolats alimentaires, y compris la surveillance de la RAM, une période de transition peut être mise en place. Cela laisse aux laboratoires le temps d'acquérir de l'expérience et de préparer les infrastructures nécessaires. Le Comité scientifique conseille à l'AFSCA de passer (progressivement) au WGS pour l'analyse des isolats alimentaires.

Cependant, en dépit des avantages du WGS, certaines limites doivent encore être prises en compte pour une mise en œuvre systématique et uniforme. Des efforts doivent être faits pour valider la méthodologie de WGS et pour faciliter le partage des données. Dans les enquêtes des foyers épidémiques, il est recommandé que les résultats du WGS relatifs à la comparaison des souches soient interprétés par une équipe multidisciplinaire (microbiologistes, biologistes moléculaires, bioinformaticiens, épidémiologistes) disposant d'une expertise suffisante. Il est également recommandé que, lors du WGS pour le sous-typage des souches dans le cadre d’une enquête des foyers épidémiques, des méthodes de WGS et des outils bioinformatiques validés ou reconnus au niveau international soient utilisés et interprétés en fonction de la clonalité de l'agent pathogène considéré. En outre, les preuves épidémiologiques et les métadonnées sur les souches doivent être prises en compte. Ces métadonnées comprennent des caractéristiques telles que les données de géolocalisation, la source d'isolement, la date de collecte, l'organisation effectuant la collecte, les noms des échantillons et des souches. Il est recommandé d'être vigilant quant à l'interprétation et la communication correctes des responsabilités des différents acteurs (autorité compétente, exploitants du secteur alimentaire, consommateurs) en cas de foyers. À cet égard, il est important de faire savoir que le risque zéro en matière de sécurité alimentaire bactérienne n'existe pas.

Par ailleurs, le Comité scientifique émet plusieurs recommandations. On trouvera un glossaire en Annexe 2.

Enfin, l’Annexe 3 comprend des réponses du Comité scientifique aux remarques formulées lors de la consultation ouverte. Ces remarques sont exclusivement de la FEVIA, Fédération de l’industrie alimentaire belge.

Remarque sur des considérations pratiques et technologiques

Fevia craint que si le WGS devient à terme «la technique standard» pour l'identification des isolats, cela ne soit restrictif pour la mise en œuvre pratique des contrôles. Puisque le WGS, comme d'autres techniques, se définit par ses avantages et inconvénients techniques. En excluant les autres techniques disponibles, nous perdrions les avantages de ces techniques.

Comité scientifique auprès de l’AFSCA

Comme indiqué dans l'avis, il est probable qu'à l'avenir, le WGS devienne la méthode privilégiée pour les enquêtes sur la sécurité alimentaire en matière de risque bactérien, en raison de son pouvoir discriminatoire élevé et de la disparition au niveau international de diverses méthodes de typage plus anciennes. Toutefois, les méthodes de typage moléculaire non WGS peuvent encore s'avérer précieuses. Par exemple, pour effectuer un premier tri afin de déterminer un sous-ensemble de souches d'intérêt pour les analyses WGS. Le Comité Scientifique est d'avis que la technique la plus appropriée doit être choisie en fonction de l'objectif poursuivi.

Remarques économiques-financières

Si l'on décide maintenant de passer (généralement) au WGS et si l'on souhaite conserver le nombre d'échantillons prélevés à l'aide des techniques d'analyse traditionnelles pour la surveillance de l'environnement, les coûts pour les entreprises alimentaires augmenteront considérablement. Tout coût supplémentaire constitue une menace pour la position concurrentielle des entreprises belges.

Fevia craint également que si le coût du WGS devient trop élevé, certains opérateurs choisissent de réduire le nombre de noms d'échantillons pour réduire les coûts. Ce ne serait pas une évolution favorable pour la sécurité alimentaire.

Comité scientifique auprès de l’AFSCA

Cet avis a mis en évidence les avantages et les inconvénients du WGS. Il n'est pas du ressort du Comité scientifique de prendre une décision concernant le passage au WGS. Le Comité scientifique est d'avis que la technique la plus appropriée doit être choisie en fonction de l'objectif poursuivi.

NB: On trouvera en France sur la Plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire un article sur le Whole Genome Sequencing.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...