Un logiciel d'imagerie soutient des initiatives en sécurité des aliments

« Un logiciel d'imagerie soutient des initiatives en sécurité des aliments », source UGA Today.

Le logiciel peut identifier les nuisibles et fournir un diagnostic pide sur les expéditions alimentaires.

De nombreux pays sont aux prises avec des envois d'aliments endommagés ou détruits par des insectes envahissants et des maladies des plantes.

Selon l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), entre 20% et 40% de la production agricole mondiale est perdue à cause des ravageurs, les maladies des plantes coûtant à l'économie mondiale environ 220 milliards de dollars et les insectes envahissants environ 70 milliards de dollars.

L'Université de Géorgie a développé une technologie pour identifier ces nuisibles et s'associe maintenant à une organisation gouvernementale d'Amérique centrale - OIRSA - pour mettre en œuvre cet outil utile.

Le nouvel accord de licence permettra à OIRSA, qui signifie Organismo Internacional Regional de Sanidad Agropecuaria, d'aider les pays d'Amérique centrale à s'attaquer à ce problème persistant avec les expéditions alimentaires.

Il les positionne également pour faire avancer leurs recherches en phytopathologie, en santé agricole et en sécurité des alimentas tout en développant un système d'alerte rapide pour les fléaux et les maladies agricoles.

« L'importance du système de diagnostic numérique à distance au Mexique, en Amérique centrale et en République dominicaine est cruciale », a déclaré Raúl Rodas, directeur régional des services de quarantaine pour OIRSA. « L'identification correcte des organismes nuisibles, qui sont détectés dans les expéditions de fret, de colis ou de bagages, réduit non seulement le risque d'intrusion d'organismes nuisibles et les délais pour l'arrivée des cargaisons, mais elle réduit également les coûts de transaction pour les importateurs et les exportateurs. »

Imagerie de pointe

Développé conjointement en 1997 par des chercheurs et des professionnels des technologies de l’information du Collège des sciences de l’agriculture et de l’environnement de l’UGA, le Distance Diagnostics through Digital Imaging (DDDI pour Diagnostic à distance grâce à la technologie d’imagerie numérique) fournit une imagerie de pointe pour mieux évaluer les maladies et les facteurs d’infestation menant à la perte de récoltes.

Bien que la technologie existe depuis de nombreuses années, c'est la première fois qu'elle sera utilisée en Amérique centrale.

« Grâce à l'utilisation du système DDDI, il y a eu de nombreux cas où des pertes substantielles de récoltes ont été évitées et des épidémies potentielles de maladies ou de ravageurs ont été maîtrisées », a déclaré Brian Watson, directeur informatique du bureau des technologies de l'information de la CAES. « En tant que chef de file dans ce domaine, l'UGA s'est engagée à concevoir, développer et héberger des solutions DDDI personnalisées pour au moins 15 institutions et organisations au fil des ans. »

Engagement dans les partenariats internationaux

L'UGA et Innovation Gateway se sont engagés à établir et à renforcer des partenariats internationaux non seulement pour profiter à la communauté mondiale de la recherche et étendre la portée commerciale de l’UGA, mais aussi pour soutenir les efforts humanitaires dans le monde entier. Afin de promouvoir la mission de l’OIRSA au nom du bien public et des pays qu’elle dessert, l'UGA a émis gratuitement d'un contrat de licence - d’une valeur maximale de 25 000 dollars.

« Nous n’accordons pas souvent de licences gratuites aux organisations à but non lucratif et cette offre n’est pas automatique », a expliqué Gennaro Gama, responsable des licences d’Innovation Gateway en charge de cet accord.

« Cependant, si les utilisations humanitaires, telles que l'éducation, la sécurité publique ou les maladies tropicales/mondiales négligées, sont recherchées par le titulaire de la licence, nous sommes heureux de délivrer des licences libres de droits pour ces utilisations. Souvent, et à la surprise du titulaire de licence, c'est nous qui suggérons cette voie. »

Avant le développement du DDDI, l'évaluation des échantillons et l'identification correcte des diagnostics pouvaient prendre des jours, voire des semaines. Grâce à l'imagerie numérique, le processus DDDI peut fournir une évaluation et un traitement recommandé presque immédiatement.

Des chercheurs développent un logiciel pour prédire la résistance des bactéries aux antibiotiques

« Des chercheurs développent un logiciel pour prédire la résistance des bactéries aux antibiotiques », source communiqué du 6 juillet 2020 de la Washington State University.

Des chercheurs de la Washington State University ont développé un logiciel facile à utiliser pour identifier les gènes résistants aux antibiotiques dans les bactéries.

Le programme pourrait faciliter l'identification des bactéries mortelles résistantes aux antimicrobiens qui existent dans l'environnement. De tels microbes provoquent chaque année plus de 2,8 millions de pneumonies, d’infection de la circulation sanguine et d'autres infections difficiles à traiter et 35 000 décès aux États-Unis.

Les chercheurs, dont Abu Sayed Chowdhury, diplômé en informatique, Shira Broschat de la School of Electrical Engineering and Computer Science et Douglas Call, de la Paul G. Allen School for Global Animal Health, rendent compte de leurs travaux dans la revue Scientific Reports.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) se produit lorsque des bactéries ou d'autres micro-organismes évoluent ou acquièrent des gènes qui codent pour des mécanismes de résistance aux médicaments. Les bactéries qui causent des infections à staphylocoques ou des streptocoques ou des maladies telles que la tuberculose et la pneumonie ont développé des souches résistantes aux médicaments qui les rendent de plus en plus difficiles et parfois impossibles à traiter. Le problème devrait s'aggraver au cours des prochaines décennies en termes d'augmentation des infections, des décès et des coûts de santé à mesure que les bactéries évoluent pour «déjouer» un nombre limité de traitements antibiotiques.

« Nous devons développer des outils pour prédire facilement et efficacement la résistance aux antimicrobiens qui menace de plus en plus la santé et les moyens de subsistance dans le monde », a déclaré Chowdhury, auteur principal de l’article.

Le séquençage génétique à grande échelle étant devenu plus facile, les chercheurs recherchent des gènes de la RAM dans l'environnement. Les chercheurs se sont intéressés à connaître où les microbes vivent dans le sol et l'eau et comment ils pourraient se propager et affecter la santé humaine. Bien qu'ils soient capables d'identifier des gènes similaires aux gènes connus résistants à la résistance aux antimicrobiens, il leur manque probablement des gènes de résistance qui semblent très uniques du point de vue de la séquence protéique.

L'équipe de recherche WSU a développé un algorithme d'apprentissage automatique qui utilise les caractéristiques des protéines de la RAM plutôt que la similitude des séquences de gènes pour identifier les gènes de la RAM. Les chercheurs ont utilisé une approche de la théorie des jeux, un outil utilisé dans plusieurs domaines, en particulier en économie, pour modéliser les interactions stratégiques entre les joueurs de jeux, ce qui à son tour permet d'identifier les gènes de la RAM. En utilisant leur algorithme d'apprentissage automatique et leur approche de la théorie des jeux, les chercheurs ont examiné les interactions de plusieurs caractéristiques du matériel génétique, y compris sa structure et les propriétés physico-chimiques et de composition des séquences protéiques plutôt que simplement la similitude des séquences.

« Notre logiciel peut être utilisé pour analyser des données métagénomiques plus en profondeur que ne le feraient des algorithmes de correspondance de séquences simples », a dit Chowdhury. « Cela peut être un outil important pour identifier de nouveaux gènes de résistance aux antimicrobiens qui pourraient éventuellement devenir cliniquement importants. »

« La vertu de ce programme est que nous pouvons réellement détecter la RAM dans les génomes nouvellement séquencés », a déclaré Broschat. « C’est une façon d’identifier les gènes de la RAM et leur prévalence qui n’auraient pas pu être découverts autrement. C’est vraiment important. »

L'équipe de la WSU a examiné les gènes de résistance retrouvés dans les espèces de Clostridium, Enterococcus, Staphylococcus, Streptococcus et Listeria. Ces bactéries sont à l'origine de nombreuses infections majeures et maladies infectieuses, notamment les infections à staphylocoques, les intoxications alimentaires, la pneumonie et la colite mortelle due à C. difficile. Ils ont pu classer avec précision les gènes résistants avec une précision allant jusqu'à 90%.

Ils ont développé un progiciel qui peut être facilement téléchargé et utilisé par d'autres chercheurs pour rechercher la RAM dans de grands pools de matériel génétique. Le logiciel peut également être amélioré au fil du temps. Bien qu'il soit formé sur les données actuellement disponibles, les chercheurs seront en mesure de recycler l'algorithme à mesure que davantage de données et de séquences seront disponibles.

« Vous pouvez démarrer et améliorer le logiciel à mesure que des données plus positives deviennent disponibles », a dit Broschat.

Sur la piste des pathogènes avec un nouveau logiciel du BfR

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Sur la piste des pathogènes dans la viande, les œufs et le lait cru », source BfR 41/2019, du 31 octobre 2019.

Le symposium du BfR sur les tendances actuelles et les causes des éclosions de maladies d'origine alimentaire.

Pour rendre les aliments encore plus sûrs pour l'homme, des experts d'institutions scientifiques, d'autorités de réglementation des aliments et du monde des affaires discuteront des développements et des stratégies en cours lors du symposium « Zoonoses et sécurité des aliments » (Zoonoses and Food Safety) à l'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR) les 4 et 5 Novembre 2019, à Berlin-Marienfelde.

Parce que certains micro-organismes présents dans les aliments peuvent causer des problèmes de santé. Campylobacter dans le lait cru, Salmonella dans les œufs ou Listeria dans les aliments prêts à consommer entraînent souvent des éclosions touchant de nombreux patients.

Dans le cas de Listeria, cela inclut un nombre de décès supérieur à la moyenne. Le BfR a développé un outil numérique pour aider à clarifier les éclosions. « Le logiciel FoodChain-Lab nous permet de suivre les produits du fabricant à l'épicentre des cas de maladie », déclare le Dr. Andreas Hensel, président du BfR.

« Nous fournissons notre logiciel innovant aux utilisateurs intéressés du monde entier. » L'outil compare le profil génétique des pathogènes déterminés en laboratoire avec les dates de livraison de l'aliment en question, prouvant ainsi la source de la contamination. Le BfR continue de développer le logiciel convivial et de former les autorités civiles à son utilisation pour assurer une information rapide et fiable.

Même si la lutte contre Salmonella chez les volailles réduit le nombre d'infections humaines depuis des années, Salmonella reste un problème important. Une éclosion prolongée de salmonellose d'origine alimentaire sera rapportée à la réunion. La réunion discutera également des stratégies de réduction de Salmonella chez le porc.

Campylobacter, qui cause le plus grand nombre d'infections d'origine bactérienne d'origine alimentaire en Allemagne, compte environ 70 000 cas chaque année, en particulier chez les nourrissons et les jeunes adultes. Des éclosions de campylobactériose se sont produites en Allemagne ces dernières années, souvent chez des nourrissons ou des enfants d'âge scolaire ayant consommé du lait cru provenant de distributeurs automatiques de ferme lors de voyages scolaires. Afin de réduire les infections humaines à Campylobacter, une « approche One Health » introduit de nouvelles stratégies de prévention, de contrôle et de traitement issues de la recherche combinée en sciences vétérinaires, humaines et environnementales.

En outre, l'accent est de plus en plus mis sur les virus présents dans les aliments, car le nombre d'infections humaines liées au virus de l'hépatite E en Allemagne a considérablement augmenté ces dernières années. Celles-ci sont principalement dues au foie et aux saucisses crus insuffisamment cuits, c’est-à-dire à la consommation de viande, d’abats et de produits à base de porc ou de sanglier infectés. En outre, une épidémie d'hépatite A d'origine alimentaire sera rapportée.

Bien que la plupart des gens consomment rarement de la viande de gibier, telle que le cerf, le chevreuil et le sanglier, elle devient de plus en plus populaire. Les premiers résultats de l’étude du BfR sur la présence de parasites chez les animaux sauvages dans l’État fédéral allemand de Brandebourg montrent que les animaux sauvages pourraient être infectés par des toxoplasmes et que les sangliers pourraient être porteurs de la douve de Duncker. Les études sont à la base des risques possibles pour la santé humaine.

Des investigations sur d'autres agents pathogènes et des approches stratégiques en matière de détection précoce des risques complètent le programme.