«L'hygiène, avant la microbiologie, n'est hygiénique que dans ses intentions. C'est la science des apparences qui repose entre des mains d'aveugles : est sain ce qui est beau, bon, et ne sent pas mauvais.»
Pierre Darmon, L'homme et les microbes, Fayard, 1999.
«La cartographie du microbiote de cuisines dans cinq pays européens
révèle un ensemble de bactéries principales dans les pays, les
surfaces de cuisine et les ustensiles de nettoyage», source
article
disponible en intégralité dans Applied and Environmental Microbiology, «Mapping the Kitchen Microbiota in Five European Countries Reveals a
Set of Core Bacteria across Countries, Kitchen Surfaces, and Cleaning
Utensils».
Qu'est-ce qui se mijote dans le microbiome de la cuisine ?
Moen et al. ont identifié un petit sous-ensemble de taxons
bactériens partagés entre les ustensiles de nettoyage (éponges et
torchons) et les surfaces des cuisines résidentielles à travers
l'Europe. L'évolution du microbiote est plus corrélée au type
d'ustensile de nettoyage qu'aux pratiques spécifiques et aux
différences alimentaires de chaque pays.
Résumé
La cuisine résidentielle est souvent fortement colonisée par des
microbes provenant de différentes sources, y compris les aliments et
le contact humain. Bien que quelques études aient rapporté la
composition bactérienne dans les ustensiles de nettoyage et les
prélèvements de surface, la connaissance de la diversité
bactérienne est limitée dans les différents types de prélèvements
des ménages et des pays. Dans le cadre d'une vaste étude
européenne, nous avons identifié le microbiote de 302 prélèvements
d'ustensiles de nettoyage (éponges et torchons), de surfaces de
cuisine (éviers, planches à découper, plans de travail, poignées
de robinet et un prélèvement regroupant les autres poignées) dans
74 ménages à travers 5 pays (France, Hongrie, Norvège,
Portugal et Roumanie).
Au
total, 31 phylums bactériens ont été identifiés, Proteobacteria,
Firmicutes, Bacteroidotaet Actinobacteria
étant les plus abondants. Malgré de grandes variations dans les
ménages en ce qui concerne les règles en cuisine, les pratiques de
cuisine, les systèmes de nettoyage et le régime alimentaire et des
différences considérables dans la diversité bactérienne entre les
échantillons, huit genres et/ou familles bactériennes couramment
associés à des sources environnementales ont été identifiés dans
la plupart des prélèvements et définis comme un microbiote central
: Acinetobacter, Pseudomonas, Enhydrobacter,
Enterobacteriaceae, Psychrobacter, Chryseobacterium,
Bacillus et Staphylococcus. Ces genres et/ou les
familles figuraient également parmi les bactéries présentant
l'abondance relative la plus élevée dans tous les échantillons, en
plus de Yersiniaceae, Kocuria, Pantoea et
Streptococcus. Les taxons associés aux pathogènes
potentiels et aux indicateurs fécaux étaient peu abondants mais
largement répartis dans les ménages. La composition microbienne des
prélèvements de surface a indiqué que la composition microbienne
des surfaces de la cuisine est plus caractéristique pour le pays
particulier que le type d'objet, tandis que le microbiote des
ustensiles de nettoyage était similaire dans tous les pays mais
différait selon les types (éponge ou torchon).
Importance
La
connaissance des caractéristiques, des différences et des
similitudes de la composition bactérienne dans les cuisines
résidentielles est limitée. Ici, nous rapportons le microbiote des
ustensiles de nettoyage (éponges et torchons) et cinq prélèvements
de surface différents dans 74 ménages de cinq pays européens. En
plus d'accroître les connaissances sur le microbiote des cuisines
dans de nombreuses zones géographiques, cette étude a identifié un
microbiote central dans les cuisines résidentielles européennes
malgré de grandes variations dans les pratiques de cuisine et la
conception et les règles de cuisine entre les pays et les ménages.
Les auteurs notent,
Cette
étude montre qu'il existe un petit nombre de taxons bactériens qui
composent un microbiote de cuisine malgré des variations
considérables dans les normes de cuisine, les pratiques de cuisine,
les systèmes de nettoyage, les ménages et les différences
alimentaires. En plus de trouver un microbiote de base à travers les
pays et les types de prélèvements, nous montrons également que le
microbiote des prélèvements de surface de cuisine, en moyenne,
était plus similaire dans un pays que dans un type de prélèvements
de surface à travers les pays. Pour les ustensiles de nettoyage,
nous avons observé que le microbiote était plus étroitement lié
au type d'ustensile de nettoyage, éponge ou torchon, qu'au pays
d'origine.
En conclusion, cette étude a contribué à approfondir notre
compréhension de la communauté microbienne de la cuisine. Des
études de suivi sont nécessaires pour corréler ces résultats avec
les comportements en matière de sécurité des aliments et l'impact
potentiel sur la santé humaine.
Un essai clinique randomisé mené au Danemark a révélé que, chez
des patients présentant une première ou une deuxième infection à
Clostridioides difficile, la transplantation de microbiote
fécal (FMT pour fecal microbiota transplantation) était supérieure
au traitement antibiotique standard pour obtenir une résolution
durable des symptômes, ont rapporté les chercheurs la semaine
dernière dans The
Lancet Gastroenterology&Hepatology.
Mené dans un hôpital universitaire d'Aarhus, au Danemark, l'essai
en double aveugle et contrôlé par placebo a recruté des patients
adultes atteints d'une première ou d'une deuxième infection à C.
difficile et les a assignés au hasard pour recevoir soit une
FMT, soit un placebo après avoir reçu 10 jours de vancomycine,
l'antibiotique standard de traitement. Les traitements ont été
administrés au jour 1 et entre les jours 3 et 7, et les patients ont
été suivis pendant 8 semaines ou jusqu'à la récidive. Le résultat
principal était la résolution de la diarrhée associée au C.
difficile après 8 semaines.
Un total de 42 patients ont été assignés à FMT (21) ou à un
placebo (21) du 21 juin 2021 au 1er avril 2022. L'analyse
intermédiaire du 7 avril a montré que 19 des 21 patients du groupe
FMT avaient une résolution de de la diarrhée associée au C.
difficile à 8 semaines, contre 7 sur 21 dans le groupe placebo,
pour une réduction du risque absolu de 57%. En raison du taux de
résolution significativement plus faible dans le groupe placebo,
l'essai a été arrêté pour des raisons éthiques.
«Dans de rares cas, il peut arriver que vous découvriez que le
traitement que vous êtes en train d’étudier est si efficace qu'il
est éthiquement indéfendable de continuer», a déclaré le premier
auteur Simon Mark Dahl Baunwall, dans un communiqué
de presse de l'Université d'Aarhus. «Notre étude en est un
exemple, dans la mesure où le nouveau traitement FMT est tellement
meilleur que le traitement standard avec des antibiotiques qu'il
serait contraire à l'éthique de continuer, car les patients du
groupe témoin risqueraient de ne pas recevoir le traitement FMT.»
Dans l'ensemble, 204
événements indésirables ont été signalés, dont un ou plusieurs
signalés chez 20 des 21 patients du groupe FMT et les 21 du groupe
placebo. Les événements indésirables les plus fréquents étaient
la diarrhée et les douleurs abdominales.
«Une thérapie par transplantation fécale pour Clostridioides
difficile», source CIDRAP
News.
Des conseillers de la FDA approuvent le traitement de transplantation
fécale pour le Clostridioides difficile récurrent.
La société biopharmaceutique suisse Ferring Pharmaceuticals a
annoncé le 22 septembre que le comité consultatif sur les vaccins
et les produits biologiques apparentés (VRBPAC) de la FDA avait voté
en faveur de la thérapie expérimentale basée sur la transpalnation
de microbiote fécal (FMT pour fecal microbiota transpalnt) de la
société/
Selon un communiqué
de presse de la société, le VRBPAC a voté à 13 voixcontre 4
que les données de la demande de licence de produits biologiques
étaient adéquates pour soutenir l'efficacité du RBX2660 (Rebyotix)
pour réduire la récurrence de l'infection à Clostridioides
difficile (ICDI) chez les adultes après un traitement
antibiotique, et 12 voix contre 1 que les données étaient adéquates
pour soutenir la sécurité sanitaire du traitement thérapeutique
vivant basé sur le microbiote, qui est administré via un lavement.
La thérapie FMT consiste à transplanter des bactéries bénéfiques
dans l'intestin d'un patient atteint d'ICD récurrente, qui est
traditionnellement traité avec des antibiotiques. La FMT s'est
avérée dans plusieurs études être un traitement efficace pour les
ICD récurrentes, et les directives de traitement les plus récentes
de l'Infectious Diseases Society of America le recommandent aux
patients qui ont eu plusieurs épisodes d'ICD récurrents et qui
n'ont pas été guéris par des antibiotiques.
Jusqu'à 35% des cas d'ICD se reproduisent après le diagnostic
initial, et les patients qui ont des ICD récurrentes ont un risque
significativement plus élevé d'infection ultérieure.
«Le vote du comité consultatif représente une étape importante
dans les efforts continus de Ferring pour répondre au besoin non
satisfait d'interventions qui peuvent réduire l'incidence de
l'infection récurrente à C.
difficile, qui représente un fardeau important pour la
santé des patients», a déclaré Mirjam Mol-Arts, vice-président
et médecin-chef de Ferring Pharmaceuticals dans le communiqué.
Le RBX2660 serait la première thérapie FMT approuvée par la FDA.
Un article vient de paraître en accès libre
dans Applied
and Environmental Microbiologysur «La
saisonnalité et la géographie ont une plus grande influence que
l'utilisation d'agents de nettoyage chlorés
sur le microbiote du lait cru en
tank».
Résumé
Le nettoyage de l'environnement de production
est essentiel pour assurer la sécurité sanitaire
et la qualité des produits laitiers.
Bien que le nettoyage avec des agents chlorés
soit largement adopté, il a été associé à des effets néfastes
sur la qualité et la sécurité sanitaires
du lait, ce qui a suscité un intérêt croissant pour le nettoyage
sans chlore. Cependant, l'influence de ces méthodes sur le
microbiote du lait n'est pas bien documentée.
Cette
étude a examiné les facteurs qui influencent le microbiote du lait
cru, en mettant l'accent sur les différences entre le nettoyage avec
chlore et sans chlore du matériel de traite. Le
lait cru vrac a été prélevéà
raison de trois échantillons
(avril, août et novembre) par mois, dans des exploitations
laitières à travers l'Irlande sélectionnées
pour capturer l'utilisation de différentes méthodes de nettoyage,
c'est-à-dire, un nettoyage exclusivement à base de chlore (n = 51)
et sans chlore (n = 92), et les exploitations
laitières qui utilisaient des agents sans
chlore pour le tank
de lait vrac et des agents de nettoyage à
base de chlore pour le reste de l'équipement (n = 28).
L'analyse
métagénomique shotgun
a révélé l'influence significative des facteurs saisonniers et
géographiques sur le microbiote du lait vrac dans le tank,
indiquée par des différences de diversité, de composition
taxonomique et de caractéristiques fonctionnelles. Les profils
taxonomiques et fonctionnels des échantillons collectés en novembre
ont été regroupés séparément des autres mois. En revanche, les
méthodes de nettoyage ne représentaient que 1% de la variation de
la communauté bactérienne du lait vrac dans
le tank, et les échantillons prélevés
dans les exploitations
laitières
utilisant du chlore par rapport au nettoyage sans chlore ne
différaient pas significativement, ce qui suggère que les approches
sans chlore utilisées n'ont pas eu d'impact négatif. Sur
la qualité microbiologique. Cette étude
montre l'intérêt de la métagénomique shotgun pour faire
progresser nos connaissances sur le microbiote du lait cru.
Importance
Le
microbiote du lait cru est affecté par de nombreux facteurs qui
peuvent contrôler ou favoriser l'introduction de micro-organismes
indésirables. Les agents de nettoyage à base de chlore ont été
couramment utilisés en raison de leur efficacité à maîtriser
les micro-organismes indésirables, mais ont été associés à la
formation de résidus de chlore qui nuisent à la qualité du produit
et peuvent avoir un impact sur la santé des consommateurs. Des
alternatives sans chlore ont été recommandées dans certains pays,
mais l'influence des agents de nettoyage
sur le microbiote du lait est inconnue. Ici, nous avons étudié
l'influence des méthodes de nettoyage et d'autres facteurs sur le
lait cru vrac dans un tank. Les résultats ont montré que la
saison et le lieu avaient une plus grande influence sur le microbiote
du lait que les agents de nettoyage utilisés. En effet, les
compositions similaires du microbiote du lait cru provenant
d’exploitations laitières qui utilisaient des méthodes de
nettoyage à base de chlore et de celles qui utilisaient des méthodes
de nettoyage sans chlore soutiennent l'utilisation ultérieure
d'agents de nettoyage sans chlore dans la production laitière.
Avis aux lecteurs
Voici une liste des rappels du 7 septembre 2021, 3 produits alimentaires.
«Le peroxyde d'hydrogène éloigne les bactéries intestinales de la muqueuse du côlon», source UC Davis Health.
L'étude de l'UC Davis Health propose une nouvelle approche de traitement de l'inflammation intestinale.
Des scientifiques de l'UC Davis Health ont découvert qu'une enzyme dans la muqueuse du côlon libère du peroxyde d'hydrogène (H2O2), un composé désinfectant connu, pour protéger le corps des microbes intestinaux.
Leur étude, publiée le 9 décembre dans la revue Cell Host and Microbe, met en lumière la façon dont les microorganismes sont organisés spatialement dans le côlon. Il appelle également à une nouvelle approche pour traiter l'inflammation intestinale.
La plupart des microbes résident dans le gros intestin, un environnement naturellement pauvre en oxygène. Ils forment une communauté appelée microbiote intestinal.
«Plus de la moitié du corps humain est constitué de microbes qui ne tolèrent pas très bien l'oxygène» a déclaré Andreas Bäumler, professeur de microbiologie médicale et d'immunologie et auteur principal de l'étude.
Le microbiote intestinal est éloigné de la surface du côlon. Cette séparation est essentielle pour éviter l'inflammation causée par des réponses immunitaires inutiles aux microbes intestinaux. Les scientifiques pensaient que la séparation spatiale était maintenue par l'oxygène libéré par les cellules pour empêcher les microbes de s'approcher trop près de la muqueuse intestinale. Cette étude renverse cette théorie.
«Nous avons examiné les relations spatiales entre les bactéries dans l'intestin et son hôte, le côlon», a déclaré Bäumler. « Nous avons découvert que les cellules de la muqueuse du côlon libèrent du peroxyde d'hydrogène, et non de l'oxygène, pour limiter la croissance microbienne.»
NOX1, une enzyme présente dans la muqueuse intestinale, fournit une source importante de H2O2 dans le côlon. Le H2O2 naturellement généré sert de filtre régulant localisation du microbiote dans le côlon. Les agents pathogènes qui utilisent le peroxyde d'hydrogène ne peuvent le faire que lorsqu'ils sont directement attachés à la muqueuse intestinale. Cette découverte suggère que le corps utilise le désinfectant pour protéger la surface muqueuse. Pendant ce temps, les communautés microbiennes éloignées de la surface du côlon restent indemnes.
Traiter l'inflammation intestinale avec une restauration naturelle du filtre, pas par des antibiotiques
Lorsque le corps subit un déséquilibre dans la communauté microbienne intestinale, il souffre de dysbiose, une affection gastro-intestinale. La dysbiose peut provoquer une inflammation et des symptômes tels que nausées, maux d'estomac et ballonnements. Les traitements traditionnels de la dysbiose reposent principalement sur l'utilisation d'antibiotiques ou de probiotiques pour cibler les bactéries.
Les résultats de la nouvelle étude indiquent la nécessité d'une approche différente pour traiter l'inflammation intestinale et la dysbiose. Ils ont souligné l'opportunité de restaurer les fonctions de l'hôte au lieu d'éliminer les microbes.
«Nous devons déplacer le centre d'intérêt des traitements de l'inflammation intestinale du ciblage des bactéries vers la fixation de filtres d'habitat de l'hôte et la restauration de leur fonctionnalité», a déclaré Bäumler.
«Quand des souches de E. coli jouent au jeu pierre-papier-ciseaux, ce n'est pas la plus forte souche qui survit», source UC San Diego.
Une nouvelle étude de l'UC San Diego révèle une dynamique cachée des colonies de bactéries.
Les bactéries sont partout autour de nous, pas seulement dans les salles de bain ou les plans de travail de la cuisine, mais aussi à l'intérieur de notre corps, y compris dans les tumeurs, où le microbiote se développe souvent. Ces «petites écologies» peuvent détenir la clé des thérapies médicamenteuses contre le cancer et en apprendre davantage à leur sujet peut aider à développer de nouveaux traitements vitaux.
Que se passe-t-il lorsque différentes souches de bactéries sont présentes dans le même système? Coexistent-elles? Les plus fortes survivent-elles ? Dans un jeu microbien de pierre-papier-ciseaux, des chercheurs de l’Institut BioCircuits de l’Université de Californie à San Diego ont découvert une réponse surprenante. Leurs résultats intitulés « Survival of the weakest in non-transitive asymmetric interactions among strains of E. coli » (Survie des interactions asymétriques non transitives parmi les souches de E. coli les plus faibles), ont été publiés dans une édition récente de Nature Communications.
L'équipe de recherche était composée du professeur de bioingénierie et de biologie moléculaire Jeff Hasty, Michael Liao et Arianna Miano, tous deux étudiants diplômés en bioingénierie et Chloe Nguyen, étudiante de premier cycle en bioingénierie. Ils ont conçu trois souches de E. coli (Escherichia coli) afin que chaque souche produise une toxine qui pourrait tuer une autre souche, tout comme un jeu de pierre-papier-ciseaux.
Lorsqu'on lui a demandé comment l'expérience avait eu lieu, Hasty a commenté: «En biologie synthétique, les circuits géniques complexes sont généralement caractérisés par des bactéries qui poussent dans des cultures liquides bien mélangées. Cependant, de nombreuses applications impliquent des cellules qui sont limitées à se développer sur une surface. Nous voulions comprendre le comportement des petites écologies artificielles lorsque les espèces en interaction se développent dans un environnement plus proche de la façon dont les bactéries sont susceptibles de coloniser le corps humain.»
Les chercheurs ont mélangé les trois populations et les ont laissées pousser sur une boîte de Petri pendant plusieurs semaines. Lorsqu'ils sont revenus, ils ont remarqué que, dans plusieurs expériences, la même population occupait toute la surface - et ce n'était pas la plus forte (la souche avec la toxine la plus puissante). Curieux de connaître les raisons possibles de ce résultat, ils ont conçu une expérience pour dévoiler les dynamiques cachées en jeu.
Il y avait deux hypothèses, soit la population moyenne (appelée «l'ennemie de la plus forte» comme la souche que la plus forte voudrait attaquer) va gagner, soit la population la plus faible va gagner. Leur expérience a montré que, étonnamment, la deuxième hypothèse était vraie: la population la plus faible a systématiquement pris le dessus sur la boîte.
Pour en revenir à l'analogie pierre-papier-ciseaux, si nous supposons que la souche «pierre» de E.coli a la toxine la plus forte, elle tuera rapidement la souche «ciseaux». Puisque la souche ciseaux était la seule capable de tuer la souche «papier», la souche de papier n'a plus d'ennemi. Elle est libre de nuire à la souche pierre sur une période de temps, tandis que la souche pierre est incapable de se défendre.
Pour donner un sens au mécanisme derrière ce phénomène, les chercheurs ont également développé un modèle mathématique qui pourrait simuler des combats entre les trois populations en partant d'une grande variété de profils et de densités. Le modèle a pu montrer comment les bactéries se comportaient dans plusieurs scénarios avec des modèles spatiaux communs tels que des rayures, des amas isolés et des cercles concentriques. Ce n'est que lorsque les déformations ont été initialement réparties dans le modèle d'anneaux concentriques avec le plus fort au milieu, qu'il a été possible pour la plus forte contrainte de prendre le dessus sur la boîte de gélose.
On estime que les microbes sont plus nombreux que les cellules humaines 10 contre 1 dans le corps humain et plusieurs maladies ont été attribuées à des déséquilibres au sein de divers microbiomes. Les déséquilibres au sein du microbiome intestinal ont été liés à plusieurs troubles métaboliques et inflammatoires, au cancer et même à la dépression. La capacité de concevoir des écosystèmes équilibrés qui peuvent coexister pendant de longues périodes peut offrir de nouvelles possibilités passionnantes pour les biologistes synthétiques et de nouveaux traitements de santé. Les recherches menées par le groupe de Hasty peuvent aider à jeter les bases d’un jour, concevoir des microbiomes synthétiques sains qui peuvent être utilisés pour fournir des composés actifs pour traiter divers troubles métaboliques ou maladies et tumeurs.
La vice-chancelière de la recherche, Sandra Brown, a déclaré: «L'association de la biologie moléculaire et de la bioningénierie a permis la découverte avec le potentiel d'améliorer la santé des personnes dans le monde. Il s'agit d'une découverte qui ne s'est peut-être jamais produite s'ils ne travaillaient pas en collaboration. C'est un autre témoignage de la puissance de la recherche multidisciplinaire de l'UC San Diego.»
Modèle informatique de trois souches de E. coli, placées en groupes, pour voir quelle souche dominera. Etude menée par UC San Diego's BioCircuits Institute.
« Un peptide antimicrobien GH12 prévient la carie dentaire en régulant le microbiote de la plaque dentaire », source Applied and Environmental Microbiology.
En raison de la microécologie complexe et du microenvironnement de la plaque dentaire, de nouvelles stratégies de prévention des caries nécessitent une modulation écologique des communautés microbiennes et une réduction efficace des propriétés cariogènes.
Le peptide antimicrobien GH12 a réduit la production d'acide lactique et la synthèse d'exopolysaccharides (EPS) d'un biofilm de Streptococcus mutans et d'un biofilm avec trois espèces invitro dans des études antérieures.
Cependant, les effets anticaries et les effets microécologiques de la GH12 devaient encore être étudiés dans un modèle de biofilm complexe in vitro et un modèle de carie animale in vivo.
Dans la présente étude, le GH12 à 64 mg/litre a montré une inhibition la plus efficace de la production d'acide lactique, la synthèse d'EPS, la baisse du pH et l'intégrité de biofilms multi-espèces dérivés de la plaque dentaire humaine in vitro, et le GH12 à 64 mg/litre a donc été choisi pour être utilisé dans des essais ultérieurs in vitro et in vivo.
Lorsqu'ils ont été traités avec 64 mg/litre de GH12, les biofilms multi-espèces dérivés de la plaque dentaire prélevés sur des volontaires sains ont conservé leur diversité microbienne et ont montré une structure de communauté microbienne similaire à celle du groupe témoin.
Dans le modèle de carie chez le rat avec un régime favorisant la carie, le GH12 à 64 mg/litre régulait le microbiote de la plaque dentaire, dans lequel l'abondance des bactéries associées à la carie était diminuée et l'abondance des bactéries commensales augmentée.
En outre, 64 mg/litre de GH12 ont considérablement réduit les scores de carie des caries sulcales et des surfaces lisses à tous les endroits. En conclusion, GH12 a inhibé les propriétés cariogènes de la plaque dentaire sans perturber le microbiote de la plaque dentaire des individus en bonne santé et le GH12 a régulé l'écologie microbienne dysbiotique et a arrêté le développement de la carie dans des conditions cariogéniques.
Importance
Les effets anticaires et les effets de la régulation microécologique du peptide antimicrobien GH12 ont été systématiquement évalués in vitro et in vivo. Le GH12 a inhibé la virulence cariogénique de la plaque dentaire sans intervenir de façon excessive dans l'écologie microbienne d'individus sains in vitro. Le GH12 a régulé l'écologie microbienne de la plaque dentaire dans une certaine mesure in vivo dans des conditions cariogènes, a augmenté la proportion de bactéries commensales et diminué l'abondance de bactéries associées à la carie. Le GH12 a considérablement réduit l'incidence et la gravité des caries dentaires in vivo. Cette étude décrit ainsi une thérapie antimicrobienne alternative pour les caries dentaires.
