La transplantation de microbiote fécal favorise la réduction des bactéries résistantes, selon un essai clinique

«La transplantation de microbiote fécal favorise la réduction des bactéries résistantes, selon un essai clinique», source article de Chris Dal paru le 3 novembre 2023 dans CIDRAP News.

Les données d'un petit essai clinique randomisé indiquent que la transplantation de microbiote fécal peut réduire la colonisation par des micro-organismes multirésistants aux antibiotiques (MMAs) chez les receveurs de greffe de rein, ont rapporté des chercheurs cette semaine dans Science Translational Medicine.

Dans l'essai de phase 1, une équipe dirigée par des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université Emory a recruté et randomisé 11 receveurs de transplantation rénale (RTR) pour recevoir une transplantation de microbiote fécal (ou TMF est une procédure au cours de laquelle les selles d'un donneur sain sont transplantées à un patient) ou une période d'observation. suivi d'une TMF retardée si les cultures de selles étaient positives pour MMAs à J36. Les patients transplantés rénaux présentent un risque élevé de colonisation et d'infection par des MMAs, car ils reçoivent des antibiotiques prophylactiques après la transplantation, qui peuvent sélectionner des MMAs. Ils constituent donc une priorité pour la décolonisation, car de nombreux antibiotiques utilisés pour traiter les infections par des MMAs sont néphrotoxiques.

Les 11 patients ont finalement reçu au moins une dose de TMF, dont 9 ont reçu deux traitements. Bien qu'aucun participant du groupe d'observation n'ait présenté une décolonisation des MMAs de façon spontanée, 4 des 6 participants randomisés dans le groupe TMF étaient MMAs négatifs après une dose, et 8 des 9 participants ayant reçu toutes les TMF spécifiées dans le protocole étaient MMAs négatifs lors de leur dernière visite. De plus, après 180 jours, les participants traités par TMF avaient un délai plus long avant de récidiver une infection par des MMAs par rapport à un groupe témoin de receveurs de transplantation rénale qui n'avaient pas reçu de TMF.

Compétition de souches bactériennes

L'analyse des isolats de Escherichia coli provenant d'un sous-ensemble du groupe de traitement par TMF a révélé que, plutôt que de simplement éradiquer les souches MMAs, la TMF semblait favoriser la compétition avec les souches de E. coli sensibles aux antibiotiques qui étaient présentes chez les patients avant la TMF, avec les souches sensibles de remplacement des souches MMAs.

«Nous concluons que les thérapies microbiologiques comme la TMF pourraient permettre d'exploiter la compétition entre les souches bactériennes pour éradiquer la colonisation par des MMAs», ont écrit les auteurs. «Cet essai a également fourni la preuve que la réduction de la colonisation par des MMAs dans les TMF pourrait réduire la récidive des infections par des MMAs, ce qui présente un large potentiel pour améliorer les soins aux patients et la réponse de santé publique et pour réduire les coûts des soins de santé dans les groupes de patients au-delà des receveurs de greffe d'organe solide».

La phagothérapie basée sur CRISPR semble prometteuse dans un premier essai chez l'homme

«La phagothérapie basée sur CRISPR semble prometteuse dans un premier essai chez l'homme», source article de Chris Dall paru le 31 mai 2023 dans CIDRAP News.

La société danoise de technologie du microbiome, SNIPR Biome, a annoncé les résultats positifs d'une étude de phase 1 de sa phagothérapie basée sur CRISPR ciblant Escherichia coli dans le tractus gastro-intestinal.

SNIPR001 contient quatre bactériophages (virus tueurs de bactéries) armés de la technologie d’édition de gènes, CRISPR/Cas9, pour l'ADN conçue pour éradiquer sélectivement E. coli dans l'intestin, y compris les souches résistantes aux antibiotiques. Les résultats intermédiaires de l'essai de phase 1 sur 36 personnes, qui visait à examiner le profil d'innocuité et la pharmacodynamique de SNIPR001, ont montré que l'administration orale sur 7 jours était bien tolérée, avec seulement des effets secondaires légers à modérés. De plus, le traitement avec SNIPR001 a réduit numériquement les niveaux de E. coli dans l'intestin.

Le traitement ciblera initialement les patients atteints de cancers hématologiques (comme le lymphome et la leucémie) qui subissent des greffes de cellules souches hématopoïétiques et sont vulnérables aux infections du sang qui se produisent lorsque E. coli diffuse de l'intestin vers le sang. Le traitement antibiotique le plus courant, les fluoroquinolones, est inefficace contre les souches de E. coli résistantes aux fluoroquinolones et a tendance à endommager le microbiome intestinal en éliminant les bactéries bénéfiques.

Les responsables de la société affirment que les résultats démontrent une preuve clinique du principe de la nouvelle technologie.

«Grâce aux effets destructeurs combinés des bactériophages et de la technologie CRISPR-Cas9, SNIPR001 a démontré sa capacité à cibler et à éliminer les souches de E. coli résistantes aux antibiotiques dans l'intestin, offrant une alternative sûre aux traitements traditionnels qui ne fonctionnent pas contre les souches résistantes aux antibiotiques, tout en épargnant le reste du microbiome intestinal», a déclaré le co-fondateur et PDG de SNIPR Biome, Christian Grondahl, dans un communiqué de presse.

«Il s'agit d'une étape importante dans notre mission de développer des solutions révolutionnaires dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens, et nous sommes impatients de faire progresser SNIPR001 grâce à d'autres études cliniques pour en savoir plus et finalement, nous l'espérons, améliorer les résultats pour les patients», a-t-il ajouté.

Les futurs essais viseront à déterminer si SNIPR001 réduit le taux d'infections sanguines à E. coli chez les patients cancéreux.

SNIPR Biome a reçu un financement de 3,9 millions de dollars en mai 2021 de CARB-X (l'accélérateur biopharmaceutique de lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques) pour développer SNIPR001.

Quand les phages attaquent : Un taux de réussite élevé pour la phagothérapie, selon des chercheurs

«Des chercheurs israéliens signalent un taux de réussite élevé pour la phagothérapie à usage compassionnel», source article de Chris Dall paru 24 avril 2023 dans CIDRAP News.

Un traitement compassionnel permet l'utilisation thérapeutique de médicaments sans autorisation de mise sur le marché (AMM) pour des malades en impasse thérapeutique.

Des chercheurs de l’Israeli Phage Therapy Center (IPTC)  ont rapporté la semaine dernière dans Open Forum Infectious Diseases que 78% des traitements avec des bactériophages à usage compassionnel administrés aux patients depuis 2018 ont abouti à un résultat favorable.

Depuis sa création en 2018 par le Hadassah Medical Center et l'Hebrew University de Jérusalem, l'IPTC a reçu 159 demandes d'utilisation compassionnelle de la phagothérapie pour des infections qui avaient précédemment échouées, 145 en Israël et le reste aux États-Unis, en Finlande et en Allemagne. Parce qu'il n'y a pas de normalisation sur l'autorisation ou l'approbation des phages, qui sont des virus spécifiques aux bactéries qui sont apparus comme une thérapie prometteuse pour les infections résistantes aux antibiotiques, tous les traitements de phagothérapie sont considérés comme une thérapie compassionnelle.

Les infections osseuses et respiratoires étaient les indications les plus courantes des demandes de phages, et les bactéries les plus courantes étaient Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii et Staphylococcus aureus. Dans les cas où la phagothérapie a été administrée, la résistance aux antibiotiques représentait 50% des cas, les bactéries multirésistantes étant la raison la plus fréquente (38%) de la demande de phages.

Dans 53 cas, des correspondances potentielles de phages ont été trouvées, mais seulement 20 traitements chez 18 patients ont été administrés ; dans les 33 cas restants, la phagothérapie n'a pas été poursuivie pour diverses raisons. Sur les 18 patients ayant reçu une phagothérapie intraveineuse, 14 (78%) ont obtenu une rémission clinique et 4 (22%) ont été classés comme échec thérapeutique. Aucun effet secondaire majeur n'a été signalé.

«L'utilisation de phages avec une thérapie supplémentaire a entraîné un taux de réponse élevé», ont écrit les auteurs de l'étude. «Le succès observé a également entraîné une augmentation substantielle des demandes de phagothérapie, ce qui est difficile en raison de la disponibilité réduite des phages de qualité humaine et du manque d'indications autorisées appropriées.»

Les auteurs disent que bien que la taille de l'échantillon soit petite, ils espèrent que le partage de ces informations, ainsi que la conduite d'essais cliniques, aideront à mieux définir les indications futures de la phagothérapie et à améliorer les résultats.

La transplantation de microbiote fécal supérieure aux antibiotiques pour C. difficile dans un essai clinique en double aveugle, contrôlé versus placebo

Lors du lancement du Grand Défi «Ferments du futur» par le ministre de l’Agriculture, j’avais retenu pour promesse, «Maintenir ou rétablir un microbiote favorable à la santé de l’hôte, développer de nouveaux probiotiques.»

Après un récent article sur une Première thérapie de transplantation fécale pour traiter les infections à Clostridioides difficile approuvée par la FDA, voici «Essai clinique : la transplantation de microbiote fécal supérieure aux antibiotiques pour C. difficile», source CIDRAP News.

Un essai clinique randomisé mené au Danemark a révélé que, chez des patients présentant une première ou une deuxième infection à Clostridioides difficile, la transplantation de microbiote fécal (FMT pour fecal microbiota transplantation) était supérieure au traitement antibiotique standard pour obtenir une résolution durable des symptômes, ont rapporté les chercheurs la semaine dernière dans The Lancet Gastroenterology & Hepatology.

Mené dans un hôpital universitaire d'Aarhus, au Danemark, l'essai en double aveugle et contrôlé par placebo a recruté des patients adultes atteints d'une première ou d'une deuxième infection à C. difficile et les a assignés au hasard pour recevoir soit une FMT, soit un placebo après avoir reçu 10 jours de vancomycine, l'antibiotique standard de traitement. Les traitements ont été administrés au jour 1 et entre les jours 3 et 7, et les patients ont été suivis pendant 8 semaines ou jusqu'à la récidive. Le résultat principal était la résolution de la diarrhée associée au C. difficile après 8 semaines.

Un total de 42 patients ont été assignés à FMT (21) ou à un placebo (21) du 21 juin 2021 au 1er avril 2022. L'analyse intermédiaire du 7 avril a montré que 19 des 21 patients du groupe FMT avaient une résolution de de la diarrhée associée au C. difficile à 8 semaines, contre 7 sur 21 dans le groupe placebo, pour une réduction du risque absolu de 57%. En raison du taux de résolution significativement plus faible dans le groupe placebo, l'essai a été arrêté pour des raisons éthiques.

«Dans de rares cas, il peut arriver que vous découvriez que le traitement que vous êtes en train d’étudier est si efficace qu'il est éthiquement indéfendable de continuer», a déclaré le premier auteur Simon Mark Dahl Baunwall, dans un communiqué de presse de l'Université d'Aarhus. «Notre étude en est un exemple, dans la mesure où le nouveau traitement FMT est tellement meilleur que le traitement standard avec des antibiotiques qu'il serait contraire à l'éthique de continuer, car les patients du groupe témoin risqueraient de ne pas recevoir le traitement FMT.»

Dans l'ensemble, 204 événements indésirables ont été signalés, dont un ou plusieurs signalés chez 20 des 21 patients du groupe FMT et les 21 du groupe placebo. Les événements indésirables les plus fréquents étaient la diarrhée et les douleurs abdominales.

Le vaccin AstraZeneca n'empêche pas le COVID lié au variant Sud-Africain dans un essai préliminaire

«Le vaccin AstraZeneca n'empêche pas le COVID B1351 dans un essai préliminaire», source article de Mary Van Beusekom paru le 16 mars 2021 dans CIDRAP News.

Deux doses du vaccin COVID-19 d'AstraZeneca-Université d'Oxford se sont révélées inefficaces contre les infections légères à modérées avec le variant B1351 identifié pour la première fois en Afrique du Sud, selon un essai clinique de phase 1b-2 publié dans le New England Journal of Medicine.

L'étude multicentrique en double aveugle, dirigée par des scientifiques de l'unité de recherche sur les vaccins et les maladies infectieuses du Conseil sud-africain de la recherche médicale, a étudié l'innocuité et l'efficacité du vaccin AstraZeneca ChAdOx1 nCoV-19 chez des adultes séronégatifs âgés de 18 à 64 ans qui ont reçu soit deux doses standard du vaccin ou un placebo dans un rapport 1: 1, 21 à 35 jours, du 24 juin au 9 novembre 2020. Le suivi médian après la deuxième dose était de 121 jours.

10,4% d'efficacité contre le variant

Sur les 750 participants vaccinés, 19 (2,5%) ont développé un COVID-19 léger à modéré plus de 14 jours après la deuxième dose, contre 23 des 717 receveurs du placebo (3,2%). L'incidence du COVID-19 dans le groupe vacciné était de 731 pour 1000 personnes-années, contre 93,6 pour 1000 personnes-années dans le groupe placebo, pour une efficacité de 21,9% (intervalle de confiance [IC] à 95%, -49,9 à 59,8 ).

Sur les 42 cas totaux de COVID-19, 39 (92,9%) étaient causés par B1351, pour une efficacité du vaccin contre ce variant de 10,4% (IC à 95%, -76,8 à 54,8). Les 42 cas étaient légers à modérés et aucun patient n'a été hospitalisé.

«Dans cet essai, nous avons constaté que deux doses du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 n'avaient aucune efficacité contre le variant B.1.351 dans la prévention du COVID-19 léger à modéré», ont écrit les auteurs. «Le manque d'efficacité contre le variant B.1.351 doit être considéré dans le contexte de l'efficacité à 75% (IC à 95%, 8,7 à 95,5) dans la prévention du COVID-19 léger à modéré avec un début au moins 14 jours après même une dose unique de vaccin ChAdOx1 nCoV-19 observée avant l’émergence du variant B.1.351 en Afrique du Sud.»

Vaccins de deuxième génération en développement

La comparaison des tests de neutralisation des pseudovirus et des virus vivants avec la souche D614G originale et le B1351 utilisé pour tester le sérum de 25 participants 14 jours après la dose de rappel a suggéré que les deux étaient plus résistants au B1351 dans les échantillons de vaccinés que dans les échantillons de receveurs du placebo.

Les taux d'événements indésirables graves étaient similaires entre les groupes vaccin et placebo. Un seul événement grave lié au vaccin s'est produit, une fièvre de 40°C après la première dose; la fièvre s'est dissipée dans les 24 heures et aucun événement indésirable n'a été observé après la deuxième dose du participant.

Les auteurs ont averti que le manque de cas graves de COVID-19 dans l'étude était probablement le reflet de l'âge moyen relativement jeune des participants (30 ans) et que l'essai n'a donc pas pu déterminer si le vaccin AstraZeneca est efficace contre une infection sévère par le variant B1351.

Ils ont déclaré que le degré auquel l'efficacité d'autres vaccins COVID-19 pourrait également être affectée par des variants avec des mutations comparables à celles de B1351 et P1, la souche identifiée pour la première fois au Brésil, peut dépendre de l'étendue de l'anticorps neutralisant généré par la vaccination.

«Si une réponse anticorps améliorée résultant d'un intervalle plus long entre les première et deuxième doses du vaccin ChAdOx1 nCoV-19, comme décrit ailleurs, pourrait conférer une meilleure activité d'anticorps neutralisants résiduels contre le variant B.1.351 que celle observée dans notre essai n'est pas connu», ont écrit les chercheurs.

Ils ont conclu en disant que bien que le développement de vaccins COVID-19 de deuxième génération contre des souches telles que B1351 et P1 ait commencé, les seuls vaccins susceptibles d'être disponibles pour le reste de 2021 sont formulés contre le virus d'origine. D'ici là, le vaccin AstraZeneca sera probablement le vaccin contre le coronavirus le plus accessible et le moins cher.

«Des délibérations sur l'utilité du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 doivent également être menées dans le contexte de la propagation mondiale en cours et de la transmission communautaire du variant B.1.351 et de l'évolution d'autres lignées du SRAS-CoV-2 qui incluent des mutations similaires», ont dit les auteurs.

Début février, les responsables de la santé sud-africains ont suspendu le déploiement du vaccin AstraZeneca-Oxford pour enquêter sur les informations selon lesquelles il offrait peu de protection contre les maladies légères à modérées. Il est passé à l'utilisation du vaccin Johnson & Johnson pour vacciner les travailleurs de la santé.