Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission de la COVID-19

«Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission de la COVID-19», source ASM News du 31 mai 2023.

Les chats peuvent jouer un rôle dans la transmission du SRAS-CoV-2, et leur environnement contaminé (leur panier, dans cette étude) peut être infectieux, selon de nouvelles études. L'étude a été publiée dans Microbiology Spectrum, une revue de l'American Society for Microbiology. 

En pratique, après l'introduction du SRAS-CoV-2 dans notre foyer, nous devons considérer notre chat comme faisant partie de la famille en ce qui concerne la transmission du virus», a déclaré le co-auteur de l'étude, Wim van der Poel, professeur en virus émergents et zoonotiques, Wageningen University and Research, Pays-Bas. 

Van der Poel et ses collègues ont mené l'étude pour mieux comprendre le risque d'infection à la COVID-19 qui pourrait provenir de chats infectés par le SRAS-CoV-2. Dans l'étude, 16 chats ont été soit directement exposés au virus SARS-CoV-2 obtenu à partir d'un patient humain naturellement infecté, exposés indirectement à partir d’un chat directement exposé ou exposés à partir du panier dans lequel le chat infecté était hébergé. Tous les chats ont été régulièrement prélévés pendant toute la durée de l'étude. Des prélèvements nasaux, oropharyngés, de sang et environnementaux ont été analysés pour la présence de SRAS-CoV-2. Des prélèvements de sang ont également été testés pour le développement d'anticorps vis-à-vis du SARS-CoV-2. Les chats ont été prélevés pendant 3 semaines, en commençant le jour de l'exposition directe au virus. Des prélèvements nasaux et des prélèvements oropharyngés ont été prélevés 3 fois au cours de cette période. Des prélèvements oraux et rectaux ont été prélevés 15 fois au cours de cette période. 

Les chercheurs ont découvert que les chats sont sensibles au SRAS-CoV-2 et que les chats infectés peuvent transmettre le virus à d'autres chats et dans leur environnement. Ils ont découvert que l'environnement contaminé peut être infectieux, mais que cette infectiosité décroît rapidement. 

«La transmission du SRAS-CoV-2 entre les chats est efficace et peut être maintenue», a dit van der Poel. «Les infections des chats par exposition à un environnement contaminé par le SRAS-CoV-2 ne peuvent être ignorées si les chats sont exposés peu de temps après la contamination.»

La durée moyenne de contagiosité était d'un peu plus d'1/3 de jour. La durée de l'infectiosité a été calculée à partir des périodes pendant lesquelles le virus a été détecté dans les excréments (liquide oral et nasal ou matières fécales). 

«Nous n'avons pas exposé les humains aux chats infectieux. Nos manipulateurs d’animaux ont toujours été entièrement protégés», a déit van der Poel. «Nous devons supposer que les propriétaires de chats peuvent être infectés par des chats infectés par le SRAS-CoV-2 puisque ces chats excrètent un virus infectieux.»

Les chercheurs ont dit qu'ils continueraient à étudier la sensibilité au SRAS-CoV-2 chez différentes espèces animales et se concentreraient sur les risques de transmission du virus.

Mise à jour du 11 juin 2023

L'Anses parle d'anticipation mais c'est déjà une réalité ...

Allemagne : Des chercheurs estiment le coût des infections à Campylobacter

«Allemagne : Des chercheurs estiment le coût des infections à Campylobacter», source Food Safety News du 20 mai 2023.

Selon une étude, l'infection à Campylobacter et les maladies associées sont associées à une charge économique substantiel en Allemagne.

Des chercheurs ont analysé l'utilisation des soins de santé et les coûts directs et indirects de Campylobacter et les problèmes de santé de longue durée nécessitant des soins intensifs des patients à partir des données de l'assurance maladie avec 26 millions de membres en Allemagne.

Les données de sinistres des assurés ayant au moins un diagnostic de Campylobacter en 2017 ont été fournies, dont 9 945 ont été incluses dans l'analyse publiée dans la revue Plos One, « Health care utilizations and costs of Campylobacter enteritis in Germany: A claims data analysis».

L’étude a montré un taux de diagnostic de Campylobacter inférieur à celui des données de surveillance allemandes pour 2017, mais avec une répartition par âge, sexe et région similaire. Selon les données de surveillance et les données sur les demandes de remboursement, les taux étaient les plus faibles dans le groupe d'âge des 5 à 14 ans et les plus élevés chez les femmes de 20 à 24 ans.

Certaines personnes ont développé une arthrite réactive post-infectieuse, le syndrome de Guillain-Barré (SGB), une maladie inflammatoire de l'intestin (MICI) et/ou le syndrome du côlon irritable (SCI).

Estimations du coût total

Les coûts moyens spécifiques à Campylobacter par patient recevant des soins ambulatoires étaient de 524 euros sur une période de 12 mois, tandis que les coûts par cas hospitalisé s'élevaient à 2 euros. Les coûts partiels analysés variaient entre 221 euros pour le SCI et 22 721 euros pour le SGB par patient et pour 12 mois. Les coûts totaux de l'infection à Campylobacter et de ses séquelles en Allemagne en 2017 se situaient entre 74,25 et 95,19 millions d'euros.

Des données ont également été fournies pour un groupe témoin. Pour chaque assuré ayant au moins un diagnostic de Campylobacter en 2017, trois assurés sélectionnés au hasard correspondant en termes d'âge, de sexe et de lieu de résidence ont été inclus.

Environ la moitié de la population de l'étude était une femme et l'âge médian était de 47 ans. La période d'étude pour chaque patient et témoin variait entre 21 et 36 mois.

Sur la base de l'utilisation des soins de santé spécifiques à Campylobacter, 63,7% des patients ont été classés comme cas modérés et 36,3% comme cas graves. Plus d'un diagnostic de Campylobacter au cours de la période analysée a été posé pour certains patients.

Les coûts directs des soins de santé correspondent aux paiements effectués par l'assurance et aux co-paiements par les patients selon les données sur les cas de maladie. Les coûts indirects ont été calculés en multipliant l’incapacité de travail par le coût salarial moyen. Les coûts des soins médicaux en milieu hospitalier, de la rééducation et des incapacités de travail liées aux diagnostics de Campylobacter ou des séquelles ont été évalués séparément pour chaque patient.

Impact de la gravité de la maladie sur le coût

Près de 4 500 patients ont eu un séjour hospitalier associé à Campylobacter. L'hospitalisation avec les principaux diagnostics d’infection à Campylobacter a duré en moyenne cinq jours, tandis que les femmes et les patients plus âgés avaient une durée plus longue.

Pour les patients modérés âgés de 15 à 64 ans, les incapacités de travail ont duré en moyenne 8 jours, soit plus que les 3 jours pour les patients hospitalisés. Cependant, la proportion de patients ayant des problèmes au travail était plus élevée chez les personnes atteintes d’infection grave à Campylobacter que chez celles modérément touchées.

La proportion la plus élevée d'hospitalisations concernait les patients atteints de SGB, avec un séjour moyen de 21 jours tous les ans et demi. Les incapacités de travail étaient les plus courantes et les plus longues chez les patients atteints de SGB, tandis que ceux qui présentaient d'autres séquelles avaient de courtes absences au travail allant jusqu'à cinq jours par an.

Les coûts différaient selon les tranches d'âge : les patients âgés de plus de 65 ans développaient les coûts directs les plus élevés, tandis que les dépenses indirectes étaient principalement engagées par les patients âgés de 15 à 64 ans. Les femmes présentaient des coûts légèrement plus élevés pour les soins médicaux ambulatoires et les médicaments prescrits, tandis que les hommes atteints de maladies graves avaient tendance à avoir coûts indirects plus élevés.

Le coût total de la maladie était le plus faible pour les patients âgés de cinq à 14 ans et le plus élevé pour le groupe d'âge de 30 à 64 ans pour les infections à Campylobacter modérées et sévères (ou graves).

Les hospitalisations étaient le facteur de coût le plus important pour les patients gravement touchés. Pour les patients atteints d’infections à Campylobacter modérées, les pertes de productivité représentaient la plus grande part.

Commentaire

Je n'ai pas connaissance d'une étude sur le coût des maladies infectieuses d'origine alimentaire en France, mais je suis preneur ...

Des chercheurs américains rapportent une infection des voies urinaires causée par E. coli pan-résistant

«Des chercheurs américains rapportent une infection des voies urinaires causée par E. coli pan-résistant», source article de Chris Dall paru 18 mai 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs de la Johns Hopkins University School of Medicine ont rapporté avoir identifié ce qu'ils pensent être le premier cas clinique aux États-Unis d'un patient atteint d'une infection présentant une résistance à tous les antibiotiques bêta-lactamines disponibles.

Dans un article de cas publié dans Open Forum Infectious Diseases, les chercheurs ont dit que l'homme de 66 ans s'était rendu en Inde pour recevoir une greffe de rein en janvier 2022 et avait été traité au Johns Hopkins Health System pour une cystite (inflammation de la vessie) plusieurs fois depuis de juin à septembre 2022. L'homme a ensuite développé une pyélonéphrite (infection rénale) causée par Escherichia coli producteurs de New Delhi métallo-bêta-lactamase (NDM).

Bien que les résultats des tests de sensibilité aux antimicrobiens aient indiqué une résistance à la fois au céfidérocol et à la ceftazidime-avibactam plus aztréonam (CZA-ATM), les schémas thérapeutiques préférés pour les infections productrices de NDM, il a continué à prendre du CZA-ATM et a connu une rechute 3 semaines plus tard.

D'autres tests de sensibilité aux antimicrobiens ont indiqué une résistance à toutes les bêta-lactamines. Le séquençage du génome entier (WGS) d'isolats de E. coli prélevés sur le patient après sa greffe du rein et pendant le traitement de l'infection a montré qu'ils appartenaient à la séquence type (ST) 167, qui a été reconnu comme un clone international à haut risque. Le ST contenait une seule copie du gène blaNDM-5, ainsi que des gènes conférant une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines de première génération, aux aminoglycosides, au triméthoprime, au sulfaméthoxazole et aux macrolides.

Le WGS a également révélé une mutation dans la protéine de liaison à la pénicilline 3, la protéine mutante CirA et l'expression du gène blaCMY, une combinaison qui, selon les auteurs de l'étude, assure presque la résistance au céfidérocol et au CZA-ATM. Ils pensent que le patient a probablement été colonisé par E. coli producteurs de NDM alors qu'il était en Inde.

«Indépendamment des coupables probables de la pan-résistance aux-β-lactames observées, ce cas est inquiétant étant donné que les isolats cliniques de E. coli ST167 hébergeant les gènes blaNDM-5 sont de plus en plus reconnus comme un clone international à haut risque», ont-ils écrit. «E. coli ST167 a été associé à des facteurs de virulence uniques (par exemple, de nouveaux groupes de gènes de synthèse capsulaire) ; la combinaison de la résistance et de la virulence les rend mûrs pour une diffusion mondiale.»

Commentaire
Récemment un rapport de l'ECDC avait noté une augmentation des cas à E. coli NDM-5, une superbactérie en expansion.

NB : La photo représente E. coli producteur de bêta-lactamases à spectre étendu (CDC).

Des phages candidats prometteurs pour le contrôle biologique de Bordetella avium

Des chercheurs ont isolé et caractérisé 7 phages ciblant Bordetella avium, la cause de la bordetellose chez la volaille. Avec leur large gamme d'hôtes et leurs effets lytiques, les phages peuvent être des candidats prometteurs pour le contrôle biologique de Bordetella avium. L’étude, «Characterization of Temperate LPS-Binding Bordetella avium Phages That Lack Superinfection Immunity», a été publiée en accès libre dans Microbiology Spectrum.

Résumé

Bordetella avium provoque une maladie des voies respiratoires supérieures hautement contagieuse chez les dindes et autres volailles avec des pertes économiques élevées. Compte tenu de la crise de la résistance aux antimicrobiens, les bactériophages (phages) peuvent constituer une approche alternative pour traiter les infections bactériennes telles que la bordetellose. Nous décrivons ici sept phages de B. avium, isolés de l'eau potable et des excréments d'élevages de poulets et de dindes. Ils ont montré une forte activité bactériolytique avec une large gamme d'hôtes et ont utilisé des lipopolysaccharides (LPS) comme récepteur hôte pour leur adsorption. Tous les phages sont des myovirus d'après leur structure observée par microscopie électronique à transmission. Les analyses de la séquence du génome ont révélé des tailles d'assemblage du génome allant de 39 087 à 43 144 bp. Leurs génomes permutés ont été organisés de manière colinéaire, avec un ordre de module conservé, et ont été conditionnés selon une stratégie de conditionnement prédite. Notamment, ils contenaient des gènes codant pour des marqueurs putatifs de la lysogénie, indicatifs de phages tempérés, malgré leur phénotype lytique. Une investigation plus approfondie a révélé que les phages pouvaient en effet subir un cycle de vie lysogène avec une fréquence variable. Cependant, les bactéries lysogènes étaient toujours sensibles à la surinfection avec les mêmes phages. Cette absence d'immunité stable contre la surinfection après lysogénisation semble être une caractéristique des phages de B. avium, ce qui est favorable en termes d'utilisation thérapeutique potentielle des phages pour le traitement de la bordetellose aviaire.

Importance

Pour maintenir l'efficacité des antibiotiques sur le long terme, des alternatives pour traiter les maladies infectieuses sont nécessaires de toute urgence. Par conséquent, les phages sont récemment revenus sur le devant de la scène car ils peuvent infecter et lyser spécifiquement les bactéries et sont d'origine naturelle. Cependant, il existe peu d'informations sur les phages qui peuvent infecter les bactéries pathogènes des animaux, comme l'agent causal de la bordetellose de la volaille, B. avium. Par conséquent, dans cette étude, les phages de B. avium ont été isolés et caractérisés de manière exhaustive, y compris l'analyse du génome entier. Bien que l'on pense phénotypiquement que les phages subissent un cycle lytique, nous avons démontré qu'ils subissent une phase lysogène, mais que l'infection ne confère pas une immunité stable à la surinfection de l'hôte. Ces résultats fournissent des informations importantes qui pourraient être pertinentes pour le contrôle biologique potentiel de la bordetellose aviaire en utilisant la phagothérapie.

Un rapport souligne le rôle de l'hygiène et de la prévention des infections dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens

«Un rapport souligne le rôle de l'hygiène et de la prévention des infections dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens», source article de Chris Dall paru le 5 mai 2023 dans CIDRAP News.

Un rapport du Global Hygiene Council (GHC) appelle les gouvernements et les responsables de la santé à se concentrer davantage sur la prévention des infections dans leurs efforts pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens (RAM) et d'autres menaces des maladies infectieuses.

La recommandation est l'une des quatre étapes suggérées pour améliorer et maintenir l'adoption de bonnes pratiques d'hygiène, conduire des changements dans les politiques de santé publique et renforcer la préparation aux futures pandémies. Les étapes ont été identifiées par un panel mondial d'experts convoqué par le GHC en 2022.

Les autres étapes consistent à utiliser les leçons d'hygiène tirées de la COVID-19, y compris l'importance du lavage des mains et du port du masque, pour guider les futures campagnes de santé publique, quantifier les avantages économiques de l'hygiène et établir de bonnes habitudes d'hygiène.

Les experts du GHC ont convenu lors de la réunion que les pratiques d'hygiène visant à prévenir les infections, telles que le nettoyage ciblé des surfaces des zones à fort contact dans les hôpitaux, peuvent contribuer à réduire le besoin d'antibiotiques et doivent être envisagées parallèlement aux interventions spécifiques à la RAM, telles que la gestion des antimicrobiens et le développement de nouveaux antibiotiques. Ils ont également exhorté les pays à adapter leurs plans d'action nationaux sur la résistance aux antimicrobiens pour inclure les recommandations de Water, Sanitation and Hygiene (WASH) de l’OMS pour les environnements domestiques et communautaires.

Selon le rapport, seuls 11 des 77 plans d'action nationaux sur la résistance aux antimicrobiens répertoriés sur le site Internet de l'OMS intègrent les recommandations WASH pour les milieux communautaires.

Le rapport exhorte les futures campagnes de santé publique et les politiques de prévention et de contrôle des infections à garantir l'accès à l'eau potable et aux ressources d'hygiène pour aider à prévenir la propagation des infections, y compris celles qui sont résistantes aux médicaments, et à fournir des informations claires et pratiques sur les pratiques fondées sur des données probantes.

«Une augmentation prévue du risque d'endémies, d'épidémies et de pandémies coïncide avec l'augmentation de la résistance aux antimicrobiens (RAM), souvent appelée la pandémie silencieuse», a dit la présidente du GHC, Elizabeth Scott, dans le rapport. «Il n'y a jamais eu autant besoin de réduire la propagation des maladies infectieuses en utilisant des pratiques d'hygiène efficaces pour protéger la santé publique.»

Les pandémies les plus mortelles au 20e et 21e siècle :

- 1918-1919 : Grippe espagnole ; décès : 40-50 millions
- 1981 à ce jour : VIH/SIDA ; décès : 40,1 millions
- 2019 : RAM ; décès : 4,95 millions
- 2020 à ce jour : COVID-19 ; décès : 6,5 millions

L’hygiène est la clé pour prévenir la transmission.

Une étude établit un lien entre les voyages internationaux et le risque accru de Salmonella résistant aux antibiotiques

«Une étude établit un lien entre les voyages internationaux et le risque accru de Salmonella résistant aux antibiotiques» , source article de Chris Dall paru le 2 mai 2023 dans CIDRAP News.

Une analyse des infections à Salmonella non typhiques (SNT) signalées aux États-Unis suggère que les voyages internationaux sont un facteur de risque important pour la résistance aux antibiotiques, ont rapporté des chercheurs américains dans le Journal of Infectious Diseases.

Bien que la plupart des 1,35 million d'infections à SNT qui surviennent chaque année aux États-Unis ne nécessitent pas de traitement antibiotique, des antibiotiques sont nécessaires pour les infections invasives plus graves, et environ 16% des infections à SNT signalées sont résistantes aux antibiotiques. Pour évaluer les liens documentés entre les voyages internationaux et les infections à SNT résistantes aux antibiotiques, une équipe dirigée par des chercheurs des Centers for Disease Control and Prevention a analysé les infections à SNT signalées au Foodborne Diseases Active Surveillance Network en 2018-2019 qui ont fait l'objet d'un dépistage des gènes de résistance, y compris ceux conférant une résistance aux agents de première intention (ciprofloxacine, ceftriaxone ou azithromycine). Ils ont utilisé une analyse de régression multivariée pour estimer la contribution des voyages internationaux aux infections à SNT résistantes aux antibiotiques.

Parmi les 9 301 cas d’infection à SNT avec des isolats séquencés et un statut de voyage connu, 1 159 (12%) sont survenues après un voyage international récent. Parmi les 1 220 cas d’infections avec une résistance prévue aux antibiotiques de première intention, 30% concernaient des voyageurs et 19% étaient estimées être attribuables à des voyages internationaux au cours des 7 jours précédant le début de la maladie.

Ajustées en fonction de l'âge, du sexe et de la saison, les infections à SNT suite à un voyage récent étaient plus susceptibles d'avoir prédit une résistance aux antibiotiques de première ligne par rapport aux non-voyageurs (l’odds ratio ajusté [ORa], 3,7 ; intervalle de confiance [IC] à 95%, 3,2 à 4.3). Les risques de résistance prédite aux antibiotiques de première intention étaient les plus élevés chez les voyageurs en Asie (ORa, 7,2 ; IC à 95%, 5,5 à 9,5). L'incidence la plus élevée d'infections résistantes aux antibiotiques de première ligne a été observée en Amérique latine et dans les Caraïbes (3 pour 100 000 voyageurs).

Les auteurs de l'étude disnt que l'association entre les voyages et la résistance aux antibiotiques pourrait être liée à une pression de sélection accrue pour les gènes de résistance dans des régions particulières résultant de l'utilisation d'antibiotiques en médecine humaine, mais pourrait également être liée à l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux. Ils disent également que l'utilisation du séquençage du génome entier pour la surveillance de SNT peut aider à suivre les souches résistantes.

«Comprendre les risques d'infection résistante pourrait aider à cibler les efforts de prévention», ont-ils dit.

La FDA approuve un médicament oral à base de microbiote fécal pour prévenir l'infection récurrente à Clostridioides difficile

«La FDA approuve un médicament oral pour prévenir l'infection récurrente à Clostridioides difficile», source article de Lisa Schnirring paru le 28 avril 2023 dans CIDRAP News.

La Food and Drug Administration (FDA) a annoncé cette semaine l'approbation du premier microbiote fécal qui peut être pris par voie orale pour la prévention de l'infection récurrente à Clostridioides difficile (ICD) chez les personnes âgées de 18 ans et plus à la suite d’un traitement antibactérien suite à son état.

Le produit, appelé Vowst et fabriqué par Seres Therapeutics, basée au Massachusetts, contient des bactéries vivantes provenant de matières fécales humaines données par des personnes qualifiées. Les patients prennent quatre gélules une fois par jour pendant 3 jours consécutifs.

Dans un communiqué du 26 avril, Peter Marks, qui dirige le Center for Biologics Evaluation and Research de la FDA, a déclaré : «La disponibilité d'un produit de microbiote fécal qui peut être pris par voie orale est une avancée significative dans l'amélioration des soins aux patients et de l'accessibilité. pour les personnes qui ont souffert de cette maladie qui peut être potentiellement mortelle.»

Clostridioides difficile est l'une des infections associées aux soins de santé les plus courantes du pays et est liée à 15 000 à 30 000 décès chaque année. Le traitement antibiotique peut modifier les micro-organismes dans l'intestin, et d'autres facteurs tels que l'âge et le fait de vivre dans une maison de retraite peuvent augmenter le risque d'ICD. Les options de traitement sont limitées, mais on pense que l'administration de microbiote fécal rétablit la flore intestinale pour prévenir davantage d'épisodes d'ICD.

L'approbation fait suite à la publication en février des résultats d'un essai clinique de phase 3 , qui a révélé que la thérapie du microbiome, anciennement appelée SER-109, était bien tolérée et présentait un bénéfice clinique. Les chercheurs ont conclu que les données confirment le rôle important du médicament dans le cadre d'un changement de paradigme dans le traitement des ICD récurrentes.

La FDA a noté que les effets secondaires les plus courants étaient les ballonnements abdominaux, la fatigue, la constipation, les frissons et la diarrhée. Lorsque la société a demandé une licence, la FDA lui a accordé un examen prioritaire, une thérapie révolutionnaire et la présence de médicament orphelin. En 2021, Seres et Nestlé Health Science ont signé un accord pour commercialiser conjointement la thérapie aux États-Unis et au Canada. En décembre 2022, la FDA a approuvé le premier microbiote fécal préventif pour l'ICD, Rebyota, qui est administré par lavement.

NB : Photo de Seres Therapeutics

Quand les phages attaquent : Un taux de réussite élevé pour la phagothérapie, selon des chercheurs

«Des chercheurs israéliens signalent un taux de réussite élevé pour la phagothérapie à usage compassionnel», source article de Chris Dall paru 24 avril 2023 dans CIDRAP News.

Un traitement compassionnel permet l'utilisation thérapeutique de médicaments sans autorisation de mise sur le marché (AMM) pour des malades en impasse thérapeutique.

Des chercheurs de l’Israeli Phage Therapy Center (IPTC)  ont rapporté la semaine dernière dans Open Forum Infectious Diseases que 78% des traitements avec des bactériophages à usage compassionnel administrés aux patients depuis 2018 ont abouti à un résultat favorable.

Depuis sa création en 2018 par le Hadassah Medical Center et l'Hebrew University de Jérusalem, l'IPTC a reçu 159 demandes d'utilisation compassionnelle de la phagothérapie pour des infections qui avaient précédemment échouées, 145 en Israël et le reste aux États-Unis, en Finlande et en Allemagne. Parce qu'il n'y a pas de normalisation sur l'autorisation ou l'approbation des phages, qui sont des virus spécifiques aux bactéries qui sont apparus comme une thérapie prometteuse pour les infections résistantes aux antibiotiques, tous les traitements de phagothérapie sont considérés comme une thérapie compassionnelle.

Les infections osseuses et respiratoires étaient les indications les plus courantes des demandes de phages, et les bactéries les plus courantes étaient Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii et Staphylococcus aureus. Dans les cas où la phagothérapie a été administrée, la résistance aux antibiotiques représentait 50% des cas, les bactéries multirésistantes étant la raison la plus fréquente (38%) de la demande de phages.

Dans 53 cas, des correspondances potentielles de phages ont été trouvées, mais seulement 20 traitements chez 18 patients ont été administrés ; dans les 33 cas restants, la phagothérapie n'a pas été poursuivie pour diverses raisons. Sur les 18 patients ayant reçu une phagothérapie intraveineuse, 14 (78%) ont obtenu une rémission clinique et 4 (22%) ont été classés comme échec thérapeutique. Aucun effet secondaire majeur n'a été signalé.

«L'utilisation de phages avec une thérapie supplémentaire a entraîné un taux de réponse élevé», ont écrit les auteurs de l'étude. «Le succès observé a également entraîné une augmentation substantielle des demandes de phagothérapie, ce qui est difficile en raison de la disponibilité réduite des phages de qualité humaine et du manque d'indications autorisées appropriées.»

Les auteurs disent que bien que la taille de l'échantillon soit petite, ils espèrent que le partage de ces informations, ainsi que la conduite d'essais cliniques, aideront à mieux définir les indications futures de la phagothérapie et à améliorer les résultats.

Le moustique, ennemi public n° 1 ?

Dengue, chikungunya, fièvre jaune, Zika… Tant de noms de maladies que l’on a appris à redouter, mais sans forcément comprendre comment elles peuvent arriver jusqu’à nous. C’est l’objet du livre Le moustique, ennemi public n°1 ?, paru le 1er décembre 2022 aux éditions Quae. Ce livre a été coécrit par Anna-Bella Failloux, cheffe de l’unité Arbovirus et insectes vecteurs à l’Institut Pasteur. Ses travaux se concentrent principalement sur les façons dont les arbovirus, un ensemble de virus transmis par les moustiques, peuvent par ce biais contaminer les animaux vertébrés tels que les humains. 

Contrairement à ce que l’on peut penser, les moustiques ne se nourrissent pas de sang, mais de nectar de fleurs. Seules les femelles peuvent avoir besoin de sang pour, spécifiquement, fabriquer leurs œufs. «Sur les 3500 espèces de moustiques présentes sur terre, seul 15% d’entre elles piquent les humains» explique Anna-Bella Failloux. «Or, un seul moustique peut porter près de dix milliards de particules virales sans subir lui-même d’effets délétères. C’est pour cela que l’on peut appeler ces moustiques des réservoirs à virus.»

Gardons cependant en tête qu’un moustique ne pique pas l’humain avec pour intérêt de transmettre le virus : c’est plutôt le virus qui infecte le moustique pour finalement être transmis à l’humain. Hormis cela, les moustiques sont des pollinisateurs qui permettent à des espèces florales de se développer. Ils sont aussi un maillon de la chaîne alimentaire, et participent en outre à la régulation des populations animales.

Deux espèces de moustiques représentent indirectement une menace pour les populations humaines : le moustique tigre Aedes albopictus et son cousin Aedes aegypti. Ce sont les vecteurs d’arbovirus responsables de maladies graves telles que la dengue, le chikungunya, ou encore Zika. Leurs œufs peuvent survivre plusieurs mois dans des milieux secs tels que les pneus, ce qui leur permet de franchir rapidement les distances. Les moustiques du genre Culex peuvent quant à eux être transportés par les oiseaux migrateurs, et transmettre des virus comme celui de la Fièvre du Nil Occidental ou le virus d’Usutu.

Référence. Lecollinet, S., Fontenille, D., Pagès, N., & Failloux, A. (2022). Le moustique, ennemi public n° 1 ? Quae.

NB : Le texte est issue d’une communication de l’Institut Pasteur.

Aux lecteurs du blog

Le blog va fonctionner au ralenti en raison de vacances ...

L’Académie d’Agriculture de France propose Questions sur … «Les zoonoses»

L’Académie d’Agriculture de France propose dans Questions sur … «Les zoonoses», par Barbara Dufour, membre de l’Académie d’Agriculture de France.

Résumé

En France, dans les années 2020, le risque zoonotique peut être considéré comme modéré. En effet, la plupart des zoonoses majeures ne sont pas présentes sur le territoire, soit parce que leurs réservoirs n'y sont pas présents (Ébola, peste humaine, etc.), soit parce qu'elles ont été maîtrisées, telles la brucellose, la tuberculose bovine ou la rage). La lutte contre les zoonoses alimentaires a également porté ses fruits, aussi ces dernières sont en très forte diminution. Cependant, la mondialisation des échanges et les risques d'émergence, permanents dans certains pays du Sud notamment, sont réels et peuvent conduire à une réintroduction de certains pathogènes disparus (rage par exemple) ou à la circulation très rapide d'un nouvel agent zoonotique. Il convient donc de se préparer à lutter contre ces maladies que les vétérinaires connaissent souvent mieux que les médecins, car ils y ont été plus souvent confrontés. L'avenir est donc résolument à une collaboration entre ces deux professions dans l'optique "Une seule santé" (One health).

Commentaire

Très bon document, très explicite et pédagogique.

Le document indique que parmi les zoonoses, le virus de la variole du singe se transmet par contact cutané. Dans l’émergence du virus de la variole du singe dans des pays occidentaux, dont la France, on a dit que cette situation est atypique du fait de la circulation du virus dans des pays où celui-ci est habituellement absent.

Cela étant, les cas sont survenus principalement, mais pas uniquement, chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes multipartenaires, sans liens directs avec des personnes de retour de zone endémique.

Dans ces conditions, aux Etats-Unis, des médécins rapportent que la maladie liée au virus de la variole du singe est une maladie sexuellement tansmissible.

En France, le 8 juillet 2022, un communiqué de l’Académie de médecine de France n’a pas fait grand bruit et n’a pas été repris, «Variole du singe : zoonose et infection sexuellement transmissible (IST)» Voir l’article du blog ici.

Un rapport de l'OMS montre une résistance croissante aux antibiotiques et un besoin de meilleures données

«Un rapport de l'OMS montre une résistance croissante aux antibiotiques et un besoin de meilleures données», source article de Chris Dal paru le 10 décembre 2022 dans CIDRAP News.

De nouvelles données mondiales sur la résistance aux antimicrobiens (RAM) et leur consommation montrent des niveaux élevés de résistance chez les agents pathogènes qui causent les infections les plus mortelles.

Les données du rapport 2022 du Global Antimicrobial Resistance and Use Surveillance System (GLASS) ou Système mondial de surveillance de la résistance et de l'utilisation des antimicrobiens de l'OMS, qui comprend des données sur la résistance recueillies dans 87 pays en 2020, montrent des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques utilisés pour traiter les infections du sang (IS) causées par Acinetobacter spp. (plus de 56%) et Klebsiella pneumoniae (plus de 57%). Les deux agents pathogènes représentaient plus de 20% des IS signalés au GLASS.

Pendant ce temps, la résistance des infections plus courantes augmente également. Plus de 20% des isolats de Escherichia coli, qui sont la principale cause d'infections des voies urinaires (IVUs), étaient résistants aux traitements antibiotiques de première et de deuxième intention, tandis que plus de 60% des isolats de gonorrhée étaient résistants à la ciprofloxacine, l'un des les quelques antibiotiques restants pour traiter l'infection sexuellement transmissible.

Dans l'ensemble, plus de 3 millions d'infections bactériennes ont été signalées pour 2020. Les taux de résistance étaient nettement plus élevés dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFIs), ont dit des responsables de l'OMS.

«Ce rapport soutient le point de vue selon lequel la résistance aux antimicrobiens représente une menace pour la sécurité sanitaire mondiale nécessitant une action transversale concertée des gouvernements et des différentes parties prenantes de la société», indique le rapport.

De meilleures données sont nécessaires

Le rapport est le cinquième publié par GLASS, qui a été créé par l'OMS en 2015 pour éclairer la réponse à la RAM aux niveaux national et mondial grâce à la surveillance des taux de résistance des bactéries courantes. La normalisation de la collecte et du partage des données sur la résistance aux antimicrobiens des pays est considérée comme essentielle pour comprendre la charge mondiale de la résistance aux antimicrobiens.

Pour le rapport, les pays collectent et soumettent des données sur la RAM des agents pathogènes sélectionnés pour quatre types d'infection : Les IS causées par Acinetobacter spp., E. coli, K. pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus et Staphylococcus pneumoniae, les IVUs causées par E. coli et K. pneumoniae, les infections gastro-intestinales causées par Salmonella spp. et Shigella spp. et les infections génitales causées par Neisseria gonorrhoeae.

Catarina Van Weezenbeek, directrice de la surveillance, de la prévention et du contrôle de la RAM à l'OMS, a déclaré lors d'une conférence de presse virtuelle que même si les informations contenues dans le rapport sont techniques, elles sont essentielles pour comprendre l'ampleur de la menace posée par la RAM, qu'elle a qualifié à la fois de menace pour la santé publique et pour l'économie.

«Si vous voulez vaincre votre ennemi, vous devez comprendre votre ennemi» 

Catarina Van Weezenbeek.

Alors que le nombre de pays inscrits à la GLASS est passé de 52 à 127 et que de nombreux autres PRITIs fournissent désormais des données sur la RAM, les responsables de l'OMS ont noté que les données pourraient ne pas être représentatives de l'image complète, un fait souligné par une nouvelle fonctionnalité du rapport. . Pour la première fois, le rapport GLASS 2022 a contextualisé les résultats de la RAM sur la base d'une analyse de la couverture des tests, qui varie considérablement d'un pays à l'autre.

Les pays les plus pauvres sont les plus durement touchés

Carmen Pessoa Da Silva, chef d'équipe de la RAM à l'OMS, a expliqué que les taux de RAM pour de nombreuses combinaisons «microbes-médicaments» variaient considérablement mais étaient plus faibles dans les pays à revenu élevé avec une plus grande couverture de tests et nettement plus élevés dans les PRFIs, où la capacité des laboratoires est plus faible et peu d'hôpitaux effectuent des tests de surveillance de la résistance aux antimicrobiens.

Un exemple de cet écart est les taux de résistance pour deux indicateurs de résistance aux antimicrobiens surveillés dans le cadre des objectifs de développement durable des Nations Unies : les IS causées par E. coli et S. aureus. Le rapport montre que la résistance médiane aux céphalosporines de troisième génération dans les IS à E. coli était de 41,8% et la résistance médiane à la méthicilline dans les IS à S. aureus était de 34,7%. Mais en ne regardant que les pays avec la couverture des tests la plus élevée, ces taux étaient respectivement de 10,6% et 6,8%

Pessoa Da Silva a déclaré qu'il existe plusieurs explications possibles à cette grande variation, notamment le fait que les hôpitaux qui effectuent des tests de résistance aux antimicrobiens dans les PRITIs traitent généralement les patients les plus malades.

«Cela peut être dû à des préjugés chez les patients sélectionnés pour les tests, cela peut être dû au manque d'accès aux diagnostics, cela peut être dû à de faibles pratiques de prévention et de contrôle des infections», a déclaré Pessoa da Silva. «Il y a plusieurs questions ouvertes… mais le fait est que nous devons enquêter sur les raisons pour lesquelles nous avons des taux de RAM beaucoup plus élevés dans les pays à revenu faible et intermédiaire.»

Pour combler cette lacune dans la couverture des tests et les limites des données, l'OMS indique qu'elle utilisera des approches complémentaires, y compris des enquêtes nationales prospectives sur la prévalence de la RAM, tout en renforçant les capacités de laboratoire et de test dans les PRITIs.

«Nous continuerons à soutenir les pays dans l'expansion et l'amélioration de la surveillance de routine», a déclaré Pessoa Da Silva.

Les deux tiers atteignent leurs objectifs de consommation d'antibiotiques

L'analyse des tendances de la RAM de 2017 à 2020 suggère que les taux de résistance pour de nombreuses combinaisons microbes-médicaments sont restés stables, mais les données ont montré une augmentation d'au moins 15% pour les IS à E. coli résistants au méropénème et aux céphalosporines de troisième génération, les IS à Salmonella résistantes à la ciprofloxacine et les infections à gonorrhée résistantes à l'azithromycine. Van Weezenbeek a dit que si des données plus complètes à l'avenir pourraient aider à clarifier ces tendances, mais il est clair que la RAM ne ralentit pas.

«Les données dont nous disposons actuellement sont déjà extrêmement inquiétantes», a-t-elle déclaré.

Le rapport GLASS 2022 incluait également, pour la première fois, des données sur la consommation d'antibiotiques au niveau national. Bien que seuls 27 pays aient fourni des données, le rapport montre que 65% des pays ont atteint l'objectif de 60% de consommation des antibiotiques de l’Access group, que l'OMS considère comme les traitements de première intention à spectre étroit pour les infections bactériennes dans le cadre de son système de classification AWaRE (Access, Watch et Réserve).

Cela indique que ces pays utilisent principalement les antibiotiques appropriés, avec un risque relativement faible de résistance, pour traiter un large éventail d'infections courantes. Les antibiotiques de surveillance sont des médicaments à plus large spectre qui devraient être limités en raison de préoccupations concernant la résistance, tandis que les antibiotiques de réserve sont considérés comme des options de dernier recours pour les infections multirésistantes.

Pessoa da Silva a déclaré que bien que des problèmes avec les données subsistent, GLASS en est encore à ses débuts, et elle est convaincue que cela a créé une base solide pour développer une image plus claire de là où la RAM est un problème, qui est le plus à risque, et comment les agents pathogènes résistants se propagent. Elle a également exprimé un certain optimisme, notant que la résistance aux antibiotiques de dernier recours reste généralement faible.

«Nous avons une fenêtre d'opportunité très étroite», a-t-elle déclaré. «Mais la réponse doit être immédiate.»

Comment les agents pathogènes survivent et se développent dans un climat changeant

«Comment les agents pathogènes survivent et se développent dans un climat changeant», source article d’Ashley Mayrianne dans Microcosm, le magazine de l’American Society for Microbiology. Extraits.

De nombreuses études sont arrivées à la même conclusion : un changement climatique influencera la santé et le bien-être des humains et de leur environnement. Les changements de température, de précipitations, d'humidité, de concentrations de CO2 et de disponibilité des nutriments peuvent augmenter le risque de maladies à transmission vectorielle et zoonotiques, à la fois dans de nouvelles zones géographiques et dans les endroits où ces maladies sont déjà endémiques ou éradiquées.

Une revue systématique de la littérature publiée en août 2022 a prédit que 58% des maladies pathogènes humaines sont susceptibles de s'aggraver avec le changement climatique. L'impact du changement climatique sur la santé mondiale devrait être si grave que l'Organisation mondiale de la santé l'a qualifié de «la plus grande menace pour la santé de l'humanité», estimant que les coûts de santé directs totaliseront entre 2 et 4 milliards de dollars d'ici 2030 en raison de augmentation des décès dus à la malnutrition, au paludisme, à la diarrhée et au stress thermique, entre autres facteurs. Les scientifiques s'attendent à voir la charge la plus élevée des maladies liées au climat dans les pays et les communautés à faibles ressources. Les personnes immunodéprimées ou qui ont des allergies respiratoires, nutritionnelles et saisonnières préexistantes seront également plus à risque.

Pourquoi le changement climatique augmente-t-il le risque de maladie ?

En général, un temps plus doux est plus propice à la survie et à la reproduction microbiennes. Pourtant, selon le Dr Arturo Casadevall, directeur du département de microbiologie moléculaire et d'immunologie W. Harry Feinstone et professeur à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, le problème n'est pas simplement un temps plus chaud en moyenne. «Les gens disent ‘le monde ne se réchauffe que d'un degré’ ; ce n'est pas la bonne façon de penser. Chaque fois que vous avez une journée très chaude, c'est un événement de sélection», a-t-il dit. À mesure que le climat change, les microbes doivent s'adapter à la «nouvelle normalité», offrant aux agents pathogènes des opportunités de se déplacer et d'évoluer de manière inconnue, ce qui peut augmenter la virulence et la gamme d'hôtes. Alors que les humains se déplacent vers de nouveaux environnements pour éviter les impacts du changement climatique, ils peuvent également rencontrer de nouveaux agents pathogènes contre lesquels ils manquent d'immunité naturelle. L'évolution humaine ne peut tout simplement pas suivre.

«L'une des raisons pour lesquelles [les humains] ne s'inquiètent pas [actuellement] des maladies fongiques … c'est parce que nous avons chaud», a dit Casadevall. «La plupart des champignons ne peuvent pas se développer à la température de notre corps», mais infectent plutôt les créatures à température ambiante, comme les reptiles et les amphibiens, ou n'affectent les humains qu'au niveau de la peau. Cependant, «les champignons s'adaptent», a-t-il averti. «Alors que le monde se réchauffe, ils apprennent à pousser à des températures plus élevées.»

Les travaux de Casadevall au cours de la dernière décennie décrivent la capacité du champignon Candida auris à s'adapter et à survivre à des températures élevées (supérieures à 37°C), brisant la zone d'exclusion thermique protégeant autrement les humains contre l'infection. «Le problème avec le changement climatique est que le pilier qu'est la température peut être surmonté si les champignons s'adaptent», a-t-il dit, en particulier compte tenu des recherches montrant que la température moyenne du corps humain est en baisse.

L'hypothèse climatique de Casadevall est née du fait que trois isolats uniques de C. auris sont apparus simultanément sur trois continents, la tolérance à la température étant le dénominateur commun. Cette hypothèse est apparemment étayée par des recherches en Inde qui ont révélé que C. auris isolé d'une plage peuplée avait une tolérance à la température plus élevée qu'un isolat séparé d'un marais, indiquant que le champignon aurait pu s'adapter à différents environnements.

La suite est à lire dans cet article passionnant …

NB : La photo représente la couverture de Microcosm, (Re)Emergence of Infectious Diseases.

Une étude renforce les inquiétudes concernant la propagation asymptomatique de la variole du singe

«Une étude renforce les inquiétudes concernant la propagation asymptomatique du monkeypox», source article de Lisa Schnirring dans CIDRAP News.

Des analyses de laboratoire sur des échantillons anaux d'hommes français asymptomatiques qui ont été échantillonnés régulièrement à d'autres fins de surveillance ont été positifs pour le monkeypox pour certains patients, ce qui suggère que la vaccination des seuls contacts connus peut ne pas suffire à prévenir la propagation du virus.

Pendant ce temps, une nouvelle étude de cas sur un voyageur qui a assisté à un événement bondé en extérieur et n'a eu aucune activité sexuelle récente met en évidence d'autres risques de transmission potentiels, ainsi que d'autres défis pour le contrôle des épidémies.

Une propagation asymptomatique pourrait-elle alimenter l'épidémie ?

Dans la première étude, publiée dans les Annals of Internal Medicine, des chercheurs de l'hôpital Bichat-Claude Bernard à Paris ont effectué des analyses de la variole du singe sur des écouvillons anorectaux prélevés dans le cadre du dépistage systématique des infections sexuellement transmissibles (IST) chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes. (HSH), ont plusieurs partenaires sexuels et suivent une prophylaxie ou un traitement pré-exposition au VIH. Les échantillons ont été prélevés entre le 5 juin et le 11 juillet.

Sur 200 personnes asymptomatiques qui ont été dépistées et qui étaient négatives pour deux IST, 13 (6,5%) étaient positives pour le monkeypox. Deux d'entre eux ont développé des symptômes de monkeypox plus tard.

Les auteurs ont dit qu’il n'était pas clair si l'excrétion virale pouvait entraîner une transmission. Si tel est le cas, ils ont écrit que la vaccination en anneau post-exposition autour des personnes atteintes d'infections probables ou confirmées pourrait ne pas suffire à contenir la propagation du virus.

Dans un éditorial sur l'étude, Stuart Isaacs de la division des maladies infectieuses de la Perelman School of Medicine de l'Université de Pennsylvanie, a écrit que bien qu'il ne soit pas clair si les résultats positifs par PCR signifient un virus infectieux, il serait, ce n'est pas surprenant si c'était le cas, car les infections asymptomatiques ne sont pas une nouvelle découverte.

«Cependant, cela soulève la question de savoir si des infections asymptomatiques ou subcliniques contribuent à l'épidémie mondiale actuelle», a-t-il écrit.

Isaacs a dit qu'une étude sérologique sur le monkeypox en Afrique il y a quatre décennies suggérait que jusqu'à 30% des cas étaient subcliniques. Il a également dit que les scientifiques qui ont mené des études sur la variole ont pu développer le virus de la variole à partir des prélèvements de gorge de 10% des contacts avec des patients. Quelques temps plus tard, des symptômes se sont manifestés.

Dans le passé, des scientifiques n'accordaient pas beaucoup d'importance à la présence de variole dans les cultures de gorge de personnes asymptomatiques, car la variole a été éradiquée en grande partie grâce à la capacité d'identifier un patient source. Cependant, en raison de la possibilité d'une propagation asymptomatique dans les épidémies actuelles, une vaccination en anneau élargie sera probablement nécessaire pour aider à freiner la propagation.

Isaacs a souligné que la maîtrise ne réussira que si la vaccination est utilisée parallèlement à d'autres outils tels que l'identification et l'isolement des cas, la mise à disposition de traitements et l'éducation du public sur les moyens de réduire le risque d'exposition.

Un rapport de cas décrit différentes expositions et symptômes

Pendant ce temps, une étude de cas récemment publiée décrit un patient qui a peut-être contracté le virus lors d'un rassemblement surpeuplé, ce qui a entraîné un schéma de lésion qui n'impliquait pas la région anogénitale. Un groupe de la Stanford University School of Medicine a publié ses conclusions dans une lettre dans Emerging Infectious Diseases.

Ils ont dit que l'homme dans la vingtaine avait demandé des soins pour une éruption vésiculeuse d'une semaine qu'il avait développée après son retour d'un voyage au Royaume-Uni, où il avait assisté à un grand événement en plein air bondé qui impliquait des contacts étroits avec les autres, y compris de la danse. De nombreux participants portaient des shorts et des hauts sans manches. Il a partagé une e-cigarette avec une femme rencontrée lors de l'événement.

L'événement n'était pas spécifiquement destiné aux personnes homosexuelles ou bisexuelles. Et bien qu'il s'identifie comme bisexuel, il n'a signalé aucun contact sexuel au Royaume-Uni ou ailleurs au cours des 3 derniers mois.

L'examen clinique a révélé de multiples lésions sur l'une de ses paumes, l'une de ses lèvres, sur les articulations des deux mains, ainsi que sur son torse et son dos. Les médecins n'ont trouvé aucune lésion pénienne, testiculaire ou anale et aucune adénopathie cervicale, axiale ou inguinale.

Un écouvillon sur le liquide de la pustule sur sa paume et un écouvillon nasopharyngé ont été testés positifs pour le monkeypox. Un prélèvement de suivi 3 jours plus tard a identifié le virus dans la salive et les prélèvements conjonctivaux et rectaux.

Les chercheurs ont dit que les échantillons de salive et du nasopharynx étaient notables, car le patient ne présentait aucun symptôme respiratoire.

Ils ont conclu que son principal facteur de risque était un contact étroit avec de nombreuses personnes lors d'un événement bondé, soulignant le potentiel de propagation lors d'événements similaires, ce qui, selon eux, a des implications pour le contrôle des épidémies. En outre, ils ont dit que les fomites (objets porteurs du virus) peuvent être un autre mode de transmission et que l'inoculum pour tous les modes possibles est un domaine d'investigation important.

Une autre leçon de l'affaire est l'importance des tests locaux, qui a accéléré le diagnostic, la notification, l'isolement et la recherche des contacts.

Aux lecteurs du blog

La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !